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GC

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GC Anotação reversa de um transcriptoma

Bases de dados secundárias:– COG@NCBI, KOG@NCBI– KO@KEGG – UniRef50@UniProt, GOA@UniProt– RefSeq@NCBI, GENE@NCBI– BioCarta@CGAP

Grupos de ortólogos, nomes e categorias editadas

Mineração e seleção de candidatos a seqüenciamento

Play query play subject

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GC Schistosoma mansoni

Distante de outros organismos modelo (MO)

Pode ser anotado “reversamente”?– C. elegans– D. melanogaster– H. sapiens– A. thaliana (pq não?)

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GC pUC18 proteina virtual

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GC MO compõem bases secundáriasseriam suficientes?

Hits NOT S. mansoni Hits MO

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GC BLAST contra MO ou nr-NCBImuito similar (principalmente >100)

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GC Codon Balance suporta a seleção de clones completos

Proteína MO

EST

Saldo de Códons Positivo

tBLASTn: (subjinit / 3) – queryinit

Programa de seqüenciamento

completo

clone

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GC S. mansoni - ribosomo

GenBank

14

13

ONSASmAE comprising

entire coding region

39

28

MGNOMEComplete CDS

program

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GC pUC18 proteina virtual

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GC Protein Classification Tool @biodados

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GC Choose bases and check against “nr”

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GC Returns identification plus category