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Vigilância genômica dos arbovírus no Brasil: resultados do Projeto ZIBRA-2 - Análise em tempo Real do ZIKV e outros arbovírus no Brasil – etapa 2
Luiz C. J. AlcantaraPesquisador Titular em Saúde Pública
LABFLA / IOC / [email protected]
•Epidemiological data •Pathogen samples:
- Patients- Sentinel population
- Domestic animals
- Wildlife- Environment
• Epidemiological Data
• Pathogen samples:
- Patients
- Sentinel population
- Domestic animals
- Wildlife
- Environment
Transmissioninference
Outbreakisolate
Control isolate
Comparative analysis and visualization of relationships
Epidemiological reconstruction
Phylodynamic inference
Genome from human
Genome from reservoir/vector
Clade and trait (geography
& host) statistical probabilities
0.07
Identification of highquality variants
DNA sequencing
Mapping toreferencegenome
De novo assembly
of sequences
Reservoirspecies
Genomic and epidemiological surveillance of Zika virus in the Amazon
region: improving public health response to outbreaks in Brazil
Giovanetti et al. Cell Reports, in
press (2019)
Giovanetti et al. Cell
Reports, in press (2019)
Naveca et al., Plos NTD, 2019
Genomic, epidemiological and digital
surveillance of Chikungunya virus in the
Brazilian Amazon
Circulation of ECSA CHIKV
lineage in Rio de Janeiro
(Southeast), Brazil
Xavier et al., Plos One 2019
An integrative approach to
unveil three years of
epidemiology and
transmission of CHIKV in RJ
(2016-18)
Giovanetti et al. in preparation
Return of the founder Chikungunya virus to its
place of introduction into Brazil is revealed by
genomic characterization of exanthematic
disease casesGiovanetti et al. 2019 in press, Emerging Microbes and
Infections
Faria et al. (Science 2018)
4.25 km/day
(95% BCI: 2.64 to 10.76 km/day)
100100
MG03 RR0217D
East African
West
AfricanSA2 SA1
100
100
100
n=50 genomes from ZiBRA2)Angola
Yellow fever virus
re-emergence and
spread in Southeast
Brazil, 2016-2019
Giovanetti et al. Journal of
Virology, 2019
ZIKA em GO
CHIKUNGUNYA no MT
Nanopore- based gene sequencing technology f or
t emporal invest igat ion and epidemiology of dengue
out break: t raining, research, surveillance and
scient if ic disseminat ion
DENV2
DENV1 225 genomas completos
‣ 55 genomas DENV1
‣ 170 genomas DENV2
1911
12
11 2
332
20
35
47
60
Mato Grosso
do Sul
Mato Grosso do Sul
Mato Grosso
do Sul
Mato Grosso do SulA
B
Mato Grosso do Sul
A
Mato Grosso do Sul
B
“MACHINE LEARNING” – INVESTIGAÇÃO DE MARCADORES GENÉTICOS DENV
10 posições genômicas mais significativas de DENV1 e DENV2
DENV1 DENV2
protein Reference nn pos Reference codon Reference aa Sequence aa Codon position (0, 1, 2)
Flavi_M 723 GCC A A 2
Peptidase_S7 4854 GCC A T 2
Flavi_glycoprot 1054 TTG L L 0
HELICc 5703 TAC Y Y 2
Peptidase_S7 5004 GTC V V 2
Flavi_glycoprot 1455 CAG Q Q 2
None 7638 AAG K K 2
FtsJ 8149 CTG L L 0
Peptidase_S7 4963 CTT L L 0
Flavi_NS5 8487 CAT H H 2
protein Reference nn pos Reference codon Reference aa Sequence aa Codon position (0, 1, 2)
Flavi_NS2B 4433 ACA T T 2
Flavi_NS4B 7136 CCC P P 2
Flavi_NS5 8657 ACC T T 2
Flavi_E_C 1994 ACA T T 2
None 2421 GAT D D 0
Flavi_NS1 2750 GAG E E 2
flavi_E_stem 2420 GCC A A 2
None 449 ACC T T 2
Flavi_NS4B 7515 GCC A P 0
Flavi_capsid 121 AAA K K 1
DENV1 DENV2
Óbitos 11 17
Casos Clássicos 28 59
Dados disponíveis após curadoria
• Detecção de CHIKV em 4 amostras positivas para CHIKV - Natal-RN em 1 amostra positiva
para HCV e 2 amostras de ostras positivas para Norovirus,
• Detecção de DENV1 em 1 amostra negativa para DENV, CHIKV e ZIKV - Natal-RN;
• Detecção de Parvovirus B19 em 1 amostra negativa para DENV, CHIKV e ZIKV - Cuiabá-MT;
• Detecção de HPgV em 20 amostras negativas para DENV, CHIKV e ZIKV – MT, MS, GO;
• Detecção de CHIKV (2) e HPgV (1) em 3 amostras de pacientes com quadro de Meningitegrave, negativas para CHIKV – RJ;
• Detecção de CHIKV em 2 amostras negativas para arboviroses – FS-BA, e Parvovirus B19 em
1 amostra negativa para arbovirus (paciente adulto teve quadro hemorrágico – óbito) – BH-MG,
e 1 amostra de bebê com microcefalia, negativo para ZIKV – SSA-BA.
"25th International Bioinformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular
Epidemiology (VEME-2020)"
AND
"2nd Course of temporal and epidemiological investigation of complete arbovirus
genomes: training, research, surveillance and scientific dissemination”
Julho/2020
1. SVS/MS (CGARB e CGLAB) e OPAS/OMS, Brasília-DF, Brasil;
2. LACENs do Brasil;
3. LABFLA-IOC/FIOCRUZ, Rio de Janeiro-RJ, Brasil;
4. Laboratório Central de Saúde Pública, Paraguai;
5. CIT-IEC, Pará, Brasil;
6. Universidade de KwaZulu-Natal, África do Sul; Universidade de Oxford, Inglaterra; Universidade de Sidney,
Austrália; Universidade Católica de Leuven, Bélgica.
OBRIGADO!
telefone: (31) 99397-1962
