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Universidade Federal de Pelotas Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel Programa de Ps-Graduao em Agronomia Graduao CENTRO DE GENOMICA E FITOMELHORAMENTO
Introduo Bioinformtica
Professores: Luciano Maia Antonio Costa de Oliveira
Instalao/uso local do BLAST no Linux
Luciano Carlos da Maia Centro de Genmica e Fitomelhoramento Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
Utilizando o BLAST no Linux
SE VOCE SEQUENCIAR 30.000 ESTs (mRNA) de uma Planta_A e necessitar comparar estes 30.000 seqncia contra uma Planta_B, Planta_C, Vaca_1, Cachorro_1, etc... Como voc far isso??? opo 1: FAZER ON-LINE 30.000 BLAST BLASTs 30.000 sequencias * 4 organimos = 120.000 copy/past
opo 2: INSTALAO DO BLAST no seu computador
Utilizando o BLAST no Linux
Visao geral da pasta do usurio (mais ou menos o Meus Documentos do Windows) Windows)
Utilizando o BLAST no Linux
1) Criar um diretrio chamado blast
Utilizando o BLAST no Linux
2)Acessar o diretrio blast
Utilizando o BLAST no Linux
3) Copiar para dentro do diretrio arquivos para a instalao do BLAST
Utilizando o BLAST no Linux
4) V para o menu APLICATIVOS > ACESSRIOS > CONSLE e tecle ) esta opo leva para a linha de comando do linux (shell) (shell)
Utilizando o BLAST no Linux
5) escreva ls o comando quer dizer list screen... vai mostrar todos as informaes desta screen...e
Utilizando o BLAST no Linux
6) temos que acessar o diretrio blast
Utilizando o BLAST no Linux
7) ls
Arquivos de instalao do BLAST
Utilizando o BLAST no Linux
8) digite:sudo su su = super user.... necessrio privilgios de su para instalar programas
Utilizando o BLAST no Linux
9) digite a senha
Utilizando o BLAST no Linux
10) agora muda o shell...para root...que quem tem o poder no linux )
Utilizando o BLAST no Linux
11)chamando os pacotes de instalao....digite: dpkg --install ncbi-data_6.1.20041020-3_all.deb 3_all.deb
Utilizando o BLAST no Linux
Resultado da instalao do primeiro pacote
Utilizando o BLAST no Linux
12).digite: dpkg --install libncbi6_6.1.20041020-3_i386.deb 3_i386.deb
Utilizando o BLAST no Linux
13)digite: dpkg --install blast2_2.2.10.20050429-1_i386.deb .deb
Utilizando o BLAST no Linux
resultado....
Utilizando o BLAST no Linux
14)digite: dpkg --install blast_1.1-14_i386.deb
Utilizando o BLAST no Linux
resultado...
Utilizando o BLAST no Linux
15) para confirmar digite: whereis blast
Utilizando o BLAST no Linux
Se o linux der uma reposta mostrando um endereo onde o blast foi instalado...t tudo blza caso no esteja correta a instalao o linux no mostra o endereo da instalao...
Utilizando o BLAST no Linux
Vamos criar nosso banco de dados agora!!! 1) obter um arquivo fasta contendo nn ou aa
Utilizando o BLAST no Linux
Usando um bando de dados de NUCLEOTDEOS
Utilizando o BLAST no Linux
A) como exemplo...vamos usar novamento o arquivo avena.fasta, contendo sequencias de nucleotdeos....
Utilizando o BLAST no Linux
V para o consle novamente...e acesse o diretrio blast digite:
ls para ver os arquivos dentro do diretrio...
Utilizando o BLAST no Linux
Utilizando o BLAST no Linux
A FAMLIA BLAST
Utilizando o BLAST no Linux
B) Criando seu banco de dados para o BLAST
Para transformar o arquivo fasta no padro de trabalho do BLAST usar o comando:
formatdb -i nome_arquivo.fasta
-p F -n nome_bancodedados
Ex: formatdb i avena.fasta p F n avena
Utilizando o BLAST no Linux
C) para formadar o arquivo avena.fasta para um banco de dados do BLAST, digite:
formatdb -i avena.fasta F -n avena -p
Utilizando o BLAST no Linux
d) digite: ls para ver os arquivos.....se apareceu arquivos com exteso .nhr, .nsq e .nin t tudo ok....
Utilizando o BLAST no Linux
blastall p sabor_do_blast Ex: Blastall p blastn
-d banco_de_dados -i sequencia.fasta -d avena -i myseq.fasta
-o arquivo_saida -o results.txt
Utilizando o BLAST no Linux
e) para blastar o arquivo myseq.fasta contra o banco avena, digite:
blastall-pblastn-davena-i myseq.fasta-e 1e-10-o r1.txt
Utilizando o BLAST no Linux
f) na pasta blast....abra o arquivo r1.txt....para ver o resultado.... .txt....para
Utilizando o BLAST no Linux
f) resultados...ok
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
A FAMLIA BLAST
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
tBLASTx
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
PARA EXECUTAR UM BLAST STANDALONE com exigncia para E E-value
blastall p sabor_do_blast Ex: Blastallp tblastx
-d banco_de_dados -davena
-i sequencia.fasta -e E-value -imyseq.fasta -e1e-05
-o saida -oresults.txt
Utilizao do BLAST na estao de trabalhoPARA EXECUTAR UM BLAST STANDALONE com exigncia para E-value
blastall p sabor d banco i seq.fasta M matriz e E-value Ex: blastall p tblastx d avena i avena.fasta M PAM30 e E-value o saida
o saida
ESTO DISPONIVEIS NO BLAST PAM30 PAM70 BLOSUM80 BLOSUM62 BLOSUM45
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
aminocidos
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
A FAMLIA BLAST
Utilizando o BLAST no Linux
Usando um bando de dados de AMINOCIDOS
Utilizando o BLAST no Linux
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
A FAMLIA BLAST
Utilizando o BLAST no Linux
FORMATANDO UM ARQUIVO FASTA DE PROTEINAS PARA O BANCO DE DADOS DO BLAST
formatdb -i
nome_arquivo.fasta
-p T
-n nome_bancodedados
Ex: formatdb i aa_oryza.fasta p T -n aa_oryza
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
A FAMLIA BLAST
Utilizando o BLAST no Linux
PARA EXECUTAR UM BLAST>
blastall p sabor_do_blast Ex: Blastall p blastp
- sequencia.fasta -i e E-value d banco_de_dados -d aa_oryza - aa_my_seq.fasta -i -e 1e-05
-o arquivo -o results.txt
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
A FAMLIA BLAST
COMO CRIAR SEU BANCO LOCAL??? 1) PEGAR SEQUENCIAS DE UM BANCO PUBLICO 2) SE TIVER SEQUENCIAS OBTIDAS NO SEU LABORATRIO
UTILIZANDO O NCBI para montar seu banco de dados local
Utilizao do BLAST na estao de trabalho
EXEMPLO DE COMO CRIAR SEU BANCO DE DADOS
Utilizao do BLAST na estao de trabalho EXEMPLO DE COMO CRIAR SEU BANCO DE DADOS
Utilizao do BLAST na estao de trabalho EXEMPLO DE COMO CRIAR SEU BANCO DE DADOS