Caracterização de Disciplina - PPGGEv · Introducion to Conservation Genetics. 2nd Edition. Cambridge University Press. 2 ... Parte I. Temas Recorrentes ... Taxonomia e Filogenia

UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS CENTRO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E DA SAÚDE

Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular

Via Washington Luís, Km 235 - Caixa Postal 676 CEP 13565-905 - São Carlos - SP - Brasil

e-mail [email protected] Fone/Fax: (0XX16) 3351-8306

Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV400 - Cromossomos: Investigação e Aplicações

Área de Concentração: Genética e Evolução

Carga Horária da Disciplina

Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 30 20 90

Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho

Ementa da Disciplina:

1- A Citogenética como ciência: histórico, avanços, perspectivas. 2-

Métodos de obtenção de cromossomos para estudo do cariótipo. 3- Análise

dos cromossomos com coloração convencial e diferencial. 4- Análise dos

cromossomos com técnicas especiais de marcação. 5- Variações cariotípicas.

Poliformismos cromossômicos. 6- Cromossomos supranumerários. 7-

Cromossomos sexuais e sistemas cromossômicos de determinação do sexo.

8- Aplicações da Citogenética. 9- Seminários.

Bibliografia Principal:

1- ALBERTS, B. et al. 2004. Biologia Molecular da Célula. Artmed Editora, São Paulo.

2- GREGORY, T.M. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press,

USA. 3- GUERRA, M. 2004. FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade

Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 4- KASAHARA, S. 2009. Introdução à Pesquisa

em Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5-

McGregor, H.C. 2008. Introduction to Animal Cytogenetics. Springer. 6- Periódicos

especializados (Chromosome Research; Cytogenetic and Genome Research; Genetica;

Heredity; outros).

Total de Créditos: 6

mailto:[email protected]






Disciplina/Turma: GEV401 – Cromossomos: População e Biodiversidade



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

45 - 45 90

Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho


1. Princípios fundamentais da Citogenética. 2. As alterações no sistema cromossômico:

processos. 3. As alterações no sistema cromossômico: fatores limitantes. 4. A

variabilidade cromossômica intra-populacional. 5. A variabilidade cromossômica inter-

populacional. 6. Análise de freqüências cromossômicas e cariotípicas nas populações. 7.

Cromossomos: biodiversidade e especiação. 8. Seminários.


1- GREGORY, T.M. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press,

USA. 2- GUERRA, M. 2004. FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade

Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 3- JOHN, B. 1976. Population Cytogenetics. The

Camelot Press Ltda., Southampton. 4 – KASAHARA, S. 2009. Introdução à Pesquisa em

Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5 –

PISANO, E.; OZOUF-COSTAZ, C.; FORESTI, F. & KAPOOR, B.G. 2007. Fish

Cytogenetics. Science Publishers, Enfield. 6 – McGregor, H.C. 2008. Introduction to

Animal Cytogenetics. Springer. 7- Periódicos especializados (Chromosome Research;

Cytogenetic and Genome Research; Genetica; Heredity; outros).








Disciplina/Turma: GEV402 - Genética da Conservação



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

60 15 15 90

Professor(a) Responsável: Dr. Pedro Manoel Galetti Junior


1- Genética da Conservação. Introduzindo o problema. 2- O que é a variação

genética e como pode ser medida. 3- Estrutura genética em populações

naturais. 4- Conseqüências genéticas em pequenas populações. 5- Genética e

extinção. 6- Incertezas taxonômicas e definição de unidades de manejo. 7-

Manejo genético de espécies ameaçadas. 8- Reprodução em cativeiro e

reintrodução. 9- Genética forense e conservação.


1- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D. 2010. Introducion to Conservation Genetics.

2nd Edition. Cambridge University Press. 2- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D.

2008. Fundamentos de Genética da Conservação. Sociedade Brasileira de Genética,

Ribeirão Preto, SP. 3- Artigos relevantes e atuais dos periódicos: Conservation Biology,

Conservation Genetics, Molecular Ecology.








Disciplina/Turma: GEV403 – Genética de Populações



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

26 30 34 90

Professor(a) Responsável: Dr. Reinaldo Alves de Brito


1. Introdução ao curso - Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação.

2. Sistemas de acasalamento.

3. Tamanho efetivo populacional.

4. Fluxo gênico.

5. Deriva genética.

6. Neutralismo e Evolução Molecular.

7. Coalescência.

8. Filogeografia e distribuição geográfica.

9. Genética quantitativa básica; Loci não mensurados; Loci mensurados e

Associação.

10. Seleção natural. Seleção em caracteres quantitativos e em ambientes heterogêneos.

11. Unidades e alvos de seleção.


HARTL & CLARK. Principles of Population Genetics.

Templeton Population Genetics and Microevolutionary Theory.








Disciplina/Turma: GEV406 – Ecologia Evolutiva



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

60 - 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama


Parte I. Temas Recorrentes. Natureza e Causas da Variação. Significado

Evolutivo da Variação. Seleção Natural. Adaptação. Plasticidade Fenotípica.

Parte II. Evolução das Histórias de Vida. Idade e tamanho à Maturação.

Tamanho e Número da Prole. Senescência. Ciclos de Vida. Sexo e Gênero.

Razão Sexual. Alocação Sexual. Especialização e Generalização Ecológica.

Parte II. Comportamento. Sistemas de acasalamento. Seleção Sexual.

Cooperação e Altruísmo. Comportamento de Forrageio. A Ecologia

Evolutiva do Deslocamento. Parte IV. Interações interespecificas. Interação

predador-presa. Interação parasita-hospedeiro. Interação planta-herbívoro.


Evolutionary Ecology. Concepts and Case Studies. Charles W. Fox, DA Rolf & DJ

Fairbairn (eds.). New York: Oxford, 424 p., 2011. Discovery Evolutionary Ecology. Peter

Mayhew. New York: Oxford, 215 p., 2006. Behavioral Ecology. Étienne Danchim, L.-A.

Giraldeau & F. Cézilly (eds.). New York: Oxford, 814 p., 2008. Evolutionary Behavioral

Ecology. David Westneat & Clarles Fox (ed.). New York: Oxford, 2010. Evolutionary

Analysis. Scott Freeman & Jon C. Herron. Upper Sadle River: Pearson & Benjamim

Cummings, 4th ed., 802 p., 2007. Evolution. An Introduction. Stephen C. Stearns & Rolf

F. Hoekstra. New York: Oxford. 2nd. ed., 575 p., 2005.








Disciplina/Turma: GEV407 - Genética Molecular Aplicada Ao Melhoramento

Animal



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

45 - 45 90

Professor(a) Responsável: Dra. Luciana Correa de Almeida Regitano


1. Organização do genoma dos animais: Mapas de ligação; Mapas físicos;

Mapas comparativos 2. Estratégias para identificação de genes:

Decompondo as características fenotípicas quantitativas; Genes principais

Locos de caracteres quantitativos (QTL) 3. Epistasia e interação genótipo

por ambiente 4. Regulação gênica dos processos fisiológicos Transcriptoma,

proteoma e epigenoma 5. Indução de alterações no genoma.


1- Ruvinsky, A. & Marshall Graves, J.A. Mammalian Genomics. CAB International,

2005. 2- Lynch, M. & Walsh, B. Genetic analysis of quantitative traits. Sinauer

Associates, Inc., 1998.








Disciplina/Turma: GEV408 – Marcadores moleculares na genética animal



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 30 30 90

Professor(a) Responsável: Dra. Silvia Nassif Del Lama


1) O que são marcadores genéticos moleculares. 2) Quando os marcadores genéticos

moleculares devem ser empregados. 3) Marcadores morfológicos x moleculares 4)

Histórico dos diversos tipos de marcadores moleculares na Genética Animal: grupos

sanguíneos, isozimas, MHC e outros polimorfismos de DNA 5) As limitações da

identificação dos genótipos. Exs do efeito alelo drop-out, alelos nulos. 6) Aplicação

Marcadores Moleculares na identificação do indivíduo. 7) Aplicação Marcadores

Moleculares na identificação do sexo dos indivíduos. 8) Aplicação Marcadores

Moleculares na determinação da variabilidade genética. 9) Aplicação Marcadores

Moleculares aplicados nos estudos de parentesco. 10) Aplicação Marcadores Moleculares

nos estudos de estrutura populacional geográfica e fluxo gênico. 11) Aplicação

Marcadores Moleculares nos estudos de bioinvasão. 12) Aplicação Marcadores

Moleculares no diagnóstico e dterminação de indices de prevalencia.


1- AVISE , J. C. Molecular Markers , Natural History and Evolution. (2004). Sinauer Inc

2- HOEZEL, 1994. Molecular Genetic Analysis of Populations: a Practical Approach.

(1994) 2 ed. IRL Press, Oxford. University Press 3- Ashton P., Harris S. E , Lowe A.,

Ecological Genetics: Design, Analysis and Application (2004). Oxford University Press

4- Periódicos : Conservation Genetics e Molecular Ecology.








Disciplina/Turma: GEV409 – Estudo de Populações Naturais - Principais

conceitos e programas



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 30 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Evandro Marsola de Moraes


Atributos e aplicações dos marcadores moleculares; Formatação de dados para entrada

nos programas FSTAT, ARLEQUIN e MEGA; Estimativa dos parâmetros de

variabilidade genética em marcadores codominantes e haplotípicos; Testes de Equilíbrio

de Hardy-Weinberg; Deriva Genética e Estrutura Populacional: estimativa dos parâmetros

da estatística F; Detecção de Equilíbrio Migração-Deriva: o teste de Mantel, inferência do

modelo geográfico; Estimativa de medidas de distância genética entre populações;

Construção de dendogramas a partir de matrizes de distância.


1- HARTL, D.L. & CLARK, A.G. Principles of Population Genetics. 1997. 3ªed. Sinauer;

2- TEMPLETON, A.R. Population Genetics and Microevolutionary Theory. 2006.

Wiley-Liss.








Disciplina/Turma: GEV412 - Genética de Hymenoptera



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

45 - 45 90

Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama


1) História natural dos Himenópteros.

2) Biologia dos Himenópteros.

3) Sistemática, Taxonomia e Filogenia dos Himenópteros.

4) Partenogênese e haplodiploidia

5) Consequências da Haplodiploidia.

6) Determinação do sexo em Himenópteros.

7) Níveis de organização social em Himenópteros.

8) Castas. Determinação de castas em Himenópteros.

9) Evolução da eusocialidade.

10) Estrutura genética familial em abelhas e vespas.

11) Estrutura genética das populações de abelhas e vespas.


1- MICHENER DC. The Bees of the World. Johns Hopkins Univ. Press, 952 p.,

2000.

2- GOULSON D. Bumblebees: Behaviour, Ecology and Conservation. New York:

Oxford Univ. Press, 2nd ed., 317 p., 2010.

3- HUNT JH. The evolution of social wasps. New York: Oxford Univ. Press, 259 p.,

2007.

4- BOURKE AFG. Principles of Social Evolution. New York: Oxford Univ. Press,

267 p., 2011.

5- Artigos de periódicos (PNAS, Science, Annu. Rev. Entomol., Genetics, Evolution,

Heredity, entre outros).








Disciplina/Turma: GEV413 - Recursos Genéticos



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

44 32 14 90

Professor(a) Responsável: Dra. Alessandra Pereira Fávero


1) Importância dos recursos genéticos e conceitos relacionados a recursos

genéticos

2) Coleta de germoplasma -

3) Intercâmbio de germoplasma

4) Bancos de germoplasma

5) Caracterização morfológica e química de germoplasma

6) Caracterização citogenética e molecular de germoplasma

7) Conservação de germoplasma ex situ;

8) Conservação de germoplasma in situ;

9) Documentação de germoplasma;

10) Legislação relacionada a Recursos Genéticos Vegetais

11) Uso de germoplasma - Pré-melhoramento


Melo IS, Valadares-Inglis MC, Nass LL, Valois ACC Recursos Genéticos e

melhoramento - microrganismos. Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2002. 743p.

Nass, LL. Recursos Genéticos vegetais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e

Biotecnologia, 2007. 858p.

Mariante, A. da S.; Cavalcante, N. Animais do descobrimento: raças domésticas da

história do Brasil. Animals of the discovery: domestic breeds in the history of Brazil. 2.

ed. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica, 2006. 274 p. il.








Disciplina/Turma: GEV414 - BIOLOGIA EVOLUTIVA DE PEIXES

NEOTROPICAIS



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

24 0 66 90

Professor(a) Responsável: Dr. Roberto Ferreira Artoni


Diversidade Biológica

Biogeografia e Tempo Evolutivo

Citotaxonomia e Sistemática Molecular

Seleção e Adaptação em Ambientes Naturais e em Cultivo

Estado da Arte

Novas Tecnologias em Ictiogenética


Mark Ridley, Evolução, ARTMED, 3a edição (2006).

MALABARBA, L. R. (1998). Phylogeny and Classification of Neotropical Fishes. EDIPUCRS. Porto Alegre.

Artigos científicos.








Disciplina/Turma: GEV415 - Genética Clássica



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

72 0 18 90

Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz


Leis de Mendel e de Morgan, seus desvios e extensões.

Análise genética via cruzamentos controlados

Métodos estatísticos aplicados as leis fundamentais da genética

Penetrância e exprecividade

Métodos aplicados a "loci" ligados

Parentesco

Endogania e consaguinidade

Estudo de caracteres de herança compleça

Estudos de caracteres de herença multifatorial


Griffiths, A. J.F.; Wessler , S.R. Carroll,S.B.; Doebley, J. Introduction to Genetic

Analysis , 2010, 3 Ed. Bru.

Weir, B. S. Genetic Data Analysis II (or III) - Methods for Dicrete population Genetic

Data. 1996.Un Washington.

Edelsen, Edward. Gregor Mendel: And the Roots of Genetics. 1999. Oxford.








Disciplina/Turma: GEV416 - Cromossomos: Estrutura e Função



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

70 0 18 90

Professor(a) Responsável: Dr. Marcelo de Bello Cioffi


Os Cromossomos: Aspectos Estruturais e Moleculares Diferenciação Longitudinal dos Cromossomos Origem e Evolução de tipos especiais de Cromossomos Os Cromossomos e a Divisão Celular Alterações Cromossômicas Citogenética Molecular Perspectivas futuras da citogenética


Sumner, A. T: Chromosomes: organization and function (2003) London, Blackwell Publishing, 287p Alberts, B: Biologia molecular da célula. 4 ed. (2004) Porto Alegre: Artmed, 1463 p. Martins C; Cabral de Mello DC, Valente GT, Mazzuchelli J, Olivera SG, Pinhal D. Animal genomes under the focus of cytogenetics. 1st edition. (2011) Hauppauge: Nova Science Publisher 160 p.








Disciplina/Turma: GEV417 - Filogeografia: Conceitos e Métodos



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 20 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Fernando de Faria Franco


1. Introdução e histórico da Filogeografia;

2. Árvores Filogenéticas e Redes de Haplótipos;

3. Tipos de marcadores moleculares aplicados ao estudo filogeográfico;

4. Teoria da Coalescência e suas aplicações;

5. Premissas para Inferências Demográficas e Temporais com dados genéticos;

6. Aplicações da Filogeografia na Conservação: Unidades Significativamente

Evolutivas, Províncias Filogeográficas;

7. Padrões Filogeográficos na América do Sul

8. Metodologias de análises de dados I: construção de redes de haplótipos, testes

para inferências demográficas;

9. Metodologias de análises de dados II: grupos populacionais e reconstrução

biogeográfica de áreas ancestrais;

10. Perspectivas futuras na área


Drummond, AJ. 2015. Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST. Cambridge University

Press.

Templeton, AR. Population Genetics and Microevolutionary Theory. 2006. Ed. John Wiley &

Sons, Inc

Wakeley, J. Coalescent Theory: an Introduction. 2009. Ed. Roberts and Company Publishers








Disciplina/Turma: GEV418 - Análise sistêmica de dados biológicos



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

50 20 20 90

Professor(a) Responsável: Dr. Caio Cesar de Melo Freire


Análise sistêmica de dados biológicos

Fundamentação filosófica da Biologia de Sistemas;

Conceitos básicos em Biologia de Sistemas;

Consequências de uma agenda reducionista;

Geração de dados em larga escala;

Introdução às ferramentas computacionais utilizadas em estudos de biologia

de sistemas;

Estudo de redes biológicas complexas;

Análise sistêmica de dados.


Análise sistêmica de dados biológicos

Fundamentação filosófica da Biologia de Sistemas;

Conceitos básicos em Biologia de Sistemas;

Consequências de uma agenda reducionista;

Geração de dados em larga escala;

Introdução às ferramentas computacionais utilizadas em estudos de biologia de sistemas;

Estudo de redes biológicas complexas;

Análise sistêmica de dados.

Barabasi, Linked: The New Science of Networks, 2002, Perseus Book Group

Soyer,Evolutionary Systems Biology., 2012, Springer

Annolers, Evolutionary Genomics and Systems Biology, 2010, Willey-Blackwell








Disciplina/Turma: GEV419 - Escrita para divulgação científica



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 30 30 90

Professor(a) Responsável: Dra. Patricia Domingues de Freitas


1. Abordagem comparativa entre as escritas; 2. Contextualização teórica da escrita para

divulgação científica;

3. Modos e meios de divulgação científica; 4. Veículos de divulgação: revistas e escopos;

5. Introdução de temas para elaboração de artigos; 6. Discussão de pautas em grupo para

escolha de temas

7. Desenvolvimento e estruturação de temas; 8. Desenvolvimento de títulos e subtítulos

9. Trabalhando com o tema; 10. Decodificando a informação científico-acadêmica

11. Gêneros Textuais; 12. Texto argumentativo-dissertativo e argumentação referenciada

13. Gênero textual entrevista e inclusão de opinião; 14. Modos de linguagem e

direcionamento focal

15. Estruturação visual e inclusão de recursos

16. Desenvolvimento de glossários e diagramas explicativos ‘in box’

17. Escrita, revisão, edição e submissão de artigos

18. Workshop e Seminários


Oliveira, F. (2014) Jornalismo Científico. 3a edição. Editora Contexto, São Paulo, SP.

Rocha, RBSS (2012) Writing practices: Scientific diffusion. Texts in a Portuguese course book.

http://dx.doi.org/10.11606/issn.2236-4242.v25i2p185-201

Bueno, WC (2010) Comunicação Científica e Divulgação Científica: Aproximações e rupturas conceituais.

Inf., Londrina, v. 15, p. 1 - 12.








Disciplina/Turma: GEV501 – Produção de Proteínas Recombinantes

Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular


Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

25 25 40 90

Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes


1- Vantagens em se produzir proteínas recombinantes.

2- Sistemas de expressão bacterianos.

3- Sistemas de expressão em levedura.

4- Sistemas de expressão em células de inseto.

5- Sistemas de expressão em células de mamíferos.

6- Sistemas de expressão em plantas transgênicas.

7- Sistemas de purificação de proteínas recombinantes.


DEKKER, M. Purification and analysis of recombinant proteins.1999. Ramnath

Seetharam (Ed.); Satish K. Sharma (Ed.). New York.

WILEY, VCH. Production of recombinant proteins: novel microbial and eukaryotic

expression systems. 2005. Gerd Gelissen (Ed.). Weinheim.

HARDIN, C. Cloning, gene expression, and protein purification: experimental procedures

and process rationale.2001. New York: Oxford University Press.








Disciplina/Turma: GEV502 - Proteômica



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 20 30 90

Professor(a) Responsável: Dra. Maria Teresa Marques Novo


Introdução à Proteômica;

Preparação de extratos protéicos celulares e subcelulares;

Separação de proteínas por eletroforese bidimensional;

Mapeamento de peptídeos (“Fingerprinting”) e análise da sequência de

proteínas resolvidas por eletroforese em gel;

Fundamentos da cromatografia líquida de fase reversa (RP-HPLC) para a

separação de peptídeos;

Espectrometria de massas: fundamentos e aplicação em proteômica;

Proteômica das modificações pós-traducionais: Fosfoproteômica;

Caracterização de complexos protéicos: interações proteína- proteína,

Protein Arrays;

Discussão de artigos científicos recentes.


Simpson, R. J. Proteins and proteomics, a laboratory manual. Cold Spring Harbor

Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2003.

Westermeier, R. & Naven, T. Proteomics in Practice. A laboratory manual of proteome

analysis. Wiley-VCH, Weinheim, 2002.

Eidhammer et al. Computational Methods for mass spectrometry proteomics. John Wiley

& Sons, 2007.








Disciplina/Turma: GEV503 - Genética Molecular Aplicada À Saúde



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

60 15 15 90

Professor(a) Responsável: Dr. Anderson Ferreira da Cunha


1- Doenças moleculares – definição e diagnóstico; 2- Análise diferencial de

expressão gênica; 3- Análises de expressão Gênica Global; 4- Formas de

análise e seleção de genes candidatos; 5- Métodos de estudo para detecção

de função de genes alvo.


1- WATSON, J. D.; BAKER, T. A.; BELL S. P.; GANN A.; LEVINE M.; LOSICK R.

Biologia Molecular do Gene, 5ª.edição, Editora Artmed, 2006; 2- WATSON, J. D. ;

MYERS, R. M.; CAUDY, A. A.; WITKOWSKI, J. A. DNA recombinante, genes e

genomas, 3ª edição, Editora Artmed, 2008; 3- LEWIN, B. Genes IX , Editora Artmed,

2008.








Disciplina/Turma: GEV504 - Análise da Expressão Gênica



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 30 30 90

Professor(a) Responsável: Dra. Heloisa Sobreiro Selistre de Araujo


Bioinformática aplicada ao estudo da estrutura dos ácidos nucleicos;

Estrutura de proteinas ligantes de ácidos nucleicos; Regulação da expressão

gênica em eucariotos; Métodos de análise da expressão gênica; PCR em

tempo real. Princípios e aplicações; Aplicações dos anticorpos na análise da

expressão gênica; Controle da expressão gênica por miRNA e siRNA;

Análise da expressão gênica em larga escala. Proteomas e transcriptomas;

aula prática de RT-PCR; aula prática de western blotting; seminários;


Lesk, AM. Introdução à Bioinformática, 2ª. edição, 2005, Artmed. Strachan, T e Read,

AP, 2ª. edição, 2002, Artmed. Coletânea de artigos científicos.








Disciplina/Turma: GEV505 - Eventos Epigenéticos Envolvidos na Regulação

de Processos Fisiológicos e Patológicos



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

50 20 20 90

Professor(a) Responsável: Dra. Simone Cristina Méo Niciura


Histórico e conceitos sobre epigenética; Modificações do DNA e estrutura da

cromatina; Modificações pós-traducionais de histonas; RNA não codificantes:

RNAi e microRNA; Genomic imprinting; Técnicas moleculares para avaliação de

modificações epigenéticas; Herança epigenética; Epigenética e evolução; Nutrição e

epigenética; Controle epigenético do desenvolvimento e do envelhecimento;

Desordens de causa epigenética; Implicações da epigenética na biotecnologia;


1) ALLIS, C. D.; JENUWEIN, T.; REINBERG, D.; CAPARROS, M. L. (Ed.). Epigenetics. 1. ed.

New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2007. 502 p. 2) CABEJ, N. R. Epigenetic principles

of evolution. 1. ed. Dumont: Albanet Publishing, 2008. 880 p. 3) CHOI, S. W.; FRISO, S.

Nutrients and epigenetics. 1. ed. Boca Raton: CRC Press, 2009. 258 p. 4) DAVIDSON, E. H.

Genomic regulatory systems: development and evolution. 1a. ed. San Diego: Elsevier Academic

Press, 2001. 261p. 5) DOERFLER, W.; BÖHM, P. DNA methylation: basic mechanisms. 1ª. ed.

Verlag: Springer, 2006. 321p. 6) GILBERT, S. F. Developmental biology. 8ª. ed. Sunderland:

Sinauer Associates, 2006. 817p. 7) JABLONKA, E.; LAMB, M. J. Evolution in four dimensions:

genetic, epigenetic, behavioral, and symbolic variation in the history of life. Cambridge:

Massachusetts Institute of Technology, 2005. 474 p. 8) STILLMAN, B.; STEWART, D.

Regulatory RNAs. 1. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006. 574 p. 9)

TOLLEFSBOL, T. O. Epigenetics protocols. Methods in Molecular Biology, v. 287. 1. ed.

Totowa: Humana Press, 2004. 320 p. 10) TOST, J. Epigenetics. 1. ed. Norfolk: Caister Academic

Press, 2008. 404 p. 11) Artigos científicos atuais, extraídos de periódicos como: Biology of

Reproduction, BMC Developmental Biology, Current Opinion in Genetics & Development,

Developmental Biology, Developmental Cell, Differentiation, Genome Biology, Genomics,

Nature Cell Biology, PNAS.








Disciplina/Turma: GEV506 – Enzimas: Estrutura, Função e Regulação



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

24 - 66 90

Professor(a) Responsável: Dr. Gilberto Moraes


1 - Níveis estruturais das proteínas globulares.

2 - Forças de manutenção das estruturas das proteínas.

3 - Enzimas: papel biológico.

4 - Estrutura e sítios funcionais das enzimas.

5 - Tipos de reações enzimáticas (classificação das enzimas) e mecanismos de reação

enzimática.

6 - Termodinâmica das reações enzimáticas.

7 - Cinética enzimática.

8 - Tipos de inibição enzimática.

9 - Cinéticas de inibição enzimática.

10 - Enzimas reguladoras.

11 - Metodologia para a determinação de atividade enzimática.


Biochemistry by Voet & Voet, 3th Ed.

Lehninger Principles of Biochemistry by David Nelson Michael Cox, 4th Ed.

Enzyme Kinetic and mechanisms by Kenneth Taylor (Kluwer Academic Publishers) 2004

Enzyme kinetics: A modern approach. by A.G. Marangoni (Whiley Interscience)








Disciplina/Turma: GEV507 – BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

24 34 32 90

Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva


1. Histórico da biologia molecular e da biotecnologia.

2. O Dogma Central da Biologia Molecular – um breve resumo.

3. Enzimas utilizadas em biologia molecular.

4. Técnicas básicas de DNA recombinante – visão geral.

5. Clonagem gênica.

6. Genômica e suas extensões.

7. Bibliotecas genômicas e de genes expressos.

8. Sequenciamento de DNA – abordagens clássicas e modernas.

9. Prospecção de genes de interesse biotecnológico.

10. A biologia molecular aplicada ao diagnóstico.

11. Diagnóstico molecular na saúde humana.

12. Diagnóstico molecular na veterinária.

13. Diagnóstico de doenças em plantas.

14. A terapia gênica.

15. A produção em laboratório de moléculas de interesse biotecnológico.


Genômica, Luis Mir (Org), Diversos autores, Editora Atheneu, 2004.

Biotecnologia: Avanços na Agricultura e na Agroindústria, Luciana Serafine, Neiva

Monteiro de Barros e João Lucio de Azevedo (Org), EDUCS, 2002.

Bases Moleculares da Biotecnologia, Ulrich, Colli, Lee Ho, Faria e Trujillo (Org), Editora

Roca, 2008 Genes IX, Benjamin Lewin, Jones and Bartlet Publishers, EUA, 2008.

Artigos científicos atuais, selecionados pelo responsável pela disciplina, relacionados

com cada tema abordado.








Disciplina/Turma: GEV508 - Identificação e Caracterização da Função Gênica



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

45 15 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Iran Malavazi


Uso de ferramentas de análise genética em organismos modelos.

Controle da expressão gênica.

Genética direta e genética reversa.

Conceitos de “screeening genéticos”, supressão gênica (supressores

extragênicos e intragênicos).

“Screenings” de letalidade sintética em leveduras e fungos filamentosos.

Super expressão de genes e “gene dosage” para a busca de fenótipos.

Utilização de genes repórteres, marcadores dominantes e marcadores

auxotróficos. Complementação de genes.

Obtenção de mutantes em organismos modelos visando o silenciamento

gênico - knock out e knock down.

Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-proteína .

Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-DNA.

Técnicas e ferramentas de análise da expressão gênica.


Publicações selecionadas em revistas científicas na área de genética molecular e

caracterização da função gênica em células procarióticas e eucarióticas de forma a cobrir

os tópicos abordados.








Disciplina/Turma: GEV509 - Elementos de transposição e evolução de genomas



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

45 - 45 90

Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo de Marco


1- História da descoberta dos elementos de transposição;

2- Classificação de elementos de transposição;

3- Transposons de DNA;

4- Retroposons;

5- Elementos não autônomos;

6- Evolução de elementos de transposição;

7- Influencia de elementos de transposição na arquitetura de genomas;

8- Controle epigenético de elementos de transposição;

9- Domesticação de elementos de transposição;

10- Relação entre elementos de transposição e doenças humanas;

11- Elementos de transposição e a evolução de organismos.


Leitura de artigos científicos.








Disciplina/Turma: GEV510 - Evolução estrutural, funcional e

engenharia de enzimas



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

50 - 10 90

Professor(a) Responsável: Dr. Vadim Viviani


1- Origem da catálise enzimática; 2- Estrutura e função de proteínas; 3-

Dinâmica de proteínas; 4- Enzimas (Classificação e propriedades); 5-

Cinética; 6- Mecanismos de catálise enzimática; 7- Evolução estrutural e

Funcional de enzimas; 8- Engenharia de Enzimas; 9- Evolução de vias

metabólicas; 10- Aplicação biotecnológica; 11- Metagenoma e screening de

enzimas de interesse biotecnológico.


1- Branden, C. and J. Tooze. Introduction to Protein Structure. SIGMA, 2nd ed. 1999,

410 pp. 2- Voet, D. and Voet J. Bioquímica. Artmed. 3a ed. 2006. 3- Vermelho, B. et at.

Enzimas em Biotecnologia. ed. Interciência.








Disciplina/Turma: GEV511 - Estatística para Genética e Ciências

Associadas



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

90 - - 90

Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz


Estudo de populações e amostras.

Medidas de tendência central e dispersão.

Funções de probabilidade e suas distribuições.

Testes de hipóteses.

Medidas de associação, regressão e correlação.

Análise de variância.


SOKAL, Robert R.; ROHLF, F. James. Biometry: the principles and practice of statistics

in biological research . 3rd ed. New York: W. H. Freeman and Company, 1995. 887 p.

ISBN 0716724111.

ZAR, Jerrold H.,. Biostatistical Analysis. 4th ed. Upper Saddle River, N.J: Prentice Hall,

1999. 1 v. (várias páginas) ISBN 013081542x.

ZOLMAN, JAMES F. BIOSTATISTICS: EXPERIMENTAL DESIGN AND

STATISTICAL INFERENCE. New York: Oxford University Press, 1993.








Disciplina/Turma: GEV512 - Mitocôndria: fertilidade, metabolismo e

herança



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

60 0 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Marcos Roberto Chiaratti


Mitocôndria, características gerais

Genética mitocondrial e herança

Dinâmica mitocondrial

Mitofagia

Bioenergética mitocondrial e doenças do metabolismo

Rerapo de DNA mitocondrial

Doenças mitocondriais

Papel da mitocôndria na fertilidade feminina, diagnóstico e tratamento


NELSON, D.L. & COX, M.M. Lehninger, Principles of biochemistry. 4a ed, Freeman,

2005

SCHEFFLER, I.E. Mitochondria. 2a ed., Wiley, 2007

WALLACE, D.C. & YOULE, R.J. Mitochondria.1a ed., Cold Spring Harbor Perspectives

in Biology, 2014








Disciplina/Turma: GEV513 - Métodos em Biofísica



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

60 - 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Julio Cesar Borges


Métodos em Biofísica.

Termodinâmica aplicada a sistemas biológicos.

Espectroscopia de absorção: Princípios básicos e aplicações na quantificação

de proteínas em solução.

Espectropolarimetria de dicroísmo circular.

Espectroscopia de Fluorescência aplicada a proteínas.

Macromoléculas como partículas hidrodinâmicas.

Eletroforese: princípios e abordagem hidrodinâmica.

Espalhamento dinâmico de luz.

Cromatografia de exclusão molecular.

Ultracentrifugação analítica: principios e aplicações.

Calorimetria de titulação isotérmica.

Calorimetria de varredura diferencial.


Cantor and Schimmel. Biophysical Chemistry, Part II, 1980. Freeman and Company.

Van Holde, K.E.; Johnson, W.C.; Ho, P.S. Principles of Physical Biochemistry, Prentice

Hall, 2006.

Sheehan, D. Physical Biochemistry: Principles and Applications, 2nd Edition, Wiley,

2009.








Disciplina/Turma: GEV514 - Ferramentas utilizadas em técnicas

imunologicas e moleculares na pesquisa



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 20 30 90

Professor(a) Responsável: Dra. Fernanda de Freitas Aníbal


Ferramentas utilizadas em técnicas imunologicas e moleculares na pesquisa

Mecanismos e componentes do sistema imune (defesa inata e adaptativa)

Moléculas do MHC: Função

Mecanismos de ativação dos linfócitos T e Apresentação de antígeno

Citocinas: regulação da resposta imune e terapia?

Anticorpos: funções e aplicações clinicas

Técnica ELISA

Técnica de Citometria de Fluxo

Técnicas Moleculares no diagnóstico e controle de doenças infecciosas


Abbas, AK, AH Lichtman, et al. (2007/08). Cellular and molecular immunology.

Philadelphia, W.B. Ed. Saunders/Elsevier.

Janeway C, Murphy K, Travers P et al. (2010). ImunoBiologia de Janeway. Ed. Artmed.

http://www.nature.com/nri/index.html








Disciplina/Turma: GEV515 - Epidemiologia Molecular aplicada a

estudos de bactérias



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 0 50 90

Professor(a) Responsável: Dra. Ilana Camargo


Técnicas de Epidemiologia Molecular de patógenos bacterianos

Bases genéticas da resistência bacteriana (Genética bacteriana; Mutações

envolvidas em resistência a antibióticos)

Elementos genéticos móveis envolvidos na resistência a antibióticos

(Plasmídeos, Genes cassetes, Transposons, IS )

CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)

Caracterização molecular de elementos genéticos móveis: SCCmec typing e

evolução deStaphylococcus aureus resistentes à

Meticilina (MRSA) e Tn1546 de Enterococcus resistentes a vancomicina

(VRE) e suas variações

Epidemiologia molecular aplicada à detecção de disseminações bacterianas

Técnicas moleculares de tipagem: AFLP: Amplified Fragment Length

Polymorphism/fluorescent

RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism

PFGE: Pulsed-Field Gel Electrophoresis

MLST: Multi-Locus Sequence Typing


Sabat AJ, et al. on behalf of the ESCMID Study Group of Epidemiological Markers (ESGEM). Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance. Euro Surveill. 2013;18(4):pii=20380.

Vale´rie Bouchet, Heather Huot,and Richard Goldstein. Molecular Genetic Basis of Ribotyping. CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Apr. 2008, p. 262–273, doi:10.1128/CMR.00026-07.

Marcos Pérez-Losada, Patricia Cabezas, Eduardo Castro-Nallar, Keith A. Crandall. Pathogen typing in the genomics era: MLST and the future of molecular epidemiology.Infection, Genetics and Evolution. 16 (2013) 38–53.








Disciplina/Turma: GEV516 - Introdução à Espectrometria de massas

(EM)



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

25 20 45 90

Professor(a) Responsável: Dra. Marilia Buzalaf


Técnicas de ionização.

Introdução a EM: conceitos e instrumentação.

Tipos de analizadores de massas.

Tipos de detectores.

EM em Tandem.

Aplicações da EM em campos "ômicos".


Hoffmann, E. & Stroobant, V. Mass Spectrometry: Principles and Applications, 3rd edition, Wiley, John & Sons, 2007 Cutillas, P.R & Timms, J.F. LC-MS/MS in proteomics: methods and applications. Humana Press, 2010

Maleknia, S.D. & Johnson, R. Mass Spectrometry of Amino Acids and Proteins. in: Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.








Disciplina/Turma: GEV517 - Técnicas Físicas Aplicadas Às Áreas

Biológicas, Biotecnológicas e Médicas: Fundamentos Teóricos e

Aplicações



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 10 20 60

Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva e Dra. Leila Maria Beltramini


Apresentar e discutir com alunos, de diferentes áreas, o princípio teórico de técnicas físicas

que atualmente são cada vez mais utilizadas no estudo de aspectos ultra estruturais e

moleculares das áreas de Biologia, Biotecnologia e Médica. 1. Introdução: Sensibilizar os

estudantes mostrando a importância dos estudos da biologia molecular estrutural, da

medicina e biotecnologia na ciência contemporânea. 2. Histórico sobre os estudos da

interação da luz com a matéria: o espectro eletromagnético e sua aplicação nas diferentes

técnicas físicas. 3. O espectro eletromagnético: a) fundamentos e aplicações nas regiões

UV-VIS-IR: desafio laboratorial aos alunos em construir curvas de dosagem de diferentes

compostos utilizando a absorção óptica na região VIS e UV do espectro eletromagnético. 4.

Fluorescência, Fosforescência, fluorofos intrínsecos e extrínsecos. a) explorando

experimentalmente estas propriedades em alguns compostos biológicos, as informações

estruturais fornecidas e os mecanismos de ações que podem ser obtidos destes

experimentos. 5. A Absorção óptica de compostos quirais e a polarimetria: a) dicroísmo

circular (CD), princípio e aplicações; b) CD utilizando Lux Sincroton 6. Técnicas

microscópicas de alta resolução: MO, MF, ME, MCF, MFA, MMF a) conhecer os

diferentes microscópios utilizados em laboratórios de pesquisa, seus fundamentos e

aplicações; 7. Difração, espalhamento e absorção de raios-X e nêutrons aplicados aos

estudos de biomoléculas: a) Cristalografia de proteínas e difração por raios X b)

Espalhamento de raios X e nêutrons c) A utilização da Luz Sincroton: visita ao anel do

LNLS 8. Ressonância magnética nuclear (RMN), Ressonância Paramagnética Eletrônica

(RPE) a) RMN, aplicada ao estudo/interpretação de imagens; b) RMN, RPE, aplicadas ao

estudo de estruturas e interações de (e entre) biomoléculas 9. Ressonância Plasmônica de

Superfície (SPR): principio e aplicações em estudos sobre interações de ligantes com

macromoléculas; 10. Espectrometria de massa a) Analisadores de Massa b) Técnicas de

Ionização


HOLDE, Kensal E. van; JOHNSON, W. Curtis; SHIUNG HO, P. Principles of physical biochemistry. 2nd ed.

Nashua,NH,USA: Prentice Hall, 2005. • CANTOR, Charles R.; SCHIMMEL, Paul R. Biophysical Chemistry. San

Francisco: W. H. Freeman, Última Edição. Disponível para download (sob pagto)

http://www.yourfilezone.com/signup?sf=search_books&ref=4801381&q=cantor%20and%20schimmel%20biophysical







%20chemistry.pdf • CAMPBELL, Iam D.: DWEK, Raymond A. Biological spectroscopy. Menlo Park,Calif.:

Benjamin/Cummings Pub. Co.,1984. • Marcos Nogueira Eberlin e colaboradores, Espectrometria de Massa, disponível

on line http://www.espectrometriademassas.com.br/ • Donald L. Pavia, Gary M. Lampman, George S. Kriz e James R.

Vyvyan, INTRODUÇÃO À ESPECTROSCOPIA. Tradução da 4ª edição norte-americana, 2010. Revisão técnica: Prof.

Paulo Sergio Santos, Instituto de Química - Universidade de São Paulo. • LAKOWICZ, J. R. Principles of Fluorescence

Spectroscopy. New York: Edt. Plenum Publishers, 2.ed. 1999. • B.A. Wallace and R.W. Janes. Modern Techniques for

Circular Dichroism and Synchrotron Radiation Circular Dichroism Spectroscopy. Advances in Biomedical

Spectroscopy – Vol. 1, 2009, ISBN: 978-1-60750-000-1. Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.







Disciplina/Turma: GEV518 - Tecnologias e análise de dados de

Sequenciamento de Nova Geração

Área de Concentração: Optativa


Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 50 10 90

Professor(a) Responsável: Dra. Polyana Cristine Tizioto


1.Introdução à tecnologias de sequenciamento de nova geração(NGS)

2.Aplicações do NGS: sequenciamento de novo, resequenciamento

genômico, sequenciamento de RNA e metagenoma

3.Introdução à análise de dados de sequenciamento de nova geração

4.Introdução ao sistema operacional Linux

5. Mapeamento de sequências (RNA e DNA)

6. Deteção de variantes (RNA e DNA)

7. Reconstrução do transcriptoma e quantificação de transcritos

8. Análise de expressão diferencial e anotação funcional

9.Estudo dirigido


Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken:

Wiley Publishing, 2007. 436 p. --(For Dummies) ISBN 978-0-470-08985-9.

Next-generation sequencing data analysis. Nature Methods, Supplement issue: November

2009 Volume 6, No 11.

Andreas Gogol-Döring, Wei Chen. Next Generation Microarray Bioinformatics :

Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Volume 802, 249-257,

2012.10.1007/978-1-61779-400-1_16.

http://www.springerprotocols.com/BookToc/doi/10.1007/978-1-6177








Disciplina/Turma: GEV519 - Diversidade Microbiana Aplicada a Processos Agrícolas e Biotecnológicos



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

30 15 15 90

Professor(a) Responsável: Dr. Paulo Teixeira Lacava


Biodiversidade Microbiana Caracterização da Microbiota do solo e rizosfera Fixação Biológica de Nitrogênio Microrganismos Endofíticos Fungos Microrrízicos Controle Biológico Microbiano Biolixiviação: Microrganismos e Metais Digestão Anaeróbica e suas Aplicações Ferramentas de Biologia Molecular para Monitoramento Microbiano Métodos Clássicos e Moleculares de Ecologia Microbiana Biorremediação Microbiana


Melo, I.S.; Azevedo, J.L. Microbiologia Ambiental 2 ed. ver. ampl. - Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2008. Marcia do Vale Barreto Figueiredo; Hélio Almeida Burity; Newton Pereira Stamford; Caroline Etienne de Rosália e Santos.Microrganismos e Agrobiodiversidade: o novo desafio para agricultura. 1ed.Guaíba: Agrolivros, 2008 Dinesh K. Maheshwari; Meenu Saraf; Abhinav Aeron. Bacteria in Agrobiology: Crop Productivity. 1ed.Berlin: Springer-Verlag, 2013.








Disciplina/Turma: GEV520 - Análise de expressão gênica em larga escala



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

20 40 30 90

Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo Carneiro Borra


Introdução à Linguagem R; Análise de Transcriptoma utilizando ferramentas do Bioconductor: (http://www.bioconductor.org/) Microarray; Sequenciamento de nova geração; Análise de expressão gênica em larga escala: processamento dos sinais, técnicas de normalização, metodologias para identificação de genes candidatos, técnicas de normalização, assinatura gênica, análise de padrões,convolução de sinal para caracterização de eventos biológicos. Construção de Sistemas Biológicos: matrizes de correlação, modelagem de inter-relações e identificação de Hubs;


Bioestatística usando o R – Apostila de Exemplos para o Biólogo. Colin Robert Beasley – Universidade Federal do Paraná. (http://cran.r-project.org/doc/contrib/Beasley-BioestatisticaUsandoR.pdf) Análise de Microarray usando o R e o Bioconductor - Diógenes Ferreira Filho e Roseli Aparecida Leandro- Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz” (http://www.lce.esalq.usp.br/roseli/TUTORIAL_MICROARRAY.pdf) Schena, Mark. Microarray Analysis. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, c2003. 630 p. ISBN 0-471-41443








Disciplina/Turma: GEV521 - Fundamentos e Métodos na Interação Proteína-Proteína



Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

45 0 45 90

Professor(a) Responsável: Dr. Felipe Roberti Teixeira


1- Reatividade química de aminoácidos e interações em sistemas biológicos. 2-

Estrutura tridimensional e modificações químicas em proteínas. 3-

Ferramentas para validar a interação entre proteínas: - Gene repórter, SDS-PAGE,

espectrometria de massas, interação antígeno-anticorpo: western blot, ELISA,

colocalização - Baseadas em fluorescência e bioluminescência (BiFc, FRET, FRAP,

colocalização, BRET) 4- Métodos bioquímicos para identificação de ligantes

proteicos: -Imunoprecipitação, pull down, TAP (Tandem Affinity Purification) -

Cross-linkers aliado a imunoprecipitação - Microarranjos de proteínas 5- Método

genético para identificação de ligantes proteicos: duplo híbrido. 6- Ferramenta

biofísica para caracterizar a interação entre proteínas: superfície plasmônica de

ressonância. 7- Softwares e bancos de dados públicos utilizados para

enriquecimento funcional e identificação de ligantes proteicos.


Jonathan Crowe and Tony Bradshaw, Chemistry for Biosciences (The essential concepts), 2010, 2nd

edition, OXFORD. Greg T. Hermanson, Bioconjugate Techniques., 2008, 2nd edition, Elsevier. Artigos

científicos utilizando as ferramentas bioquímicas ou genéticas para identificação, validação e caracterização

da interação proteína-proteína.








Disciplina/Turma: GEV160 - Bioinformática

Área de Concentração: Área comum


Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 40 10 90

Professor(a) Responsável: Dra. Patricia Domingues de Freitas


1. Conversando sobre Bioinformática: O que é a Bioinformática?; Histórico:

Quando Surgiu e como se Desenvolveu; Estado da Arte: Como está a

Bioinformática no Brasil e no Mundo; O que um Bioinformata Precisa Saber

; Quem são e onde estão os Bioinformatas?; NAVEGANDO NA

BIOINFORMÁTICA (PRÁTICA) (4h/4h) 2. Bancos de Dados Genômicos e

Alinhamento de Seqüências (4h/4h): Introdução aos Principais Bancos de

Dados Genômicos; Processos de Alinhamento de Seqüências e Principais

Algoritmos Utilizados; Parâmetros de Alinhamentos (Score, E-value,

Matrizes de Comparação/Substituição); ALINHANDO (PRÁTICA) 3.

Montando um Genoma (4h/4h): Processos de Clusterização e

Estabelecimento de Contigs; Algoritmos de Base-calling e Qualidade de

Sequências; Processo de Trimagem via CROSS-MATCH; O “pacote”

PHRED, PHRAP, CONSED; Outras Ferramentas de Clusterização e

Montagem de Genomas; MONTANDO UM GENOMA (PRÁTICA). 4.

Análises in silico (4h/4h): Introdução aos Processos de Descoberta de

Informações; Abordagem de KDD e Data Mining; Prospecção de

Polimorfismos (SNPs, SSRs, RFLPs, etc) e Softwares Utilizados;

Desenhando e Avaliando Primers via Análises ‘in silico’; Conceitos

Teóricos e Práticos sobre Pipelines; MINERANDO (PRÁTICA). 5.

Anotação Genômica (4h/4h): Conceitos e Definição; Anotação de

Seqüências Nucleotídicas e Proteínas; Anotação de Processos e

Estabelecimento de vias Metabólicas; Anotação Realizada; ANOTANDO

(PRÁTICA). 6. As Ômicas (4h/4h): Projetos Genomas, Transcriptomas e os

Metagenomas; Proteômica e Metabolômica, com ênfase às ‘Networks e

Pathways’; Interactoma, Fenomenoma e Fisioma: Uma Abordagem

Sistêmica; Demais ‘Ômicas’. 7. Bioinformática Estrutural (4h/4h): Definição

e Conceitos; Métodos de Raios-X e RMN; Modelagem por Homologia e







Principais Softwares; Modelagem via Algoritmos de Threading e Principais

Softwares; MODELANDO (PRÁTICA). 8. Bioinformática Evolutiva e

Comparativa (4h/4h): Árvores e Topologias (Alegorias); Filogenias x

Genealogias; Métodos de Reconstrução; Principais Softwares e Algoritmos

Utilizados; RECONSTRUINDO A EVOLUÇÃO E PERCORRENDO O

CAMINHO DOS GENES (PRÁTICA). 9. Genética e Computação (4h/4h):

A interação das Áreas; Decodificando os Genomas Através de Algoritmos;

Sistemas Operacionais e o LINUX; Linguagens de Programação: Por quê

PERL?; Pra que usar PHP e HTML? MySQL e Bancos de Dados. 10.

Filosofando (4h/4h): Um pouco de História: Ciência, Genética e

Bioinformática; Discussão e Considerações Finais. 11. Seminários e

Discussão (10h).


1. Arthur M. Lesk (2008) INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA. Artmed, 2a edição,

Porto Alegre, RS, 381pp. 2. Paul G. Young (2003) EXPLORING GENOMES. Web-

based Bioinformatics Tutorials. Freeman and Company, New York, USA, 51pp. 3.

Literatura Especializada: Artigos de Divulgação e Artigos Científicos publicados, em

revistas de divulgação científica e periódicos indexados, respectivamente.







Disciplina/Turma: GEV110/11 - Bioinformática: Fundamentos de Análises em

Nova Geração de Sequenciamento - NGS

Área de Concentração: Área comum


Aulas

Teóricas

Aulas

Práticas

Seminários

Exercícios Total

40 40 10 90

Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes


Biologia Molecular, Genomas, Bioinformática; Introdução ao sistema

operacional Linux; Alinhamento de Sequências, Local e Global; Montagem

de Genomas: Sanger e NGS; Bancos de Dados Biológicos - Anotação de

genes; Análise de Transcriptomas - NGS; Análise de Metagenomas - NGS;

Estudo dirigido; Apresentação de trabalho;


Gibas, Cynthia; Jambeck, Per. Developing bioinformatics computer skills. An

introduction to software tools for biological applications Beijing: O'Reilly, c2001. 427 p.

ISBN 1-56592-664-1.

Bioinformatics: sequence, structure, and databanks: a practical approach. D. Higgins

(Ed.); W. Taylor (Ed.). Oxford: Oxford University Press, c2000. 249 p. -- (The Practical

Approach Series) Notas gerais: e.1 2003; e.2 a 5 2011. ISBN 978-0-19-963790.

Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken:

Wiley Publishing, 2007. 436 p. -- (For Dummies) ISBN 978-0-470-08985-9.



Documents

Caracterização de Disciplina - PPGGEv · Introducion to Conservation Genetics. 2nd Edition. Cambridge University Press. 2 ... Parte I. Temas Recorrentes ... Taxonomia e Filogenia