UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOTECNOLOGIA

Disciplinas e Horário das aulas – 1º Semestre 2020

1. DISCIPLINAS OFERTADAS COM HORÁRIO DEFINIDO

Horário Segunda Terça Quarta Quinta Sexta

8 BIT 781

BIT 768

BIT 758

10 BIT 781 BIT 758

14 BIT 903 BIT 781 BIT 757 BIT 761

BIT 722

BIT 783

16 BIT 903 BIT 781 BIT 783

19-22 BIT 757 BIT 757

-

BIT 768 – Bioinformática I

Professor: Ignez Caracelli

Obrigatória 05 créditos – mestrado/doutorado

BIT 761 – Bases Moleculares do Metabolismo Energético

Professor: Ângela Merice de Oliveira Leal

Optativa 4 créditos – mestrado/doutorado

BIT 757 - Bioética e Biossegurança aplicada em laboratórios multidisciplinares e suas interfaces com a Biotecnologia

Professor: Cristina Paiva de Sousa

Optativa 2 créditos – mestrado/doutorado

BIT 758 – Biotecnologia Ambiental

Professor: Paulo Teixeira Lacava Dra. Andréa Cristina Bogas (Colaboradora)

Optativa 6 créditos – mestrado/doutorado

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BIT 722 – Microbiologia Experimental

Professor: Clóvis Wesley Oliveira de Souza

Optativa 6 créditos – mestrado/doutorado

BIT 783 – Princípios físicos do Ultrassom e Aplicação prática do Ecocardiograma com Doppler

Professor: Meliza Goi Roscani Professor: Ignez Caracelli

Optativa 5 créditos – mestrado/doutorado

BIT 707 – Engenharia de Dispositivos e Materiais Avançados com Aplicações em Biotecnologia (EDMA)

Professor: Fernando Manuel Araújo Moreira

Optativa 6 créditos – mestrado/doutorado

2. DISCIPLINA OFERTADA COM HORÁRIO DEFINIDO EM INGLÊS

BIT 903 - Tópicos Avançados em Bioquímica

Esta disciplina será ministrada em inglês

Professor: Julio Zukerman Schpector

Optativa 5 créditos – mestrado/doutorado

3. DISCIPLINA OFERTADA NA MODALIDADE DE FORMA CONDENSADA

BIT 781 – Embalagem e estabilidade de alimentos

Professor: Henriette Monteiro Cordeiro de Azeredo

Optativa 05 créditos – mestrado/doutorado

Início: 28/abril/2019 Final: 26/maio/2019.

As aulas serão ministradas às 3as. feiras, das 9 h às 12h e das 13h30min às 16h30min. Atenção: Por ser uma disciplina ofertada na forma condensada não pode ser trancada como as disciplinas regulares.

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5. DISCIPLINAS OFERTADAS NA MODALIDADE PESCD* *A MATRICULA SERÁ REALIZADA EM PERÍODO POSTERIOR JUNTO A COORDENAÇÃO.

BIT 702 - Estágio supervisionado de capacitação docente 1

Professores: Qualquer Professor Cadastrado no PPGBiotec pode oferecer a disciplina

Optativa 04 créditos – mestrado As instruções estão descritas na ementa.

BIT 802 - Estágio supervisionado de capacitação docente 1

Professores: Qualquer Professor Cadastrado no PPGBiotec pode oferecer a disciplina

Obrigatória para bolsistas CAPES e optativa para os demais

04 créditos – doutorado

As instruções estão descritas na ementa.

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DISCIPLINAS OBRIGATÓRIAS* PARA ALUNOS INGRESSANTES ATÉ O 2º SEMESTRE DE 2018 BIT 903 - Tópicos Avançados em Bioquímica - Biomoléculas BIT 301 – Seminários I (mestrado) BIT 401 – Seminários II (doutorado) BIT 767 – Da Academia à Startup BIT 768 – Bioinformática I BIT 769 – Bioinformática II BIT 802 –Estágio supervisionado de capacitação docente 2 (obrigatória apenas para bolsistas CAPES) DISCIPLINAS OBRIGATÓRIAS* PARA ALUNOS INGRESSANTES NO 1º SEMESTRE DE 2019 BIT 301 – Seminários I (mestrado) BIT 401 – Seminários II (doutorado) BIT 767 – Da Academia à Startup BIT 768 – Bioinformática I BIT 769 – Bioinformática II BIT 802 – Estágio supervisionado de capacitação docente 2 (obrigatória apenas para bolsistas CAPES) DISCIPLINAS OBRIGATÓRIAS* PARA ALUNOS INGRESSANTES NO 2º SEMESTRE DE 2019 ATIVIDADES BIT 767 – Da Academia à Startup BIT 768 – Bioinformática I BIT 769 – Bioinformática II BIT 802 – Estágio supervisionado de capacitação docente 2 (obrigatória apenas para bolsistas CAPES) Atividades Complementares Obrigatórias – não geram créditos - http://www.ppgbiotec.ufscar.br/links/04NormasComplementaresAtividadesComplementares.pdf

*Não são aceitas matriculas de alunos especiais nas disciplinas obrigatórias.

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Ementas das Disciplinas

BIT 768 - Bioinformática I Professor: Ignez Caracelli 05 créditos (75 horas) – mestrado/doutorado Obrigatória

Ementa:

1. Fundamentos de difração de raio X 2. Estrutura de proteínas primária, secundária, terciária e quaternária 3. Bancos de dados biológicos: PDB, PDBsum, NDB 4. Interações secundárias intra e intermoleculares Estrutura 5. DNA E 6. Estudo de casos baseados em pesquisas nos bancos de dados 7. Uso de visualização 3D 8. Ramachandran plot

Bibliografia Principal: Voet, D.; Voet, J. G.; Pratt, C. W. Fundamentals of biochemistry. Life at the molecular level. 4th, Edition - John Wiley & Sons, Inc. 2013 Moran, L.A.; Horton, H.R.; Scrimgeour K.G.; Perry, M.D. Bioquímica, 5a Ed. 2014. Pearson Education of Brasil. C. Stan Tsai. An introduction to computational Chemistry. John Wiley and Sons, New York, 2002 Artigos científicos Material disponível em www.ignez.com Consulta a bancos de dados PDB, PDBsum, NDB

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BIT 757 - Bioética e Biossegurança aplicada em laboratórios multidisciplinares e suas interfaces com a Biotecnologia

Professor: Cristina Paiva de Sousa 02 créditos – mestrado/doutorado Optativa

Ementa: 1- Nivelamento em Riscos Biológicos, Químicos, Físicos e Biodescartes Seguros 2- Bioética e Biossegurança: Histórico, Príncipios Básicos, Áreas de Abrangência e interface com a Biotecnologia 3- Bioética, Biossegurança e Legislação 4- Planejamento e Adequação Física de Áreas de Risco 5- Agentes Bioativos e Biossegurança: veiculação hídrica, aérea e por fômites 6- Segurança em Instalações Elétricas, Hidráulicas e Equipamentos 7- Bioproteção e Bioterrorismo 8- Biossegurança em locais de risco específico aumentado (Hospitais/Biotérios/Indústrias) 9- Biossegurança em Biotecnologia, Bioimpressão e Organismos Geneticamente Modificados 10- O futuro da Bioética e Biossegurança no Brasil e no Mundo. Bibliografia Principal: 1. Biosafe in Microbiological and Biomedical Laboratorie – 7th Ed., Jonathan Y. Richmond, PhD – Centers for Disease and Control and Prevention – CDC, 5th Edition, 2006. 2. Laboratory Biosafety Manual. Third Edition, WHO – World Health Organization, Genebra, Suica, http://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/Biosafety7.pdf. 3. Fialho ACV, Araújo-Moreira FM, Almeida CL, Ferreira AAP, Sousa, CP. Biossegurança na área de Saúde: uma abordagem interdisciplinar. 1ª ed, EDUFSCar, 2011. 4. Bielecka A, Mohammadi AA. State of the art in Biosafety and Biosecurity in European Countries. Arch Immunol Ther Exp (Warsz) 2014; 62: 169–178. Published online 2014 May 13. doi: 10.1007/s00005-014-0290-1 5. Adler D, Shaul RZ. Disciplining Bioethics: Towards a standard of methodological rigor in Bioethics research. Account Res. 2012 May; 19(3): 187–207. Published online 2012 June 11. doi: 10.1080/08989621.2012.692971

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BIT XXX – Princípios físicos do Ultrassom e Aplicação prática do Ecocardiograma com Doppler

Professor: Meliza Goi Roscani Professor: Ignez Caracelli 06 créditos – mestrado/ doutorado Optativa

Ementa:

1. Princípios físicos do ultrassom 2. Principais técnicas e transdutores de Ultrassom 3. Principais aplicabilidades do ultrassom 4. Ecocardiograma com Doppler - Princípios e aplicabilidade

Bibliografia Principal

Armstrong Ecocardiograma 2012. Feigenbaum's Echocardiography 8TH

William F. Armstrong; Thomas Ryan – Feigenbaum Ecocardiografia – 7ª Edição – Editora Guanabara Koogan – 2012. Silva Suaide Carlos Eduardo. Ecocardiografia - Princípios e Aplicações Clínrevinter, 2ª Edição, 2012. TIPLER, Paul Allen; MOSCA, Gene. Física para cientistas e engenheiros. 6. ed. Rio de Janeiro: LTC, 2012 HALLIDAY, David; RESNICK, Robert; WALKER, Jearl. Fundamentos de física: Volumes 2 e 4. 9. ed. Rio de Janeiro: LTC, 2012.

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BIT 758 – Biotecnologia Ambiental Professor: Paulo Teixeira Lacava 06 créditos – mestrado/ doutorado Optativa

Ementa: 1. Biodiversidade Microbiana - Potencial Biotecnológico 2. Caracterização da microbiota do Solo e rizosfera – 3. Biotecnologia da Fixação Biológica do Nitrogênio 4. Biotecnologia de Microrganismos Endofíticos 5. Biotecnologia de fungos Micorrízicos 6. Controle biológico microbiano – 7. Biolixiviação: bactérias e metais 8. Digestão anaeróbica e suas aplicações 9. Ferramentas de biologia molecular para monitoramento ambiental microbiano 10. Métodos clássicos e moleculares de ecologia microbiana

Bibliografia Principal MELO, I.S.; AZAVEDO, J.L. Microbiologia Ambiental. 2 ed. rev.ampl. - Jaguariuna: Embrapa Meio Ambiente, 2008 ZEHNDER, A.J.B. Biology of Anaerobic Microoganisms. Joh Wiley and Sons Inc., Publications, 1988. bacterial Metabolism G. Gottschalk. Springer-Verlag, 1988. - REDDY, C.A. et. al. Methods for general and molecular microbiology. 3 ed. ASM, 2007

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BIT 722 – Microbiologia Experimental Professor: Clóvis Wesley Oliveira de Souza 06 créditos – mestrado/ doutorado Optativa

Ementa: 1. Princípios de boas práticas de laboratório 2. Microscopia e técnicas de coloração 3. Nutrição e meios de cultura 4. Medidas de crescimento e quantificação de microrganimos 5. Técnicas de enriquecimento e isolamento 6. Preservação de culturas 7. Controle do crescimento microbiano 8. Ferramentas de Biologia Molecular – Diversidade Microbiana 9. Microbiologia aplicada

9.1. Atividade bioquímica de microrganismos e isolamento de microrganismos produtores de exoenzimas 9.2. Isolamento de microrganismos produtores de antimicrobianos 9.3. Testes de avaliação de substâncias antimicrobianas

Bibliografia Principal 1. CAPPUCCINO, J.G.;SHERMAN, N. Microbiology: a laboratory manual. 6 ed, Benjamin

Cummings, 2002 2. REDDY, C.A. et al. Methods for general and molecular microbiology. 3 ed. ASM, 2007 3. TORTORA, G.J.; FUNKE, B.R.; CASE,C.L. Microbiologia. 8 ed. Artmed, 2005

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BIT 707 – Engenharia de Dispositivos e Materiais Avançados com Aplicações em Biotecnologia

Professor: Fernando Manuel Araújo Moreira 06 créditos – mestrado/ doutorado Optativa

Ementa:

1. Introdução à Física Moderna e à Física Quântica. 2. Conceitos Fundamentais em Estado Sólido. 3. Materiais Metálicos, Poliméricos, Cerâmicos e Compósitos; Aplicações em Biotecnologia 4. Propriedades e Aplicações de Materiais Magnéticos; Spintrônica; Aplicações em Biotecnologia 5. Propriedades e Aplicações de Materiais Semicondutores; Chips; Quantum dots; Aplicações em Biotecnologia 6. Propriedades e Aplicações de Materiais Supercondutores; Efeito Josephson; sensores e detectores supercondutores. 7. Princípios e aplicações de Sensores, Detectores e Atuadores Multifunção; Biossensores e Biodetectores 8. Magnetismo em Sistemas Orgânicos; Aplicações em Biotecnologia 9. Princípios e Aplicações da Nanotecnologia e Nanobiotecnologia; nanoreatores; nanomotores e nanogeradores moleculares; genechips e biochips; nanofios Inorgânicos; nanotubos de carbono (CNTs); aplicações em nanoeletronica; nanopartículas; dendrimeros; nanobiomagnetismo; Aplicações em Biotecnologia 10. Materiais e dispositivos para energia renovável; energia solar; energia eólica; biomassa; biocombustíveis; células combustível; fusão atômica; Aplicações em Biotecnologia

Bibliografia Principal R. Resnick and R. M. Eisberg; Física Quântica; (2005) Ed. Campus L. J. Blum and P. R. Coulet; Biosensor Principles and Applications; (1991) Marcel Dekker Ed. W. Göpel, J. Hesse, and J. N. Zemel; Sensors; (1995) VCH Ed. - U. E. Spichiger-Keller; Chemical Sensors and Biosensors for Medical and Biological App.; (1998) Verlag. A. Cunningham; Introduction to Bioanalyitical Sensors; (1998) John Wiley & Sons. J. F. Shackelfor; Introduction to Material Science for Engineers; 4th Edition; (1996) Prentice Hall Ed. W. D. Callister, Jr.; Materials Science and Engineering; 4th Edition; (1997) John Wiley & Sons Ed. P. A. Tipler; Física Moderna; (1978) Ed. Guanabara Dois. G. Ozin and A. Arsenault; Nanochemistry; (2005) RSC Publishing

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BIT 758 – Biotecnologia Ambiental Professor: Paulo Teixeira Lacava 06 créditos – mestrado/ doutorado Optativa

Ementa: 11. Biodiversidade Microbiana - Potencial Biotecnológico 12. Caracterização da microbiota do Solo e rizosfera – 13. Biotecnologia da Fixação Biológica do Nitrogênio 14. Biotecnologia de Microrganismos Endofíticos 15. Biotecnologia de fungos Micorrízicos 16. Controle biológico microbiano – 17. Biolixiviação: bactérias e metais 18. Digestão anaeróbica e suas aplicações 19. Ferramentas de biologia molecular para monitoramento ambiental microbiano 20. Métodos clássicos e moleculares de ecologia microbiana

Bibliografia Principal MELO, I.S.; AZAVEDO, J.L. Microbiologia Ambiental. 2 ed. rev.ampl. - Jaguariuna: Embrapa Meio Ambiente, 2008 ZEHNDER, A.J.B. Biology of Anaerobic Microoganisms. Joh Wiley and Sons Inc., Publications, 1988. bacterial Metabolism G. Gottschalk. Springer-Verlag, 1988. - REDDY, C.A. et. al. Methods for general and molecular microbiology. 3 ed. ASM, 2007

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BIT 781 – Embalagem e estabilidade de alimentos Professor: Henriette Monteiro Cordeiro de Azeredo 05 créditos – mestrado/ doutorado Optativa

Ementa: 1. Alterações microbiológicas em alimentos 2. Alterações químicas em alimentos 3. Alterações físicas em alimentos 4. Interações embalagem × alimento × ambiente (permeação, migração, sorção) 5. Embalagens convencionais (vidro, metálicas, celulósicas, plásticas) – Estruturas e

propriedades gerais 6. Embalagens ativas e inteligentes 7. Embalagens biodegradáveis e comestíveis 8. Nanotecnologia aplicada a embalagem de alimentos

Bibliografia Principal 1- AZEREDO, H.M.C. (Org.). Fundamentos de estabilidade de alimentos. 2 ed. Embrapa Agroindústria Tropical. ISBN: 978-85-7035-121-0. 2012. 328 p. 2- GRUMEZESCU, A., HOLBAN, A.M. (Ed.) Food packaging and preservation. Elsevier. ISBN: 978-0-12811-265-6. 2017. 3- KILCAST, D., SUBRAMANIAM, P. (Ed.) Food and beverage stability and shelf life. Woodhead Publishing. ISBN: 978-1-84569-701-3. 2011.