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Supplementary material

SupplementalmaterialAppendix1:Studiesincludedintheindexofdefaunationanalyses.

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Appendix2.Pathmodelanalysis

Weusedd-separationprocedure(Shipley2000a)tovalidate/rejectthemodelsbyevaluating

theindependencerelationshipsbetweenthevariablesineachpathmodel.Thisprocedureis

basedonthegraphtheoreticnotionofdirectedseparation(d-separation)ofdirectedacyclic

graphs(DAGs),andhasbeenusedinecologicalandevolutionaryresearch(Hardenbergand

Gonzalez-Voyer2013, Lefcheck2016).Dependingon themodel that isbeing tested there

are a certain number of independent relationships that must be observed to make this

modelvalid,whichiscalledbasisset(Shipley2013).Toobtainthebasissetthefirststepis

tolistallpairsofvariableslackinganarrowbetweenthem.Thenumberofpairsofvariables

thatdonothaveanarrowbetweenthem, i.e. independencerelationships (k) in thebasis

set,isalwaysequalto

𝑘 =𝑝!

2 𝑝 − 2 !− 𝑎

wherepisthenumberofvariablesinthemodelandaisthenumberofcausallinks(arrows)

betweenthem(Shipley2000b).Foreachindependencetest inthebasisset,weevaluated

the independencerelationshipsbyusingpartialcorrelationtocontrol fortheeffectsofall

variables with direct ascendancy on both variables included in the independence

relationship. To validate the entire pathmodel we employed Fisher’s test for composite

probabilities(SokalandRohlf1995),calledCstatisticsby(Shipley2000b),whichis

𝐶 = −2 ln𝑃!

!

!!!

wherekisthenumberofindependencerelationships,Piistheprobabilityresultingfromthe

partialmultipleregressiontestfortheindependencerelationshipi.TheCstatisticsfollowsa

chi-squaredistributionwith2kdegreesoffreedomandthecorrespondingPvaluewasused

to validate/reject the path model (Shipley 2000b). The null hypothesis was that the

independence relationships postulated in the model are valid, i.e. a P value below

determined threshold (<0.05) would indicate that the independence assumptions of the

basissetarefalse,andthusthemodelshouldberejected.

FigureA1.Speciesrichnessderivedfromgeographicrangemapsof33speciesofmediumandlargemammals(Carnivora,with23species;Artiodactyla,withninespecies;andPerissodactyla,withonespecies).Thesewereusedtoinferthepotentialcompositionofmammalsforeachsamplingsite.AllshapefilesweredownloadedattheIUCNRedListwebsite(www.redlist.org).

Species richness

- 80 - 70 - 60 - 50 - 40 - 30

- 50

- 40

- 30

- 20

- 10

0

10

FigureA2.Defaunationindexmapof33speciesofmediumandlargemammals(Carnivora,with23species;Artiodactyla,withninespecies;andPerissodactyla,withonespecies)usedtoinferthedegreeofdefaunationofmediumandlargemammalsforeachsamplingsite.DefaunationIndexrangedfrom0(non-defaunatedsites)to1(whichindicatesacompleteddefaunatedsite)(GiacominiandGaletti2013).

FigureA3.Linearcorrelationvaluesbetweentraits;(a)bodymass,(b)taillength,(c)vertebrates,(d)invertebrates,(e)fruits,(f)seeds-nuts-grain,(g)grass,(h)leaves-branch-and-bark-stem,(i)roots-and-tubers,(j)fossorial,(k)terrestrial,(l)arboreal,(m)aquatic,(n)crepuscular,(o)diurnal,(p)nocturnal.

FigureA4.Standardizedrepresentationofstructuralequationmodels(SEM).Boxeswithwordingrepresentmeasuredvariables.Arrowsrepresentunidirectionalrelationshipsamongvariables.Panela)representstheDirectModel(Phylogeneticdiversity(PD)–>Functionaldiversity(FD)):TheestablishmentofallpossibleandplausiblecausalconnectionsbetweenvariablesandaconnectionofPDtoFD;b)representstheIndirectModel:AllconnectionsbetweenvariablesconnectfirsttoSpeciesdiversity(SD)whichthenconnectstoPDandFDandc)representstheDirect+Indirectmodel(PD–>FD):allvariablesconnecttoSD,PDandFD,withSDconnectedtoPDandFDandPDconnectedtoFD.

FigureA5.Pathmodelshowingthefulldirectandindirectsaturatedmodel,withallvariablesbeingconnectedbyacausalrelationship,hererepresentedbythearrow.

FigureA6.ThehypotheticalmodelshowingtheeffectoffactorWonZ.ThedirecteffectwasobtainedbythedirectpathbetweenWandZ,representedbyarrowa.TheIndirecteffectisobtainedbytheproductofthepathcoefficientsonthesequenceofarrowsthatleadfromavariabletoanotherone.Sincewemighthavemorethanonepathconnectingtwovariables,wecomputedtheoverallindirecteffectalongallpaths,bythesumofalltheindirecteffectsalongallpathsbetweentwovariables.Theneteffectwasthenthesumofthedirectandtheoverallindirecteffect.

FigureA7.ThespatialautocorrelationpresentintherawdataandintheresidualsofthelinearmodelsbylookingattheMoran’scorrelogram.

SD ForCov

res ForCov

res Def

Def

res PD

PD

res FD

FD

res SD

FigureA8.Occurrenceofnon-volantsmallmammalspeciespersiteinAtlanticforest.Orangesquaresaremarsupialsandbluecirclesarerodents.ThespecieswiththehigherfrequencyofoccurrenceonassemblageswerewidelydistributedintheAtlanticforestandwerenotforestdependent:DidelphisauritafollowedbyOligoryzomysnigripes,Marmosopsincanus,AkodonmontensisandNectomyssquamipes.Thespecieswiththelowerfrequencyofoccurrenceweredependentonforesttype:WilfredomysoenaxfollowedbyTrinomysiheringi,RhagomysrufescensandPseudoryzomyssimplex.

FigureA9.ThephylogenetictreebasedonCytochromeBsequencesof95speciesthatpresentsequencesavailableonNationalCenterforBiotechnologyInformation.Approacheswerebasedonpairwisedistanceusingthemaximumlikelihoodmethodwith500bootstrapreplicationsassumingGammadistributedwithinvariantsitesandverystrongbranchswapfilter.Forrodents,thephylogenetictreeregardsspeciesfromfiveFamily:Cricetidae,Muridae(exoticspecies),Echimyidae,CtenomyidaeandCaviidae.Formarsupials,thephylogenetictreehasonlyspeciesfromtheFamilyDidelphidae.

FigureA10.Phylogeneticandfunctionaldiversityvaluesforsmallmammalassemblage(bluedots)oftheAtlanticforest,Brazil.Assemblageswithlowestvaluesofphylogeneticandfunctionaldiversityarenumberedto1to12.Assemblageswithhighestvaluesofphylogeneticandfunctionaldiversityarenumberedto13to24.1-Anthropogenicarea,LagoadaPorteira,Marcelinafarm,RS;2-Capoeira,RioCachoeiraNaturalReserve,Antonina,PR;3-Anthropogenicarea,VoltaGrandeunit,ConceiçãodasAlagoas;4-Anthropogenicarea,SamarcoMineraçãoS.A.,Anchieta,ES;5-Restingawood,LagoadoPotreirinho,DuasLagoasfarm,RS;6-Nativefragment,RioPretofarm,SilvaJardim,RJ;7-Nativefragment,NaturezaPró-Mata,SãoFranciscodePaula,RS;8-Anthropogenicarea,LarNazaré,Lami,Viamão,RS;9-Xangôforest,CentrodeEndemismodePernambuco,PE;10-Restingawood,LagoadaPorteira,Marcelinafarm,RS;11-Capoeirinhafieds,SamarcoMineraçãoS.A.,Anchieta,ES;12-Nativefragment,LarNazaré,Lami,Viamão,RS;13-Nativeforest,SantaLúciaBiologicalStation,SantaTeresa,ES;14-Nativeforest,PorteiraVerde,Sumidouro,RJ;15-Nativeforest,PamparrãoValley,Sumidouro,RS;16-Nativeforest,ChapadadasPerdizes,Minduri-Carrancas,MG;17-Nativeforest,RioMacacuwatershed,Guapimirim,RJ;18-Nativeforest,Perobas,Viana'smunicipality,ES;19-Nativeforest,CentrodeEndemismodePernambuco,PE;20-Forestmosaic,Campus"LuizdeQueiroz",Piracicaba,SP;21-Nativeforest,SãoVicenteFérrermunicipality,SP;22-Nativeforest,Itapevi'smunicipality,SP;23-Nativeforest,SerradaBodoquenaNationalPark,MS;24-Nativeforest,Pedreira'smunicipality,SP.

Phyl

ogen

etic

div

ersi

ty

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

0,8

0,9

4

3

5

2 69

10

11

7 8

121

13

1415

17 18

19

16 2322

2120

24

0,00 0,02 0,04 0,06 0,08 0,10 0,12 0,14 0,16 0,18Functional diversity

TableA1.Speciesofmediumandlargemammalsused(Carnivora,with23species;Artiodactyla,withninespecies;andPerissodactyla,withonespecies)toinferthepotentialcompositionofmammalsforeachsamplingsite.Order Species

Carnivora

Cerdocyonthous

Chrysocyonbrachyurus

Conepatuschinga

Conepatussemistriatus

Eirabarbara

Galictiscuja

Galictisvittata

Leoparduscolocolo

Leopardusgeoffroyi

Leoparduspardalis

Leopardustigrinus

Leoparduswiedii

Lontralongicaudis

Nasuanasua

Pantheraonca

Potosflavus

Procyoncancrivorus

Pseudalopexgymnocercus

Pseudalopexvetulus

Pteronurabrasiliensis

Pumaconcolor

Herpailurusyagouaroundi

Speothosvenaticus

Artiodactyla

Blastocerusdichotomus

Mazamaamericana

Mazamabororo

Mazamagouazoubira

Mazamanana

Mazamanemorivaga

Ozotocerosbezoarticus

Pecaritajacu

Tayassupecari

Perissodactyla Tapirusterrestris

TableA2.TheCstatisticvalues,degreesoffreedom(df)andPvalueforpathmodelsthathadonepathremovedfromthesaturatedreferencepathmodel(seeFig.S1fordetailsofthesaturatedpathmodel).Thebestmodel,i.e.themodelwiththesmallestFisher’sCstatisticvalueandthehighestPvalueisconsideredthebestpathmodel.Pathremovedfromsaturatedmodel

ModeladjustmentmeasuresC*statistic df Pvalue†

8 0.2 2 0.90313 0.79 2 0.6749 3.79 2 0.1507 4.69 2 0.0965 5.76 2 0.0564 5.84 2 0.0542 7.15 2 0.02811 8.39 2 0.01510 8.75 2 0.01312 11.5 2 0.00315 11.54 2 0.0033 19.38 2 0.0001 55.77 2 0.00014 57.12 2 0.0006 242.7 2 0.000*TheCstatisticfollowsthechi-squaredistribution.†Nullhypothesisassumesthevalidityofthecausalmodel.TableA3.Varianceofmarginal(fixed)andconditional(Fixed+Random)pathanalysesinmixedmodels. Marginal(Fixed) Conditional(Fixed+Random)Phylogeneticdiversity 0.55 0.70Functionaldiversity 0.30 0.36Speciesdiversity 0.09 0.36Defaunation 0.18 0.28Forestcover 0.03 0.12

TableA4.Speciescompositionofthe12assemblageswiththehighestfunctionalandphylogeneticdiversityofthe283Atlanticforestsitesanalyzed.

SpeciesSitenumber* Occurrence

insites13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24

Akodoncursor 1 1 1

1 1 1

1

7

Akodonmontensis

1

1

1 1 4

Bibimyslabiosus 1 1

Calomyscallosus

1

1

Calomystener

1

1

1 3

Caluromyslanatus 1 1

Caluromysphilander 1

1

2

Caviaaperea

1

1

2

Caviafulgida 1 1

Cerradomyslangguthi

1

1

Cerradomysscotti

1

1

Cerradomyssubflavus 1 1 1 3

Delomysdorsalis 1

1

Didelphisalbiventris

1

1 1 1

1 1 6

Didelphisaurita 1 1 1 1 1 1 1 1 8

Euryoryzomysrussatus 1

1 1 1

4

Euryzygomatomysspinosus

1 1

1

3

Galeaspixii 1 1

Gracilinanusmicrotarsus 1

1 2

Holochilussciureus

1

1

Hylaeamysmegacephalus 1 1

Juliomysrimofrons

1

1

Kannabateomysamblyonyx 1

1

Lutreolinacrassicaudata 1 1 2

Marmosamurina 1

1

1

3

Marmosopsincanus 1

1 1 1

1

5

Metachirusnudicaudatus 1 1 1 1 4

Marmosademerarae 1

1

1

3

Monodelphisamericana

1

1

Monodelphisdomestica 1 1 1 1 1 5

Monodelphisiheringi

1

1

Monodelphissorex

1 1

Musmusculus 1 1

Necromyslasiurus

1 1 1

1 1

1 6

Nectomyssquamipes 1 1 1

1 1 1

1

1 1 9

Oecomyscatherinae 1 1 1 1 1 5

Oligoryzomysflavescens

1 1

Oligoryzomysnigripes 1 1 1 1

1

1

1 1 1 9

Oxymycterusdasytrichus 1 1

Oxymycterusdelator

1

1

Oxymycterusjudex 1 1 2

Oxymycterusnasutus

1

1

Philanderfrenatus 1 1 1

3

Phyllomysbrasiliensis 1 1 2

Phyllomyspattoni 1

1

2

Rattusnorvegicus

1

1

Rattusrattus 1 1 1 1 1 1 1 7

Rhipidomysmastacalis 1

1

2

Sooretamysangouya

1

1

2

Thaptomysnigrita 1 1 2

Thrichomyslaurentius

1

1

Thrichomyspachyurus

1

1

Thylamysmacrurus 1 1

Thylamysvelutinus

1

1

Trinomysdimidiatus

1

1

Trinomyssetosus 1 1 1 3

Species-richpersite 23 13 11 15 10 11 13 6 9 11 12 12

*Sitenumber:13-Nativeforest,SantaLúciaBiologicalStation,SantaTeresa,ES;14-Nativeforest,PorteiraVerde,Sumidouro,RJ;15-Nativeforest,PamparrãoValley,Sumidouro,RS;16-Nativeforest,ChapadadasPerdizes,Minduri-Carrancas,MG;17-Nativeforest,RioMacacuwatershed,Guapimirim,RJ;18-Nativeforest,Perobas,Viana'smunicipality,ES;19-Nativeforest,CentrodeEndemismodePernambuco,PE;20-Forestmosaic,Campus"LuizdeQueiroz",Piracicaba,SP;21-Nativeforest,SãoVicenteFérrermunicipality,SP;22-Nativeforest,Itapevi'smunicipality,SP;23-Nativeforest,SerradaBodoquenaNationalPark,MS;24-Nativeforest,Pedreira'smunicipality,SP.

TableA5.Speciescompositionofthe12assemblageswiththelowestfunctionalandphylogeneticdiversityofthe283Atlanticforestsitesanalyzed.

SpeciesSitenumber* Occurrence

insites1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

Akodoncursor

1

1

Akodonmontensis

1 1

2

Calomyslaucha 1

1

Calomystener

1

1

Didelphisalbiventris

1 1

2

Didelphisaurita

1

1

2

Marmosamurina

1

1

2

Marmosademerarae

1

1

1

3

Musmusculus

1

1

Necromyslasiurus

1

1

Oligoryzomysnigripes

1

1

1 1

1

1 6

Philanderfrenatus

1

1

2

Sooretamysangouya

1 1

Species-richpersite 1 2 2 1 2 2 2 2 3 2 4 2*Sitenumber:1-Anthropogenicarea,LagoadaPorteira,Marcelinafarm,RS;2-Capoeira,

RioCachoeiraNaturalReserve,Antonina,PR;3-Anthropogenicarea,VoltaGrandeunit,ConceiçãodasAlagoas;4-Anthropogenicarea,SamarcoMineraçãoS.A.,Anchieta,ES;5-Restingawood,LagoadoPotreirinho,DuasLagoasfarm,RS;6-Nativefragment,RioPretofarm,SilvaJardim,RJ;7-Nativefragment,NaturezaPró-Mata,SãoFranciscodePaula,RS;8-Anthropogenicarea,LarNazaré,Lami,Viamão,RS;9-Xangôforest,CentrodeEndemismodePernambuco,PE;10-Restingawood,LagoadaPorteira,Marcelinafarm,RS;11-Capoeirinhafieds,SamarcoMineraçãoS.A.,Anchieta,ES;12-Nativefragment,LarNazaré,Lami,Viamão,RS.

TableA6.Thedirect,indirectandneteffectsvaluesforeachpathcoefficientsonthesequenceofarrowsthatleadfromavariabletoanotherone.

From OnEffects

Direct Indirect Net

Forestpatchsize ForestCover 0,170 - 0,170

Forestpatchsize Defaunation 0,420 - 0,420

Forestpatchsize Speciesdiversity 0,180 0,001 0,181

Forestpatchsize Phylogeneticdiversity 0,050 0,190 0,240

Forestpatchsize Functionaldiversity 0,120 0,170 0,290

ForestCover Defaunation 0,020 - 0,020

ForestCover Speciesdiversity 0,130 0,003 0,133

ForestCover Phylogeneticdiversity - 0,097 0,097

ForestCover Functionaldiversity -0,090 0,039 -0,051

Defaunation Speciesdiversity 0,140 - 0,140

Defaunation Phylogeneticdiversity -0,070 0,102 0,032

Defaunation Functionaldiversity -0,230 0,144 -0,086

Speciesdiversity Phylogeneticdiversity 0,730 - 0,730

Speciesdiversity Functionaldiversity -0,200 -0,146 -0,346

Phylogeneticdiversity Functionaldiversity 0,680 - 0,680

References

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