Estimação de Parâmetros Genéticos - fcav.unesp.br · •COM Exemplo 2 - comentário •ANAL MUV 2 - tipo de análise •PEDS pedigree.txt - nome do arquivo de pedigree •DATA

Estimação de Parâmetros Genéticos

Disciplina: Melhoramento Genético Animal

Fabio José Gomes

Tássia Bertipaglia

EAGMA – Estatística Aplicada à Genética e ao Melhoramento AnimalUnesp - Jaboticabal

Genética

• Dominância Completa• Cor de pelagem da raça Angus

• Dominância Incompleta• Cor das pétalas da boca de leão

• Codominância• Cor da pelagem da raça Shorthorn

• Sobredominância• Tipo sanguíneo de Coelhos

• Epistasia• Pelagem de equinos

04/11/2014 Fabio José Gomes, Tássia Bertipaglia 2

Locus único

• Quando apenas um gene afeta o fenótipo• Cor da pelagem da raça Angus

• Cor da pelagem da raça Shorthorn

• Hipertrofia muscular

• Chifres

Preto Vermelho

Pelagem Angus

Vermelho Ruão Branco

Pelagem Shorthorn


Poligênico

• Ganho de peso

• Crescimento

• Produção de leite

0 0,5 1 1,5 2 2,5 3

Curva de lactação


Melhoramento Genético Animal

• Características de interesse

• Variabilidade genética

• Fundamentos de genética quantitativa e de populações


Fundamentos de Genética

• Variabilidade Genética• Fundamental – Indivíduos superiores

• Genética Quantitativa• Efeitos dos alelos, valores genéticos, resposta à seleção

• Genética de Populações• Estrutura genética das populações


Equilíbrio de Hardy-Weinberg (HW)

• Populações muito grandes, com acasalamento ao acaso, sem seleção, mutação e migração

FêmeaMacho A a

A AA Aa

a Aa aa


Melhoramento Genético

• Quebra do equilíbrio de HW• Aumento da frequência dos alelos desejáveis

AA AA AA

AA AA AA

AA AA AA

AA AA AA

AA AA AA

AA AA Aa

Aa Aa Aa

Aa aa aa






Variância Fenotípica

Variância Genética Variância Ambiental

Variância AmbientalVariância Aditiva

Variância Dominância

Variância Epistasia


y = a + bxy = µ + βx + ε


• Efeitos Fixos• Os níveis do fator são fixados (escolhidos) pelo pesquisador.

• Efeitos Aleatórios• Os níveis do fator é uma amostra aleatória da população dos

• possíveis níveis.


• Modelo linear

• y = média + efeito + resíduo

• Modelo misto

• y = média + efeitos fixos + efeitos aleatórios + resíduo

• y = µ + Xβ + Zα + ε

• y = µ + Xβ + (Zα+A-1λ) + ε


Efeito aleatório – Valor genético aditivo

1 5 10

2 6 7

3 9 11

4 8

Animal Pai Mãe

1 0 0

2 0 0

3 0 0

4 0 0

5 1 2

6 3 2

7 9 5

8 1 4

9 3 4

10 3 5

11 9 6



• Arquivo de pedigree


Modelos_Mistos/Ex1/pedigree.txt



• Arquivo de dados


Modelos_Mistos/Ex1/dados.txt


• Manual Wombat

• Informações sobre os cartões de parâmetros

• Sobre os arquivos de saída das informações

• Metodologias utilizadas


Modelos_Mistos/Material estudos/Wombat Manual.pdf

Exemplo 1


• Colocar na mesma pasta (c:/wombat/ex1)

• Arquivo do programa Wombat

• (wombat.exe)

• Arquivo de parâmetros (wombat.par)

• Arquivo de dados (dados.txt)

• Arquivo de pedigree (pedigree.txt)


• COM Exemplo 1 - comentário

• AN UNI - Tipo de análise

• PEDS pedigree.txt - arquivo de pedigree

• DATA dados.txt - arquivo de dados

• Animal - coluna com ID dos indivíduos

• Sire - coluna com ID dos pais

• Dam - coluna com ID das mães

• fixeff 9 - coluna com o efeito fixo

• Record - coluna com a característica Arquivo Wombat• END

• MODEL - especificar modelo

• RAN animal NRM - construir a Matriz A (parentesco)

• FIX fixeff - construir a Matriz X (efeitos fixos)

• TR record - construir o vetor y (características)

• END

• VAR animal 1 - VARIÂNCIA ADITIVA “chute inicial”

• 60

• VAR error 1 - VARIÂNCIA RESIDUAL “chute inicial”

• 40


Modelos_Mistos/Ex1/wombat.par

• Prompt comando:

• Windows 7 ou inferior: Iniciar / Digitar CMD

• Windows 8: e selecionar Command

• Prompt

• cd\ ------------------ vai direto para a raiz C:\

• cd wombat\ex1-----mudar o dir para pasta

• definida

• C:\wombat\ex1

• wombat


Exemplo 2


• Colocar na mesma pasta (c:/wombat/ex2)

• Arquivo do programa Wombat

• (wombat.exe)

• Arquivo de parâmetros (wombat.par)

• Arquivo de dados (dados.txt)

• Arquivo de pedigree (pedigree.txt)


• COM Exemplo 2 - comentário

• ANAL MUV 2 - tipo de análise

• PEDS pedigree.txt - nome do arquivo de pedigree

• DATA dados.txt GRP - nome do arquivo de dados• TRNOS 2• animal• pai• mae• geracao 4• sexo 2• littersize 10• litterno 55• NAM weight fintake

• END


• MODEL - especificar modelo• FIX geração• FIX sexo• FIX littersize• RAN animal NRM• RAN• TRAIT weight 1• TRAIT fintake 2

• END

• VAR animal 2 2 - VARIÂNCIA ADITIVA “chute inicial”

• 4.9 1.0

• 6.0

• VAR residual 2 2 - VARIÂNCIA RESIDUAL a “chute inicial”

• 1.7 1.0

• 12.6


• Prompt comando:

• Windows 7 ou inferior: Iniciar / Digitar CMD

• Windows 8: e selecionar Command

• Prompt

• cd\ ------------------ vai direto para a raiz C:\

• cd wombat\ex1-----mudar o dir para pasta

• definida

• C:\wombat\ex1

• wombat


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