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Evolução Molecular
O estudo da história dos organismos através das macromoléculas...
Ciências Históricas Análise de documentos
Perda pela ação do tempo Perda por acidentes ou ações criminosas
O historiador deve ser capaz de reunir a documentação disponível e tentar reconstruir um evento a partir dela
Novas evidências Corroboram a história Modificam a interpretação
Evolução Alteração das freqüências gênicas
Evolução Ciência Histórica Documentos
Organismos fósseis Caracteres morfológicos Datação
Organismos atuais Caracteres Morfológicos
Aspectos comportamentais
Fisiologia Moléculas
Morfologia Primeira ferramenta
utilizada Propiciou grandes
descobertas Permite o estudo dos fósseis
Grande influência do ambiente Desenvolvimento História de vida Plasticidade fenotípica
Seleção Natural Convergência evolutiva
Moléculas Não sofrem necessariamente a
ação do ambiente A variação é considerada neutra
Mecanismos de modificação bem conhecidos pela genética molecular Replicação do DNA Mutações Mecanismos de reparo
Análise estatística e probabilística
Alguns conceitos básicos...
1 - Árvores...
Árvores Filogenéticas
A
B
D
E
F
G
HI C
OTU – Unidade Taxonômica Operacional (Nó terminal)Ramo Terminal
Nó ancestral
Ramo Ancestral
Árvores Filogenéticas
A
B B
DD
E
F
G
HI
E
CC
A
1 unidade
Tempo
2
1
1
6
22
3
2
Árvores Filogenéticas
AA
B
BD
D
EE
F
G
HI C
C
Tem po
R
2 - Teoria Neutralista Kimura (1968) Alta variabilidade molecular Os fatores mais importantes
na evolução molecular dos organismos são: Oscilação aleatória dos genes Seleção Purificadora Mutações
Seleção positiva: efeito eventual
Teoria Neutralista
Concepções equivocadas: Moléculas seletivamente neutras não têm
função As substituições neutras são apenas ruído A teoria neutralista rejeita a Seleção Natural
3 - Relógio Molecular À medida que duas
espécies divergem de um ancestral comum, acumulam mutações em uma taxa regular, ficando progressivamente mais diferentes uma da outra...
Relógio Molecular
Especiação
3 mutações
2 mutações
2 mutações
2 mutações
1 mutação
1 mutação
Acúmulo de Diferenças
A
A2A1
Relógio Molecular
Div
. G
en.
Tempo
Div
. G
en.
Tempo
4 - Homologia Um caráter é homólogo em dois organismos se
foi herdado por ambos a partir de seu ancestral comum.
Para análise de sequências: Não existe percentagem de homologia: ou uma
sequência é homóloga, ou não é Quanto maior a similaridade entre as
sequências, maior a probabilidade de serem homólogas
No entanto, duas sequências podem ser homólogas e não apresentar similaridades (depende do tempo de divergência entre elas)
5 - Duplicação Gênica Aumento da quantidade de genes nas
células Frequente formação de pseudo-genes
(genes que foram desligados) Leva à construção de árvores de genes, e
não de espécies...
Duplicação Gênica
X
B C
X1
X1 X1
X2
X2 X2
História Evolutiva
10 m.a.
B B CC
5 m.a.
Hoje
B(X ) x C(X )1 2 B(X ) x C(X1)1
História Inferida(comparação de seqüências)
árvo
re d
o ge
ne
árvo
re d
as e
spéc
ies
6 - Ortologia e Paralogia
a1 e a2; b1 e b2 são ortólogos a1 e b1; a1 e b2, a2 e b1... são
parálogos
a
a
b1 b2a1
b
a2
Duplicação Gênica
Especiação
7 - Xenologia Resultado de transmissão horizontal.
Ex: Elemento P em Drosophila. Muito importante na análise de árvores
filogenéticas moleculares de microorganismos, especialmente vírus e bactérias.
8 - Analogia Convergência evolutiva.
O ancestral comum possuía esta característica?
Sim: Homólogas Não: Análogas
Dificilmente ocorrem analogias em caracteres moleculares
Cladismo x
Fenética
Cladistas X Feneticistas Fenética:
Taxonomia numérica OTUs (Operational Taxonomic Units) Agrupamento das espécies por similaridade
morfológica global Se a taxa de evolução entre as OTUs for uniforme, a
fenética oferece uma medida do tempo que separa as espécies, ou seja, o tamanho dos braços de uma árvore
Cladistas X Feneticistas Cladística
Henning (1950) – 1966. Tenta inferir a história evolutiva Parte de sinapomorfias Requer um grupo externo para definir
plesiomorfiasProblema: os cladistas crêem que seu
método reconstroi a árvore verdadeira, e que o reconhecimento de sinapomorfias é a única maneira de reconstruir filogenias.
Cladistas X Feneticistas Distâncias fenéticas são inconcebíveis
para os cladistas Para os cladistas, mesmo caracteres
moleculares, que são quantitativos e não qualitativos, deveriam ser analisados sob seu ponto de vista
Hoje a maioria dos pesquisadores reconhece a superioridade filosófica da abordagem cladística, o que não invalida a fenética em filogenia, especialmente molecular
Finalmente...Filogenia Molecular
Vantagens e Desvantagens Vantagens:
A comparação entre organismos muito diferentes é possível
Uso de genes diferentes para diferentes problemas A evolução molecular é melhor compreendida que a
morfológica Existem modelos e testes Relógio molecular e Neutralismo - Teoricamente é
possível datar os eventos de divergência.
Vantagens e Desvantagens
Desvantagens: Técnicas mais
caras Uso de produtos
cancerígenos e radioativos
Árvores de genes e não de espécies
Escolha do Gene De acordo com a taxa de substituições
nucleotídicas, levando em conta o tempo estimado de divergência dos organismos a serem comparados Pseudogenes, regiões intergênicas e íntrons
são indicados para espécies próximas ou populações
Histonas são indicadas para filogenias entre reinos.
Métodos Moleculares Extração do DNA total
do organismo Reação de PCR com
“primers” apropriados para amplificar o gene escolhido
Purificação dos fragmentos
Sequenciamento
Métodos Moleculares Verificação da qualidade dos
cromatogramas
Bancos de Dados
EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/ GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ INSD http://www.insdc.org/
NCBI Início – dezembro/1982 – 606 entradas Incorporação de Sequências:
Submissão direta pelos autores Associação com grandes projetos de
sequenciamento de genomas completos Intercâmbio com o INSD
NCBI Agosto/2009 –
108.431.692 entradas (sequências) 41 genomas completos de Eucariotos (649 em
andamento) 6.121 genomas de Procariotos (1.457
completos) 2.567 genomas de Vírus completos.
E o banco continua crescendo...
Análise das Sequências BLAST (ferramenta do NCBI)
Permite a comparação rápida da sequência obtida no laboratório com as sequências presentes nos bancos de dados
Permite a busca por sequências semelhantes para a construção de filogenias
Análise das Seqüências Alinhamento de bases
Garante que os sítios a serem comparados são homólogos
G
AAA
AA
AAA
AA
CC
C AT
T TTTT T
TT
CCCC
AAA
AA
GGGGG
TTT
C
CC
CCC
AAA
AA
TTTT
TT
TN
GGGG
GGGG
T
TT
AGGGG
TTTT
CCCC
CCCC
TTTT
TTTT
T
T
CC
GGGG
TTTT
AAA
AA
GGGG
GT
TT T
TT
A
AAA
AA
A
http://www.megasoftware.net
Alinhe as seguintes sequências proteicas...
MKLSPAD MSLSPKD MLSPAD
Dica prática: Se você precisar de um computador para alinhar as suas sequências, melhor não usá-las...
Alinhamento
Alinhamento ClustalW
Alinhar duas sequencias T C T G CA T • •C • •AG •C • •
Se as sequências a serem alinhadas forem codificadoras de proteínas, é conveniente alinhar a partir da sequência de aminoácidos
Se as sequências forem mRNAs, é conveniente alinhar a partir das regiões de grampos (em muitos casos, é conveniente excluir as alças dos alinhamentos)
Alinhamento
Reconstrução da Filogenia Métodos que buscam, dentre todas as
árvores possíveis, a que melhor represente a história evolutiva dos organismos estudados: Máxima Parcimônia
Escolha da topologia que apresentar o menor número de substituições.
Máxima Verossimilhança Escolha da topologia que apresentar o maior grau de
adequação a um modelo de substituição. Evolução Mínima
Escolha da topologia que apresentar o menor tamanho dos ramos
Problema: O número de topologias aumenta exponencialmente com o número de OTUs.
N. de OTUs N. de árvores enraizadas
N. de árvores não enraizadas
2 1 13 3 14 15 35 105 156 945 1057 10.395 9458 135.135 1.3959 2.027.025 135.13510 34.459.425 2.027.02515 2,13458 x 1014 7,90585 x 1012
20 8,20079 x 1021 2,21643 x 1020
25 1,19257 x 1030 2,53738 x 1028
30 4,9518 x 1038 8,68736 x 1036
40 1,00985 x 1057 1,31149 x 1055
50 2,75292 x 1076 2,83806 x 1074