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Gene Expression Omnibus

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Universidade da Beira Interior Ciências Biomédicas . Gene Expression Omnibus. Bioinformática Prof. Paulo Fazendeiro. Trabalho realizado por: Ana Margarida Barata, nº 24647 Ana Isabel Monteiro, nº 25070 Henrique Matos Cardoso, nº 25971. Surgimento da GEO (Gene Expression Omibus ). - PowerPoint PPT Presentation

Text of Gene Expression Omnibus

Diapositivo 1

Gene Expression OmnibusBioinformticaProf. Paulo Fazendeiro

Trabalho realizado por:

Ana Margarida Barata, n 24647Ana Isabel Monteiro, n 25070Henrique Matos Cardoso, n 25971

Universidade da Beira InteriorCincias Biomdicas O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositrio pblico de dados gerados atravs de experincias com microarrays.

GEO tem um design flexvel e aberto que permite submisses, armazenamento e recuperao de muitos tipos de coleces de dados obtidos atravs:Taxas de expresso gnica, Hibridizao genmica;Experincias com anticorpos.

Surgimento da GEO (Gene Expression Omibus)Submisses ao GEO

A submisso de um grande volume de dados rapidamente incorporada ao GEO atravs de arquivos SOFT (Simple Omnibus Format in Text).

Submisses podem ficar em sigilo por at seis meses.

O banco de dados no curado, por enquanto, mas as submisses so verificadas para que pr-requisitos bsicos sejam incorporados.

Base de Dados de genes de alto rendimento, acoplada ao NCBIContmMicroarrays compatveis com formato MIAMEDados Chip-chipPadro para relatar experincias de microarraysEspecifica toda a informao necessria para interpretar resultados e reproduzir resultadosCombina a imunoprecipitao da cromatina (ChIP) com a tecnologia microarray (chip)Investigao da interaco entre protenas e DNA in vivo

4Obteno da Amostra - Microarrays

Anlise de Dados

5Obteno da Amostra ChIP-on-chip

6

Obteno da Amostra ChIP-on-chip

7Expresso Gnica em 4 secesPlataformSampleSeriesDataSetsDescreve lista de elementos no array ou lista de elementos que podem ser detectados na experinciaDescreve condies em que mRNA foi obtido e medio de cada elemento obtido a partir deleDefine um conjunto de amostras relacionadas e como so relacionadasConjunto de coleces de amostras

Arquitectura8GEO- Estatsticas

Nmero de:PublicUnreleasedTotalPlatforms:105(120Mb)55160Samples:2354(1745 Mb)722426Series:787859

Study typeNumber ofSeriesExpression profiling by array17812Expression profiling by genome tiling array303Expression profiling by high throughput sequencing131Expression profiling by SAGE206Expression profiling by MPSS21Expression profiling by RTPCR25Non-coding RNA profiling by array341Non-coding RNA profiling by genome tiling array81Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing233Genome binding/occupancy profiling by array70Genome binding/occupancy profiling by genome tiling array835Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing238Genome variation profiling by array309Genome variation profiling by genome tiling array406Genome variation profiling by SNP array269Methylation profiling by array46Methylation profiling by genome tiling array115Methylation profiling by high throughput sequencing30Protein profiling by protein array31SNP genotyping by SNP array149Estatisticas do ano de 201011Parte Prticahttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

ArquitecturaPesquisaSequncia

Vrios Domnios

Sries15

Dados Sobre a srie

Dados Sobre a srie

Dados Sobre Amostra

Dados Sobre Plataforma

Dados Sobre Datasets

Pesquisa AvanadaLimites

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