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Marcos Catanho
Curso de Introdução àBioinformática
Laboratório de Genômica Funcional e BioinformáticaDBBM-IOC / Fiocruz
Programa de Qualificação Docente da CAPESConvênio: UFPE - UFCG - Fiocruz
Domínios, Motivos, Padrões e Perfis
Agenda
• Domínios• Motivos• Padrões• Perfis• Análises de perfis
Domínios
• Módulos que constituem unidades distintas do ponto de vista evolutivo, funcional e estrutural.
Motivos
• Elementos (porções) conservados de um alinhamento de seqüências protéicas, normalmente correlacionados com uma função em particular.
Motivos
PE family (motivos de Pro-Glu)
Padrões
• Representam características comuns de grupos de seqüências; fornecem apenas uma “abreviatura”, representando quais resíduos podem estar presentes em cada posição.
[IV] - G - x - G - T -[LIVMF] - x(2) - [GS]
Perfis
• Também conhecidos como position-specific scoring matrices (PSSM).
• São matrizes que representam todas as possíveis trocas entre aminoácidos, incluindo penalidades para abertura de gaps, para cada posição de uma seqüência, nas quais um valor é atribuído a cada uma destas trocas.
Perfis
• Esses valores são proporcionais à probabilidade de ocorrência de cada troca, tomando-se como base o alinhamento múltiplo de um grupo de seqüências cuja relação é conhecida (e.g uma família de proteínas).
• Posições altamente conservadas recebem altas pontuações e aquelas pouco conservadas recebem baixa pontuação.
Perfis
Análises de perfis
• Métodos que permitem a detecção de proteínas distantes (pouco similares), através da comparação de seqüências.
• A comparação é feita com base não somente nas matrizes de distância comumente usadas (PAM, BLOSUM) mas também com base em matrizes de pontuação posição-específica (PSSM).
Análises de perfis
• A similaridade de qualquer outra seqüência com o grupo de seqüências alinhadas pode ser testada através da comparação desta seqüência-alvo com o perfil gerado (PSSM), usando algoritmos de programação dinâmica.
• Atualmente, diferentes métodos/algoritmos são empregados na construção das PSSMs e nas buscas por similaridades (psi-blast, HMMer etc.).