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Mestrado em Bioquímica 2007/2008

Mestrado em Bioquímica 2007/2008 - fc.up.ptem bioquímica computacional e ter um conhecimento detalhado de técnicas de simulação ... Inovações tecnológicas para a indústria

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Mestrado em Bioquímica

2007/2008

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Fichas das Disciplinas

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Aspectos Químicos e Bioquímicos em Nutrição Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3299 - Aspectos Químicos e Bioquímicos em Nutrição Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 42.0H PRÁTICAS Plano de Estudos: 71572 – 2007/2008 – Opção – 2º Semestre – Área Q – 7.5ECTS Docente(s): Teóricas: Maria de Fátima Azevedo Brandão Amaral Paiva Martins Teórico-Práticas: Maria de Fátima Azevedo Brandão Amaral Paiva Martins , Nuno Filipe da Cruz Batista Mateus Língua de Ensino: Português A informação aqui apresentada ainda não foi avaliada pelo Docente e poderá sofrer alterações.

Objectivos

Proporcionar aos estudantes conhecimentos sobre a importância da alimentação na saúde, e a compreensão da diferença entre alimentação e nutrição. Dar a conhecer as necessidades alimentares do indivíduo saudável nas suas várias faixas etárias para deste modo, saber escolher os alimentos de forma e em quantidades adequadas às necessidades diárias ao longo das diferentes fases da vida. Através dos conteúdos da disciplina, evidenciar a importância da função do alimento como medida preventiva no que respeita à saúde das populações, bem como evidenciar a capacidade desta para determinar vulnerabilidade a doenças crónicas metabólicas e degenerativas (Ex. Obesidade, aterosclerose, diabetes, osteoporose, hipervitaminoses e hipovitaminoses). Sensibilizar os estudantes para as alterações nutricionais dos alimentos durante o processamento.

Programa

Necessidades alimentares do indivíduo saudável nas suas várias faixas etárias: gravidez e lactação, infância, adolescência, adulto e idoso. A digestão. Alimento como medida preventiva no que respeita à saúde das populações e capacidade desta para determinar

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Aspectos Químicos e Bioquímicos em Nutrição Página 2

vulnerabilidade a doenças crónicas metabólicas e degenerativas. Alterações nutricionais dos alimentos durante o processamento.

Bibliografia

Nutrition, 2ª edição. Autores: Paul Insel, R. Elaine Turner, Don Ross. Editora: Jones and Bartlett Publishers. The Nutrition Handbook for Food Processors. Autores: J. Henry, C. Chapman. Editora:CRC Press. Food Chemistry, 3ª edição. Autores: H.D. Belitz, W. Grosch, P.Schieberie. Editora: Springer.

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar 2 1 1 - 1 50 % 100 % 12.00 12.00 12.00 0.00 Melhoria de

Nota (E. Recurso)

3 3 3 - - 100 % 100 % 13.00 15.33 17.00 1.70

Recurso 2 2 2 - - 100 % 100 % 13.00 15.00 17.00 2.00 Inscrição Normal

12 12 10 - - 83 % 83 % 12.00 15.00 17.00 1.79

Síntese 14 13 13 - 1 93 % 100 % 12.00 15.00 17.00 1.84

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Bioquímica Computacional Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3292 – Bioquímica Computacional Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 56.0H PRÁTICAS Plano de Estudos: 71565 – 2007/2008 – 1º Ano – 1º Semestre – Área Q – 5.0ECTS Docente(s): Práticas: Pedro Manuel Azevedo Alexandrino Fernandes Língua de Ensino: Português

Objectivos

Pretende dar-se aos alunos uma visão abrangente de temas da Bioquímica Computacional. O aluno com aproveitamento deverá conhecer as técnicas principais actualmente usadas em bioquímica computacional e ter um conhecimento detalhado de técnicas de simulação molecular e análise de resultados aplicadas a sistemas proteicos.

Programa

1. Introdução 1.1. Introdução à bioquímica computacional 1.2. Metodologias computacionais mais comuns para o estudo de sistemas bioquímicos 1.3. Influência da dimensão do sistema na escolha da metodologia 2. Mecânica Molecular 2. 1. Introdução 2. 2. Campo de forças 2.3. Energia de ligação 2.4. Energia dos ângulos de ligação 2.5. Energia de torção 2.6. Energia de Van der Walls 2.7. Energia electrostática 2.8. Energia dos termos cruzados 2.9. Dedução de parâmetros 2.10. Campos de forças mais utilizados

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Bioquímica Computacional Página 2

3. Dinâmica Molecular 3.1. Introdução 3.2. Integração das Equações do Movimento 3.3. Condições periódicas de Fronteira 3.4. Cálculo das Forças de Longo Alcance 3.4.1 O Uso de Funções Suavizantes 3.4.2 O uso do método PME (Particle Mesh-Ewald) 3.5. Algumas Propriedades Calculadas por Dinâmica Molecular 3.5.1 Densidade 3.5.2 Coeficientes de Difusão 3.5.3 Dinâmica Rotacional 3.5.4 Valores de RMSd 3.5.5 Determinação de Flutuações Atómicas (RMSFs) 3.5.6 Funções de Distribuição Radial 3.5.7 Orientação Molecular

Bibliografia

Nuno Cerqueira, Sérgio Sousa, Pedro Fernandes, Maria João Ramos Bioquímica Computacional Faculdade de Ciências do Porto, 2007.

Método de Avaliação

A Nota Final da disciplina de Bioquímica Computacional consiste na soma seguinte:

(50% nota prática) + (50% nota teórica). Nota Teórica A nota teórica é dada, na sua maioria, pela nota do exame teórico final cuja data é fixada pelo Concelho Pedagógico da F.C.U.P. Esta nota será modulada pela opinião que o professor, encarregado das aulas teóricas, tem do aluno/a em questão. Nota Prática A nota prática é dada, em partes iguais, pela avaliação de um relatório final obrigatório, efectuado nas aulas, ao longo do ano lectivo, e pela opinião que o professor, encarregado das aulas práticas, tem do aluno/a em questão.

As aulas práticas são obrigatórias. O número de faltas possível é de um quarto das aulas práticas que estão previstas para o ano lectivo em questão.

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Bioquímica Computacional Página 3

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P. Complementar - Melhoria de Nota

1 1 1 - - 100 % 100 % 16.00 16.00 16.00 0.00

Complementar -- Época de Recurso

1 1 1 - - 100 % 100 % 15.00 15.00 15.00 0.00

Complementar 4 3 3 1 - 75 % 100 % 14.00 15.33 16.00 0.94

Melhoria de Nota (E. Recurso)

2 2 2 - - 100 % 100 % 14.00 15.50 17.00 1.50

Inscrição Normal

20 18 18 - 2 90 % 100 % 14.00 16.44 19.00 1.42

Síntese 24 22 22 - 2 92 % 100 % 14.00 16.36 19.00 1.33

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Bioquímica Industrial Página 1

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PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3287 – Bioquímica Industrial Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H PRÁTICAS Plano de Estudos: 71560 – 2007/2008 – 1º Ano – 1º Semestre – Área Q – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Nuno Filipe da Cruz Batista Mateus Práticas: Nuno Filipe da Cruz Batista Mateus Língua de Ensino: Português

Objectivos

Pretende-se com esta disciplina abordar várias aplicações das áreas da Bioquímica, Biotecnologia, Biologia molecular e celular, Biofísica, Biologia, Química e mesmo Engenharia Biológica, a nível industrial. Serão discutidos e analisados vários processos utilizados na Indústria (bioprocessos e bioreactores) e ainda o papel da Biotecnologia no ambiente e na saúde.

Programa

Aulas teóricas (22 aulas): Cap. 1 - Introdução à Enzimologia Histórico Definição Propriedades gerais Classificação e nomenclatura das enzimas Cap. 2 - Engenharia Enzimática e de Proteínas Engenharia enzimática Perspectivas futuras em engenharia enzimática Estabilidade de proteínas Engenharia de proteínas Aplicações de enzimas na Indústria Cap. 3 - Biossensores Características gerais de um biossensor “ideal” Tipos de transdutor

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Bioquímica Industrial Página 2

Enzimas utilizadas em biossensores Áreas de aplicação Biossensores ópticos Biossensores electroquímicos Biossensores potenciométricos Biossensores condutimétricos Biossensores termométricos Biossensores enzimáticos para imunodetecção Cap. 4 - Bioprocessos Imobilização de Biocatalisadores Vantagens e limitações Métodos de imobilização de biocatalisadores Factores que afectam a cinética enzimática em sistemas multifásicos Aplicações de sistemas de células e enzimas imobilizadas Biocatálise em meios não-convencionais Objectivos do uso de meios não-convencionais Biocatálise em solventes orgânicos: vantagens e desvantagens Meios não convencionais usados em Biocatálise Bioreactores Classificação dos reactores em função do regime de operação Classificação dos reactores em função das características hidrodinâmicas Reactores para biocatalisadores imobilizados Cap. 5 – Biotecnologia microbiana Histórico Objectivos da utilização industrial de microrganismos Os microrganismos com maior importância industrial Processo de biotecnologia microbiana Selecção e melhoramento de estirpes Condições de cultura e produção Produtos do metabolismo microbiano Exemplos da utilização industrial de microrganismos Cap. 6 - Biotecnologia ambiental Bioremediação Ecologia microbiana Vias metabólicas de degradação Factores que influenciam a biorremediação Processos de Biorremediação Controlo da poluição aquática Biotecnologia dos ambientes aéreos e confinados Cap. 7 - Biotecnologia da saúde Terapia géncia e novas vacinas Sistemas de libertação controlada de fármacos Biomateriais

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Bioquímica Industrial Página 3

Bibliografia

Biotecnologia – Fundamentos e Aplicações Nelson Lima, Manuela Mota LIDEL 2003 Engenharia Enzimática Joaquim Cabral, Maria Raquel Barros, Miguel Gama LIDEL 2003 Enzymes in Industry – Production and Applications Ed. Wolfgang Aehle WILEY-VCH 2004 Outros livros de interesse geral: Biochemical Engineering Harvey W. Blanch, Douglas S. Clark MARCEL DEKKER 1997 Principles of Fermentation Technology 2nd Edition, Stanbury, Whitaker & Hall BH 1995

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

As aulas práticas da disciplina incluem a realização dos seguintes trabalhos laboratoriais: -Escurecimento enzimático dos frutos: cinética da enzima polifenol oxidase (PPO) -Determinação da actividade da enzima lipase em detergentes em pó -Determinação da actividade proteolítica em detergentes em pó Outra componente das aulas práticas constitui na elaboração de uma monografia sobre um tema pré-designado pelo docente ou, em alternativa, a apresentação oral do trabalho de pesquisa realizado.

Uma última componente prática consiste em palestras proferidas por oradores convidados pelo docente.

Temas de monografia: Engenharia enzimática e/ou proteica e aplicações industriais Exploração comercial de microrganismos Biossensores – Inovações tecnológicas para a indústria clínica/farmacêutica Bioreactores industriais – Inovações e aplicações

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Bioquímica Industrial Página 4

Biocatalisadores imobilizados (produção e propriedades) Biotecnologia microbiana e aplicações industriais Indústria cosmética – Aplicações químicas, bioquímicas e biotecnológicas Química verde – A biotecnologia ao serviço da sociedade Desenvolvimento e aplicações de novas enzimas na Indústria Alimentar Biomateriais – Recentes avanços e aplicações Sistemas de libertação controlada de Fármacos Biotecnologia Alimentar – Alimentos transgénicos Alimentos funcionais: prebióticos e probióticos Bioinsecticidas e Biopesticidas Aplicação de metabolitos secundários na Indústria Alimentar Terapia genica e novas vacinas Biosurfactantes e suas aplicações industriais Bioremediação de solos – Novas linhas de investigação Biotecnologia Vegetal – Exemplos e aplicações Biotecnologia Farmacêutica (síntese de fármacos e derivados) Nanotecnologia – A ciência do século XXI? Segurança e regulamentação em Biotecnologia HACCP – Controlo de Qualidade Industrial Bioética – Biotecnologia amiga ou inimiga? Economia de bioprodutos (Case Studies)

Método de Avaliação

Avaliação: Nota Teórica (NT): exame teórico Nota Prática (NP): monografia/artigos científicos + relatórios dos trabalhos laboratoriais + avaliação contínua Nota Final = NP x 0,25 + NT x 0,75

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Bioquímica Industrial Página 5

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar 3 3 3 - - 100 % 100 % 10.00 11.33 12.00 0.94 Melhoria de

Nota (E. Recurso)

8 6 6 - - 75 % 100 % 13.00 16.33 18.00 1.60

Melhoria de Nota (E. Normal)

1 - - - - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Correcção de Nota

1 1 1 - - 100 % 100 % 12.00 12.00 12.00 0.00

Recurso 1 - - 1 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Inscrição Normal

19 18 18 1 - 95 % 100 % 11.00 14.67 17.00 2.05

Síntese 22 22 22 - - 100 % 100 % 10.00 14.73 18.00 2.42

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Biologia da Infecção Página 1

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PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3305 – Biologia da Infecção Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71578 – 2007/2008 – Opção – 1º Semestre – Área MED – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Manuel João Rua Vilanova , Paula Maria Das Neves Ferreira da Silva , Rui Appelberg Gaio Lima Práticas: Manuel João Rua Vilanova, Paula Maria Das Neves Ferreira da Silva, Rui Appelberg Gaio Lima Língua de Ensino: Português

Objectivos

A disciplina de Biologia da Infecção tem como objectivo introduzir o aluno ao estudo da Infecção nos seus aspectos biológicos básicos. Irão ser abordados temas relativos aos mecanismos de resistência à infecção e, por outro lado, factores microbianos que possibilitam a infecção.

No final do curso, espera-se que o aluno tenha os conhecimentos básicos sobre as respostas do hospedeiro à infecção e sobre as estratégias dos microrganismos infectantes. Espera-se que seja capaz de os relacionar e que seja capaz de compreender modelos e doenças infecciosas nos seus fundamentos básicos. O aluno deverá ser capaz de analisar um estudo original sobre o assunto, quer do ponto de vista da temática quer da metodologia.

Programa

1. Perspectiva histórica das doenças infecciosas. 2. Aspectos epidemiológicos das doenças infecciosas. 3. A resposta imunitária à infecção: apresentação baseada em exemplos paradigmáticos: 3.a. Imunidade inata. 3.b. Imunidade humoral. 3.c. Imunidade de mediação celular. 3.d. Imunidade implicando mecanismos citotóxicos. 4. Virulência microbiana: 4.a. Virulência em bactérias. Toxinas. Microbiologia Celular. 4.b. Virulência viral.

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Biologia da Infecção Página 2

4.c. Virulência em fungos. 4.d. Virulência em protozoários. 5. Helmintas. 6. Biofilmes. 7. Consequências da infecção: 7.a. Imunopatologia. 7.b. Infecção e autoimunidade. 8. Terapia e prevenção das doenças infecciosas.

Bibliografia

Immunobiology (6ªed), C. Janeway, Garland 2005 Bacterial Pathogenesis: A Molecular Approach (2ª ed), A A. Salyers & D. D. Whitt, ASM 2001. Bacterial Disease Mechanisms : An Introduction to Cellular Microbiology, M. Wilson, R. McNab & B. Henderson, Cambridge University Press 2002. Foundations of Parasitology (6ª ed), L.S. Roberts & J. Janovy, McGraw-Hill 2000. Immunology of Infectious Diseases, S. H. E. Kaufmann, A. Sher & R. Ahmed, ASM 2002

Método de Avaliação

Exame final (15 valores) Avaliação contínua (participação, apresentação de trabalhos) (5 valores)

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P. Complementar

-- Época de Recurso

4 4 4 - - 100 % 100 % 11.00 13.25 18.00 2.77

Complementar 4 - - 4 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00 Melhoria de

Nota (E. Recurso)

3 3 3 - - 100 % 100 % 10.00 11.67 14.00 1.70

Recurso 1 - - 1 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Inscrição Normal

15 14 14 1 - 93 % 100 % 11.00 14.93 18.00 1.87

Síntese 19 18 18 1 - 95 % 100 % 11.00 14.67 18.00 2.13

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Bioinformática Página 1

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PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3301 - Bioinformática Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 42.0H PRÁTICAS Plano de Estudos: 71574 – 2007/2008 – Opção – 2º Semestre – Área Q – 7.5ECTS Docente(s): Teóricas: Maria João Ribeiro Nunes Ramos Práticas: Pedro Manuel Azevedo Alexandrino Fernandes Língua de Ensino: Português

Objectivos

Pretende dar-se aos alunos uma visão abrangente de temas da Bioinformática actual. Adicionalmente, nas aulas práticas, os alunos são encorajados a desenvolver pequenos projectos de investigação.

Programa

Aulas Teóricas 1. Bioinformática vs. Bioquímica Computacional 2. Modelação Molecular I: Mecânica Molecular 2.1. Introdução à Modelação Molecular 2.2. Minimização de Energia 2.3. Simulações com Dinâmica Molecular 2.4. Análise Conformacional 3. Modelação Molecular II: Mecânica Quântica 4. Bases de Dados 4.1. Protein Data Bank 4.2. Entrez 4.3. Workshop 5. Grafismo Molecular 6. Proteómica I: Mecanismos enzimáticos catalíticos e de inibição relacionados com doenças 6.1. Inibição enzimática como terapia estratégica 6.2. Sinergia entre design experimental e computacional de fármacos 6.3. Metodologia computacional

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Bioinformática Página 2

7. Proteómica II: Estrutura-Função de Proteínas 7.1. Modelação por Homologia 7.2. Docking 7.3. Solvatação 7.4. Screening 7.5. Potenciais Electrostáticos Moleculares 7.6. Workshop Aulas Práticas Desenvolvimento de pequenos projectos de investigação.

Bibliografia

1. A short story of Bioinformatics, A. B. Richon, Network Science, http://www.netsci.org/Science/Bioinform/feature06.html (2004) 2. Molecular Mechanics: The Art and Science of Parameterization, J. P. Bowen, N. L. Allinger, in Reviews of Computational Chemistry, K. B. Lipkowitz, D. B. Boyd, eds, VCH Publishers Inc., New York, vol 2, 81-95 (1991) 3. Parametrization of Synthetic Amino Acids, M. A. C. Preto; Melo; S. P. G. Costa; H. L. S. Maia; M. J. Ramos, J. Phys. Chem. B, 107, 14556-14562 (2003). 4. Aspects of Molecular Modeling, D. B. Boyd, in Rev. Comput. Chem., K. B. Lipkowitz, D. B. Boyd, eds, VCH Publishers Inc., New York, vol 1, 321-351 (1990) 5. The Protein Data Bank, H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. Bourne, Nucl. Acids Res., 28, 235-242 (2000). 6. Rational Drug Design, M. J. Ramos, P. A. Fernandes, Curr. Comp.-Aided Drug Design, 2, 57-81 (2006) 8. Modelling The Metabolic Action Of Human And Rat CYP1A2 And Its Relationship With The Carcinogenicity Of Heterocyclic Amines, R. Da Fonseca, M. C. Menziani, A. Melo, M. J. Ramos, Mol. Phys., 101, 2731-2741 (2003). 9. Professional gambling, G. Vriend, http://www.cmbi.kun.nl/gv/articles/text/gambling.html (2004)

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Bioinformática Página 3

Método de Avaliação

A nota final será calculada com base na nota teórica (50%) e na nota prática (50%). A nota teórica resultará da classificação obtida num exame teórico. A nota prática resultará da avaliação contínua (60%) e da classificação resultante de um relatório final (40%).

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 2 2 2 - - 100 % 100 % 14.00 15.00 16.00 1.00

Complementar 4 2 2 2 - 50 % 100 % 14.00 16.00 18.00 2.00

Recurso 2 1 1 1 - 50 % 100 % 13.00 13.00 13.00 0.00

Inscrição Normal

8 6 6 2 - 75 % 100 % 14.00 16.00 17.00 1.15

Síntese 12 11 11 1 - 92 % 100 % 13.00 15.55 18.00 1.56

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Complementos de Biologia Molecular Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA

Disciplina: 3286 – Complementos de Biologia Molecular Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71559 – 2007/2008 – 1º Ano – 1º Semestre – Área B – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Cláudio Enrique Sunkel Cariola Práticas: Cláudio Enrique Sunkel Cariola Língua de Ensino: Português

Objectivos

Os objectivos principais desta disciplina são: a) Desenvolver os conceitos de Genómica estrutural, genómica funcional e proteómica. b) Mostrar aplicação da Biologia molecular em várias áreas da biologia modernacomo, ciclo celular, genéntica do desenvolvimento, doenças genéticas humanas, terapía génica, evolução molecular, biogénese de organelos e regulação génica.

Espera-se que os alunos no fim da disciplina desenvolvam capacidades para compreender as novas tendencias da biologia Moderna que pretende uma análise global do genoma assim como algumas das áreas da biologia que tem tido um grande desenvolvimento nos últimos anos.

Programa

1. Introdução: Resultados da análise de genes individuais. Estrutura de genes, estrutura de proteínas, regulação da expressão génica em eucariotas. 2. Genómica estrutural: Porque avançar para a genómica. Quais os objectivos deste tipo de análise. Definição da genómica e as suas diferentes componentes. Genómica estrutural, o transcriptoma e a proteómica.

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Complementos de Biologia Molecular Página 2

Bancos genómicos. Bancos genómicos de cromossomas específicos. Sequenciação de genomas. Sequenciação automática. Caterial artificial Chromosomes (BACs). Sequence specific tags (STS).Mapas genéticos e a sua utilização para resolver problemas da sequenciação tipo “Shotgun sequencing”. Reconstrução do genoma. Problemas – sequências repetitivas – gaps. 3. O transcriptoma. Identificação de genes. Expressed sequence tags (ESTs). Determinação do número de genes de cada organismo. Organização dos genes. Tipos de sequências nos genomas eucariotas. Classes de proteínas. Comparação de vários proteomas. The core proteome. Análise evolutiva de cromossomas humanos. Synteny. DNA microarrays. metodologia. Cluster analise. Análise por microarray de levaduras em condições de crescimento diferentes. Yeast-two hybrid. Interações proteína-proteína e nível do proteoma. 4. Proteómica de expressão A proteómica emergiu como uma metodologia indespensável para a análise global e sistemática da expressão e função de proteínas na era pós genómica. De facto, a grande quantidade de informação contida na sequência dos genomas não é suficiente para elucidar os mecanismos biológicos inerentes à vida e os mecanismos de adaptação a alterações ambientais. Para isso, é necessário integrar a informação obtida por estudos de genómica, transcriptómica, proteómica e metabolómica. 5. Espectrometria de massa A proteómica de expressão, atravez da espectrometria de massa permite identificar proteínas totais e proteínas diferencialmente expressas em resposta a alterações no estado das células (por exemplo, alterações associadas a doenças, ou induzidas por stress ou drogas). 6. Proteómica funcional A proteómica funcional consiste na análise da estrutura, função, e localização intracelular de proteínas, e de modificações pós-traducionais e interacções entre proteínas. A identificação do padrão de proteínas associado às suas funções celulares poderá fornecer novos alvos terapeuticos, marcadores moleculares de doenças, e conhecimento de factores determinantes de fenótipos. Neste bloco de aulas, serão discutidas as metodologias actualmente utilizadas em proteómica como: Electroforese bi-dimensional, Espectrometria de massa (MS), MALDI-TOF MS, ESI-MS/MS, ICAT, Chips de proteínas. 7. Regulação da expressão genica após stress As células quer eucariotas quer procariotas enfrentam frequentemente condições ambientais adversas que afectam a viabilidade, o crescimento e as respectivas capacidades metabólicas. Porém, as células possuem capacidade de se adaptarem a diversas condições de stress. A resposta adaptativa envolve a reprogramação da

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expressão de um número considerável de genes, alterações de actividades enzimáticas associadas ao redirecionamento metabólico. Mecanismos moleculares associados à resposta adaptativa a diversos agentes de stress. Optou-se por apresentar os mecanismos associados à resposta adaptativa relativamente a stress térmico e oxidativo, utilizando como modelo a levedura Saccharomyces cerevisiae. Serão apresentados outros modelos nomeadamente Drosophila melanogaster e C. elegans. 8. Factores de transcrição e choque térmico Serão apresentados e analizados os vários factores de transcrição que actuam durante a resposta ao stress térmico assim como os genes que estes controlam. 9. O stress oxidativo Actovadores do stress oxidativo. Respostas moleculares em S.cerevisiae. 10. Introdução a Evolução Molecular Com este programa de 3 horas pretende-se que os alunos adquiram os conceitos básicos necessários para serem capazes de ler a literatura geral da área de Evolução Molecular. As duas primeiras referências são essenciais (um total de 30 páginas). As quatro referências adicionais são artigos gerais da edição especial da revista Nature sobre a sequenciação do genoma humano e são fornecidos como um exemplo da literatura que se pretende que os alunos sejam capazes de entender (um total de apenas 10 páginas). Não são pressupostos nem necessários conhecimentos avançados de matemática. Para alêm da referida bibliografia os alunos terão acesso ao material de suporte usado nas aulas. 11. Parametros importantes Como estimar níveis de variação, Que significado tem a variação ? O conceito intuitivo de neutralidade e a razão pela qual está errado. Os conceitos de deriva genética, tamanho efectivo da população e coeficientes de selecção. As previsões mais importantes da Teoria Neutral. Como testar a Teoria Neutral. O conceito de relógio molecular. Filogenias: conceitos básicos. 12. Discussão Utilidade dos conceitos adquiridos: exemplos com dados reais 13. Biologia Molecular das doenças genéticas As doenças genéticas humanas se caracterizam por estar associadas a mutação e instabilidade do DNA humano. Doenças genéticas autossómicas e doenças ligadas aos cromossomas sexuais. Mutações - Principais tipos de mutações. Consequências das mutações - Mutações patogénicas. Polimorfismos. Potencial patogénico das sequências repetitivas 14. Detecção de mutações em genes humanos

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Diferentes tipos de metodologia para identificar mutações no genoma humano. 15. Genética molecular de algumas doenças Doenças musculares. Doenças neurodegenerativas: Doença de Alzheimer. Doença de Huntington. Doenças de priões. Genética molecular das amiloidoses hereditárias: mutações e expressão fenotípica 16. Introdução a terapia génica humana Mutações que alteram a actividade de uma enzima podem levar à acumulação de substratos tóxicos ou à redução de compostos vitais à célula. Mutações em genes que codificam para proteínas estruturais estão na base de anomalias da arquitectura tecidular. Estas deficiências são passíveis de correcção pela terapia génica, introduzindo no organismo o gene não mutado para produção da enzima normal, funcionalmente activa, ou substituindo a base mutada pela base normal, de forma a evitar a produção de proteínas funcionalmente deficientes ou tóxicas para as células e/ou tecidos. Outra aplicação da terapia génica é a eliminação de massas tumorais, que é conseguida fornecendo a células-alvo produtos com propriedades anti-tumorais ou reprimindo a sobre-expressão de genes específicos. Administração de genes/produtos genéticos terapêuticos: terapias ex-vivo e in vivo. Sistemas de introdução do gene terapêutico: sistemas virais e não-virais 17. Bloqueamento de expressão genética A terapia genica não so esta a ser utilizada para introduzir cópias normal de um gene mutado como para tentar incatar genes no casso de células tumorais. 18. Outras metodologias e ensaios clinicos Correcção de mutações por oligonucleótidos quiméricos. Resultados de ensaios terapêuticos em curso 19. Introdução a genética do desenvolvimento Formação do zygoto. Multiplicação celular embrionária. Asimetria do oocito. Expressão diferencial de genes durante o desenvolvimento. Crescimento e formação de padrões. A Drosophila como organismo modelo. 20. Gradientes moleculares Componentes maternos e formação de gradientes moleculares. Organização dos eixos anterior-posterior e dorso-ventral. 21. Genes homeoticos Rastreio genéticos com vista a identificação dos genes que participam nos differentes processos associados com a determinação e diferenciação das células.

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22. Introdução a Engenharia de proteínas Este bloco de aulas esta entrado na modificação de proteínas utilizando a engenharia genética e a sua posterior produção e purificação de organismos geneticamente modificados. Metodologias para modificar proteínas. produção de proteínas de fusão. His-tag, GST-tag, TAP-TAG. 23. Purificação de proteínas recombinentes Metodologia para a purificação de proteínas recombinentes a partir de E.coli ou de S.cerevisiae. 24. Aplicações da Engenharia de proteínas Melhoramento de enzimas de aplicação industrial. Melhoramento de proteínas alimentares. Produção de proteínas de novo. Produção de biomateriais. Concepção de novos fármacos. Análise da relação estrutura-função 25. Organização e regulação do ciclo celular Os principais temas a tratar durante esta semana envolvem a caracterização dos mecanismos moleculares que regulam a progressão das células ao longo do ciclo celular. Por uma parte a identificação e caracterização dos complexos moleculares responsáveis pela progressão das células no ciclo. Como se inicia um ciclo de proliferação, a entrada na fase S, a preparação para mitose e a saída da células para um novo ciclo de proliferação com especial relevância para as Cdks (cyclin dependent kinases). 26. Regulação do ciclo celular A outra parte envolve a identificação e caracterização dos mecanismos de controlo que monitorizam a realização das várias fases do ciclo celular, nomeadamente a replicação e estrutura do DNA e a segregação dos cromossomas durante a mitose. 27. O checkpoint mitotico O mecanismo que regula a correcta distribuição dos cromatideos durante a mitose e conhecido como o checkpoint mitotico. Este mecanismo monitoriza a correcta ligação entre os cinetocoros e os microtubulos do fuso e não permite o ínicio da anfase até que todos os cromossoma estejam correctamente alinhados. 28. Biologia Molecular das Mitocondrias Estrutura e biologia molecular da mitocondria. NADH desidrogenases da Cadeia Respiratória. (complexo I e enzimas alternativas). Caracterização das NADH desidrogenases utilizando técnicas de biologia molecular e outras tecnologias.

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29. A neurospora como modelo biológico O fungo Neurospora crassa e o fenómeno de RIPing. 30. Discussão de artigos 31. A estrutura e função peroxissomal -oxidação; a síntese de plasmalogéneos e ácidos biliares; o catabolismo do ácido fitánico e pipecólico.βO sistema de 32. Peroxissomas - Aspectos médicos Parâmetros bioquímicos alterados nas doenças genéticas humanas de etiologia peroxissomal (a X-ALD e as doenças da biogénese peroxissomal). Os diferentes grupos de complementação. 33. A biogénese peroxissomal Considerações gerais sobre a biogénese peroxissomal: características da importação de proteínas matriciais (sinais de endereçamento PTS1 e PTS2) e proteínas intrínsecas de membrana. Estratégias para a clonagem de genes envolvidos na biogénese peroxissomal: as peroxinas (Pex1p a Pex24p). A estrutura e função da maquinaria da biogénese peroxissomal: as peroxinas AAA (Pex1p e Pex6p), os receptores (Pex5p e Pex7p) e as peroxinas de 'docking/translocation' (Pex13p, Pex14p e RING-fingers). Referência às Pex3p, Pex16p e Pex19p (biogénese da membrana do peroxissoma). Os modelos do 'cycling receptor' e 'extended cycling receptor'.

Bibliografia

Genómica estrutural e funcional Molecular Biology of the Cell. 4ª Edição 2002. Modern Cell Biology. Darnell em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mcb.TOC Capítulo 7: Recombinant DNA and Genomics Proteómica 1. Yanagida M (2002) Functional proteomics; current achievements. J Chromatogr B 771: 89-106. 2. Wasinger VC, Corthals GL (2002) Proteomic tools for biomedicine. J Chromatogr B 771: 33-48 3. Hebestreit HF (2001) Proteomics: an holistic analysis of nature's proteins. Curr Opin Pharmacol 1: 513-520 4. Griffin TJ, Aebersold R (2001) Advances in proteome analysis by mass spectrometry.

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Curr Opin Biotechnol 12: 607-612. 5. Zhu H et al. (2001) Global analysis of protein activities using proteome chips. Science 293:2101-2105. 6. Zhou Z et al. (2002) Comprehensive proteomic analysis of the human spliceosome. Nature 419:182-185. Regulação da expressão genica após stress [1] Gasch A.P., Werner-Washburne M., (2002) The genomics of yeast responses to environmental stress and starvation. Funct Integr Genomics 2:181-192. [2] Estruch F., (2000) Stress-controlled transcription factors, stress-induced genes and stress tolerance in budding yeast. FEMS Microbiol Rev 24:469-486. [3] Boy-Marcotte E., Lagniel G. et al., (1999) The heat shock response in yeast: differential regulations and contributions of the Msn2p/Msn4p and Hsf1p regulons. Mol Microbiol 33:274-283. [4] Davidson J.F., Schiestl R.H.., (2001) Cytotoxic and genotoxic consequences of heat stress are dependent on the presence of oxygen in Saccharomyces cerevisiae. J Bacteriol 183:4580-4587. [5] Costa V., Moradas-Ferreira P., (2001) Oxidative stress and signal transduction in Saccharomyces cerevisiae: insights into ageing, apoptosis and disease. Mol Aspects Med 22:217-246. Evolução Molecular Doyle, J.J. and Gaut, B.S. 2000. Evolution of genes and taxa: a primer. Plant Molecular Biology 42: 1-23. Clegg, M.T. 1997. Plant genetic diversity and the struggle to measure selection. Journal of Heredity 88: 1-7. Rubin, G.M. 2001. Comparing species. Nature 409: 820-821. Stoneking, M. 2001. From the evolutionary past…. Nature 409: 821-822. Chakravarti, A. 2001. … to a future of genetic medicine. Nature 409: 822-823. The International SNP Map Working Group. 2001. A map of the human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms. Nature 409: 928-933. Doenças genéticas Connor M., Fergusson-Smith M. (1997) Essential Medical Genetics, 5th edition, Blackwell Science. Griffiths A. J. F., Miller J. H., Suzuki D. T., Lewontin R. C. Gelbart W. M. (2000) An Introduction to Genetic Analysis, 7th edition.W.H. Freeman, New York. Klug W. S., Cummings M. R. (1999) Concepts of Genetics, 6 th edition, Prentice Hall.

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Complementos de Biologia Molecular Página 8

Pastermark J.J. (1999) An Introduction to Human Molecular Genetics – Mechanisms of inherited diseases. Fitzgerald Science Press, Inc. Strachan T., Read A. P. (1996) Human Molecular Genetics.1 st edition, BIOS Scientific Publishers Limited. Terapia génica humana “Human Gene Therapy” . In: Molecular Biotechnology: Principles and application of recombinant DNA. B Glick and JJ Pasternak. ASM Press; 2nd edition 1998 Genética do desenvolvimento Developmental Biology (5th or 6th edition). Scott F. Gilbert. Sinauer. Introductory chapters: Chapters 4, 5 and 6. Chapter 9: The genetics of axis specification in Drosophila Chapter 12: The central nervous system and the epidermis Chapter 16: The development of the tetrapod limb. Engenharia de proteínas Knapp M., Parkin S. and Rupp B. The structure of Subtilisin from bacillus lentus at low temperature: Extension to true atomic resolution http://www-structure.llnl.gov Estell DA, Graycar TP and Wells JA (1985). Engineering an enzyme by site-directed mutagenesis to be resistant to chemical oxidation. J. Biol. Chem. 260, 6518-6521. Pantoliano MW, Ladner RC, Bryan PN, Rollence ML, Wood JF, Poulos TL.(1987) Protein engineering of subtilisin BPN': enhanced stabilization through the introduction of two cysteines to form a disulfide bond. Biochemistry 26(8):2077-2082. Taguchi S, Ozaki A. and Momose H (1998). Engineering of a cold-adapted protease by sequential random mutagenesis and a screening system. Applied and Environmental Microbiology, 64:492-495. Wells JA, Cunningham BC, Graycar TP and Estell DA (1987). Recruitment of substrate-specificity properties from one enzyme into a related one by protein engineering. Proc Natl Acad Sci USA, 84:5167-5177. Vilonen KM, Vuolanto A, Jokela J, Leisola MSA, and Krause AOI (2004). Enhanced Glucose to Fructose Conversion in Acetone with Xylose Isomerase Stabilized by Crystallization and Cross-Linking. Biotechnol.Prog.20:1555-1560.

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Complementos de Biologia Molecular Página 9

Wozney J. and Seeherman H J (2004) Protein-based tissue engineering in bone and cartilage repair. Current Opinion in Biotechnology, 16:302-308. Ciclo celular Molecular Biology of the Cell. 4ª Ed. 2002, Garland Science Molecular das Mitocondrias Molecular Biology of the Cell, Eds Alberts, 4th Edition, 2002. Garland Science. LA Esposito, S Melov, A Panov, BA Cottrell and DC Wallace (1999) Mitochondrial disease in mouse results in increased oxidative stress. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 4820–4825. S Melov, P Coskun, M Patel, R Tuinstra, B Cottrell, AS Jun, TH Zastawny, M Dizdaroglu, SI Goodmani, T-T Huang, H Miziorko, CJ Epstein and DC Wallace (1999) Mitochondrial disease in superoxide dismutase 2 mutant mice. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 846–851. Biogénese peroxissomal Hettema, E. H., Distel, B. and Tabak, H. F. (1999) Biochim. Biophys. Acta 1451, 17-34 Sacksteder, K. A. and Gould, S. J. (2000) Annu. Rev. Genet. 34, 623-652 Purdue, P. E. and Lazarow, P. B. (2001) Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17, 701-752

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

As aulas teóricas recorrem a acetatos e/ou projecção multimeria, artigos de investigação como capítulos de livros de texto.

As aulas teórico práticas envolvem a utilização de programas de computador para analizar sequencias de proteínas e DNA.

Obtenção de Frequência

Frequência as aulas teórico práticas e obrigatória.

Método de Avaliação

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Complementos de Biologia Molecular Página 10

Exame escrito na forma de perguntas de desenvolvimento e de escolha múltipla. 100% da nota final.

Pré-Requisitos Recomendados

E favorável que os alunos tenham tido aproveitamento a disciplina de Biologia Molecular I.

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 2 - - 2 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Complementar 2 - - 2 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Melhoria de Nota (E. Recurso)

6 6 6 - - 100 % 100 % 12.00 14.83 18.00 2.11

Recurso 5 2 2 3 - 40 % 100 % 11.00 13.00 15.00 2.00 Inscrição Normal

21 17 16 4 - 76 % 94 % 12.00 15.44 18.00 1.97

Síntese 23 18 18 5 - 78 % 100 % 11.00 15.67 18.00 2.05

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Farmacologia Molecular e Celular Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA

Disciplina: 3289 – Farmacologia Molecular e Celular Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71562 – 2007/2008 – 1º Ano – 2º Semestre – Área CF – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Laura Joana Fevereiro Oliveira , Margarida Duarte Cerqueira Martins de Araújo , Maria da Graça Borges Lobo , Paulo Jorge da Silva Correia de Sá Teórico-Práticas: Paulo Jorge da Silva Correia de Sá Língua de Ensino: Português e Inglês

Objectivos

O curso de Farmacologia Molecular e Celular procurará dotar os alunos com as bases científicas relacionadas com a acção dos Fármacos, com especial incidência sobre os seus mecanismos de acção (da molécula ao sistema), assim como noções sobre os fundamentos destinados a compreender a sua utilização numa perspectiva multidisciplinar e de complementaridade conducentes ao exercício da metodologia científica, priviligeando a vivência da investigação no laboratório.

Programa

Lição de abertura - Introdução à Farmacologia – Ensaio Clínico - Farmacogenética e Farmacogenómica – Farmacocinética: Absorção e distribuição - Farmacocinética: Metabolização e Excreção- Cinética de Interação Fármaco-receptor– Métodos de análise da interacção fármaco-receptor – Mecanismos de regulação e transdução de sinal- Fosfatos de inositol e eicosanóides- Sinapses e junções neuroefectoras: Aminoácidos - Sinapses e junções neuroefectoras: Acetilcolina - Sinapses e junções neuroefectoras: Catecolaminas - Sinapses e junções neuroefectoras: 5-HT e Histamina - Sinapses e junções neuroefectoras: Péptidos – Acção de fármacos sobre metaloenzimas - Acção de fármacos sobre a biosíntese e catabolismo dos ácidos nucleicos e microtúbulos - Acção de fármacos sobre o metabolismo dos microrganismos anaeróbios - Acção de fármacos sobre a parede bacteriana - Acção de fármacos sobre a síntese de esteróides - Acção de fármacos sobre a síntese de PGs e LTs - Acção de fármacos sobre a membrana celular: gCa2+ - Acção de fármacos sobre a membrana celular: gNa+ -

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Farmacologia Molecular e Celular Página 2

Acção de fármacos sobre a membrana celular: gK+ - Acção de fármacos sobre a membrana celular: ATPase

Bibliografia

Guimarães Serafim;Terapêutica medicamentosa e suas bases farmacológicas. ISBN: 972-0-06029-8 Katzung Bertram G. ed.;Basic & clinical pharmacology. ISBN: 007-121931-5 Klaassen Curtis D. ed.;Casarett and Doull.s toxicology. ISBN: 0-07-105476-6 Hardman Joel G. ed.;Goodman & Gillman.s The pharmacological basis of therapeutics. ISBN: 0-07-135469-7 Rang H. P. 070;Rang and Dale Pharmacology. ISBN: 0-443-06911-5 G.M. Brenner & C.W. Stevens;Pharmacology, Saunders, 2006 Sumários e material informático resultante das aulas teóricas. Material didáctico disponibilizado após a elaboração dos temas teórico-práticos pelos alunos. Protocolos experimentais das aulas práticas. Revistas da especialidade disponíveis no Laboratório de Farmacologia e na Biblioteca do ICBAS.

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

Lições Teóricas: Uso de projecção em vídeo (Data-Show), diapositivos e transparências. Lições Teórico-Práticas: Abordagem de temas relevantes para a Farmacologia (meios técnicos idênticos às teóricas). Lições Práticas: Trabalhos práticos de índole experimental no Laboratório de Farmacologia e no Laboratório de Electrofisiologia e Sinalização Celular (ICBAS).

Obtenção de Frequência

Ver Método de Avaliação

Método de Avaliação

Avaliação distribuída com exame final: - Avaliação Prática (6 valores): Frequência obrigatória (2/3 aulas). -Monografias/Temas (3 valores):

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Farmacologia Molecular e Celular Página 3

Dissertação sobre 1 tema relevante em Farmacologia Elaboração de 1 monografia escrita Trabalho de pesquisa em grupo (3-4 alunos) Exposição (~20 min) e discussão (~10 min) oral - Relatórios experimentais / Informação do assistente (3 valores): Exposição do trabalho prático (grupo sorteado) Relatório prático realizado no fim da aula prática Avaliação contínua pelo assistente - Avaliação Teórica (14 valores): - Por exame final (teste escrito e prova oral) - Teste escrito com 80 perguntas de escolha múltipla + 10 perguntas de resposta curta Condições de admissão: * 2/3 presenças nas aulas práticas * 3.0/6.0 valores no curso prático Prova Oral: Dispensa da prova oral com aprovação final: * 7.5/14.0 valores no teste escrito Condições de admissão à oral: * 6.0/14.0 valores no teste escrito final

Avaliação em Situações Especiais

A melhoria de nota é feita por teste teórico e/ou prova oral (ver Método de avaliação). Os exames especiais são constituídos exclusivamente por uma prova oral.

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 4 1 1 3 - 25 % 100 % 13.00 13.00 13.00 0.00

Complementar 4 - - 4 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00 Melhoria de

Nota (E. Recurso)

1 1 1 - - 100 % 100 % 13.00 13.00 13.00 0.00

Recurso 8 6 5 2 - 62 % 83 % 12.00 13.60 15.00 1.02

Inscrição Normal

20 15 12 5 - 60 % 80 % 13.00 14.17 16.00 1.07

Síntese 24 19 18 5 - 75 % 95 % 12.00 13.94 16.00 1.08

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Métodos de Separação e Detecção Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3285 – Métodos de Separação e Detecção Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 14.0H PRÁTICAS 14.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71558 – 2007/2008 – 1º Ano – 1º Semestre – Área Q – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: José António Maia Rodrigues Práticas: José António Maia Rodrigues Língua de Ensino: Português

Objectivos

1. Visão geral sobre os princípios e objectivos da Química Analítica. Caracterização da Química Analítica como disciplina (bio)química fundamental. 2. Importância dos equilíbrios heterogéneos. Ensino das bases teóricas e práticas de técnicas de extracção/separação vulgarmente usadas em Química Analítica e das técnicas de detecção associadas.

Programa

Capítulo 1. INTRODUÇÃO À QUÍMICA ANALÍTICA 1.1 A Química Analítica como disciplina (bio)analítica 1.1.1 Objectivos e características do trabalho analítico - Obter informação analítica para quê? - R & D em Química Analítica? - Nível de qualidade metrológica da informação analítica - Relação entre problema analítico e medição analítica - Informação analítica - Tipo de informação analítica - Tipo de técnica analítica - Tipo de amostra e analito - Quantidade de amostra - Nível do constituinte - Evolução histórica da Química Analítica 1.1.2 Padrões e procedimentos de referência em Química Analítica - Referências utilizadas no trabalho em Química Analítica

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Métodos de Separação e Detecção Página 2

- Conceito de rastreabilidade em laboratórios de Química Analítica - Padrões usados em Química Analítica - Calibração em Química Analítica - Procedimentos de referência (normas) 1.1.3 Indicadores de qualidade do trabalho analítico - Hierarquia metrológica das medições químicas - Tipos de erros em Química Analítica - Exactidão - Representatividade - Precisão (incerteza) - Robustez - Sensibilidade - Selectividade - Propriedades relativas à produtividade 1.1.4 O processo analítico - Visão geral de um processo de medição analítica - Operações preliminares - Amostragem - Estratégia de amostragem - Erros de amostragem - Métodos de amostragem - Preparação de amostras - Medição e transcrição do sinal analítico - Aquisição e processamento de dados analíticos - Actividades de investigação e desenvolvimento em sistemas de medição analíticos 1.1.5 O problema analítico 1.1.6 Gestão da qualidade em laboratórios de análise química - Instrumentos para a implementação de sistemas de qualidade - A importância da amostragem - Selecção da estratégia analítica para satisfazer os requerimentos dos clientes - Transferência de métodos analíticos. Descrição de metodologias - Credibilidade de resultados - Qualificação e validação como mecanismos de gestão da qualidade - Desenvolvimento e validação de métodos analíticos 1.2 Elementos de análise estatística de resultados 1.2.1 Estatística descritiva 1.2.2 Estatística inferencial (ou indutiva) - A distribuição normal padrão - Teste de hipóteses - Erros de decisão nos testes de hipóteses - Teste de rejeição de valores suspeitos (“outliers”) - Análise de variância (ANOVA) 1.3 Calibração - Qualidade da calibração - Frequência de calibração e recalibração - Métodos de análise absolutos e relativos - Esquema do procedimento de calibração - Protocolos e modos de calibração

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Métodos de Separação e Detecção Página 3

- Funções de calibração e método dos mínimos quadrados 1.4 O computador no laboratório de análise química - LIMS – “laboratory information and management systems” - Pesquisas em bases de dados analíticas 2. EQUILÍBRIOS HETERÓGENEOS. TÉCNICAS DE EXTRACÇÃO USADAS EM QUÍMICA ANALÍTICA - Volatilidade - Hidrofobicidade -Características de ácido-base 2.1 Extracção líquido-líquido - Generalidades - Factores que afectam a extensão da extracção dos solutos -Constante de distribuição e razão de distribuição - Extracção simples. Factores que afectam a extensão da extracção - Extracções sucessivas. Aumento da eficiência da extracção - Exemplos de aplicação de extracção líquido-líquido em análise química - Desvios à idealidade - Extracção em (pseudo)contracorrente vs. extracção sucessiva - Extracção líquido-líquido em contínuo 2.2 Equilíbrios líquido-sólido 2.2.1 Extracção de analitos de matrizes sólidas para líquidos - Mecanismos de extracção - Extracção por Soxhlet - Extracção assistida por ultrasons - Extracção com fluidos supercríticos - Extracção acelerada com solventes - Extracção assistida por microondas - Comparação das diversas técnicas de extracção - Caracterização do fenómeno de sorção 2.2.2.1 Extracção de fase sólida - Sorventes utilizados na extracção de fase sólida - Sorventes polares - Sílica com fases ligadas - Resinas poliméricas apolares - Resinas poliméricas funcionalizadas - Sorventes permutadores iónicos - Carbono grafítico (“graphitized carbon sorbents”) - Exclusão molecular - Imunoafinidade e imunosorventes - “molecularly imprinted polymers” - Misturas de sorventes - Selecção de sorventes - Factores que afectam o processo de extracção de fase sólida - Metodologia experimental 2.2.2.2 Microextracção de fase sólida - Sorventes utilizados em microextracção de fase sólida - Selecção de sorventes - Modos de operação - Modos de operação

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Métodos de Separação e Detecção Página 4

2.2.2.3 Extracção sorptiva em barra de agitação 2.2.2.4 Comparação geral entre técnicas de extracção 2.2.3 Extracção de analitos voláteis de amostras líquidas ou sólidas 2.2.3.1 Extracção por “headspace” estático 2.2.3.2 Extracção por “headspace” dinâmico (ou “purge and trap”) 2.2.3.3 Microextracção de fase sólida 2.2.3.4 Extracção por membrana 3. MÉTODOS CROMATOGRÁFICOS 3.1 Teoria geral da cromatografia - Introdução - Evolução histórica - Classificação dos vários tipos de separação cromatográfica - Relações fundamentais em cromatografia - Eficiência da coluna. Eficiência da separação. Modelo dos pratos teóricos e modelo cinético - Resolução e selectividade - Análise qualitativa e quantitativa por cromatografia 3.2 Cromatografia em fase gasosa (GC) - Introdução - Factores que definem a retenção em cromatografia gasosa - Fase móvel (gás arrastador) - Injecção da amostra. Tipos de injectores - Tipos de colunas usadas em GC - Fases estacionárias e selecção de colunas - Programação de temperatura - Detectores usados em GC - Desenvolvimento de métodos analíticos por GC 3.3 Cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) - Introdução - Classificação das técnicas de cromatografia líquida - Colunas usadas em HPLC - Características das fases estacionárias - Fases móveis utilizadas em HPLC - Eluição isocrática e eluição gradiente - Equipamento para HPLC - Detectores usados em HPLC - Desenvolvimento de métodos analíticos para separação por fase reversa 3.4 Cromatografia de permuta iónica e cromatografia iónica - Introdução - Selectividade da permuta iónica - Cromatografia iónica 3.5 Cromatografia de exclusão molecular - Retenção em cromatografia de exclusão molecular - Fases estacionárias utilizadas em exclusão molecular - Fases móveis utilizadas em exclusão molecular - Principais aplicações

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Métodos de Separação e Detecção Página 5

Bibliografia

1. “Analytical Chemistry – a modern approach to Analytical Science”, Edited by R. Kellner, J. M. Mermet, M. Otto, M. Valcárcel, H. M. Widmer, 2nd Edition, Wiley-VCH, 2004 2. “Sample Preparation Techniques in Analytical Chemistry”, Edited by Somenath Mitra, John Wiley & Sons, Inc., 2003. 3. “Quantitative Chemical Analysis”, Daniel C. Harris, 5th Edition, W. H. Freeman and Company, 1999 4. “Fundamentals of Analytical Chemistry”, Douglas A. Skoog, Donald M. West, F. James Holler, Stanley R. Crouch, 8th Edition, Thomson – Brooks/Cole, 2004. 5. “Sample Pretreatment and Separation”, Richard Anderson (Author); Normam B. Chapman (Editor), Analytical Chemistry by open learning (Series), John Wiley & Sons, 1987

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

O ensino teórico será essencialmente baseado em aulas de exposição com abordagem das matérias integradas no programa. As aulas práticas irão constar de um conjunto de sessões laboratoriais, nas quais os alunos irão realizar trabalho experimental integrado no programa.

Obtenção de Frequência

Os alunos serão excluídos de exame final se ocorrer qualquer uma das seguintes condições: 1. Exceder o limite de faltas nas aulas práticas. 2. Não obtiver uma nota prática igual ou superior a 9,5 valores.

Método de Avaliação

A nota final corresponderá à média ponderada de duas componentes: exame final (NE), com um peso de 0,75, e a avaliação prática (NP), com um peso de 0,25. A componente de avaliação prática será baseada no desempenho dos alunos nas aulas laboratoriais. A componente de avaliação prática só será contabilizada na nota final desde que o aluno obtenha uma classificação no exame escrito igual ou superior a 8 valores. Nestes casos, a nota final (NF) corresponderá a: NF = 0,25 x NP + 0,75 x NE Alunos cuja classificação no exame final escrito seja inferior a 8 valores estarão automaticamente reprovados.

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Métodos de Separação e Detecção Página 6

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 3 3 3 - - 100 % 100 % 13.00 15.33 17.00 1.70

Complementar 4 1 1 3 - 25 % 100 % 14.00 14.00 14.00 0.00

Melhoria de Nota (E. Recurso)

4 4 4 - - 100 % 100 % 15.00 16.00 17.00 0.71

Recurso 2 2 2 - - 100 % 100 % 12.00 13.50 15.00 1.50 Inscrição Normal

20 16 16 2 2 80 % 100 % 13.00 15.38 17.00 0.99

Síntese 24 22 22 - 2 92 % 100 % 12.00 15.36 17.00 1.30

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Neuroquímica/Neurobiologia Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3303 – Neuroquímica/Neurobiologia Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71576 – 2007/2008 – Opção – 1º Semestre – Área NC – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Paulo Jorge da Silva Correia de Sá Práticas: Paulo Jorge da Silva Correia de Sá Língua de Ensino: Português e Inglês

Objectivos

As ciências dedicadas ao estudo do sistema nervoso, recentemente designadas de neurociências, têm como principal objectivo o estudo do sistema nervoso e as suas relações com o comportamento e funções corporais. Nos últimos anos as neurociências têm sido matéria de grande revolução devido à introdução de novas técnicas (e.g. biologia molecular, genómica, proteómica) e avançadas tecnologias, como os métodos imagiológicos para visualização do funcionamento neuronal. Estes avanços permitiram começar agora a compreender melhor o cérebro em condições normais e na doença.

O curso de Neuroquímica / Neurobiologia procurará aprofundar o conhecimento do sistema nervoso, desde a célula às redes neuronais, numa perspectiva multidisciplinar e de complementaridade conducentes ao exercício da metodologia científica, priviligeando a vivência da investigação no laboratório.

Âmbito programático: Neurobiologia básica e molecular; Neuroquímica; Neurofisiologia e electrofisiologia (sinais bioeléctricos); Neuroanatomia e Neuroimagiologia; Neurofarmacologia; Neuroendocrinologia (papel dos neuropéptidos); Neuroimunologia (papel das cininas); Neuropatologia clínica; Redes neuronais; Neuroprotecção, apoptose, envelhecimento e regeneração.

Programa

Fundamentos das Neurociências (nota histórica e novas perspectivas); A arquitectura do sistema nervoso (desenvolvimento do sistema nervoso e sua organização; células

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Neuroquímica/Neurobiologia Página 2

pluripotenciais, neurogénse no adulto e regeneração nervosa); Células do tecido nervoso (neurónios, neuroglia, vasos cerebrais); Organização sub-celular do sistema nervoso (organelos e suas funções, tráfego intracellular); Propriedades eléctricas dos axónios e das dendrites; Potencial de membrana e de acção; Neurotransmissores (comunicação química, nerotransmissores clássicos, péptidos e não convencionais); Libertação de neurotransmissores (processo quântico, maquinaria exocitótica, plasticidade sináptica); Receptores de membrana (ionotrópicos, metabotrópicos e catalíticos); Vias de sinalização intracelular (proteínas G, regulação da função neuronal por cinases e fosfatases, influência sobre a expressão génica, papel do Ca2+); Potencial pós-sináptico e integração de sinais (excitação / inibição); Processamento da informação em dendrites complexas e papel dos neurotransmissores retrógrados; Metabolismo energético do cérebro (actividade neuronal, suprimento sanguíneo e metabolismo; papel dos astrócitos no metabolismo energético); Sistemas sensitivo e motor; O sistema nervoso e o seu papel integrador das funções corporais (sistema nervoso autónomo, controlo da alimentação e da excreção de água, ritmo circadiano, controlo neuroendócrino, motivação e recompensa); Comportamento e cognição (envelhecimento, aprendizagem e memória, atenção, linguagem e comunicação); Doenças neurodegenerativas e hereditárias.

Bibliografia

Fundamental Neuroscience (2ª edição) Squire L, Bloom F, McConnell S, Roberts J, Spitzer N & Zigmond M. Academic Press, 2002. Basic Neurochemistry: Molecular, Cellular and Medical Aspect (7ª edição) Siegel G, Hines E, Albers R & Price D. Academic Press, 2005. Sumários e material informático resultante das aulas teóricas. Material didáctico disponibilizado após a elaboração dos temas teórico-práticos pelos alunos. Protocolos experimentais das aulas práticas. Revistas da especialidade disponíveis no Laboratório de Farmacologia e na Biblioteca do ICBAS.

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

Lições Teóricas: Uso de projecção em vídeo (Data-Show), diapositivos e transparências. Lições Teórico-Práticas: Abordagem de temas relevantes para as Neurociências (meios técnicos indênticos às teóricas). Lições Práticas: Trabalhos práticos de índole experimental no Laboratório de Farmacologia e no Laboratório de Electrofisiologia e Sinalização Celular (ICBAS).

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Neuroquímica/Neurobiologia Página 3

Obtenção de Frequência

Ver Método de Avaliação

Método de Avaliação

Avaliação distribuída com exame final: - Prática (6 valores): Frequência obrigatória (2/3 aulas). Avaliação contínua pelo assistente e relatórios dos trabalhos práticos (3 valores), elaboração escrita e exposição oral (20 min) de duas monografias sobre temas teórico-práticos (3 valores). - Teórica (14 valores): Teste de escolha múltipla (50 perguntas) e resposta curta (10 perguntas) e/ou exame oral (Dispensa da prova oral com aprovação final: >7.5/14.0 valores no teste escrito; prova oral obrigatória: 6-7,5/14.0 valores no teste teórico).

Avaliação em Situações Especiais

A melhoria de nota é feita por teste teórico e/ou prova oral (ver Método de avaliação). Os exames especiais são constituídos exclusivamente por uma prova oral.

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Recurso 2 2 - - - - 0 % 0.00 0.00 0.00 0.00

Inscrição Normal

13 13 11 - - 85 % 85 % 15.00 16.55 18.00 0.99

Síntese 13 13 11 - - 85 % 85 % 15.00 16.55 18.00 0.99

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Oncobiologia Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3306 – Oncobiologia Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71579 – 2007/2008 – Opção – 1º Semestre – Área MED – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Rui Manuel Ferreira Henrique Práticas: Rui Manuel Ferreira Henrique Língua de Ensino: Português

Objectivos

Reconhecer os principais tipos de neoplasia humana e sua evolução temporal; Identificar as fases principais do desenvolvimento neoplásico; Reconhecer as bases moleculares / genéticas da carcinogénese; Reconhecer o processo de carcinogénese como interacção entre organismo e ambiente; Compreender as principais condições hereditárias associadas a cancro; Identificar as estratégias terapêuticas baseadas na caracterização molecular das neoplasias.

Programa

Neoplasia e mecanismos lesionais: bases de classificação; Epidemiologia: incidência, prevalência e tendências de evolução; Métodos de estudo; Biologia da célula neoplásica: diferenciação, crescimento e progressão; Bases moleculares do cancro: ciclo celular, apoptose, proto-oncogenes, genes supressores tumorais e “caretaker genes”, mecanismos de invasão, angiogénese e metastização, interacção neoplasia / estroma, mecanismos de desregulação de genes associados a cancro; Agentes carcinogénicos: químicos, físicos, biológicos; Inflamação e Cancro; Predisposição hereditária para cancro; Aspectos clínicos; Terapia dirigida a alvos moleculares; Investigação em Oncologia.

Bibliografia

Robbins and Cotran Pathologic Basis of Disease, 7th Edition (Chapter 7: Neoplasia), Elsevier-Saunders, Philadelphia, 2005

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Oncobiologia Página 2

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

Sessões teóricas para exposição geral dos temas programáticos; sessões teórico-práticas em áreas laboratoriais para observação in loco de equipamentos e metodologias

Obtenção de Frequências

Presença em pelo menos 2/3 das sessões teórico-práticas

Método de Avaliação

Exame final constituído por questões de escolha múltipla e questões de desenvolvimento; Ficarão aprovados os alunos que obtenham classificação igual ou superior a 9,45 valores

Avaliação em Situações Especiais

Os previstos nas Normas de Avaliação e Orientação Pedagógica da Universidade do Porto

Outros dados Relevantes

As sessões teóricas e teórico-práticas têm lugar nos Serviços de Anatomia Patológica e de Genética do Instituto Português de Oncologia do Porto.

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Oncobiologia Página 3

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar - Melhoria de

Nota 1 1 1 - - 100 % 100 % 15.00 15.00 15.00 0.00

Complementar 4 4 4 - - 100 % 100 % 12.00 15.00 18.00 2.24

Melhoria de Nota (E. Recurso)

1 1 1 - - 100 % 100 % 15.00 15.00 15.00 0.00

Recurso 7 6 6 1 - 86 % 100 % 12.00 14.17 16.00 1.21 Inscrição Normal

10 3 3 7 - 30 % 100 % 14.00 15.00 16.00 0.82

Síntese 14 13 13 1 - 93 % 100 % 12.00 14.77 18.00 1.58

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Parasitologia Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: Parasitologia Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71579 – 2007/2008 – 0º Ano – 2º Semestre – Área MED – 5.0ECTS Docente(s): Língua de Ensino: Português

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar 1 - - - - - - 0.00 0.00 0.00 0.00 Síntese - - - - - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

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Química Bioanalítica Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA Disciplina: 3300 – Química Bioanalítica Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 42.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71573 – 2007/2008 – Opção – 2º Semestre – Área Q – 7.5ECTS Docente(s): Teóricas: Luís Guilherme de Lima Ferreira Guido Teórico-Práticas: Luís Guilherme de Lima Ferreira Guido Língua de Ensino: Português

Objectivos

Assumindo que os princípios básicos gerais de técnicas instrumentais de análise química já foram transmitidos noutras disciplinas, pretende-se com esta disciplina dar uma panorâmica geral de técnicas instrumentais modernas, dando particular ênfase a aplicações relevantes em Bioquímica e Biologia. Esta disciplina pretende ainda aprofundar os princípios teóricos em que se fundamentam técnicas instrumentais específicas para a análise de macromoléculas biológicas.

Programa

Esta disciplina contemplará aspectos práticos e teoria fundamental de um conjunto de técnicas instrumentais de análise com aplicação bioquímica ou biomédica. Os recentes desenvolvimentos relacionados com métodos para identificação e análise estrutural de macromoléculas biológicas serão discutidos com base em artigos científicos.

Assim, o conteúdo programático inclui os seguintes tópicos: (i) métodos espectroscópicos de caracterização de biomoléculas; (ii) electroforese capilar; (iii) cromatografia de péptidos e proteínas; (iv) espectrometria de massa de biomoléculas; (v) DNA-arrays; (vi) tecnologia baseada em microfluidos; (vii) validação de novos métodos bioanalíticos.

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Química Bioanalítica Página 2

Bibliografia

Susan R. Mikkelsen e Eduardo Cortón, Bioanalytical Chemistry, Wiley Interscience (2004). Andreas Manz, Nicole Pamme e Dimitri Iossifidis, Bioanalytical Chemistry, Imperial College Press (2004).

Método de Avaliação

Sendo uma disciplina de opção do último ano da Licenciatura, para além do Exame Final (a data será agendada pelo Conselho Pedagógico) a avaliação será contínua e terá em conta a participação nas actividades de discussão programadas.

Assim, a nota final desta disciplina terá as seguintes componentes: Exame Final (50%) Trabalho de Revisão (35%) Discussão de Artigo Científico (15%).

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 2 2 2 - - 100 % 100 % 15.00 15.00 15.00 0.00

Complementar 3 - - 2 1 - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Recurso 1 1 1 - - 100 % 100 % 18.00 18.00 18.00 0.00 Inscrição Normal

18 17 17 1 - 94 % 100 % 14.00 16.00 18.00 1.08

Síntese 21 20 20 - 1 95 % 100 % 14.00 16.00 18.00 1.14

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Estrutura e Função de Proteínas Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA

Disciplina: 3290 – Estrutura e Função de Proteínas Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71563 – 2007/2008 – 1º Ano – 2º Semestre – Área B – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Maria João Gameiro de Mascarenhas Saraiva Teórico-Práticas: Maria João Gameiro de Mascarenhas Saraiva Língua de Ensino: Português

Objectivos

A disciplina tem por objectivo relacionar conhecimentos de estrutura de proteínas com o seu papel biológico, através de exemplos de proteínas que desempenhem funções biológicas diversas.

Programa

Engenharia de proteinas: Manipulação da expressão génica . Métodos de estudo de interação proteína-ligando. Enzimas proteolíticas: Proteases apoptóticas: Caspases, protease HIV-1; receptores activados por proteólise. Proteínas de membrana: Estrutura e função e biosíntese de proteínas. Estrutura e função de canais de iões e de receptores de proteínas G. Receptores envolvidos no metabolismo de lipoproteínas. Endereçamento e processamento de proteínas: conceito de “chaperone molecular”; a família das hsp70 e a sua função. Endereçamento para o retículo endoplásmico - SRP e protéinas receptoras do retículo. Processamento pós-tradução: proteólise, glicosilação, formação de ligações disulfureto, oligomerização. Sistemas de “controle da qualidade”: Bip, calnexina e calreticulina. Transporte de proteínas do r.e. para o Golgi. Degradação de proteínas: a regulação pela ubiquitina.

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Estrutura e Função de Proteínas Página 2

Sinalização: principais vias de sinalização envolvidas em respostas inflamatórias e acção de neurotrofinas. Proteínas patogénicas: Transtirretina como exemplo modelar de amiloidogénese: perspectivas para futuras abordagens terapêuticas; Conformações patológicas da proteína prião; Bases moleculares de algumas doenças neurodegenerativas: doença de Alzheimer, doença de Parkinson, doenças de tripletos

Bibliografia

Artigos seleccionados de revistas científicas internacionais

Método de Avaliação

Apresentação de seminário contribui em 20% a nota final da disciplina

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 1 1 - - - - 0 % 0.00 0.00 0.00 0.00

Complementar 1 - - 1 - - - 0.00 0.00 0.00 0.00

Melhoria de Nota (E. Recurso)

4 4 4 - - 100 % 100 % 14.00 16.25 19.00 1.79

Recurso 2 1 1 1 - 50 % 100 % 10.00 10.00 10.00 0.00 Inscrição Normal

19 17 17 2 - 89 % 100 % 10.00 14.65 20.00 2.45

Síntese 20 19 18 1 - 90 % 95 % 10.00 14.83 20.00 2.71

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Genética Médica Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA

Disciplina: 3294 – Genética Médica Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 71567 – 2007/2008 – Opção – 2º Semestre – Área B – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: António Jorge Dos Santos Pereira de Sequeiros Teórico-Práticas: António Jorge Dos Santos Pereira de Sequeiros Língua de Ensino: Português e Inglês

Objectivos

1. Atitudes o reconhecer que a doença genética é apenas um extremo da variabilidade humana o reconhecer que a particularidade dos portadores assintomáticos de genes mutantes é terem sido diagnosticados (todos somos portadores de um certo número de mutações) o compreender a responsabilidade dos profissionais de saúde perante os familiares em risco de probandos com doenças genéticas o reconhecer a necessidade de os consultandos terem toda a informação genética e médica necessária à sua tomada de decisões o reconhecer a necessidade de os consultandos serem ajudados sem os influenciar através de opiniões próprias ou preconceitos, respeitar a sua autonomia e não julgar as suas escolhas o saber que existem limites para os nossos próprios conhecimentos e capacidade de actuação a cada momento o reconhecer a necessidade de auto-aprendizagem permanente numa área em constante e rápida evolução o reconhecer o papel de cada profissional de saúde no manuseamento clínico e laboratorial de doenças genéticas e a importância da colaboração e da multidisciplinaridade nesta área em particular o reconhecer o papel e a importância particular da garantia de qualidade na genética laboratorial 2. Capacidades • saber registar e interpretar correctamente uma história familiar • determinar a natureza hereditária de uma afecção e distinguir o seu modo de hereditariedade, quando possível • saber calcular riscos genéticos em situações simples

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Genética Médica Página 2

• reconhecer a existência de consequências psicológicas e sociais do estado de risco e de doença • desenvolver o pensamento genético de problemas médicos • saber como e onde aceder à informação necessária • conhecer os diversos tipos de testes genéticos (citogenéticos, bioquímicos ou moleculares), saber interpretar os seus resultados e conhecer as suas limitações • determinar quais as principais técnicas moleculares mais adequadas a cada situação e diagnóstico 3. Conceitos fundamentais • a individualidade de cada ser humano • alcance da variabilidade humana normal • conceitos de genético, congénito, familiar e hereditário • conceitos de gene • conceito e tipos de polimorfismos • conceitos e tipos de mutação • papel relativo dos genes na saúde e na doença • conceitos de sintenia, ligação genética e mapeamento cromossómico • conceitos de haplótipo, desequilíbrio de ligação e associação • estrutura e classificação dos cromossomas num cariótipo normal • cariótipos possíveis das cromossomopatias mais frequentes • abortamentos espontâneos e infertilidade como manifestação possível de doença genética • significado diagnóstico e prognóstico de alterações cromossómicas no cancro • noções de mutagénese, teratogénese e carcinogénese • os diversos conceitos de sexo; determinação e diferenciação sexual • consequências fenotípicas eventuais da inactivação de genes ligados ao X • consequências eventuais da interrupção de genes em translocações equilibradas • efeitos da idade materna e paterna na génese de doenças genéticas • os diversos tipos de hereditariedade humana • características principais da hereditariedade mendeliana de doenças humanas • papel da consanguinidade e da frequência génica na manifestação de doenças recessivas • interacção de genes de doenças com outros genes e o ambiente • influência e limitação ao sexo em características autossómicas • conceitos de penetrância incompleta e expressividade variável • penetrância dependente da idade e antecipação da idade de início • epistasia e genes modificadores • heterogeneidade genética e fenocópias • mutações de novo e mosaicismo germinal • metilação de genes e efeitos de origem parental • imprinting genómico e dissomia uniparental • mutações dinâmicas por expansão de tripletos • hereditariedade mitocondrial ou materna • características da hereditariedade multifactorial • modelo multifactorial com limiar • cálculo de frequências génicas e genotípicas (portadores para doenças recessivas) • técnicas principais de diagnóstico molecular de doenças genéticas • conceito de pleiotropismo e tipos de síndromes (cromossómicos, ambientais e

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mendelianos) • frequência, cariótipo e características dos principais síndromes cromossómicos • indicações formais do pedido de cariótipo • doenças e síndromes mendelianos como exemplos de princípios genéticos básicos • principais malformações congénitas e factores que as influenciam • situações mais frequentes de intersexo • factores genéticos no cancro • genética das doenças comuns da vida adulta e genes de susceptibilidades • riscos empíricos para doenças multifactoriais • cálculo bayesiano de riscos genéticos • tipos de rastreio para doenças genéticas e diagnóstico pré-natal • princípios e técnicas de aconselhamento genético • doenças genéticas mas frequentes em Portugal • disponibilidade de serviços e consultas na área da genética médica existentes no país • aspectos éticos e deontológicos da genética médica

Programa

O programa (teórico e prático) da disciplina consta essencialmente de (1) conhecimentos essenciais sobre os princípios básicos da genética em medicina e (2) uma introdução à importância e às aplicações clínicas da genética médica. No entanto, estas duas partes serão integradas e não leccionadas separadamente.

(1) Hereditariedade e base genética da doença: consiste essencialmente na descrição dos modos de hereditariedade adaptados às doenças genéticas humanas (e as extensões ao mendelismo implicam), tipos de alterações genéticas que causam doença a nível cromossómico e molecular, alguns dos métodos para os diagnosticar e os princípios genéticos envolvidos.

(2) Introdução à genética molecular clínica: serão explicados os princípios e técnicas do aconselhamento genético, a detecção e prevenção da doença genética, incluindo os testes genéticos em contexto de diagnóstico ou preditivo, DPN e DGPI, rastreios genéticos, exemplos específicos de doenças genéticas mais comuns, cálculo de riscos simples, impacto da doença genética nos indivíduos, nas famílias e na sociedade, e suas implicações éticas.

CONTEÚDOS (conteúdos detalhados fornecidos separadamente)

(1) Princípios Básicos Introdução à Genética Médica. Conceitos de gene. A individualidade do ser humano. Tipos de doenças genéticas. Genética médica clássica e desvios ao mendelismo. Metodologia do inquérito familiar. Tipos de hereditariedade. Princípios de genética mendeliana clássica. Extensões ao mendelismo. Do gene ao fenótipo.

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Genética das populações e medicina. Aplicações práticas da lei de Hardy-Weinberg. Consanguinidade e endogamia. Genética e evolução. Antropologia genética. Genética molecular e epidemiologia genética. Mapeamento cromossómico de genes de doenças humanas. Ligação genética e associação. Haplotipos e desequilíbrio de ligação. Citogenética humana básica. Morfologia cromossómica normal. Patologia cromossómica. Citogenética tumoral. Genética do desenvolvimento. Embriologia experimental e clonagem. Processos anómalos do desenvolvimento. Os gémeos em genética médica. Determinação sexual. Mutagénese e teratogénese. (2) Aplicações clínicas Introdução à genética clínica. Doenças genéticas. Diagnóstico, prognóstico, orientação, tratamento e prevenção, em doentes, na família e na população. Genética e saúde pública. Semiologia genética. Embriologia clínica da face. A face nas doenças genéticas. Sindromologia e dismorfologia. Citogenética clínica. Síndromes cromossómicos. O cariótipo em genética clínica. Genética e reprodução. Intersexo. Citogenética do cancro. Doenças mendelianas. Doenças mendelianas como exemplos de princípios genéticos básicos. Síndromes mendelianos e ambientais. Principais doenças genéticas em Portugal. Doenças multifactoriais. Malformações congénitas. Genes de susceptibilidades e doenças comuns da vida adulta. Genética e cancro. Genética molecular clínica. Técnicas principais para diagnóstico e predição de doenças genéticas humanas. Tipos de testes genéticos. Avaliação de testes genéticos e economia da saúde. Garantia de qualidade no laboratório. Tratamento e prevenção. Princípios e técnicas do aconselhamento genético. Prevenção e tratamento das doenças genéticas. Diagnóstico pré-natal (DPN) e pré-implantação (DGPI). Serviços de genética clínica e laboratorial em Portugal. Genética médica e ética.

Bibliografia

Textos de apoio: - J. Sequeiros. Apontamentos de Genética Médica, 2008 - F.J. Regateiro. Glossário de Genética Médica. Brotéria Genética XXII:5-45, 2001 Livros de texto (para consulta): - Nussbaum RL, McInnes RR, Willard HF, Thompson MW (2007): Thompson & Thompson genetics in medicine, 7th Edition. Philadelphia: Saunders/Elsevier (o melhor, para quem quiser consultar apenas um livro; o livro de genética médica mais seguido em todo o mundo; tradução brasileira disponível de edições mais antigas) - B.R. Korf. Human Genetics. A Problem-Based Approach. 2nd ed. Blackwell Sci., Malden, MA, 2000 (um óptimo livro, que prova bem o lugar que o “PBL” pode ter no ensino básico e clínico da genética humana) - A.P. Read & T. Strachan. Human Molecular Genetics 3 (3nd ed.). Taylor & Francis Ltd., Oxford, 2003 (o livro, num nível avançado, para quem quiser aprofundar os aspectos moleculares da genética humana)

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Recursos 'online' principais (de livre acesso): - OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man). McKusick-Nathans Inst. for Genetic Medicine, Johns Hopkins Univ., Baltimore, MD, and National Cen. for Biotechnology Information, National Library of Medicine, Bethesda, MD, 2000. World Wide Web URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/ (o MIM online) - EuroGentest - Genetic Testing in Europe. URL: http://www.eurogentest.org/ - PHGEN - Public Health Genomics: European Network. URL: http://www.phgen.nrw.de/ - Orphanet. URL: http://www.orpha.net/ (também em português; recurso importante para informação sobre doenças raras e medicamentos orfãos; diferentes níveis para profissionais de saúde e população em geral) - GenBank. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank - GDB (Genome database). URL: http://www.gdb.org - NHGRI (National Human Genome Research Institute). URL: http://www.nhgri.nhi.gov - HUGO (Human Genome Organization). URL: http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo - ELSI (Ethical, Legal and Social Implications of Human Genetics Research). URL: http://www.nhgri.nhi.gov/ELSI - HGP (Human Genome Project) Information. URL: http://www.ornl.gov/hgmis - Students Guide to HGP. URL: http://www.ornl.gov/hgmis/education/students.html Outros sítios com interesse: - Nature – número especial sobre a sequenciação do genoma humano. URL: http://www.nature.com/genomics - Nature – programas educacionais do HGP (USNHGRI). URL: http://www.nature.com/genomics/human/cd/cd_rom.html - New goals for the US Human Genome Project: 1998-2003. Science 282 (5389): 682-689, 1998. URL: http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/5389/682 - Human Genome Project Progress. URL: http://www.ornl.gov/hgmis/project/progress.htm - Blazing a Genetic Trail. URL: http://www.hhmi.org/genetictrail/ - DNA from the Beginning. URL: http://vector.cshl.org/dnaftb/ - Ciência Viva - Genoma Humano. URL: http://www.cienciaviva.mct.pt/genomahumano - Genetic Science Learning Center. URL: http://gslc.genetics.utah.edu/ - On-linethics.org. URL: http://onlineethics.org - Bioethics.com. URL: http://www.med.upenn.edu/bioethics - Center for the Study of Bioethics. URL: http://www.mcw.edu/bioethics/links.html - Núceleo Interinstitucional de Bioética, HPCA-UFRGS, Porto Alegre. URL: http://www.ufrgs.br/HCPA/gppg/bioetica.htm

Metodologia de Ensino e Aprendizagem

Aulas teóricas e teórico-práticas (programa dinâmico). Auto-aprendizagem apoiada.

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Genética Médica Página 6

Obtenção de Frequência

De acordo com as regras gerais da Escola.

Método de Avaliação

Avaliação distribuída com exame final: - Avaliação contínua (efectuada ao longo das aulas teóricas e práticas) - Elaboração e apresentação oral de trabalhos temáticos (opcionais) - Exame final escrito (diversos grupos de resposta múltipla e dois grupos finais com perguntas de resposta curta e de desenvolvimento)

Avaliação em Situações Especiais

De acordo com as regras gerais da Escola

Pré-Requisitos Recomendados

Nenhuns em termos de disciplinas precedentes.

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Complementar -- Época de

Recurso 1 1 1 - - 100 % 100 % 17.00 17.00 17.00 0.00

Complementar 4 3 3 1 - 75 % 100 % 10.00 12.00 15.00 2.16 Melhoria de

Nota (E. Recurso)

6 6 6 - - 100 % 100 % 11.00 14.33 17.00 1.80

Recurso 3 3 3 - - 100 % 100 % 12.00 15.67 18.00 2.62

Inscrição Normal

21 18 18 3 - 86 % 100 % 10.00 14.06 19.00 2.17

Síntese 25 25 25 - - 100 % 100 % 10.00 14.64 19.00 2.22

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Microscopia Electrónica Página 1

UNIVERSIDADE DO PORTO FCUP / ICBAS

PROGRAMA E CARGA HORÁRIA

Disciplina: Microscopia Electrónica Curso: 255 - Mestrado em Bioquímica Ramo: 10 – TRONCO COMUM / SEM RAMO Carga Horária: 28.0H TEÓRICAS 28.0H TEÓRICO-PRÁTICAS Plano de Estudos: 2007/2008 – 0º Ano – 1º Semestre – Área B – 5.0ECTS Docente(s): Teóricas: Alexandre Manuel da Silva Lobo da Cunha , Eduardo Jorge Sousa da Rocha Práticas: Alexandre Manuel da Silva Lobo da Cunha, Eduardo Jorge Sousa da Rocha Língua de Ensino: Português e Inglês

Estatística de Desempenho

Insc Aval Aprov Falt Excl Apr/Insc Apr/Aval Mín Méd Max D.P.

Inscrição Normal

2 2 2 - - 100 % 100 % 14.00 14.00 14.00 0.00

Síntese 2 2 2 - - 100 % 100 % 14.00 14.00 14.00 0.00

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Inquéritos / Alunos

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Mestrado Bioquímica

2007- 2008

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1º Semestre

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1ª Parte - Avaliação da disciplina 1.1 - Contributo para a formação no domínio do curso da Bioquímica 1.2 - Clareza dos objectivos 1.3 Adequação dos procedimentos de avaliação à disciplina 1.4 - Valorização da participação dos estudantes nas actividades de aprendizagem 1.5 - Grau de dificuldade dos conteúdos 1.6 - Necessidade de preparação anterior do estudante 1.7 - Nível de trabalho e tempo exigido para obter aprovação final 1.8 - Apreciação global da disciplina 1.9 - Estimativa do número médio de horas de trabalho relativamente às horas presenciais 2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente 2.1 - Organização e estruturação dos conteúdos e actividades da disciplina 2.2 - Adequação das estratégias e metedologias, adoptadas pelo Docente ao programa 2.3 - Apresentação de várias perspectivas 2.4 - Referência aos contributos de experiências de investigação / intervenção / profissionais na produção do conhecimento 2.5 - Consideração pelos Estudantes 2.6 - Uilidade da referência às expectativas de investigação / intervenção / profissionais 2.7 - Capacidade de estimular a motivação e interesse nos Estudantes 2.8 - Criação de um clima favorável à aprendizagem 2.9 - Estimulo ao pensamento crítico dos Estudantes 2.10 - Disponibilização dos materiais de apoio (ex: powerpoint ou outros materiais) 2.11 - Cumprimento das regras de avaliação acordadas com os Estudantes 2.12 - Bom relacionamento com os Estudantes 2.13 - Empenho na qualidade de ensino / aprendizagem 2.14 - Respeito pelos sentimentos dos Estudantes 2.15 - Uilização de tecnologias de informação e comunicação no apoio ao ensino / aprendizagem (e-learning, Sigarra…) 2.16 - Apreciação global do Docente 2.17 - Disponibilidade para o acompanhamento dos Estudantes fora do horário das aulas 3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina 3.1 - Participo activamente nas actividades de ensino / aprendizagem (aulas, trabalhos ou outras actividades) 3.2 - Recorro ao auxilio dos Docentes 3.3 - Exponho a minha opinião 3.4 - Estudo regularmente as matérias 3.5 - Estou motivado/a para a disciplina 3.6 - A disciplina interessa-me do ponto de vista pessoal 3.7 - Sou assiduo/a às aulas 3.8 - Converso com os colegas sobre os conteúdos / trabalhos 3.9 - Utilizo as tecnologias de informação e comunicação (e-learning, Sigarra…) como ferramenta de estudo 3.10 - Grau de satisfação global com a minha prestação 3.11 - Desenvolver a minha capacidade de compreensão dos fenómenos e temas no domínio 3.12 - Desenvolver as minhas capacidades de reflexão crítica 3.13 - Aprofundar as minhas capacidades de reflexão sobre as implicações éticas, sociais ou políticas neste domínio 3.14 - Desenvolver a minha curiosidade por novas áreas de investigação, da intervenção ou da prática profissional no domínio

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Bioquímica Industrial 1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.17 2.180,0

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3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

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1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

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Complementos Biologia Molecular

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

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2,0

3,0

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2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

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3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

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Métodos de separação e detecção

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

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2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

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3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

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Microscopia Electónica

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

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3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

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2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

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Neuroquímica Neurologia

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

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3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

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1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

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Oncobiologia

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

1,0

2,0

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2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

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3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

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2º Semestre

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1ª Parte - Avaliação da disciplina 1.1 - Contributo para a formação no domínio do curso da Bioquímica 1.2 - Clareza dos objectivos 1.3 Adequação dos procedimentos de avaliação à disciplina 1.4 - Valorização da participação dos estudantes nas actividades de aprendizagem 1.5 - Grau de dificuldade dos conteúdos 1.6 - Necessidade de preparação anterior do estudante 1.7 - Nível de trabalho e tempo exigido para obter aprovação final 1.8 - Apreciação global da disciplina 1.9 - Estimativa do número médio de horas de trabalho relativamente às horas presenciais 2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente 2.1 - Organização e estruturação dos conteúdos e actividades da disciplina 2.2 - Adequação das estratégias e metedologias, adoptadas pelo Docente ao programa 2.3 - Apresentação de várias perspectivas 2.4 - Referência aos contributos de experiências de investigação / intervenção / profissionais na produção do conhecimento 2.5 - Consideração pelos Estudantes 2.6 - Uilidade da referência às expectativas de investigação / intervenção / profissionais 2.7 - Capacidade de estimular a motivação e interesse nos Estudantes 2.8 - Criação de um clima favorável à aprendizagem 2.9 - Estimulo ao pensamento crítico dos Estudantes 2.10 - Disponibilização dos materiais de apoio (ex: powerpoint ou outros materiais) 2.11 - Cumprimento das regras de avaliação acordadas com os Estudantes 2.12 - Bom relacionamento com os Estudantes 2.13 - Empenho na qualidade de ensino / aprendizagem 2.14 - Respeito pelos sentimentos dos Estudantes 2.15 - Uilização de tecnologias de informação e comunicação no apoio ao ensino / aprendizagem (e-learning, Sigarra…) 2.16 - Apreciação global do Docente 2.17 - Disponibilidade para o acompanhamento dos Estudantes fora do horário das aulas 3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina 3.1 - Participo activamente nas actividades de ensino / aprendizagem (aulas, trabalhos ou outras actividades) 3.2 - Recorro ao auxilio dos Docentes 3.3 - Exponho a minha opinião 3.4 - Estudo regularmente as matérias 3.5 - Estou motivado/a para a disciplina 3.6 - A disciplina interessa-me do ponto de vista pessoal 3.7 - Sou assiduo/a às aulas 3.8 - Converso com os colegas sobre os conteúdos / trabalhos 3.9 - Utilizo as tecnologias de informação e comunicação (e-learning, Sigarra…) como ferramenta de estudo 3.10 - Grau de satisfação global com a minha prestação 3.11 - Desenvolver a minha capacidade de compreensão dos fenómenos e temas no domínio 3.12 - Desenvolver as minhas capacidades de reflexão crítica 3.13 - Aprofundar as minhas capacidades de reflexão sobre as implicações éticas, sociais ou políticas neste domínio 3.14 - Desenvolver a minha curiosidade por novas áreas de investigação, da intervenção ou da prática profissional no domínio

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Bioinformática

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

1,0

2,0

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5,0

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7,0

8,0

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

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Estrutura e Função Proteícas

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

3.1 3.2 3.2 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

Page 69: Mestrado em Bioquímica 2007/2008 - fc.up.ptem bioquímica computacional e ter um conhecimento detalhado de técnicas de simulação ... Inovações tecnológicas para a indústria

Asp_ Químicos Bioq_ Nutrição

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

3.1 3.2 3.2 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

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Farmacologia Mol_ Celular

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

3.1 3.2 3.2 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

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Química Bioanalítica

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.80,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

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Genética Médica

1ª Parte - Avaliação da disciplina

2ª Parte - Avaliação da actividade do Docente

3ª Parte - Caracterização do Estudante da disciplina

4,0 5,0 5,0 5,0 5,0 5,0 5,0 4,00,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10 2.11 2.12 2.13 2.14 2.15 2.16 2.170,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.140,0

1,0

2,0

3,0

4,0

5,0

6,0

7,0

8,0

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Médias por Alunos/Disciplinas

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| Mestrado de Bioquímica

1

Conteúdos

Média por Aluno ........................................................................................................................... 2

Média por Disciplina ...................................................................................................................... 3

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| Mestrado de Bioquímica

2

Média por Aluno

Figura 1. Gráfico representativo das médias por aluno.

0

2

4

6

8

10

12

14

16

18

20

dia

Média/Aluno

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| Mestrado de Bioquímica

3

Média por Disciplina

Figura 2. Gráfico representativo das médias por disciplina.

0

2

4

6

8

10

12

14

16

18

20

dia

Média/Disciplina

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Teses de Mestrado

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Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

FCUP Pedro ZenhaFátima Paiva-

Martins [email protected] Anti-atherosclerotic Activity of Olive polyphenols

FCUP César Filipe Ribeiro

PG Joaquim Esteves [email protected]ção da oxiluciferina das reacções catalizadas pela luciferase

do pirilampo17

FCUPSimone Marin Marques

MJR Joaquim Esteves [email protected]ão Martins

Leitão

Desenvolvimento e optimização de novas técnicas bioanalíticas (pirofosfato, AMP, CoA) baseadas nas reacções catalizadas pela

luciferase do pirilampo07-10-2008 27-10-2008 10-11-2008 19 17

FCUPDaniel Oliveira Carvalho

PG Luís Guido [email protected]étua P. do

Ó"Estudo de compostos fenólicos de bebidas com potencial actividade

anti-tumoral. Efeitos biológicos in vitro ."06-11-2008 21-11-2008 15-12-2008 17 16

FCUP Mariana Garrido MJR Paula Gameiro [email protected] microbiológico da interacção de proteínas membranares Omp’s

com antibióticos14

FCUP Óscar Passos PG Pedro Fernandes [email protected]érgio F. de Sousa

"Estudo teórico do Mecanismo de Catalise assistida do enzima Beta-Hexosaminidase A"

05-12-2008 19-12-2008 19 18

FCUP Iva Fernandes MJR Nuno Mateus nbmateusMaria da Conceição Calhau

"Actividade antitumoral de compostos polifenólicos - relação estrutura - actividade. Hemi-síntese enzimática de metabolitos de antocianinas."

31-10-2008 27-11-2008 17-12-2008 19 19

FCUP Susana Soares MJR Víctor Freitas vfreitasAlberta Paula Gameiro

Influência dos compostos polifenólicos no sabor dos alimentos: relação entre a sua estrutura e a capacidade de interacção com proteínas

18-09-2008 27-10-2008 28-10-2008 18 17

FCUP Célia da Rocha MJRJoaquim Esteves da

Silva jcsilvafc.up.pt Eulália Pereira "Avaliação de sensores para determinação de peróxido de oxigénio" 19-12-2008 13-01-2009 27-01-2009 14 14

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

IBMCJoão Pedro Pessoa

MJR Ana M. Damas [email protected] G. Moradas Ferreira

"Strutuctural and Functional Studies on Arabidopsis thalaiana

Transthyretin-like Protein"13-11-2008 03-12-2008 23-12-2008 19 16

IBMCCláudia Brandão

MJS Fernando Arosa [email protected]ão Taborda

Barata"Signaling pathways activated by RBC-derived factors in normal T Cells

and Jurkat T Cells"14-11-2008 18 16

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IBMC Tony Rodrigues MJR Jorge Azevedo [email protected] Vitor da Costa"Functional Characterization of Human PEX7P, a WD Protein involved in

the Peroxisomal Biogenesis"19-12-2008 15-01-2009 09-02-2009 18 15

IBMC Inês Mendes MJSMaria Clara Sá

Miranda [email protected]

Modelo animal da doença de Fabry: estudo da terapia enzimática de substituição precoce na prevenção do aparecimento das alterações

fenotipicas17 17

IBMCMaria João Ferraz

MJSMaria Clara Sá

Miranda [email protected] Doença de Fabry: Estudo da progressão no modelo animal 18 17

IBMC Bebiana Moura MJR Sandra Ribeiro [email protected] Jorge Azevedo"Structural analysis of proteins involved in ubiquitin-proteasome

degradation pathways"14-11-2008 16-12-2008 14-01-2009 19 17

IBMC Rita Vilaça PCS Vítor Costa [email protected] Félix Carvalho"Protective effect of pomegranate polyphenols and quercetin against

oxidative stress in Saccharomyces cerevisiae"05-11-2008 25-11-2008 12-12-2008 19 18

IBMCFilipe Vilarinho

PintoMJS Paula Tamagnini [email protected] Frederico Silva

Caracterização e análise da expressão dos genes estruturais e acessórios da hidrogenase bi-direccional da cianobactéria Lyngbya

majuscula CCAP 1446/419 16

IBMCMariana

Resende da Silva

Anabela Cordeiro [email protected] of the innate immunity by Leishmania excreted/secreted

antigens03-12-2008 17 16

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

ICBASJosé Bernardo

MatosMJS Laura Oliveira [email protected] Transmissão neuromuscular em animais miasténicos: Papel das purinas 19 17

ICBAS Bárbara Leal PCS Berta da Silva [email protected] Rua Vilanova

"Caracterização das células T reguladoras (TREG) no lúpus eritematoso sistémico (LES)"

14-11-2008 16

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

HSJ Cátia Cerqueira PCS Manuel [email protected]

saude.ptMaria Helena Fernandes

"Studies on the role of vitamin D3 in puromycin aminonucleoside-induced nephrotic syndrome"

31-10-2008 25-11-2008 23-12-2008 18 17

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Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

MINHOEugénia Sofia Nogueira

MJS Paula Sampaio [email protected] Célia Ferreira "Estudo do Factor de Transcrição RIm1 em Candida albicans " 30-10-2008 19 18

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

FEUPDaniel Alves Cardoso

PGMaria Ascensão

Lopes [email protected]

Maria Pia Ferraz

"Effect of Si doping in glass reinforced hydroxyapatite in osteointegration: physicochemical, structural and in vitro biological

evaluation"13-11-2008 04-12-2008 22-12-2008 18 16

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

GANDRAVanessa Nascimento

MJS Hassan Bousbaa [email protected]

pu.ptAnálise funcional e molecular do checkpoint mitótico em linhas celulares

de glioblastomas19 18

GANDRA Joana Barbosa PCS Hassan Bousbaa [email protected]

pu.pt Exploração da actividade do checkpoint mitótico em linhas tumorais 17

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

IPATIMUP Vânia Camilo MJS Raquel Almeida [email protected] José Oliveira

Estudo da regulação do gene CDX2 em linhas celulares gástricas 11-11-2008 18 17

IPATIMUP Bárbara Sousa PCS Fernando Schmitt [email protected]ão de marcadores de células estaminais em tumores primários e

em linhas celulares de cancro da mama

IPATIMUPManuel Pedro Salgueiro

PCS Filipe Santos Silva [email protected] of signaling pathways mediated by MUC1 mucin and its

relevance in gastric carcinogenesis14

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Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

BOTÂNICOAlberto Pessoa

da SilvaMJR Jorge Teixeira [email protected]

Paula Lima e Castro

"Estudo da Acumulação de Cádmio e de Indicadores Fisiológicos de Defesa Antioxidante em Solanum Nigrum L."

06-11-2008 24-11-2008 19-12-2008 19 15

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

M DENTÁRIAAna Catarina Bessa Pereira

PGMaria Helena Fernandes

[email protected]ónio S. Cabrita

"Osteoblastic Behaviour of Serially-Passaged Adipose Tissue-Derived Mesenchymal Stem Cell"

05-11-2008 17-11-2008 05-12-2008 18 17

Instituição Mestrando Tutor Orientador e-mail do investigador Arguente Título da TeseData de

entrega da tese

Data de nomeação de Júri

Data de defesa da

tese

Nota da tese

Média de Curso

C GEN MED JM

Isaura Ribeiro PCSOlga Amaral e Maria

Gil [email protected]

Clara de Sá Miranda

"Doença de Farber: Estudo Bioquímico, molecular e fisiopatológico" 16-12-2008 18-12-2008 14-01-2009 18 16

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Relatório Anual da Comissão Científica

do Mestrado em Bioquímica

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Relatório Anual da Comissão Científica do Mestrado em Bioquímica

2007-2008

De acordo com o artigo 4º l, do regulamento geral de segundos ciclos da Universidade de

Porto, apresenta-se o relatório anual sobre o funcionamento no ano lectivo de 2007-2008,

primeiro ano em que funcionou este Mestrado.

I - Candidaturas A Comissão Científica (CC) propôs o numero clausus de 70 alunos, para o

funcionamento dos 1º e 2º anos deste mestrado. Foram critérios de admissão :

- 1º ano – licenciatura em Bioquímica ou áreas afins ou candidatos com, pelo menos 180

créditos - das candidaturas recebidas, 11 candidatos foram recusados e/ou desistiram,

sendo o número final de 20 candidatos (3 da área de microbiologia, 1 de ciências da

saúde, e 16 de bioquímica).

- 2º ano – licenciaturas em Bioquímica com 240 créditos - 30 candidatos concorreram e

foram todos aceites para tese

II - Conteúdos programáticos e aproveitamento escolar por disciplina Ver anexo 1

III - Disciplinas de opção não leccionadas Da área Biomédica : Microbiologia aplicada, Parasitologia, Embriologia – por falta de

inscrições ou número de inscrições muito reduzida (« 5 alunos)

Da área química: Nanoquimica, Especiacao Quimica e Biodisponibilidade de

Contaminantes, Interfaces e Coloides, Polifenois na Alimentacao e Saude

Compostos Bioactivos na Concepcao de Fármacos, Metodos Espectroscópicos e

Calorimétricos em Sistemas Biológicos.

IV - Inquéritos aos alunos sobre o funcionamento de disciplinas Ver anexo 2

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V – Teses Foram propostos 68 estágios, a realizar em diversas instituições: U Minho, FEUP, ESCS-

Gandra, FFarmácia, IPATIMUP, Ciimar, Botânico, FC, ICBAS, IBMC, H S. João.

Os 30 temas selecionados pelos alunos estão no anexo 3, assim como as notas finais.

Cada aluno teve um tutor, membro da CC do Mestrado, com função consultiva, e que

presidiu à defesa da tese. Cada tutor promoveu a apresentação intercalar dos resultados

dos vários tutorandos, em conjunto, para discussão com os respectivos orientadores,

fomentando o intercâmbio científico entre alunos e investigadores.

VI – Conclusões Pela análise dos elementos apresentados nos anexos 1 e 2 , dos conteúdos programáticos

e inquéritos sobre o funcionamento das disciplinas concluímos ter havido um bom

desempenho de docentes e alunos no 1º ano deste Mestrado. Relativamente ao 2º ano, ano

da tese, os trabalhos apresentados e discussões durante as defesas foram de excelente

nível, conforme comprovado pelas classificações obtidas. As áreas de conhecimento

abordadas nestes trabalhos foram abrangentes e muito actuais.

Chamamos a atenção para o ponto III, de disciplinas não leccionadas devido à falta de

recursos humanos, ou de fraco interesse pelos alunos. Para melhorarmos este ponto, a

CC, com o aconselhamento da Comissão de Acompanhamento, irá brevemente submeter

uma proposta de alteração ao plano de estudos. Ainda de acordo com as sugestões

recebidas da Comissão de Acompanhamento, os conteúdos programáticos de algumas

disciplinas serão alterados.

Porto, 20 de Fevereiro de 2009

O CC do mestrado em Bioquímica

Profª Doutora Maria João Saraiva

Profª Doutora Maria João Ramos

Profº Doutor Paulo Correia e Sá

Profª Doutora Paula Gameiro