Programao PERL

Israel Tojal da Silvaitojal@usp.br

Sumrio

Introduo viso geral

Variveis e Estrutura de Dados

Referncias

Expresses Regulares

Funes

Manipulao de Arquivos

Ordenao

Introduo

Perl : Guia de Consulta RpidaDecio Jr. - Ed. Novatec

Learning Perl (4th ed)by Randal L. Schwartz, Tom Phoenix, brian d foy. Ed. O'Reilly

Programming Perl (2nd Edition) by Larry Wall, Tom Christiansen, Randal L. Schwartz,

Stephen Potter Ed. O'Reilly

Advanced Perl Programming (2th ed)by Simon Cozens. Ed. O'Reilly

Introduo

O que PERL?

Perl is a language for getting your job done

Larry Wall

Introduo

PERL ( Practical Extraction and Report Language ) uma linguagem de programaocriada por Larry Wall em 1987 e que pode ser usada em uma grande variedade detarefas :

Processamento de texto;

Desenvolvimento Web;

Administrao de sistemas;

Acesso a Banco de Dados;

Caractersticas da PERL

Linguagem simples;

Alto nvel;

Suporte a vrias plataformas (Unix, Mac OS, Windows, ...);

Modular e Orientadas a Objetos;

Desenvolvimento rpido;

Introduo

Perl x Bioinformtica

http://www.bioperl.org/

Perl x Bioinformtica

Perl x Bioinformtica

Perl x Bioinformtica

Primeiro programa

#!/usr/bin/perl

print Imprimindo uma mensagem\n;

$ perl hello.pl

hello.pl

Variveis

O que so ?

Posies na memria do computador, que so usadas para guardarem valores

$var

...

E0E1E2

En

E3E4

6

...

E0E1E2

En

E3E4

#!/usr/bin/perl

$var = 6;

Sintaxe das variveis

Tipo Caracter Exemplo um nome para:

Escalar $ $dna

Array @ @genes Uma lista de valores

Hash % %codons

Um valor individual ( nmeros ou string )

Um grupo de valores, indexado por string

Escalares :

$dna = 'ATGCTTATTGTT';

$hits = 5;

$evalue = 5e-120;

$directory = `pwd`;

Sintaxe das variveis

Array:

@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC');@cromossomos = (1,3,5,7,9,11,13,15,17,21,'X','Y);

Os valores so acessados pelos seus ndices:print $gene[0]; # imprime BRCA1;print $cromossomos[3]; # imprime 7;

Tamanho do arrayprint $#gene; # imprime 3;

Acessando uma fatia do arrayprint join(\t,@cromossomos[3..5]) , \n; imprime 7 9 11

Sintaxe das variveis

Hash:

%codons = ( 'ATG'=>'M','CTT'=>'L','ATT'=>'I',

);

Acessando o valor de uma chave do hash

print $codons{'CTT'}\n; # imprime: L

Acessando os valores de todas as chaves do hash

foreach my $key ( keys %codons ){ # imprime:# CTT L

print $key\t$codon{$key}\ n; # ATT I} # ATG M

Sintaxe das variveis

Controlando avisos e variveis

use warnings;use strict;

my $var = 10;

Variveis em Perl so globais por default

Operadores

Operador Tipo

+ , - , * , / , % , ** , ++ , -- Aritmtico

< , = , > , != Comparao Numrica

&& , || , ! , and , or , not Lgicos

lt , gt , le , ge , eq , ne

Atribuio

Comparao de String= , += , -= ,*= , .=

Exemplos :

$x = 8;$y = 2;$z = $x * $y$z == 16

$codonA = 'ACG';$codonB = 'ACG';$codonA ne $codonB

Operadores

If : A declarao ser executada se a expresso lgica for verdadeira:

unless: A declarao no ser executada se a expresso for verdadeira:

Instrues if e unless

my $varA = 3;my $varB = 5;if ( $varA < $varB ) {

....}

my $varA = A;unless ( $varA eq 'B' ) {

....}

Instrues Interativas (looping)

my $i = 0;while ( $i

Formas especiais da instruo do

my $i = 0;do{

print $genes[$i]\n;$i++;

}while ( $i $#genes );

do bloco until expr;

@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC');

Desviando do caminho : next e last

next;

last;

@genes = ('BRCA1', 'NAT2' , 'MMP9' , 'MYC');

my $i = 0;while ( $i

Um programa Perl

#!/usr/bin/perl

use strict;use warnings;

my $dna;my @array = ('a','c','g','g','a','g','c','t','c','g');for (my $i =0; $i

Referncias

Referncias so ponteiros para tipos de dados previamente definidos :

my $var = 6;my $ref_var = \$var;

$var

$ref_var

...

E0E1E2

En

E3E4

6

E1

...

E0E1E2

En

E3E4

print $ref_var; # imprime E1

print $$ref_var; # imprime 6

Referncias

Referncia Definio Valor

Escalar $ref_var = \$var; $$ref_var

Array $ref_array = \@genes; $ref_array->[0]Hash $ref_hash = \%hash; $ref_hash->{'ATG'}

Expresses Regulares

Pesquisa A procura por grandes quantidades de dados de modo conveniente e eficaz

realizada atravs da combinao de padres

expr =~ [ m ] /padro/[g][i][m][o][v][x]

my $dna = 'ACGTTCCAACA';if ( $dna =~ /aac/i ){

...}

my $dna = 'ACGTTCCAACA';if ( $dna =~ /aac/ ){

...}

Expresses Regulares

Substituio Pesquisa uma string procurando um padro e, se encontrado, troca aquele

padro pelo texto de substituio

$var =~ s/padro/substituto/[e][g][i][m][o][s][x]

my $dna = 'acgtccatc--------------ccccatta';$dna =~ s/\-//g;print $dna; #imprime acgtccatcccccatta

my $dna = 'TCCTCCATCCG';$dna =~ s/C/c/;print $dna; #imprime TcCTCCATCCG

Sub-rotinas

A sub-rotina agrupa uma sequncia de declaraes e funes quepodero ser reutilizadas pelo programa.

#!/usr/bin/perl

use strict;use warnings;

my ($x,$y,$sum) = (5,9,0);

$sum= &sum ($x,$y);

print $x + $x = $sum\n;

sub sum{

my ($var1,$var2) = @_;

my $sum = $var1 + $var2;

return $sum;}

#!/usr/bin/perl

use strict;use warnings;

my ($x,$y,$sum) = (5,9,0);

&sum ($x,$y,\$sum);

print $x + $x = $sum\n;

sub sum{

my ($var1,$var2,$rS_sum) = @_;

$$rS_sum = $var1 + $var2;

return;}

Manipulao de Arquivos

...

open (IN,'arquivo.txt') or die $!;while (){

print $_;}close (IN);

...

...

open (OUT,'>arquivo.txt') or die $!;

print OUT $var\n;

close (OUT);

...

Estruturas Avanadas

1 BRCA12 IKZF21 FOXD34 WFS14 RUFY33 COLQ4 NSUN7

1MMP9 FOXD3

2IKZF2

4WFS1 RUFY3 NSUN7

3COLQ

#!/usr/bin/perl

use strict;use warnings;

my %HoA;

my $fileIn = shift or die $!;my @array;open(IN,$fileIn) or die $!;while(){

chomp;@array = split(\t,$_);push ( @ { $HoA{$array[0]} }, $array[1] );

}close(IN);

foreach my $key ( keys %HoA ){

print $key\n\t;print join ( \t,@{$HoA{$key}} ) , \n;

}

Hash de Array

Estruturas Avanadas

1BRCA1 NM_11 NM_32FOXD3 NM_82

4WFS1 NM_54RUFY3 NM_88 NM_89NSUN7 NM_52

3COLQ NM_92 NM_93

2IKZF2 NM_13 NM_14

#!/usr/bin/perl

use strict;use warnings;

my %HoHoA;

my $fileIn = shift or die $!;my @array;open(IN,$fileIn) or die $!;while(){

chomp;@array = split(\t,$_);push ( @ { $HoHoA{$array[0]}{$array[1]} }, $array[2] );

}close(IN);

foreach my $ka ( keys %HoHoA ){

print $ka\n;foreach my $kb ( keys %{$HoHoA{$ka}} ){

print $kb\t;print join ( ,@{$HoHoA{$ka}{$kb}} ) , \n;

}}

Hash de Hash de Array 1 BRCA1 NM_111 BRCA1 NM_322 IKZF2 NM_132 IKZF2 NM_141 FOXD3 NM_824 WFS1 NM_544 RUFY3 NM_884 RUFY3 NM_893 COLQ NM_923 COLQ NM_934 NSUN7 NM_52

Ordenao

BRCA1 15 10MMP9 10 2NAT2 3 4NAD1 9 25HOX 44 87TP53 60 3

TP53 60 3HOX 44 87BRCA1 15 10MMP9 10 2NAD1 9 25NAT2 3 4

#!/usr/bin/perl

use strict;use warnings;

my %HoA;

my $fileIn = shift or die $!;my @array;open(IN,$fileIn) or die $!;while(){

chomp;@array = split(\t,$_);push ( @ { $HoA{$array[0]} }, @array[1..2] );

}close(IN);

foreach my $key ( sort { $HoA{$b}[0] $HoA{$a}[0] } keys %HoA ){

print $key\n;print join ( ,@{$HoA{$key}} ) , \n;

}

Funes PERL

split join sort substr length push pop chomp sqrt glob reverse

http://geekandpoke.typepad.com/geekandpoke/perl/

Vamos praticar ?

Faa um script para traduzir uma sequncia de nucleotdeos para uma ORF.Dica :

perldoc split join reverse substr hash rotina

http://xavante.fmrp.usp.br/verao