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Seqüenciamento e Seqüenciamento e genômicagenômica
Descrição rápida de algumas Descrição rápida de algumas estratégias de estratégias de seqüenciamento e anotação.seqüenciamento e anotação.
Alguns genomas...Alguns genomas...
Haemophilus influenzae, Science 1995:– “Whole genome random
sequencing na Assembly of Haemophilus influenzae Rd.”
No Brasil, Xylella fastidiosa, Nature 2000– The genome sequence of the plant
pathogen “Xylella fastidiosa.” Genoma humano: Science e
Nature, fevereiro de 2001
ShotgunShotgun
Shotgun hierárquicoShotgun hierárquico
ESTsESTs
Etiquetas de genes expressos – Etiquetas de genes expressos – Expressed sequence tagsExpressed sequence tags
Biblioteca de cDNA – mRNA Biblioteca de cDNA – mRNA amplificados por uma transcriptase amplificados por uma transcriptase reversa clonado em plasmídeosreversa clonado em plasmídeos
Permite comparações entre tecidos Permite comparações entre tecidos ou ciclos/fases da vida do organismo ou ciclos/fases da vida do organismo (estudos de expressão)(estudos de expressão)
ORESTES – ORF ESTsORESTES – ORF ESTs
PCR inespecíficoPCR inespecífico Dias-Neto (2000)Dias-Neto (2000)
– PNAS PNAS 9797(7):3491(7):3491
Vetores...Vetores...
YAC - YAC - BAC – BAC – CosmídeosCosmídeos PlasmídeosPlasmídeos
Base callingBase calling
Base callingBase calling
PHRED – um dos programas mais PHRED – um dos programas mais utilizadosutilizados
PHRED quality = - 10 log (PHRED quality = - 10 log (PePe)) Regiões de baixa qualidadeRegiões de baixa qualidade
Base callingBase calling
PePe PHRED QualityPHRED Quality
0,10,1 1010
0,010,01 2020
0,0010,001 3030
O,0001O,0001 4040
0,000010,00001 5050
0,0000010,000001 6060
Mascaramento de Mascaramento de vetores e “trimming”vetores e “trimming” Mascaramento das seqüências de Mascaramento das seqüências de
baixa qualidadebaixa qualidade ““trimming” trimming” – remoção dos primers– remoção dos primers Mascaramento das seqüências Mascaramento das seqüências
dos vetores de clonagemdos vetores de clonagem– Cross Match – compara a seqüência Cross Match – compara a seqüência
obtida com um banco de dados de obtida com um banco de dados de seqüências a serem removidasseqüências a serem removidas
Agrupamento de Agrupamento de seqüênciasseqüências PHRAPPHRAP CAP3CAP3 TIGR AssemblerTIGR Assembler Formação de Formação de contigscontigs GAPSGAPS!!!!!!
Agrupamento de Agrupamento de seqüências - seqüências - GapsGaps Seqüências repetitivas:Seqüências repetitivas: AAATTAAA; AAAGGAAA; AAATTAAA; AAAGGAAA;
AAACCAAAAAACCAAA AAAGGAAACCAAATTAAA?AAAGGAAACCAAATTAAA? AAAGGAAATTAAACCAAA?AAAGGAAATTAAACCAAA? AAACCAAAGGAAATTAAA?AAACCAAAGGAAATTAAA? AAATTAAACCAAAGGAAA????AAATTAAACCAAAGGAAA????
Agrupamento de Agrupamento de seqüências - seqüências - GapsGaps Segmentos do genoma não Segmentos do genoma não
clonadoclonado– Incompatibilidade com o vetor?Incompatibilidade com o vetor?– Acaso?Acaso?– Genes letais?Genes letais?
Agrupamento de Agrupamento de seqüências - seqüências - VisualizaçãoVisualização PHRAP ViewPHRAP View CONSEDCONSED
Agrupamento de Agrupamento de seqüências - seqüências - VisualizaçãoVisualização
Interface do programa Consed
AnotaçãoAnotação
O que diz essa sopa de O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs???As,Ts,Gs,Cs???
AnotaçãoAnotação
O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs???O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs??? Buscas por similaridadeBuscas por similaridade Programas de previsãoProgramas de previsão ORFsORFs GENESCAN, GENOMESCANGENESCAN, GENOMESCAN Sabiá, para anotação de bactérias, Sabiá, para anotação de bactérias,
LNCCLNCC Bancos de dados biológicos!!!Bancos de dados biológicos!!!
Depois do genoma???Depois do genoma???
OMAS:OMAS:– Genoma;Genoma;– Transcriptoma;Transcriptoma;– Proteoma;Proteoma;
Estudos de expressão gênica:Estudos de expressão gênica: ESTs, ORESTEs;ESTs, ORESTEs; Microarrays;Microarrays; SAGE; ...SAGE; ...
Quantos genomas Quantos genomas (10/2004)?(10/2004)? 1.628 de vírus1.628 de vírus 174 de bactérias e 174 de bactérias e
arqueobactériasarqueobactérias 20 de eucariotos20 de eucariotos
Francisco Prosdocimi e Fabrício R. Santos. Francisco Prosdocimi e Fabrício R. Santos. Sobre bioinformática, genoma e ciência. Sobre bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje, 35 (209):54-57. 2004.Ciência Hoje, 35 (209):54-57. 2004.