TEMAS DE TESES DE MESTRADO ENG. AGRONÓMICA – 2016/2017

1 – Optimização de práticas culturais em abóbora butternut - Optimização dos parâmetros qualitativos Orientador: Mariana Mota (ISA) Co-orientador: Tiago Santos (Monliz) Enquadramento: A Monliz é a maior empresa de congelação de hortícolas no país, produzindo abóbora tipo butternut para múltiplos fins (sopas, purés, etc). Tem-se verificado que a variação nas características do fruto em resultado das práticas culturais seguidas e da evolução da maturação condiciona a sua utilização para o fim apresentado. Neste contexto, este projecto visa comparar práticas culturais no âmbito da selecção de variedades, densidades e épocas de plantação, rega e fertilização, bem como datas de colheita com vista a determinar quais as soluções fitotécnicas que conduzem a frutos de melhor qualidade para o fim desejado. Objectivo: Comparar diferentes práticas culturais e identificar o seu efeito na cultura da abóbora butternut em termos de evolução no campo, rendimento e qualidade. Identificar parâmetros de qualidade na abóbora butternut para o fim designado. Descrição das tarefas: Definição e acompanhamento das diferentes práticas fitotécnicas a implementar nos diferentes campos experimentais. Caracterização do estado de maturação dos frutos na fase da pré-colheita. Identificação dos perfis dos diferentes tipos de açúcares em cada estado de maturação. Definição do estado óptimo de colheita. Local de realização: ISA/campos experimentais de agricultores da Monliz. 2 – Uso e aptidão dos terrenos agrícolas do concelho de Alenquer Orientador: Mariana Mota (ISA) Co-orientador: Eng. Paulo Marques (C. M. Alenquer) Enquadramento: O município de Alenquer promove a instalação de empreendedores que procurem implementar a sua actividade no âmbito agrícola, eventualmente associando-se a um projecto de cadeias curtas de distribuição. Numa outra vertente, é também objectivo deste município desenvolver uma Bolsa de Terras com vista à sua futura utilização agrícola. Com esta perspectiva, este trabalho visa “cartografar” os terrenos agrícolas do município de Alenquer com vista à sua utilização agrícola optimizada. Objectivo: Identificação dos terrenos desocupados, ou com utilização agrícola e florestal desadequada, e proposta de utilização agrícola de acordo com a sua aptidão. Atribuição de usos agrícolas optimizados a terrenos que estejam afectos a outras funções ou marginalmente utilizados. Descrição das tarefas: Levantamento dos solos não ocupados ou com ocupação desadequada no concelho de Alenquer. Avaliação da aptidão agrícola dos referidos solos, com base em diferentes critérios, nomeadamente o uso estabelecido no PDM e as características edafoclimáticas. Levantamento dos solos com ocupação agrícola marginal ou não optimizada. Proposta de uso agrícola óptimo para cada mancha. Proposta fitotécnica para o uso agrícola de cada mancha previamente definido. Local de realização: ISA/Instalações do munícipio de Alenquer 3 - Distinção molecular de plantas femininas e masculinas de camarinheira Orientador: Mariana Mota (ISA)

Co-orientador: Isabel Evaristo (INIAV) Enquadramento: Corema album (L.) D. Don, de nome comum camarinha ou camarinheira, é uma espécie endémica das dunas da costa atlântica da Península Ibérica. Conhece-se muito pouco acerca do comportamento desta espécie em prática agrícola. Uma primeira limitação ao estabelecimento de plantas de camarinha como cultura é o facto de se tratar de uma espécie dióica, com plantas femininas e masculinas que não se distinguem facilmente no campo, a não ser quando estão em floração, o que implica a que sejam necessários 5 a 6 anos para saber o género da planta. Este aspecto restringe fortemente o interesse de viveiristas em cruzar e propagar camarinhas ou sequer participar em programas de melhoramento. Surge assim o interesse em desenvolver um teste molecular que permita identificar o sexo das plantas num estádio inicial de desenvolvimento, por forma a dispensar a espera do período juvenil. Objetivo: Estabelecimento de um marcador molecular que distinga plantas femininas de masculinas. Descrição das tarefas Otimização da extração de DNA de camarinheira. Extração de DNA das plantas próximas geneticamente mas de sexo diferente e preparação de pools de plantas femininas e de plantas masculinas. Marcadores moleculares que não dependam do conhecimento do genoma (ISSRs, RAPDs). Identificação de marcadores relacionados com o sexo. Local de realização: INIAV, com recolha de material na aldeia do Meco 4- Avaliação da diversidade genética das populações de Corema album Orientador: Mariana Mota (ISA) Co-orientador: Filomena Nóbrega (INIAV) Enquadramento: A camarinha, com o nome científico de Corema album, é uma espécie endémica da península Ibérica. Produz um fruto branco, comestível, de sabor agridoce e com características importantes quer ao nível do valor nutritivo quer ao nível da composição em antioxidantes. As particularidades deste fruto podem constituir uma nova oportunidade para a sua exploração comercial e desenvolvimento de novos nichos de mercado. Para isto, torna-se necessário introduzir em cultura os genótipos de interesse com base na qualidade e produção do fruto, a fim de responder às exigências dos mercados e dos consumidores. Para a seleção dos genótipos de interesse, que constituirão o material de partida para um programa de melhoramento, é fundamental conhecer a distribuição da variabilidade genética existente entre e dentro das populações naturais existentes em Portugal. Objetivo: O objetivo deste trabalho consiste na avaliação da diversidade genética das populações de camarinha por marcadores moleculares ISSR. Descrição das tarefas: 1 - Pesquisa bibliográfica 2 - Colheita das amostras 3 - Extração de ADN genómico 5 - Amplificação por PCR utilizando vários primers ISSR, otimização da metodologia; 6 - Análise dos resultados. 7 - Elaboração do relatório. Local de realização: INIAV, com recolha de material na Herdade Experimental da Fataca 5- Análise da diversidade genética de populações de framboesas Orientador: Pedro Brás de Oliveira (INIAV)

Co-orientador: Cristina Oliveira/Mariana Mota (ISA) Enquadramento: Nos últimos anos a produção de pequenos frutos tem registado um aumento significativo sendo a cultura da framboesa o maior caso de sucesso. A produção portuguesa é quase exclusivamente para exportação encontrando-se os mercados muito profissionalizados baseados em cultivares oriundas de clubes a que o produtor português se tem que associar para poder exportar. Numa tentativa estudar a viabilidade de um programa de melhoramento de pequenos frutos são necessários estudos de germinação de sementes de estabelecimento de critérios de seleção para a espécie. Objectivo: Caracterização de populações de framboesa obtidas por germinação de sementes. Descrição das tarefas: Germinação de populações de framboeseira. Instalação de campo experimental com as plantas recém-germinadas. Acompanhamento fitotécnico do campo experimental e avaliação da performance das diferentes plantas. Local de realização: INIAV, Herdade Experimental da Fataca 6- Biologia reprodutiva em Corema album: Morfologia e anatomia Orientador: Teresa Valdiviesso (INIAV) Co-orientador: Cristina Oliveira/Mariana Mota (ISA) Enquadramento: A camarinha (Corema album) é uma espécie dioica endémica das zonas dunares da península ibérica que produz frutos comestíveis. No entanto, os frutos desta espécie apresentam características únicas, quer pelo sabor, quer pelo seu aspeto de baga branca. O seu consumo é esporádico resultante da colheita direta em plantas nas dunas. Recentemente tem havido um crescente interesse em estabelecer esta espécie como nova cultura, tornando-se essencial conhecer a sua biologia floral e reprodutiva. A comparação e integração dos resultados da morfologia e anatomia da reprodução sexuada nesta espécie dioica, obtidos neste trabalho, serão uma ferramenta de grande utilidade para a compreensão dos mecanismos envolvidos na produção de frutos e para o melhoramento genético desta espécie tendo em vista a introdução dos seus frutos para o consumo em fresco. Objetivo: Descrever a morfologia e anatomia do sistema reprodutivo da Corema album Descrição das tarefas: - Observações e colheitas de material vegetal em plantas masculinas e femininas, em condições naturais, - Observações à lupa e caracterização das flores (constituição morfológica e dimensões) - Realização de cortes histológicos das estruturas reprodutivas para a descrição anatómica - Morfologia e anatomia do embrião - Comparação e integração dos resultados da morfologia e anatomia das estruturas estudadas Local de realização: INIAV, com recolha de material na Aldeia do Meco. 7 – Desenvolvimento de ferramentas para apoio aos trabalhos de melhoramento em oliveira Orientador: Mariana Mota (ISA) Co-orientador: António Cordeiro (INIAV)

Enquadramento: Um dos aspectos a ter em conta no melhoramento de oliveira e na selecção das diferentes plantas já estabelecidas em campo obtidas por cruzamentos dirigidos é o rendimento em azeite que o novo genótipo vai ter. Este aspecto depende do número de células presentes no fruto, pelo que se torna relevante fazer esta avaliação tão precocemente quanto possível. Neste contexto, este trabalho procura estabelecer métodos expeditos de contagem de células do mesocarpo para realizar ao finalizar o endurecimento do endocarpo, antes da síntese do azeite. Objectivo: O objetivo deste trabalho consiste no estabelecimento de um método expedito de contagem de células em azeitonas. Descrição das tarefas: Acompanhamento fenológico e fitotécnico de oliveiras em processo de selecção. Colheita de frutos no estádio prévio ao endurecimento do caroço. Preparação de amostras. Estabelecimento de diferentes métodos para contagem de células. Comparação dos métodos utilizados. Local de realização: INIAV-Elvas (Olivicultura) e ISA, com recolha de material em Elvas 8 – Desenvolvimento de ferramentas para detecção precoce de Pseudomonas savastanoi e Spilocaea oleagina em oliveiras de viveiro Orientador: Mariana Mota (ISA) Co-orientador: Teresa Carvalho (INIAV) Enquadramento: Um aspecto importante a ter em conta no melhoramento de oliveira e na selecção das diferentes plantas já estabelecidas em campo obtidas por cruzamentos dirigidos é o seu estado sanitário, sendo muito importante encontrar métodos de avaliação expedita da presença de agentes causadores de doenças relevantes para a cultura da oliveira como é o caso da tuberculose ou o olho de pavão. Existem já estabelecidos diferentes métodos moleculares e/ou serológicos para detectar estes dois fitopatogénios, que constituirão a base para a implementação de um método expedito e passível de utilização em larga escala para rastreio dos olivais em estudo no sector de Olivicultura do INIAV-Elvas. Objectivo: Implementação de método expedito de detecção precoce de Pseudomonas savastanoi e Spilocaea oleagina em oliveiras de viveiro. Descrição das tarefas: Avaliação dos métodos de detecção existentes para Pseudomonas savastanoi e Spilocaea oleagina e selecção dos métodos considerados mais adequados para o objectivo definido. Implementação dos métodos seleccionados para detecção dos agentes em estudo em amostras-controlo positivas. Teste dos métodos implementados em oliveiras de viveiro. Estabelecimento de um teste simultâneo para os dois agentes. Local de realização: INIAV-Elvas (Olivicultura) e ISA, com recolha de material em Elvas 9 - Use of soil nematodes as indicators of biodiversity for assessing the soil condition and disturbance Orientador: Maria Lurdes Silva Inácio (Nematologia INIAV)/Filomena Nóbrega (Genética Molecular INIAV) Co-Orientador: Mariana Mota (ISA) Enquadramento:

Soils harbour a unique and vast biological biodiversity. The study of the nematode community structure present in the soil constitutes an innovative approach for the assessment of soil condition and disturbance state of both agricultural and forestry systems. The nematodes are classified according to their role in ecosystem processes (such as nutrient cycling and biological control agents) and feeding habits, namely fungal-feeders, bacterial-feeders, predators, omnivorous and plant-parasitic nematodes (PPN). It is expected that differences in farms and forest management affect the soil nematofauna. Moreover, climate change is likely to influence the future distribution of some of the most serious PPN previously found in tropical and subtropical regions and it is expected that some species will become important pests in temperate regions. So, different agroforestry systems will be chosen to investigate the nematode community associated with healthy and affected areas for the calculation of ecological indexes. Objectivo: Establishment of biodiversity indexes based on the nematode community for the distinction of disturbed and healthy soils. Descrição das tarefas: Samples collection in areas with no symptoms of pests and pathogens attacks and in disturbed areas (if possible in both farms and forestry stands) Identification of the nematofauna present in disturbed and non disturbed systems (morphological and molecular diagnostic) Establishment of biodiversity indexes based on the nematode community Local de realização: INIAV, com recolha de material noutros projectos em curso na Nem- INIAV (GOp MaisSolo, NemaFor) 10 - Quantificação da concentração de DNA numa coleção de isolados de patogénicos de Stemphylium spp. obtida ao longo do ciclo vegetativo da cv. ‘Rocha’ na região do Oeste. Orientadores: Mariana Mota (ISA) e Cecília Rego (ISA) Enquadramento: No decorrer da campanha de 2016, constituiu-se uma coleção de Stemphylium spp. obtidos através de isolamentos realizados a partir amostras aleatórias de flores e frutos da cv. Rocha, colhidas desde a floração até à colheita na região do Oeste. Inoculações efetuadas em peras num pomar revelaram que os isolados diferiam entre si relativamente à sua patogenicidade. Assim, pretende-se aprofundar a caracterização da coleção de isolados patogénicos versus não patogénicos recorrendo à quantificação da concentração de DNA através da utilização de uma sonda TaqMan-PCR (PCR em tempo real) específica. Local: ISA 11 - Estudos de eficácia biológica de fungicidas in vitro e in vivo em relação a isolados patogénicos e não patogénicos de Stemphylium spp. Orientadores: Cecília Rego (ISA) e Cristina Oliveira (ISA) Enquadramento: No decurso dos últimos anos, a incidência e a severidade com que se têm vindo a manifestar, a Estenfiliose, causado por fungos do género Stemphylium spp revelam a necessidade de reavaliar a eficácia biológica dos fungicidas usados comercialmente no controlo da Estenfiliose. Deste modo, serão efetuados ensaios in vitro e in vivo em laboratório com o objetivo de calcular a percentagem de inibição do crescimento micelial e da germinação de esporos obtida com diversos fungicidas. Os ensaios in vivo serão efetuados em frutos. Local: ISA 12 - Caracterização do nível de ploidia de fungos da ordem Pucciniales ao longo do seu ciclo de vida por citometria de fluxo - Ramo/Área de Especialidade: Proteção de Plantas

Orientadores: Pedro Talhinhas e Ana Paula Ramos (ISA) Enquadramento: Recentemente foi demonstrado que Pucciniales, um importante grupo de fungos fitopatogénicos causadores de ferrugens, apresentam ciclos de diploidização/haploidização em fases dos seus ciclos de vida que deveriam ser estritamente haplóides, desafiando princípios solidamente estabelecidos que preconizam ciclos nucleares maioritariamente haplóides com uma muito curta fase diplóide. Estes fungos apresentam ciclos de vida diversos (variando de espécie para espécie) e frequentemente complexos, com até cinco tipos de esporos podendo necessitar de dois hospedeiros vegetais distintos para completar o ciclo. Está em curso no ISA um projeto de investigação que visa esclarecer a natureza genética deste fenómeno haplóide/diplóide usando um conjunto integrado de abordagens citogenéticas, genómicas, fitopatológicas e micológicas. Objetivo: Para este tema propõe-se como objetivo o esclarecimento da variação do nível de ploidia ao longo de todas as fases do ciclo de vida de um conjunto de fungos Pucciniales que apresentam ciclos de vida contrastantes [microcíclicos, demicíclicos, hemicíclicos e macrocíclicos (autóicos e heteróicos)], com vista à identificação da(s) fase(s) do ciclo onde ocorre diploidização e haploidização. Desconhece-se se este fenómeno ocorre em fungos aparentados de Pucciniales. Para esclarecer este aspeto, serão ainda analisados fungos não Pucciniales pertencentes ao filo Basidiomycota. Descrição das tarefas: 1) Preparação (sementeira/plantação e manutenção em estufa ou monitorização na Tapada) das plantas hospedeiras dos fungos selecionados (Avena sativa, Buxus sempervirens, Coffea arabica, Glycine max, Rhamnus alaternus, Silene latifolia, Smyrnium olusatrum, Vicia faba e Zea mays); 2) Preparação dos fungos a estudar (obtidos na natureza ou em coleções de microrganismos) e inoculação nos respetivos hospedeiros/substratos (Pucciniales - Hemileia vastatrix, Phakopsora pachyrhizi, Puccinia buxi, Puccinia coronata, Puccinia smyrnii e Uromyces fabae); não-Pucciniales – Agaricus bisporus, Microbotryum violaceum e Ustilago maydis); 3) Monitorização macro- e microscópica do progresso da infeção e da diferenciação de estruturas típicas de cada fase do ciclo de vida; 4) Amostragem das estruturas típicas de cada fase do ciclo de vida de cada fungo e análise do nível de ploidia por citometria de fluxo após extração dos núcleos e marcação do DNA; 5) Análise e integração dos resultados. Este trabalho conta com o apoio da coleção de fungos PYCC (CREM, FCT/UNL; Dr. Marco Coelho) e do CIFC/ISA (Dra. Maria do Céu Silva), da coleção de sementes do Herbário “João de Carvalho e Vasconcelos” (Engs. Teresa Vasconcelos e Paulo Forte) e da valência em citometria de fluxo da UIC/IGC (Dr. Rui Gardner) e/ou do CFE/FCT/UC (Prof. João Loureiro). Localização da realização da dissertação: O trabalho decorrerá no Instituto Superior de Agronomia (Patologia Vegetal), em ligação com outros participantes do projeto (tanto no ISA como no IGC, na FCT/UNL, na Univ. Coimbra, e ainda em contacto com os consultores/colaboradores em França, Alemanha e Reino Unido), perspetivando-se a divulgação dos resultados obtidos através da apresentação de comunicações em congressos e de publicações em revistas científicas). 13. Efeito da acidificação de chorume animal na fração de fosforo disponível para as plantas apos aplicação ao solo Orientadores: Prof. David Fangueiro/ISA (dfangueiro@isa.ulisboa.pt) e Prof. Ernesto Vasconcelos Enquadramento: Na sequência de um projeto de investigação e de uma tese de doutoramento sobre o tema da acidificação de chorumes animais, pretende-se explorar algumas mais valias da acidificação Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica

Objectivo geral: Estudar a o efeito da acidificação de chorume com diferentes aditivos na disponibilidade de fosforo para as plantas apos aplicação ao solo. Os objectivos específicos do estudo são: Comparar a fração de P disponível em solos tratados com chorume acidificado por adição de diferentes aditivos Comparar a extracção de fosforo pelas plantas nesses mesmos solos Comparar a mineralização do fosforo no solos acima referidos Descrição: O dispositivo experimental consistirá em diferentes tratamentos que resultam da conjugação de 2 tipos de solo, 2 aditivos para acidificação e 2 doses de chorume. Tarefas: Participação na instalação do dispositivo experimental; Acompanhamento dos ensaios; Análises do material vegetal e solos; Tratamento de dados e elaboração da tese. Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá no Horto de Química Agrícola do Departamento de Ciências e Engenharia de Biossistemas do Instituto Superior de Agronomia. O tratamento de dados e elaboração da tese decorrerão na secção de Química do Departamento de Ciências e Engenharia de Biossistemas. Nota: este trabalho deverá ser iniciado até ao final de 2016 com conclusão prevista em Junho 2017 14. Emissões de azoto em milho forragem regado por gota-a-gota, com aplicação de chorume de bovino Orientadores: Prof. David Fangueiro/ISA (dfangueiro@isa.ulisboa.pt) Profª Maria do Rosário Cameira/ISA (roscameira@isa.ulisboa.pt) Enquadramento: Na sequência de uma tese de mestrado já terminada em 2013/2014 e de outra quase a terminar que decorreu em 2015/2016 no período de Outono Inverno, esta tese irá analisar o comportamento do chorume agora sujeito à rega gota a gota, no período de Primavera/Verão, complementando os estudos anteriores. Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica Objectivo geral: Estudar a dinâmica do N do solo e na planta em relação com o tipo de chorume aplicado, o tipo de solo e o tratamento de rega na cultura do milho para forragem. Os objectivos específicos do estudo são:

Fazer o tratamento de dados já existentes das épocas de 2014 e 2015;

Monitorizar as emissões gasosas de amoníaco na presente época (2016);

Monitorizar as perdas de azoto por lixiviação na presente época;

Monitorizar o desenvolvimento da cultura e a produção de biomassa na presente época;

Realizar o balanço de água e N no solo para o período em estudo na presente época. Descrição: O dispositivo experimental consistirá em diferentes tratamentos que resultam da conjugação de 2 tipos de solo, 2 tratamentos de rega e 2 tratamentos de chorume. Tarefas:

Participação na instalação do dispositivo experimental;

Acompanhamento do ensaio durante o período Março/Abril 2016 a Julho/Agosto 2016;

Análises do material vegetal, solos, águas e gases;

Tratamento de dados e elaboração da tese. Resultado esperado: identificação da melhor prática integrada de rega e fertilização para as condições em estudo. Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá no Horto de Química Agrícola do Departamento de Engenharia de Biossistemas do Instituto Superior de Agronomia. O tratamento de dados e elaboração da tese decorrerão nas secções de Engª Rural e de Química Ambiental do Departamento de Engenharia de Biossistemas.

15. Potencial efeito “Starter” do chorume acidificado na cultura de milho Orientadores: Prof. David Fangueiro/ISA (dfangueiro@isa.ulisboa.pt) e Prof. Ernesto Vasconcelos Enquadramento: Na sequência de um projeto de investigação e de uma tese de doutoramento sobre o tema da acidificação de chorumes animais, pretende-se explorar algumas mais-valias da acidificação Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica Objectivo geral: Estudar a o efeito da acidificação de chorume com diferentes aditivos na disponibilidade de fosforo para as plantas apos aplicação ao solo e mais especificamente no potential “starter” na cultura de milho. Os objectivos específicos do estudo são: Comparar a fração de P disponível em solos tratados com chorume acidificado por adição de diferentes aditivos Avaliar o desenvolvimento das plantas de milho nesses mesmos solos Monitorizar a extracção de fosforo pelas plantas de milho nos primeiros 30 dias de crescimento assim como a concentração de fosforo na solução de solo Descrição: O dispositivo experimental consistirá em diferentes tratamentos que resultam da conjugação de 2 tipos de solo, 3 aditivos para acidificação e 2 doses de chorume. Tarefas: Participação na instalação do dispositivo experimental; Acompanhamento dos ensaios; Análises do material vegetal e solos; Tratamento de dados e elaboração da tese. Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá no Horto de Química Agrícola do Departamento de Ciências e Engenharia de Biossistemas do Instituto Superior de Agronomia. O tratamento de dados e elaboração da tese decorrerão na secção de Química do Departamento de Ciências e Engenharia de Biossistemas. Nota: este trabalho deverá ser iniciado em Março 2017 com conclusão prevista em Junho 2017 16. Avaliação e gestão do sistema de rega dos pomares instalados na zona Sul da Tapada da Ajuda. Orientador: Profª Maria do Rosário Cameira/ISA (roscameira@isa.ulisboa.pt) e Prof. João Rolim/ISA (joaorolim@isa.ulisboa.pt) Enquadramento: Ganhar conhecimento e experiência de campo na área da rega de pomares Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica Objectivo geral: Avaliar e gerir o sistema de rega gota a gota dos pomares instalados na zona Sul da Tapada das Ajuda. Os objectivos específicos do estudo são:

Fazer o estudo da conduta de adução da água ao sistema de rega;

Avaliar a eficiência do sistema de rega;

Desenvolver um plano de condução da rega no pomar. Descrição. O sistema de rega atual está dividido em 6 setores e é abastecido por uma conduta que tem início no reservatório que recebe água do furo existente na Tapada. Essa conduta fornece água a vários utilizadores durante o percurso e termina num centro de rega. Este está equipado com um sistema de fertirrega controlado por um programador AGRONIC, que permite fazer a fertirrega: do novo pomar de macieiras, instalado este ano, e que está dividido em dois setores (3 e 4); do pomar de citrinos (setor 5); do pomar de pessegueiros (setor 6) e do pomar de ameixeiras (setor 7). O setor 8 referente aos pomares amendoeiras e figueiras ficará fora do âmbito do estudo. Tarefas:

Fazer o levantamento da conduta que, a partir do reservatório instalado junto do furo abastece o sistema de rega. Identificar todas as suas utilizações;

Instalar sondas de medição do teor de água no solo;

Fazer a simulação da rega gota-a-gota no pomar de macieiras utilizando o programa MIRRIG;

Utilizar o programa RELREG para fazer a condução da rega em tempo real com base nos dados da estação meteorológica do ISA. Resultado esperado: Identificação dos constrangimentos existentes na gestão da água e apresentação de proposta para melhorar a prática integrada de rega e fertilização para as condições em estudo. Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá no novo Pomar de Macieiras e nos antigos pomares de citrinos e prunóideas instalados na zona Sul da tapada da Ajuda. O tratamento de dados e elaboração da tese decorrerão na secção de Engª Rural do Departamento de Engenharia de Biossistemas. 17 - Caracterização do stresse salino em plantas de manjericão. Falar com Prof. Luisa Louro e Miguel Mourato 18 - A problemática da resistência adquirida aos herbicidas na cultura do arroz Orientadores: Ana Monteiro (ISA) e Isabel M Calha e Eugénia Andrade (INIAV) Enquadramento: Em Portugal, as infestantes são o principal problema fitosanitário da cultura do arroz, em particular pelo aparecimento de novas espécies e pela ocorrência de populações resistentes aos herbicidas. Os herbicidas continuam a ser o principal meio de protecção contras as infestantes. No entanto, a sustentabilidade da cultura tem sido ameaçada pela ocorrência de populações resistentes de infestantes altamente competitivas designadamente em espécies de milhãs (Echinochloa spp.; Poaceae) inicialmente susceptíveis que foram seleccionadas por intensa pressão de seleção exercida pelos herbicidas em situações de monocultura-monoherbicida do arroz. A resistência a herbicidas inibidores da actividade das enzimas AcetilCoenzima A carboxilase (ACCase) e da Acetolactato Sintase (ALS) pode ser provocado por diferentes mecanismos, designadamente por insensibilidade da enzima alvo (resistência no local de acção, RLA) ou por um aumento da capacidade de desintoxicação do herbicida (resistência metabólica). RLA resulta de uma única mutação pontual no gene que codifica a enzima ALS. A resistência metabólica é complexa e poligénica, envolvendo vários genes que são gradualmente selecionadas e combinadas ao longo de várias gerações, envolvendo famílias de genes que codificam enzimas do complexo citocromo P450

monoxigenase (P450). Objetivo: O objectivo deste estágio é a caracterização biomolecular da resistência em populações de Echinochloa provenientes de arrozais portugueses. Descrição das tarefas:

1) Identificação de espécies e populações de Echinochloa por marcadores moleculares 2) Detecção de mutações pontuais por PCR (SNP) e sobrexpressão génica (RT-PCR) de genes

diretamente envolvidos em mecanismos de resistência 3) Caracterização genética da resistência (alteração no local de acção ou resistência metabólica).

Ramo/Área de Especialidade: Engenharia Agronómica / Protecção de Plantas-Herbologia Produto esperado: Dissertação de mestrado Localização da realização da dissertação: INIAV – Oeiras. 19. Gestão das infestantes da linha em macieiras Orientadores: Ana Monteiro (ISA) Enquadramento: Em Portugal, as infestantes são um problema fitosanitário da cultura da macieira, em particular em pomares jovens com rega na linha. Para minimizar os efeitos

prejudiciais, resultantes da sua presença, os fruticultores têm recorrido ao longo dos tempos a várias práticas culturais, como mobilização do solo, aplicação de herbicidas e utilização de revestimento vegetal do solo na entrelinha. A escolha da técnica a utilizar no combate às infestantes no pomar de macieiras, deverá fazer-se em função: da idade da plantação, da disponibilidade de água no solo e do sistema de condução da cultura. Na linha, os herbicidas continuam a ser o principal meio de proteção contras as infestantes da linha mas o número de aplicações anuais tem consequências ecológicas e económicas indesejáveis. A mobilização da linha ou o corte com roçadora, são pouco eficazes, onerosos e frequentemente causadores de lesões nos troncos, também não satisfazem. Outras técnicas alternativas de gestão das infestantes da linha durante o período de crescimento da cultura, designadamente culturas orgânicas mortas e coberturas por telas permeáveis à água deverão ser estudadas. Objetivo: O objetivo deste estudo consiste na instalação de diversas técnicas alternativas à monda química e mecânica do controlo das infestantes da linha em pomar de macieira jovem, na Tapada da Ajuda. Descrição das tarefas:

1) Identificação de espécies infestantes de verão e de inverno na linha e entrelinha do pomar. 2) Instalação de casca de pinheiro, palha, tela permeável preta na linha, no inicio do inverno, na

linha, em duas cultivares (4 repetições por cultivar) e mobilização com intercepas e/ou roçadora na primavera/verão

3) Sementeira de Medicago nigra na entrelinha, no final do verão 4) Avaliação da eficácia de cada método de controlo nas infestantes. 5) Avaliação do crescimento e produção da macieira em função do método de gestão

Ramo/Área de Especialidade: Engenharia Agronómica / Protecção de Plantas-Herbologia Produto esperado: Dissertação de mestrado Localização da realização da dissertação: ISA – Lisboa. 20- CUSTOS E RENDIBILIDADE DOS OLIVAIS TRADICIONAIS E INTENSIVOS Orientadores: Francisco Gomes da Silva (ISA) e Pedro Reis (INIAV) Enquadramento: Nos últimos anos houve uma grande expansão da produção de azeite, devido ao investimento nas plantações de novos olivais intensivos e superintensivos, sobretudo nos novos aproveitamentos hidroagrícolas de Alqueva. No entanto, cerca de 80% da área de olival são sistemas tradicionais, com várias condicionantes estruturais e baixas produtividades. Existe uma nova realidade e uma diversidade de sistemas de produção para os quais se pretende uma análise económica. Objetivo: Analisar a competitividade e viabilidade económica dos diferentes sistemas de produção olivícola em Portugal. Descrição das tarefas: - Caracterização dos principais sistemas e identificação dos itinerários técnicos; - Conclusão da recolha de informação primária; - Recolha de informação secundária (RICA e estatísticas oficiais); - Elaboração das contas de atividades; - Análise da competitividade e da viabilidade dos diferentes sistemas de produção; - Perspetivas de evolução da rendibilidade da cultura. Ramo/Área de Especialidade: Engenharia Agronómica / Economia Agrária Localização da realização da dissertação: INIAV – Oeiras. Realização de deslocações se houver disponibilidade de viatura oficial. 21 - CONTRIBUTO DA RESTAURAÇÃO REGIONAL PARA A VALORIZAÇÃO DOS RECURSOS SILVESTRES

MEDITERRÂNICOS Orientadores: Ana Novais (ISA) e Pedro Reis (INIAV) Enquadramento: Numa vasta extensão do território nacional (interior centro e norte, Alentejo e serra algarvia), a densidade populacional é muito baixa, a população está envelhecida e a

economia local depende cada vez menos da atividade agrícola e mais de outras atividades ligadas à herança patrimonial e à valorização dos recursos endógenos. Os recursos silvestres – caça, cogumelos, mel, plantas comestíveis e aromáticas – podem ser valorizados através de atividades económicas locais, onde se destaca a gastronomia regional. A gastronomia, associando serviços e experiências à alimentação, está em crescimento e pode ser uma via de valorização local dos territórios do interior. A utilização sazonal de produtos silvestres locais (p.e. coentros, espargos, acelgas, beldroegas, cogumelos) tem estado sempre presente na alimentação tradicional do Sul de Portugal, o que lhe confere um cunho distintivo muito forte. Objetivo: Analisar a valorização local dos recursos silvestres mediterrânicos (cogumelos, plantas aromáticas, mel, espargos bravos, cardos e outras plantas comestíveis) através da restauração regional. Descrição das tarefas: - Estado da arte sobre o uso dos recursos silvestres mediterrânicos na gastronomia; - Estado da arte sobre a ligação entre a gastronomia, o turismo em espaço rural e o desenvolvimento local; - Tratamento e análise de 26 inquéritos realizados no Sul de Portugal; - Potencial regional dos principais recursos mediterrânicos; - Contributo da restauração regional para a valorização dos recursos silvestres endógenos. Ramo/Área de Especialidade: Engenharia Agronómica / Economia Agrária Localização da realização da dissertação: INIAV – Oeiras. 21- Caracterização do nível de ploidia de fungos da ordem Pucciniales Enquadramento: Recentemente foi demonstrado que Pucciniales, um importante grupo de fungos fitopatogénicos causadores de ferrugens, apresentam ciclos de diploidização/haploidização em fases dos seus ciclos de vida que deveriam ser estritamente haploides. Esta situação desafia os princípios solidamente estabelecidos que estabelecm ciclos nucleares maioritariamente haplóides com uma fase diplóide muito curta. Os fungos Pucciniales apresentam ciclos de vida complexos e diferentes de acordo com as espécies, podendo apresentar até cinco tipos de esporos que podem necessitar de dois hospedeiros vegetais distintos para completar o ciclo. Objetivo: Com o intuito de esclarecer a natureza genética deste fenómeno haplóide/diplóide pretende-se usar uma abordagem de citogenómica para determinação do nível de ploidia usando FISH em núcleos interfásicos e cromossomas metafásicos com sondas de DNA. Descrição das tarefas: 1) Separação de núcleos com distintos conteúdos nucleares (presumivelmente haploides e diploides) por cell sorting a partir de micélio de duas ferrugens a selecionar; 2) Sincronização da divisão celular e nuclear das duas ferrugens, com vista à obtenção de cromossomas metafásicos; 3) Preparação das sondas de DNA e hibridação in situ fluorescente com os núcleos obtidos em 1) e 2); 4)Análise dos resultados. Orientadores: Teresa Ribeiro e Leonor Morais Cecílio Contacto: atribeiro@isa.ulisboa.pt; lmorais@isa.ulisboa.pt Ramo/Área de Especialidade: Engenharia Agronómica Produto esperado: Dissertação de mestrado perspetivando-se a divulgação dos resultados obtidos através da apresentação de comunicações em congressos e de publicações em revistas científicas. Localização da realização da dissertação: ISA (Genética) em ligação com outros participantes do projeto, tanto no ISA como no IGC, na FCT/UNL e na Univ. Coimbra.

22- Análise metagenómica da madeira de videiras infetadas com os fungos da esca Orientadores: Prof. Ricardo Boavida Ferreira /ISA (rbferreira@isa.ulisboa.pt), Prof. Helena Oliveira

/ISA (heloliveira@isa.ulisboa.pt) e Dr. Giovanni del Frari /ISA (gdelfrari@isa.ulisboa.pt) Enquadramento: Não são conhecidas com exatidão as causas da esca, uma grave doença, a nível

mundial, do lenho da videira. Uma das hipóteses é a doença estabelecer-se em resultado de um desequilíbrio no microbioma natural da madeira das plantas.

Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica / Fitopatologia / Biologia Molecular Objectivo geral: Identificar, em plantas são e infectadas com os fungos que se sabe produzirem os

sintomas desta doença, quais os microorganimos (fungos e bactérias) presentes na madeira dessas videiras.

Tarefas:

Colheita de varas, análise do seu estado fitossanitário, enraizamento das estacas e sua plantação em vasos, em condições de estufa.

Inoculação com os vários fungos que se assume serem responsáveis pela esca.

Colheita de madeira.

Extração do DNA.

Identificação dos microorganismos presentes (feito em colaboração com um grupo Dinamarquês).

Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá nos laboratórios dos grupos Disease & Stress Biology e de Fitopatologia e nas estufas próximas do edifício principal do ISA .

Nota: este trabalho deverá ser iniciado até ao final de 2016 com conclusão prevista no Verão de

2017 23 - Análise metatranscritómica da madeira de videiras infetadas com os fungos da esca Orientadores: Prof. Ricardo Boavida Ferreira /ISA (rbferreira@isa.ulisboa.pt), Prof. Helena Oliveira

/ISA (heloliveira@isa.ulisboa.pt) e Dr. Giovanni del Frari /ISA (gdelfrari@isa.ulisboa.pt) Enquadramento: Não são conhecidas com exatidão as causas da esca, uma grave doença, a nível

mundial, do lenho da videira. Uma das hipóteses é a doença estabelecer-se em resultado de um desequilíbrio no microbioma natural da madeira das plantas.

Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica / Fitopatologia / Biologia Molecular Objectivo geral: Identificar, em plantas são e infectadas com os fungos que se sabe produzirem os

sintomas desta doença, quais os microorganimos metabolicamente ativos (fungos e bactérias) presentes na madeira dessas videiras.

Tarefas:

Colheita de varas, análise do seu estado fitossanitário, enraizamento das estacas e sua plantação em vasos, em condições de estufa.

Inoculação com os vários fungos que se assume serem responsáveis pela esca.

Colheita de madeira.

Extração do mRNA.

Identificação dos microorganismos metabolicamente ativos presentes (feito em colaboração com um grupo Dinamarquês).

Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá nos laboratórios dos grupos Disease & Stress Biology e de Fitopatologia e nas estufas próximas do edifício principal do ISA .

Nota: este trabalho deverá ser iniciado até ao final de 2016 com conclusão prevista no Verão de 2017

24 - Avaliação dos compostos bioativos de Opuntia forrageira crescida em diferentes condições edafo-climáticas Orientadores: Prof. Ricardo Boavida Ferreira /ISA (rbferreira@isa.ulisboa.pt) e Dr. Ana Lima /ISA (agusmaolima@gmail.com) Enquadramento: A figueira-da-Índia (Opuntia ficus-indica), cujos frutos e caules (palmas) têm sido utilizados com muito sucesso na alimentação humana é particularmente rica em nutrientes e compostos bioactivos. Está hoje bem documentado que a sua utilização na alimentação de bovinos conduz a incrementos muito significativos da produção de leite e carne. Além de serem muito apetecíveis para o gado, está igualmente demonstrado que as palmas contêm vários compostos naturais com actividades relevantes para a saúde animal e humana, nomeadamente compostos anti-inflamatórios, antitumorais e antioxidantes. Existe a possibilidade de estes compostos poderem passar para o leite dos animais alimentados com as palmas, podendo ser consumidos no leite e queijo. Ramo/Área de Especialidade: Engª Agronómica / Biologia Objectivo geral: Numa primeira fase, pretende-se avaliar a variação do teor em compostos com potencial bioativo e respetivas bioatividades em diferentes condições edafo-climáticas nos solos do sul do país, de forma a compreender e a seleccionar estratégias de cultivo e colheita para obtenção de palmas e frutos com maior potencial para a saúde humana e animal. Numa segunda fase, pretende-se avaliar a presença desses mesmos compostos no leite e queijo de ovelhas alimentadas com as palmas de Opuntia. Descrição: O trabalho consistirá na monitorização da variação do teor em compostos com potencial bioativo e respetivas bioatividades em plantas de Opuntia ficus-indica e em produtos lácticos finais. Tarefas: 1 - Colheita e processamento de amostras de diferentes campos de ensaio (estabelecidos no sul do país há 2 anos) para análise dos compostos com potencial bioativo, utilizando diferentes tipos de extração. 2 - Análise do teor total dos compostos: hidratos de carbono (mono-, oligo- e polissacáridos), proteínas, lípidos, compostos fenólicos, outros. 3 - Avaliação de bioatividades específicas: Atividade antifúngica (leveduras e fungos filamentosos, patogénicos para homem, plantas, food poisoning e food spoiling); Atividade antibacteriana (Gram + e Gram -, patogénicas para o homem, food poisoning e food spoiling); Atividade anticancerígena; Atividade anti-inflamatória e Atividade antioxidante. 4 – As análises das bioatividades e do teor em compostos bioativos serão conduzidas igualmente no leite produzido e no respetivo queijo fabricado. Localização da realização da dissertação: A parte experimental do trabalho decorrerá nos laboratórios do grupo Disease & Stress Biology e nas estufas próximas do edifício principal do ISA . Nota: este trabalho deverá ser iniciado até ao final de 2016 com conclusão prevista no verão de 2017.