Transcriptoma diferencial entre células-tronco mesenquimais

RENORBIO

Programa de Pós-graduação em Biotecnologia

Transcriptoma diferencial entre células-tronco

mesenquimais humanas jovens e senescentes

Joana Cristina Medeiros Tavares

Natal – RN

2013

ii

Joana Cristina Medeiros Tavares

Transcriptoma diferencial entre células-tronco

mesenquimais humanas jovens e senescentes

Tese de Doutorado apresentada ao

Programa de Pós-Graduação em

Biotecnologia – RENORBIO, como parte

dos requisitos necessários para a

obtenção do título de Doutora em

Biotecnologia.

Área de concentração: Biotecnologia em

Saúde.

Orientadora: Profa. Dra. Silvia Regina

Batistuzzo de Medeiros.

Natal – RN

2013

iii

AGRADECIMENTOS

Aos meus pais por todo amor e ensinamentos dedicados a mim que me fizeram

ser quem sou.

Ao meu irmão, André Tavares, por ter feito as escolhas de sua vida sempre

pensando em como contribuir para meus estudos.

A toda minha família, por fazer parte do alicerce para a edificação deste sonho,

especialmente, à minha prima, Ana Carolina, por sua confiança e apoio na

realização dos meus objetivos.

À professora Dra. Silvia Regina Batistuzzo de Medeiros, pela oportunidade

dada à minha formação desde a iniciação científica, por ter permitido que eu

continuasse desenvolvendo o doutorado após a minha aprovação em concurso

para docente na UFRN/FACISA e por confiar na minha capacidade de

desenvolver este trabalho.

À UFRN pela estrutura física e pela oportunidade de ter estudado

gratuitamente com ensino de alta qualidade durante toda à minha vida

acadêmica.

Ao Ministério da Ciência e Tecnologia – MCT, por intermédio do Conselho

Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq e do Ministério

da Saúde - MS, por intermédio do Departamento de Ciência e Tecnologia da

Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos - DECIT/SCTIE -

Edital CT-Saúde/MS/SCTIE/DECIT/MCT/CNPq Nº 17/2008, pelo apoio

financeiro.

À minha grande amiga, companheira e colega de doutorado Déborah Afonso,

por seu incentivo, por sua ajuda, por seu carinho, por sua amizade, pelos seus

conselhos, por sua paciência, por sua alegria contagiante, e por toda sua

contribuição em todas as etapas dessa jornada, contribuindo fortemente para a

sua conclusão de maneira eficiente e prazerosa.

iv

A Isabella que foi uma grande companheira na realização de todas as etapas

experimentais deste trabalho, por sua companhia agradável e inteligente, e por

sua amizade verdadeira.

À professora Dra. Vivian Silbiger e ao professor Dr. André Luchessi , pela ajuda

nas análises dos dados de microarranjos e de RT-PCR em tempo real, e por

suas agradáveis companhias.

À pesquisadora Maria Eugênia do Laboratório de Microarranjos (LMA) – LNBio

- Laboratório Nacional de Luz Síncroton –Campinas/SP, por todo seu auxílio

técnico nas etapas de hibridização e aquisição dos dados de microarranjos.

Ao Laboratório Nacional de Luz Síncroton – Campinas/SP pela acomodação do

alojamento e toda a estrutura física disponível.

À minha grande amiga Adriana Brito, por todo seu apoio para que eu pudesse

conciliar o meu trabalho na FACISA com o meu doutorado, compartilhando

disciplinas, projetos, reuniões, orientações, e até casa e refeições em Santa

Cruz-SC. Obrigada também pelos momentos de descontração na praça

Tequinha Farias-SC, por sua ajuda nesta etapa final de organização de tese e,

principalmente, por sua sincera amizade.

A Pedro Henrique, pelo seu carinho, companherismo, incentivo e pelos

momentos de alegria vividos. Obrigada também à sua família, pela sua

receptividade sempre aconchegante e carinhosa, me proporcionando muita paz

e descanso.

Aos meus amigos constituintes de minha turma de biologia, especialmente,

Aurizângela, Daiane, Denise, Jefferson e Jule, que me proporcionaram muitos

momentos de alegria, compartilharam sonhos pessoais e profissionais, e por

continuarem dedicando seu carinho e amizade que contribuem para a

realização deste trabalho.

A todos os colegas do LBMG pela boa convivência, especialmente, a Daniel e

Fábio, por proporcionar dias de trabalho mais suaves e feliz, pela ajuda nas

análises de biologia de sistemas, pelo carinho e amizade.

v

A todos os companheiros e divertidos amigos do LAMA, Jana Dara, Felipe,

Nilmara, pelas músicas, danças, risadas e, principalmente, pela amizade e

companheirismo verdadeiro.

Ao meu amigo e colega de doutorado, Leonam, pelo seu contagiante otimismo

nos experimentos e em sua vida, pelos seus entusiasmantes planos do tipo

“cebolinha”, e por sua grande e inestimável amizade.

A toda família Pichorim pelo conforto de sua receptividade, atenção e apoio.

A Mayara e Giselle por todo seu apoio técnico e por sua convivência afável.

Aos alunos de iniciação científica, Guillermo Ortiz Brasil, Isabella Tannus Meira,

Luiza Xavier e Thais Pimentel, que contribuíram para realização dos

experimentos deste trabalho.

A Guillermo Ortiz, por sua amizade e pelo seu exemplo de perseverança,

dedicação e paciência.

A toda família Santos, por todo seu apoio, carinho e incentivo ao longo de toda

minha vida acadêmica.

Ao professor Dr. Geraldo Cavalcanti Júnior pela ajuda na realização dos

experimentos de citometria de fluxo.

À direção da FACISA/UFRN, por ter me liberado de algumas atividades de

docente, nestes dois últimos anos, em alguns momentos mais críticos para a

conclusão do doutorado.

vi

LISTA DE FIGURAS

FIGURA 1 Imagens das CTMH jovens e senescentes............................ 48

FIGURA 2 Imagens das diferenciações osteogênica, adipogência e

condrogênica das CTMH........................................................ 49

FIGURA 3 Gráfico mostrando que a comparação entre as CTMH/inv

senescentes e CTMH/inv jovens resultou em maior número

de genes diferencialmente expresso do que na comparação

entre as CTMH/n senescentes e CTMH/n jovens................... 50

FIGURA 4 Classificação funcional dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/n senescentes comparadas às

CTMH/n jovens....................................................................... 52

FIGURA 5 Rede de interações formada pelos genes diferencialmente


CTMH/n jovens....................................................................... 53



CTMH/n jovens no contexto genômico................................... 54

FIGURA 7 Classificação funcional dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às

CTMH/inv jovens..................................................................... 55



CTMH/inv jovens..................................................................... 57



CTMH/inv jovens no contexto genômico................................ 58

FIGURA 10 Sub-rede da figura 9a, destacando as moléculas que

interage diretamente como gene EGF................................... 59

FIGURA 11 Diagrama de Venn construído a partir das listas dos genes

das comparações CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens 60

vii

e CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens.......................

FIGURA 12 Classificação funcional dos 30 genes comuns às duas listas

de comparações CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens

e CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens...................... 61

FIGURA 13 Diagrama de Venn para identificação dos genes

diferencialmente expressos em ambas as comparações,

CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv

senescentes vs CTMH/n senescentes.................................... 62

FIGURA 14 Cluster hierárquico de todas as probsets diferencialmente

expressas em ambas as comparações CTMH/inv jovens vs

CTMH/n jovens e entre as CTMH/inv senescentes vs

CTMH/n senescentes............................................................. 64

FIGURA 15 Genes mais expressos em CTMH/inv jovens se tornaram

ainda mais expressos em CTMH/inv senescentes................. 65

FIGURA 16 Genes menos expressos em CTMH/inv jovens se tornaram

ainda menos expressos em CTMH/inv senescentes.............. 66

FIGURA 17 Cariótipo parcial das CTMH/inv mostrando a

inv(3)(p13p25~26) e seu

ideograma............................................................................... 68

FIGURA 18 Representação dos genes diferencialmente expressos em

CTMH/inv jovens comparadas as CTMH/n Jovens nas

categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity............. 70

FIGURA 19 Redes de interações formadas pela lista dos genes

diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv

jovens vs CTMH/n jovens....................................................... 71


diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv

jovens vs CTMH/n jovens no contexto genômico.................. 72

FIGURA 21 Representação dos genes diferencialmente expressos em

CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n jovens nas

categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity.............. 74


diferencialmente expressos apenas na comparação 76

viii

CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes...................

FIGURA 23 Sub-rede de interações da figura 22. Esta rede evidencia os

nós que se conectam ao bottleneck EGF.............................. 77

FIGURA 24 Sub-rede de interações da figura 12. Esta rede evidencia

somente os genes que se ligam diretamente a EGF ou aos

genes localizados em Inv (3): CNTN3, PDZRN3, LMCD1 e

BHLHE40........................................................................... 78

FIGURA 25 Rede de interações formada pela lista dos genes

diferencialmente expressos apenas na comparação

CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes inserida no

contexto genômico.................................................................. 79

FIGURA 26 Sub-rede da figura 25, destacando os nós conectados

diretamente ao gene EGF e os gene localizados na região

da Inv (3)................................................................................. 80

FIGURA 27 Gráfico mostrando as categorias funcionais mais

enriquecidas (com valor de p˂ 0,05 e somente aquelas com

representação superior à 5%) em ambas as comparações

CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv

senescentes vs CTMH/n senescentes.................................... 82

FIGURA 28 Rede de interações formada pela união entre os genes

diferencialmente expressos em ambas as comparações

(CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv

senescentes vs CTMH/n senescentes) e os exclusivamente

diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv vs

CTMH/n senescentes............................................................. 84

ix

SUMÁRIO

Lista de Figuras........................................................................................... vi

Resumo........................................................................................................ xii

Abstract........................................................................................................ Xv

1.0. Introdução......................................................................................... 17

2.0. Revisão Bibliográfica

2.1. Células-tronco mesenquimais humanas.................................. 20

2.2. Cordão umbilical como fonte de CTMH................................... 23

2.3. Senescência celular................................................................. 26

2.4. Estabilidade genômica das CTMH ao longo tempo de

cultivo....................................................................................... 29

2.5. Microarranjos e estudos de exprssão gênica em CTMH......................................................................................

32

3.0. Objetivos........................................................................................... 36

4.0. Material e Métodos........................................................................... 37

4.1. Isolamento e caracterização das CTMH.................................. 37

4.2. Condições de cultura das CTMH para análise do perfil de

expressão gênica..................................................................... 38

4.3. Caracterização das CTMH senescentes................................. 39

4.4. Extração de RNA..................................................................... 39

4.5. Preparação do RNA, hibridização e captura de imagem dos microarranjos...........................................................................

41

4.6. Análise dos dados de microarranjos........................................ 41

4.7. Avaliação da expressão diferencial por RT-PCR em tempo

real........................................................................................... 42

4.8. Classificação funcional dos genes diferencialmente

expressos................................................................................ 44

4.9. Análise de biologia de sistemas.............................................. 44

5.0. Resultados

5.1. Caracterização das CTMH jovens e senescentes................... 46

5.2. A senescência in vitro afeta o perfil de expressão das

CTMH...................................................................................... 50

5.3. Classificação funcional e rede de interações dos genes

diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes vs

CTMH/n jovens....................................................................... 51

5.4. Classificação funcional dos genes diferencialmente

expressos CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens......... 55

5.5. Há um perfil de expressão gênica comum entre as

CTMH/inv senescentes e as CTMH/n senescentes............. 60

x

5.6. As CTMH/inv tem o transcriptoma distinto das CTMH/n......... 62

5.7. Alguns genes localizados na região próxima aos pontos de

quebra da inversão em CTMH/inv foram diferencialmente

expressos em CTMH/inv......................................................... 66

5.8. Classificação funcional e redes de interações dos genes

diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens

comparadas às CTMH/n jovens.............................................. 68


diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes

comparadas às CTMH/n senescentes..................................... 73

5.10. Análise de interpretação biológica dos genes

diferencialmente expressos nas comparações CTMH/inv

jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv senescentes vs

CTMH/n senescentes.............................................................. 80

5.11. Análise da expressão gênica das CTMH por RT-PRC em

tempo real................................................................................ 85

6.0. Discussão.......................................................................................... 86

7.0. Conclusão......................................................................................... 116

8.0. Referências Bibliográficas.............................................................. 118

9.0. Apêndices........................................................................................ 147

A. Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes na comparação CTMH/n senescentes vs CTMH/n Jovens................................................................................................

147

B. Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes na comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv Jovens................................................................................................

151

C. Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens.................................................................................................

162

D. Tabela de Anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor valor de p dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n Jovens................................................................................................

163

E. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens.................................................................................................

167

F. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto genômico formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às mesmas jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.

169

G. Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às mesmas jovens.................................................................................................

174

H. Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos genes diferencialmente

175

xi

expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens.................................................................................................

I. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens.................................................................................................

195

J. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens com a adição de 50 genes do genoma humano................................................................................

200

K. Tabela da lista de genes da intersecção entre as duas listas das comparações senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.........

207

L. Tabela da classificação funcional da lista dos 30 genes comuns em ambas as listas das comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv..........................................................................

209

M. Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos 30 genes comuns em ambas as listas das comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv............................................................................................

210

N. Tabela de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens na comparação entre as CTMH/inv vs CTMH/n jovens, ranqueados do maior para o menor Fold Change.................................................

214

O. Tabela da lista de genes diferencialmente expressos entre CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes..............................

218

P. Tabela da lista dos genes diferencialmente expressos da intersecção entre as comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e entre as CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.

235

Q. Tabela dos genes localizados próximo à região da inversão que tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv...................................

237

R. Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens..................................................

238

S. Tabela da anotação funcional das cinco categorias com menores valor de p representadas pelos genes diferencialmente expressos da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens........................

239

T. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens por meio do pluggin BINGO do Cytosacape............

249

U. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens no contexto genômico por meio do pluggin BINGO do Cytosacape...................................................................................

251

V. Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv Senescentes da comparação CTMH/inv vs CTMH/n Senescentes..............................

253

W. Tabela dos genes classificados nas cinco categorias funcionais com menores p-valor da comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.........................................................................

254

X. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede 270

xii

de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano................................................................................

Y. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano................................................................................

278

Z. Tabela da comparação dos valores de Fold Change obtidos por análise de Microarray e de qPCR......................................................

284

10.0. Anexos............................................................................................. 286

1. Lista dos genes localizados próximo à região da inversão cromossômica (inv3p13-25~26) constituinte das CTMH/inv.........

286

xiii

RESUMO

Células-tronco mesenquimais humanas (CTMH) são muito úteis na terapia

celular. O longo período de cultivo pode resultar em senescência replicativa ou

estar relacionado com o aparecimento de alterações cromossômicas

responsáveis pela aquisição de um caráter tumorigênico in vitro . Neste estudo,

foi comparado o transcriptoma de CTMH jovens e senescentes obtidas de

diferentes doadores. Além disso, pela primeira vez, o perfil de expressão de

CTMH com uma inversão cromossômica paracêntrica (CTMH/inv) foi

comparado ao de CTMH que possuem cariótipo normal (CTMH/n) em

passagens jovens e senescentes de cultivo in vitro . As CTMH utilizadas neste

estudo foram isoladas da veia do cordão umbilical de três dadores, dois

CTMH/n e de um CTMH/inv. Após a criopreservação, elas foram expandidas in

vitro até alcançarem a senescência. O RNA total foi extraído utilizando o

RNeasy mini kit (Qiagen), marcado, purificado e fragmentado com o ® 3

'GeneChip IVT expresso Kit (Affymetrix, Inc.). Subsequentemente, o RNA

fragmentado foi hibridado no microarranjo Affymetrix Human Genome U133

Plus 2.0 (Affymetrix, Inc.). A análise estatística da expressão diferencial foi

realizada usando o Partek Suite Software Genomic, versão 6.4 (Partek, Inc.).

Foram consideradas estatisticamente significativas as diferenças na expressão

com valor de P ˂0.01 corrigido com Bonferroni. Apenas os sinais com fold

change ˃3.0 foram incluídos na lista de diferencialmente expressos. Diferenças

na expressão gênica observadas no estudo dos microarranjos foram

confirmadas por resultados de RT-PCR em tempo real. Para a interpretação

biológica dos dados foram utilizados: IPA (Ingenuity Systems) para análise de

enriquecimento de funções; STRING 9,0 para a construção de redes de

interações; Cytoscape 2,8 para a visualização das redes e análises de gargalos

com o auxílio do software GraphPad Prism 5.0. O pluggin BiNGO do Cytoscape

foi utilizado para avaliar a representação de categorias funcionais no Gene

Ontology nas redes biológicas. A comparação entre senescentes e jovens em

cada grupo de CTMH mostrou que há uma diferença no perfil de expressão,

sendo maior nas senescentes do grupo CTMH/inv. Os resultados também

mostraram que há diferença nos perfis de expressão entre as CTMH/inv e

CTMH/n, sendo maior a diferença quando as células estão senescentes. Novas

xiv

redes foram identificadas para genes relacionados com a resposta ao longo do

tempo de cultivo nos dois grupos de CTMH. Foram identificados genes que

podem coordenar funções importantes mais enriquecidas nas redes, como por

exemplo, CXCL12, SFRP1, EGF, SPP1, MMP1 e THBS1. A interpretação

biológica destes dados sugere que a população de células CTMH/inv tem

diferentes características constitucionais, relacionadas com o seu potencial de

proliferação, diferenciação e resposta a estímulos, responsáveis por um

processo de senescência replicativa em CTMH/inv distinto das CTMH/n. Os

genes identificados neste estudo são candidatos a marcadores da senescência

celular em CTMH, mas a sua relevância funcional neste processo deve ser

testada em experiências adicionais in vitro e/ou in vivo.

xv

ABSTRACT

Human mesenchymal stem cells (MSC) are powerful sources for cell therapy in

regenerative medicine. The long time cultivation can result in replicative

senescence or can be related to the emergence of chromosomal alterations

responsible for the acquisition of tumorigenesis features in vitro. In this study,

for the first time, the expression profile of MSC with a paracentric chromosomal

inversion (MSC/inv) was compared to normal karyotype (MSC/n) in early and

late passages. Furthermore, we compared the transcriptome of each MSC in

early passages with late passages. MSC used in this study were obtained from

the umbilical vein of three donors, two MSC/n and one MSC/inv. After their

cryopreservation, they have been expanded in vitro until reached senescence.

Total RNA was extracted using the RNeasy mini kit (Qiagen) and marked with

the GeneChip ® 3 'IVT Express Kit (Affymetrix Inc.). Subsequently, the

fragmented aRNA was hybridized on the microarranjo Affymetrix Human

Genome U133 Plus 2.0 arrays (Affymetrix Inc.). The statistical analysis of

differential gene expression was performed between groups MSC by the Partek

Genomic Suite software, version 6.4 (Partek Inc.). Was considered statistically

significant differences in expression to p-value Bonferroni correction ˂.01. Only

signals with fold change ˃ 3.0 were included in the list of differentially

expressed. Differences in gene expression data obtained from microarrays

were confirmed by Real Time RT-PCR. For the interpretation of biological

expression data were used: IPA (Ingenuity Systems) for analysis enrichment

functions, the STRING 9.0 for construction of network interactions; Cytoscape

2.8 to the network visualization and analysis bottlenecks with the aid of the

GraphPad Prism 5.0 software. BiNGO Cytoscape pluggin was used to access

overrepresentation of Gene Ontology categories in Biological Networks. The

comparison between senescent and young at each group of MSC has shown

that there is a difference in the expression parttern, being higher in the

senescent MSC/inv group. The results also showed difference in expression

profiles between the MSC/inv versus MSC/n, being greater when they are

senescent. New networks were identified for genes related to the response of

two of MSC over cultivation time. Were also identified genes that can coordinate

functional categories over represented at networks, such as CXCL12, SFRP1,

xvi

EGF, SPP1, MMP1 e THBS1. The biological interpretation of these data

suggests that the population of MSC/inv has different constitutional

characteristics, related to their potential for differentiation, proliferation and

response to stimuli, responsible for a distinct process of replicative senescence

in MSC/inv compared to MSC/n. The genes identified in this study are

candidates for biomarkers of cellular senescence in MSC, but their functional

relevance in this process should be evaluated in additional in vitro and/or in vivo

assays.

17

1.0. INTRODUÇÃO

As células-tronco mesenquimais humanas (CTMH) são células

multipotentes, caracterizadas pela sua capacidade de aderência ao plástico,

diferenciação em osteoblastos, adipócitos e condrócitos, apresentam

expressão dos marcadores CD105, CD90, CD73 e ausência da expressão de

CD45, CD34, CD14, CD11b, CD79α ou CD19 e HLA-DR (Reagan e Kaplan,

2011). As CTMH têm sido consideradas como uma importante alternativa para

a terapia celular devido à sua facilidade de obtenção e expansão in vitro, à sua

plasticidade funcional, e mais recentemente, por secretar moléculas bioativas

com papel na imunomodulação, quimioatração, com efeitos tróficos,

neuroproteção, entre outras que auxiliam o reparo tecidual (Eyal Ben-Ami et al.,

2011; Honmou et al., 2012; Youwei Wang et al., 2012).

Há evidências de que as células-tronco sofrem senescência celular in vivo

que pode ser responsável pelo declínio de suas funções e pela origem das

doenças metabólicas, degenerativas, câncer e o envelhecimento dos indivíduos

(Revisado por Rodríguez-Rodero, et al. 2011). Esta proposição está em

conformidade com a observação de que o envelhecimento afeta a renovação e

a capacidade de diferenciação de CTMH residentes no tecido adiposo e na MO

de indivíduos mais velhos (Alt et al., 2012; Kretlow et al., 2008; Chen et al.,

2009).

O longo tempo de cultivo pode resultar na senescência replicativa ou

estar relacionado ao surgimento de uma instabilidade genética que seria

responsável por uma possível aquisição espontânea de um potencial

tumorigênico das CTMH. A senescência celular é caracterizada por uma série

de alterações que envolvem uma complexa reprogramação de transdução de

sinais, tais como o encurtamento dos telômeros, estresse celular, danos no

DNA e ativação em oncogenes, que resultam em alterações em processos

celulares, não somente no ciclo celular, mas na morfologia, na função da célula

e na aquisição de um perfil de expressão de moléculas inflamatórias

secretadas (revisado por Sikora et al., 2012). O secretoma inflamatório

produzido pelas células senescentes pode criar um ambiente favorável para o

18

próprio processo de senescência, ou por outro lado propiciar o

desenvolvimento de câncer e de outras doenças relacionadas à idade como

aterosclerose e diabetes (Cichowski e Hahn, 2008; revisado por Sikora et al.,

2012).

Várias alterações cromossômicas adquiridas durante o cultivo já foram

descritas em diferentes tipos de células-tronco, embrionárias (Baker et al.,

2007; Mayshar et al., 2010), pluripotentes induzidas, CTMH e neurais (Ben

David et al., 2011) que parecem conferir vantagens seletivas e podem

aumentar a tumorigenicidade das células, e alterar a sua capacidade de

diferenciação (Harrison et al., 2007; Mayshar et al., 2010; Ben-David e

Benvenisty, 2011). Por outro lado, há relatos que algumas alterações

desaparecem na cultura e não conferem vantagem seletiva (Sensebé et al.,

2012; Hussein et al., 2011). A presença de aneuploidia em várias preparações

de CTMH da MO depois de cultivo in vitro foi documentada, mas foi associada

somente à senescência e não à tumorigenese (Tarte et al., 2010).

Recentemente Duarte e colaboradores (2012) identificaram uma alteração

cromossômica constitucional, cariótipo 46,XY,inv(3)(p13p25~26), em CTMH

obtidas do endotélio da veia do cordão umbilical de um doador, que são as

MSC/inv utilizadas no presente trabalho. As inversões paracêntricas são

consideradas como heteromorfismos que não causam problemas à saúde do

portador. No entanto, pessoas que a possuem têm maior probabilidade de

originar rearranjos não balanceados na sua descendência, e apresentam uma

frequência mais elevada de aborto espontâneo em relação à população em

geral (Grati et al., 2008). Contudo, nada se sabe sobre o efeito desta alteração

cromossômica nas células após sua expansão in vitro, e nem tão pouco sobre

o seu comportamento no organismo de um possível receptor. Considerando

que a região da inversão (3p25~26) contém vários genes de grande

importância biológica, como genes envolvidos com o reparo de DNA e outros

responsáveis pelo desenvolvimento de tumores, tais células podem ser mais

propensas à transformação espontânea in vitro.

Neste contexto, uma análise molecular de larga escala por microarranjos

pode oferecer uma compreensão mais detalhada da complexidade subjacente

19

à biologia das CTMH cultivadas até a sua senescência, possibilitando

predições importantes sobre o processo de senescência celular das CTMH e

sobre o impacto de alterações cromossômicas nesse processo celular. Os

estudos de transcriptoma em CTMH têm focado na diferença de expressão

gênica entre as CTMH obtidas de fontes distintas (Jansen et al., 2010; Miranda

et al., 2012; Panepucci et al., 2004; Secco et al., 2009; Tsai et al., 2007; Weng

et al., 2011; Kim et al., 2011) e no processo de diferenciação (Kock et al.,

2011; Menssen et al., 2011; Roobrouck et al., 2011; Yoo et al., 2011). Muito

pouco se sabe sobre expressão gênica durante a senescência das CTMH e

sobre o efeito do longo tempo de cultivo em CTMH que apresenta uma

alteração cromossômica constitucional.

20

2.0. REVISÃO BIBLIOGRÁFICA

2.1. Células-tronco mesenquimais humanas

O termo células-tronco mesenquimais humanas (CTMH) foi introduzido

por Caplan, em 1991. As primeiras células-tronco mesenquimais foram

isoladas da medula óssea (MO) de roedores e coelhos por Friedenstein e

colaboradores (1976), e identificadas como unidades formadoras de colônias

semelhantes a fibroblastos, sendo consideradas como células precursoras de

fibroblastos. Posteriormente, foi observado que elas tinham a capacidade de se

diferenciar em células com características de osteoblastos, condrócitos e

adipócitos. Em concomitância a esta descoberta, foi identificada uma

população de células aderentes necessárias para o estabelecimento das

células estaminais hematopoiéticas não aderentes, em um estudo sobre a

hematopoese in vitro desenvolvido por Dexter e colaboradores (1977). A partir

deste momento, em referência à sua localização anatômica, um novo termo foi

estabelecido, células estromais da MO. Em analogia ao modelo de

hematopoese, o termo CTMH foi introduzido para designar uma população de

células específicas do estroma da MO - células aderentes que originam os

diferentes tipos de tecidos mesenquimais, ósseo, cartilagem e músculos

(Revisado por Meirelles e Nardi , 2009). Desde então, células com

características semelhantes às CTMH foram isoladas de diferentes tecidos

adultos, tais como, tecido adiposo, pele, osso, músculo, cérebro, fígado, rins,

pâncreas, placenta, glândulas salivares, polpa dentária, ligamento periodontal,

folículo capilar, linfonodos, baço, timo e até menorreia (Revisado por Momin et

al., 2010; Ding et al., 2011). Elas também podem ser obtidas a partir de tecidos

perinatais, como do cordão umbilical, fluido e membrana amniótica, e córion

(Bieback e Brinkmann, 2010; Ding et al., 2011; Hass et al., 2011; Roubelakis et

al., 2012).

Em virtude das CTMH serem isoladas de diversos tecidos e cultivadas

em diferentes laboratórios por diversos métodos, a sociedade internacional de

padronização para terapia celular (The International Society for Cellular

Therapy Position Statement) formulou três critérios mínimos exigidos para

21

identificação de CTMH: capacidade de adesão ao plástico de cultura; fenótipo

positivo para os marcadores de superfície CD105, CD73 e CD90, e negativo

para CD45, CD34, CD14 ou CD11b, CD79a ou CD19e HLA-DR; e se

diferenciar in vitro em osteoblastos, adipócitos e condrócitos (Dominici et al.,

2006).

Em 2008, Crisan e colaboradores documentaram uma subpopulação de

células perivasculares humanas que expressam marcadores in situ para ambos

os tipos celulares, CTMH e pericitos. Este e outros estudos, que compararam o

fenótipo das CTMH obtidas de diferentes fontes com os pericitos, sugerem

fortemente que as CTMH sejam pericitos (Revisado por Caplan, 2008), e que

sua natureza pleiotrópica seja responsável pelo seu papel na renovação dos

tecidos mesenquimais in vivo (Revisado por Singer e Caplan, 2011). Contudo,

não há nenhuma confirmação definitiva de que a origem de CTMH do tecido

adiposo (ASC) seja de pericitos. Tornando o quadro mais complexo, dados

recentes indicam que as CTMH em vários tecidos humanos podem originar-se

não só de pericitos (CD146 + CD34-CD31-CD45-), mas também a partir de um

subconjunto fenotipicamente distinto de células adventícias (CD34+CD146-

CD31-CD45-) que residem na camada mais externa da parede de vasos

maiores. Foi identificado que elas nativamente expressam marcadores de

superfície de CTMH (tal como CD90) e comportam-se de maneira semelhante

às CTMH após longo tempo de cultura in vitro (Revisado por Strioga et al.,

2012).

A diversidade de fontes para obtenção das CTMH, a sua capacidade de

renovação, seu potencial de se diferenciar em múltiplas linhagens, aliados aos

avanços nas pesquisas sobre as suas propriedades biológicas, posicionaram

as CTMH como as células-tronco adultas mais promissoras na utilização em

protocolos de terapia celular. Vários estudos mostram que as CTMH se

diferenciam in vitro em osso, cartilagem, tecido adiposo, cardiomiócitos, células

endoteliais e células neuronais (Ohnishi et al., 2007; Fraser et al., 2006; Fu et

al., 2004; Fu et al., 2006, Karaoz et al. 2011). Uma característica bastante

atraente está relacionada ao seu efeito parácrino de moléculas bioativas que

exercem várias funções importantes no reparo tecidual. Os principais efeitos

incluem: imunossupressão por meio da modulação da proliferação das células

22

T, B e NK (Natural killer), e da alteração da secreção de citocinas inflamatórias,

de imunoglobulinas; secreção de fatores anti-apoptóticos, anti-cicatrizantes,

quimioatraentes, neuroprotetores, neurogênicos e angiogênicos; favorecimento

do crescimento e da diferenciação local de células-tronco e progenitoras;

(Revisado por Singer e Caplan, A.I, 2011; Revisado por Soleymaninejadia et

al., 2012; Revisado por Honmou, O. et al., 2012). As CTMH também

apresentam baixa expressão de MHC de classe I, MHC de classe II e das

moléculas coestimuladoras B7-1/B7-2 (CD80/CD86), conferindo um

imunoprivilégio que propicia seu uso em transplantes alogênicos e em doenças

auto-imunes (Revisado por Singer e Caplan, 2011; Bem-Ami et al., 2011;

Miguel et al., 2012).

Outra característica interessante é que as CTMH podem modular a

progressão do tumor e a sensibilidade a fármacos. Muitas evidências

demonstram que elas apresentam tropismo para região do tumor, promovem a

proliferação das células tumorais e conferem um fenótipo de resistência a

fármacos. No entanto, alguns estudos verificaram inibição de crescimento

tumoral em leucemias e hepatomas, por exemplo. Ainda não estão elucidados

os fatores que definem o papel das CTMH na progressão ou inibição tumoral.

Porém, acredita-se que seu tropismo pode favorecer o uso destas células como

veículo de fármacos para uma terapia anti-tumoral mais eficiente (Revisado por

Houthuijzen et al., 2012).

Um total de 225 estudos clínicos utilizando as CTMH para tratamento de

diferentes doenças está registrado no banco de dados do Instituto Nacional de

Saúde dos Estados Unidos

(http://www.clinicaltrials.gov/ct2/results?term=stem+cell+mesenchymal&no_unk

=Y, acessado no dia 27 de agosto de 2012). Este número é ainda subestimado

considerando que há muitos estudos em andamento que não são registrados

em bancos de dados. Ambas as pesquisas clínicas em andamento e a

plasticidade funcional das CTMH descrita acima demostram seu potencial de

utilização na terapia celular de várias doenças, tais como: cardiopatias,

doenças imunológicas, doença de Crohn, angiogênese, diabetes, esclerose

múltipla, injúrias cerebrais isquêmicas e terapia contra o câncer (Meirelles e

Nardi, 2009; Ciccocioppo et al., 2011;

23

http://www.clinicaltrials.gov/ct2/results?term=stem+cell+mesenchymal&no_unk

=Y, acessado no dia 27 de agosto de 2012).

A fonte mais comum para obtenção de CTMH é a medula óssea (MO-

CTMH) (Pittenger et al.,1999; Jiang et al.,2002). Apesar da identificação de um

novo método (seleção negativa pelo sorteamento magnético seguido pelo

FACS - fluorochrome activated cell sorting para a depleção de linhagens

hematopoiéticas e endoteliais) de isolar populações mais enriquecidas em

células progenitoras mesenquimais/osteoblásticas (Mödder et al., 2012), ainda

existe uma necessidade de conhecer mais sobre fontes alternativas de CTMH

devido à existência de um número limitado de MO-CTMH disponíveis para

utilização autóloga. Há outros problemas em se utilizar MO-CTMH, como o

procedimento invasivo de aspiração deste tecido, e a diminuição significativa

da frequência e potencial de diferenciação das MO-CTMH com o aumento da

idade do doador (Kretlow et al., 2008; Chen et al., 2009).

2.2. Cordão umbilical como fonte de CTMH

O cordão umbilical humano é um anexo fetal originado de um

mesoderma extra-embrionário, importante durante a gravidez e que é

descartado após o nascimento. Descrita em 1977 por Nanaev e colaboradores,

sua arquitetura interna é constituída por vasos sanguíneos, uma veia e duas

artérias, envoltos por um tecido conectivo, também chamado de geleia de

Wharton, delimitado pelo epitélio umbilical. A geleia é composta por uma matriz

esponjosa, rica em fibras de colágenos e proteoglicanas, embebidas por

células estromais responsáveis pela síntese dos componentes da matriz

(Revisado por Fan et al., 2011). Este tecido conectivo é importante por prevenir

a compressão, torção, e o enrolamento dos vasos que realizam fluxo

sanguíneo bidirecional entre o feto e a mãe (Can e Karahuseyinoglu, 2007).

São várias as razões pelo crescente interesse em obtenção de CTMH do

cordão umbilical, estas incluem: fonte de células-tronco prematuras, com o

potencial de diferenciação intermediário entre as CTMH de outros tecidos

adultos e as células-tronco embrionárias (CTE); o uso do cordão não envolve

implicações éticas, políticas ou religiosas como as CTE e ao contrário destas,

as CTMH apresentam capacidade proliferativa finita e não formam teratomas

24

(Revisado por Troyer, e Weiss, 2008; Fan et al., 2011); derivam de tecidos que

são descartados após o nascimento; maior acessibilidade, não há a

necessidade de procedimentos invasivos como ocorre na obtenção de MO e

tecido adiposo; menor risco de infecção devido à presença da barreira

placentária (revisado por Yang et al., 2012); é possível a obtenção de maior

número de CMTH que possuem grande potencial proliferativo ao longo tempo

do cultivo comparadas às originadas da MO de idosos (Petsa et al., 2009;

Revisado por Fan et al., 2011); são hipoimunogênicas, enquanto as CTE

podem provocar uma resposta imunológica depois do transplante (Revisado

por Bieback e Brinkmann, 2010).

As vantagens descritas acima colocaram as CTMH do cordão como uma

importante fonte alternativa de células para uso na terapia celular. Vários

estudos já demonstram seu potencial em regeneração cutânea (Revisado Yang

et al., 2012), cardiomiogênico (Roura et al., 2010; Bai et al. 2012), em reparo

de danos neurológicos (Lu et al., 2012; Dalous et al., 2012, Koh et al.,2008).

Em uma consulta ao banco de dados do Instituto Nacional de Saúde dos

Estados Unidos (http://www.clinicaltrials.gov), utilizando os termos Umbilical

Cord e Mesenchymal Stem Cell, acessado no dia 30 de agosto de 2012, foram

encontrados 43 estudos clínicos registrados, incluindo: hepatite auto imune;

cirrose biliar primária, reconstituição imunológica de pacientes com HIV; cirrose

hepática; doença de Alzheimer; displasia broncopulmonar; esclerose lateral

amiotrófica; nefrite lúpica; colite ulcerativa; diabetes tipo 1; cardiopatia dilatada

idiopática; ataxia hereditária; esclerose múltipla e neuromielite óptica; distrofia

muscular de Duchene; artrite reumatoide e queimadura aguda.

As CTMH podem ser obtidas de vários constituintes do cordão: sangue

do cordão umbilical, da geleia de Wharton, região perivascular, e do endotélio

da veia (Troyer e Weiss, 2008). Em 2009, também foram isoladas das artérias

(Ishige et al., 2009). Desde 1998 o sangue do cordão umbilical tem sido

utilizado para transplante de células-tronco hematopoiéticas. Em 2000, foi

identificada a presença de CTMH no sangue do cordão umbilical (Erices et al.,

2000). Posteriormente, outros estudos apontaram o sangue como fonte dessas

células (Lee et al., 2004; Goodwin et al., 2001; Bieback et al., 2004). No

entanto, em 2001, Mareschi e colaboradores tentaram isolar CTMH da MO e do

25

sangue do cordão, obtendo sucesso apenas com a MO. Outros estudos

também falharam ou tiverem uma eficiência de isolamento muito baixa (Wexler

et al., 2003; Romanov et al., 2003). Tais resultados motivaram pesquisas por

novas fontes de CTMH, levando à descoberta da presença de CTMH no

endotélio da veia do cordão (Romanov et al., 2003; Covas et al., 2003) e da

geleia de Wharton (Wang et al., 2004; Fong et al.; 2007). Posteriormente,

outros pesquisadores documentaram a presença de CTMH numa região que

fica ao redor dos vasos umbilicais (Baksh et al., 2007; Sarugaser et al., 2005).

Apesar de muitas partes do cordão serem fontes de CTMH com

fenótipos muito semelhantes, algumas diferenças têm sido documentadas em

relação à sua eficiência de isolamento, capacidade de expansão e de

diferenciação. Um estudo comparando a eficiência de obtenção de CTMH a

partir do sangue e de todo o tecido do cordão revelou que o sucesso de

isolamento do primeiro é muito baixo, ao contrário da eficiência de 100% obtida

a partir do segundo. Os autores sugeriram que nos bancos de cordão deveriam

ser estocados tanto o sangue como o tecido (Secco et al., 2008). A baixa

quantidade de células e taxa de crescimento das CTMH do UCB são

considerados fatores limitantes para seu uso na medicina regenerativa (Musina

et al., 2007). Fong e colaboradores (2010) também identificaram o tecido do

cordão como ma fonte mais rica em CTMH e que sua capacidade proliferativa

é maior do que as do sangue do cordão. No entanto, um novo método de

obtenção das CTMH do sangue do cordão foi mais eficiente e sugere que esta

fonte ainda possa se constituir em uma alternativa importante (Hussein et al.,

2012). Outro estudo também concluiu que a capacidade de expansão das

células estromais da geleia de Wharton é maior do que as obtidas dos vasos

do cordão (Karahusevinoglu et al., 2007). O tempo necessário para dobrar a

população (PDT) das CMTH dos vasos do cordão é de até 60 horas (Sarugaser

et al., 2005), enquanto o PDT das obtidas dos vasos do cordão é de 24 a 25

horas (Fong et al., 2010). Alguns pesquisadores demonstraram que CTMH

derivadas dos vasos do cordão umbilical compartilham morfologia, marcadores

imunofenotípicos e capacidade de diferenciação similares àquelas da MO

(Romanov et al., 2003; Covas et al., 2003; Kim et al., 2004; Panepucci et al.,

2004; Kadivar et al., 2006; Ishige et al., 2009; Li et al., 2010).

26

As diferenças citadas acima podem ocorrer devido à aplicação de

metodologias distintas de isolamento e condições de cultura, à própria

identidade biológica dos doadores, ou por outro lado, sugerir potencialidades

distintas para estas populações celulares. Apesar de existirem vários trabalhos

sobre CTMH isoladas de tecidos umbilicais, o conhecimento biológico e

genético sobre elas ainda é insuficiente para que o seu potencial terapêutico

seja explorado com segurança e eficácia, sobretudo no que diz respeito às

CTMH isoladas da veia do cordão umbilical humano. Além disso, o uso dessas

células na clínica depende de seu isolamento e expansão in vitro. Portanto,

informações sobre as propriedades biológicas dessas células após um longo

período de cultivo pode auxiliar na elaboração de novas estratégias que

assegurem e monitorem a manutenção do fenótipo de célula-tronco,

oferecendo maior garantia e segurança para seu uso nos tratamentos clínicos.

2.3. Senescência celular

O processo de senescência celular foi originalmente caracterizado pela

capacidade limitada de divisão celular de fibroblastos humanos in vitro por

Leonard Hayflick e Paul Moorhead (1961), sendo chamada de senescência

replicativa. Posteriormente, esta condição foi atribuída à diminuição do

comprimento dos telômeros e à ausência da telomerase. Adicionalmente,

muitas células somáticas humanas sofrem senescência replicativa in vitro

(revisado Chen et al., 2007). Um estudo desenvolvido por Takubo e

colaboradores (2010) demonstra que o envelhecimento dos tecidos in vivo

também deve estar relacionado ao encurtamento dos telômeros. Estes

pesquisadores observaram que, com poucas exceções, principalmente cérebro

e miocárdio, a taxa de redução do telômero (pb/ano) é muito semelhante em

mais de duas dezenas de tecidos retirados de pacientes humanos na faixa

etária de recém-nascido até 100 anos. Estudos adicionais demonstraram que o

telômero encurtado se constitui como um sítio de lesão no DNA e que este

ativa uma resposta ao dano no DNA (DDR – DNA damage response))

envolvida com a senescência replicativa (revisado Chen et al., 2007). O

desgaste acelerado do telômero está implicado com várias doenças humanas

relacionadas à idade como, aumento de risco ao desenvolvimento de câncer,

doença de Alzheimer, síndromes progeróides (por exemplo, Werner e Bloom),

27

Diabete Mellitus, osteoartrite, aterosclerose, diminuição da cicatrização de

feridas e da resposta imune (revisado por Bekaert et al., 2005).

Além do encurtamento dos telômeros, outros fatores estão associados à

senescência celular, tais como estresse oxidativo (Toussaint et al., 2000);

senescência prematura induzida por estresse (Serrano e Blasco, 2001;

Toussaint et al., 2000); ativação de oncogenes (revisados por Prieur e Peeper,

2008); e ativação da DDR (revisado por d‟Adda di Fagagna, 2008).

Resumidamente, o mecanismo de senescência celular pode ser explicado da

seguinte maneira: danos no DNA (causados por vários tipos de estresse como,

disfunção telomérica; quebras de dupla fita; estresse oxidativo; e ativação de

oncogenes) resultam na ativação da DDR promovendo a parada no ciclo

celular de forma irreversível, mesmo na presença de fatores de crescimento

(revisado por Magalhães, 2004).

Alguns estudos tem contribuído para uma contribuição na compreensão

de mecanismos moleculares à senescência envolvidos com a parada do ciclo

celular. Genes como CCNA2, que promovem a proliferação celular, podem ter

sua expressão inibida. Alguns trabalhos demonstram que genes supressores

tumorais, como P16/RB e P53/p21, podem levar à formação de SAHF. Estes

genes fazem parte da via DDR relacionada à senescência (Revisado por Sikora

et al., 2011). Também foi observado que nas células senescentes são

formados focos de heterocromatina (SAHF- senescence-associated

heterochromatic foci), que podem contribuir para a natureza irreversível da

senescência.

Assim, basicamente, em virtude de uma célula senescente sofrer uma

parada no ciclo celular de forma irreversível, este processo é considerado

como uma proteção contra o desenvolvimento do câncer (Braig et al., 2005;

Chen et al., 2005; Collado et al., 2005; Courtois-Cox et al., 2006; Michaloglou et

al., 2005). No entanto, as células senescentes não sofrem apenas parada do

ciclo celular, estas sofrem alterações no seu fenótipo, afetando sua morfologia

e função (Campisied‟Adda di Fagagna, 2007). Elas adquirem aumento do seu

tamanho, numerosos grânulos no seu citoplasma e aumento da atividade de

beta galoctosidase. Outra característica é que células senescentes exibem

instabilidade cromossômica (Arendt et al., 2009; MosieniakeSikora, 2010;

28

Wojda et al., 2006) e adquirem um fenótipo secretoma característico, chamado

de fenótipo secretório associado à senescência (SASP - senescent-associated

secretory phenotype). Ele compreende o aumento no nível de liberação de

mais de 40 fatores que atuam na sinalização celular, fatores de crescimento,

proteases, entre outros (Revisado por Davalos et al., 2010). Foi proposto que o

SASP contribui para a manutenção da senescência no tecido e para o

desenvolvimento de doenças relacionadas à idade e dá suporte à

carcinogênese (Revisado por Sikora et al., 2011). Contudo, detalhes

moleculares das redes de interações de vias relacionadas ao processo de

senescência celular ainda precisam ser elucidados para uma melhor

compreensão sobre a sua ligação com o envelhecimento in vivo, com o

surgimento de doenças e com o câncer.

No indivíduo adulto, a homeostasia do tecido se dá por meio da

renovação e diferenciação de células-tronco somáticas, específicas de cada

tecido. Durante o envelhecimento, fatores ambientais, o genótipo do indíviduo e

fatores estocásticos podem induzir gradualmente alterações genéticas e

epigenéticas que causam um declínio das funções de células-tronco que pode

ser a origem das doenças metabólicas, degenerativas, câncer e o

envelhecimento dos indivíduos (Revisado por Rodríguez-Rodero, et al. 2011).

Esta proposição está em conformidade com a observação de que o

envelhecimento afeta a renovação e a capacidade de diferenciação de CTMH

residentes no tecido adiposo e na MO de indivíduos mais velhos (Alt et al.,

2012; Kretlow et al., 2008; Chen et al., 2009), bem como a morfologia das

CTMH obtidas da MO em indivíduos idosos (Zaim et al., 2012). As vias

envolvidas com as alterações na sequência do DNA no envelhecimento das

células-tronco somáticas não são claras, mas alguns estudos sugerem que o

comprimento do telômero ou deficiências no reparo possam fazer parte destas

rotas (Revisado por Rodríguez-Rodero et al., 2011).

Algumas características de senescência replicativa já foram descritas em

CTMH cultivadas após longo tempo in vitro. Wagner e colaboradores (2008)

estudaram o efeito da senescência replicativa de MO-CTMH, comparando as

células na passagem 7 e na passagem 12. Os resultados deste trabalho

demonstraram que as MO-CTMH na passagem mais tardia apresentaram uma

capacidade finita de divisão celular; alterações na sua morfologia, tornaram-se

29

maiores; declínio na expressão de marcadores moleculares específicos, bem

como, diminuição de seu potencial de diferenciação adipogênico e aumento do

osteogênico. Outros autores demonstram que as MO-CTMH perdem

gradualmente sua capacidade progenitora (Banfi et al.,2000). Além destas

consequências funcionais, o co-cultivo de CTMH com HSC evidenciou que

quando foi utilizado CTMH de passagens tardias houve um aumento da

proliferação de células progenitoras hematopoiéticas enquanto que com CTMH

de passagens iniciais as HSC mantiveram um fenótipo mais primitivo (Walenda

et al., 2009). Como já foi descrito que a secreção de fatores de crescimento e

citocinas por fibroblasto pode ser influenciada pelo tempo de cultura (Coppe et

al. 2008), uma sugestão é que as funções imunomoduladoras de CTMH

possam ser alteradas durante a expansão na cultura por alteração no seu perfil

secretório.

Os estudos de senescência celular têm utilizado o número de

passagens, o tempo para duplicação da população (PD- Population doublings);

e a detecção da β-galactosidase (SA-β-gal), para identificar as células

senescentes após sua expansão. O número de passagens representa o

número de vezes que a cultura foi expandida. O tempo requerido para isto

depende do número de células semeadas inicialmente, o qual afeta o momento

em que elas alcançam a confluência, e, consequentemente, a frequência da

passagem. Portanto, podem haver diferenças laboratoriais produzindo artefatos

no estudo da senescência. O PD é o quociente entre o número de células

colhidas dividido pelo número de células que foram inicialmente semeadas. No

entanto, este número expressa apenas o número cumulativo de divisões

celulares de toda a cultura, independentemente de células individuais; algumas

células podem ser perdidas durante a lavagem; e já é documentado que há

diferenças entre PD sob mesma condição de cultura entre doadores. O ensaio

da enzima SA-β-gal é um método bem estabelecido que pode ser aplicado em

preparações de CTMH. Embora ele não facilite a quantificação absoluta de

células senescentes, a enzima é ativa apenas em senescentes e não em

quiescentes, pré-senescentes, ou diferenciadas (Revisado por Wagner et al.,

2010). Entretanto, em culturas confluentes pode ocorrer a coloração com a SA-

β-gal que é aumentada pela inibição por contato (Gary e Kindell, 2005).

30

2.4. Estabilidade genômica das CTMH ao longo tempo de cultivo

A proliferação das células em cultivo é usualmente maior do que in vivo,

com isso elas estão sujeitas a acumular mais danos no DNA quando

expandidas in vitro. Diversos estudos relatam que o tempo de cultivo pode

levar à aquisição de alterações cromossômicas em CTMH humanas (Bochkov

et al., 2007; Maitra et al., 2005; Sareen et al., 2009; Stephenson et al., 2010;

Ueyama et al., 2011;). O mais recente e maior estudo de estabilidade genômica

em células-tronco adultas utilizou 400 amostras isoladas de diferentes tecidos

(de MO, tecido adiposo, cordão umbilical e tecidos fetais) e nove amostras de

CTMH derivadas de CT embrionárias. Estes autores encontraram nove

alterações em seis das 144 amostras de CTMH analisadas, uma frequência de

4%, menor do que a encontrada em CT neurais e CT pluripotentes induzidas,

ambas apresentaram cerca de 9%. Eles demonstraram que a presença de

alterações cromossômicas é uma característica comum de células-tronco

propagadas in vitro, e sugeriram que cada tipo de célula-tronco tem uma

predisposição a adquirir um conjunto particular de alterações cromossômicas.

Em CTMH foi identificada uma tendência ao surgimento de monossomia, uma

delas foi do cromossomo 13. Tal alteração é relacionada com tumores

mesenquimais, frequente em tumores de tecidos moles e osso (lipomas,

condrossarcomas e osteossarcomas) (Ben David et al., 2011). Além disso, em

modelos animais, CTMH expandidas in vitro apresentam uma alta

susceptibilidade à transformação maligna (Miura et al., 2006; Tolar et al., 2007;

Ren et al., 2011).

No entanto, há também alguns estudos que não encontraram

aberrações cromossômicas em MO-CTMH após sua expansão in vitro (Zhang

et al., 2007; Choumerianou et al., 2008; Spees et al., 2004; Bernardo et al.,

2007 a, b). CTMH isoladas de líquido amniótico e da vilosidade coriônica,

expandidas até chegar à senescência, apresentaram cariótipo normal,

indicando que as CTMH fetais são estáveis e podem ser usadas na medicina

regenerativa (Poloni et al., 2011). Descrições de transformação espontânea in

vitro em CTMH humanas (Rubio et al., 2005; Rosland et al., 2009), foram

desvalidadas pela retratação destes trabalhos, afirmando que os resultados de

31

transformação encontrados foram originados de contaminação cruzada (de La

Fuente et al., 2010; Torsvik et al., 2010). Contudo, a presença de aneuploidia

em várias preparações de MO-CTMH para aplicação clínica foi observada

depois de seu cultivo. No entanto, como valores de expressão de genes

relacionados à transformação estavam normais, os autores sugeriram que

aneuploidia poderia aparecer durante a expansão, mas isso não significaria

uma transformação, e sim uma senescência celular (Tarte et al., 2010). Depois

disso, as pesquisas clínicas com CTMH na França foram liberadas, mesmo

sendo identificadas aneuploidias.

A inexistência de alterações cromossômicas também foi relatada em

CTMH do cordão umbilical expandidas in vitro (Spees et al., 2004). Um estudo

com infusão de CTMH em modelos animais revelou que em nenhum dos

camundongos tratados com CTMH da geleia de Wharton houve o

aparecimento de doença e nem reações inflamatórias (Fong et al., 2010;

Gauthaman et al., 2012). Estes estudos indicam que as CTMH do cordão

umbilical são hipoimunogênicas e não tumorigênicas, com grande potencial

para o uso seguro na terapia celular. Nekanti e colaboradores (2010)

observaram cariótipos normais de CTMH da geleia de Wharton expandidas até

a passagem 20. Duarte e colaboradores (2012) encontraram um grande

número de alterações cromossômicas após a criopreservação das UV-CTMH

de um dos cordões, entretanto, nenhuma alteração clonal foi observada.

Apesar da maioria dos achados apontarem para uma maior estabilidade

das CTMH comparadas aos outros tipos de células-tronco, embrionárias e

pluripotentes induzidas, os relatos do surgimento de alterações cromossômicas

em cultura merecem atenção, uma vez que estas podem estar relacionadas

com os eventos de insucesso da terapia celular, ou de carcinogênese. O efeito

de alterações cromossômicas na biologia das CTMH expandidas in vitro deve

ser estudado por uma investigação mais detalhada que forneça conhecimentos

moleculares dos processos celulares afetados.

32

2.5. Microarranjos e Estudos de expressão gênica em CTMH

Uma maneira de conhecer a função dos genes é por monitoramento da

expressão de milhares de genes em uma amostra sobre uma determinada

condição. O conjunto de moléculas de RNA transcritas de um genoma é

chamado de transcriptoma. O método mais comum para sua avaliação é o de

microarranjos (Auer et al., 2009; Hey e Pepper, 2009). Eles são um conjunto de

sequências de DNA (DNA complementar ou oligonucleotídeo) construídas

artificialmente, complementares aos transcritos dos genes que se deseja

interrogar a expressão, e distribuídas em sítios específicos (spots ou probe cell)

em uma superfície sólida. Cada spot contém centenas de cópias das

sequências de desoxirribunucleotídeos complementares a um único RNA alvo

(Revisado por Bute, 2002).

Na pesquisa médica, o estudo do perfil de expressão por microarranjos

surge como uma ferramenta útil para melhor compreensão de doenças,

identificação de novos alvos terapêuticos, e subclassificação de doenças para

identificar estratégias mais individualizadas de tratamento (Revisado por Auer

et al., 2009). Em outras pesquisas básicas e aplicadas, sua análise tem como

objetivo acessar o perfil molecular de uma dada amostra; descobrir novos

biomarcadores; ou fornecer informações para fazer novas anotações do

genoma. As duas análises principais deste método consistem em testar genes

diferencialmente expressos entre duas ou mais condições, e identificar as

categorias funcionais mais representadas pelos genes diferencialmente

expressos em um estudo (Revisado por Kauffmann e Huber, 2010).

Na ultima década, os avanços nesta tecnologia, bem como o

desenvolvimento de programas para a análise dos seus dados, aumentaram a

confiabilidade, sensibilidade e reprodutibilidade desta técnica, por exemplo, por

meio de um melhor controle da qualidade de dados (Revisado por Kauffmann e

Huber et al., 2010; Revisado por Sánchez-Pla et al., 2012). Dentre as várias

plataformas de microarranjos disponíveis, GeneChips Affymetrix são os mais

frequentemente usados para analisar perfil de expressão, mais de 3000

publicações científicas descreveram resultados com esta tecnologia (Auer et

al., 2009). Estes microarranjos consistem numa matriz de alta densidade de

oligonucleotídeos, e cada transcrito é detectado por um grupo particular de

33

sequências de sondas com 25 nucleotídeos, conhecidos como um conjunto de

sonda (probe set). O agrupamento das intensidades em várias sondas resulta

em uma medida única de expressão de um gene. Um dos microarranjos da

affymetrix, é o GeneChip® Human Genome U133 plus 2.0 Array (HG U133

Plus 2.0). Neste há 1.300.000 oligonucleotídeos únicos cobrindo mais de

47.000 transcritos e variantes (acessado em:

http://media.affymetrix.com/support/technical/datasheets/hgu133arrays_datash

eet.pdf, no dia 08 de setembro de 2012).

Embora ainda haja algumas limitações na técnica de microarranjos,

como sua incapacidade de descoberta de novos RNA mensageiros, ela é

considerada uma tecnologia consolidada para análise de transcriptoma

utilizada a mais de uma década. Mais recentemente, muita atenção tem sido

dada ao sequenciamento de RNA (RNA-seq). Esta nova abordagem, uma das

técnicas de sequenciamento de última geração (next-generation sequencing –

NGS), supera as limitações da primeira. No entanto, acredita-se que sua

existência não extinguirá a utilização dos microarranjoss. A escolha deverá se

dar pelo custo, disponibilidade, e a necessidade de cada pesquisa (Revisado

por Sánchez-Pla et al., 2012).

Recentemente, um banco de dados denominado Stem Base

(http://www.stembase.ca/?path=/) foi desenvolvido com o propósito de oferecer

uma interface entre os dados gerados pela Rede Canadense de Células-

tronco, para facilitar a descoberta de funções de genes relevantes no controle e

diferenciação celular. Este banco disponibiliza três opções para seu uso:

pesquisa por experimentos, busca por amostras ou sondas, e análises de

dados de expressão do banco a partir de uma lista de genes de interesse do

usuário. Dados de Microarranjos da Affymetrix de 50 amostras de células-

tronco humanas foram depositados no Stem Base. Dentre estas, a maioria é de

células-tronco hematopoiéticas e não há nenhuma amostra de CTMH humana,

apenas 18 de célula-tronco mesenquimal de camundongo (Sandie et al., 2009).

Os estudos de análise de expressão gênica global em CTMH têm

focado, basicamente, em dois aspectos: no processo de diferenciação celular

(Kock et al., 2011; Menssen et al., 2011; Roobrouck et al., 2011; Yoo et al.,

2011) e nas diferenças entre CTMH de fontes distintas (Jansen et al., 2010;

Miranda et al., 2012; Panepucci et al., 2004; Secco et al., 2009; Tsai et al.,

34

2007; Weng et al., 2011; Kim et al., 2011). CTMH isoladas a partir da veia do

cordão são funcionalmente semelhantes às MO-CTMH, mas genes

diferencialmente expressos podem refletir as diferenças relacionadas aos seus

locais de origem: MO-CTMH seriam mais comprometidas com a osteogênese,

enquanto CTMH do cordão seriam mais comprometidas com a angiogênese

(Panepucci et al., 2004). Uma comparação, mais recente, de dados de

transcriptoma e proteômica entre CTMH da veia do cordão e MO-CTMH,

encontrou alguns genes/proteínas diferencialmente expressos, mas que

participam de funções celulares semelhantes (Miranda et al., 2012).

Os estudos descritos acima mostram que CTMH residentes em locais

distintos guardam muitas semelhanças, sugerindo uma origem comum, e

diferenças que possivelmente refletem distintas propriedades biológicas

adquiridas pelo seu nicho natural (tais como, potenciais de proliferação e

diferenciação), que, talvez, possam ser modificadas com a escolha adequada

das condições de cultivo. Por exemplo, a substituição do meio de cultivo de

CTMH pelo de MAPC (Multipotent Adult Progenitor Cells), tornou as CTMH

capazes de se diferenciar em células semelhantes às endoteliais e aumentou a

expressão de cinco transcritos endoteliais (CD34, VWF, FLK1, FLT1, TIE2)

(Roobrouck et al., 2011).

Alguns trabalhos sugerem que o tempo de cultivo afeta a expressão

gênica. MO-CTMH na passagem 10, cultivadas em Soro Fetal Bovino (SBF),

que tiveram diversos transcritos regulados positivamente, incluindo alguns

envolvidos com a inibição do ciclo celular. Enquanto, que MO-CTMH na mesma

passagem cultivadas com soro autólogo, mantiveram uma expressão estável

(Shahdadfar et al., 2005). Um estudo, utilizando um arranjo de baixa densidade

(Human Stem Cell Pluripotency Low Density), contendo marcadores de células-

tronco indiferenciadas e alguns de linhagens no estágio inicial de diferenciação,

verificou que a expressão de alguns marcadores de células indiferenciadas

diminuiu em CTMH da geleia de Wharton e MO-CTMH nas passagens tardias

(P15-p20), sendo observada uma maior diminuição em MO-CTMH, sugerindo

uma manutenção do fenótipo de célula-tronco mais forte em CTMH da geleia

de Wharton comparadas ás MO-CTMH após expansão in vitro (Nekanti et al.,

2010). O transcriptoma de MO-CTMH e ASC humanas, na passagem 20 (P20)

e 30 (P30), respectivamente, não foi afetado de maneira significativa. No

35

entanto, esse mesmo estudo detectou diminuição na quantidade da proteína

p53 em ASC em P30. O estudo ainda comparou estas linhagens com as

mesmas obtidas de macaco Rhesus em passagens iguais, sendo observada

uma alteração significativa no perfil de expressão de genes envolvidos com o

ciclo celular, resposta ao dano e reparo do DNA, tais como TP53. A diminuição

da expressão da p53 pode estar relacionada com a menor taxa de apoptose

nas ASC humanas e de células-tronco mesenquimais de MO de Rhesus na

passagem 30, bem como é associada com o fato de que estas últimas

puderam ser cultivadas além da passagem 30 (Izadpanah et al., 2008).

Uma análise de expressão gênica, por meio de proteômica, de CTMH da

geleia de Wharton depois da expansão in vitro até a 12º passagem, revelou

que diversas proteínas, incluindo Shootin1, Adenilatoquinase 5 isoenzima e

inibidor do ativador do plasminogénio-2 já não são expressas após a passagem

2, sugerindo que a potência proliferativa destas células é reduzida após a sua

fase inicial de crescimento in vitro. Este estudo também observou que na última

passagem analisada, houve o surgimento de novas proteínas, incluindo, ERO1-

alfa, aspartil-tRNA sintetase e prolil-4-hidroxilase, indicando que estas

proteínas estejam envolvidas na dificuldade de sobrevivência e diferenciação

celular após o tempo de cultivo (Angelucci et al., 2010). O perfil de expressão

gênica de CTMH de diferentes origens (líquido amniótico, membrana amniótica,

sangue do cordão, e MO) permaneceu estável entre as passagens 3 e 6,

durante a cultura in vitro , e depois da criopreservação (Tsai et al., 2007).

36

3.0. OBJETIVOS

O presente trabalho teve como objetivo geral analisar o efeito da

senescência no perfil de expressão gênica das CTMH/inv, que têm a inversão

cromossômica (inv(3)(p13p25~26), e das CTMH/n, que apresentam cariótipo

constitucional normal, sob as mesmas condições de cultivo, bem como

comparar, pela primeira vez, o perfil de expressão gênica de CTMH/inv com o

perfil de CTMH/n jovens e senescentes.

Objetivos específicos:

Identificar o número de passagens in vitro necessário para

obtenção de uma cultura celular senescente;

Verificar se há diferença entre o perfil de expressão de

senescentes vs jovens em cada CTMH/inv e CTMH/n;

Verificar se há diferença entre o perfil de expressão de CTMH/inv

vs CTMH/n, jovens e senescentes;

Verificar se a expressão diferencial de genes identificados na

análise de microarranjos é corroborada por PCR em tempo real;

Identificar as categorias funcionais mais representadas pelos

genes diferencialmente expressos para cada comparação;

Construir redes de interação gênica e identificar gargalos destas

redes para auxiliar na interpretação biológica dos processos

afetados.

37

4.0. MATERIAL E MÉTODOS

4.1. Isolamento e Caracterização das CTMH

No presente trabalho, foram utilizadas CTMH obtidas do endotélio da

veia do cordão umbilical de três doadores. Os cordões foram coletados na

maternidade Januário Cicco da Universidade Federal do Rio Grande do Norte

(UFRN). Todas as mães que doaram os cordões assinaram o termo de

consentimento livre e esclarecido de acordo com aprovação do Comitê de

Ética em Pesquisa da UFRN sob o protocolo n°. FR132464. Os procedimentos

realizados para a coleta de todos os cordões, bem como o isolamento, a

caracterização imunofenotípica por citometria de fluxo, as diferenciações

adipogênica, osteogênica e condrogênica, e a análise citogenética das CTMH

do endotélio da veia do cordão seguiram os protocolos realizados por Duarte et

al. (2012).

As CTMH isoladas dos três cordões umbilicais foram caracterizadas

citogeneticamente por Cornélio (2012), Um dos cordões tem uma alteração

cromossômica constitucional: inversão paracêntrica no braço curto do

cromossomo 3, cariótipo: 46,XY,inv(3)(p13p25~26) (Duarte et al. 2012), esta

linhagem é aqui denominada como CTMH/inv. Muitas células CTMH/inv

senescentes apresentaram instabilidade genética, caracterizada pelo

surgimento de alterações cromossômicas, especialmente, associações

teloméricas (tas) e ganho de material genético do cromossomo 20, que são

alterações características de tumor ósseo de células gigantes (TCG). Os outros

dois cordões possuem cariótipo constitucional normal, portanto, no presente

trabalho as CTMH isoladas de tais cordões serão denominadas CTMH/n.

38

4.2. Condições de cultura das CTMH para análise do seu perfil de

expressão gênica

As células recuperadas da criopreservação, conforme protocolo de

Duarte et al. (2012), foram plaqueadas em frascos T25 com meio alfa-MEM

(Gibco), suplementadas com 10% de SFB (Gibco) e 1% de solução de

antibiótico (penicilina e estreptomicina – Sigma ou Gibco) e mantidas à 37 ºC

em incubadora umidificada com 5% de CO2. Ao atingir a confluência de 60-

70%, as células foram expandidas utilizando 1mL de 0,25% de tripsina/EDTA

(Invitrogen). Depois de contadas em hemocitômetro com azul de tripan (Gibco),

as células foram plaqueadas novamente em uma concentração de 4000

células/cm2 em diferentes frascos de cultura, este procedimento caracteriza

uma passagem (P) celular. As células foram monitoradas em microscópio

invertido (CKX 41, OLYMPUS) e a troca de meio foi realizada a cada 72 horas

ou quando o meio ficava amarelado, indicativo de mudança de pH.

A expansão teve continuidade até a passagem 18 para obtenção das

amostras para análise de expressão gênica das CTMH obtidas de dois cordões

(cordão 10 – cariótipo normal - com 9 replicatas experimentais e cordão 04 –

inv(3)(p13-25~26) - com 6 replicatas experimentais), e até a 9º passagem para

CTMH do outro cordão (cordão 12 – cariótipo normal – com 3 replicatas

experimentais), seguindo as mesmas condições de cultivo descritas acima.

Portanto, as passagens de cultura utilizadas para as análises do perfil de

expressão gênica foram:

a) Passagem 9 – consideradas como CTMH jovens isoladas do cordão

com inversão (grupo CTMH/inv) e de dois cordões com cariótipo

constitucional normal (grupo CTMH/n).

b) Passagem 18 – consideradas como CTMH senescentes isoladas do

cordão com inversão (grupo CTMH/inv) e de um cordão com cariótipo

constitucional normal (grupo CTMH/n).

Após a passagem 18, as células foram expandidas até o momento

em que não foi possível realizar um novo subcultivo, isto ocorreu na passagem

39

24. Nessa última passagem, as células foram mantidas em cultivo com trocas

de meio e monitoradas diariamente pela observação em microscópio invertido.

4.3. Caracterização das CTMH senescentes

As células foram definidas como senescentes ao se visualizar em

microscópio invertido (CKX 41, OLYMPUS) as seguintes características:

aumento do tamanho celular, alteração na morfologia, aumento na presença de

células vacuolizadas, diminuição da capacidade proliferativa e maior proporção

de células flutuantes no meio de cultura.

Além disso, foi realizado o ensaio para detecção da atividade da β-

galactosidase em pH 6,0, utilizando o Kit Senescence β- galactosidase da Cell

Signaling Technology, conforme as instruções do fabricante (Chemicon, USA)

Resumidamente, as células foram fixadas durante 5 min à temperatura

ambiente em solução fixadora 1X, em seguida, foram lavadas e incubadas

durante a noite à 37 º C com solução de coloração SA-β-gal. Posteriormente,

as células foram lavadas com PBS e visualizadas utilizando um microscópio de

luz. As células que apresentaram coloração verde foram consideradas

senescentes. Para evitar a interferência da confluência celular, o ensaio foi

realizado em culturas com 60% de confluência em triplicatas experimentais.

4.4. Extração de RNA

O RNA total foi extraído de 1x106 células (~90% de confluência) em dois

momentos: na passagem 9, caracterizadas como células jovens das CTMH/inv

(obtidas do cordão 04) e CTMH/n (obtidas dos cordões 10 e 12); e na

passagem 18, caracterizadas como senescentes das CTMH/inv (obtidas do

cordão 04) e CTMH/n (obtidas do cordão 10).

O protocolo da extração seguiu as instruções contidas no manual do

RNeasy mini kit (Qiagen). O RNA extraído foi mantido à -80 ºC até sua

utilização nos ensaios de expressão gênica. A sua avaliação quanto à

integridade e quantidade foi, respectivamente, realizada por ensaios utilizando

o Agilent 2100 Bioanalyzer RNA (Agilent Technologies) e o espectrofotômetro

NANODROP (Nano Drop Technologies Inc.), seguindo as instruções dos

manuais dos mesmos. Todos os parâmetros exigidos para publicação

40

utilizando o método de reação em cadeia de polimerase com transcriptase

reversa (RT-PCR) em tempo real foram devidamente avaliados conforme

descritos por Bustin e colaboradores em 2009. Todas as amotras de RNA

utilizadas para os ensaios de microarranjos e de RT-PCR em tempo real

apresentaram RIN ˃ 9,0 e razão 260/280 próxima ao valor 2,0.

41

4.5. Preparação do RNA, Hibridização e Captura da imagem do

Microarranjos.

Do RNA total extraído de cada replicata de todas as CTMH/n e

CTMH/inv, jovens e senescentes, 100 ng foi utilizado para a marcação

utilizando o GeneChip® 3’ IVT Express Kit (Affymetrix Inc.) de acordo com as

instruções do mesmo. Resumidamente, a primeira fita cDNA foi sintetizada

pela transcrição reversa utilizando um primer oligo dT etiquetado com um

promotor T7 a partir do RNA total à 42 °C por 2 horas. Este cDNA foi então

convertido em dupla fita utilizando a complementariedade do promotor T7 da

primeira fita do cDNA à 16 °C por 1 hora. Posteriormente, foi realizada uma

transcrição in vitro para sintetizar RNA marcado (aRNA) por meio da

incorporação de nucleotídeos conjugados com biotina à 40 °C por 16 horas. O

aRNA foi então purificado por microesferas magnéticas e 15 μg deste foi

fragmentado à 94 °C por 35 minutos. O aRNA purificado e fragmentado foi

mantido à -20 ºC até sua hibridização no Laboratório Nacional de Luz Síncroton

(LNLS) em Campinas-SP. Depois, 12,5 μg do aRNA fragmentado foi

hibridizado no microarranjo Affymetrix Human Genome U133 plus 2.0 arrays,

juntamente com os controles e a solução de hibridização conforme indicado

pelo Hybridization, Wash, and Stain Kit (Affymetrix Inc). Em seguida, os

microarranjos foram mantidos em uma incubadora, Genechip Hybridization

Oven-640 (Affymetrix Inc), com rotação de 60rpm à 45ºC por 16 horas. Depois,

os microarranjos foram lavados na estação de lavagem, Genechip Fluidics

Station-450 (Affymetrix Inc), e corados para amplificação do sinal com o

Hybridization, Wash, and Stain Kit (Affymetrix Inc), como indicado pelo manual

do fabricante. Os microarranjos foram escaneados com o Affymetrix Gene-Chip

Scanner-3000-7G (Affymetrix Inc). A qualidade da hibridização foi avaliada pelo

Affymetrix GCOS software seguindo as instruções do fabricante.

4.6. Análises dos dados de microarranjos

Os dados obtidos da hibridização foram monitorados quanto à sua

qualidade inserindo os arquivos CEL no programa Expression Console Version

1.1 (Affymetrix) utilizando o padrão do algorítimos RMA (Robust Multi-array

Analysis). Foram observados todos os parâmetros de qualidade conforme

42

recomendado pelo fabricante. Subsequentemente, os arquivos CEL foram

importados para o programa Partek Genomic Suite (version 6.4; Partek Inc.,

St. Louis, MO) utilizando o algorítimo RMA para sumarização e normalização

com correção de background CG. O sinal de cada transcrito foi calculado

utilizando a média das intensidades de cada probset correspondente ao

mesmo transcrito. A correspondência entre as replicatas experimentais foi

realizada utilizando análise de componente principal e de correlação de

Pearson. Posteriormente, para identificação dos genes diferencialmente

expressos foi aplicado o teste ANOVA (one-way analysis of variance) com

correção Bonferroni. Foi considerado estatisticamente significativo os genes

com o valor de p ˂0,001 com correção Bonferroni e com o fold change ˃3,0. Os

perfis de expressão gênica comparados foram:

a) CTMH/n senescentes (replicatas do cordão 10) vs CTMH/n jovens

(replicatas do cordão 10);

b) CTMH/inv senescentes (replicatas do cordão 04) vs CTMH/inv

jovens (replicatas do cordão 04);

c) CTMH/inv jovens (replicatas do cordão 04) vs CTMH/n jovens

(replicatas do cordão 10 e 12);

d) CTMH/inv senescentes (replicatas do cordão 04) vs CTMH/n

senescentes (replicatas do cordão 10).

4.7. Avaliação da expressão diferencial por RT-PCR em tempo Real

Para verificar se o perfil de expressão diferencial identificado por

microarranjos é reproduzido por outra técnica, alguns genes de cada

comparação foram selecionados para análise de expressão por RT-PCR em

tempo Real (qPCR). Para tanto, 1µg do RNA total extraído de todas as

amostras foi utilizado para a síntese de cDNA conforme recomendações do

fabricante do High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits (Applied

Biosystems). O cDNA foi mantido à -20ºC até a sua amplificação. 200ng do

cDNA foi amplificado utilizando os ensaios TaqMan® Gene Expression Assays

(Applied Biosystems) seguindo os procedimentos conforme sugerido pelo

fabricante. A análise de expressão gênica foi realizada com o método de

43

quantificação relativa, utilizando o gene YWHAZ como referência endógena, o

qual já foi identificado como melhor endógeno para CTMH de cordão umbilical

por Wang et al. (2010). O gene foi eleito como endógeno para o qPCR por

meio de análise de variação de seus valores de expressão nos microarranjos.

A análise estatística foi feita utilizando o programa geNorm M. O valor de M

para YWHAZ foi de 0,142, demonstrando uma expressão estável para este

gene.

Para realização do qPCR foram selecionados 11 genes (Tabela 1) a

partir da lista do genes diferencialmentes expressos em ambas as

comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e em CTMH/inv

senescentes vs CTMH/n senescentes. Foram eleitos conforme seu padrão de

expressão, bem como pela sua relevância biológica sugerida pelo Igenuity

Analysis Pathway (IPA) (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA). Todos

os ensaios foram sintetizados pelo serviço sondas inventoriadas com

marcação FAM (Applied Biosystems).

Os genes ANKRD1 e MMP1 também foram utilizados para comparação

entre as CTMH/n (cordão 10) senescentes vs CTMH/n (cordão 10) jovens. Os

genes SFRP1, G0S2, ANKRD1 e NDN foram utilizados para a comparação

entre as CTMH/inv (cordão 04) senescentes vs CTMH/inv (cordão 04) jovens.

Assim, ao total foram 28 comparações de expressão gênica entre os dados de

microarranjos e de qPCR.

Gene ID do ensaio

LAMC2 Hs01043711_m1

ANKRD1 Hs00173317_m1

KYNU Hs00187560_m1

MMP1 Hs00899658_m1

MAB21L1 Hs00366575_s1

SFRP1 Hs00610060_m1

NDN Hs00267349_s1

ADORAB2 Hs00386497_m1

CCL7 Hs00171147_m1

G0s2 Hs00274783_s1

ALDH1A1 Hs00946916_m1

YWHAZ Hs03044281_g1

Tabela 1. Ensaios utilizados para o qPCR.

44

4.8. Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos

Os genes diferencialmente expressos foram submetidos à analise

biológica utilizando o programa Igenuity Patway analysis (IPA) – (Ingenuity

Systems, Redwood City, CA, USA) – para identificar as categorias funcionais

mais representadas pelos genes diferencialmente expressos. Os paramêtros

selecionados para esta análise no programa, foram: Reference set – Igenuity

Knowlodge Base; Relationship to include – Direta and indirect; Includes

Endogenous Chemicall; Filter – consider only molecules and/or relationships

where species = human.

4.9. Análises de biologia de sistemas

As redes de interações foram construídas utilizando o software STRING

versão 9.0 (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)

(Szklarczyk et al., 2012). Para cada lista de genes diferencialmente expressos

foram construídas duas redes: uma incluindo somente os genes da lista e outra

incluindo genes do genoma humano com o limite de 50 genes. Os parâmetros

para construção aplicados foram: organismo, homo sapiens; confidência média;

e outros presentes no „default‟ do programa. Todos os métodos de predição

foram ativos: Neighborhood, Gene Fusion, Cooccurrence, Co-expression,

Experiments, Databases e Textmining. Posteriormente, o arquivo txt

sumarizado gerado pelo STRING foi utilizado para exportar para o programa

Cytoscape 2.8.2 (Smooth et al., 2010), e subsequentemente, analisado. Para

categorização funcional dos genes constituintes da rede foi utilizado pelo

pluggin BiNGO 2.44 (Maere et al., 2005). Neste foi utilizado distribuição

hipergeométrica, correção de testes múltiplos por meio do algoritmo de False

Discovery Rate (FDR) com nível de significância para valor de P < 0.05. O

organismo selecionado para a análise foi Homo sapiens.

A pesquisa por gargalos foi realizada com plugin CestiScaPe 1.21 para

identificar os valores de Betweenness e Node Degree dos nós presentes nas

redes. Tais valores foram exportados para o software graph pad para

construção do gráfico Betweenness (eixo X) X Node Degree (eixo Y), por meio

do teste colum statistic. Betweenness indica a extensão em que um nó

específico está entre todos os outros nós dentro de uma rede e, em geral,

45

mostra a influência de um nó sobre a propagação da informação dentro da rede

(Newman, 2005; Feltes et al., 2011). Node Degree corresponde à quantidade

de conexões que um nó específico faz com outros nós adjacentes, aqueles que

apresentam alto valor para este, são denominados “hubs” (Yu et al., 2007). Já

aqueles que apresentam maiores valores para ambos betweenness e node

degree representam um gargalo da rede, ou seja, uma proteína que interliga

muitos processos biológicos (Feltes et al., 2011).

46

5.0. RESULTADOS

5.1. Caracterização das CTMH jovens e senescentes

Ambas as CTMH/inv e CTMH/n foram isoladas e expandidas com

sucesso conforme descrito por Cornélio (2012). Na 9º passagem, em frascos

subconfluentes, não foi detectada nenhuma célula com características de

células senescentes. Nesta passagem, foi possível identificar muitas células se

dividindo e com morfologia típica de CTMH. Portanto, tal cultura foi

considerada jovem (Figura 1a). Já na 18º passagem, também em frasco

subconfluente, foi possível detectar pouquíssimas células se dividindo, a

maioria delas foi marcada com β-galactosidase, apresentando maior tamanho

citoplasmático com vacúolos e acúmulo de grânulos. Então, esta cultura foi

chamada de senescente (Figura 1b). Além disso, tanto as células jovens

quanto as senescentes de ambas CTMH apresentaram os marcadores de

superfície celular específicos de CTMH (CD73, CD90 e CD105) e foram

capazes de se diferenciar em adipócitos e osteoblastoss (Figura 2a e b). As

células jovens de ambas as CTMH foram capazes de se diferenciar em

condrócitos (Figura 2c). No entanto, as CTMH/inv sofreram bastante com o

processo de senescência in vitro e quando células senescentes apareceram no

cultivo, foi difícil expandi-las em número celular suficiente para repetir o

experimento de citometria de fluxo com todos os marcadores de linhagem

hematopoiética.

Foi identificado que a partir da 16º passagem, em ambas CTMH/inv e

CTMH/n, é possível visualizar células senescentes em cultura, no entanto, elas

são muito poucas e ainda não comprometem a expansão in vitro. Somente na

18º passagem foram observadas predominância de células senescentes no

cultivo, diminuindo a cinética do subcultivo, sendo que após este momento foi

mais difícil obter células suficientes para fazer a extração de RNA.

Após a passagem 18º, células expandidas a partir de ambas CTMH/inv e

CTMH/n utilizadas para extração de RNA foram mantidas em cultura até a 24ª

passagem. Neste momento foi observado que não havia células se dividindo,

portanto não foi possível expandir a cultura novamente. Mesmo assim, as

células na 24ª passagem permaneceram vivas por dois meses, sendo

47

monitoradas diariamente, com troca de meio a cada 72 horas. Durante este

período, as células progressivamente foram desprendendo-se dos frascos de

cultivo e morreram espontaneamente.

48

Figura 1: a) Cultura jovem. População celular com morfologia fibroblastóide e muitas células se dividindo indicadas

pelas setas (objetiva de 20X); b) Cultura senescente. População celular com tamanho maior com um baixo índice de

divisão mitótica (objetiva de 20x). c) Cultura senescente. Células coradas em verde pelo teste por β-galactosidase,

com formatos poligonais (objetiva de 20x). d) Célula senescente com formato poligonal, vacuolada e citoplasma rico

em grânulos e corada em verde pelo teste β-galatosidase (objetiva de 40X).

a) b)

c) d)

49

Figura 2. A) Diferenciação das CTMH após 21 dias de indução osteogênica, matriz corada com vermelho de alizarina (objetiva de

20x). B) Diferenciação adipogênica após 21 dias de indução, vacuólos adiposos corados por Oil Red O indicados pelas setas

(objetiva 40x). C) Diferenciação condrogênica, matriz extracelular corada em azul celeste pelo corante Alcian Blue (objetiva de

20X).

A B C

54

5.2. A senescência in vitro afeta o perfil de expressão das CTMH

Para verificar se a senescência in vitro afeta a expressão gênica das

CTMH/inv e das CTMH/n, foram feitas comparações entre as células

senescentes e jovens de cada grupo: CTMH/n senescentes versus CTMH/n

jovens e CTMH/inv senescentes versus CTMH/inv jovens.

Foram identificados 73 genes diferencialmente expressos, 47 mais e 26

menos expressos em CTMH/n senescentes na comparação CTMH/n

senescentes vs CTMH/n jovens (APÊNDICE A).

A comparação entre o perfil de expressão senescentes vs jovens das

CTMH/inv resultou em 279 genes diferencialmente expressos identificados, 119

mais e 160 menos expressos em CTMH/inv senescentes (APÊNDICE B).

Portanto, a diferença encontrada no perfil de expressão gênica entre as células

senescentes e jovens é maior no grupo CTMH/inv do que nas CTMH/n (Figura

3).

Figura 3. Gráfico mostra que a comparação entre as CTMH/inv senescentes e

CTMH/inv jovens resultou em maior número de genes diferencialmente

expressos (279) do que na comparação entre as CTMH/n senescentes e

CTMH/n jovens.

0

50

100

150

200

250

300

CTMH/n senescentes vsCTMH/n jovens

CTMH/inv senescentes vsCTMH/inv jovens

73

279

51

5.3. Classificação funcional e rede de interações dos genes

diferencialmente expressos CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens

A análise de categoria funcional demonstrou que dentre os 73 genes

identificados diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes vs as

mesmas jovens, 48 foram agrupados em 15 categorias funcionais com valor

de p ˂0.05 e com uma representação biológica ≥ 5% de moléculas (APÊNDICE

C). As categorias de maior enriquecimento de acordo com o valor de p foram

metabolismo de carboidrato, pequenas moléculas bioquímicas, movimento

celular, sinalização e interação célula-célula e ciclo celular (Figura 4 e

APÊNDICE D).

Uma análise mais detalhada dos processos biológicos representados em

cada uma destas categorias funcionais revela que as categorias funcionais de

metabolismo de carbohidrato e pequenas moléculas bioquímicas são

predominantemente representadas por genes que estão envolvidos com a

síntese de componentes da matriz extra-celular, tais como genes envolvidos na

síntese de glicosaminoglicanos (ANGPT1, GALNT5, HAS3, XYLT1). Dentro da

categoria funcional de movimento celular, processos celulares relacionados à

mobilidade de células progenitoras (ANGPT1 e GFBP3), endoteliais (ANGPT1,

HAS3, IGFBP3 e THBS1) e tumorais (CADM1, SCUBE3 e MMP1) foram mais

representados. Na categoria funcional de sinalização e interação célula-célula,

a função de adesão celular em células tumorais representada pelos genes

IGFBP3, OXTR, THBS1, HAS3, THBS1, e a função de ativação de células

tumorais representada pelos genes CADM1, MMP1, THBS1 foram mais

representadas. Na categoria funcional ciclo celular, observa-se

predominantemente genes envolvidos com a mitogênese de tumores (IGFBP3,

IGFBP5, THBS1, KRT19 e RUNX1T1).

52

Os 73 genes formaram uma rede constituída de 31 nós e 41 interações.

Foram identificados MMP1 e THBS1 como gargalos desta rede (Figura 5). A

análise de classificação funcional das moléculas presentes nesta rede revelou

um maior enriquecimento em processos multi-organismo, regulação de

localização e migração celular e, regulação de componentes celulares

(APÊNDICE E).

No contexto genômico, uma rede contendo 103 nós e 656 ligações foi

formada (Figura 6a), MMP1 e THBS1 não foram identificados como gargalos.

Todos os gargalos identificados não estão entre os genes que foram

diferencialmente expressos (Figura 6b). Os processos biológicos mais

enriquecidos nesta rede foram: regulação de processos biológicos, resposta a

estímulos, desenvolvimento e sinalização (APÊNDICE F).

Figura 4: Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes

comparadas às CTMH/n jovens. Estão respresentadas apenas as categorias com os menores p

valores de p ˂0.05 indicado em parêntese.

53

a)

b)

Figura 5: Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens. As

cores vermelhas e verdes representam, respectivamente, genes mais e menos expressos em CTMH/n senescentes. Os nós em forma de triângulo

simboliza genes identificados como bottlenecks da rede, THSB1 e MMP1. b) Gráfico demonstrando que THBS1 e MMP1 apresentaram maior node

degree betweeness.

54

Figura 6: Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens no

contexto genômico. As cores vermelhas e verdes representam, respectivamente, genes mais e menos expressos em CTMH/n senescentes. A cor

rosa representa os genes do genoma humano que não foram diferencialmente expressos neste estudo. Os nós em forma de triângulo simbolizam

genes identificados como gargalos da rede, TP53, TNF e INS. b) Gráfico demonstrando os genes que apresentaram maior node degree e

betweeness presente na rede não estão entre os diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes.

a) b)

55

5.4. Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos

CTMH/inv senescentes vs as CMTH/inv jovens

Os 279 genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes vs

as CTMH/inv jovens foram classificados em 20 categorias funcionais com valor

de p ˂0.05 e com uma representação biológica ≥ 5% de moléculas (APÊNDICE

G). As categorias funcionais de maior enriquecimento de acordo com o valor de

p foram movimento celular, proliferação e crescimento celular, morte celular,

desenvolvimento e sinalização celular (Figura 7 e APÊNDICE H).

Uma análise mais detalhada dos processos celulares inseridos nas

categorias funcionais mais representadas pode ser vista no APÊNDICE H. A

categoria funcional de proliferação e crescimento celular teve como processo

celular mais representado a proliferação celular, onde foram identificados 82

genes envolvidos com este processo, tais como CXCL12, EGF, ENO1, FGF1,

MMP2 e OXTR. E ainda, foi predito que a proliferação celular está diminuída

em CTMH/inv senescentes. O segundo processo celular mais enriquecido foi o

de proliferação celular de linhagens tumorais, com 48 genes envolvidos, tais

como CXCL12, EGF, ENO1, FGF1 e OXTR. Um outro estado de ativação que

foi predito como diminuído foi o de formação de colônia de linhagem de câncer

de mama. Na categoria de morte celular, observou-se uma maior

representação de apoptose celular (57 genes, incluindo, por exemplo, os genes

ANKRD1, BHLHE40, CXCL12, EGF, ENO1, NDN e G0S2), sendo que a

Figura 7: Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes

comparadas às mesmas jovens. Estão respresentadas as cinco categorias com menores valor de P.

56

maioria destes são envolvidos com apoptose de linhagens tumorais (42

genes). Além disso, o processo de viabilidade celular (33 genes, dentre estes

CASP1, CXCL12, EGF, FGF1, SFRP1, THBS1 e TNFRSF9) contém 20 genes

especificamente envolvidos com viabilidade de células tumorais na categoria

de morte celular. Dentro da categoria de desenvolvimento celular, proliferação

celular (48 genes) e diferenciação (29 genes) de células de linhagens tumorais

foram mais represendadas. Genes envolvidos com a proliferação de células-

tronco embrionárias (CCDC8, DIRAS3, FGF1, HGF, OXTR, SCUBE3 e

UNC5B) e a transição epitélio-mesenquimal (EGF, HGF, NOG, NRP1 e

SCUBE3) também foram identificados. Os processos celulares mais

representados dentro da categoria de movimento celular foram relacionados à

invasão e migração de células tumorais, representados, por exemplo, pelos

genes CXCL12, EGF, MMP16, MMP2 e SFRP1. Também foram representados

o processo de quimiotaxia de células-tronco embrionárias pelos genes AGTR1,

CXCL12, EGF, L1CAM. Adesão e ativação celular de linhagens de células

tumorais também foram os mais representadas na categoria de interação e

sinalização celular, incluindo os genes EGF e THBS1.

Quanto à análise de biologia de sistemas, a lista de 279 genes formou

uma rede composta por 227 nós e 1.153 ligações entre eles, sendo EGF o nó

identificado como bottleneck, o qual perfaz 462 interações com 82 moléculas

desta rede (Figura 8).

No contexto genômico, foi formada uma rede composta por 287 nós e

2.908 ligações, onde EFG se manteve como gargalo, cuja sua sub-rede

constitui 119 nós e 1.455 interações (Figura 9).

A classificação funcional das redes mostrou um enriquecimento nas

funções relacionadas ao desenvolvimento, sinalização e proliferação celular em

ambas as redes (APÊNCIDE I e APÊNDICE J). Funções relacionadas ao

tamanho celular e migração celular foram enriquecidas somente na rede de

contexto genômico e nas sub-redes de EGF, respectivamente. Assim, EGF

parece ter um importante papel na senescência in vitro das células CTMH/inv

coordenando as funções mais enriquecidas da rede.

57

Figura 8: a) Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens. b) gráfico mostrando a

identificação do nó com maior node degree e betweeness, EGF. C) sub-rede da figura „a‟, destacando as moléculas que interage diretamente com EGF. As cores

vermelha e verde representam, respectivamente, mais e menos expresso em CTMH/inv senescentes. Nó em forma de triângulo simboliza o gargalo da rede (EGF); nó

em forma de paralelograma indica que o gene localiza-se na região da inv (3), PDZRN3 e BHLHE40.

58

a)

Figura 9: a) Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens

no contexto genômico. b) gráfico mostrando a identificação do nó com maior node degree e betweeness, EGF. As cores vermelha e verde

representam, respectivamente, mais e menos expresso em CTMH/inv senescentes. A cor rosa simboliza os genes do genoma humano não

diferencialmente expressos. Nó em forma de triângulo simboliza o gargalo da rede (EGF); nó em forma de paralelograma indica que o gene

localiza-se na região da inv (3), PDZRN3 e BHLE40.

b)

59

Figura 10: Sub-rede da figura 9, destacando as moléculas que interage diretamente

com EGF. As cores, vermelha e verde representam, respectivamente, mais e menos

expresso em CTMH/inv senescentes. Nó em forma de triângulo simboliza o gargalo

da rede (EGF).

60

5.5. Há um perfil de expressão gênica comum entre as CTMH/inv

e CTMH/n senescentes

Para identificar se há genes diferencialmente expressos em ambas as

CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens e CTMH/n

senescentes vs CTMH/n jovens, foi feito um diagrama de Venn das duas

listas dos genes diferencialmente expressos obtidas das comparações entre as

CTMH senescentes versus as jovens (Figura 11). A intersecção do diagrama

de Venn representa os genes que foram comumente diferencialmente

expressos em ambas as comparações. A lista de genes dessa intersecção

compõe 30 genes diferencialmente expressos identificados. Destes, 18 foram

mais expressos em ambas CTMH/n senescentes e CTMH/inv senescentes

comparadas às CTMH/n jovens e CTMH/inv jovens, nesta ordem. Estes foram:

LOC730755, DIO2, IGFBP5, SERPINB2, THBS1, MRVI1, SYNPO2, KRTAP1-

5, FOXE1, NTN4, ANKRD1, OXTR, KRT19, PLCB4, SCUBE3, HAS3, KRT34 e

GALNT5. Dos 30 genes diferencialmente expressos, 11 genes foram menos

expressos (ST6GALNAC3, PTPRD, LOC100127983, PTGFRN, PLXDC2,

TNFRSF9, GPAT2, PHGDH, RUNX1T, RBP1 e SGCG) em ambas as CTMH/n

senescentes e CTMH/inv senescentes comparadas às respectivas, CTMH/n

jovens e CTMH/inv jovens. Somente um gene teve regulação oposta, STMN2

(stathmin-like 2), menos expresso em CTMH/inv senescentes e mais expresso

em CTMH/n senescentes (APÊNDICE K).

Figura 11: Diagrama de venn construído a partir das listas dos genes das comparações

Senescentes vs Jovens de CTMH/n e CTMH/inv. 30 genes foram comuns as duas listas.

61

Dos 30 genes, 24 foram classificados em 17 categorias funcionais com

valor de p ˂ 0.05 e com uma representação acima de 5% (APÊNDICE L). As

cinco categorias funcionais mais enriquecidas por menor valor de p foram

morte celular, sinalização e interação celular, desenvolvimento embrionário,

proliferação e crescimento celular, e movimento celular (Figura 12 e

APÊNDICE M).

Uma análise mais detalhada das cinco categorias funcionais com menor

valor de P pode ser vista no APÊNDICE M. Dentre as funções celulares

inseridas em morte celular, destacam-se genes envolvidos com apoptose, tais

como THBS1, TNFRSF9, SERPINB2 e com viabilidade celular, tais como

NTN4,THBS1, RUNX1T1,TNFRSF9. Na categoria de sinalização celular, a

função de adesão celular de linhagens tumorais foi mais representada,

incluindo os genes HAS3, OXTR, IGFBP5, SERPINB2, THBS1. Estes 5 genes

e RUNXT1 também foram inseridos na função de proliferação de células

tumorais que foi a mais representada dentro da categoria desenvolvimento

celular. IGFBP5, RUNXT1, SERPINB2 foram classificados também na função

de diferenciação de células tumorais. As funções de migração de células

endoteliais (NTN4,THBS1), epiteliais (NTN4,THBS1), musculares

(IGFBP5,THBS1), fibroblastos (THBS1), e tumorais (SCUBE3 e HAS) foram

predominantemente representadas na categoria de movimento celular.

Figura 12: Classificação funcional dos 30 genes comuns às duas listas de comparações

Senescentes vs Jovens de CTMH/n e CTMH/inv, sendo demonstrada apenas as cinco

categorias funcionais com menores valor de p.

62

63

5.6. As CTMH/inv têm o transcriptoma distinto das CTMH/n

Considerando que: a) as CTMH/inv utilizadas neste trabalho tem uma

inversão cromossômica constitucional (3p13-p25~26), e na região 3p25~26 há

genes relacionados ao reparo de DNA e envolvidos com tumorigênese (Duarte

et al., 2012); b) a análise citogenética realizada nestas células revelou a

ocorrência de alterações cromossômicas que são características de tumor

ósseo de células gigantes em CTMH/inv senescentes, mas não em CTMH/n

senescentes (Cornélio, 2012), uma análise comparativa entre os transcriptoma

de CTMH/inv vs CTMH/n, tanto jovens quanto senescentes, foi realizada.

Foram identificados 93 genes diferencialmente expressos em CTMH/inv

jovens comparadas às CTMH/n jovens, 68 foram mais e 25 menos expressos

em CTMH/inv jovens (APÊNDICE N).

Quando as CTMH/inv senescentes foram comparadas às CTMH/n

senescentes, um total de 425 genes foram diferencialmente expressos, 157

mais expressos e 268 menos expressos em CTMH/inv senescentes

(APÊNDICE O). Portanto, as CTMH/inv apresentam um perfil de expressão

gênica mais distinto, quantitativamente, das CTMH/n quando são senescentes.

Para identificar se há genes comuns entre as duas listas de genes

diferencialmente expressos das comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n

jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes foi feito um diagrama

de Venn com as duas listas obtidas dessas comparações (Figura 13). Foram

identificados 41 genes (APÊNDICE P) que eram diferencialmente expressos

em CTMH/inv jovens comparadas às CMTH/n jovens e se mantiveram

diferentes entre as mesmas senescentes, representados na intersecção do

diagrama de Venn.

Figura 13: Diagrama de Venn para identificação dos genes diferencialmente expressos

em ambas as comparações, CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv

senescentes vs CTMH/n senescentes.

64

Um agrupamento hierárquico dos 41 genes da intersecção mostra a

distribuição dos grupos de CTMH, um grupo formado pelas CTMH/inv

senescentes e jovens e o outro com as CTMH/n senescentes e jovens (Figura

14). Pode ser observado ainda que CTMH/n obtidas de diferentes doadores,

dos cordões 10 e 12 os quais apresentam cariótipo normal, foram inseridas no

mesmo grupo apesar das diverenças individuais. O cálculo de r2 para cada par

de comparações foi feito com a lista dos genes da intersecção. Os valores de r2

corroboram com a distribuição dos grupos no agrupamento hierárquico (Tabela

2), pois não há correlação significante entre as CTMH/inv e as CTMH/n jovens

ou entre as mesmas senescentes. Enquanto que, nas comparações entre

jovens e senescentes dentro do mesmo grupo de CTMH, houve uma forte

correlação no padrão de expressão entre esses genes. Portanto, estes dados

demonstram que os 41 genes apresentam valores de expressão muito distintos

entre as CTMH/inv e as CTMH/n. Além disso, analisando os valores de Fold

change desses genes foi observado que a maioria dos 41 genes da interseção

teve sua expressão mais afetada quando as CTMH/inv são senescentes, 18

genes dentre os 27 genes mais expressos tiveram valores de expressão

maiores em CTMH/inv senescentes (Figura 15), comportamento semelhante foi

observado entre os 14 genes menos expressos, desses 11 tiveram valores

menores em CTMH/inv senescentes (Figura 16).

65

Figura 14. Cluster hierárquico de todas as probsets diferencialmente expressas em ambas as comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e entre as

CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes. Estão representadas neste agrupamento 59 probsets que incluem os 41 genes únicos da intersecção.

66

Tabela 2: Coeficiente de correlação (r2) da expressão dos 41 genes diferencialmente

expressos em ambas as comparações CTMH/invjovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv

senescentes vs CTMH/n senescentes.

Figura 15: Genes mais expressos em CTMH/inv jovens se tornaram ainda mais

expressos em CTMH/inv senescentes.

Comparações r2 valor de P

CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens 0.186 0.197

CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes 0.189 0.189

CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens 0.894 0.000

CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens 0.869 0.000

0102030405060708090

100

MM

P1

ALD

H1A

1

SFR

P1

LOC

7307

55

LAM

C2

HH

IP

HO

TAIR

HO

XC1

0

LOC

7286

13

AN

KR

D1

DN

AJC

6

CX

AD

R

NTN

4

TNFR

SF21

TM4

SF1

IGF2

///

INS-

IGF2

PLA

T

CTMH/inv vs CTMH/n Jovens

CTMH/inv vs CTMH/nsenescentes

67

Figura 16: Genes menos expressos em CTMH/inv jovens se tornaram ainda menos

expressos em CTMH/inv senescentes.

5.7. Alguns genes localizados na região próxima aos pontos de

quebra da inversão em CTMH/inv foram diferencialmente expressos em

CTMH/inv

Para verificar se genes localizados na inversão no cromossom 3 tiveram

sua expressão afetada, uma lista completa dos genes localizados nas

extremidades da inversão cromossômica (inv3p13-25~26) constituinte da

CTMH/inv (ANEXO 1) foi obtida do banco de dados do Genoma humano no

NCBI

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/maps.cgi?TAXID=9606&CHR=3

&MAPS=ideogr,cntgr,regions,ugHs,genes[1.00%3A198022430.00]&CMD=TXT

#2). Embora nenhum dos genes localizados na região da inversão esteja entre

aqueles 41 genes identificados na intersecção do diagrama de Venn, alguns

tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv jovens e senescentes (Figura 17).

Dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens

comparadas às CTMH/n jovens apenas um, o gene OXTR (receptor de

ocitocina), localizado em 3p25, teve sua expressão afetada em CTMH/inv

-30

-25

-20

-15

-10

-5

0


CTMH/inv vs CTMH/nsenescentes

68

jovens. O OXTR foi menos expresso em CTMH/inv jovens, com o valor de p de

1,54E-08 e FC igual a -3,71.

Entre os genes diferencialmente expressos nas CTMH/inv senescentes

comparadas às CTMH/n senescentes, quatro genes da região da inversão,

tiveram sua expressão afetada. O gene CNTN3 (contactin 3 plasmacytoma

associated)) foi mais expresso em CTMH/inv senescentes, três genes

BHLHE40 (basic helix-loop-helix family, member e40); PDZRN3 (PDZ domain

containing ring finger 3); LMCD1 (LIM and cysteine-rich domains 1) foram

menos expressos em CTMH/inv senescentes (APÊNDICE Q). Esses dados

sugerem que tais genes possam apresentar correlações funcionais com os

demais genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens

desencandeando a maior diferença de expressão nas CTMH/inv senescentes.

69

Figura 17. Cariótipo parcial das CTMH/inv mostrando a inv(3)(p13p25~26) e seu ideograma.

Cromossomo 3 normal à esquerda, o inv(3), à direita (Duarte et al., 2012). Caixas mostrando os

genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens (OXTR) e senescentes (BHLHE40,

LMCD1, PDZRN3, e CNTN3) comparadas às CTMH/n jovens e senescentes, respectivamente.

FC= Fold Change. Entre parênteses está a localização cromossômica.


diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n

jovens

Uma análise de classificação de categorias funcionais dos genes

diferencialmentes expressos em CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n

jovens foi realizada. Da lista de 93 genes diferencialmente expressos em

CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens, 69 foram classificados em 17 categorias

funcionais de função celular e molecular com valor de p ≤0.05 com

representação biológica acima de 5% (APÊNDICE R).

As cinco categorias mais enriquecidas com maior significância estatística

foram as de movimento celular, sinalização e interação célula-célula,

desenvolvimento celular, proliferação e crescimento celular e apresentação de

antígeno (Figura 18 e APÊNDICE S).

Nota-se que a maioria dos genes inseridos na categoria de movimento

celular são classificados em migração de células de linhagens tumorais, tais

70

como CCL20, CCL7, CXCL12, DCBLD2, IGF2, LAMC2, NREP e SPP1. Alguns

desses genes também foram inseridos em quimiotaxia de fagócitos e e células

dentríticas (CCL20, CCL7, CXADR, CXCL12 e SPP1), quimiotaxia de

neutrófilos (CCL7, CXADR, CXCL12 e SPP1), linfócitos (CCL20, CXCL12 e

SPP1) e movimento de células mielóides (CCL20,CCL7,CXCL12) e

embrionárias (CCL20,DOCK4,IGF2). A anotação invasão de células tumorais

foi predita ser ativa em CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n jovens.

Na categoria de interação e sinalização celular observa-se uma maior

representação na função de adesão celular de linhagens tumorais, incluindo,

CXADR,CXCL12, IGF2, OXTR e SPP1. O gene CCL20 foi inserido na função

de adesão celular de células da MO e de célulabs-tronco mesenquimais. Os

genes CXCL12 e IGF2 também foram classificados em ativação de

osteoclastos.

A maioria dos genes constituintes da categoria de desenvolvimento

celular e da proliferação e crescimento celular foram inseridos em proliferação

de linhagens tumorais, tais como ADORA2B, ALDH1A1, CCL20, CXADR,

CXCL12, DUSP4, GATA4, IGF2, MEG3, NDN, OXTR, PLAT, SPP1 e

SULT1E1. Alguns destes genes também foram classificados em proliferação de

fibroblastos (IGF2,SFRP1,TNFRSF11B), osteoblastos (IGF2,SFRP1), células-

tronco (CCL20,CXCL12) e células embrionárias (IGF2,OXTR,SCUBE3). A

anotação proliferação de linhagens tumorais foi predita estar ativa em

CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n jovens. OXTR foi classificado na

categoria funcional de crescimento e proliferação celular, que é a categoria que

apresenta um maior número de moléculas.

71

.

Quanto à análise de biologia de sistemas, dos 93 genes, 55 formaram

uma rede constituída por 55 nós e 86 ligações entre eles (Figura 19a). Dentre

as funções indentificadas na rede com significância estatística (valor de p

˂0,05), as mais enriquecidas foram as envolvidas com o desenvolvimento,

sinalização e adesão celular (APÊNDICE T). Nesta rede, os genes SPP1,

CXCL12, SFRP1 e NCAM1 foram identificados como gargalos (Figura 19b e c).

A expansão desta rede no contexto genômico resultou em uma rede contendo

120 nós e 538 interações (Figura 20a), onde SPP1 e ENO1 foram identificados

como gargalos (Figura 20b e c). Nesta rede, as funções mais enriquecidas

foram as de desenvolvimento, respostas aos estímulos e elongação da

tradução (APÊNDICE U). O gene OXTR, localizado na região da inversão em

CTMH/inv, embora não interaja diretamente com nenhum dos gargalos está

presente em ambas as redes (de 55 e 120 nós).

Figura 18: Representação dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens comparadas

as CTMH/n Jovens nas categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity. Estão representadas

somente as cinco categorias funcionais com menores valor de p.

72

a) b) c)

Figura 19: a) Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens. b) O gráfico mostra que os genes com maiores node degree e betweenness foram identificados como gargalos da rede. c) rede

formada por somente os genes que se conectam diretamente com os gargalos. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv. Os triângulos simbolizam os gargalos.

73

a) b)

c)

Figura 20: a) Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens no contexto genômico. b) O gráfico mostra que os genes com maiores node degree e betweenness foram identificados como bottlenecks da rede (ENO1 e SPP1), os genes CXCL12 e NCAM1 estão entre aqueles com node degrees elevados. c) rede

formada por somente os genes que se conectam diretamente com os gargalos. A cor verde representa os genes menos expressos e a vermelha representa os menos expressos em CTMH/inv. Os triângulos simbolizam os gargalos.

74


diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às

CTMH/n senescentes

Dos 425 genes diferencialmente expressos em CTMH/inv comparadas

às CTMH/n senescentes, foram utilizados para análise funcional apenas os 384

genes que foram exclusivamente diferencialmente expressos na comparação

CTMH/inv comparadas às CTMH/n senescentes. Destes, 262 foram

classificados em 17 categorias funcionais com valor de p ≤0.05 e

representação biológica acima de 5% (APÊNDICE V). As cinco categorias

funcionais com maior significância estatística foram ciclo celular, organização e

associação celular, replicação, recombinação e reparo do DNA, proliferação e

crescimento celular e movimento celular (Figura 21 e APÊNDICE W). Além

disso, foi identificado que a função de atraso de mitose e a de incorporação de

timidina foram preditas como aumentadas em CTMH/inv senescentes.

Enquanto que, em CTMH/n senescentes, as funções de mitogênese e

incorporação de timidina foram preditas como diminuídas.

Alguns genes foram inseridos em eventos mais específicos relacionados

ao ciclo celular, tais como segregação de cromossomos (BUB1, CCNA2,

CCNB1, CCNB2, CENPF, CENPW, KIF2C, NCAPG, NDC80, NEK2, NUSAP1,

SPC25 e TOP2A) e citocinese (BIRC5, CCNB1, CDC20, CEP55, KIF14,

KIF20A, KIF4A, NEDD4L, NUSAP1, PRC1,TM4SF1,TOP2A).

Outras anotações presentes na categoria do ciclo celular envolvendo

tumorigênese também foram representadas, tais como mitose de linhagem

tumoral (BIRC5, CCNB1,CDC20, CDK1, DLGAP5, FOXM1, SPC25 TOP2A,

TTK), sendo alguns destes genes representantes das fases M, S, citocinese e

da anotação atraso em mitose. Outras anotações funcionais presentes nestas

categoria do ciclo celular incluem genes envolvidos com ponto de checagem do

ciclo celular (CDC2, NDC80) e do fuso mitótico (BIRC5, BUB1, DLGAP5, TTK),

parada do ciclo celular (CCNA2, CCNB1, CDK1, EGF, FOXM1, IGFBP5),

endoreduplicação (KIF14) e poliploidização de células (BIRC5, SCIN, TOP2A)

e de linhagens tumorais (SCIN, TOP2A).

75

Na categoria de organização e associação celular e na categoria de

replicação, recombinação e reparo do DNA, observa-se uma maior

representação nas anotações envolvidas com a segregação dos cromossomos

e formação do fuso mitótico. Também foi observado que dano no DNA (BIRC5,

OLR1, PBK, RRM2, RUNX1, RUNX1T1, TOP2A) foi representado na categoria

de replicação, recombinação e reparo do DNA.

Na categoria de proliferação celular, a maioria dos genes foram inseridos

na anotação de proliferação de linhagens tumorais (56 dos 104 genes desta

categoria). Alguns desses genes também se inseriram em proliferação de

células embrionárias (BIRC5, DIRAS3, DLGAP5, FGF1,HGF,QPCT,UNC5B),

mesenquimais (EGF e FGF7) e outras linhagens teciduais.

Muitos genes representantes da categoria movimento celular foram

inseridos na anotação de migração de linhagens tumorais, incluindo EGF e

L1CAM que também são inseridos em quimiotaxia de células embrionárias,

AGTR1 foi incluído apenas na quimiotaxia de células embrionárias e não de

tumor.

Figura 21: Representação dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens

comparadas as CTMH/n Jovens nas categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity. Estão

representadas somente as cinco categorias funcionais com menore valor de p.

76

A análise da rede de interações entre as moléculas da lista dos 390

genes resultou em uma rede contendo 318 nós e 2.597 conexões (Figura 22).

Foi identificado que EGF é gargalo dessas interações, perfazendo um

total de 606 conexões e 97 nós (Figura 23). Os quatros genes que se localizam

na região da inversão e que tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv

senescentes, CNTN3, BHLHE40, LMCD1 e PDZRN3 fazem parte desta rede

de interações e, interessantemente, CNTN3 interage diretamente com o

gargalo EGF (Figura 24).

Os processos biológicos mais enriquecidos nas redes de interações

foram relacionados ao ciclo celular, proliferação e desenvolvimento do

organismo (APÊNDICE X). Com a expansão da lista dos 390 genes para o

contexto genômico com o limite de adição de 50 moléculas do banco do

genoma humano foi formada uma rede com 372 nós e 4.496 interações (Figura

25a). Ainda neste contexto do genoma humano, EGF se manteve como um

gargalo (Figura 25b), somente PDZRN3 não faz parte desta rede de interações

e CNTN3 permaneceu interagindo diretamente com EGF (Figura 26).

Os processos biológicos com maior representação na rede no contexto

genômico foram muito semelhante àqueles da primeira rede, tendo como

funções mais enriquecidas as de ciclo celular, proliferação celular e

desenvolvimento (APÊNDICE Y).

77

Figura 22: Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos apenas na comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv senescentes. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os genes localizados próximos da inv(3).

78

Figura 23: a) Sub-rede de interações da figura 22. a) Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos apenas na comparação

CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em

CTMH/inv senescentes. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os genes localizados próximos da

inv(3). b) O gráfico mostra que o gene com maior node degree e betweennes foi EGF.

a) b)

79

Figura 24: a) Sub-rede de interações da figura 22. Esta rede evidencia somente os genes diferencialmente expressos apenas na comparação CTMH/inv

senescentes vs CMTH/n senescentes que se ligam diretamente a EGF (em forma de triângulo) ou aos genes localizados em Inv (3): CNTN3, PDZRN3, LMCD1 e

BHLHE40 (em forma de paralelograma) As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv

senescentes. b) sub-rede da figura 14ª, destacando as moléculas que conectam-se diretamente com CNTN3 e EGF.

a) b)

80

Figura 25: a) Rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos apenas na comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes inserida no

contexto genômico com limite de adição de 50 nós. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv

senescentes. A cor rosa, os genes do genoma humano que foram acrescidos à rede. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma

simbolizam os genes localizados próximos da inv(3). b) O gráfico mostra que o gene com maior node degree e betweennes foi EGF.

a) b)

81

Figura 26: Sub-rede da figura 25, destacando as moléculas que conectam-se com EGF e os genes da Inv (3)

(LMCD1, CNTN3 e BHLHE40). As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos

expressos e mais expressos em CTMH/inv senescentes. A cor rosa, os genes do genoma humano acrescidos a

rede. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os

genes localizados próximos da inv(3). b) O gráfico mostra que o gene com maior node degree e betweennes foi

EGF.

82

5.10. Análise de interpretação biológica dos genes diferencialmente

expressos nas comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e

CTMH/inv senescentes vs CTMH/n jovens

Uma análise comparativa entre as categorias funcionais representadas

pelos genes diferencialmente expressos nas comparações CTMH/inv jovens vs

CTMH/n jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n jovens mostra que das

17 categorias funcionais da comparação entre estas células jovens, 15 se

mantiveram entre as funções com representação acima de 5% e duas

categorias só apareceram na comparação entre as senescentes.

As funções que estavam entre as mais enriquecidas na comparação

entre as células jovens foram movimento celular, sinalização e interação célula-

célula, desenvolvimento celular, proliferação e crescimento celular, essas

funções tornaram-se ainda mais enriquecidas nas senescentes (Figura 27). Já

as categorias de ciclo celular e replicação, recombinação e reparo do DNA, que

estavam entre as menos enriquecidas (inferior a 5%) na comparação entre as

jovens, se classificaram entre as mais enriquecidas nas senescentes. Tais

observações demonstram que os processos moleculares mais enriquecidos

nas senescentes já eram representados pelos genes diferencialmente

expressos nas CTMH/inv jovens.

83

Figura 27: Gráfico mostrando as categorias funcionais mais enriquecidas (com valor de p˂ 0,05 e

para CTMH/inv senescentes somente aquelas com representação superior à 5%) em ambas as

comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.

O eixo Y corresponde ao número de genes presente em cada categoria.

84

Para verificar se os genes diferencialmente expressos nas CTMH/inv

jovens quando comparadas às CTMH/n jovens contribuíram para uma maior

representação nas categorias funcionais identificadas nas CTMH/inv

senescentes comparadas às CTMH/n senescentes, a rede de interações dos

genes da lista da intersecção e a rede de interações dos genes da lista dos

exclusivamente diferencialmente expressos na comparação entre as CTMH/inv

e CTMH/n senescentes foram sobrepostas, resultando em uma única rede

composta por 340 nós e 2627 ligações. Quinze genes da intersecção se

conectaram com genes da comparação CTMH/inv vs CTMH/n senescentes.

Observa-se a formação de dois grupos que são conectados por alguns nós,

especialmente, TNFRSF21, LAMA 5 e JAG1 (Figura 28). A análise das

categorias funcionais das moléculas conectadas diretamente a esses três nós

revelou um enriquecimento nas funções envolvidas com regulação da

proliferação celular e desenvolvimento, sugerindo uma relação funcional entre

alguns genes que foram diferencialmente expressos entre as CTMH/inv e

CTMH/n jovens e aqueles da comparação entre as mesmas senescentes.

85

Figura 28: Rede de interações formada pela união entre os genes diferencialmente expressos em ambas as comparações (CTMH/inv jovens vs CTMH/n

jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes e os exclusivamente diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv vs CTMH/n

senescentes. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv senecentes. As

cores roxo e amarelo representam, respectivamente, mais e menos expressos em ambas CTMH/inv jovens e senescentes. A cor rosa, os genes do

genoma humano que foram acrescidos à rede. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os

genes localizados próximos da inv(3).

86

5.11. Análise da expressão gênica das CTMH por PCR em tempo

real

As diferenças de expressão gênica detectadas pela análise de

microarranjos foram confirmadas com o PCR em tempo real (qPCR; Taqman

Real time, PCR master mix, Appied Biosystem) para um total de 11 genes

representativos das comparações realizadas.

De 28 comparações que apresentavam diferenças de expressão, 22

tiveram a expressão diferencial observada pelos microarranjos corroborada

pela análise por qPCR com significância estatística (valor de p ˂0,05),

perfazendo 78.5% de conformidade entre essas análises (APÊNDICE Z). Dos

11 genes utilizados para ambas as comparações CTMH/n jovens vs CTMH/inv

jovens e CTHM/n senescentes vs CTMH/inv senescentes, 8 genes (ADORA2B,

SFRP1, KYNU, LAMC2, G0S2, ALDH1A1, MAB21L1 e NDN) tiveram sua

expressão diferencial identificada pela análise por microarranjos corroborada

pelo método qPCR na comparação CTMH/n jovens vs CTMH/inv jovens, e 10

genes (ADORA2B, CCL7, SFRP1, ANKRD1, MMP1, KYNU, LAMC2, G0S2,

MAB21L1 e NDN) tiveram sua expressão diferencial identificada pela análise

por microarranjos corroborada pelo método qPCR na comparação CTMH/n

jovens vs CTMH/inv jovens. Os dois genes selecionados ANKRD1 e MMP1

para a comparação CTMH/n jovens vs CTMH/n senescentes tiveram

correlação entre os dados de expressão obtidos pelo microarranjos e pelo

qPCR. Dentre os quatro genes selecionados para a comparação CTMH/inv

jovens vs CTMH/inv senescentes SFRP1, ANKRD1, G0S2 e NDN, os dois

primeiros tiveram sua expressão diferencial indentificada pelo microarranjo

corroborada pelo qPCR. Embora não tenha apresentado correlação com

significância estatística entre os dados de expressão dos genes G0S2 e NDN

de ambas os métodos de análise, observou-se que a expressão destes genes

na comparação entre as CTMH/inv jovens vs CTMH/inv senescentes foi maior

em CTMH/inv jovens com significância estatística em ambas as análises,

micoarranjos (valor de p ˂0,01) e qPCR ( valor de p ˂ 0,05).

87

6.0. DISCUSSÃO

No presente trabalho foi possível isolar, expandir e caracterizar

fenotipicamente ambas as CTMH/inv e CTMH/n conforme descrito por Duarte

et al. (2012). Após a 16º passagem foi possível detectar células senescentes

em cultivo, no entanto, a predominância de células senescentes foi vista

apenas na passagem 18. Após a passagem 18 a cinética de divisão celular foi

diminuindo progresssivamenta até não ser possível realizar a expansão do

cultivo após a passagem 24. As características observadas no presente

trabalho de uma célula senescente, bem como o tempo de cultivo necessário

para se obter uma cultura senescente foram semelhantes ao descrito para

outras CTMH obtidas de diferentes fontes (Kim et al., 2012; Schllenber et al.,

2011; Nekanti et al., 2010; Ryu et al., 2008).

Células jovens de ambas CTMH/inv e CTMH/n foram capazes de se

diferenciar em osteoblastos, adipócitos e condrócitos. Já para as células

senescentes só foi possível realizar dois tipos de diferenciações: osteogênica e

adipogênica. Devido ao número reduzido de células disponíveis para os

ensaios, não foi realizada a indução da diferenciação condrogênica durante a

senescência. Estes resultados estão em concordância com aqueles descritos

em CTMH obtidas de diferentes fontes (Kim et al., 2012; Schllenber et al.,

2011; Nekanti et al., 2010). Como as CTMH/inv sofreram bastante com o

processo de senescência in vitro, quando as células senescentes apareceram

no cultivo, foi difícil expandi-las em número celular suficiente para repetir o

experimento de citometria de fluxo com todos os marcadores de linhagem

hematopoiética (Cornélio, 2012).

Mesmo após 2 meses de cultivo na passagem 24 (após alcançarem a

senescência), não foi observada transformação espontânea de CTMH em

ambas CTMH/inv e CTMH/n. Estas observações estão de acordo com outras

pesquisas sobre CTMH de diferentes fontes (Bernardo et al., 2007; Poloni et

al., 2010). Considerando que a senescência celular é uma proteção contra o

câncer (Braig et al., 2005; Chen et al., 2005; Collado et al., 2005; Courtois-Cox

et al., 2006; Michaloglou et al., 2005), estes resultados favorecem o uso

terapêutico das CTMH. No entanto, muitos fatores, além do controle do ciclo

88

celular, estão associados à senescência, tais como aumento da instabilidade

cromossômica, alterações na morfologia e aquisição de um perfil de secretoma

característico que pode favorecer à senescência ou ao desenvolvimento de

doenças relacionadas à idade, tais como o câncer (revisado por Sikora et al.,

2012).

Há evidências de que as células-tronco sofrem senescência celular in

vivo que pode ser responsável pelo declínio de suas funções e pela origem das

doenças metabólicas, degenerativas, câncer e o envelhecimento dos indivíduos

(Revisado por Rodríguez-Rodero et al., 2011). Esta proposição está em

conformidade com a observação de que o envelhecimento afeta a renovação e

a capacidade de diferenciação de CTMH residentes no tecido adiposo e na MO

de indivíduos mais velhos (Alt et al., 2012; Kretlow et al., 2008; Chen et al.,

2009; Zaim et al., 2012). Zaim e colaboradores (2012) observaram que CTMH

obtidas da MO de crianças, adultos e idosos, perderam suas caracaterísticas

morfológicas e seu potencial de diferenciação mais precocemente em cultivo

quanto mais velho foi o doador. Além disso, Alves e colaboradores (2012)

identificaram seis genes diferencialmente expressos em ambas senescência in

vitro e in vivo de CTMH obtidas da MO. Assim, parece haver uma correlação

entre a senescência replicativa in vitro e a senescência in vivo. Portanto,

estudos moleculares sobre a senescência in vitro podem oferecer

conhecimentos importantes para uma melhor compreensão da senescência in

vivo das CTMH, bem como subsidiar pesquisas que possam identificar

melhores condições de cultivo para a expansão de CTMH a fim de preservar

suas características de células-tronco.

No presente trabalho, pela primeira vez, foi comparado o transcriptoma

de CTMH senescentes com o de CTMH jovens obtidas da veia do cordão

umbilical. Além disso, foi avaliado se CTMH com uma inversão cromossômica

(CTMH/inv) têm uma resposta diferencial das CTMH com o cariótipo normal

(CTMH/n) durante a expansão in vitro. Para tanto, as CTMH foram expandidas

até a sua senescência (passagem 18), e os seus transcriptomas foram

comparados em passagens iniciais (jovens) e em passagens tardias

(senescentes).

89

Este estudo foi pioneiro uma vez que há apenas três estudos de

transcritos em larga escala de CTMH em passagem mais tardias. Um deles

analisou a expressão somente de marcadores de células-tronco indiferenciadas

e de linhagens no estágio inicial de diferenciação em CTMH da geleia de

Wharton e MO-CTMH em passagens tardias (P15-p20), observando uma

diminuição de alguns desses marcadores em ambas as linhagens, havendo

uma maior diminuição em MO-CTMH, sugerindo uma manutenção do fenótipo

de célula-tronco mais forte em CTMH da geleia de Wharton comparadas as

MO-CTMH, após expansão in vitro (Nekanti et al., 2010). O outro, estudou o

transcriptoma, utilizando Affymetrix human GeneChip (U133A 2.0), de MO-

CTMH na passagem 20 e ASC na passagem 30. No entanto, os autores não

encontraram diferenças significativas no perfil de expressão das passagens

tardias comparadas com as iniciais para ambas as linhagens (Izadpanah et al.,

2008). Já Ryu e colaboradores (2008) identificaram 338 genes associados à

senescência de CTMH isoaladas de MO comparando a 15ª com a 7ª

passagem.

A comparação entre as CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens

resultou em 73 genes diferencialmentes expressos. Já na comparação entre as

CTMH/inv senescentes vs as CTMH/inv jovens foram identificados 279 genes

diferencialmente expressos. Assim, uma maior diferença de expressão foi

observada em CTMH/inv senescentes. A comparação entre os transcriptomas

de CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens resultou em uma lista de 93 genes

diferencialmente expressos. Na comparação entre CTMH/inv senescentes vs

CTMH/n senescentes foram encontrados 425 genes diferencialmente

expressos. Estes dados mostram que a CTMH/inv deve ter sofrido um

processo de senescência replicativa distinto das CTMH/n, tornando-as mais

diferentes das CTMH/n quando elas são senescentes.

Esses dados relacionados ao processo de senescência ficam mais

interessantes ao se detectar que a análise citogenética das CTMH/inv

senescentes realizada por Cornélio (2012), do mesmo pool de células

utilizadas no presente trabalho, demonstrou a presença de associações

teloméricas (tas) e de alterações recorrentes envolvendo o braço longo do

90

cromossomo 20. Tais alterações citogenéticas são características de TCG

(Gebre-Melin et al., 2009).

Tumor de célula gigante do osso (TCG) é uma neoplasia, geralmente

benigna, mas localmente agressiva e que pode originar metástases (1-2% dos

casos) em outros tecidos como, pulmão, mama, coração, pele e nodos

linfáticos. TCG é constituído por uma população heterogênea de células,

formada por células gigantes multinucleadas semelhantes a osteoclastos (as

mais abundantes - por este motivo recebeu o seu nome), monócitos e células

estromais. As últimas podem estar relacionadas com a alta taxa de recorrência

do tumor depois da remoção cirúrgica (Revisado por Cowan e Singh, 2012). A

origem exata do tumor é desconhecida, mas há fortes evidências de que as

células estromais do TCG devem se originar de CTMH. Alguns autores já

preferem chamá-lo de “tumor de células estromais”, porque demonstra mais

precisamente que a célula estromal é que é neoplásica (Forsyth e Hogendoorn,

2003; Kim et al., 2012). Foi visto que as células estromais de TCG exibem

marcadores de superfícies de CTMH incluindo, CD105, CD73, (Wulling et al.,

2003) e FGFR-3, um receptor de fator de crescimento de fibroblasto (Robinson

et al., 2002), bem como marcadores de início da diferenciação osteoblástica

(CD166, Strol) (Wulling et al., 2003). Também foi observado que as células

estromais do TCG podem se diferenciar em osteoblastos, adipócitos e

condrócitos sob diferentes condições de cultura (Wulling et al., 2003). Lan e

colaboradores (2012) demonstraram a existência de uma subpopulação de

células estromais do tumor de células gigantes que são positivas para Stro1 e

outros marcadores de células-tronco mesequimais (CD73, CD90 e CD105),

com capacidade de renovação celular e de diferenciação em adipócitos e

osteoblastos. Estas células também exibem um alto potencial proliferativo, são

mais restitentes a cisplatina e tem expressão elevada de ABCG2. Tais

características, levaram ao autores concluírem que há uma célula-tronco

tumoral de origem mesenquimal que é responsável pela neoplasia do TCG.

Recentemente, foi feito um estudo por Lau e colaboradores (2013) com

objetivo de estudar o papel de p63 na regulação do ciclo celular das células

estromais. Eles verificaram que esta proteína promove progressão do TCG por

meio da inativação de p53. No entanto, ainda existem muitas questões sem

91

repostas sobre o mecanismo molecular da tumorigênese de TCG relacionada a

sua origem de CTMH.

Dentre os 73 genes diferencialemente expressos entre CTMH/n

senescentes e as CTMH/n jovens, nove (ANKRD1, IFIT1, KIAA1324L, NTN4,

OXTR, PLXDC2, SERPINB2, SYNPO2 e THBS1) já foram identificados como

relacionados à senescência in vitro (Ryu et al., 2008) das CTMH obtidas da

MO, sendo que o gene ANKRD1 também já foi relacionado à senescência in

vivo (Alves et al., 2012), e SERPINB2 está entre os genes associados ao TCG

de acordo com http://www.avivasysbio.com/ecamp/disease.php?did=429.

As categorias funcionais mais representadas pelos 73 genes

diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n

jovens foram metabolismo de carboidrato, pequenas moléculas bioquímicas,

movimento celular, sinalização e interação célula-célula e ciclo celular. Uma

análise das anotações funcionais mais representadas dentro destas categorias,

revela que a maioria dos genes codificam proteínas que se localizam na região

extracelular, desempenhando as funções de síntese de matriz (ANGPT1,

GALNT5, HAS3, XYLT1), adesão celular (IGFBP3, OXTR, THBS1, HAS3,

THBS1) e migração celular (ANGPT1, HAS3, IGFBP3, THBS1, CADM1,

SCUBE3 e MMP1) em células normais teciduais, progenitoras e,

especialmente em células tumorais. Também pode ser observado

representação de genes, como a de citoesqueleto (KRT19, KRT34, KRTAP1-5,

LOC730755 e SYNM) e mitogênese de tumores (IGFBP3, IGFBP5, THBS1,

KRT19 e RUNX1T1). Estes resultados parecem estar de acordo com as

alterações celulares que caracterizaram as células senescentes identificadas

no presente trabalho, como diminuição da divisão celular e alterações em sua

morfologia. Esses resultados também estão em concordância com estas e

outras alterações descritas na literatura associadas com células senescentes,

tais como alteração em sua morfologia, ciclo celular e aquisição de um perfil de

secretoma característico de células senescentes (revisado por Sikora 2012).

Além disso, CTMH senescentes obtidas de outras fontes também sofrem

alterações em sua morfologia, potencial de renovação e diferenciação celular

(Alt et al., 2012, Kretlow et al., 2008; Chen et al., 2009; Zaim et al., 2012).

92

Os 73 genes da comparação CTMH/n senescente vs CTMH/n jovens

formaram uma rede de interações em que os genes MMP1 e THBS1 foram

identificados como gargalos.

MMP1, uma metaloproteinase de matriz extracelular, é uma colagenase

produzida por células que iniciam a degradação do colágeno fibrilar (Poulalhon

et al., 2006), foi mais expressa em CTMH/n senescentes comparadas às

mesmas jovens. Este resultado está de acordo com outro estudo que observou

um aumento da expressão de MMP1 em células-tronco derivadas de tecido

adiposo nas passagens P10, P15 e P20 comparadas às P5 por meio de PCR

em tempo real (Safwani et al., 2012). A secreção de remodeladores da matrix

extracelular, fatores de crescimento, citocinas inflamatórias e quimiocinas

ocorre durante a senescência e tem grande importância na definição do papel

da senescência na indução da homeostase tecidual e de câncer (revisado por

Ohtani e Hara, 2013). Altos níveis de expressão de MMP1 têm sido associados

à maior invasidade e migração de tumores (Liu et al., 2012; Revisado por

Cowan e Singh, 2012). Um estudo verificou expressão elevada de MMP1 em

todos os 19 casos de TCG estudados (Si et al., 2003).

THBS1, trombospondin 1, proteína secretada componente da matriz

extra-celular, tem papel na interação célula-matriz e pode desempenhar

múltiplas funções celulares. Ela inibe a diferenciação osteogênica de CTMH

derivadas de tecido adiposo por meio da ativação de TGF-β (Dubose et al.,

2012). THBS1 foi mais expresso em CTMH/n senescentes comparadas às

mesmas jovens. Corroborando com este dado, um aumento da expressão de

THBS1 é observado em células-tronco mesequimais derivadas de adipócitos

de camundongos mais velhos (Efimenko et al., 2011), e em CTMH que

alcançaram senescência in vitro obtidas da MO (Ryu et al., 2008). Por outro

lado, a super-expressão de THBS1 em miofibroblastos estromais é associada

ao crescimento do tumor e metástase nodal em carcinoma gástrico (LIn et al.,

2012).

Na lista do genes diferencialmente expressos na comparação entre as

CTMH/inv senescentes e as CTMH/inv jovens, dos 279 genes diferencialmente

expressos, 22 (AGTR1, ANK2, ANKRD1, BACE2, DAB2, HGF, JAM2, LTBP2,

93

MOCOS, NMI, NRP1, NTN4, OXTR, PLXDC2, SERPINB2, SERPINE1,

SNCAIP, SPOCD1, ST6GAL1, SYNPO2, THBS1, TM4SF1) já foram

identificados como relacionados à senescência in vitro (Ryu et al., 2008) das

CTMH obtidas da MO, e 10 genes (RGS4, ANKRD1, NRXN3, DDIT4, C1R,

PDE4DIP, GAS1, CXCL12, FST, C1S) também já foram relacionados ao

envelhecimento in vivo (Alves et al., 2012), e, interessantemente cinco genes,

SERPINB2, GEM, KRT7, CXCL12 e MMP2 são listados no site

http://www.avivasysbio.com/ecamp/disease.php?did=429 como genes

associados ao TCG.

Os 279 genes diferencialmentes expressos na comparação entres as

CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens foram classificados nas categorias

mais enriquecidas de movimento celular, proliferação e crescimento celular,

morte celular, desenvolvimento, e sinalização celular. A anotação proliferação

celular foi a mais representada. Foi predito que as anotações de proliferação

celular e de formação de colônia de linhagem de câncer de mama estão

diminuídas em CTMH/inv senescentes. Estes resultados estão de acordo com

o fenótipo associado às CTMH/inv senescentes descrito no presente trabalho,

tais como diminuição da divisão celular e a ausência de transformação

espontânea in vitro. Além disso, genes envolvidos com a proliferação de

células-tronco embrionárias (CCDC8, DIRAS3, FGF1, HGF, OXTR, SCUBE3 e

UNC5B), a transição epitélio-mesenquimal (EGF, HGF, NOG, NRP1 e

SCUBE3) e processo de quimiotaxia de células-tronco embrionárias (AGTR1,

CXCL12, EGF, L1CAM) também foram representados. No entanto, de um

modo geral, observa-se que numerosos genes foram inseridos em anotações

funcionais relacionadas a tumores, tais como apoptose, viabilidade proliferação

celular (48 genes), diferenciação (29 genes), invasão e migração (ex. CXCL12,

EGF, MMP16, MMP2 e SFRP1), adesão e ativação celular de linhagens de

células tumorais (EGF e THBS1). Esta representação de funções relacionadas

a tumor pode demonstrar que genes que são regulados durante a senescência

são importantes na tumorigênese.

Os genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes

comparadas às mesmas jovens formaram uma rede de interações em que EGF

foi identificado como bottleneck.

94

EGF (epidermal growth factor) foi mais expresso em CTMH/inv

senescentes comparadas às mesmas jovens. Em contraste com estes

resultados, CTMH obtidas de MO de ratos mais velhos expressam níveis

baixos de VEGF, EGF, IGF e G-CSF, as quais exibiram capacidades

proliferativas e de diferenciação menores (Asumda e Chase, 2011). No

entanto, aparentemente a via de sinalização induzida por EGF parece ter sido

ativada em CTMH/inv senescentes, pois dos 341 genes transcricionalmente

responsivos à indução de EGF em células HeLa (Brankatschk et al., 2012), 30

foram diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às

mesmas jovens (ARID5B, ASNS, BHLHE40, CDCP1, CTH, CYP1B1, DCLK1,

DDIT3, DDIT4, DUSP5, EDN1, EREG, F3, FST, GDF15, GEM, GPRC5A,

HBEGF, KLF4, KRT34, NRP1, PICALM, PSAT1, PTPRE, SERPINE1, SESN2,

SOCS2, THBS1, TRIB3 e WARS). Assim, a nova rede de interações

identificada no presente trabalho pode auxiliar em estudos sobre essa via de

sinalização em CTMH senescentes. A análise de enriquecimento de função

realizada no presente trabalho, sugere que EGF pode modular as funções de

ciclo celular, desenvolvimento, sinalização e migração celular em CTMH/inv

senescentes. Tendo em vista que as CTMH/inv senescentes foram capazes de

se diferenciar em osteoblastos e adipócitos, e não sofreram transformação

espontânea, uma expressão elevada de EGF pode estar relacionada à

manutenção da capacidade de diferenciação em CTMH senescentes. Esta

hipótese é suportada pela observação de que CTMH estimuladas com EGF

solúvel induzem a sinalização EGRF e promove a proliferação e migração

celular sem afetar a sua pluripotência (Tamama et al., 2006). Consistentemente

com esses dados, foi observado que EGF induz a proliferação celular sem

induzir a diferenciação em MO-CTMH (Krampera et al., 2005).

Há fortes evidências de que aumento da expressão de EGF também

pode estar relacionado à tumorigênese de CTMH. A liberação de EGF por

CTMH foi associado ao desenvolvimento de câncer de mama (Yan et al.,

2012). A expressão mais elevada de EGF e de seu receptor também foi

observada em TCG e associada à malignidade do tumor (Balla et al., 2011).

CTMH crescidas sobre a superfície de um biomaterial com EGF tiveram

aumento na sua capacidade de adesão e sobrevivência, conferindo resistência

95

à morte celular pela sinalização EFG/EGFR, ativando a via ERK (FAN et al.,

2007). MO-CTMH co-cultivadas com células de câncer de mama adquiriram

fenótipo de fibroblastos associados a tumor (TAF) e aumentaram a expressão

de vários genes relacionados à TAF, entre estes EGF. Porém, curiosamente, o

mesmo co-cultivo foi realizado com CTMH da geleia de Wharton, estas não

sofreram tal transformação e não houve aumento da expressão de EGF

(Subramanian et al., 2012). No presente trabalho, apesar de ocorrer aumento

da expressão de EGF nas CTMH/inv, não foi observada transformação maligna

espontânea em cultura. Os dados da literatura somados aos resultados

encontrados no presente trabalho, sugerem que, possivelmente, a explicação

para uma expressão elevada de EGF na senescência celular pode estar

relacionada à progressiva aquisição de um fenótipo tumorigênico, o qual não foi

atingido no presente trabalho. Talvez outros componentes moleculares

necessários para tal indução ainda não estavam suficientemente presentes nas

células CTMH/inv senescentes. No entanto, como genes responsivos à EGF

foram diferencialmente expressos em CTMH/inv, sugere-se que EFG esteja

atuando via sinalização autócrina e/ou parácrina em CTMH/inv regulando a

expressão de vários genes em CTMH/inv senescentes.

As funções celulares afetadas durante a senescência foram

semelhantes em ambas as CTMH/inv e CTMH/n senescentes, e apesar de

existirem muitos genes distintos implicados com a senescência de cada uma

delas, foi possível identificar alguns genes que estão relacionados à

senescência de ambas CTMH/n e CTMH/inv obtidas da veia do cordão

indepentemente de suas diferenças individuais. Dentre os 30 genes desta lista,

7 genes (ANKRD1, NTN4, OXTR, PLXDC2, SERPINB2, SYNPO2 e THBS1) já

foram relacionados à senescência de CTMH de MO in vitro (Ryu et al., 2008),

ANKRD1 já foi relacionado à senescência de CTMH de MO in vivo (Alves et al.,

2012), e SERPINB2 está associado à TCG

(http://www.avivasysbio.com/ecamp/disease.php?did=429). Assim, foram

identificados 22 novos candidatos a marcadores de senescência de CTMH.

THBS1 foi um dos genes mais expresso em ambos os grupos de

células senescentes comparadas às mesmas jovens. Corroborando com este

dado, um aumento da expressão de THBS1 é observado em células-tronco

96

mesenquimais derivadas de adipócitos de camundongos mais velhos

(Efimenko et al., 2011). Por outro lado, assim como SERPINB2 está

relacionada ao TCG, a super-expressão de THBS1 em miofibroblastos

estromais é associada ao crescimento do tumor e metástase nodal em

carcinoma gástrico (LIn et al., 2012). É importante ressaltar que apesar de

THBS1 estar mais expresso em ambas CTMH/inv e CTMH/n, considerando

que há muitos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes

que não estão nas CTMH/n senescentes, os genes que se conectam a ele nas

redes de interações para cada uma das células são distintos. Assim, visto que

o contexto molecular em que THBS1 está inserido é diferente nas CTMH/inv e

CTMH/n, este gene pode levar a uma resposta celular completamente distinta

nas células senescentes CTMH/inv e CTMH/n.

Apesar das células senescentes CTMH/inv e CTMH/n terem sido

capazes de se diferenciar e não terem se transformado espontaneamente in

vitro, não se deve ignorar que houve uma grande incidência de alterações

cromossômicas observadas nas células senescentes, especialmente, nas

CTMH/inv senescentes, as quais foram mais instáveis geneticamente e

apresentaram alterações cromossômicas características de TCG (Cornélio,

2012). Tais observações aliadas às diferenças de expressão gênica

observadas no presente trabalho demonstram que o processo de senescência

das CTMH/inv e CTMH/n foram distintos, de modo a conferir uma maior

instabilidade genética nas CTMH/inv senescentes.

A comparação entre as CTMH/inv jovens e CTMH/n jovens mostrou que

os seus transcriptomas são distintos quando jovens (93 genes diferencialmente

expressos) e mais distintos quando senescentes (425 genes diferencialmente

expressos). Destes, 41 genes tiveram sua expressão afetada em ambas as

comparações, sendo mais diferencialmente expressos quando as células

tornaram-se senescentes. Estes resultados corroboram com a maior diferença

de expressão entre as CTMH/inv senescentes e as CTMH/inv jovens do que na

comparação CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens.

Os resultados das análises de interpretação biológica dos genes

diferencialmente expressos entre CTMH/inv e CTMH/n jovens mostraram que

97

as funções mais enriquecidas foram movimento celular, desenvolvimento,

sinalização e interação celular, e reposta aos estímulos. Dentre estas,

estiveram entre as funções mais representadas na rede de interações as

funções de desenvolvimento, sinalização e adesão celular. Os genes

identificados como bottlenecks da rede em CTMH/inv foram CXCL12

((chemokine (C-X-C motif) ligand 12); FC = 4,5; valor de p = 1,01E-09), SFRP1

((Secreted Frizzled-Related Protein-1); FC = 19,1; valor de p= 2,00E-29),

NCAM1 ((neural cell adhesion molecule 1) FC = 4,13; valor de p < 2,35E-19)

e, no contexto genômico, SPP1 ((secreted phosphoprotein 1); FC = 3,2; valor

de p= 2,68E-03) e ENO1 ((enolase α); FC = -3,50; valor de p < 4,26E-06 ).

Tais genes, de acordo com a análise de biologia de sistemas deste trabalho,

podem ser considerados candidatos a modularem as funções mais

enriquecidas na rede.

A expressão de CXCL12, ou fator derivado de célula estromal (SDF-1α),

foi maior nas CTMH/inv jovens quando comparadas com as CMTH/n jovens.

CXCL12 é expresso em células estromais da MO, tendo maior expressão em

populações de células estromais mais imaturas (Kortesidis et al., 2005), em

concordância com a expressão identificada em CTMH/inv no presente trabalho.

No entanto, sua expressão não é específica de células estromais, visto que já

foi identificada em células endoteliais de vários órgãos, incluindo MO, músculo

esquelético, fígado, cérebro e rim (revisado por Sharma et al., 2011), e em

algumas células tumorais (Kucia et al., 2005; Sun et al., 2010; Zhang et al.,

2012). Em concordância com funções mais representadas na rede de

interações de CXCL12 do presente trabalho, a sua participação nestas funções

celulares também foi sugerida por outros trabalhos utilizando modelos

experimentais in vitro e in vivo (Kortesidis et al., 2005; revisado por Sharma et

al., 2011). CXCL12 tem sido considerado como um importante quimioatraente

de células progenitoras hemotopoiéticas (HSPC) (revisado por Sharma et al.,

2011). Sugere-se também que tenha efeitos quimiotáticos em diferentes tipos

celulares que são positivas para seus receptores CXR4 ou CXCR7, atraindo

células mais indiferenciadas para os sítios de injúrias, tais como as CTMH

(Kortesidis et al., 2005; Brooke et al., 2008; Zhang et al., 2012). Recentemente,

foi demonstrado que a sinalização SDF-1α /CXCR4 em MO-CTMH tratadas

98

com SDF-1 promove um aumento da proliferação e sobrevivência celular por

meio da ativação das vias Akt e Erk, bem como a diminuição de apoptose

acompanhada de aumento da razão bcl-2/bax. Foi observado, também, que

SDF-1α promove o aumento do RNAm de SDF-1α em CTMH, sugerindo um

efeito de sinalização autócrina (Liu et al., 2011). Uma análise de microarranjos

identificou 30 genes diferencialmente expressos em MO-CTMH estimuladas

com CXCL12 comparadas a não estimuladas. Destes, 11 genes foram

associados a movimento celular. Outras funções celulares tais como

proliferação celular, adesão e resposta ao estresse celular também foram

representadas (Stich et al. 2009). As funções de movimento celular e adesão

estão entre as mais enriquecidas nos genes diferencialmente expressos em

CTMH/inv, evidenciando que CXCL12 possa modular essas funções em

CTMH. As funções relacionadas ao CXCL12 descritas acima, podem auxiliar

no reparo tecidual. Porém, já foi observado que CXCL12 pode aumentar a

migração de células tumorais (Ma et al., 2011; Kucia et al., 2005; Sun et al.,

2010; Zhang et al., 2012), e promover a atração de CTMH para locais de

tumores contribuindo para o desenvolvimento do tumor (Bhoopathi et al., 2011).

Por exemplo, CXCL12 é produzido pelas células estromais recrutando

monócitos precursores de osteoclastos e células-tronco hematopoiéticas para o

tumor de células gigantes ósseo (TCG) (Liao et al.,2005; Kim et al., 2012). Este

aparente paradigma de função fisiológica versus patológica para CXCL12 ainda

não foi resolvido, mas demonstra que uma melhor compressão de suas vias

moleculares pode auxiliar no desenvolvimento de alternativas para aumentar a

eficiência das terapias celulares.

SFRP1 teve uma expressão muito mais elevada em CTMH/inv

comparadas às CTMH/n jovens. Uma análise do perfil de expressão de genes

da via de sinalização de WNT em MO-CTMH mostrou que há um perfil de

expressão comum de vários genes que participam da via WNT em MO-CTMH

de diferentes doadores, dentre eles vários SFRP (2, 3 e 4), mas não de SFRP1

(Etheridge et al., 2004). Este resultado é consistente com o do presente

trabalho, considerando que CTMH/inv e CTMH/n foram obtidas de doadores

distintos.

99

A via WNT ativada protege a β-catenina da degradação proteolítica, a

qual pode promover a transcrição de genes alvos envolvidos com a proliferação

celular e outras respostas celulares. Portanto, esta via é indispensável para a

regulação do desenvolvimento e do potencial das células-tronco, pois regula

diversos processos celulares como proliferação celular, diferenciação,

migração, polaridade e divisão celular assimétrica (Revisado por Masuko Katoh

e Masaru Katoh, 2007; Revisado por J. Kühl e M. Kühl, 2012; revisado por

Yang, 2012). Esses dados se encontram em concordância com os resultados

da análise de enriquecimento de função da rede de interações neste estudo,

sugerindo SFRP1 como modulador das funções de proliferação, diferenciação

e migração celular. Adicionalmente, já foi demonstrado que a via de sinalização

WNT está ativa em MO-CTMH (Etheridge et al., 2004). Algumas vezes, SFRP1

é sugerido como regulador positivo e, em outras, como regulador negativo. Por

exemplo, MO-CTMH obtidas de murinos transfectadas com SFRP1, isto é,

superexpressando SFRP1, tem a capacidade angiogênica aumentada de

maneira dependente da via GSK3/WNT. Esta via induziu a migração de CTMH

para o redor dos vasos, promovendo a localização de b- catenina nas junções

célula-célula in vitro, e aumentando a maturação dos vasos in vivo (Dufourcq

et al., 2008). Por outro lado, GSK3 faz parte da via WNT/β-catenina, da qual

SFRP1 tem sido considerado como um modulador antagonista (Gaur et al.,

2005; Gaur et al., 2006; Kaur et al., 2012), culminando na degradação da β-

catenina citosólica (Kaur et al., 2012).

O papel de SFRP1 como modulador da via WNT na diferenciação

osteogênica também tem sido investigado, havendo controvérsias. Cho e

colaboradores (2008) observaram que SFRP1 não foi capaz de induzir a

diferenciação osteogênica em células progenitoras de camundongos, bem

como não teve efeito na apoptose de osteoblastoss. Já Gaur e colaboradores

(2005) mostraram que a indução osteogênica em CTMH ocorre quando a via

WNT está ativada e que esta é inibida na presença de SFRP1. Outro trabalho

atribuiu a diferença de concentração de SFRP1 como responsável pela

determinação de seu poder indutor ou inibidor da via WNT (Uren et al., 2000).

Também foi observado que SFRP1 é expresso em osteoblastos e foi capaz de

induzir maior proliferação em células-tronco hematopoiéticas ao passo que

100

promoveu a diminuição da sua potencialidade e capacidade de renovação

celular após duas semanas de tratamento, sugerindo que SFRP1 facilita a

diferenciação das células (Nakajima et al., 2009). Em virtude deste paradigma

funcional de SFRP1 como modulador da via WNT, possíveis mecanismos de

sinalização de SFRP1 de maneira antagônica ou sinérgica na via de

sinalização WNT, dependendo do contexto molecular, foram propostos.

Antagonicamente, proteínas SFRP, incluindo SFRP1, podem se ligar à proteína

WNT sequestrando-a, ou se ligar aos seus recepetores (Fz) bloqueando a

cascata de transdução do sinal. Sinergicamente, SFRP1 poderia se ligar

diretamente ao recepetor FZ e desencadear uma cascata de sinalização, ou

um de seus domínios se ligaria ao FZ e outro à WNT, potencializando seu sinal

(Revisado por Bovolenta et al., 2008).

Além do papel fisiológico de SFRP1 pela via WNT, a repressão de sua

expressão pelo silenciamento epigenético ativa a via WNT promovendo maior

crescimento e proliferação celular em hepatocarcinoma (Kaur et al., 2012). A

superativação da via WNT é observada em vários tipos de câncer (revisado por

Fodde e Brabletz, 2007; revisado por Masuko Katoh e Masaru Katoh, 2007;

Kaur et al., 2012). A inativação da via WNT pela inibição de seus receptores

resulta na diminuição do crescimento e proliferação de tumores humanos de

mama, pâncreas, cólon, pólipo adenomatoso e pulmão (Gurney et al., 2012). O

papel da via WNT na tumorigênese de TCG também tem sido proposto, visto

que células estromais de TCG têm uma maior quantidade de β-catenina e de

ciclina D1 localizada no núcleo (Matsubayashi et al., 2009). Uma análise de

transcriptoma de células tumorais de TCG revelou genes diferencialmente

expressos com um enriquecimento de genes relacionados às funções de

osteogênese e osteoclastogênese, e um modulador da via WNT, SFRP4

(Morgan et al., 2005).

Juntos, todos estes dados da literatura, corroboram com os resultados

do presente trabalho visto que as funções de sinalização e desenvolvimento

foram as mais enriquecidas, colocando SFRP1 como uma importante molécula

chave na sinalização autócrina e parácrina de CTMH regulando processos

celulares importantes que podem interferir no seu potencial para terapia celular.

A despeito do seu importante papel modulador pouco se sabe sobre as vias de

101

transdução de sinal envolvidas. A nova rede de interações presente nesse

trabalho revela novas conexões que podem ser importantes para uma melhor

compreensão da sinalização celular mediada por SFRP1 e as respostas

celulares desencadeadas.

NCAM1 (neural cell adhesion molecule 1), foi mais expresso em CTMH/

inv jovens e senescentes comparadas às CTMH/n. A expressão de NCAM1 já

foi detectada em CTMH (Bühring et al., 2009; Crigler et al., 2006), corroborando

com a expressão identificada no presente trabalho. Este gene também é

conhecido como CD56, codifica uma proteína que pertence à superfamília da

imunoglobulina (Jorgensen e Bock, 1974; Rutishauser et al., 1976). Ela é

importante para adesão célula-célula e célula-matriz durante o

desenvolvimento e diferenciação celular neural (Angata et al., 2004; Eckhardt

et al., 2000; Weinhold et al.,2005). NCAM1 é expresso em vários tecidos

adultos (Cavallaro e Christofori, 2004), e que pode desempenhar várias

funções celulares não relacionadas ao sistema nervoso. Estes dados

corroboram com a categoria funcional que NCAM1 foi inserido, a de adesão

celular, e mais especificamente, a de adesão de linhagens tumorais e

neuoblastoma.

Em virtude da presença de NCAM em CTMH e de sua possível

diversidade funcional, vários estudos têm se dedicado a conhecer mais sobre a

relevância funcional de NCAM1 em CTMH. Em 2007, Wagner e colaboradores

verificaram que uma maior expressão de NCAM1 em CTMH obtidas da MO e

do sangue do cordão umbilical comparadas às CTMH derivadas do tecido

adiposo, está associada à manutenção das propriedades de células-tronco.

Estes resultados estão em consonância com o presente estudo, visto que

ambas CTMH/inv e CTMH/n foram capazes de se diferenciar em adipócitos,

osteoblastos e condrócitos. Além disso, outros estudos correlacionam a

expressão de NCAM1 com o potencial de diferenciação de CTMH. Por

exemplo, CTMHs obtidas da membrana amniótica e do córion expressam mais

NCAM do que aquelas da MO, e têm maior capacidade de diferenciação

condrogênica (Jaramillo-Ferrada et al., 2012). Em paralelo a este estudo, e em

conformidade com seus resultados, NCAM1 atinge um pico de expressão em

102

MO-CTMH cultivadas por uma semana, e neste momento, o meio é

considerado mais favorável à indução da diferenciação condrogênica (Ghone e

Grayson, 2012). Além disso, foi demonstrado que CTMH nulas para NCAM1

são resistentes à insulina, impedindo a cascata de sinalização da insulina

dependente das vias insulina-IGF-1, PI3K–Akt e CREB, e apresentam potencial

adipogênico reduzido (Yang et al., 2011). Um estudo recente desenvolvido com

CTMH que não expressam NCAM1, revelou que ele favorece a migração de

CTMH por meio da via de sinalização MAPK/ERK e de maneira dependente de

FGFR (Fibroblast Growth Factor Receptor) (Shi et al.,2012). Adicionalmente,

um desequilíbrio na expressão de NCAM1 é correlacionado à tumorigênese de

vários tipos de tumores (revisado por Zecchini e Cavallaro, 2008). Células-

tronco do tumor de Wilms superexpressam NCAM e apresentam alta

clonogenicidade relacionada a um prognóstico ruim (Shakked et al., 2009). A

expressão de NCAM é correlacionada a maior capacidade de invasão

perineural e menor sobrevivência dos pacientes com tumores periampolares

(Aloysius et al., 2010). Também tem sido visto que NCAM1 promove a

progressão do melanoma, induzindo o crescimento, via sinalização beta-

catenina (Liu et al., 2011), a invasão e a metástase, via sinalização PI3K e

CAMP (Shi et al., 2011). O envolvimento de NCAM com a diferenciação celular,

sinalização, e a migração celular em CTMH é consistente com a análise de

enriquecimento funcional da nova rede de interações de NCAM identificada no

presente estudo. A correlação funcional entre os dados da literatura e a análise

de biologia de sistemas fortalece a utilização da biologia de sistemas na análise

de expressão gênica. O relacionamento de NCAM1 com o processo de

tumorigênese ressalta ainda mais a importância da nova rede de interações

produzida neste trabalho para auxiliar na prospecção de novos candidatos à

interação com NCAM fornecendo possíveis esclarecimentos sobre as vias

moleculares de sinalização e respostas celulares desencadeadas.

SPP1, também conhecida como osteopontina (OPN), foi mais expressa

nas CTMH/inv em passagens iniciais sem indução osteogênica. No entanto, a

sua expressão em CTMH é relacionada ao comprometimento osteogênico após

a indução da diferenciação (Hou et al., 2009; Boufker et al., 2010; Wen et al.,

2012). O aumento da expressão de SPP1 foi verificado em MO-CTMH isoladas

103

de pacientes idosos sem indução osteogênica (Jiang et al., 2011). Já foi

observado que MO-CTMH isoladas de pacientes idosos exibem uma menor

capacidade proliferativa (Petsa et al., 2009; Revisado por Fan et al., 2011) e

menor potencial de diferenciação in vitro (Kretlow et al., 2008; Chen et al.,

2009). Uma possível explicação para ter sido identificado o aumento da

expressão de SPP1 em CTMH/inv jovens e sem indução osteogênica é que a

análise de enriquecimento de função da sub-rede de SPP1 mostrou que além

de comprometimento osteogênico, esta proteína pode estar envolvida com

outros processos celulares. Sua participação na rede está relacionada com

sinalização e adesão celular, visto que estas funções foram as que

apresentaram um maior número de moléculas envolvidas depois da função de

desenvolvimento. Estes resultados sugerem novas funções para SPP1 na

biologia das CTMH. Dados da literatura são consistentes com tal sugestão.

Curiosamente, Z.Mi e colaboradores (2011) verificaram que CTMH tratadas

com SPP1, secretado por células de câncer de mama humano, tem a

expressão de CCL5 aumentada de maneira dependente da ligação de SPP1 ao

seu receptor integrina, com a ativação da transcrição de CCL5 via AP-1 c-jun.

Adicionalmente, estes autores observaram o aumento da expressão de

marcadores CAF (fibroblastos associados ao câncer), incluindo CXCL12 e

metaloproteinases (MMP2 e MMP9), dependentes de CCL5 e da indução por

SPP1, em CTMH retiradas dos sítios de metástases. Os autores desse trabalho

sugerem que SPP1 pode promover a metástase de câncer de mama por meio

da transformação de CTMH em CAF (Z.Mi et al., 2011). Além disso, alguns

estudos sugerem uma associação do aumento da expressão de SPP1 à

malignidade de vários tipos de tumores sólidos em células somáticas

(Rapkiewicz et al.,2004; Sun et al., 2010; Kim et al., 2009). Borrello e

colaboradores (2005) demonstraram que células de carcinoma papilar de

tireoide têm expressão elevada de SPP1, bem como de CXCL12, CCL20,

NCAM e MMP1, induzida pelo oncogene RET/PTC1. Interessantemente, tanto

SPP1 como as citocinas CXCL12 e CCL20, a molécula de adesão, NCAM, e a

metaloproteinase MMP1 não somente estão presentes na nova rede de

interações identificada no presente trabalho, bem como SPP1, CXCL12 e

NCAM foram identificados como gargalos e MMP1 um importante nó, e ainda,

104

todos eles foram mais expressos em CTMH/inv, sugerindo uma forte relação

funcional entre essas moléculas.

Numerosas metaloproteinases são expressas em células estromais de

TCG, incluindo MMP1 e MMP2 (Revisado por Cowan e Singh, 2012). MMP1 foi

mais expressa em CTMH/inv jovens (FC = 8,79 e valor de p = 7,99E-11) e

senescentes (FC = 96,6 e valor de p = 2,45E-25) comparadas as CTMH/n, já

MMP2 e MMP16 foram menos expressos apenas em CTMH/inv senescentes

(FC = -4,02 e valor de p = 1,70E-13). Um estudo verificou expressão elevada

de MMP1 em todos os 19 casos de TCG estudados, e MMP2 também foi

expresso, porém menos abundante (Si et al., 2003).

Adicionalmente, um aumento da expressão de SPP1, ALP e Runx2 por

meio da ativação da via ERK1/2 pela sinalização FGF-2/FGFR-2 foi observado

em células estromais de TCG tratadas com FGF2 (Singh et al., 2012). FGF2

não foi diferencialmente expresso em CTMH/inv, mas o gene FGF1 (fibroblast

growth factor 1 (acidic)) foi mais expresso em CTMH/inv (FC= 3,18 e valor de

p=2,47E-12). Considerando que FGF1 é considerado um ligante universal de

receptores de fatores de crescimento (FGFR) (Beenken et al., 2011), este pode

ter contribuído para o aumento da expressão de SPP1 em CTMH/inv. Estas

evidências de correlação do perfil de expressão da CTMH/inv com o perfil do

fenótipo CAF e de células estromais de GCT, suportam a hipótese de que

alguns tumores podem se originar de CTMH com fenótipo fibloblastóide. A

nova rede de interações produzida no presente trabalho poderá auxiliar em um

direcionamento para novos estudos sobre essa questão.

O gene ENO1, ou α-enolase, foi menos expresso em CTMH/inv com o

FC igual a -3,58. O único trabalho que verificou a expressão de ENO1 em

CTMH foi desenvolvido por Chiellini e colaboradores (2008). Eles observaram

que CTMH indiferenciadas e diferenciadas em osteoblastos e adipócitos

expressam ENO1 sem mudanças significativas. ENO1 é uma enzima

importante da via glicolítica, expressa na maioria dos tecidos (Pancholi, 2001).

Há apenas dois relatos de que expressão de ENO1 está associada à

diferenciação celular, relacionada ao processo de diferenciação glial (Deloulme

et al., 1997) e o outro à diferenciação e ativação de mastócitos derivados da

105

médula óssea (BMMC) (Ryu et al., 2012). Na sub-rede de ENO1, além da

função de metabolismo celular com seu envolvimento na via glicolítica, as

funções de tradução, movimento celular, e sinalização também estiveram entre

as mais enriquecidas. Estes achados corroboram com o fato de que a estrutura

desta enzima humana exibe vários sítios de interações, explicando sua

atividade multifuncional, incluindo sítios de ligação ao plasminogênio e sítio de

ligação ao DNA (Kang et al., 2008). Também conhecida como proteína de

ligação ao promotor (MBP-1), α-enolase pode se ligar ao promotor do gene c-

myc (Ray et al., 1997), e atuar como repressor transcricional (Feo et al., 2000).

Doolan e colaboradores (2010) observaram indução de crescimento de células

de hamster chinês (CHO) transfectadas com siRNA de ENO1. A introdução de

ENO1 em células de neuroblastomas produz efeito inibitório no crescimento

celular, sugerindo atividade supressora tumoral para ENO1 (Ejeskär et al.,

2005). Já a inibição de ENO1 por siRNA em células de câncer gástrico (SGC-

7901 cells) transfectadas com o gene GKN1(Gastrokine 1) bloqueia o efeito

inibitório de GKN1 no ciclo celular e leva à parada do ciclo celular (Yan et al.,

2011). Estas múltiplas funções de ENO1 demonstram que um melhor

entendimento dos eventos moleculares em que esta enzima participa pode

auxiliar numa melhor compreensão dos mecanismos que definem a capacidade

de renovação celular e de diferenciação das CTMH, bem como seu potencial

de transformação maligna.

OXTR (receptor de ocitocina) localiza-se em 3p25, foi menos expresso

em CTMH/inv, não foi identificado como gargalo, mas está presente na mesma

rede de interações enriquecida com moléculas que são envolvidas com

desenvolvimento de organismo, sinalização e migração celular. OXTR,

conhecido como um membro da família de receptores acoplados à proteína G,

é expresso em vários tipos de células, incluindo osteoblastos, adipócitos e

osteoclastos. Recentemente, têm sido documentados vários novos sítios de

expressão para OXTR, tais como sistema nervoso central, cardiomiócitos,

células endoteliais e várias células de carcinoma. Tais observações sugerem

que o papel de OXTR seja associado a outros processos celulares além

daquela tradicional função de contração muscular durante o parto (Revisado

por Hynie e Klenerová, 2009). No presente trabalho, a presença de OXTR na

106

rede de interações corrobora com essa sugestão de sua multifuncionalidade na

célula. Foi revelado que ocitocina, pela via sinalização de OXTR, tem um papel

importante na modulação da diferenciação de CTMH derivadas do tecido

adiposo e da MO, favorecendo a diferenciação em osteoblastos em detrimento

à diferenciação adipogênica (Elabd et al., 2008). Já no presente trabalho, a

despeito deste gene estar menos expresso em CTMH/inv, estas células foram

capazes de se diferenciar em ambas as linhagens, osteoblastoss e adipócitos.

No entanto, a análise realizada foi apenas qualitativa, nenhum método

quantitativo ou temporal foi aplicado.

O sistema ocitocinergico (oxitocina e OXTR) também é implicado com a

modulação de crescimento em vários tipos de células neoplásicas. Em alguns

tipos, tal modulação resulta em inibição do crescimento por meio do aumento

de cAMP/PKA, tais como em carcinomas ovarianos, adenocarcinoma

endometrial, células de câncer de mama, células estromais prostática,

neuroblastomas e glioblastoma. Já em outros, tem efeito ativador com aumento

citosólico de cálcio, tais como em linhagens de células trofoblásticas, de

coriocarcinomas, semelhantes a osteoblastoss, osteossarcomas, sarcoma de

Kaposi, e câncer de células pequenas de pulmão (Revisado por Hynie e

Klenerová, 2009). Além disso, OXTR promove migração de células de câncer

de próstata pelo mecanismo Gi dependente (Zhong et al., 2010). OXTR foi

mais expresso em todas as 11 amostras de tumor neuroendócrino de intestino

comparadas às amostras de tecido normal, mas em tumor neuroendócrino de

pâncreas não sofreu modulação da expressão (Carr et al.,2012). Oxitocina

favorece as propriedades invasivas das células de câncer endometrial por meio

do aumento de uma proteína inibidora de apoptose liga a X (XIAP), de matriz-

metaloproteinase 2 (MMP2) e matriz-metaloproteinase 14 (MMP14). Além

disso, OT medeia a invasão por meio de ambas, ciclooxigenase 1 (PTGS1) e

ciclo-oxigenase-2 (PTGS2) de maneira dependente da via fosfatidilinositol 3-

kinase/AKT (PIK3/AKT). Considerando que não houve transformação

espontânea de CTHM/inv nem de CTMH/n, uma expressão baixa de OXTR em

CTMH pode ter favorecido proteção contra a transformação in vitro.

A comparação do perfil de expressão das CTMH/inv senescentes vs

CTMH/n senescentes resultou em 431 genes diferencialmente expressos,

107

dentre estes, 390 foram exclusivos da comparação entres elas senescentes e

41 já apresentavam diferença de expressão entre estas células jovens. A

análise de enriquecimento funcional mostrou que as categorias mais

enriquecidas dos 390 genes foram as de ciclo celular, desenvolvimento,

sinalização e migração celular, sendo as primeiras, as mais enriquecidas

também na rede de interações. O gene EGF foi identificado como gargalo da

rede de interação.

EGF (epidermal growth factor) foi mais expresso em CTMH/inv

senescentes (FC= 9,3;valor de p= 6,99E-22) comparadas às CTMH/n

senescentes e também comparadas às CTMH/inv jovens. EGF foi identificado

como bottleneck na rede, das duas comparações. A maioria dos genes

constituintes das redes foram classificados nas funções de ciclo celular,

desenvolvimento, sinalização e migração celular.

Dos 341 genes transcricionalmente responsivos à indução de EGF

(Brankatschk et al., 2012), 20 genes foram encontrados na rede de interação

da lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes vs

CTMH/n senescentes, sugerindo que EFG esteja atuando via sinalização

autócrina e/ou parácrina em CTMH/inv regulando a expressão de vários genes

em CTMH/inv. Dentre estes, EDN1, IL11, HBEGF, GPRC5A, e TNFRSF21

foram mais expressos em CTMH/inv senescentes e EGR1, CYP1B1, EGR2,

FST, KLF4, BHLHE40, CDKN1A, PTPRE, AIM1, NRP1, GLIPR1, SEMA6D, e

METTL7A foram menos expressos em CTMH/inv senescentes.

Interessantemente, TNFRSF21 (tumor necrosis factor receptor superfamily) já

era mais expresso em CTMH/inv jovens, e, teve sua expressão aumentada em

CTMH/inv senescentes comparada a das CTMH/n, possivelmente, pela

sinalização EGF. Corroborando com esta ideia, TNFRSF21 interage

diretamente com EGF na rede de interações conectando as duas listas de

genes diferencialmente expressos em CTMH/inv, os que já estavam

diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens e os genes diferencialmente

expressos somente em CTMH/inv senescentes.

Estes dados somados ao conhecimento que se tem sobre as funções

desempenhadas por EGF, descritas na literatura e já discutidas anteriormente

108

neste trabalho, fortalecem a proposta aqui apresentada de que este gene tenha

um papel importante na senescência das CTMH/inv e possivelmente, esteja

relacionado à instabilidade genética identificada nestas células senescentes

por Conélio (2012). Assim, possivelmente, EGF tenha um papel no controle da

capacidade de renovação das CTMH e de seu potencial de diferenciação,

porém alterações na regulação de sua expressão podem implicar em um

descontrole de tais processos celulares em CTMH/inv.

Genes (CNTN3, BHLHE40, PDZRN3 e LMCD1) localizados próximo a

inv(3) foram diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes

comparadas às CTMH/n senescentes e estão inseridos na rede de interações

na qual EGF foi identificado como gargalo. Isto significa que diferença de

expressão que já existia quando as células eram jovens aumentou

significantemente quando elas tornaram-se senescentes, possivelmente devido

à inversão cromossômica ou a outro componente genético presente somente

nas CTMH/inv. Estes dados sugerem que EGF tem um papel importante nas

células CTMH/inv senescentes coordenando tais funções. Além disso, a

presença de BHLHE40, LMCD1, PDZRN3 e, especialmente, CNTN3, nas redes

de interações sugere que esses genes possam ter influência nas diferenças

encontradas no perfil de expressão gênica de CTMH/inv senescentes, afetando

as funções que foram mais enriquecidas nestas redes.

CNTN3 ou contactin-3 (plasmacytoma associated) localiza-se em

3p12.3, faz parte de um subgrupo de contactinas, glicoproteínas de membrana

pertencentes a famílias de imunoglobulinas. Sua expressão é abundante no

cérebro de adulto, exclusivamente restrita a subconjuntos de neurônios, tais

como células de Purkinje do cerebelo, as células granulares do hipocampo giro

denteado, e neurônios nas camadas superficiais do córtex cerebral (revisado

por Shimoda e Watanabe, 2009). Não há relatos de sua expressão em células-

tronco, e há pouco conhecimento sobre sua função celular. No presente

trabalho CNTN3 foi mais expresso em CTMH/inv, estabeleceu conexão direta

com EGF na rede de interações enriquecida nas categorias funcionais de

regulação de processos biológicos e ciclo celular. Esta classificação está em

concordância com outro estudo de bioinformática, onde CNTN3 também foi

inserido em regulação de processos biológicos com score alto para

109

proliferação, apoptose e ciclo celular. Neste mesmo estudo, também foi

observado que o microRNA hsa-miR-3675b pode causar diminuição

significativa da expressão do gene repórter 3‟-UTR de CNTN3 e inibir a

proliferação de células de carcinomas de mama (Wu et al., 2013), ou seja, o

que indica que ele promove a proliferação nesta situação biológica. Como as

CTMH/inv senescentes expressam mais CNTN3 em relação à CTMH/n, e

ambas não estavam mais se dividindo, talvez este gene regule negativamente

o ciclo celular em CTMH.

BHLHE40 (basic helix-loop-helix family, member e40), se localiza em

3p26 também conhecido como DEC1, HLHB2, BHLHB2, STRA13, Stra14,

SHARP-2, codifica uma proteína que atua como fator transcricional envolvida

com ritmo circadiano, proliferação celular, diferenciação, apoptose (Wu et al.,

2012; Wu et al., 2011), senescência celular e resposta a hipóxia (Chakrabarti

et al., 2004; Wang et al., 2010; Boudjelal et al., 1997; Shen et al., 1997; Iwata

et al., 2006; Shen et al., 2002 Guillaumond et al., 2008; Qian et al., 2008). Ela é

considerada um marcador de senescência in vivo e induz a senescência em

cultura de células (Qian et al., 2008; Sun e Taneja, 2000; Collado e Serrano,

2006). No entanto, ele foi menos expresso em CTMH/inv senescentes. Por

outro lado, em MO-CTMH, a sua expressão é aumentada após 5 dias de

indução osteogênica, alcançando um pico em 14 dias. A superexpressão de

BHLHE40 em CTMH favorece a diferenciação osteogênica e reprime a

diferenciação adipogênica no estágio inicial (Iwata et al., 2006). Visto que as

CTMH/inv e CTMH/n foram cultivadas sem a adição de meios indutores de

diferenciação, isto explicaria sua baixa expressão em CTMH. Embora sua

superexpressão já tenha sido implicada com parada do ciclo celular em células

em NIH3T3 (Sun e Tanuja, 2000), teve pouco efeito na proliferação de MO-

CTMH e de células ATDC5 (Shen et al., 2002), aumentou a proliferação de

linfócitos T em algumas situações (Sun et al., 2001), e é observada em

diversos tipos de tumores malignos, mama, estômago, colon, pulmão, fígado e

adenocarcinoma do ducto pancreático (Turley et al., 2004; Chakrabarti et al.,

2004; Zheng et al., 2009; Li et al., 2002; Giatromanolaki et al., 2003; Shi et al.,

2011; Wang et al., 2010). No entanto, a superexpressão de BHLHE40 induz a

senescência celular, inibe o crescimento celular e a formação de colônias, e

110

aumenta a sobrevivência de células de carcinoma esofágico escamoso, in vitro

(Xu et al., 2012). Tais achados demonstram que diferenças na expressão de

BHLHE40 podem ter implicações importantes na regulação do potencial de

renovação celular e de diferenciação das CTMH.

PDZRN3 (PDZ domain–containing RING finger) foi menos expresso em

CTMH/inv senescentes. Este gene está localizado em 3p13, é um membro da

família de proteínas RING finger com domínios PDZ. Há expressão de

PDZRN3 em vários tecidos, sendo mais abundante no coração, músculos

esqueléticos e fígado, e em menor quantidade no cérebro, colon, intestino,

placenta e pulmão. Além disso, sua expressão é regulada durante o

desenvolvimento, sendo observado um aumento da expressão de PDZRN3

associado à diferenciação de mioblasto em miotubos (Ko et al., 2006). Ele

também atua em feedback negativo regulando a diferenciação osteoblástica

induzida por BMP-2 por meio de inibição da sinalização WNT/β-catenina em

células progenitoras mesenquimais de camundongos (Honda et al., 2010).

Assim, a menor expressão de PDZRN3 em CTMH/inv pode implicar na

determinação de sua capacidade de diferenciação.

LMCD1 (LIM and cysteine-rich domains 1) localiza-se em 3p26–p24 e

codifica uma proteína que faz parte de um grupo de proteínas com dois

domínios LIM. Expresso em vários tecidos, especialmente em músculos e

coração (Bespalova e Burmeister, 2000). As proteínas com domínios LIM

geralmente atuam por meio de interação proteína-proteína e estão implicadas

com várias funções celulares, incluindo adesão celular, transdução de sinal,

diferenciação celular e tumorigênese (revisado por Järvinen e Laiho, 2012).

LMCD1 é um cofator transcricional envolvido com a diferenciação celular,

podendo atuar como co-ativador ou co-repressor. Foi verificado que LMCD1

interage com GATA6 por meio do seu domínio LIM, reprimindo a função de

GATA6 de regular a transcrição de vários genes implicados com o

desenvolvimento do coração e do pulmão (Rath, et al., 2005). Já em outro

estudo, ambos LMCD1 e GATA6 são requeridos para a expressão de

marcadores do fenótipo de mesoangioblastos, sendo LMCD1 um co-ativador

de GATA6 (Donati et al. 2011). Também foi observado que a superexpressão

de LMCD1 pode promover hipertrofia em cadiomiócitos in vitro e in vivo, por

111

meio de sua interação com calcineurina e provavelmente ativando a via de

sinalização/NFAT em resposta ao estimulo hipertrófico e então exarcebando a

hipertrofia (Bian et al., 2009). Não há estudos de expressão e de função de

LMCD1 em células-tronco. LMCD1 foi mais expresso em CTMH/inv

senescentes, sendo observado também uma maior expressão de GATA3 e

GATA4, mas não de GATA6. Estes dados sugerem que ele deve ter um papel

na regulação da determinação do destino celular e da regulação do ciclo celular

em CTMH possivelmente por meio de interação com GATA3 e GATA4, de

modo a influenciar na manutenção no potencial de renovação e de

diferenciação celular das CTMH. Sua menor expressão em CTMH/inv pode,

portanto, demostrar que modulações nesses processos celular estão ocorrendo

especificamente em CTMH/inv senescentes.

No presente trabalho, 41 genes foram diferencialemente expressos em

CTMH/inv vs CTMH/n em ambas as comparações, tanto quando jovens como

quando senescentes. Alguns destes genes foram classificados em categorias

funcionais que são as mais enriquecidas em ambas as comparações e

interagem com os genes que foram exclusivamente diferencialmente expressos

na comparação entre as CTMH/inv vs CTMH/n senescentes. LAMA5 e JAG1

foram mais expressos em CTMH/inv senescentes. Na rede de interações eles

interagiram com EGF e conectaram-se com genes que já estavam

diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens.

LAMA5, laminina α 5, codifica a cadeia α5, da laminina 511, que é uma

proteína heterotrimérica (α5β1γ1), pertencente à família das lamininas. Este

gene foi mais expresso em CTMH/inv senescentes comparadas as CTMH/n

senescentes. Sua expressão é observada em vários tecidos adultos, sendo

principal componente da membrana basal. LAMA5 proporciona a migração, a

adesão celular, e a organização de células durante o desenvolvimento

embrionário, pela interação com outros componentes da matriz extracelular

(revisado por Colognato e Yurchenco, 2000). A importância desta proteína para

o desenvolvimento embrionário é demonstrada pela letalidade e malformação

em vários tecidos de embriões de camundongos com ausência de LAMA5.

Células do tecido do intestino de camundongos knockout em LAMA5

apresentaram alteração na regulação da expressão de vários genes envolvidos

112

com regulação transcricional, adesão celular, sinalização e diferenciação (Ritie

et al., 2012), corroborando com as funções associadas a este gene na análise

de categoria funcional (proliferação celular) e de biologia de sistemas do

presente trabalho (desenvolvimento de organismo e sinalização célular).

Adicionalmente, foi observado que LAMA5 tem um papel crucial na

homeostase deste tecido pela inibição da via WNT e ativação da via PI3K/AKT

em células epiteliais e mesenquimais do intestino (Ritie et al., 2012). Também

tem sido proposto seu papel na osteogênese, visto que foi observado um

aumento da expressão de LAMA5 em células progenitoras (MC3T3-E1) em

estágio intermediário de diferenciação em osteoblastoss, junto com outras

proteínas que participam da via de sinalização de adesão focal (Hong et al.,

2010).

O gene LAMA5 localiza-se no cromossomo 20 (20q13.2- q13.3).

Interessantemente, a análise citogenética do mesmo pool de células CTMH/inv

jovens utilizadas para análise de expressão gênica no presente trabalho,

revelou ganho de material genético no braço longo do cromossomo 20

(cariótipo: 46,XY,inv(3)c, add(20)(q13.3)) em uma célula no tratamento com

partículas de titânio, na dose 50. Após a sua expansão em cultura, este

material adicional foi novamente observado em CTMH/inv senescentes no

controle e nos tratamentos com titânio na dose 50, 100 e 500 (Cornélio, 2012,

p. 83 e p. 91). Esses dados da citogenética sugerem que o aumento da

expressão de LAMA5 nas CTMH/inv senescentes pode ser devido ao ganho de

material genético (add(20)(q13.3)). Em virtude de este material adicional ter

sido observado pela citogenética em CTMH/inv jovens, supõe-se que LAMA5 já

esteja diferencialmente expresso em CTMH/inv jovens, mas não tenha sido

identificado nesta análise devido ao valor de fold change utilizado como corte

(3,0) e também porque, no cultivo inicial, foi detectada apenas uma célula com

esta alteração cromossômica o que não foi representativo na análise de

expressão gênica global. A análise de biologia de sistemas também aponta

para esta hipótese, pois LAMA5 interage com genes que já estavam

diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens.

A análise citogenética das CTMH/inv realizada por Cornélio (2012), do

mesmo pool de células utilizadas no presente trabalho, identificou uma

113

alteração cromossômica clonal nas CTMH/inv senescentes após 5 dias de

tratamento com partículas de titânio, na dose 50 e 100. Foi observada uma

associação telomérica (tas(13;20)(p13;q13.3)) com a inserção de uma região

homogeneamente corada (hsr(13;20)), que posteriormente foi comprovado por

FISH ser de origem do cromossomo 20. Apesar de não ter sido possível

observar esta associação telomérica nas CTMH/inv senescentes sem

tratamento com titânio, outras associações teloméricas envolvendo 20q13

foram identificadas nas CTMH/inv senescentes não tratadas com titânio,

havendo um aumento na sua frequência após o tratamento com o metal

(Cornélio, 2012, p. 91). Portanto, juntos o aumento da expressão de LAMA5,

sua interação com os genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens,

a presença de associação telomérica e de material adicional envolvendo a

região do gene LAMA5 do cromossomo 20, suportam a idéia de que um pool

de células iniciais de CTMH/inv jovens já poderia apresentar ganho de material

genético no cromossomo 20, podendo ser responsável pelo aumento da

expressão do gene LAMA5, e assim, contribuir para um desequilíbrio molecular

na biologia das CTMH/inv, ocasionando uma inclinação para a maior

instabilidade genética quando são senescentes.

Este trabalho e as alterações citogenéticas nas CTMH/inv descritas por

Cornélio (2012) apontam evidências de que provavelmente esteja ocorrendo o

início de um processo de transformação de CTMH em TCG. Alguns genes que

têm expressão afetada em células estromais de TCG também foram

diferencialmente expressos em CTMH/inv. GAS6 (growth arrest-specific 6),

IGFBP3 (insulin-like growth factor binding protein 3), IGFBP4 (insulin-like

growth factor binding protein 4), TGFBI (transforming growth factor, beta-

induced) são mais expressos em células estromais de GCT comparadas às

CTMH (Wuelling et al., 2004). Dentre estes, GAS6 (FC = 3,23 e valor de p =

2,71E-17), IGFBP5 (FC = 5,36 e valor de p = 9,05E-1) foram mais expressos e

TGFBI (FC = -4,78 e valor de p = 2,23E-25) foi menos expresso em CTMH/inv

senescentes.

GAS6 (growth arrest-specific 6) é uma proteína ligante de receptores

tirosina-quinases, incluindo Axl. O complexo GAS6/axl parece desencadear

sinalização para a proliferação celular, proteger contra a apoptose e promover

114

a sobrevivência celular, tanto em células normais quanto em câncer. GAS6

possui efeito proliferativo, anti-apoptótico e aumenta a sobrevivência de células

epiteliais do cristalino do olho humano (Valverde et al., 2004). GAS6, produzido

pelos osteoblastoss no nicho da MO, inibe a proliferação e aumenta a

sobrevivência de células de câncer de próstata no nicho da MO (Shiozawa et

al., 2010). GAS6 regula negativamente a diferenciação condrogênica de células

mesenquimais – linhagem C3H10T1/2 (Motomura et al., 2006). GAS6 é

expresso em células estromais e é responsável por dar suporte à

hematopoiese in vitro (Dormady et al., 2000). IGFBP5 ou IBP5 (insulin-like

growth factor binding protein 5) é uma proteína secretada, multifuncional,

importante para a formação óssea, diferenciação, proliferação e morte das

células, atuando tanto se ligando a IGF (insulin growth fator) como

independente dele (Lochrie et al., 2006;Tripathi, et al., 2009). Algumas

evidências sugerem que IGFBP5 seja um importante regulador da senescência

celular. Foi demonstrado que IGFBP5 tem sua expressão aumentada em

fibroblastos humanos senescentes (Yoon et al., 2004; Yang et al., 2010) e em

células endoteliais da veia umbilical senescentes de maneira dependente da

via p53 (Hampel et al., 2005; Kim et al., 2007). Observou-se que a regulação

negativa de IGFBP5 em fibroblastos humanos inibe a sua senescência induzida

por prostaglandina E2, demonstrando que o controle da senescência da

prostaglandina E2 é dependente de IGFBP5 (Yang et al., 2010). O aumento da

expressão de IGFBP5 inibe a proliferação celular, eleva a quantidade de

coloração por AS-b-gal e aumenta a atividade de IGFBP5 (Yang et al., 2010).

TGF-β1 (TGFBI), um fator de crescimento transformante, é mais

expresso em células estromais de TCG do que em CTMH (Wuelling et al.,

2004) e promove a quimiotaxia de osteoclastos (Pilkington et al., 2001),

podendo contribuir com a patogenicidade do TCG. Foi obervado também que

Ciclina D1 (CCND1) tem sua expressão aumentada em TCG (Matsubayash et

al., 2009). O gene de Ciclina D2 (CCND2) foi mais expresso nas CTMH/inv

senescentes (FC=3,79 e valor de p=3,60E-14). Assim como CCND1, CCND2

promove a passagem da fase G1 para a fase S do ciclo celular.

JAG1 localiza-se no cromossomo 20 (20p12.1-p11.23), foi mais

expresso em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/n senescentes.

115

Interessantemente, Jag 1 é três vezes mais expresso em MO-CTMH do que

em UVSC (Kaltz et al., 2010). A presença de tas e ganho de material genético

no cromossomo 20 em CTMH/inv senescentes observadas por Cornélio

(2012), sugere instabilidade genética para este cromossomo em CTMH/inv. O

cromossomo 20 também é comumente encontrado em alterações

cromossômicas de CT embrionárias (The International Stem Cell Initiative –

ISCI 2011) (Ben David et al., 2011). Sabe-se que expressão de JAG1 é

mediada pela via WNT e observada em células embrionárias, neurais, em

vários tipos de cânceres, incluindo pulmão, gástrico, pancreático, cólon, e

também em carcinoma espinocelular (CEC) de pele, cavidade oral, esôfago,

bem como cabeça e pescoço (Katoh, 2006). A elevada expressão de Jag1 é

relacionada ao potencial invasivo de osteossarcomas e maior capacidade de

metástase óssea do tumor de mama (Revisado por Zanotti e Canalis, 2012).

Jag1 é ligante de receptor notch em células-tronco. Ao se ligar a JAG1, o

receptor Notch sofre clivagem e o seu domínio intracelular é translocado para o

núcleo onde forma um complexo com a família CSL de reguladores

transcricionais atuando sobre genes alvos favorecendo a renovação celular em

células-tronco ou a diferenciação terminal em algumas células teciduais

(Revisado por Radtke e Raj, 2003). Recentemente, também foi demonstrado

que a via nocth ativada por Jag1 pode favorecer a adipogênese em células-

tronco derivadas do tecido adiposo (Ba et al., 2012). Considerando sua relação

com o câncer e sua localização no cromossomo 20, a sua expressão mais

elevada em CTMH/inv suporta a hipótese de que tais células sejam mais

propensas à instabilidade genética, podendo favorecer a tumorigenese quando

as mesmas alcançarem a senescência.

Estes resultados demonstram a importância da associação da análise

citogenética com os dados de expressão gênica para melhor compreensão dos

eventos envolvidos durante o cultivo in vitro de CTMH. Juntos eles sugerem

que as células CTMH/inv responderam diferentemente ao cultivo celular

quando eram jovens, e, provavelmente esta resposta permaneceu

influenciando a diferença de expressão de outros genes relacionados

funcionalmente ao longo do tempo de cultivo, muitos deles estando implicados

com processos celulares importantes que podem definir o potencial de

116

renovação celular, sua capacidade de diferenciação e, ainda, seu potencial

tumorigênico. Assim, apesar de ter sido observado por alguns autores que

células com alteração cromossômica não conferem fenótipo vantajoso

(Sensebé et al., 2012; Hussein et al., 2011; Tarte et al., 2010), e de não ter sido

observada transformação maligna em ambas CTMH/inv e CTMH/n, os

resultados deste trabalho aliados aos obtidos por Cornélio (2012) indicam um

risco para utilização das CTMH/inv em terapia celular. Pois mesmo possuindo

uma alteração cromossômica considerada balanceada, podemos supor que

quando as mesmas alcançarem a senescência in vivo, poderão adquirir um

fenótipo secretório que favoreça ao desenvolvimento de tumores.

Além disso, os dados de expressão e de citogenética parecem

demonstrar os processos iniciais da tumorigênese de um tumor de origem

mesenquimal o TCG. Isto demonstra que as análises genéticas realizadas em

conjunto podem auxiliar não somente o uso seguro de CTMH na terapia

celular, mas também podem ser utilizadas para desvendar os estágios

primordiais da carcinogênese de origem mesenquimal.

117

7.0 CONCLUSÃO

No presente trabalho, foi estabelecido que na p18 tem uma

predominância de células senescentes, portanto, faz parte de uma cultura

celular senescente.

Este trabalho foi pioneiro em investigar, em larga escala, genes

diferencialmente expressos em CTMH humanas com cariótipo constitucional

normal e alterado, sob longo tempo de cultivo.

Foi observado que há diferença de expressão entre as senescentes vs

as jovens nas CTMH/n e CTMH/inv, sendo maior nestas últimas, demonstrando

que o cultivo celular afetou a senescência in vitro das CTMH/inv e CTMH/n de

maneira distinta.

Apesar das diferenças da senescência entre as CTMH/n e CTMH/inv, foi

possível identificar novos genes associados ao fenótipo de senescência de

CTMH.

Foi verificado que há diferença no perfil de expressão das CTMH/inv e

CTMH/n tanto jovens quanto senescentes, havendo uma diferença maior

quando são senescentes.

Alguns genes localizados na inv(3) tiveram sua expressão afetada em

CTMH/inv senecentes.

Genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes foram

inseridos em anotações funcionais relacionadas à tumores corroborando com

as alterações cromossômicas identificadas por Cornélio (2012) que são

associadas ao tumor de célula gigante.

A expressão diferencial de 11 genes identificados na análise de

microarranjos foi corroborada por PCR em tempo real.

A análise das categorias funcionais dos genes diferencialmente

expressos para cada comparação possibilitou a prospecção de novas funções

de genes envolvidos em processos celulares importantes: renovação celular,

diferenciação celular, senescência celular e tumorigênese de origem

mesenquimal.

118

Foi possível construir novas redes de interação gênica dos genes e

identificar gargalos destas redes que se configuram como novos candidatos a

regulação dos processos celulares descritos acima.

A análise do transcriptoma aliada à biologia de sistema mostrou-se ser

uma abordagem eficiente para prospecção de genes moduladores de

processos celulares afetados pelo longo tempo de cultivo e por alterações

constitutivas do doador.

Estudos adicionais in vitro e in vivo devem ser realizados para investigar

a relevância funcional dos genes identificados neste trabalho com os processos

de senescência celular e tumorigênese em CTMH.

119

8.0. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS

ALOYSIUS, M. M. et al. Mucins and CD56 as markers of tumour invasion and

prognosis in periampullary cancer. The British journal of surgery, v. 97, n. 8, p. 1269-

78, ago. 2010.

ALT, E. U. et al. Aging alters tissue resident mesenchymal stem cell properties. Stem

Cell Research, v. 8, n. 2, p. 215-225, 2012.

ALVES, H. et al. A mesenchymal stromal cell gene signature for donor age. PloS one,

v. 7, n. 8, p. e42908, jan. 2012.

ANGATA, K.; CHAN, D.; THIBAULT, J.; FUKUDA, M. Molecular dissection of the

ST8Sia IV polysialyltransferase. Distinct domains are required for neural cell adhesion

molecule recognition and polysialylation. J. Biol. Chem, v. 279, p. 25883-25890, 2004.

ANGELUCCI, S. et al. Proteome analysis of human Wharton’s jelly cells during in

vitro expansion. Proteome science, v. 8, p. 18, jan. 2010.

ARENDT, T.; MOSCH, B.; MORAWSKI, M. Neuronal aneuploidy in health and dis-

ease: a cytomic approach to understand the molecular individuality of neurons. Int. J.

Mol. Sci. 10, p.1609–1627 , 2009.

ASUMDA, F. Z.; CHASE, P. B. Age-related changes in rat bone-marrow mesenchymal

stem cell plasticity. BMC cell biology, v. 12, n. 1, p. 44, jan. 2011.

BA, K. et al. Jagged-1-mediated activation of notch signalling induces adipogenesis of

adipose-derived stem cells. Cell proliferation, v. 45, n. 6, p. 538-44, dez. 2012.

BAI, J. et al. Comparison of human amniotic fluid-derived and umbilical cord

Wharton’s Jelly-derived mesenchymal stromal cells: Characterization and myocardial

differentiation capacity. Journal of geriatric cardiology : JGC, v. 9, n. 2, p. 166-71,

jun. 2012.

BAKER, D.E. Adaptation to culture of human embryonic stem cells and oncogenesis in

vitro . Nat Biotechnol, v.25(2), p. 207-215, 2007.

120

BAKSH, D.; YAO, R.; & TUAN, R. S. Comparison of proliferative and multilineage

differentiation potential of human mesenchymal stem cells derived from umbilical cord

and bone marrow. Stem Cells, v. 25(6), p. 1384–1392, jun. 2007.

BALLA, P. et al. Epidermal growth factor receptor signalling contributes to osteoblastic

stromal cell proliferation, osteoclastogenesis and disease progression in giant cell

tumour of bone. Histopathology, v. 59, n. 3, p. 376-89, set. 2011.

BEENKEN, A. et al. Plasticity in interactions of fibroblast growth factor 1 (FGF1) N

terminus with FGF receptors underlies promiscuity of FGF1. The Journal of biological

chemistry, v. 287, n. 5, p. 3067-78, 27 jan. 2012.

BEKAERT, S.; DE MEYER, T.; VAN OOSTVELDT, P. Telomere attrition as ageing

biomarker. Anticancer research, v. 25, n. 4, p. 3011-21, 2005.

BEN-AMI, E.; BERRIH-AKNIN, S.; MILLER, A. Mesenchymal stem cells as an

immunomodulatory therapeutic strategy for autoimmune diseases. Autoimmunity

reviews, v. 10, n. 7, p. 410-5, maio. 2011.

BEN-DAVID, U.; BENVENISTY, N. The tumorigenicity of human embryonic and

induced pluripotent stem cells. Nat Rev Cancer, v. 11(4).p. 268-277, 2011

BEN-DAVID, U.; MAYSHAR, Y.; BENVENISTY, N. Large-scale analysis reveals

acquisition of lineage-specific chromosomal aberrations in human adult stem cells. Cell

stem cell, v. 9, n. 2, p. 97-102, 5 ago. 2011.

BERNARDO, M. E. et al. Ex vivo expansion of mesenchymal stromal cells. Best

practice & research. Clinical haematology, v. 24, n. 1, p. 73-81, mar. 2011.

BERNARDO, M. E. et al. Human bone marrow derived mesenchymal stem cells do not

undergo transformation after long-term in vitro culture and do not exhibit telomere

maintenance mechanisms. Cancer research, v. 67, n. 19, p. 9142-9, 1 out. 2007a.

BERNARDO, M.E. et al. Optimization of in vitro expansion of human multipotent

mesenchymal stromal cells for cell-therapy approaches: further insights in the search for

a fetal calf serum substitute. J Cell Physiol, v. 211, p. 121–130, 2007b.

121

BESPALOVA, I. N.; BURMEISTER, M. Identification of a novel LIM domain gene,

LMCD1, and chromosomal localization in human and mouse. Genomics, v. 63, n. 1, p.

69-74, 1 jan. 2000.

BHOOPATHI, P. et al. MMP-2 mediates mesenchymal stem cell tropism towards

medulloblastoma tumors. Gene Ther, v.18(7), p. 692-701, Jul 2011.

BIAN, Z.-Y. et al. LIM and cysteine-rich domains 1 regulates cardiac hypertrophy by

targeting calcineurin/nuclear factor of activated T cells signaling. Hypertension, v. 55,

n. 2, p. 257-63, fev. 2010.

BIEBACK, K.; BRINKMANN, I. Mesenchymal stromal cells from human perinatal

tissues: From biology to cell therapy. World journal of stem cells, v. 2, n. 4, p. 81-92,

26 ago. 2010.

BIEBACK, K.; KERN, S.; KLÜTER, H.; EICHLER, H. Critical parameters for the

isolation of mesenchymal stem cells from umbilical cord blood. Stem Cells, v. 22, p.

625-634, jul. 2004.

Biophys Acta, v.1830(2), p. 2297-306, Feb 2013.

BOCHKOV, N.P. et al. Chromosome variability of human multipotent mesenchymal

stromal cells. Bull Exp Biol Med, v.143(1), p.122-126, 2007.

BORRELLO, M. G. et al. Induction of a proinflammatory program in normal human

thyrocytes by the RET/PTC1 oncogene. Proceedings of the National Academy of

Sciences of the United States of America, v. 102, n. 41, p. 14825-30, 11 out. 2005.

BOUDJELAL, M. et al. Overexpression of Stra13, a novel retinoic acid-inducible gene

of the basic helixloop-helix family, inhibits mesodermal and promotes neuronal

differentiation of P19 cells. Genes Dev, v.11, p. 2052–2065, 1997.

BOVOLENTA, P. et al. Beyond Wnt inhibition: new functions of secreted Frizzled-

related proteins in development and disease. Journal of cell science, v. 121, n. Pt 6, p.

737-46, 15 mar. 2008.

BRAIG, M., et al. Oncogene-induced senescence as an initial barrier in lymphoma

development. Nature, v. 436, p. 660–665, 2005.

122

BRANKATSCHK, B. et al. Regulation of the EGF transcriptional response by

endocytic sorting. Science signaling, v. 5, n. 215, p. ra21, 13 mar. 2012.

BROOKE, G.; TONG, H.; LEVESQUE, J.P.; ATKINSON, K. Molecular trafficking

mechanisms of multipotent mesenchymal stem cells derived from human bone marrow

and placenta. Stem Cells Dev, v.17(5), p. 929-40, oct. 2008.

BÜHRING, H. J.; TREML, S.; CERABONA, F.; DE ZWART, P.; KANZ, L.;

SOBIESIAK, M. Phenotypic characterization of distinct human bone marrow-derived

MSC subsets. Ann. NY Acad. Sci., v. 1176, p. 124-134, 2009.

BUSTIN, S. A et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of

quantitative real-time PCR experiments. Clinical chemistry, v. 55, n. 4, p. 611-22, abr.

2009.

CAMPISI, J.; D’ADDA DI FAGAGNA, F. Cellular senescence: when bad things

happen to good cells. Nature Rev. Mol. Cell Biol, v. 8, p. 729–740, 2007.

CAN, A.; KARAHUSEYINOGLU, S. Concise review: human umbilical cord stroma

with regard to the source of fetus-derived stem cells. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 25,

n. 11, p. 2886-95, nov. 2007.

CAN, A.; KARAHUSEYINOGLU, S. Concise review: human umbilical cord stroma

with regard to the source of fetus-derived stem cells. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 25,

n. 11, p. 2886-95, nov. 2007.

CAPLAN, A. I. All MSCs are pericytes? Cell stem cell, v. 3, n. 3, p. 229-30, 11 set.

2008.

CAPLAN, A.L. Mesenchymal stem cells. J Orthop Res 9(5), p.641-650, 1991.

CARR, J. C. et al. Differentiation of small bowel and pancreatic neuroendocrine tumors

by gene-expression profiling. Surgery, v. 152, n. 6, p. 998-1007, dez. 2012.

CAVALLARO, U.; CHRISTOFORI, G. Multitasking in tumor progression: signaling

functions of cell adhesion molecules. Ann. Ny acad. Sci, v. 1014, p. 58-66, 2004.

123

CHAKRABARTI, J. et al. The transcription factor DEC1 (stra13, SHARP2) is

associated with the hypoxic response and high tumour grade in human breast cancers.

British journal of cancer, v. 91, n. 5, p. 954-8, 31 ago. 2004.

CHEN, J.-H.; HALES, C. N.; OZANNE, S. E. DNA damage, cellular senescence and

organismal ageing: causal or correlative? Nucleic acids research, v. 35, n. 22, p. 7417-

28, jan. 2007.

CHEN, Z., et al. Cru- cial role of p53-dependent cellular senescence in suppression of

Pten-deficient tumorigenesis. Nature. v. 436, p. 725–730, 2005.

CHIELLINI, C. et al. Characterization of human mesenchymal stem cell secretome at

early steps of adipocyte and osteoblast differentiation. BMC molecular biology, v. 9, p.

26, jan. 2008.

CHOUMERIANOU, D.M. et al. Study of oncogenic transformation in ex vivo

expanded mesenchymal cells, from paediatric bone marrow. Cell Prolif, v. 41(6), p.

909-922, 2008.

CICHOWSKI, K.; HAHN, W.C. Unexpected pieces to the senescence puzzle. Cell,

v.133, p.958–961 , 2008.

COLLADO, M. et al. Tumour biology: senescence in premalignant tumours. Nature, v.

436, p.642, 2005.

COLLADO, M.; SERRANO, M. The power and the promise of oncogene-induced

senescence markers. Nat Rev Cancer, v. 6, p. 472–476, 2006.

COLOGNATO, H.; YURCHENCO, P. D. A PEER REVIEWED FORUM Form and

Function : The Laminin Family of Heterotrimers. v. 234, n. January, p. 213-234, 2000.

COPPÉ, J. P. et al. Senescence-associated secretory phenotypes reveal cell-

nonautonomous functions of oncogenic RAS and the p53 tumor suppressor. PLoS Biol,

v.2, p. 2853-68, Dez. 2008.

CORNÉLIO, D. A. Análise da estabilidade genética de células-tronco mesenquimais

humanas. Natal-RN: UFRN, 13 Abril 2012.

124

COURTOIS-COX, S. et al. A negative feedback signaling network underlies oncogene-

induced senescence. Cancer Cell, v. 10, p. 459–472, 2006.

COVAS, D. T. et al. Isolation and culture of umbilical vein mesenchymal stem cells.

Brazilian journal of medical and biological research, v. 36, n. 9, p. 1179-83, set.

2003.

COWAN, R. W.; SINGH, G. Giant cell tumor of bone: a basic science perspective.

Bone, v. 52, n. 1, p. 238-46, jan. 2013.

COWAN, R. W.; SINGH, G. Giant cell tumor of bone: a basic science perspective.

Bone, v. 52, n. 1, p. 238-46, jan. 2013.

CRIGLER, L., ROBEY, R. C., ASAWACHAICHARN, A., GAUPP, D. AND

PHINNEY, D. G. Human mesenchymal stem cell subpopulations express a variety of

neuro-regulatory molecules and promote neuronal cell survival and neuritogenesis. Exp.

Neurol., v.198, p. 54- 64, 2006.

CRISAN, M.; et al. Cell Stem Cell, v 3, p.301–313, 2008.

D’ADDA DI FAGAGNA, F. Living on a break: cellular senescence as a DNA-damage

response. Nature reviews. Cancer, v. 8, n. 7, p. 512-22, jul. 2008.

DALOUS, J.; LARGHERO, J.; BAUD, O. Transplantation of umbilical cord-derived

mesenchymal stem cells as a novel strategy to protect the central nervous system:

technical aspects, preclinical studies, and clinical perspectives. Pediatric research, v.

71, n. 4 Pt 2, p. 482-90, abr. 2012.

DAVALOS, A.R.; COPPE, J.P.; CAMPISI, J.; DESPREZ, P.Y. Senescent cells as a

source of inflammatory factors for tumor progression. Cancer Metastasis Rev, v. 29, p.

273–283, 2010.

DE LA FUENTE, R. et al. Retraction: Spontaneous human adult stem cell

transformation. Cancer Res, v. 70(16), p. 6682, 2010.

DE MIGUEL, M.P. et al. Immunosuppressive properties of mesenchymal stem cells:

advances and applications. Curr Mol Med, v. 12(5), p.574-91, Jun. 2012.

125

DELOULME, J. C; HELIES, A.; LEDIG, M.; LUCAS, M.; SENSENBRENNER, M. A

comparative study of the distribution of alpha- and gamma-enolase subunits in cultured

rat neural cells and fibroblasts. Int J Dev Neurosci., v.15(2), p. 183-94, Apr 1997.

DÉRY, M.-C. et al. Oxytocin increases invasive properties of endometrial cancer cells

through phosphatidylinositol 3-kinase/AKT-dependent up-regulation of

cyclooxygenase-1, -2, and X-linked inhibitor of apoptosis protein. Biology of

reproduction, v. 85, n. 6, p. 1133-42, dez. 2011.

DEXTER, T. M.; ALLEN, T. D.; LAJTHA, L. G. Conditions controlling the

proliferation of haemopoietic stem cells in vitro . J Cell Physiol, v. 91, p.335-344,

1977.

DING, D. C.; SHYU, W C.; LIN, S. Z. Mesenchymal stem cells. Cell transplantation,

v. 20, n. 1, p. 5-14, jan. 2011.

DING, D.-C.; SHYU, W.-C.; LIN, S.-Z. Mesenchymal stem cells. Cell

transplantation, v. 20, n. 1, p. 5-14, jan. 2011.

DOMINICI, M.; et al. Minimal criteria for defining multipotent mesenchymal stromal

cells. The International Society for Cellular Therapy position statement. Cytotherapy,

v. 8, n. 4, p. 315-7, jan. 2006.

DONATI, C. et al. Sphingosine 1-phosphate induces differentiation of mesoangioblasts

towards smooth muscle. A role for GATA6. PloS one, v. 6, n. 5, p. e20389, jan. 2011.

DOOLAN, P. et al. Microarray and proteomics expression profiling identifies several

candidates, including the valosin-containing protein (VCP), involved in regulating high

cellular growth rate in production CHO cell lines. Biotechnology and bioengineering,

v. 106, n. 1, p. 42-56, 1 maio. 2010.

DUARTE, D.M. et al. Chromosomal characterization of cryopreserved mesenchymal

stem cells from the human subendothelium umbilical cord vein. Regen Med, v. 7(2), p.

147-157, 2012.

DUBOSE, B. K.; ZAYZAFOON, M.; MURPHY-ULLRICH, J. E. Thrombospondin-1

inhibits osteogenic differentiation of human mesenchymal stem cells through latent

126

TGF-β activation. Biochemical and biophysical research communications, v. 422, n.

3, p. 488-93, 8 jun. 2012.

DUFOURCQ, P. et al. Secreted frizzled-related protein-1 enhances mesenchymal stem

cell function in angiogenesis and contributes to neovessel maturation. Stem cells

(Dayton, Ohio), v. 26, n. 11, p. 2991-3001, nov. 2008.

ECKHARDT, M. et al. Mice deficient in the polysialyltransferase ST8SiaIV/PST-1

allow discrimination of the roles of neural cell adhesion molecule protein and polysialic

acid in neural development and synaptic plasticity. J. Neurosci. 20, 5234-5244, 2000.

EFIMENKO, A. et al. Angiogenic properties of aged adipose derived mesenchymal

stem cells after hypoxic conditioning. Journal of translational medicine, v. 9, n. 1, p.

10, jan. 2011.

EJESKÄR, K. et al. Introduction of in vitro transcribed ENO1 mRNA into

neuroblastoma cells induces cell death. BMC cancer, v. 5, p. 161, jan. 2005.

ELABD, C. et al. Oxytocin controls differentiation of human mesenchymal stem cells

and reverses osteoporosis. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 26, n. 9, p. 2399-407, set.

2008.

ERICES, A; CONGET, P.; MINGUELL, J. J. Mesenchymal progenitor cells in human

umbilical cord blood. British journal of haematology, v. 109, n. 1, p. 235-42, abr.

2000.

ETHERIDGE, S. L. et al. Expression Profiling and Functional Analysis of Wnt

Signaling Mechanisms in Mesenchymal Stem Cells. Stem Cell, v. 22, p. 849-860, 2004.

FAN, C.-G.; ZHANG, Q.; ZHOU, J. Therapeutic potentials of mesenchymal stem cells

derived from human umbilical cord. Stem cell reviews, v. 7, n. 1, p. 195-207, mar.

2011.

FAN, C.-G.; ZHANG, Q.; ZHOU, J. Therapeutic potentials of mesenchymal stem cells

derived from human umbilical cord. Stem cell reviews, v. 7, n. 1, p. 195-207, mar.

2011.

127

FAN, V. H. et al. Tethered epidermal growth factor provides a survival advantage to

mesenchymal stem cells. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 25, n. 5, p. 1241-51, maio.

2007.

FELTES, B. C.; FARIA POLONI, J.; BONATTO, D. The developmental aging and

origins of health and disease hypotheses explained by different protein networks.

Biogerontology, v. 12, n. 4, p. 293-308, 5 mar 2011.

FEO, S. et al. ENO1 gene product binds to the c-myc promoter and acts as a

transcriptional repressor: relationship with Myc promoter-binding protein 1 (MBP-1).

FEBS letters, v. 473, n. 1, p. 47-52, 4 maio. 2000.

FODDE, R.; BRABLETZ, T. Wnt/beta-catenin signaling in cancer stemness and

malignant behavior. Current opinion in cell biology, v. 19, n. 2, p. 150-8, abr. 2007.

FONG, C. Y. et al. Derivation efficiency, cell proliferation, freeze-thaw survival, stem-

cell properties and differentiation of human Wharton’s jelly stem cells. Reproductive

biomedicine online, v. 21, n. 3, p. 391-401, set. 2010.

FONG, C.Y.; RICHARDS, M.; MANASI, N.; BISWAS, A.; BONGSO, A.

Comparative growth behavior and characterization of stem cells from human Wharton’s

jelly. Reprod BioMed Online. v. 15, p. 708–718, Dez, 2007.

FORSYTH, R.G.; HOGENDOORN, P. C. W. Bone: Giant cell tumour. Atlas Genet

Cytogenet Oncol Haematol. URL:

http://AtlasGeneticsOncology.org/Tumors/BoneGiantCellTumID5150.html, 2003.

FRASER, J.K.; et al. Plasticity of human adipose stem cells toward endothelial cells

and cardiomyocytes. Nat Clin Pract Cardiovasc Med, v. 3 (1), p.33-37, 2006.

FU, Y.S. et al. Conversion of human umbilical cord mesenchymal stem cells in

Wharton's jelly to dopaminergic neurons in vitro : potential therapeutic application for

Parkinsonism. Stem Cells 24: 115-124, 2006.

FU, Y.S. et al. Transformation of human umbilical mesenchymal cells into neurons in

vitro . J Biomed Sci, v. 11, p. 652-660, 2004.

128

GARY, R.K; KINDELL, S. M. Quantitative assay of senescence-associated β-

galactosidase activity. Analytical Biochemistry, v. 343, p. 329–334, 2005.

GAUR, T. et al. Canonical WNT signaling promotes osteogenesis by directly

stimulating Runx2 gene expression. The Journal of biological chemistry, v. 280, n.

39, p. 33132-40, 30 set. 2005.

GAUR, T. et al. Secreted Frizzled Related Protein 1 Regulates Wnt Signaling for BMP2

Induced Chondrocyte Differentiation. v. 96, n. October 2005, p. 87-96, 2006.

GAUTHAMAN, K. et al. Extra-embryonic human Wharton’s jelly stem cells do not

induce tumorigenesis, unlike human embryonic stem cells. Reprocuctive Biomedicine

Online, v. 24, p. 235-246, 2012.

GEBRE-MEDHIN, S. et al. Telomeric associations correlate with telomere length

reduction and clonal chromosome aberrations in giant cell tumor of bone. Cytogenet

Genome Res, v. 124, p.121-7, 2009.

GHONE, N. V; GRAYSON, W. L. Recapitulation of mesenchymal condensation

enhances in vitro chondrogenesis of human mesenchymal stem cells. Journal of

cellular physiology, v. 227, n. 11, p. 3701-8, nov. 2012.

GIATROMANOLAKI, A. et al. DEC1 (STRA13) protein expression relates to

hypoxia- inducible factor 1-alpha and carbonic anhydrase-9 overexpression in non-

small cell lung cancer. J Pathol, v. 200, p. 222–228, 2003.

GOODWIN, H. S. et al. Multilineage differentiation activity by cells isolated from

umbilical cord blood: expression of bone, fat, and neural markers. Biol Blood Marrow

Transplant, v. 7, p. 581–588, nov. 2001.

GRATI, F. R. et al. Prenatal detection by subtelomeric FISH and MLPA of unbalanced

meiotic recombinants resulting from parental pericentric inversions. Molecular and

cellular probes, v. 22, n. 5-6, p. 316-9, 2008.

GUILLAUMOND, F. et al. Altered Stra13 and Dec2 circadian gene expression in

hypoxic cells. Biochem Biophys Res Commun, v.369, p. 1184–1189, 2008.

129

GURNEY, A. et al. Wnt pathway inhibition via the targeting of Frizzled receptors

results in decreased growth and tumorigenicity of human tumors. Proceedings of the

National Academy of Sciences of the United States of America, v. 109, n. 29, p.

11717-22, 17 jul. 2012.

HAMPEL, B. et al. Increased expression of extracellular proteins as a hallmark of

human endothelial cell in vitro senescence. Experimental gerontology, v. 41, n. 5, p.

474-81, maio. 2006.

HARRISON, N.J.; BAKER, D.; ANDREWS, P.W. Culture adaptation of embryonic

stem cells echoes germ cell malignancy. Int. J. Androl, v. 30, p.275–281, 2007.

HASS, R. et al. Different populations and sources of human mesenchymal stem cells

(MSC): A comparison of adult and neonatal tissue-derived MSC. Cell communication

and signaling : CCS, v. 9, n. 1, p. 12, jan. 2011.

HEY, Y.; PEPPER, S. D. Interesting times for microarray expression profiling.

Briefings in functional genomics & proteomics, v. 8, n. 3, p. 170-3, maio. 2009.

HONDA, T. et al. PDZRN3 Negatively Regulates BMP-2 – induced Osteoblast

Differentiation through Inhibition of Wnt Signaling. Molecular Biology of the Cell, v.

21, p. 3269-3277, 2010.

HONG, D. et al. Morphological and proteomic analysis of early stage of osteoblast

differentiation in osteoblastic progenitor cells. Experimental cell research, v. 316, n.

14, p. 2291-300, 15 ago. 2010.

HONMOU, O. et al. Mesenchymal stem cells: therapeutic outlook for stroke. Trends in

molecular medicine, v. 18, n. 5, p. 292-7, maio. 2012.

HOUTHUIJZEN, J. M. et al. The role of mesenchymal stem cells in anti-cancer drug

resistance and tumour progression. British journal of cancer, v. 106, n. 12, p. 1901-6,

5 jun. 2012.

HUSSEIN, S.M. et al. Copy number variation and selection during reprogramming to

pluripotency. Nature, v.3;471(7336), p. 58-62, Mar. 2011.

130

HYNIE, S. Role of Oxytocin / Oxytocin Receptor System in Regulation of Cell Growth

and Neoplastic Processes. v. 165, p. 159-165, 2009.

ID BOUFKER, H. et al. The Src inhibitor dasatinib accelerates the differentiation of

human bone marrow-derived mesenchymal stromal cells into osteoblasts. BMC cancer,

v. 10, p. 298, jan. 2010.

ISHIGE, I. et al. Comparison of mesenchymal stem cells derived from arterial, venous,

and Wharton’s jelly explants of human umbilical cord. International journal of

hematology, v. 90, n. 2, p. 261-9, set. 2009.

IWATA, T. et al. Effects of overexpression of basic helix-loop-helix transcription factor

Dec1 on osteogenic and adipogenic differentiation of mesenchymal stem cells.

European journal of cell biology, v. 85, n. 5, p. 423-31, maio. 2006.

IZADPANAH, R. et al. Long-term In vitro Expansion Alters the Biology of Adult

Mesenchymal Stem Cells. Cancer Res, v. 68, n. 11, p. 4229-4238, 2009.

JANSEN, B. J. H. et al. Functional differences between mesenchymal stem cell

populations are reflected by their transcriptome. Stem cells and development, v. 19, n.

4, p. 481-90, abr. 2010.

JARAMILLO-FERRADA, P. A; WOLVETANG, E. J.; COOPER-WHITE, J. J.

Differential mesengenic potential and expression of stem cell-fate modulators in

mesenchymal stromal cells from human-term placenta and bone marrow. Journal of

cellular physiology, v. 227, n. 9, p. 3234-42, set. 2012.

JARVINEN, P. M; LAIHO, M. LIM-domain proteins in transforming growth factor β-

induced. Cellular Signalling, v. 24, p. 819–825, 2012.

JIANG, S. S. et al. Gene expression profiling suggests a pathological role of human

bone marrow-derived mesenchymal stem cells in aging-related skeletal diseases. Aging,

v. 3, n. 7, p. 672-84, jul. 2011.

JORGENSEN, O. S.; BOCK, E. Brain specific synaptosomal membrane proteins

demonstrated by crossed immunoelectrophoresis. J. Neurochem, v. 23, p. 879-880,

1974.

131

Jul;167(1):117-28.

KADIVAR, M. et al. In vitro cardiomyogenic potential of human umbilical vein-

derived mesenchymal stem cells. Biochem. Biophys. Res. Commun, v. 340, p. 639–64,

2006.

KALTZ, N. et al. Novel markers of mesenchymal stem cells defined by genome-wide

gene expression analysis of stromal cells from different sources. Experimental cell

research, v. 316, n. 16, p. 2609-17, 1 out. 2010.

KANG, H. J. et al. Structure of human alpha-enolase (hENO1), a multifunctional

glycolytic enzyme. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography, v.

64, n. Pt 6, p. 651-7, jun. 2008.

KARAÖZ, E. et al. A comprehensive characterization study of human bone marrow

mscs with an emphasis on molecular and ultrastructural properties. Journal of cellular

physiology, v. 226, n. 5, p. 1367-82, maio. 2011.

KATOH, M. KATOH, M. WNT signaling pathway and stem cell signaling network.

Clin Cancer Res, v.15;13(14), p. 4042-5, Jul 2007.

KATOH, M.; KATOH, M. Identification and characterization of PDZRN3 and

PDZRN4 genes in silico. Int. J. Mol. Med. 13, 607–613, 2004.

KATOH, M.; KATOH, M. Notch ligand, JAG1, is evolutionarily conserved target of

canonical WNT signaling pathway in progenitor cells. International journal of

molecular medicine, v. 17, n. 4, p. 681-5, abr. 2006.

KAUFFMANN, A.; HUBER, W. Microarray data quality control improves the

detection of differentially expressed genes. Genomics, v. 95, n. 3, p. 138-42, mar. 2010.

KAUR, P. et al. Epigenetic silencing of sFRP1 activates the canonical Wnt pathway and

contributes to increased cell growth and proliferation in hepatocellular carcinoma.

Tumour biology : the journal of the International Society for Oncodevelopmental

Biology and Medicine, v. 33, n. 2, p. 325-36, abr. 2012.

Kim JW, Kim SY, Park SY, Kim YM, Kim JM, Lee MH, Ryu HM. Mesenchymal

progenitor cells in the human umbilical cord. Ann Hematol, v.3. p. 733-8, 2004.

132

KIM, K. S. et al. Induction of Cellular Senescence by Insulin-like Growth Factor

Binding Protein-5 through a p53-dependent Mechanism. Molecular Biology of the

Cell, v. 18, n. November, p. 4543-4552, 2007.

KIM, S.-H. et al. Gene expression profile in mesenchymal stem cells derived from

dental tissues and bone marrow. Journal of periodontal & implant science, v. 41, n. 4,

p. 192-200, ago. 2011.

KO, J.-A. et al. PDZRN3 (LNX3, SEMCAP3) is required for the differentiation of

C2C12 myoblasts into myotubes. Journal of cell science, v. 119, n. Pt 24, p. 5106-13,

15 dez. 2006.

KOCK, J. DE. et al. Mesoderm-derived stem cells: the link between the transcriptoma

and their differentiation potential. Stem Cells, v.10;21(18), p. 3309-2, Dez. 2012.

KOH, S.-H. et al. Implantation of human umbilical cord-derived mesenchymal stem

cells as a neuroprotective therapy for ischemic stroke in rats. Brain research, v. 1229,

p. 233-48, 10 set. 2008.

KORTESIDIS, A. et al. Stromal-derived factor-1 promotes the growth, survival, and

development of human bone marrow stromal stem cells. Blood, v.15;105(10), p.3793-

801, May 2005.

KRETLOW, J.D. et al. Donor age and cell passage affects differentiation potential

ofmurine bone marrow-derived stem cells. BMC Cell Biol, v. 9 (60), outubro. 2008.

KUCIA, M. et al. Trafficking of normal stem cells and metastasis of cancer stem cells

involve similar mechanisms: pivotal role of the SDF-1-CXCR4 axis. Stem Cells, v. 23,

p. 879–894, 2005.

KÜHL, S.J.; KÜHL, M. On the role of Wnt/β-catenin signaling in stem cells. Biochim

LAN, J. et al. Stro-1(+) stromal cells have stem-like features in giant cell tumor of bone.

Journal of surgical oncology, v. 106, n. 7, p. 826-36, dez. 2012.

LAU, C. P. Y. et al. P63 Regulates Cell Proliferation and Cell Cycle

Progression-Associated Genes in Stromal Cells of Giant Cell Tumor of the Bone.

International journal of oncology, v. 42, n. 2, p. 437-43, fev. 2013.

133

LEE, O. K. et al. Isolation of multipotent mesenchymal stem cells from umbilical cord

blood. Blood, v. 103, p. 1669–1675, Mar. 2004.

Li, M. et al. Human umbilical vein-derived dopaminergic-like cell transplantation with

nerve growth factor ameliorates motor dysfunction in a rat model of Parkinson's disease.

Neurochem. Res, v. 35(10), p. 1522-1529, 2010.

LI, W.-F. et al. Genetics of osteoporosis: accelerating pace in gene identification and

validation. Human genetics, v. 127, n. 3, p. 249-85, mar. 2010.

LI, Y. et al. Abundant expression of Dec1/ stra13/sharp2 in colon carcinoma: its

antagonizing role in serum deprivationinduced apoptosis and selective inhibition of

procaspase activation. Biochem J, v. 367, p. 413–422, 2002.

LIAO, T.S. et al .Recruitment of osteoclast precursors by stromal cell derived factor-1

(SDF-1) in giant cell tumor of bone. J Orthop Res, v. 23(1), p. 203-9, Jan 2005.

LIN, X.-D. et al. Overexpression of thrombospondin-1 in stromal myofibroblasts is

associated with tumor growth and nodal metastasis in gastric carcinoma. Journal of

surgical oncology, v. 106, n. 1, p. 94-100, 1 jul. 2012.

LIU, R. et al. Neural cell adhesion molecule potentiates the growth of murine

melanoma via β-catenin signaling by association with fibroblast growth factor receptor

and glycogen synthase kinase-3β. The Journal of biological chemistry, v. 286, n. 29,

p. 26127-37, 22 jul. 2011.

LIU, X. et al. SDF-1/CXCR4 axis modulates bone marrow mesenchymal stem cell

apoptosis, migration and cytokine secretion. Protein Cell, v. 2(10), p. 845-54, oct.

2011.

LIU, Z. et al. Manganese superoxide dismutase induces migration and invasion of

tongue squamous cell carcinoma via H2O2-dependent Snail signaling. Free radical

biology & medicine, v. 53, n. 1, p. 44-50, 1 jul. 2012.

LOCHRIE, J. D. et al. Insulin-Like Growth Factor Binding Protein ( IGFBP ) -5 Is

UpRegulated During Both Differentiation and Apoptosis in Primary Cultures of Mouse

134

Mammary Epithelial Cells. Journal of cellular physiology, v. 479, n. August 2005, p.

471-479, 2006.

MA, M. et al. Mesenchymal stromal cells may enhance metastasis of neuroblastoma via

SDF-1/CXCR4 and SDF-1/CXCR7 signaling. Cancer letters, v. 312, n. 1, p. 1-10, 15

dez. 2011.

MAERE, S.; HEYMANS, K.; KUIPER, M. BiNGO: a Cytoscape plugin to assess

overrepresentation of gene ontology categories in biological networks. Bioinformatics,

v. 21, p. 3448–3449, 2005.

MAGALHÃES, de J. P. From cells to ageing: a review of models and mechanisms of

cellular senescence and their impact on human ageing. Experimental cell research, v.

300, n. 1, p. 1-10, 15 out. 2004.

MAITRA, A.et al. Genomic alterations in cultured human embryonic stem cells in

defined conditions. Nat. Genet, v.37, p. 1099-1103, 2005.

MALGIERI, A. et al. Bone marrow and umbilical cord blood human mesenchymal

stem cells: state of the art. International journal of clinical and experimental

medicine, v. 3, n. 4, p. 248-69, jan. 2010.

MARESCHI, K., et al. Isolation of human mesenchymal stem cells: bone marrow

versus umbilical cord blood. Haematologica, v. 86, p.1099–1100, out.2001

MARGOSSIAN, T. et al. Mesenchymal stem cells derived from Wharton’s jelly:

comparative phenotype analysis between tissue and in vitro expansion. Bio-medical

materials and engineering, v. 22, n. 4, p. 243-54, jan. 2012.

MATSUBAYASHI, S. et al. Immunohistochemical analyses of beta-catenin and cyclin

D1 expression in giant cell tumor of bone (GCTB): a possible role of Wnt pathway in

GCTB tumorigenesis. Pathology, research and practice, v. 205, n. 9, p. 626-33, jan.

2009.

MATSUBAYASHI, S. Immunohistochemical analyses of beta-catenin and cyclin D1

expression in giant cell tumor of bone (GCTB): a possible role of Wnt pathway in

GCTB tumorigenesis. Pathol Res Pract, v. 205(9), p. 626-33, 2009.

135

MAYSHAR,Y. et al. Identification and classification of chromosomal aberrations in

human induced pluripotent stem cells. Cell Stem Cell, v. 7, p. 521–531, 2010.

MEIRELLES, L. DA S.; NARDI, N.B. Methodology, biology and clinical applications

of mesenchymal stem cells. Front. Biosci, v. 14, p.4281-4298, 2009.

MENSSEN, A. et al. Differential gene expression profiling of human bone marrow-

derived mesenchymal stem cells during adipogenic development. BMC genomics, v.

12, n. 1, p. 461, jan. 2011.

MI, Z. et al. Osteopontin promotes CCL5-mesenchymal stromal cell-mediated breast

cancer metastasis. Carcinogenesis, v. 32, n. 4, p. 477-87, abr. 2011.

MICHALOGLOU, C. et al. BRAFE600 - associated senescence-like cell cycle arrest of

human naevi. Nature, v. 436, 720–724, 2005.

MIRANDA, H. C. et al. A quantitative proteomic and transcriptomic comparison of

human mesenchymal stem cells from bone marrow and umbilical cord vein.

Proteomics, v. 12, n. 17, p. 2607-2617, ago. 2012.

MIURA, M. et al. Accumulated chromosomal instability in murine bone marrow

mesenchymal stem cells leads to malignant transformation. Stem cells, v. 24, n. 4, p.

1095-103, abr. 2006.

MÖDDER, U. I. et al. Characterization of mesenchymal progenitor cells isolated from

human bone marrow by negative selection. Bone, v. 50, n. 3, p. 804-10, mar. 2012.

MOMIN, E. N. et al. Mesenchymal stem cells: new approaches for the treatment of

neurological diseases. Current stem cell research & therapy, v. 5, n. 4, p. 326-44,

dez. 2010.

MORGAN, T. et al. Molecular profiling of giant cell tumor of bone and the osteoclastic

localization of ligand for receptor activator of nuclear factor kappaB. Am J Pathol. 2005

MOSIENIAK, G.; SIKORA, E. Polyploidy: the link between senescence and cancer.

Curr. Pharm. Des, v. 16, p. 734–740, 2010.

136

MOTOMURA, H. et al. Gas6, a new regulator of chondrogenic differentiation from

mesenchymal cells. Biochemical and biophysical research communications, v. 357,

n. 4, p. 997-1003, 15 jun. 2007.

MUSINA, R.A.; BEKCHANOVA, E.S.; BELYAVSKII, A.V. et al. Umbilical cord

blood mesenchymal stem cells. Bull. Exp. Biol. Med, v. 143, p. 127–131, jan. 2007.

NAKAJIMA, H. et al. Wnt modulators, SFRP-1, and SFRP-2 are expressed in

osteoblasts and differentially regulate hematopoietic stem cells. Biochemical and

biophysical research communications, v. 390, n. 1, p. 65-70, 4 dez. 2009.

NEKANTI, U. et al. Long-term expansion and pluripotent marker array analysis of

Wharton’s jelly-derived mesenchymal stem cells. Stem cells and development, v. 19,

n. 1, p. 117-30, jan. 2010.

NEKANTI, U. et al. Long-term expansion and pluripotent marker array analysis of

Wharton’s jelly-derived mesenchymal stem cells. Stem cells and development, v. 19,

n. 1, p. 117-30, jan. 2010.

NEWMAN, M.E.J. A measure of betweenness centrality based on random walks. Soc

Netw, v. 27, p. 39–54, 2005.

OHNISHI, S.; OHGUSHI, H.; KITAMURA, S.; NAGAYA, N.; Mesenchymal stem

cells for the treatment of heart failure. Int J Hematol, v 86, p. 17-21, 2007.

OHTANI,N.; HARA, E. Roles and mechanisms of cellular senescence in regulation of

PANCHOLI, V. Multifunctional alpha-enolase: its role in diseases. Cell Mol Life

PANEPUCCI, R. A et al. Comparison of gene expression of umbilical cord vein and

bone marrow-derived mesenchymal stem cells. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 22, n. 7,

p. 1263-78, jan. 2004.

PETSA, A. et al. Effectiveness of protocol for the isolation of Wharton's Jelly stem cells

in large-scale applications. In vitro Cellular & Developmental Biology. Animal, v.

45(10), p. 573–576, 2009.

137

PETSA, A.; GARGANI, S.; FELESAKIS, A.; GRIGORIADIS, N.;, GRIGORIADIS, I.

Effective- ness of protocol for the isolation of Wharton’s Jelly stem cells in large-scale

applications. In vitro Cell Dev Biol Anim, v.45, p. 573–6, 2009.

PILKINGTON, M. F.; SIMS, S. M.; DIXON, S. J. Transforming growth factor-beta

induces osteoclast ruffling and chemotaxis: potential role in osteoclast recruitment.

Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society

for Bone and Mineral Research, v. 16, n. 7, p. 1237-47, jul. 2001.

PITTENGER, M. F. Multilineage Potential of Adult Human Mesenchymal Stem Cells.

Science, v. 284, n. 5411, p. 143-147, 2 abr. 1999.

PODE-SHAKKED, N. et al. Developmental tumourigenesis: NCAM as a putative

marker for the malignant renal stem/progenitor cell population. J Cell Mol Med.,

v.13(8B), p.1792-808, Aug 2009.

POLONI, A. et al. Human mesenchymal stem cells from chorionic villi and amniotic

fluid are not susceptible to transformation after extensive in vitro expansion. Cell

transplantation, v. 20, n. 5, p. 643-54, jan. 2011.

POULALHON, N. et al. Modulation of collagen and MMP-1 gene expression in

fibroblasts by the immunosuppressive drug rapamycin. A direct role as an antifibrotic

agent? The Journal of biological chemistry, v. 281, n. 44, p. 33045-52, 3 nov. 2006.

QIAN, Y.; ZHANG, J.; YAN, B.; CHEN, X. DEC1, a basic helix-loop-

helixtranscription factor and a novel target gene of the p53 family, mediates p53-

dependent premature senescence. J Biol Chem, v. 283, p. 2896–2905, 2008.

RADTKE, F.; RAJ, K. The role of Notch in tumorigenesis: oncogene or tumour

suppressor? Nature reviews. Cancer, v. 3, n. 10, p. 756-67, out. 2003.

RAPKIEWICZ, A. V et al. Biomarkers of ovarian tumours. European journal of

cancer (Oxford, England : 1990), v. 40, n. 17, p. 2604-12, nov. 2004.

RATH, N. et al. LMCD1 / Dyxin Is a Novel Transcriptional Cofactor That Restricts

GATA6 Function by Inhibiting DNA Binding. Molecular and cellular Biology, v. 25, n.

20, p. 8864-8873, Oct. 2005.

138

REN, Z.; WANG, J.; ZHU, W.; GUAN, Y.; ZOU, C. CHEN, Z.; ZHANG, Y.A.

Spontaneous transformation of adult mesenchymal stem cells from cynomolgus

macaques in vitro . Exp Cell Res, v. 317(20), p. 2950-7, 2011.

RITIÉ, L. et al. Abnormal Wnt and PI3Kinase signaling in the malformed intestine of

lama5 deficient mice. PloS one, v. 7, n. 5, p. e37710, jan. 2012.

ROBINSON, D.; SEGAL, M.; NEVO, Z. Giant cell tumor of bone the role of fibroblast

growth factor 3 positive mesenchymal stem cells in its pathogenesis. Pathobiology, v.

70, p. 333–342, 2002.

RODRÍGUEZ-RODERO, S. et al. Aging genetics and aging. Aging and disease, v. 2,

n. 3, p. 186-95, jun. 2011.

ROMANOV, Y.A.; SVINTSITSKAYA, V.A.; SMIRNOV, V.N. Searching for

alternative sources of postnatal human mesenchymal stem cells: candidate MSC-like

cells from umbilical cord. Stem Cells, v. 21, p. 105–110, jan.2003.

ROOBROUCK, V. D. et al. Differentiation potential of human postnatal mesenchymal

stem cells, mesoangioblasts, and multipotent adult progenitor cells reflected in their

transcriptome and partially influenced by the culture conditions. Stem cells (Dayton,

Ohio), v. 29, n. 5, p. 871-82, maio. 2011.

ROSLAND, G.V., et al. Long-term cultures of bone marrow-derived human

mesenchymal stem cells frequently undergo spontaneous malignant transformation.

Cancer Res, v. 69, p. 5331–5339, 2009.

ROUBELAKIS, M. G.; TROHATOU, O.; ANAGNOU, N. P. Amniotic fluid and

amniotic membrane stem cells: marker discovery. Stem cells international, v. 2012, p.

107836, jan. 2012.

ROURA, S.; PUJAL, J.-M.; BAYES-GENIS, A. Umbilical cord blood for

cardiovascular cell therapy: from promise to fact. Annals of the New York Academy

of Sciences, v. 1254, p. 66-70, abr. 2012.

RUBIO, D. et al. Spontaneous human adult stem cell transformation. Cancer research,

v. 65, n. 8, p. 3035-9, 15 abr. 2005.

139

RUTISHAUSER, U.; THIERY, J. P.; BRACKENBURY, R.;, SELA, B. A.;

EDELMAN, G. M. Mechanisms of adhesion among cells from neural tissues of the

chick embryo. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), v. 73, p. 577-581, 1976.

RYU, S. Y. et al. Enolase 1 and calreticulin regulate the differentiation and function of

mouse mast cells. Cellular signalling, v. 24, n. 1, p. 60-70, jan. 2012.

SAFWANI, W. K. Z. W. et al. The impact of long-term in vitro expansion on the

senescence-associated markers of human adipose-derived stem cells. Applied

biochemistry and biotechnology, v. 166, n. 8, p. 2101-13, abr. 2012.

SÁNCHEZ-PLA, A. et al. Transcriptomics: mRNA and alternative splicing. Journal of

neuroimmunology, v. 248, n. 1-2, p. 23-31, 15 jul. 2012.

SANDIE, R. et al. Recent developments in StemBase: a tool to study gene expression in

human and murine stem cells. BMC research notes, v. 2, p. 39, jan. 2009.

SAREEN, D. et al. Chromosome 7 and 19 trisomy in cultured human neural progenitor

cells. PloS one, v. 4, n. 10, p. e7630, jan. 2009.

SARUGASER, R. et al. Human umbilical cord perivascular (HUCPV) cells: a source of

mesenchymal progenitors. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 23, n. 2, p. 220-9, fev. 2005.

Sci., v. 58(7), p. 902-20, Jun 2001.

SECCO, M. et al. Gene expression profile of mesenchymal stem cells from paired

umbilical cord units: cord is different from blood. Stem cell reviews, v. 5, n. 4, p. 387-

401, dez. 2009.

SECCO, M. et al. Multipotent stem cells from umbilical cord: cord is richer than blood!

Stem cells (Dayton, Ohio), v. 26, n. 1, p. 146-50, jan. 2008.

SENSEBÉ, L. et al. Committee of the International Society for Cellular Therapy.

Limited acquisition of chromosomal aberrations in human adult mesenchymal stromal

cells. Cell Stem Cell, v.6;10(1), p. 9-10, Jan. 2012.

SERRANO, M.; BLASCO, M.A. Putting the stress on senescence. Curr. Opin. Cell

Biol. 13, p. 748–753, 2001.

140

SHAHDADFAR, A. et al. In vitro expansion of human mesenchymal stem cells:

choice of serum is a determinant of cell proliferation, differentiation, gene expression,

and transcriptome stability. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 23, n. 9, p. 1357-66, out.

2005.

SHARMA, M.; AFRIN, F.; SATIJA, N.; TRIPATHI, R.P.; GANGENAHALLI, G.U.

Stromal-derived factor-1/CXCR4 signaling: indispensable role in homing and

engraftment of hematopoietic stem cells in bone marrow. Stem Cells, V. 20(6), p. 933-

46, Dez. 2011.

SHEN, M. et al. Molecular characterization of the novel basic helix-loop-helix protein

DEC1 expressed in differentiated human embryo chondrocytes. Biochem Biophys Res

Commun, v. 236, p. 294–298, 1997.

SHI, X. H. et al. DEC1 nuclear expression: a marker of differentiation grade in

hepatocellular carcinoma. World J Gastroenterol, v. 17, p. 2037–2043, 2011.

SHI, Y. et al. Neural cell adhesion molecule modulates mesenchymal stromal cell

migration via activation of MAPK/ERK signaling. Experimental cell research, v. 318,

n. 17, p. 2257-67, 15 out. 2012.

SHI, Y. R. et al. Neural cell adhesion molecule potentiates invasion and metastasis of

melanoma cells through CAMP-dependent protein kinase and phosphatidylinositol 3-

kinase pathways. Int. J. Biochem. Cell Biol., v. 43, p. 682–690, 2011.

SHIMODA, YASUSHI; WATANABE, K. Contactins. Cell Adhesion & Migration, v.

3, n. 1, p. 64-70, 2009.

SHIOZAWA, Y. et al. GAS6 / AXL Axis Regulates Prostate Cancer Invasion ,

Proliferation , and Survival. Neoplasia, v. 12, n. 2, p. 116-127, 2010.

SI, A. I. C. et al. Expression and localization of extracellular matrix metalloproteinase

inducer in giant cell tumor of bone. Journal of cellular biochemistry, v. 89, n. 6, p.

1154-63, 15 ago. 2003.

141

SI, A. I. C. et al. Expression and localization of extracellular matrix metalloproteinase

inducer in giant cell tumor of bone. Journal of cellular biochemistry, v. 89, n. 6, p.

1154-63, 15 ago. 2003.

SIBOV, T.T. et al. Mesenchymal stem cells from umbilical cord blood: parameters for

isolation, characterization and adipogenic differentiation. Cytotechnology, v. 64(5), p.

511-21, out. 2012.

SIKORA, E. et al. Impact of cellular senescence signature on ageing research. Ageing

research reviews, v. 10, n. 1, p. 146-52, jan. 2011.

SINGER, N. G.; CAPLAN, A. I. Mesenchymal stem cells: mechanisms of

inflammation. Annual review of pathology, v. 6, p. 457-78, jan. 2011.

SINGH, S. et al. Investigation of FGFR2-IIIC signaling via FGF-2 ligand for advancing

GCT stromal cell differentiation. PloS one, v. 7, n. 10, p. e46769, jan. 2012.

SMOOT, M. E.; ONO, K.; RUSCHEINSKI, J.; WANG, P.-L.; IDEKER, T. Cytoscape

2.8: new features for data integration and network visualization. Bioinformatics,v. 27,

n. 3, p. 431-2, 1 fev. 2011.

SOLEYMANINEJADIAN, E.; PRAMANIK, K.; SAMADIAN, E. Immunomodulatory

properties of mesenchymal stem cells: cytokines and factors. American journal of

reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989), v. 67, n. 1, p. 1-8, jan. 2012.

SPEES, J.L. et al. Internalized antigens must be removed to prepare hypoimmunogenic

mesenchymal stem cells for cell and gene therapy. Mol Ther, v. 9, p.747–56, 2004.

STEPHENSON, E. et al. Safety paradigm: genetic evaluation of therapeutic grade

human embryonic stem cells. Journal of the Royal Society, Interface / the Royal

Society, v. 7 Suppl 6, p. S677-88, 6 dez. 2010.

STICH, S. et al. Gene expression profiling of human mesenchymal stem cells

chemotactically induced with CXCL12. Cell Tissue Res, v. 336(2), p. 225-36, May

2009.

142

STOLZING, A.; JONES, E.; MCGONAGLE, D.; SCUTT, A. Age-related changes in

human bone marrow-derived mesenchymal stem cells: consequences for cell therapies.

Mech Ageing Dev, v. 129(3), p.163-73, Mar. 2008.

STRIOGA, M. et al. Same or Not the Same? Comparison of Adipose Tissue-Derived

Versus Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem and Stromal Cells. Stem cells and

development, v. 00, n. 00, 9 maio. 2012.

SUBRAMANIAN, A. et al. Human umbilical cord Wharton’s jelly mesenchymal stem

cells do not transform to tumor-associated fibroblasts in the presence of breast and

ovarian cancer cells unlike bone marrow mesenchymal stem cells. Journal of cellular

biochemistry, v. 113, n. 6, p. 1886-95, jun. 2012.

SUN, H.; TANEJA, R. Stra13 expression is associated with growth arrest and represses

transcription through histone deacetylase (HDAC)-dependent and HDAC-independent

mechanisms. Proc Natl Acad Sci (USA), v. 97, p. 4058–4063, 2000.

SUN, Y. et al. Secreted phosphoprotein 1 upstream invasive network construction and

analysis of lung adenocarcinoma compared with human normal adjacent tissues by

integrative biocomputation. Cell biochemistry and biophysics, v. 56, n. 2-3, p. 59-71,

abr. 2010.

SUN, Y. et al. Secreted phosphoprotein 1 upstream invasive network construction and

analysis of lung adenocarcinoma compared with human normal adjacent tissues by

integrative biocomputation. Cell biochemistry and biophysics, v. 56, n. 2-3, p. 59-71,

abr. 2010.

TAKUBO, K. et al. Changes of telomere length with aging. Geriatrics & gerontology

international, v. 10 Suppl 1, n. Table 1, p. S197-206, jul. 2010.

TAMAMA, K. et al. Epidermal growth factor as a candidate for ex vivo expansion of

bone marrow-derived mesenchymal stem cells. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 24, n. 3,

p. 686-95, mar. 2006.

TARTE, K. et al. Clinical-grade production of human mesenchymal stromal cells:

occurrence of aneuploidy without transformation. Blood, v. 115, n. 8, p. 1549-53, 25

fev. 2010.

143

tissue homeostasis. Cancer Sci., Jan 30, 2013.

TOLAR, J. et al. Sarcoma derived from cultured mesenchymal stem cells. Stem cells, v.

25, n. 2, p. 371-9, fev. 2007.

TORSVIK, A. et al. Spontaneous malignant transformation of human mesenchymal

stem cells reflects cross-contamination: putting the research field on track - letter.

Cancer Res, v.70, p. 6393–6, 2010.

TOUSSAINT, O.; MEDRANO, E.E.; VON ZGLINICKI, T. Cellular and molecular

mechanisms of stress-induced premature senescence (SIPS) of human diploid

fibroblasts and melanocytes. Exp. Gerontol, v.35, p.927–945, 2000.

TRIPATHI, G. et al. IGF-independent effects of insulin-like growth factor binding

protein-5 (Igfbp5) in vitro . FASEB journal : official publication of the Federation of

American Societies for Experimental Biology, v. 23, n. 8, p. 2616-26, ago. 2009.

TSAI, M.-S. et al. Functional network analysis of the transcriptomes of mesenchymal

stem cells derived from amniotic fluid, amniotic membrane, cord blood, and bone

marrow. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 25, n. 10, p. 2511-23, out. 2007.

TURLEY, H. et al. The hypoxia-regulated transcription factor DEC1 (Stra13, SHARP-

2) and its expression in human tissues and tumours. J Pathol, v. 203, p. 808–813, 2004.

UEYAMA, H. et al. Chromosomal variability of human mesenchymal stem cells

cultured under hypoxic conditions. Journal of cellular and molecular medicine, v. 16,

n. 1, p. 72-82, jan. 2012.

UREN, A et al. Secreted frizzled-related protein-1 binds directly to Wingless and is a

biphasic modulator of Wnt signaling. The Journal of biological chemistry, v. 275, n.

6, p. 4374-82, 11 fev. 2000.

VALVERDE, P.; OBIN, M. S.; TAYLOR, A. Role of Gas6/Axl signaling in lens

epithelial cell proliferation and survival. Experimental Eye Research, v. 78, n. 1, p.

27-37, jan. 2004.

144

WAGNER ,W. Molecular and secretory profiles of human mesenchymal stromal cells

and their abilities to maintain primitive hematopoietic progenitors. Stem Cells, v.

25(10), p. 2638-47, Oct 2007.

WAGNER, M.; JANSEN-DÜRR, P. Replicative senescence of human primary cells--

molecules and mechanisms. Experimental gerontology, v. 35, n. 6-7, p. 729-32, set.

2000.

WAGNER, W. et al. Replicative senescence of mesenchymal stem cells: a continuous

and organized process. PloS one, v. 3, n. 5, p. e2213, jan. 2008.

WALENDA, T. et al. Co-Culture with Mesenchymal Stromal Cells Increases

Proliferation and Maintenance of Hematopoietic Progenitor Cells. J Cell Mol Med, v.

14, p. 337-350, fev. 2010.

WANG, H.-S. et al. Mesenchymal stem cells in the Wharton’s jelly of the human

umbilical cord. Stem cells (Dayton, Ohio), v. 22, n. 7, p. 1330-7, jan. 2004.

WANG, W. et al. Hypoxia inducible BHLHB2 is a novel and independent prognostic

marker in pancreatic ductal adenocarcinoma. Biochemical and biophysical research

communications, v. 401, n. 3, p. 422-8, 22 out. 2010.

WANG, W., et al. Hypoxia inducible BHLHB2 is a novel and independent prognostic

marker in pancreatic ductal adenocarcinoma. Biochem Biophys Res Commun, v. 401,

p. 422–428, 2010.

WANG, Y. et al. Safety of mesenchymal stem cells for clinical application. Stem cells

international, v. 2012, p. 652034, jan. 2012.

WEINHOLD, B. et al. Genetic ablation of polysialic acid causes severe

neurodevelopmental defects rescued by deletion of the neural cell adhesion molecule.

J.Biol. Chem, v. 280, p. 42971-42977, 2005.

WEISS, M. L.; TROYER, D. L. Stem cells in the umbilical cord. Stem cell reviews, v.

2, n. 2, p. 155-62, jan. 2006.

WENG, S.-L. et al. Comparative transcriptome analysis reveals a fetal origin for

mesenchymal stem cells and novel fetal surface antigens for noninvasive prenatal

145

diagnosis. Taiwanese journal of obstetrics & gynecology, v. 50, n. 4, p. 447-57, dez.

2011.

WEXLER, S. A. et al. Adult bone marrow is a rich source of human mesenchymal

‘stem’ cells but umbilical cord and mobilized adult blood are not. Br. J. Haematol,

v.121, p.368- 374, abril. 2003.

WOJDA, A. et al. Correlation between the level of cytogenetic aberrations in cultured

human lymphocytes and the age and gender of donors. J. Gerontol. A: Biol. Sci. Med.

Sci, v.61, p.763–772, 2006.

WU, Q. et al. Identification and characterization of novel microRNA candidates from

deep sequencing. Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry,

v. 415, p. 239-44, 16 jan. 2013.

WUELLING, M.; DELLING, G.; KAISER, E. Differential gene expression in stromal

cells of human giant cell tumor of bone. Virchows Archiv : an international journal

of pathology, v. 445, n. 6, p. 621-30, dez. 2004.

WÜLLING, M.; DELLING, G.; KAISER, E. The origin of the neoplastic stromal cell in

giant cell tumor of bone1 1All figures in this article may be viewed in color on the

University of Hamburg-Eppendorf web site at http://www.uke.uni-

hamburg.de/zentren/klinisch-theoretische_medzin_1/osteopathologie/patho/index.html.

Human Pathology, v. 34, n. 10, p. 983-993, out. 2003.

XU, Q. et al. Overexpression of the DEC1 protein induces senescence in vitro and is

related to better survival in esophageal squamous cell carcinoma. PloS one, v. 7, n. 7, p.

e41862, jan. 2012.

YAN, G.R.; XU, S.H.; TAN, Z.L.; YIN, X.F.; HE, Q.Y. Proteomics characterization of

gastrokine 1-induced growth inhibition of gastric cancer cells. Proteomics, v. 11(18), p.

3657-64, Sep 2011.

YAN, X. et al. Mesenchymal stem cells from primary breast cancer tissue promote

cancer proliferation and enhance mammosphere formation partially via EGF/EGFR/Akt

pathway. Breast cancer research and treatment, v. 132, n. 1, p. 153-64, fev. 2012.

146

YANG, H. H. et al. Involvement of IGF binding protein 5 in prostaglandin E(2)-

induced cellular senescence in human fibroblasts. Biogerontology, v. 12, n. 3, p. 239-

52, jun. 2011.

YANG, H. J. et al. A novel role for neural cell adhesion molecule in modulating insulin

signaling and adipocyte differentiation of mouse mesenchymal stem cells. Journal of

cell science, v. 124, n. Pt 15, p. 2552-60, 1 ago. 2011.

YANG, S. et al. Umbilical cord-derived mesenchymal stem cells: strategies, challenges,

and potential for cutaneous regeneration. Frontiers of medicine, v. 6, n. 1, p. 41-7, mar.

2012.

YANG, Y. Wnt signaling in development and disease. Cell & bioscience, v. 2, n. 1, p.

14, jan. 2012.

YOO, H. J. et al. Gene expression profile during chondrogenesis in human bone

marrow derived mesenchymal stem cells using a cDNA microarray. Journal of Korean

medical science, v. 26, n. 7, p. 851-8, jul. 2011.

YOON, I. K. et al. Exploration of replicative senescence-associated genes in human

dermal fibroblasts by cDNA microarray technology. Experimental gerontology, v. 39,

n. 9, p. 1369-78, set. 2004.

YU, H.; KIM, P. M.; SPRECHER, E.; TRIFONOV, V.; GERSTEIN, M. The

importance of bottlenecks in protein networks: correlation with gene essentiality and

expression dynamics. PLoS computational biology, v. 3, n. 4, p. e59, 20 abr 2007.

ZANOTTI, S.; CANALIS, E. Notch regulation of bone development and remodeling

and related skeletal disorders. Calcified tissue international, v. 90, n. 2, p. 69-75, fev.

2012.

ZECCHINI, S.;CAVALLARO, U. Neural cell adhesion molecule in cancer: expression

and mechanisms, Neurochem. Res., 2008.

ZHANG, S.S. et al. CD133(+)CXCR4(+) colon cancer cells exhibit metastatic potential

and predict poor prognosis of patients. BMC Med, v.7;10:85, p. 1741-7015, Aug. 2012.

147

ZHANG, Z.X. et al. Cytogenetic analysis of human bone marrow-derived mesenchymal

stem cells passaged in vitro . Cell Biol Int, v. 31(6), p.645-8, 2007.

ZHENG, Y. et al. The hypoxia-regulated transcription factor DEC1 (Stra13, SHARP-2)

and its expression in gastric cancer. OMICS, v. 13,p. 301–306, 2009.

ZHONG, M. et al. Oxytocin induces the migration of prostate cancer cells: involvement

of the Gi-coupled signaling pathway. Molecular cancer research : MCR, v. 8, n. 8, p.

1164-72, ago. 2010.

148

149

9.0. APÊNDICE

CTMH/n senescentes vs CMTH n jovens

Gene Symbol Gene Title p-value BF* Fold change

Mais expressos

KRTAP1-5 keratin associated protein 1-5 1,50E-08 11,57

ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,71E-05 11,22

WFDC1 WAP four-disulfide core domain 1 1,46E-04 10,99

PSG5 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 3,83E-08 10,55

LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,73E-10 10,35

SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 3,44E-08 9,92

FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 4,47E-13 9,19

STMN2 stathmin-like 2 7,91E-03 8,77

KRT34 keratin 34 5,46E-07 8,04

THBS1 thrombospondin 1 2,24E-08 7,33

SYNPO2 synaptopodin 2 7,32E-10 6,35

MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 5,08E-09 5,88

KCNN2 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, subfamily N, 1,32E-03 5,75

SYNPO2L synaptopodin 2-like 4,80E-05 5,70

HSD17B6 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 6 homolog (mouse) 3,17E-04 5,61

PDGFRL platelet-derived growth factor receptor-like 3,41E-11 5,59

PLCB4 phospholipase C, beta 4 3,50E-09 5,30

HAS3 hyaluronan synthase 3 2,40E-07 5,30

APÊNDICE A – Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes na comparação CTMH/n

senescentes vs CTMH/n Jovens.

150

SERPINB7 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 7 2,96E-08 5,15

OXTR oxytocin receptor 3,50E-06 5,00

KRT19 keratin 19 8,60E-06 4,91

NTN4 netrin 4 1,24E-04 4,81

LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 3,72E-07 4,67

GALNT5 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9,84E-08 4,65


KDELR3 KDEL (Lys-Asp-Glu-Leu) endoplasmic reticulum protein retention receptor 3 4,54E-11 4,58

IFIT1 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 2,83E-03 4,29

SLC1A1 solute carrier family 1 (neuronal/epithelial high affinity glutamate transporter 1,37E-08 4,28

KIAA1324L KIAA1324-like 4,10E-06 4,12


DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II 1,77E-05 4,02


ITGBL1 Integrin, beta-like 1 (with EGF-like repeat domains) 6,41E-04 3,71

IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 1,74E-06 3,68

TMEM106A transmembrane protein 106A 3,57E-06 3,62

SYNM synemin, intermediate filament protein 1,03E-07 3,43

CLIC3 chloride intracellular channel 3 1,15E-03 3,33

TUBB2A tubulin, beta 2A 1,58E-04 3,33

XYLT1 xylosyltransferase I 1,21E-03 3,32

ANGPT1 angiopoietin 1 3,09E-06 3,28

GALNT3 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 3,52E-03 3,25

LIMCH1 LIM and calponin homology domains 1 1,06E-05 3,24

151

ENDOD1 endonuclease domain containing 1 7,38E-10 3,14



ARRDC4 arrestin domain containing 4 1,06E-04 3,09

FABP4 fatty acid binding protein 4, adipocyte 7,72E-07 3,03

Menos expressos

SLC25A37 solute carrier family 25, member 37 7,71E-03 -3,03

RBP1 retinol binding protein 1, cellular 2,00E-12 -8,74

PDPN Podoplanin 2,30E-10 -8,35

RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related) 2,41E-14 -6,85

SGCG sarcoglycan, gamma (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) 5,52E-07 -6,45

PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 3,55E-08 -5,57

PNMA2 paraneoplastic antigen MA2 1,10E-05 -4,53

MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) 1,96E-03 -4,34

CADM1 cell adhesion molecule 1 1,09E-07 -4,30

HOXD10 homeobox D10 1,88E-04 -4,29

C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58 6,05E-05 -4,08

KCNT2 potassium channel, subfamily T, member 2 2,01E-03 -3,99

PLXDC2 plexin domain containing 2 9,29E-05 -3,97

ST6GALNAC3 ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide 6,86E-05 -3,91

CPNE8 copine VIII 2,24E-06 -3,89

LOC644242 hypothetical LOC644242 2,60E-03 -3,55

LOC100127983 hypothetical protein LOC100127983 2,63E-04 -3,50


TNFRSF9 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9 4,73E-03 -3,46

152

*valor de p com correção Bonferroni (ANOVA).

GPAT2 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial 2,07E-05 -3,44

SLC43A3 solute carrier family 43, member 3 1,25E-03 -3,41

PHGDH phosphoglycerate dehydrogenase 6,31E-03 -3,40

COL6A2 collagen, type VI, alpha 2 7,41E-08 -3,37

NFIB nuclear factor I/B 1,41E-06 -3,14

FRAS1 Fraser syndrome 1 3,93E-07 -3,06

PTPRD protein tyrosine phosphatase, receptor type, D 5,87E-06 -3,05

153

CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens

Gene Symbol Gene Title p-value BF* Fold change

Mais Expressos

NEFM neurofilament, medium polypeptide 7,66E-41 23,02

LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 2,21E-35 22,94

MAMDC2 MAM domain containing 2 2,98E-32 17,11

DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II 9,43E-31 15,25

KISS1 KiSS-1 metastasis-suppressor 0 11,48



THBS1 thrombospondin 1 4,76E-34 9,88

EHF ets homologous fator 7,63E-13 9,66

F3 coagulation factor III (thromboplastin, tissue factor) 0 9,53

SCN3A sodium channel, voltage-gated, type III, alpha subunit 4,71E-18 8,83

L1CAM L1 cell adhesion molecule 1,53E-40 8,75

EDN1 endothelin 1 8,04E-39 8,46

OLR1 oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1 3,63E-33 8,23

MYOCD Myocardin 2,13E-35 7,74

RGS5 regulator of G-protein signaling 5 5,86E-36 7,70

MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 1,55E-28 7,70

SYNPO2 synaptopodin 2 1,71E-28 7,70

ZPLD1 zona pellucida-like domain containing 1 1,59E-30 7,42

PLN Phospholamban 1,27E-22 7,35

NRK Nik related kinase 0 7,20

AK4 adenylate kinase 4 5,90E-39 7,00

EGF epidermal growth fator 4,39E-28 6,96

APÊNDICE B - Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes na comparação CTMH/inv senescentes vs

CTMH/inv jovens.

154

NPPB natriuretic peptide B 1,90E-25 6,82

CHRM3 cholinergic receptor, muscarinic 3 4,70E-34 6,75

KRTAP1-5 keratin associated protein 1-5 6,81E-21 6,68

DNAJC6 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 6 2,64E-34 6,65

BEX1 brain expressed, X-linked 1 5,90E-39 6,58

FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 9,41E-28 6,28

SCD5 stearoyl-CoA desaturase 5 3,67E-38 6,08

NRG1 neuregulin 1 4,32E-17 5,70

GPRC5A G protein-coupled receptor, family C, group 5, member A 4,81E-38 5,32

NTN4 netrin 4 4,13E-19 5,29

SGIP1 SH3-domain GRB2-like (endophilin) interacting protein 1 1,21E-17 5,15

CCDC81 coiled-coil domain containing 81 6,26E-22 4,94

KCTD4 potassium channel tetramerisation domain containing 4 3,12E-29 4,90

RGS4 regulator of G-protein signaling 4 4,11E-22 4,86

C15orf54 chromosome 15 open reading frame 54 6,76E-35 4,86

PLAT plasminogen activator, tissue 1,30E-27 4,85

EREG Epiregulin 7,44E-19 4,84

FHL1 four and a half LIM domains 1 8,06E-18 4,84

GRP gastrin-releasing peptide 1,10E-19 4,76

TMEM171 transmembrane protein 171 2,10E-21 4,74

LMOD1 leiomodin 1 (smooth muscle) 6,26E-22 4,69

TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 4,55E-25 4,69

DLG1 Discs, large homolog 1 (Drosophila) 2,83E-13 4,68

SH3RF2 SH3 domain containing ring finger 2 1,00E-27 4,62

HIST1H2BC histone cluster 1, H2bc 2,07E-22 4,62

NOG Noggin 1,29E-09 4,59

CDH8 cadherin 8, type 2 1,93E-26 4,53

RGMB RGM domain family, member B 6,04E-21 4,50

155

SERPIND1 serpin peptidase inhibitor, clade D (heparin cofactor), member 1 2,01E-09 4,50

ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 6,78E-10 4,46

HBEGF heparin-binding EGF-like growth factor 2,36E-25 4,45

TRPC4 transient receptor potential cation channel, subfamily C, member 4

5,17E-21 4,41

HHIP hedgehog interacting protein 5,11E-27 4,38

NEFL neurofilament, light polypeptide 1,21E-18 4,37

PRICKLE1 prickle homolog 1 (Drosophila) 9,30E-28 4,32

CXADR coxsackie virus and adenovirus receptor 1,68E-29 4,30

OXTR oxytocin receptor 6,67E-13 4,29

TXNIP thioredoxin interacting protein 5,99E-16 4,27

SERPINE1 serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type

2,36E-10 4,25

KCTD20 potassium channel tetramerisation domain containing 20 4,77E-37 4,21

ATP2B4 ATPase, Ca++ transporting, plasma membrane 4 4,40E-35 4,17

SFRP1 secreted frizzled-related protein 1 1,44E-25 4,16

EPPK1 epiplakin 1 3,23E-23 4,11

WNT16 wingless-type MMTV integration site family, member 16 5,04E-23 4,10

KRT19 keratin 19 3,92E-24 4,04

CACNA1A calcium channel, voltage-dependent, P/Q type, alpha 1A subunit 8,06E-33 3,94

PLCB4 phospholipase C, beta 4 7,57E-18 3,91

CNTNAP3 contactin associated protein-like 3 1,75E-26 3,83

SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 1,11E-11 3,82

AGTR1 angiotensin II receptor, type 1 1,26E-24 3,80

CD274 CD274 molecule 7,42E-14 3,77

CALD1 caldesmon 1 6,60E-15 3,75

HAS3 hyaluronan synthase 3 3,05E-12 3,74

TIMP3 TIMP metallopeptidase inhibitor 3 5,81E-30 3,68

156

KRT34 keratin 34 7,17E-10 3,66

TSPAN2 tetraspanin 2 1,77E-14 3,65

ARHGAP29 Rho GTPase activating protein 29 9,67E-25 3,57

PDCD1LG2 programmed cell death 1 ligand 2 1,12E-22 3,54

SLC7A2 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 2

4,76E-13 3,51

OBFC2A oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold containing 2A 8,50E-20 3,51

SHROOM3 shroom family member 3 2,98E-25 3,49

LOC401093 hypothetical LOC401093 1,36E-18 3,49

NRXN3 neurexin 3 1,91E-21 3,48

ARSJ arylsulfatase family, member J 6,49E-31 3,48

ATP8A1 ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1

2,65E-28 3,40

CCND2 cyclin D2 1,61E-22 3,38

DAB2 disabled homolog 2, mitogen-responsive phosphoprotein (Drosophila)

9,94E-11 3,37

SUSD2 sushi domain containing 2 3,50E-22 3,36

HIST1H2BG histone cluster 1, H2bg 4,29E-18 3,30

CDH10 cadherin 10, type 2 (T2-cadherin) 9,30E-23 3,26

HIST1H2BD histone cluster 1, H2bd 9,50E-23 3,25

CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator 8,59E-33 3,24

SPOCD1 SPOC domain containing 1 7,28E-24 3,23

DUSP5 dual specificity phosphatase 5 4,16E-16 3,22

FGF1 fibroblast growth factor 1 (acidic) 5,90E-19 3,20

ARID5B AT rich interactive domain 5B (MRF1-like) 1,98E-14 3,20

WNT5B wingless-type MMTV integration site family, member 5B 2,63E-28 3,18

ACTB actin, beta 1,99E-07 3,17

157

GALNT5 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

2,10E-14 3,16

SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (monocarboxylic acid transporter 4)

1,10E-12 3,16

SOCS2 suppressor of cytokine signaling 2 6,40E-16 3,16

HIST2H2AA3 /// HIST2H2AA4 histone cluster 2, H2aa3 /// histone cluster 2, H2aa4 8,80E-19 3,16

JAM2 junctional adhesion molecule 2 2,12E-17 3,15

COL8A1 collagen, type VIII, alpha 1 2,69E-10 3,15

STYK1 serine/threonine/tyrosine kinase 1 2,50E-13 3,15

JPH2 junctophilin 2 3,12E-18 3,15

TNFRSF10D tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10d, decoy with truncated dea

2,38E-04 3,15

SLC2A1 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 1 2,22E-28 3,13

ENO1 enolase 1, (alpha) 6,83E-07 3,13

CDCP1 CUB domain containing protein 1 1,34E-12 3,12

NEAT1 nuclear paraspeckle assembly transcript 1 (non-protein coding) 9,25E-13 3,10

PHKA1 phosphorylase kinase, alpha 1 (muscle) 5,29E-21 3,09

FMN2 formin 2 6,37E-21 3,04

PICALM phosphatidylinositol binding clathrin assembly protein 2,43E-10 3,03

NEDD4L neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like

3,29E-27 3,01

GPR155 G protein-coupled receptor 155 4,13E-14 3,01

Menos expressos

SGCG sarcoglycan, gamma (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) 8,66E-39 -20,14

PTGIS prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase 3,06E-40 19,49

DOK5 docking protein 5 0 -17,62

RBP1 retinol binding protein 1, cellular 7,47E-38 -15,17

TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 2,50E-30 -14,13

158

SLC22A3 solute carrier family 22 (extraneuronal monoamine transporter), member 3

7,68E-26 -13,02

E2F7 E2F transcription factor 7 2,06E-28 -12,42

KLF4 Kruppel-like factor 4 (gut) 3,27E-20 -12,35

LAMP3 lysosomal-associated membrane protein 3 1,13E-12 -12,28

NUPR1 nuclear protein, transcriptional regulator, 1 1,33E-20 -11,54


HGF hepatocyte growth factor (hepapoietin A; scatter factor) 2,76E-33 -10,56

EFEMP1 EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 1,05E-21 -10,15

RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related)

3,10E-27 -9,20

GXYLT2 glucoside xylosyltransferase 2 2,28E-32 -8,79

RUNX2 runt-related transcription factor 2 1,29E-33 -8,39

P4HA3 prolyl 4-hydroxylase, alpha polypeptide III 3,75E-35 -8,18


SLITRK4 SLIT and NTRK-like family, member 4 2,26E-24 -7,53

FAM129A family with sequence similarity 129, member A 2,23E-15 -7,46

HTR2A 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2A 2,38E-35 -7,10

SCRG1 stimulator of chondrogenesis 1 1,19E-18 -7,08

DDIT4 DNA-damage-inducible transcript 4 8,96E-05 -6,93

TDO2 tryptophan 2,3-dioxygenase 1,73E-26 -6,93

FBXO32 F-box protein 32 6,82E-17 -6,75

PTPRG protein tyrosine phosphatase, receptor type, G 1,69E-33 -6,54

GPC6 glypican 6 2,96E-30 -6,39

ASNS asparagine synthetase (glutamine-hydrolyzing) 2,99E-08 -6,38

G0S2 G0/G1switch 2 3,45E-19 -6,37

DCLK1 doublecortin-like kinase 1 3,47E-22 -6,30

SULT1E1 sulfotransferase family 1E, estrogen-preferring, member 1 1,55E-33 -5,81

159

C1R complement component 1, r subcomponent 1,28E-24 -5,71

INHBE inhibin, beta E 1,19E-06 -5,64


BEX2 brain expressed X-linked 2 4,59E-10 -5,48

HMOX1 heme oxygenase (decycling) 1 7,45E-16 -5,37

MN1 meningioma (disrupted in balanced translocation) 1 2,44E-31 -5,33


PHGDH phosphoglycerate dehydrogenase 1,52E-17 -5,30

NDN necdin homolog (mouse) 1,76E-39 -5,27

CTH cystathionase (cystathionine gamma-lyase) 4,95E-10 -5,11

HSPBAP1 HSPB (heat shock 27kDa) associated protein 1 4,68E-17 -5,06

AFF3 AF4/FMR2 family, member 3 1,38E-22 -5,00

ABCA8 ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 8 2,04E-29 -4,94

MOCOS molybdenum cofactor sulfurase 2,04E-16 -4,91

GDF15 growth differentiation factor 15 4,78E-06 -4,84

VDR vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor 2,03E-23 -4,84

CARD16 caspase recruitment domain family, member 16 2,04E-29 -4,76

EBF1 early B-cell factor 1 4,70E-27 -4,76

GALNT12 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

2,29E-26 -4,73

SLC14A1 solute carrier family 14 (urea transporter), member 1 (Kidd blood group)

3,24E-26 -4,65

GAS2L3 Growth arrest-specific 2 like 3 1,04E-23 -4,61

ANGPTL1 angiopoietin-like 1 2,51E-12 -4,50

ST3GAL6 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 6 1,41E-19 -4,42

TRIB3 tribbles homolog 3 (Drosophila) 1,48E-05 -4,40

UNC5B unc-5 homolog B (C. elegans) 6,97E-20 -4,34

ALDH1L2 aldehyde dehydrogenase 1 family, member L2 3,90E-16 -4,32

160

ANK2 ankyrin 2, neuronal 2,34E-09 -4,30

DNAJC12 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12 4,80E-26 -4,30

GPAT2 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial 3,23E-25 -4,23


TSLP thymic stromal lymphopoietin 7,76E-16 -4,21

GEM GTP binding protein overexpressed in skeletal muscle 2,47E-22 -4,20

DIRAS3 DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3 5,56E-13 -4,19

MXRA5 matrix-remodelling associated 5 1,99E-11 -4,12

ST6GAL2 ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 2 6,78E-22 -4,09

FRMD5 FERM domain containing 5 4,27E-19 -4,04

BACE2 beta-site APP-cleaving enzyme 2 9,51E-32 -4,04

TNFRSF9 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9 1,57E-18 -4,03

COL15A1 collagen, type XV, alpha 1 3,91E-28 -4,02

KRT7 keratin 7 1,92E-26 -4,01

CREG1 cellular repressor of E1A-stimulated genes 1 5,75E-24 -4,01

CCDC8 coiled-coil domain containing 8 1,35E-32 -3,99

PCK2 phosphoenolpyruvate carboxykinase 2 (mitochondrial) 6,98E-07 -3,98


SLC12A8 solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 8

2,64E-19 -3,91

PDZRN3 PDZ domain containing ring finger 3 1,08E-14 -3,89

SULF2 sulfatase 2 2,03E-25 -3,88

KAL1 Kallmann syndrome 1 sequence 2,16E-17 -3,87

PDE4DIP phosphodiesterase 4D interacting protein 2,89E-28 -3,85

PTER phosphotriesterase related 3,86E-20 -3,84

ENPP1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 3,62E-26 -3,84

RAB27B RAB27B, member RAS oncogene family 3,70E-15 -3,82

ARL4C ADP-ribosylation factor-like 4C 4,25E-11 -3,80

161

BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 6,78E-15 -3,77

CPEB1 cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 2,75E-14 -3,77

PLXDC2 plexin domain containing 2 7,51E-25 -3,73

CHI3L1 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) 7,97E-03 -3,70

EPDR1 ependymin related protein 1 (zebrafish) 5,95E-27 -3,69

CASP1 caspase 1, apoptosis-related cysteine peptidase (interleukin 1, beta, convertase

2,31E-23 -3,67

ETV1 ets variant 1 4,73E-27 -3,66

HEPH Hephaestin 6,99E-29 -3,65

CYP1B1 cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1 3,63E-10 -3,62

FAM84B family with sequence similarity 84, member B 2,40E-10 -3,60

F2RL1 coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1 2,55E-09 -3,59

GOLM1 golgi membrane protein 1 0 -3,59

CRISPLD1 cysteine-rich secretory protein LCCL domain containing 1 5,46E-21 -3,58

SNCAIP synuclein, alpha interacting protein 9,30E-26 -3,57

DOCK11 dedicator of cytokinesis 11 9,18E-33 -3,56

PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 5,28E-19 -3,55

GAS1 growth arrest-specific 1 1,39E-14 -3,51

IL33 interleukin 33 1,18E-05 -3,49

ST6GAL1 ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 1 9,24E-14 -3,49

PSAT1 phosphoserine aminotransferase 1 4,48E-04 -3,48

OR51E2 olfactory receptor, family 51, subfamily E, member 2 3,02E-27 -3,47

CXCL12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 4,69E-14 -3,47

FST Follistatin 9,70E-29 -3,47


LAMA1 laminin, alpha 1 7,99E-14 -3,43


C1S complement component 1, s subcomponent 6,45E-15 -3,39

162

AKNA AT-hook transcription factor 1,21E-21 -3,36

PID1 phosphotyrosine interaction domain containing 1 6,66E-29 -3,35

WARS tryptophanyl-tRNA synthetase 4,09E-15 -3,33

MMP2 matrix metallopeptidase 2 (gelatinase A, 72kDa gelatinase, 72kDa type IV collage

7,65E-21 -3,33

ZNF521 zinc finger protein 521 3,87E-21 -3,33

RPS6KA2 ribosomal protein S6 kinase, 90kDa, polypeptide 2 3,73E-26 -3,33


PBX1 pre-B-cell leukemia homeobox 1 7,21E-20 -3,29

SH3KBP1 SH3-domain kinase binding protein 1 1,49E-35 -3,29

PTPRE protein tyrosine phosphatase, receptor type, E 1,19E-16 -3,29


USP54 ubiquitin specific peptidase 54 1,03E-21 -3,28

ANXA10 annexin A10 8,41E-19 -3,27

NRP1 neuropilin 1 4,35E-30 -3,27

COL6A3 collagen, type VI, alpha 3 1,79E-26 -3,26

NMI N-myc (and STAT) interactor 1,05E-25 -3,24

CDKN1C cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) 2,78E-16 -3,22

MMP16 matrix metallopeptidase 16 (membrane-inserted) 1,65E-24 -3,21

ARHGEF6 Rac/Cdc42 guanine nucleotide exchange factor (GEF) 6 3,12E-22 -3,21


KLHL24 kelch-like 24 (Drosophila) 8,40E-07 -3,20

LONRF1 LON peptidase N-terminal domain and ring finger 1 4,75E-15 -3,19


MCTP1 multiple C2 domains, transmembrane 1 8,00E-08 -3,18

ATP2B1 ATPase, Ca++ transporting, plasma membrane 1 2,92E-18 -3,17

GPNMB glycoprotein (transmembrane) nmb 5,88E-07 -3,17

SESN2 sestrin 2 1,12E-04 -3,15

163

*valor de p com correção Bonferroni (ANOVA).

ADAM12 ADAM metallopeptidase domain 12 1,22E-16 -3,15

RHOU ras homolog gene family, member U 2,01E-21 -3,13

PTPRD protein tyrosine phosphatase, receptor type, D 3,28E-22 -3,12

IRAK1 interleukin-1 receptor-associated kinase 1 1,32E-32 -3,12

ST8SIA4 ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 4 5,11E-15 -3,10

RGS17 regulator of G-protein signaling 17 2,35E-16 -3,09

PAG1 phosphoprotein associated with glycosphingolipid microdomains 1 7,32E-15 -3,06

FBLN2 fibulin 2 8,84E-28 -3,06

GUCY1B3 guanylate cyclase 1, soluble, beta 3 7,15E-20 -3,05

DDIT3 DNA-damage-inducible transcript 3 4,42E-05 -3,05


MFAP3L microfibrillar-associated protein 3-like 1,58E-18 -3,04

FAM38B family with sequence similarity 38, member B 5,84E-07 -3,04

ST6GALNAC3 ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide

2,83E-11 -3,04

LTBP2 latent transforming growth factor beta binding protein 2 9,66E-24 -3,03


EIF4EBP1 eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 1 4,51E-13 -3,02

HMGB3 high-mobility group box 3 1,49E-28 -3,01

CBLB Cas-Br-M (murine) ecotropic retroviral transforming sequence b 7,55E-15 -3,01

STMN2 stathmin-like 2 3,26E-07 -3,00

PABPC4L poly(A) binding protein, cytoplasmic 4-like 9,22E-14 -3,00

LRRC49 leucine rich repeat containing 49 2,20E-20 -3,00

164

CTMH/n senescentes vc CTMH/n jovens

Função celular e molecular Nº de Moléculas*

Cell Growth and proliferation cell 12

Cell Death 11

Small molecule Biochemistry 10

Cellular Movement 10

Cellular Development 10

Cell to cell signaling and interation 9

Cell morphology 8

Embrionic development 8

Cell cycle 7

Carbohydrate Metabolism 6

Molecular Transport 6

Cellular Assembly and Organization 4

Conective Tissue Development and Function 4

Lipid Metabolism 4

Protein Syntesis 4

APÊNDICE C - Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em

CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens

* Estão representadas as categorias com valor de p ˂0.05 e com uma representação biológica ≥

5% de moléculas.

165

APÊNDICE D - Tabela de Anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor valor de p dos genes diferencialmente expressos em

CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n Jovens.

CTMH/n senescentes vs CTMH/n Jovens

Anotação funcional Moléculas Nº de moléculas valor de p

Pequenas moléculas bioquímicas (10 moléculas)

Synthesis of glycosaminoglycan ANGPT1,GALNT5,HAS3,XYLT1 4 1,69E-05

Accumulation of cyclic gmp THBS1 1 4,61E-03

Binding of heparan sulfate proteoglycan THBS1 1 4,61E-03

Formation of retinyl ester RBP1 1 4,61E-03

Production of l-triiodothyronine DIO2 1 4,61E-03

Storage of retinyl ester RBP1 1 4,61E-03

Synthesis of heparina ANGPT1 1 4,61E-03

Aggregation of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03

Catabolism of androgen HSD17B6 1 9,19E-03

Metabolism of thyroid hormone DIO2 1 9,19E-03

Retention of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03

Uptake of myristic acid THBS1 1 9,19E-03

Accumulation of cholesterol FABP4 1 1,38E-02

Import of l-glutamic acid SLC1A1 1 1,38E-02

Quantity of chondroitin sulfate XYLT1 1 1,38E-02

Modification of hyaluronic acid THBS1 1 1,83E-02

Metabolism of hormone DIO2,HSD17B6 2 2,22E-02

Accumulation of triacylglycerol FABP4 1 2,28E-02

Oxidation of dihydrotestosterone HSD17B6 1 2,73E-02

Uptake of l-glutamic acid SLC1A1 1 2,73E-02

166

Binding of heparina THBS1 1 3,63E-02

Synthesis of hyaluronic acid HAS3 1 4,07E-02

Metabolism of vitamin a RBP1 1 4,51E-02

Secretion of 5-hydroxytryptamine THBS1 1 4,51E-02

Synthesis of chondroitin sulfate XYLT1 1 4,95E-02

Metabolismo de carboidrato (6 moléculas)

Synthesis of glycosaminoglycan ANGPT1,GALNT5,HAS3,XYLT1 4 1,69E-05

Synthesis of polysaccharide ANGPT1,GALNT5,HAS3,IGFBP3,XYLT1 5 1,79E-05

Binding of heparan sulfate proteoglycan THBS1 1 4,61E-03

Synthesis of heparina ANGPT1 1 4,61E-03

Aggregation of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03

Retention of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03

Quantity of chondroitin sulfate XYLT1 1 1,38E-02

Modification of hyaluronic acid THBS1 1 1,83E-02

Binding of heparina THBS1 1 3,63E-02

Synthesis of hyaluronic acid HAS3 1 4,07E-02

Synthesis of chondroitin sulfate XYLT1 1 4,95E-02 Movimento celular (10 moléculas)

Mobility of carcinoma cell lines CADM1,SCUBE3 2 6,23E-05

Mobility of lung cancer cell lines CADM1,SCUBE3 2 6,23E-05

Cell movement of endothelial cell lines HOXD10,NTN4,THBS1 3 2,51E-03

Cell flattening of t lymphocytes THBS1 1 4,61E-03

Invasion of mammary cells MMP1 (includes EG:300339) 1 4,61E-03

Mobility of adenocarcinoma cell lines SCUBE3 1 4,61E-03

Mobilization of endothelial progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03

Recruitment of endothelial progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03

Recruitment of hematopoietic progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03

Migration of endothelial cells ANGPT1,HAS3,IGFBP3,THBS1 4 7,87E-03

Cell movement of skin cell lines NTN4,THBS1 2 8,35E-03

Chemotaxis of microvascular endothelial cells THBS1 1 1,38E-02

Migration of endothelial progenitor cells IGFBP3 1 1,38E-02

Migration of endothelial cell lines HOXD10, NTN4 2 1,67E-02

167

Migration of smooth muscle cells IGFBP5,THBS1 2 1,74E-02

Mobilization of hematopoietic progenitor cells ANGPT1 1 2,28E-02

Chemotaxis of smooth muscle cells THBS1 1 3,18E-02

Invasion of adenocarcinoma cell lines SCUBE3 1 3,18E-02

Chemotaxis of skin cell lines THBS1 1 3,63E-02

Sinalização e Interação célula-célula (9 moléculas)

Binding of breast cancer cell lines IGFBP3,OXTR,THBS1 3 1,16E-04 Activation of tumor cell lines CADM1,MMP1 (includes EG:300339),THBS1 3 2,51E-03

Binding of tumor cell lines HAS3,IGFBP3,OXTR,THBS1 4 4,31E-03

Stimulation of tumor cell lines IGFBP3,THBS1 2 4,54E-03

Adhesion of streptococcus pyogenes THBS1 1 4,61E-03

Adhesion of squamous cell carcinoma cell lines THBS1 1 4,61E-03

Association of fibroblastos IGFBP3 1 4,61E-03

Recruitment of endothelial progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03

Recruitment of hematopoietic progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03

Stimulation of prostate cancer cell lines IGFBP3 1 4,61E-03

Synaptogenesis of retinal ganglion cells THBS1 1 4,61E-03

Adhesion of endothelial cell lines NTN4,THBS1 2 4,96E-03

Activation of breast cancer cell lines MMP1 (includes EG:300339) 1 9,19E-03

Activation of lung cancer cell lines CADM1 1 9,19E-03

Binding of mammary tumor cells IGFBP5 1 9,19E-03

Stimulation of skin cancer cell lines THBS1 1 9,19E-03

Activation of carcinoma cell lines CADM1 1 1,38E-02

Phagocytosis of fibroblastos THBS1 1 1,38E-02

Binding of cells HAS3,IGFBP3,IGFBP5,OXTR,THBS1 5 1,49E-02

Activation of skin cancer cell lines THBS1 1 1,83E-02

Adhesion of melanoma cells THBS1 1 1,83E-02

Aggregation of kidney cell lines CADM1 1 1,83E-02 Activation of peripheral blood leukocytes CADM1 1 1,18E-02

dhesion of bone marrow cell lines THBS1 1 3,18E-02

Adhesion of skin cell lines NTN4 1 3,63E-02

Disassembly of focal adhesions THBS1 1 4,07E-02

Adhesion of microvascular endothelial cells THBS1 1 4,51E-02

168

Binding of fibroblastos IGFBP3 1 4,51E-02

Secretion of 5-hydroxytryptamine THBS1 1 4,51E-02

Ciclo celular (7 moléculas)

Mitogenesis of tumor cell lines IGFBP3,IGFBP5,THBS1 3 5,94E-04

S phase of endothelial cells ANGPT1 1 4,61E-03

Endomitosis of monocytes TNFRSF9 1 4,61E-03

Mitogenesis of skin cancer cell lines THBS1 1 9,19E-03

Mitogenesis of cervical cancer cell lines IGFBP5 1 1,83E-02

Mitogenesis of prostate cancer cell lines IGFBP3 1 2,73E-02

Cell cycle progression of tumor cell lines IGFBP3,KRT19 (human),RUNX1T1 3 4,73E-02

Arrest in g2/m phase of breast cancer cell lines IGFBP5 1 4,95E-02

169

GO-ID valor de p valor de p* x N X N Processo biológico1 Genes da rede de interações CTMH/n senescentes vs jovens

51704 2,55E-04 2,06E-02 8 784 32 14304 multi-organism process PSG9|KRT19|DIO2|PSG6|PSG5|PSG3|OXTR|MMP1

32879 9,39E-04 4,25E-02 7 727 32 14304 regulation of localization CADM1|PDPN|OXTR|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5

7565 6,69E-06 5,75E-03 5 121 32 14304 female pregnancy PSG9|PSG6|PSG5|PSG3|OXTR

30334 1,08E-04 1,73E-02 5 216 32 14304 regulation of cell migration PDPN|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5

48545 1,31E-04 1,73E-02 5 225 32 14304 response to steroid hormone stimulus

KRT19|FABP4|OXTR|ANGPT1|THBS1

51270 1,74E-04 1,73E-02 5 239 32 14304 regulation of cellular component movement

PDPN|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5

40012 1,81E-04 1,73E-02 5 241 32 14304 regulation of locomotion PDPN|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5

70482 4,05E-04 2,49E-02 4 158 32 14304 response to oxygen levels PDPN|OXTR|ANGPT1|THBS1

30336 4,42E-04 2,53E-02 3 67 32 14304 negative regulation of cell migration

THBS1|IGFBP3|IGFBP5

40013 5,46E-04 2,76E-02 3 72 32 14304 negative regulation of locomotion

THBS1|IGFBP3|IGFBP5

51271 5,46E-04 2,76E-02 3 72 32 14304 negative regulation of cellular component movement

THBS1|IGFBP3|IGFBP5

APÊNDICE E - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens.

170

6590 7,23E-05 1,73E-02 2 6 32 14304 thyroid hormone generation DIO2|FOXE1

14912 1,01E-04 1,73E-02 2 7 32 14304 negative regulation of smooth muscle cell migration

IGFBP3|IGFBP5

42403 1,73E-04 1,73E-02 2 9 32 14304 thyroid hormone metabolic process

DIO2|FOXE1

42447 1,73E-04 1,73E-02 2 9 32 14304 hormone catabolic process DIO2|HSD17B6

2040 2,63E-04 2,06E-02 2 11 32 14304 sprouting angiogenesis ANGPT1|THBS1

43536 3,72E-04 2,46E-02 2 13 32 14304 positive regulation of blood vessel endothelial cell migration

ANGPT1|THBS1

48662 3,72E-04 2,46E-02 2 13 32 14304 negative regulation of smooth muscle cell proliferation

IGFBP3|IGFBP5

14910 8,98E-04 4,25E-02 2 20 32 14304 regulation of smooth muscle cell migration

IGFBP3|IGFBP5

43535 1,09E-03 4,68E-02 2 22 32 14304 regulation of blood vessel endothelial cell migration

ANGPT1|THBS1

*valor de p corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X =

total do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um

total N; N= total de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology).

Estão listados somente os 20 processos que apresentaram valor de p ˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.

171

GO-ID p-value corr p-value* x n X N Processo biológico1 Genes da rede de interações CTMH/n senescentes vs jovens no contexto genômico

65007 7,20E-04 7,20E-03 62 6941 95 14301 biological regulation

ELF2|CADM1|MMP9|ANKRD1|PRKG1|HOXD10|CD47|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|ANGPT1|MX1|STMN2|PDPN|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGFALS|PLAUR|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|SERPINB2|WFDC1|TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|RBP1|OXT|RSAD2|OXTR|TIMP1|IGF1R|CD9|INS|TEK|HSD17B6|HRG|THBS1|RUNX1|ARL6IP5|FN1|NTN4|LMCD1|IGF1|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|DIO2|FOXE1|FABP4|IRF3|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2|NFIB

50789 4,82E-04 5,57E-03 60 6552 95 14301 regulation of biological process

ELF2|CADM1|MMP9|ANKRD1|PRKG1|HOXD10|CD47|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|ANGPT1|MX1|STMN2|PDPN|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGFALS|PLAUR|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|SERPINB2|WFDC1|TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|RBP1|OXT|RSAD2|OXTR|TIMP1|IGF1R|INS|TEK|HRG|RUNX1|THBS1|ARL6IP5|FN1|NTN4|LMCD1|IGF1|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|DIO2|FOXE1|FABP4|IRF3|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2|NFIB

APÊNDICE F - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto genômico formada pela lista dos genes

diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às mesmas jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.

172

50794 8,65E-04 8,18E-03 57 6223 95 14301 regulation of cellular process

ELF2|CADM1|MMP9|ANKRD1|PRKG1|HOXD10|CD47|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|ANGPT1|MX1|STMN2|PDPN|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGFALS|PLAUR|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|SERPINB2|WFDC1|TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|RBP1|OXT|OXTR|TIMP1|IGF1R|INS|TEK|HRG|RUNX1|THBS1|FN1|LMCD1|IGF1|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|DIO2|FOXE1|FABP4|IRF3|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2|NFIB

50896 1,05E-06 7,82E-05 46 3632 95 14301 response to stimulus

TNF|CCL2|CADM1|OXT|OXTR|RSAD2|OAS1|ANKRD1|HOXD10|CD9|IGF1R|FOS|ISG15|HSF1|INS|XYLT1|HSF2|COL6A2|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|FN1|BSG|PDPN|TP53|NTN4|IGF1|PSG3|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|PLAUR|PSG9|KRT19|CD36|DIO2|JUN|SERPINB2|WFDC1|FABP4|IRF3|LIPE|PLAU|IL2

32501 1,77E-03 1,34E-02 43 4375 95 14301 multicellular organismal process

TNF|CCL2|CADM1|TUBB2A|OXT|MMP9|OXTR|MMP1|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|SLC1A1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|TP53|NTN4|IGF1|IGF2|SSPN|PLG|ITPR1|PLAUR|KRT19|CD36|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|FABP4|PLAU|IGFBP5|IL2

23052 7,45E-06 2,83E-04 40 3130 95 14301 Signaling TRAF1|TRAF2|TNF|CCL2|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|CD9|IGF1R|CD47|FOS|ISG15|INS|TEK|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|SLC1A1|PTPRD|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|FGF23|IGFALS|IGF2|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5|IL2

173

32502 1,71E-05 4,85E-04 40 3235 95 14301 developmental process

CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|OXT|MMP9|OXTR|NEO1|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLG|ITPR1|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|FABP4|PLAU|IGFBP5|IL2

48518 2,17E-08 5,76E-06 37 2207 95 14301 positive regulation of biological process

TRAF1|TRAF2|TNF|CCL2|CADM1|OXT|MMP9|OXTR|HOXD10|TIMP1|IGF1R|CD47|FOS|HSF1|INS|TEK|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|RUNX1|PDPN|STMN2|LMCD1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLG|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|FOXE1|FABP4|IGFBP3|IL2

48856 2,63E-06 1,41E-04 37 2656 95 14301 anatomical structure development

CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|MMP9|OXT|OXTR|NEO1|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|IGF2|PLG|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2

7275 3,78E-05 8,46E-04 37 2972 95 14301 multicellular organismal development

CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|MMP9|OXT|OXTR|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|IGF2|PLG|ITPR1|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2

48522 5,93E-09 2,51E-06 36 2004 95 14301 positive regulation of cellular process

TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|CADM1|OXT|MMP9|OXTR|HOXD10|TIMP1|IGF1R|CD47|FOS|INS|TEK|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|RUNX1|PDPN|STMN2|LMCD1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLG|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|FOXE1|FABP4|IGFBP3|IL2

174

48731 8,10E-07 6,28E-05 36 2422 95 14301 system development CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|MMP9|OXT|OXTR|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|IGF2|PLG|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2

60255 4,94E-03 2,67E-02 34 3377 95 14301 regulation of macromolecule metabolic process

TRAF1|TRAF2|ELF2|TNF|RBP1|ANKRD1|HOXD10|TIMP1|FOS|IGF1R|HSF1|INS|HSF2|ANGPT1|HRG|THBS1|RUNX1|LMCD1|RUNX1T1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLAUR|DIO2|JUN|CD81|FOXE1|IRF3|IGFBP3|NCOR1|IGFBP5|IL2|NFIB

80090 1,12E-02 4,52E-02 34 3554 95 14301 regulation of primary metabolic process

TRAF1|TRAF2|ELF2|TNF|RBP1|ANKRD1|HOXD10|TIMP1|FOS|IGF1R|HSF1|INS|HSF2|ANGPT1|HRG|THBS1|RUNX1|LMCD1|RUNX1T1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLAUR|DIO2|JUN|CD81|FOXE1|IRF3|IGFBP3|NCOR1|IGFBP5|IL2|NFIB

6950 1,98E-07 2,26E-05 31 1772 95 14301 response to stress

CCL2|TNF|OXT|RSAD2|OXTR|ANKRD1|CD9|FOS|HSF1|INS|XYLT1|HSF2|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|FN1|PDPN|NTN4|TP53|IGF1|PSG3|PLG|ITPR1|PLAUR|PSG9|CD36|DIO2|JUN|SERPINB2|PLAU

48519 1,04E-05 3,38E-04 30 2019 95 14301 negative regulation of biological process

CCL2|TNF|RBP1|OXT|TIMP1|IGF1R|HSF1|INS|XYLT1|ANGPT1|HRG|RUNX1|THBS1|ARL6IP5|STMN2|LMCD1|TP53|FGF23|IGF1|PLG|TNFRSF9|JUN|FOXE1|SERPINB2|WFDC1|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2

23060 3,77E-05 8,46E-04 30 2156 95 14301 signal transmission

TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|FOS|IGF1R|CD9|INS|TEK|ANGPT1|MX1|THBS1|SLC1A1|PDPN|TP53|IGF1|IGFALS|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5

175

23046 3,77E-05 8,46E-04 30 2156 95 14301 signaling process

TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|FOS|IGF1R|CD9|INS|TEK|ANGPT1|MX1|THBS1|SLC1A1|PDPN|TP53|IGF1|IGFALS|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5

48513 2,86E-06 1,48E-04 29 1792 95 14301 organ development CCL2|TNF|CADM1|MMP9|OXT|OXTR|HOXD10|TIMP1|IGF1R|HSF1|ANGPT1|HRG|RUNX1|THBS1|FN1|BSG|PDPN|TP53|IGF1|PLG|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2

10556 1,03E-02 4,24E-02 29 2877 95 14301 regulation of macromolecule biosynthetic process

TRAF1|TRAF2|ELF2|TNF|RBP1|ANKRD1|HOXD10|FOS|IGF1R|HSF1|INS|HSF2|HRG|RUNX1|THBS1|LMCD1|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGF1|IGF2|DIO2|JUN|FOXE1|IRF3|NCOR1|IGFBP5|IL2|NFIB

7165 2,14E-05 5,60E-04 28 1877 95 14301 signal transduction TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|FOS|IGF1R|INS|TEK|ANGPT1|MX1|THBS1|PDPN|TP53|IGFALS|IGF1|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5

*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total

do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um total

N; N= total de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology).

Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor ˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.

176

CTMH/inv senescentes vs Jovens

Função celular e molecular Molecules



Cell Death 75



Cell cycle 38




Cell morphology 29

Cellular Function and Maintenance 27

Cell signaling 24



Protein Syntesis 21

Vitamin and Mineral Metabolism 19


Lipid Metabolism 18

Gene Expression 12

DNA replication, recombination and repair 11

APÊNDICE G – Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às mesmas jovens

* Estão representadas as categorias com p-valor ˂0.05 e com uma representação biológica ≥ 5%

de moléculas.

177

APÊNDICE H - Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv

senescentes comparadas às CTMH/inv Jovens.

Anotação funcional Valor de P Predição do estado de ativação

Moléculas Números de moléculas

Proliferação de crescimento celular (84 moléculas)

Proliferation of cells 2,68e-08 Decreased ACTB,ADAM12,AK4,ANGPTL1,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CCND2,CD274,CDCP1,CDKN1C,CHRM3,COL6A3,CREG1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,CYP1B1,DAB2,DDIT3,DIRAS3,DLG1,DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,ENPP1,EREG,ETV1,F2RL1,F3,FBLN2,FGF1,FHL1 (INCLUDES EG:14199),FST,GDF15,GPNMB,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,LAMP3,MMP2,MYOCD,NDN,NOG,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OXTR,PDCD1LG2 (INCLUDES EG:309304),PLAT,PTPRG,RGS4,RGS5,RPS6KA2,RUNX1T1,RUNX2,SCUBE3,SERPINB2,SERPINE1,SFRP1,SLC2A1,SULT1E1,THBS1,TIMP3,TNFRSF9,TRPC4,TSLP,TXNIP,UNC5B,VDR,WARS,WNT16

82

Proliferation of tumor cell lines

2,23e-06 BEX2,CCND2,CDCP1,CDKN1C,CHRM3,COL6A3,CREG1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EREG,ETV1,F2RL1,FBLN2,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,MYOCD,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),OXTR,PLAT,PTPRG,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,SERPINE1,SLC2A1,SULT1E1,THBS1,TIMP3,TXNIP,VDR

48

Proliferation of prostate cancer cell lines

3,30e-07 CXADR,DAB2,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NRG1 (INCLUDES EG:112400),OXTR,VDR

17

178

Colony formation of cells

3,91e-05 ANKRD1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,EREG,HGF,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NUPR1,RUNX1T1,RUNX2,SFRP1

17

Proliferation of breast cancer cell lines

4,89e-04 BEX2,CCND2,COL6A3,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PTPRG,SULT1E1,VDR

16

Proliferation of endothelial cells

2,50e-07 ANGPTL1,DAB2,DLG1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HAS3,HGF,HMOX1,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,RUNX2,THBS1

15

Colony formation of tumor cell lines

5,97e-04 ANKRD1,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,ENO1,HGF,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NUPR1,RUNX2

12

Proliferation of connective tissue cells

2,97e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,FGF1,HGF,IGFBP5,NOG,SFRP1,VDR,WNT16

11

Proliferation of muscle cells

3,01e-06 Decreased EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NOG,SERPINE1,THBS1

10

Proliferation of ovarian cancer cell lines

3,01e-06 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),FST,GDF15,HAS3,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

10

Proliferation of epithelial cells

5,64e-05 CCND2,CDKN1C,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HBEGF,HGF,RGS4,SFRP1,VDR,WNT16

10

Proliferation of carcinoma cell lines

1,13e-02 CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FBLN2,GRP,HGF,HMOX1,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

10

Proliferation of smooth muscle cells

9,19e-06 Decreased EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,SERPINE1,THBS1

9

Arrest in growth of cells

1,43e-04 CDKN1C,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HMOX1,KLF4,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1

9

Proliferation of epithelial cell lines

1,65e-04 CCDC8,DAB2,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,TRPC4,UNC5B 9

Proliferation of tumor cells

2,68e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,FST,HGF,SFRP1,THBS1

9

Proliferation of colon cancer cell lines

1,11e-02 DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FST,GRP,KLF4,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

9

Proliferation of kidney 2,38e-04 CCDC8,DIRAS3,EGF (INCLUDES 8

179

cell lines EG:13645),FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B

Proliferation of cancer cells

3,59e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,HGF,SFRP1,THBS1

8

Proliferation of vascular endothelial cells

2,30e-04 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,THBS1

7

Proliferation of embryonic cell lines

3,54e-04 CCDC8,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B 7

Formation of cells 8,71e-04 ADAM12,EGF (INCLUDES EG:13645),IL33,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2,SERPINE1,THBS1

7

Proliferation of leukemia cell lines

1,73e-02 CDCP1,CDKN1C,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2,SERPINB2,TXNIP

7

Arrest in growth of tumor cell lines

3,09e-03 CDKN1C,DAB2,GDF15,HMOX1,KLF4,SERPINE1 6

Proliferation of keratinocytes

1,53e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HGF,VDR,WNT16 5

Colony formation of breast cancer cell lines

2,59e-03 Decreased DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NUPR1,RUNX2

5

Proliferation of endothelial cell lines

6,58e-03 CDKN1C,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 5

Proliferation of skin cell lines

5,43e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 4

Proliferation of stomach cancer cell lines

2,06e-03 F2RL1,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),TXNIP 4

Expansion of cells 1,51e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),RUNX1T1,TNFRSF9

4

Proliferation of sarcoma cell lines

2,86e-04 HGF,MYOCD,TIMP3 3

Proliferation of lymphatic endothelial cells

4,24e-04 EDN1,FGF1,HGF 3

Proliferation of lung cancer cells

5,98e-04 DDIT3,EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 3

Colony formation of cancer cells

1,37e-03 EIF4EBP1,HGF,SFRP1 3

180

Proliferation of osteoblasts

2,58e-03 HGF,IGFBP5,SFRP1 3

Proliferation of neuronal cells

3,66e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 3

Stimulation of tumor cell lines

6,56e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,THBS1 3

Proliferation of skin cancer cell lines


Proliferation of sarcoma cells

1,05e-02 CASP1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 3

Proliferation of bladder cancer cell lines

1,70e-02 CXADR,HBEGF,PLAT 3

Stimulation of skin cancer cell lines

3,11e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 2

Colony formation of glioma cells

1,83e-03 HGF,SFRP1 2

Proliferation of small cell lung cancer cells


Formation of foam cells

3,01e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),IL33 2

Proliferation of neural stem cells

3,01e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 2

Proliferation of embryonic cancer cell lines

4,46e-03 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645) 2

Proliferation of nervous tissue cell lines

6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRP1 (INCLUDES EG:18186) 2

Proliferation of eye cell lines

8,13e-03 HGF,TRPC4 2

Proliferation of brain cells


Proliferation of hepatic stellate cells

1,03e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1 2

Proliferation of leiomyoma cells

1,03e-02 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 2

181

Colony formation of melanoma cell lines

1,28e-02 EDN1,HGF 2

Arrest in growth of chondrocyte cell lines

1,77e-02 FGF1 1

Arrest in growth of nervous tissue cell lines

1,77e-02 NRP1 (INCLUDES EG:18186) 1

Morte celular (75 moléculas)

Cell death 6,04e-07 ADAM12,ANKRD1,ASNS,ATP2B1,BEX2,BHLHE40,CACNA1A,CASP1,CCDC8,CD274,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,DUSP5,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,F2RL1,F3,FBXO32,FGF1,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,IL33,IRAK1,KISS1,KLF4,KRT19 (HUMAN),NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OBFC2A,OLR1,PBX1,PLAT,PTGIS,PTPRG,RBP1,RGS4,RGS5,RPS6KA2,RUNX1T1,SERPINB2,SERPINE1,SFRP1,SLC22A3,SLC2A1,SNCAIP,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,TNFRSF10D,TNFRSF9,TRIB3,UNC5B,VDR,WNT16

74

Apoptosis 1,71e-06 ADAM12,ANKRD1,ASNS,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CD274,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,F3,FBXO32,FGF1,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OLR1,PLAT,PTGIS,RGS4,RGS5,RPS6KA2,RUNX1T1,SERPINE1,SFRP1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,TNFRSF10D,TNFRSF9,TRIB3,UNC5B,WNT16

57

Cell death of tumor cell lines

3,86e-06 ANKRD1,ASNS,ATP2B1,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,FBXO32,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES

46

182

EG:18186),NUPR1,OBFC2A,RUNX1T1,SFRP1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,TNFRSF10D,UNC5B,VDR,WNT16

Apoptosis of tumor cell lines

1,74e-06 ANKRD1,ASNS,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,FBXO32,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NUPR1,RUNX1T1,SFRP1,ST6GAL1,TIMP3,TNFRSF10D,UNC5B,WNT16

42

Cell survival 7,91e-06 BEX2,CASP1,CDKN1C,CFLAR,CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DDIT3,DUSP5,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IL33,IRAK1,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OLR1,PBX1,PTPRG,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,SFRP1,SLC22A3,SLC2A1,THBS1,TNFRSF9,VDR

34

Cell viability 8,13e-06 BEX2,CASP1,CDKN1C,CFLAR,CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DDIT3,DUSP5,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IL33,IRAK1,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OLR1,PBX1,PTPRG,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,SFRP1,SLC22A3,SLC2A1,THBS1,TNFRSF9

33

Cell viability of tumor cell lines

9,50e-03 BEX2,CASP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DUSP5,EGF (INCLUDES EG:13645),GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IRAK1,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NUPR1,PBX1,PTPRG,SERPINB2,SLC2A1

20

Cell death of prostate cancer cell lines

5,87e-05 CASP1,CFLAR,DDIT3,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FST,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5

12

Apoptosis of breast cancer cell lines

1,56e-03 BEX2,CASP1,CFLAR,DAB2,DDIT4,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),FBXO32,HGF,IGFBP5,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SFRP1

12

Cell death of colon cancer cell lines

1,56e-03 CASP1,CDKN1C,CFLAR,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),G0S2,GDF15,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),ST6GAL1,VDR

12

Cell death of epithelial 2,54e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,NRG1 12

183

cells (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,SFRP1,TIMP3,TRIB3,UNC5B

Cell death of kidney cell lines

2,83e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),F3,FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3,UNC5B

11

Apoptosis of prostate cancer cell lines

3,71e-04 CFLAR,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FST,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5

10

Apoptosis of kidney cell lines

8,52e-04 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),F3,FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3

10

Apoptosis of colon cancer cell lines

4,36e-03 CASP1,CDKN1C,CFLAR,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),G0S2,GDF15,NRG1 (INCLUDES EG:112400),ST6GAL1

10

Cell death of epithelial cell lines

5,83e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3,UNC5B

10

Cell death of endothelial cells

4,20e-05 CASP1,CFLAR,DDIT3,F2RL1,HGF,OLR1,PLAT,RGS5,THBS1 9

Apoptosis of epithelial cell lines

2,08e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3

9

Cell death of tumor cells

4,59e-03 ADAM12,CASP1,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DDIT3,ENO1,HBEGF,HMOX1,SFRP1

9

Cell death of embryonic cell lines

1,40e-02 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3,UNC5B

9

Apoptosis of endothelial cells

1,62e-04 CASP1,CFLAR,DDIT3,HGF,OLR1,PLAT,RGS5,THBS1 8

Inhibition of apoptosis 3,59e-03 CFLAR,F3,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINB2,SOCS2,THBS1,TNFRSF10D

8

Apoptosis of embryonic cell lines

5,86e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3

8

Cell death of lung cancer cell lines

1,43e-02 CASP1,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,DDIT3,EGF (INCLUDES EG:13645),G0S2,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

8

Cell death of vascular endothelial cells

1,31e-04 CASP1,CFLAR,DDIT3,F2RL1,HGF,RGS5,THBS1 7

Apoptosis of brain cancer cell lines

8,13e-04 CASP1,CDKN1C,CFLAR,EIF4EBP1,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),UNC5B

7

Apoptosis of tumor cells

1,27e-02 ADAM12,CASP1,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DDIT3,ENO1,HBEGF

7

Cell viability of blood cells

4,66e-03 Increased CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,IL33,RUNX1T1,TNFRSF9

6

Cell death of ovarian 7,45e-03 CASP1,CFLAR,DAB2,DDIT3,DIRAS3,HGF 6

184

cancer cell lines

Cell viability of breast cancer cell lines

8,21e-03 BEX2,GDF15,HGF,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),PBX1

6

Apoptosis of bone cancer cell lines

1,45e-02 BHLHE40,CCDC8,CFLAR,IGFBP5,NDN,NUPR1 6

Cell viability of endothelial cells

2,26e-04 DAB2,DDIT3,FGF1,HGF,OLR1 5

Apoptosis of vascular endothelial cells

3,82e-03 CASP1,DDIT3,HGF,RGS5,THBS1 5

Cell viability of leukocytes

1,30e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,IL33,TNFRSF9

5

Cell viability of phagocytes

2,06e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,IL33,TNFRSF9 4

Cell viability of lymphoma cell lines

4,39e-03 CFLAR,HBEGF,HMOX1,IRAK1 4

Cell viability of mononuclear leukocytes

7,44e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,TNFRSF9

4

Apoptosis of muscle cells

8,70e-03 CASP1,EDN1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),TIMP3 4

Apoptosis of fibroblasts

1,61e-02 CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),SFRP1,TIMP3 4

Cell death of pancreatic cancer cell lines

1,71e-02 ASNS,DDIT3,EFEMP1,HGF 4

Cell viability of skin cell lines

4,24e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),NTN4,THBS1 3

Cell viability of endothelial cell lines

1,72e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),NTN4,THBS1 3

Survival of hematopoietic cells

9,42e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),RUNX1T1 3

Apoptosis of dermal cells

1,05e-02 CFLAR,HGF,SFRP1 3

Cell viability of monocytes

3,01e-03 HGF,TNFRSF9 2

Apoptosis of dermal 4,46e-03 CFLAR,SFRP1 2

185

fibroblastos

Cell viability of vascular endothelial cells

4,46e-03 DAB2,DDIT3 2

Apoptosis of peripheral blood leukocytes

1,54e-02 CD274,KLF4 2

Apoptosis of hcaec cells

1,77e-02 OLR1 1

Apoptosis of embryonic stem cells


Desenvolvimento celular ( 74 moléculas)


2,23e-06 BEX2,CCND2,CDCP1,CDKN1C,CHRM3,COL6A3,CREG1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EREG,ETV1,F2RL1,FBLN2,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,MYOCD,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),OXTR,PLAT,PTPRG,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,SERPINE1,SLC2A1,SULT1E1,THBS1,TIMP3,TXNIP,VDR

48

Differentiation of cells 2,93e-06 ANGPTL2,BHLHE40,CREG1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),ENO1,ENPP1,EREG,FGF1,FST,HBEGF,HGF,IGFBP5,KLF4,MYOCD,NOG,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RGS4,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,SFRP1,ST8SIA4,STMN2,TRIB3,TXNIP,UNC5B,VDR,WNT16

29


3,30e-07 CXADR,DAB2,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NRG1 (INCLUDES EG:112400),OXTR,VDR

17

Endothelial cell development

1,81e-07 ANGPTL1,DAB2,DLG1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HAS3,HGF,HMOX1,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,RUNX2,THBS1

16


4,89e-04 BEX2,CCND2,COL6A3,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PTPRG,SULT1E1,VDR

16

Proliferation of 2,50e-07 ANGPTL1,DAB2,DLG1,EDN1,EGF (INCLUDES 15

186

endothelial cells EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HAS3,HGF,HMOX1,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,RUNX2,THBS1

Differentiation of tumor cell lines

3,16e-05 BHLHE40,CREG1,ENO1,FST,HGF,IGFBP5,KLF4,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,ST8SIA4,VDR

13


3,01e-06 DECREASED EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NOG,SERPINE1,THBS1

10


3,01e-06 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),FST,GDF15,HAS3,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

10


1,13e-02 CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FBLN2,GRP,HGF,HMOX1,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

10

Proliferation of smooth muscle cells

9,19e-06 DECREASED EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,SERPINE1,THBS1

9


1,65e-04 CCDC8,DAB2,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,TRPC4,UNC5B 9


2,68e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,FST,HGF,SFRP1,THBS1

9


1,11e-02 DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FST,GRP,KLF4,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

9

Proliferation of kidney cell lines

2,38e-04 CCDC8,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B

8

Proliferation of cancer cells

3,59e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,HGF,SFRP1,THBS1

8


2,30e-04 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,THBS1

7


3,54e-04 CCDC8,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B 7

Proliferation of leukemia cell lines

1,73e-02 CDCP1,CDKN1C,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2,SERPINB2,TXNIP

7

Arrest in growth of tumor cell lines

3,09e-03 CDKN1C,DAB2,GDF15,HMOX1,KLF4,SERPINE1 6

Differentiation of leukemia cell lines

8,21e-03 CREG1,ENO1,KLF4,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2 6

Tubulation of endothelial cells

9,23e-04 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,OLR1,TRPC4 5

187

Differentiation of keratinocytes

1,03e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,TXNIP,VDR,WNT16 5


1,53e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HGF,VDR,WNT16 5

Epithelial-mesenchymal transition

3,04e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NOG,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SCUBE3

5

Proliferation of endothelial cell lines

6,58e-03 CDKN1C,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 5

Proliferation of skin cell lines


Differentiation of adipocytes

2,06e-03 ENPP1,FGF1,SFRP1,TRIB3 4

Proliferation of stomach cancer cell lines

2,06e-03 F2RL1,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),TXNIP 4

Branching of cells 4,39e-03 ANGPTL2,HGF,RGS4,UNC5B 4

Proliferation of sarcoma cell lines

2,86e-04 HGF,MYOCD,TIMP3 3


4,24e-04 EDN1,FGF1,HGF 3

Proliferation of lung cancer cells

5,98e-04 DDIT3,EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 3

Colony formation of cancer cells

1,37e-03 EIF4EBP1,HGF,SFRP1 3

Proliferation of osteoblasts

2,58e-03 HGF,IGFBP5,SFRP1 3





Branching of endothelial cells

9,42e-03 ANGPTL2,RGS4,UNC5B 3

Proliferation of sarcoma cells

1,05e-02 CASP1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 3

188

Epithelial-mesenchymal transition of tumor cell lines

1,29e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),NRP1 (INCLUDES EG:18186),SCUBE3 3

Tubulation of vascular endothelial cells

1,29e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,TRPC4 3


1,70e-02 CXADR,HBEGF,PLAT 3

Tubulation of lymphatic endothelial cells

9,23e-04 EDN1,HGF 2


1,83e-03 HGF,SFRP1 2

Proliferation of small cell lung cancer cells


Proliferation of neural stem cells



4,46e-03 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645) 2

Differentiation of rhabdomyosarcoma cell lines

6,17e-03 FST,ST8SIA4 2

Differentiation of smooth muscle cells

6,17e-03 EREG,MYOCD 2


6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRP1 (INCLUDES EG:18186) 2

Proliferation of hepatic stellate cells

1,03e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1 2


1,03e-02 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 2

Arrest in differentiation of granulocytes

1,77e-02 RUNX1T1 1

Arrest in differentiation of lymphoma cell lines

1,77e-02 RUNX1T1 1

189



Movimento celular (55 moléculas)

Cell movement 2,34e-08 AGTR1,ANGPTL1,ARHGEF6,CDCP1,CHI3L1,CHRM3,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,F3,FGF1,FHL1 (INCLUDES EG:14199),GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,IL33,KAL1,KISS1,KLF4,KRT19 (HUMAN),L1CAM,LTBP2,MMP2,NPPB,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,OLR1,RGS4,RUNX2,SERPINE1,SFRP1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,WARS,WNT5B

47

Migration of cells 7,99e-08 ANGPTL1,ARHGEF6,CHI3L1,CHRM3,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,F3,FGF1,FHL1 (INCLUDES EG:14199),GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,IL33,KISS1,KLF4,L1CAM,LTBP2,MMP2,NPPB,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,OLR1,RGS4,RUNX2,SERPINE1,SFRP1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,WARS,WNT5B

42

Invasion of cells 8,58e-07 CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),ETV1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,KISS1,KLF4,MMP16,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PLAT,RGS4,SCUBE3,SFRP1,SLC2A1,TIMP3,UNC5B

27

Cell movement of tumor cell lines

5,75e-05 CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FGF1,GDF15,GRP,HAS3,HGF,KISS1,KLF4,KRT19 (HUMAN),L1CAM,LTBP2,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),RUNX2,SERPINE1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1

26

Invasion of tumor cell lines

2,02e-06 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),ETV1,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,KISS1,KLF4,MMP16,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PLAT,SCUBE3,SFRP1,SLC2A1,TIMP3,UNC5B

24

Migration of tumor cell lines

2,50e-05 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FGF1,GRP,HAS3,HGF,KISS1,KLF4,L1CAM,LTB

23

190

P2,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),RUNX2,SERPINE1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1

Chemotaxis 2,30e-04 AGTR1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HBEGF,HGF,IL33,KAL1,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1,THBS1

16

Homing of cells 4,62e-04 AGTR1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1,THBS1

15

Chemotaxis of cells 1,15e-03 AGTR1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1,THBS1

14

Migration of endothelial cells

1,09e-05 ANGPTL1,ARHGEF6,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,FGF1,HAS3,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),OLR1,SERPINE1,THBS1

13

Leukocyte migration 1,56e-02 CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,F2RL1,FGF1,HGF,HMOX1,IL33,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINE1,THBS1,TIMP3

12

Cell movement of breast cancer cell lines

3,96e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,KISS1,KRT19 (HUMAN),L1CAM,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1

11

Migration of breast cancer cell lines

1,46e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,KISS1,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1

9

Migration of tumor cells

1,07e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F3,HGF,L1CAM,MMP2,SFRP1

7

Cell movement of carcinoma cell lines

2,52e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HGF,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2

7

Cell movement of colon cancer cell lines

4,50e-04 CDCP1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,GRP,HGF,KLF4,ST6GAL1 7

Cell movement of ovarian cancer cell lines

2,13e-05 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),GDF15,HAS3,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

6

Invasion of colon cancer cell lines

2,96e-04 GRP,HAS3,HGF,KLF4,NRP1 (INCLUDES EG:18186),UNC5B 6

Cell movement of smooth muscle cells

3,29e-04 FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,IGFBP5,MMP2,THBS1 6

191

Migration of colon cancer cell lines

5,39e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,GRP,HGF,KLF4,ST6GAL1 6

Cell movement of tumor cells

5,92e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,L1CAM,MMP2,SFRP1

6

Migration of carcinoma cell lines

5,92e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HGF,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2

6

Movement of vascular endothelial cells

3,93e-03 ARHGEF6,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF,THBS1

6

Cell movement of neurons

1,58e-05 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HBEGF,HGF,L1CAM

5

Migration of ovarian cancer cell lines

4,30e-05 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),HAS3,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

5

Invasion of squamous cell carcinoma cell lines

2,63e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HBEGF,HGF

5

Migration of cervical cancer cell lines

1,53e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HGF

5

Cell movement of cancer cells

1,68e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,L1CAM,MMP2,SFRP1 5

Cell movement of endothelial cell lines

3,82e-03 Decreased EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NTN4,THBS1

5

Cell movement of lung cancer cell lines

4,41e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2

5

Invasion of carcinoma cell lines

7,00e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HGF,SCUBE3,TIMP3 5

Cell movement of embryonic cell lines

1,11e-02 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,L1CAM

5

Migration of vascular endothelial cells

1,50e-02 ARHGEF6,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF

5

Migration of neurons 8,31e-05 EGF (INCLUDES EG:13645),HBEGF,HGF,L1CAM 4

Migration of lymphatic system cells

3,00e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

4

Homing of embryonic cell lines

6,48e-04 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),L1CAM

4

Homing of epithelial cell lines


4

192

Homing of kidney cell lines


4

Invasion of ovarian cancer cell lines

1,05e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 4

Migration of melanoma cell lines

1,22e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),L1CAM,LTBP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400)

4

Invasion of pancreatic cancer cell lines

1,40e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),PLAT 4

Cell movement of skin cell lines


Migration of hepatoma cell lines

1,82e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,SLC2A1

4

Migration of endothelial cell lines

6,86e-03 Decreased EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NTN4 4

Migration of smooth muscle cells

7,44e-03 Decreased FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,IGFBP5,THBS1 4

Cell movement of epithelial cells

8,05e-03 CHRM3,HBEGF,HGF,RGS4 4

Migration of lung cancer cell lines

9,38e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2 4

Cell movement of central nervous system cells

8,11e-04 CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 3

Migration of neuroblastoma cell lines

8,11e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,SERPINE1 3

Cell movement of glioma cells

1,07e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,SFRP1 3

Mobility of cells 1,07e-03 NRG1 (INCLUDES EG:112400),SCUBE3,TM4SF1 3

Invasion of cervical cancer cell lines


Migration of keratinocyte cancer cell lines

2,58e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,SERPINE1 3

Scattering of tumor cell lines

2,58e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,L1CAM 3

193

Cell movement of lymphoma cell lines


Chemotaxis of embryonic cell lines

4,98e-03 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 3

Chemotaxis of epithelial cell lines


Migration of skin cell lines

6,56e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4 3

Chemotaxis of endothelial cells

7,45e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,THBS1 3

Chemotaxis of kidney cell lines


Migration of fibrosarcoma cell lines

1,56e-02 DAB2,KISS1,SERPINE1 3

Migration of epithelial cells

1,70e-02 CHRM3,HBEGF,RGS4 3

Migration of haec cells 3,11e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 2

Scattering of stomach cancer cell lines

3,11e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 2

Invasion of sarcoma cell lines

9,23e-04 HGF,TIMP3 2

Migration of astrocytes 9,23e-04 CHI3L1,HGF 2

Mobility of lung cancer cell lines

9,23e-04 NRG1 (INCLUDES EG:112400),SCUBE3 2

Chemotaxis of cervical cancer cell lines


Migration of progenitor cells

1,83e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 2

Mobility of carcinoma cell lines

3,01e-03 NRG1 (INCLUDES EG:112400),SCUBE3 2

Scattering of breast cancer cell lines

4,46e-03 HGF,L1CAM 2

Cell movement of brain cells

6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 2

Chemotaxis of smooth muscle cells

6,17e-03 MMP2,THBS1 2

194

Invasion of trophoblast cells

6,17e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),FST 2

Migration of bone marrow precursor cells

6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRG1 (INCLUDES EG:112400) 2

Migration of lymphatic endothelial cells

6,17e-03 FGF1,HGF 2

Invasion of thyroid tumor cell lines

8,13e-03 HGF,TIMP3 2

Migration of stem cells 8,13e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRG1 (INCLUDES EG:112400) 2

Migration of thyroid tumor cell lines

8,13e-03 HGF,KISS1 2

Migration of lymphoma cell lines


Chemotaxis of vascular endothelial cells

1,28e-02 HGF,THBS1 2

Cell movement of lung cell lines

1,54e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),NRG1 (INCLUDES EG:112400) 2

Interação e sinalização célula-célula (37 moléculas)

Binding of cells 5,58e-05 ANGPTL1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F3,FGF1,HAS3,HGF,IGFBP5,MMP2,NPPB,NRP1 (INCLUDES EG:18186),OLR1,OXTR,SERPINE1,ST6GAL1,THBS1

17

Adhesion of tumor cell lines

1,55e-06 ADAM12,CD274,CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HAS3,HGF,L1CAM,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINB2,SERPINE1,ST6GAL1,THBS1

16

Activation of cells 6,83e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HBEGF,HGF,IL33,MMP2,PAG1,PLAT,SOCS2,THBS1,TSLP

15

Binding of tumor cell lines

1,08e-05 CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F3,HAS3,HGF,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),OXTR,SERPINE1,ST6GAL1,THBS1

12

Binding of breast cancer cell lines

1,25e-06 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,MMP2,OXTR,SERPINE1,THBS1 6

Binding of endothelial cells

1,26e-03 ANGPTL1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),FGF1,HAS3,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1

6

195

Adhesion of endothelial cells

5,20e-03 CD274,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,L1CAM,OLR1,THBS1 6

Adhesion of breast cancer cell lines

2,01e-03 CDCP1,EGF (INCLUDES EG:13645),NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINE1,THBS1

5

Adhesion of vascular endothelial cells

5,79e-03 CD274,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,L1CAM,THBS1 5

Cell-cell adhesion 8,88e-03 CD274,CXADR,DAB2,HGF,TIMP3 5

Adhesion of carcinoma cell lines

4,22e-05 ADAM12,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),GRP,THBS1 4

Activation of vascular endothelial cells

1,47e-04 F2RL1,F3,HBEGF,HGF 4

Binding of prostate cancer cell lines

1,47e-04 Decreased EGF (INCLUDES EG:13645),F3,HAS3,NRP1 (INCLUDES EG:18186) 4

Adhesion of colon cancer cell lines

3,60e-03 CD274,EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,ST6GAL1 4

Cell-cell adhesion of tumor cell lines

5,74e-03 CD274,DAB2,HGF 3

Secretion of neurotransmitter

5,74e-03 RAB27B,SNCAIP,THBS1 3

Stimulation of tumor cell lines


Adhesion of tumor cells

1,05e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),F3,THBS1 3

Contact repulsion 3,11e-04 L1CAM,NRP1 (INCLUDES EG:18186) 2

Stimulation of skin cancer cell lines


Adhesion of muscle precursor cells

9,23e-04 ADAM12,SERPINE1 2

Activation of skin cancer cell lines


Priming of cells 6,17e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1 2

Disassembly of focal adhesions

1,03e-02 DAB2,THBS1 2

Secretion of 5-hydroxytryptamine

1,28e-02 RAB27B,THBS1 2

Signaling of tumor cell 1,28e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 2

196

lines

Activation of stomach cancer cell lines

1,77e-02 EGF (INCLUDES EG:13645) 1

Adhesion of streptococcus pyogenes

1,77e-02 THBS1 1

Adhesion of basophils 1,77e-02 IL33 1

Adhesion of endothelial progenitor cells

1,77e-02 OLR1 1

Adhesion of small cell lung cancer cells

1,77e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315) 1

Adhesion of squamous cell carcinoma cell lines

1,77e-02 THBS1 1

Antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity of ovarian cancer cell lines

1,77e-02 HBEGF 1

Attraction of axons 1,77e-02 L1CAM 1

Binding of adrenocortical cells

1,77e-02 NPPB 1

Binding of endocrine cell lines

1,77e-02 HGF 1

Binding of rhabdomyosarcoma cell lines

1,77e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315) 1

Binding of thyroid tumor cell lines

1,77e-02 HGF 1

197

APÊNDICE I - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em

CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens.

GO-ID1 p-value corr p-value* x n X N Description Genes in test set

32502 1,08E-09 3,03E-07 84 3232 202 14294 developmental process NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|HMOX1|CREG1|SERPINE1|HHIP|NRG1|CASP1|FGF1|SOCS2|NRXN3|STMN2|PTPRG|ARID5B|DDIT3|FMN2|KRT19|CHRM3|EREG|SGCG|DOK5|CCND2|F3|NPPB|ADAM12|WNT16|HMGB3|WNT5B|SHROOM3|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|EGF|THBS1|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|ST6GAL2|NTN4|COL15A1|AFF3|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|EBF1|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A


NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|HMOX1|CREG1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FGF1|NRXN3|PTPRG|STMN2|ARID5B|DDIT3|FMN2|KRT19|CHRM3|EREG|SGCG|DOK5|CCND2|NPPB|WNT16|HMGB3|SHROOM3|WNT5B|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|EGF|THBS1|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|ST6GAL2|NTN4|COL15A1|AFF3|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|EBF1|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5


NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|CASP1|FGF1|NRXN3|PTPRG|STMN2|ARID5B|DDIT3|KRT19|CHRM3|SGCG|EREG|CC

198

ND2|DOK5|NPPB|ADAM12|WNT16|SHROOM3|WNT5B|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|EGF|THBS1|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|NTN4|COL15A1|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5


NOG|NRP1|EDN1|FST|CXADR|WARS|EIF4EBP1|DAB2|PICALM|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|IRAK1|SOCS2|PTPRG|STMN2|ARID5B|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|BACE2|F3|SERPINB2|NPPB|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|THBS1|EGF|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|CFLAR|PTPRE|RGS17|GAS1|HGF|CDKN1C|CBLB|SFRP1|RGS4|PLN|RGS5|CD274|FOXE1|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A

48731 2,35E-10 1,27E-07 71 2419 202 14294 system development NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|UNC5B|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FGF1|NRXN3|PTPRG|STMN2|ARID5B|DDIT3|KRT19|CHRM3|SGCG|EREG|CCND2|DOK5|WNT16|SHROOM3|WNT5B|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|THBS1|EGF|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|COL15A1|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5

48523 4,17E-15 9,36E-12 69 1842 202 14294 negative regulation of cellular process

NOG|NRP1|EDN1|FST|CXADR|WARS|EIF4EBP1|DAB2|PICALM|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|IRAK1|SOCS2|PTPRG|STMN2|ARID5B|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|

199

TNFRSF10D|BACE2|F3|SERPINB2|NPPB|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|THBS1|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|CFLAR|PTPRE|RGS17|GAS1|HGF|CDKN1C|CBLB|SFRP1|RGS4|RGS5|CD274|FOXE1|HBEGF|PBX1|KLF4|CACNA1A|IGFBP5|HTR2A

23033 1,80E-07 2,52E-05 58 2097 202 14294 signaling pathway NOG|LTBP2|EDN1|FST|F2RL1|L1CAM|CXCL12|RHOU|AGTR1|EIF4EBP1|DIRAS3|HMOX1|FGF1|RAB27B|NRG1|PAG1|IRAK1|SOCS2|PTPRG|STMN2|ARHGEF6|ARID5B|ARHGAP29|DDIT3|GRP|FMN2|CHRM3|EREG|DOK5|F3|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|WNT16|NMI|WNT5B|NDN|OXTR|VDR|RGMB|ANGPTL1|THBS1|EGF|TXNIP|PLAT|PTPRD|PTPRE|HGF|LAMA1|CBLB|SFRP1|RPS6KA2|RGS4|CD274|HBEGF|GDF15|CACNA1A|HTR2A

48513 2,13E-07 2,81E-05 52 1790 202 14294 organ development NOG|NRP1|EDN1|FST|CXADR|MMP2|AGTR1|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|HHIP|FGF1|NRG1|PTPRG|ARID5B|DDIT3|KRT19|SGCG|EREG|CCND2|WNT16|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|TIMP3|VDR|COL6A3|THBS1|EGF|COL8A1|GPNMB|DCLK1|TXNIP|PLAT|COL15A1|HGF|GAS1|KRT34|LAMA1|SFRP1|PLN|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|KLF4|CACNA1A|IGFBP5

9653 1,45E-08 3,25E-06 43 1218 202 14294 anatomical structure morphogenesis

WNT16|NOG|NRP1|SHROOM3|NDN|FHL1|FST|EDN1|L1CAM|TIMP3|MMP2|VDR|AGTR1|DAB2|UNC5B|HMOX1|KAL1|SERPINE1|HHIP|COL8A1|CASP1|EGF|FGF1|THBS1|NEFL|DCLK1|ACTB|PLAT|NRXN3|ARID5B|COL15A1|GAS1|HGF|LAMA1|KRT19|SFRP1|EREG|FOXE1|NPPB|PBX1|ADAM12|CACNA1A|KLF4

51239 8,24E-10 2,64E-07 42 1064 202 14294 regulation of multicellular organismal process

NOG|NRP1|SNCAIP|ENPP1|FST|EDN1|F2RL1|OXTR|CPEB1|CXADR|WARS|VDR|AGTR1|MYOCD|HMOX1|

200

SERPINE1|BHLHE40|NRG1|CASP1|EGF|FGF1|THBS1|NEFL|NEFM|PLAT|STMN2|PTPRG|NTN4|HGF|GRP|LAMA1|CHRM3|SFRP1|EREG|CCND2|F3|PLN|NPPB|HBEGF|PBX1|CACNA1A|HTR2A

7166 4,48E-07 5,03E-05 41 1277 202 14294 cell surface receptor linked signaling pathway

WNT16|NOG|WNT5B|NDN|LTBP2|FST|EDN1|F2RL1|OXTR|L1CAM|CXCL12|AGTR1|RGMB|EIF4EBP1|ANGPTL1|NRG1|EGF|FGF1|TXNIP|PLAT|IRAK1|PTPRD|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|HGF|GRP|LAMA1|CBLB|CHRM3|SFRP1|EREG|DOK5|F3|CD274|NPPB|HBEGF|GDF15|CACNA1A|HTR2A

10646 8,13E-08 1,40E-05 40 1152 202 14294 regulation of cell communication

WNT16|NOG|SNCAIP|WNT5B|ENPP1|FST|EDN1|TRIB3|OXTR|L1CAM|CPEB1|VDR|HMOX1|SERPINE1|BHLHE40|HHIP|CASP1|EGF|THBS1|PLAT|IRAK1|CFLAR|PTPRE|SOCS2|ARHGEF6|RGS17|GAS1|HGF|DDIT4|CDKN1C|CBLB|SFRP1|EREG|RGS4|F3|RGS5|HBEGF|CACNA1A|IGFBP5|HTR2A

50793 3,40E-10 1,27E-07 36 788 202 14294 regulation of developmental process

NOG|NRP1|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|FST|EDN1|TRIB3|OXTR|CXADR|RHOU|WARS|AGTR1|VDR|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|NRG1|FGF1|THBS1|EGF|NEFL|NEFM|PTPRG|STMN2|NTN4|HGF|GRP|LAMA1|SFRP1|EREG|CCND2|F3|NPPB|PBX1|CACNA1A

42127 3,16E-07 3,94E-05 32 847 202 14294 regulation of cell proliferation

NOG|NRP1|NDN|EDN1|CXADR|AGTR1|VDR|WARS|HMOX1|SERPINE1|GPNMB|NRG1|FGF1|THBS1|EGF|TXNIP|GAS1|HGF|PDCD1LG2|CDKN1C|TNFRSF9|CTH|CBLB|SFRP1|EREG|CCND2|F3|CD274|PBX1|KLF4|IGFBP5|HTR2A

7167 1,78E-11 1,33E-08 25 344 202 14294 enzyme linked receptor protein signaling pathway

NOG|LTBP2|NDN|FST|EIF4EBP1|RGMB|ANGPTL1|FGF1|EGF|NRG1|PLAT|TXNIP|IRAK1|PTPRD|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|HGF|EREG|DOK5|HBEGF|NPPB|GDF15|CACNA1A

8285 4,15E-07 4,89E-05 20 378 202 14294 negative regulation of cell NOG|NDN|HGF|GAS1|CXADR|PDCD1LG2|CDKN1C|

201

proliferation TNFRSF9|WARS|VDR|CTH|CBLB|SFRP1|EREG|HMOX1|CD274|GPNMB|THBS1|KLF4|IGFBP5

22603 5,07E-08 1,03E-05 19 300 202 14294 regulation of anatomical structure morphogenesis

NOG|NRP1|SHROOM3|EDN1|NTN4|HGF|RHOU|WARS|VDR|SFRP1|HMOX1|F3|SERPINE1|NPPB|FGF1|THBS1|NEFL|NEFM|CACNA1A

90066 1,21E-07 1,81E-05 19 317 202 14294 regulation of anatomical structure size

NRP1|NDN|ENPP1|FHL1|EDN1|CXCL12|AGTR1|VDR|CTH|DAB2|NUPR1|NPPB|HBEGF|NRG1|NEFL|DCLK1|NEFM|CACNA1A|ENO1

32535 1,09E-07 1,74E-05 18 283 202 14294 regulation of cellular component size

NRP1|NDN|ENPP1|FHL1|EDN1|CXCL12|VDR|DAB2|CTH|NUPR1|NPPB|HBEGF|NRG1|NEFL|DCLK1|NEFM|CACNA1A|ENO1

7169 8,08E-08 1,40E-05 16 218 202 14294 transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway

TXNIP|PLAT|NDN|SOCS2|PTPRG|ARID5B|HGF|EIF4EBP1|EREG|DOK5|HBEGF|ANGPTL1|FGF1|EGF|NRG1|CACNA1A

8361 5,08E-07 5,43E-05 15 219 202 14294 regulation of cell size NRP1|ENPP1|NDN|FHL1|EDN1|VDR|DAB2|CTH|NUPR1|NPPB|HBEGF|NRG1|DCLK1|CACNA1A|ENO1

*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total do número de genes

constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um total N; N= total de genes do genoma humano

anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology). Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor

˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.

202

APÊNDICE J - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.

GO-ID p-value corr p-valor x n X N Description Genes in test set


NOG|EDN1|SNCA|FST|VTN|SHH|DAB2|EIF4EBP1|MYD88|PICALM|SERPINE1|PAG1|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|BACE2|F3|VEGFA|FGFR1|WNT5B|ENPP1|RBP1|TIMP2|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|CFLAR|BMP2|GAS1|HGF|NTN1|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|RGS5|CD274|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|E2F7|CXADR|EDNRA|WARS|HMOX1|SEMA3A|HHIP|FAM129A|NRG1|DLG1|IRAK1|ARID5B|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|SERPINB2|NPPB|WNT16|NDN|TRIB3|ASNS|THBS1|GPNMB|NEFL|PIK3R2|ENO1|TXNIP|PTPRE|IGF1|RGS17|PARK2|PLG|PLN|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A


NOG|NRP1|E2F7|FST|SNCA|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|WARS|DAB2|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|HMOX1|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|PDCD1LG2|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|F3|BACE2|VEGFA|SERPINB2|NPPB|FGFR1|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|TRAF6|THBS1|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|NTN1|PLG|CDKN1C|CDKN1A|CBLB|SFRP1|RGS4|CD274|RGS5|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A

203


NOG|NRP1|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|VTN|CPEB1|CXADR|SHH|WARS|AGTR1|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|CASP1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|F7|GRP|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|ERBB4|ENPP1|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|BHLHE40|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|NEFM|PLAT|BMP4|BMP2|PELI1|NTN4|IGF1|PARK2|HGF|NTN1|PLG|LAMA1|ATP2A2|SFRP1|PLN|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|HTR2A


FGFR2|FGFR1|NOG|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|LTBP2|FST|RGMB|EIF4EBP1|ANGPTL1|NRG1|EGF|FGF1|SYK|TXNIP|PLAT|BMP4|EGFR|IRAK1|PTPRD|BMP2|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|CBL|HGF|KDR|EREG|DOK5|VEGFA|NPPB|HBEGF|GDF15|BMP7|CACNA1A


NOG|NRP1|E2F7|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|AGTR1|WARS|HMOX1|SERPINE1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|RXRA|CDK4|PDCD1LG2|TNFRSF9|CTH|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|TIMP2|VDR|GPNMB|THBS1|TRAF6|EGF|TXNIP|BMP4|BMP2|PELI1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|SFRP1|CD274|PBX1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|IGFBP5|HTR2A

48731 1,24E-17 5,37E-15 101 2419 259 14290 system development

NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|THBS1|GPNMB|COL8A1|NEFL|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|

204

IGFBP5


NOG|NRP1|FST|EDN1|L1CAM|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|DAB2|UNC5B|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|CASP1|FGF1|SYK|EGFR|NRXN3|ARID5B|RXRA|F7|GEM|KRT19|EREG|VEGFA|NPPB|ADAM12|FGFR1|WNT16|SHROOM3|NDN|ERBB4|FHL1|TIMP3|SRF|VDR|KAL1|COL8A1|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|DCLK1|ACTB|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|SFRP1|FOXE1|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|CASP1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5

205


NOG|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|L1CAM|VTN|CPEB1|MYD88|CXCR4|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|CASP1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|ARHGEF6|FADD|F7|RPTOR|DDIT4|EREG|F3|VEGFA|FGFR1|WNT16|WNT5B|ERBB4|ENPP1|OXTR|TRIB3|TIMP2|VDR|BHLHE40|THBS1|TRAF6|EGF|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|CDKN1C|TNFSF10|CBLB|SFRP1|RGS4|RGS5|HBEGF|MTOR|BMP7|CACNA1A|PLAU|IGFBP5|HTR2A

51240 4,16E-16 1,21E-13 31 278 259 14290 positive regulation of multicellular organismal process

FGFR1|NOG|ERBB4|EDN1|SNCA|FST|OXTR|SRF|SHH|VDR|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|CASP1|NRG1|TRAF6|THBS1|BMP4|EGFR|PELI1|BMP2|F7|HGF|PLG|CHRM3|EREG|F3|VEGFA|BMP7|HTR2A


NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|RHOU|SHH|AGTR1|WARS|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|FGF1|NRG1|SYK|PTPRG|STMN2|RXRA|GRP|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|TRIB3|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|THBS1|TRAF6|EGF|NEFL|NEFM|BMP4|BMP2|NTN4|IGF1|HGF|NTN1|KDR|LAMA1|SFRP1|PBX1|BMP7|CACNA1A


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|FMN2|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5

206


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|F3|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|CASP1|NRG1|FGF1|NRXN3|ARID5B|FMN2|CHRM3|SGCG|EREG|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A


NOG|NRP1|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|FHL1|OXTR|TRIB3|C1R|ASNS|EHF|C1S|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|CBLB|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A

10647 3,91E-15 7,61E-13 36 413 259 14290 positive regulation of cell communication

FGFR1|WNT16|ERBB4|SNCA|OXTR|L1CAM|VTN|VDR|MYD88|HMOX1|CASP8|CASP1|EGF|THBS1|TRAF6|SYK|BMP4|EGFR|CFLAR|BMP2|PELI1|IGF1|FADD|PARK2|GAS1|F7|HGF|RPTOR|CDKN1C|TNFSF10|EREG|F3|VEGFA|HBEGF|MTOR|BMP7

207


NOG|NRP1|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|OXTR|TRIB3|ASNS|EHF|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A

40007 7,22E-15 1,24E-12 26 208 259 14290 growth FGFR2|FGFR1|FGFR3|NDN|FHL1|TIMP3|SHH|SERPINE1|DCLK1|BMP4|BMP2|ST6GAL2|RXRA|ARID5B|IGF1|GAS1|PLG|EREG|NUPR1|INHBE|VEGFA|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|IGFBP5

48513 1,10E-14 1,78E-12 79 1790 259 14290 organ development

NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|KRT19|EREG|SGCG|CCND2|VEGFA|FGFR1|DHH|WNT16|WNT5B|SHROOM3|ERBB4|ENPP1|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|TIMP3|SRF|VDR|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|TRAF6|THBS1|DCLK1|TXNIP|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|KRT34|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4|IGFBP5

23033 3,26E-14 5,01E-12 86 2097 259 14290 signaling pathway

NOG|LTBP2|FST|EDN1|F2RL1|L1CAM|RHOU|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|CXCR4|HMOX1|NRG1|RAB27B|FGF1|PAG1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|ARHGEF6|ARHGAP29|GEM|DDIT3|GRP|FMN2|CHRM3|EREG|DOK5|F3|VEGFA|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|IL1R1|WNT5B|FGFR3|NMI|NDN|ERBB4|OXTR|VDR|RGMB|ANGPTL1|EGF|TRAF6|THBS1|TXNIP|PLAT|BMP4|GPR155|PTPRD|BMP2|PTPRE|CBL|MET|IGF1|HGF|KDR|LAMA1|CDKN1A|CBLB|SFRP1|ATP2A2|RPS6KA2|RGS4|CD274|HBEGF|

208

MTOR|GDF15|BMP7|CACNA1A|HTR2A

23052

5,91E-14 8,63E-12 110 3128 259 14290 signaling

NOG|LTBP2|EDN1|SNCA|FST|F2RL1|L1CAM|ANKRD1|CXCL12|SHH|AGTR1|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|ANK2|UNC5B|RAB27B|PAG1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|FADD|GEM|DDIT3|TNFAIP6|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|IL1R1|FGFR4|FGFR3|WNT5B|ERBB4|VDR|ANGPTL1|TRAF6|EGF|BMP4|PLAT|GPR155|BMP2|MET|NTN4|HGF|KDR|LAMA1|CBLB|TNFSF10|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|CD274|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|NRP1|RHOU|EDNRA|EDNRB|CXCR4|HMOX1|CNTNAP3|FGF1|NRG1|CASP1|DLG1|IRAK1|NRXN3|ARHGEF6|ARID5B|ARHGAP29|CDK4|GRP|FMN2|EREG|CHRM3|TNFRSF10D|DOK5|SH3KBP1|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|DHH|WNT16|NMI|NDN|OXTR|GPRC5A|RGMB|THBS1|PIK3R2|TXNIP|PTPRD|DLGAP1|PTPRE|CBL|COL15A1|IGF1|PARK2|RPS6KA2|HBEGF|GDF15|IGFBP5|HTR2A





209

APÊNDICE K - Tabela da lista de genes da intersecção entre as duas listas das comparações senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.

CTMH/n senescentes v jovens

CTMH/inv senescentes vs jovens

Probeset ID Gene Symbol Gene Title BF p-valor Fold change BF p-valor*

Fold change

Mais Expressos

1555673_at LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,73E-10 10,35 2,21E-35 22,94

203699_s_at DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II 1,77E-05 4,02 9,43E-31 15,25

1555997_s_at IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 1,74E-06 3,68 6,73E-36 10,96

204614_at SERPINB2 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 2 6,63E-03 4,59 3,07E-20 10,07

201107_s_at THBS1 thrombospondin 1 2,16E-06 4,21 4,76E-34 9,88

226047_at MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 3,30E-08 5,08 1,55E-28 7,70

225895_at SYNPO2 synaptopodin 2 7,32E-10 6,35 1,71E-28 7,70

233533_at KRTAP1-5 keratin associated protein 1-5 1,50E-08 11,57 6,81E-21 6,68

206912_at FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 4,47E-13 9,19 9,41E-28 6,28

223315_at NTN4 netrin 4 1,24E-04 4,81 4,13E-19 5,29

206029_at ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,71E-05 11,22 6,78E-10 4,46

206825_at OXTR oxytocin receptor 3,50E-06 5,00 6,67E-13 4,29

201650_at KRT19 keratin 19 8,60E-06 4,91 3,92E-24 4,04

203895_at PLCB4 phospholipase C, beta 4 3,50E-09 5,30 7,57E-18 3,91

228407_at SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 3,44E-08 9,92 1,11E-11 3,82

223541_at HAS3 hyaluronan synthase 3 2,40E-07 5,30 3,05E-12 3,74

206969_at KRT34 keratin 34 5,46E-07 8,04 7,17E-10 3,66

210

236129_at GALNT5 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

9,84E-08 4,65 2,10E-14 3,16

Menos expressos

203000_at STMN2 stathmin-like 2 7,91E-03 8,77 3,26E-07 -3,00

235334_at ST6GALNAC3 ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide

6,86E-05 -3,91 2,83E-11 -3,04

214043_at PTPRD protein tyrosine phosphatase, receptor type, D 5,87E-06 -3,05 3,28E-22 -3,12

228107_at LOC100127983 hypothetical protein LOC100127983 2,63E-04 -3,50 3,32E-23 -3,45

224937_at PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 3,55E-08 -5,57 5,28E-19 -3,55

227276_at PLXDC2 plexin domain containing 2 9,29E-05 -3,97 7,51E-25 -3,73

207536_s_at TNFRSF9 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9 4,73E-03 -3,46 1,57E-18 -4,03

235557_at GPAT2 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial 2,07E-05 -3,44 3,23E-25 -4,23

201397_at PHGDH phosphoglycerate dehydrogenase 6,31E-03 -3,40 1,52E-17 -5,30

228827_at RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related)

7,81E-11 -7,27 3,10E-27 -9,20

203423_at RBP1 retinol binding protein 1, cellular 2,00E-12 -8,74 7,47E-38 -15,17

207302_at SGCG sarcoglycan, gamma (35kDa dystrophin-associated glycoprotein)

5,52E-07 -6,45 8,66E-39 -20,14

*p-valores com correção Bonferroni (ANOVA).

211

Intersecção entre as comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e de CTMH/inv

Função celular e molecular Moléculas



Cell Death 9




Cellular Movement 5

Cell cycle 5


Protein Syntesis 4

Cell morphology 4




Lipid Metabolism 2

Drug Metabolism 2

Cellular Compromise 2

APÊNDICE L – Tabela da classificação funcional da lista dos 30 genes comuns em ambas as

listas das comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.

212

APÊNDICE M - Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos 30 genes comuns em ambas as listas das

comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.

Functions annotation p-Value Molecules # Molecules

Cell death

Cell death 3,77E-02

ANKRD1,IGFBP5,KRT19 (human),NTN4,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1,TNFRSF9 9

Cell viability 8,54E-04

KRT19 (human),NTN4,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1,TNFRSF9 7

Cell viability of skin cell lines 1,46E-04 NTN4,THBS1 2

Cell viability of endothelial cell lines 3,67E-04 NTN4,THBS1 2

Cell viability of blood cells 1,41E-02 RUNX1T1,TNFRSF9 2

Initiation of apoptosis 2,64E-02 THBS1,TNFRSF9 2

Inhibition of apoptosis 3,31E-02 SERPINB2,THBS1 2

Delay in apoptosis of lymphoma cell lines 4,12E-03 RUNX1T1 1

Cell viability of monocytes 1,03E-02 TNFRSF9 1

Cell viability of breast cell lines 1,64E-02 RBP1 1

Permeability of endothelial cell lines 2,85E-02 NTN4 1

Apoptosis of microvascular endothelial cells 4,45E-02 THBS1 1

Cell-to-cell signaling and interaction

Binding of cells 3,76E-03 HAS3,IGFBP5,OXTR,THBS1 4

Binding of tumor cell lines 3,14E-03 HAS3,OXTR,THBS1 3

Adhesion of tumor cell lines 9,79E-03 HAS3,SERPINB2,THBS1 3

Binding of breast cancer cell lines 8,40E-04 OXTR,THBS1 2

Adhesion of endothelial cell lines 1,01E-03 NTN4,THBS1 2

Adhesion of streptococcus pyogenes 2,06E-03 THBS1 1 Adhesion of squamous cell carcinoma cell lines 2,06E-03 THBS1 1

Synaptogenesis of retinal ganglion cells 2,06E-03 THBS1 1

Binding of mammary tumor cells 4,12E-03 IGFBP5 1

213

Stimulation of skin cancer cell lines 4,12E-03 THBS1 1

Phagocytosis of fibroblastos 6,18E-03 THBS1 1

Activation of skin cancer cell lines 8,23E-03 THBS1 1

Adhesion of melanoma cells 8,23E-03 THBS1 1

Adhesion of bone marrow cell lines 1,44E-02 THBS1 1

Adhesion of skin cell lines 1,64E-02 NTN4 1

Disassembly of focal adhesions 1,84E-02 THBS1 1

Adhesion of microvascular endothelial cells 2,05E-02 THBS1 1

Secretion of 5-hydroxytryptamine 2,05E-02 THBS1 1

Adhesion of carcinoma cell lines 2,45E-02 THBS1 1

Adhesion of lung cancer cell lines 2,65E-02 THBS1 1

Binding of prostate cancer cell lines 3,25E-02 HAS3 1

Activation of macrophages 4,65E-02 THBS1 1

Activation of blood platelets 4,84E-02 THBS1 1

Adhesion of prostate cancer cell lines 4,84E-02 HAS3 1

Cellular development

Proliferation of tumor cell lines 3,83E-02 HAS3,IGFBP5,OXTR,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1 6

Differentiation of cells 3,60E-02 IGFBP5,RUNX1T1,SERPINB2,STMN2 4

Differentiation of tumor cell lines 6,23E-03 IGFBP5,RUNX1T1,SERPINB2 3

Proliferation of prostate cancer cell lines 8,16E-03 HAS3,IGFBP5,OXTR 3

Proliferation of blood cells 1,79E-02 RUNX1T1,THBS1,TNFRSF9 3

Proliferation of skin cell lines 9,23E-04 NTN4,THBS1 2

Expansion of blood cells 3,51E-03 RUNX1T1,TNFRSF9 2

Proliferation of endothelial cell lines 8,11E-03 NTN4,THBS1 2

Proliferation of embryonic cell lines 9,84E-03 OXTR,SCUBE3 2

Proliferation of smooth muscle cells 1,06E-02 IGFBP5,THBS1 2

Proliferation of kidney cell lines 1,50E-02 OXTR,SCUBE3 2

Differentiation of leukemia cell lines 1,72E-02 RUNX1T1,SERPINB2 2

Proliferation of epithelial cell lines 2,11E-02 OXTR,SCUBE3 2

Proliferation of endothelial cells 4,42E-02 HAS3,THBS1 2

Proliferation of t lymphocytes 4,61E-02 THBS1,TNFRSF9 2

Arrest in differentiation of granulocytes 2,06E-03 RUNX1T1 1

Arrest in differentiation of lymphoma cell 2,06E-03 RUNX1T1 1

214

lines

Synaptogenesis of retinal ganglion cells 2,06E-03 THBS1 1

Expansion of erythroid cells 4,12E-03 RUNX1T1 1

Proliferation of small cell lung cancer cells 8,23E-03 THBS1 1 Epithelial-mesenchymal transition of lung cancer cell lines 1,03E-02 SCUBE3 1 Epithelial-mesenchymal transition of carcinoma cell lines 1,23E-02 SCUBE3 1

Proliferation of monocytes 1,23E-02 TNFRSF9 1

Differentiation of myeloid progenitor cells 1,64E-02 RUNX1T1 1

Proliferation of osteoblastos 3,25E-02 IGFBP5 1

Differentiation of neuroblastoma cell lines 4,05E-02 IGFBP5 1

Proliferation of skin cancer cell lines 4,65E-02 THBS1 1

Cellular growth and proliferation

Proliferation of tumor cell lines 3,83E-02 HAS3,IGFBP5,OXTR,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1 6

Proliferation of prostate cancer cell lines 8,16E-03 HAS3,IGFBP5,OXTR 3

Proliferation of blood cells 1,79E-02 RUNX1T1,THBS1,TNFRSF9 3

Proliferation of skin cell lines 9,23E-04 NTN4,THBS1 2

Expansion of blood cells 3,51E-03 RUNX1T1,TNFRSF9 2

Proliferation of endothelial cell lines 8,11E-03 NTN4,THBS1 2

Proliferation of embryonic cell lines 9,84E-03 OXTR,SCUBE3 2

Proliferation of smooth muscle cells 1,06E-02 IGFBP5,THBS1 2

Proliferation of kidney cell lines 1,50E-02 OXTR,SCUBE3 2

Proliferation of epithelial cell lines 2,11E-02 OXTR,SCUBE3 2

Proliferation of endothelial cells 4,42E-02 HAS3,THBS1 2

Proliferation of t lymphocytes 4,61E-02 THBS1,TNFRSF9 2

Expansion of erythroid cells 4,12E-03 RUNX1T1 1

Formation of thyroid cells 4,12E-03 THBS1 1

Stimulation of skin cancer cell lines 4,12E-03 THBS1 1

Proliferation of small cell lung cancer cells 8,23E-03 THBS1 1

Proliferation of monocytes 1,23E-02 TNFRSF9 1

Colony formation of erythroid cells 1,44E-02 RUNX1T1 1

Colony formation of hepatoma cell lines 1,64E-02 ANKRD1 1

215

Proliferation of osteoblastos 3,25E-02 IGFBP5 1

Proliferation of skin cancer cell lines 4,65E-02 THBS1 1

Cellular movement

Cell movement of skin cell lines 1,72E-03 NTN4,THBS1 2

Migration of smooth muscle cells 3,68E-03 IGFBP5,THBS1 2

Cell movement of endothelial cell lines 6,52E-03 NTN4,THBS1 2

Migration of endothelial cells 4,81E-02 HAS3,THBS1 2

Cell flattening of t lymphocytes 2,06E-03 THBS1 1

Mobility of adenocarcinoma cell lines 2,06E-03 SCUBE3 1 Chemotaxis of microvascular endothelial cells 6,18E-03 THBS1 1

Mobility of carcinoma cell lines 6,18E-03 SCUBE3 1

Mobility of lung cancer cell lines 6,18E-03 SCUBE3 1

Chemotaxis of smooth muscle cells 1,44E-02 THBS1 1

Invasion of adenocarcinoma cell lines 1,44E-02 SCUBE3 1

Chemotaxis of skin cell lines 1,64E-02 THBS1 1

Migration of fibroblasts 2,45E-02 THBS1 1

Chemotaxis of endothelial cell lines 2,65E-02 THBS1 1

Migration of ovarian cancer cell lines 4,25E-02 HAS3 1

Migration of skin cell lines 4,45E-02 NTN4 1

216

APÊNDICE N – Tabela de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens na comparação entre as CTMH/inv vs CTMH/n

jovens, ranqueados do maior para o menor Fold Change.


Mais espressos

Entrez Gene Gene Symbol Gene Title p-value BF*

Fold Change

216 ALDH1A1 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 2,30E-21 26,1744

6422 SFRP1 secreted frizzled-related protein 1 2,00E-29 19,1773

3918 LAMC2 laminin, gamma 2 5,89E-32 14,4033

3113 HLA-DPA1 major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1 9,12E-27 10,2371

4312 MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) 7,99E-11 8,79661

27063 ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,07E-08 8,77528

260436 C4orf7 chromosome 4 open reading frame 7 1,72E-25 7,86496

2202 EFEMP1 EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 2,12E-14 7,53702

8076 MFAP5 microfibrillar associated protein 5 4,21E-17 7,38419

59277 NTN4 netrin 4 5,43E-13 7,1124

2304 FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 3,14E-18 7,04331

6364 CCL20 chemokine (C-C motif) ligand 20 2,06E-08 7,0294

3356 HTR2A 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2A 3,74E-21 6,86942

1846 DUSP4 dual specificity phosphatase 4 2,46E-14 6,69553

56256 SERTAD4 SERTA domain containing 4 1,32E-19 6,07955

64399 HHIP hedgehog interacting protein 1,63E-18 5,93659

2591 GALNT3 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1,51E-12 5,80196

26577 PCOLCE2 procollagen C-endopeptidase enhancer 2 2,39E-20 5,46642

6192 RPS4Y1 ribosomal protein S4, Y-linked 1 1,31E-31 5,461

730755 LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,41E-11 5,25427

217

130340 AP1S3 adaptor-related protein complex 1, sigma 3 subunit 4,72E-19 4,85569

3226 HOXC10 homeobox C10 1,81E-15 4,75863

1272 CNTN1 Contactin 1 1,94E-14 4,73638

6387 CXCL12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 1,01E-09 4,50266

8653 DDX3Y DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 3, Y-linked 2,22E-25 4,41384

2167 FABP4 fatty acid binding protein 4, adipocyte 9,37E-16 4,3772

222663 SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 4,89E-07 4,3245


22829 NLGN4Y neuroligin 4, Y-linked 2,20E-17 4,25777

27242 TNFRSF21 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 21 6,51E-16 4,18942

4684 NCAM1 neural cell adhesion molecule 1 2,35E-19 4,13071

9086 EIF1AY eukaryotic translation initiation factor 1A, Y-linked 3,11E-26 4,05634

149111 CNIH3 cornichon homolog 3 (Drosophila) 1,78E-07 4,04554

644246 LOC644246 hypothetical LOC644246 7,50E-15 4,02313

139065 SLITRK4 SLIT and NTRK-like family, member 4 3,30E-07 4,01924

164781 WDR69 WD repeat domain 69 5,58E-11 4,00103

7035 TFPI tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) 3,23E-12 3,89511


8671 SLC4A4 solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 4 1,95E-17 3,80072

1525 CXADR coxsackie virus and adenovirus receptor 8,19E-10 3,75833

4982 TNFRSF11B tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b 6,38E-12 3,65423

728613 LOC728613 programmed cell death 6 pseudogene 9,82E-15 3,65123

92949 ADAMTSL1 ADAMTS-like 1 6,84E-13 3,61217

1306 COL15A1 collagen, type XV, alpha 1 7,31E-14 3,61213

5327 PLAT plasminogen activator, tissue 2,18E-18 3,59714

54879 ST7L suppression of tumorigenicity 7 like 1,10E-15 3,47925

1288 COL4A6 collagen, type IV, alpha 6 3,63E-13 3,41602

6783 SULT1E1 sulfotransferase family 1E, estrogen-preferring, member 1 2,48E-15 3,40958

218

400713 ZNF880 zinc finger protein 880 7,70E-15 3,38601

10586 MAB21L2 mab-21-like 2 (C. elegans) 4,73E-16 3,36096

6857 SYT1 synaptotagmin I 6,21E-08 3,32606

6696 SPP1 secreted phosphoprotein 1 2,68E-03 3,28384

9076 CLDN1 claudin 1 9,25E-04 3,27211

4071 TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 1,14E-10 3,23899 3481 /// 723961

IGF2 /// INS-IGF2 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) /// INS-IGF2 readthrough transcript 3,82E-10 3,20307

7851 MALL mal, T-cell differentiation protein-like 2,99E-10 3,20126

3075 /// 3078 CFH /// CFHR1 complement factor H /// complement factor H-related 1 8,96E-12 3,1965

9760 TOX thymocyte selection-associated high mobility group box 1,68E-08 3,16503

9829 DNAJC6 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 6 6,67E-12 3,16467

85480 TSLP thymic stromal lymphopoietin 6,33E-06 3,14111

87769 A2LD1 AIG2-like domain 1 7,00E-18 3,13836

22822 PHLDA1 pleckstrin homology-like domain, family A, member 1 3,65E-12 3,13348

1346 COX7A1 cytochrome c oxidase subunit VIIa polypeptide 1 (muscle) 5,89E-18 3,08291

100124700 HOTAIR hox transcript antisense RNA (non-protein coding) 1,75E-14 3,08021

56479 KCNQ5 potassium voltage-gated channel, KQT-like subfamily, member 5 7,42E-08 3,06021

9732 DOCK4 dedicator of cytokinesis 4 1,46E-10 3,01686

50863 NTM Neurotrimin 2,17E-08 3,01287

131566 DCBLD2 Discoidin, CUB and LCCL domain containing 2 2,61E-12 3,00745

Menos expressos

7503 XIST X (inactive)-specific transcript (non-protein coding) 1,02E-34 -7,04289

4692 NDN necdin homolog (mouse) 4,83E-28 -6,29509

55859 BEX1 brain expressed, X-linked 1 2,45E-24 -6,10636

4081 MAB21L1 mab-21-like 1 (C. elegans) 4,64E-17 -5,26257

54898 ELOVL2 elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)-like 2 2,55E-10 -4,88942

8942 KYNU kynureninase (L-kynurenine hydrolase) 1,07E-14 -4,88697

219

10335 MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 1,50E-14 -4,34172

136 ADORA2B adenosine A2b receptor 2,43E-24 -4,2307

6228 RPS23 ribosomal protein S23 5,52E-15 -4,17474

6354 CCL7 chemokine (C-C motif) ligand 7 1,36E-08 -4,1251


59 ACTA2 Actin, alpha 2, smooth muscle, aorta 3,89E-07 -3,84535

9315 C5orf13 chromosome 5 open reading frame 13 2,87E-19 -3,78505

5021 OXTR oxytocin receptor 1,54E-08 -3,71503

399491 LOC399491 GPS, PLAT and transmembrane domain-containing protein 2,09E-12 -3,59603

2023 ENO1 enolase 1, (alpha) 2,79E-03 -3,58285

55384 MEG3 maternally expressed 3 (non-protein coding) 4,26E-06 -3,49976

57718 PPP4R4 protein phosphatase 4, regulatory subunit 4 2,03E-12 -3,4238

2626 GATA4 GATA binding protein 4 2,81E-07 -3,32781

171024 SYNPO2 synaptopodin 2 4,02E-06 -3,26304

83857 TMTC1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 1 2,89E-06 -3,22966

2560 GABRB1 gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, beta 1 2,08E-07 -3,2186

50486 G0S2 G0/G1switch 2 2,76E-03 -3,16497

1513 CTSK cathepsin K 1,03E-08 -3,16065

9643 MORF4L2 Mortality factor 4 like 2 2,08E-05 -3,01646 *p-valor corrigidos por Bonferroni (ANOVA).

220

APÊNDICE O – Tabela da lista de genes diferencialmente expressos entre CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.

CTMH/inv vs CTMH Senescentes

Entrez Gene Gene Symbol Gene Title p-value BF* Fold change

Mais expressos

4312 MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) 2,45E-25 96,6301

216 ALDH1A1 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 7,30E-26 56,2836

6422 SFRP1 secreted frizzled-related protein 1 2,62E-34 39,0669

730755 LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,05E-23 22,0128

3897 L1CAM L1 cell adhesion molecule 8,32E-31 21,3267

4879 NPPB natriuretic peptide B 1,37E-22 20,6459

6328 SCN3A sodium channel, voltage-gated, type III, alpha subunit 1,04E-25 20,1669

5067 CNTN3 contactin 3 (plasmacytoma associated) 3,41E-32 19,5117

3918 LAMC2 laminin, gamma 2 1,75E-33 17,3405

256691 MAMDC2 MAM domain containing 2 2,29E-21 16,9176

1404 HAPLN1 hyaluronan and proteoglycan link protein 1 6,00E-16 16,7884


64399 HHIP hedgehog interacting protein 9,92E-30 16,3091

100124700 HOTAIR hox transcript antisense RNA (non-protein coding) 1,25E-33 16,1935

3226 HOXC10 homeobox C10 1,85E-27 16,1698

205 AK4 adenylate kinase 4 5,66E-30 16,0519

728613 LOC728613 programmed cell death 6 pseudogene 1,79E-29 13,8879

4741 NEFM neurofilament, medium polypeptide 4,81E-25 13,7263

27063 ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,32E-11 13,4826

3814 KISS1 KiSS-1 metastasis-suppressor 5,22E-25 13,2696

5350 PLN Phospholamban 1,56E-15 13,0404


221

6542 SLC7A2 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 2

3,33E-19 12,1714

9829 DNAJC6 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 6 3,03E-27 11,93

1525 CXADR coxsackie virus and adenovirus receptor 1,68E-21 11,8676

203447 NRK Nik related kinase 4,21E-32 11,6697


59277 NTN4 netrin 4 4,41E-17 11,4886

23705 CADM1 cell adhesion molecule 1 5,44E-24 10,9342

29126 CD274 CD274 molecule 1,17E-16 10,4025

343450 KCNT2 potassium channel, subfamily T, member 2 6,05E-21 9,65584

1950 EGF epidermal growth fator 6,99E-22 9,31693

285704 RGMB RGM domain family, member B 1,39E-17 9,01317

55711 FAR2 Fatty acyl CoA reductase 2 4,89E-27 8,60828

7164 TPD52L1 tumor protein D52-like 1 1,11E-20 8,45075

1284 COL4A2 collagen, type IV, alpha 2 5,28E-14 8,33256

4973 OLR1 oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1 1,51E-20 7,72385

2591 GALNT3 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

2,83E-15 7,7065

27242 TNFRSF21 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 21 6,49E-23 7,57155

2922 GRP gastrin-releasing peptide 4,93E-14 7,50514

3983 ABLIM1 actin binding LIM protein 1 5,80E-24 7,33942

1410 CRYAB crystallin, alpha B 4,61E-14 6,88616

5999 RGS4 regulator of G-protein signaling 4 2,50E-14 6,68146

8490 RGS5 regulator of G-protein signaling 5 6,41E-22 6,66255

57419 SLC24A3 solute carrier family 24 (sodium/potassium/calcium exchanger), member 3 1,76E-23 6,57076

590 BCHE Butyrylcholinesterase 3,28E-19 6,51377


1839 HBEGF heparin-binding EGF-like growth factor 1,14E-22 6,39469

222

56241 SUSD2 sushi domain containing 2 7,69E-21 6,33222

1006 CDH8 cadherin 8, type 2 1,09E-25 6,32761

7163 TPD52 tumor protein D52 4,19E-18 6,29187

1906 EDN1 endothelin 1 5,62E-22 6,19263

84159 ARID5B AT rich interactive domain 5B (MRF1-like) 7,85E-18 6,02746

144165 PRICKLE1 prickle homolog 1 (Drosophila) 4,83E-25 5,97265

9241 NOG Noggin 8,91E-10 5,69388

4071 TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 2,46E-14 5,63546

9411 ARHGAP29 Rho GTPase activating protein 29 2,81E-19 5,57186

90102 PHLDB2 pleckstrin homology-like domain, family B, member 2 1,22E-08 5,46833

1131 CHRM3 cholinergic receptor, muscarinic 3 2,18E-16 5,45051

84570 COL25A1 collagen, type XXV, alpha 1 3,84E-13 5,44825

3488 IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 9,05E-13 5,3603

2304 FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 3,92E-15 5,27988

2953 GSTT2 glutathione S-transferase theta 2 1,13E-20 5,25695

5738 PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 1,37E-13 5,18247

4982 TNFRSF11B tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b 3,43E-16 5,14099

8076 MFAP5 microfibrillar associated protein 5 2,90E-13 5,10198

28638 /// 28639 TRBC1 /// TRBC2 T cell receptor beta constant 1 /// T cell receptor beta constant 2 4,47E-14 5,08197

1824 DSC2 desmocollin 2 2,40E-18 5,0543

8745 ADAM23 ADAM metallopeptidase domain 23 3,08E-21 5,05061

3481 /// 723961 IGF2 /// INS-IGF2 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) /// INS-IGF2 readthrough transcript

1,05E-15 4,92893

185 AGTR1 angiotensin II receptor, type 1 6,94E-15 4,90909

10396 ATP8A1 ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1 3,62E-21 4,85526

9052 GPRC5A G protein-coupled receptor, family C, group 5, member A 1,71E-20 4,78254

1739 DLG1 discs, large homolog 1 (Drosophila) 1,48E-10 4,75775

80380 PDCD1LG2 programmed cell death 1 ligand 2 2,99E-13 4,74131

223

7042 TGFB2 transforming growth factor, beta 2 1,60E-12 4,65836

153769 SH3RF2 SH3 domain containing ring finger 2 4,00E-17 4,64978

56256 SERTAD4 SERTA domain containing 4 2,38E-16 4,6266

58494 JAM2 junctional adhesion molecule 2 1,79E-12 4,58682

83481 EPPK1 epiplakin 1 5,20E-17 4,57703

100505470 /// 646576

LOC100505470 /// LOC646576

hypothetical LOC100505470 /// hypothetical LOC646576 2,92E-14 4,53172

131368 ZPLD1 zona pellucida-like domain containing 1 1,67E-12 4,52553

116984 ARAP2 ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 2,47E-14 4,49183

5327 PLAT plasminogen activator, tissue 1,41E-21 4,46367

222663 SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 2,47E-07 4,46227

2321 FLT1 fms-related tyrosine kinase 1 (vascular endothelial growth factor/vascular permea

5,52E-10 4,46141

6160 RPL31 ribosomal protein L31 2,09E-18 4,44763

26577 PCOLCE2 procollagen C-endopeptidase enhancer 2 1,15E-17 4,42416


79966 SCD5 stearoyl-CoA desaturase 5 1,20E-18 4,3752

1272 CNTN1 Contactin 1 1,98E-13 4,35623

3113 HLA-DPA1 major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1 3,94E-17 4,33503

79937 CNTNAP3 contactin associated protein-like 3 9,55E-15 4,31896

5255 PHKA1 phosphorylase kinase, alpha 1 (muscle) 3,20E-18 4,2578

222658 KCTD20 potassium channel tetramerisation domain containing 20 1,21E-22 4,24464

285628 LOC285628 hypothetical protein LOC285628 1,69E-06 4,19179

5552 SRGN Serglycin 5,18E-17 4,16015

10085 EDIL3 EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3 7,94E-08 4,14482

23327 NEDD4L neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like 4,91E-15 4,13967

60494 CCDC81 coiled-coil domain containing 81 3,30E-11 4,04453

171024 SYNPO2 synaptopodin 2 3,08E-13 3,99263

224

2273 FHL1 four and a half LIM domains 1 5,78E-10 3,93926

8793 TNFRSF10D tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10d, decoy with truncated deat

4,74E-17 3,87082

353322 ANKRD37 ankyrin repeat domain 37 6,64E-15 3,83403

3589 IL11 interleukin 11 3,35E-12 3,81313

10100 TSPAN2 tetraspanin 2 1,74E-12 3,79212

894 CCND2 cyclin D2 3,60E-14 3,79202

130576 LYPD6B LY6/PLAUR domain containing 6B 2,28E-16 3,78424

358 AQP1 aquaporin 1 (Colton blood group) 1,35E-13 3,77163

4162 MCAM melanoma cell adhesion molecule 3,40E-20 3,76729

157638 FAM84B family with sequence similarity 84, member B 9,44E-07 3,75514

10586 MAB21L2 mab-21-like 2 (C. elegans) 1,06E-17 3,74137

1827 RCAN1 regulator of calcineurin 1 1,79E-08 3,73659

540 ATP7B ATPase, Cu++ transporting, beta polypeptide 6,84E-19 3,73335

182 JAG1 jagged 1 1,10E-13 3,70545

55861 /// 767557 /// 90196

DBNDD2 /// SYS1 /// SYS1-DBNDD2

dysbindin (dystrobrevin binding protein 1) domain containing 2 /// SYS1 Golgi-loc

2,98E-20 3,6737

861 RUNX1 runt-related transcription factor 1 1,47E-18 3,65248

3059 HCLS1 hematopoietic cell-specific Lyn substrate 1 1,07E-16 3,65028

386618 KCTD4 potassium channel tetramerisation domain containing 4 6,75E-12 3,61333

800 CALD1 caldesmon 1 3,80E-05 3,59851

5357 PLS1 plastin 1 1,63E-15 3,59025

2892 GRIA3 glutamate receptor, ionotrophic, AMPA 3 8,95E-15 3,58865

79642 ARSJ arylsulfatase family, member J 4,56E-22 3,58483

143098 MPP7 membrane protein, palmitoylated 7 (MAGUK p55 subfamily member 7) 9,50E-16 3,55506

9843 HEPH Hephaestin 1,67E-16 3,5293

4781 NFIB nuclear factor I/B 9,50E-12 3,5117

3371 TNC tenascin C 6,79E-17 3,50049

225

9508 ADAMTS3 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 3 5,58E-10 3,45227

1008 CDH10 cadherin 10, type 2 (T2-cadherin) 2,65E-15 3,44412

64283 RGNEF 190 kDa guanine nucleotide exchange factor 1,60E-08 3,40782

773 CACNA1A calcium channel, voltage-dependent, P/Q type, alpha 1A subunit 8,17E-15 3,39945

1825 DSC3 desmocollin 3 3,55E-18 3,32568

1948 EFNB2 ephrin-B2 8,30E-13 3,30776

25797 QPCT glutaminyl-peptide cyclotransferase 1,43E-11 3,29213

158038 LINGO2 leucine rich repeat and Ig domain containing 2 4,99E-11 3,27479

3911 LAMA5 laminin, alpha 5 1,23E-16 3,2475

1295 COL8A1 collagen, type VIII, alpha 1 9,83E-05 3,24208

2621 GAS6 growth arrest-specific 6 2,71E-17 3,23332

6444 SGCD sarcoglycan, delta (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) 2,82E-08 3,22708

9123 SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (monocarboxylic acid transporter 4) 3,69E-05 3,22673

152573 SHISA3 shisa homolog 3 (Xenopus laevis) 1,72E-18 3,20652

11010 GLIPR1 GLI pathogenesis-related 1 2,64E-22 3,20296

1601 DAB2 disabled homolog 2, mitogen-responsive phosphoprotein (Drosophila) 0,001301156 3,20156

80177 MYCT1 myc target 1 1,83E-08 3,19443

2042 EPHA3 EPH receptor A3 2,86E-11 3,1912

50804 MYEF2 myelin expression factor 2 4,30E-14 3,18606

2246 FGF1 fibroblast growth factor 1 (acidic) 2,47E-12 3,18361

10580 SORBS1 sorbin and SH3 domain containing 1 1,08E-14 3,15278

64866 CDCP1 CUB domain containing protein 1 1,50E-08 3,14719

5332 PLCB4 phospholipase C, beta 4 3,12E-06 3,14375

64750 SMURF2 SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2 9,86E-09 3,10896

51384 WNT16 wingless-type MMTV integration site family, member 16 1,73E-09 3,09481


51700 CYB5R2 cytochrome b5 reductase 2 6,32E-18 3,07171

54873 PALMD Palmdelphin 7,69E-18 3,04127

226

4345 CD200 CD200 molecule 1,99E-08 3,02666

2357 FPR1 formyl peptide receptor 1 2,96E-11 3,01313

1832 DSP Desmoplakin 2,47E-06 3,00967

Menos expressos

3082 HGF hepatocyte growth factor (hepapoietin A; scatter factor) 2,37E-31 -37,7134

90865 IL33 interleukin 33 8,66E-20 -36,865

50486 G0S2 G0/G1switch 2 2,01E-27 -28,6178

55816 DOK5 docking protein 5 2,00E-26 -27,8488

8942 KYNU kynureninase (L-kynurenine hydrolase) 2,15E-28 -21,6892

7130 TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 4,26E-23 -18,5556

4692 NDN necdin homolog (mouse) 5,67E-38 -17,2732

9358 ITGBL1 integrin, beta-like 1 (with EGF-like repeat domains) 3,93E-22 -15,9321

10234 LRRC17 leucine rich repeat containing 17 7,51E-26 -15,1663

1116 CHI3L1 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) 1,86E-09 -14,5364

2150 F2RL1 coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1 7,91E-19 -14,3471


114769 CARD16 caspase recruitment domain family, member 16 4,98E-26 -13,4806

100132891 LOC100132891 hypothetical LOC100132891 5,67E-23 -12,0172

83857 TMTC1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 1 1,08E-17 -11,8544

5648 MASP1 mannan-binding lectin serine peptidase 1 (C4/C2 activating component of Ra-reacti

6,81E-28 -11,6694

8673 VAMP8 vesicle-associated membrane protein 8 (endobrevin) 8,49E-27 -11,6281

10788 IQGAP2 IQ motif containing GTPase activating protein 2 1,17E-15 -10,6731

11075 STMN2 stathmin-like 2 5,21E-12 -10,6187

10457 GPNMB glycoprotein (transmembrane) nmb 1,13E-08 -10,5814

715 C1R complement component 1, r subcomponent 7,07E-21 -10,4225

4675 NAP1L3 nucleosome assembly protein 1-like 3 1,70E-23 -10,1453

3437 IFIT3 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 9,78E-12 -9,91912

227

1545 CYP1B1 cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1 2,33E-09 -9,05579

26471 NUPR1 nuclear protein, transcriptional regulator, 1 2,84E-13 -8,98737

144455 E2F7 E2F transcription factor 7 8,10E-20 -8,9307

834 CASP1 caspase 1, apoptosis-related cysteine peptidase (interleukin 1, beta, convertase)

2,74E-22 -8,73738

6354 CCL7 chemokine (C-C motif) ligand 7 1,04E-15 -8,538

29995 LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 2,12E-23 -8,22886

9582 APOBEC3B apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3B 1,88E-12 -7,87537

10194 TSHZ1 teashirt zinc finger homeobox 1 5,25E-19 -7,66108

10468 FST Follistatin 1,06E-26 -7,51366

727936 GXYLT2 glucoside xylosyltransferase 2 4,67E-25 -7,46392

3434 IFIT1 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 4,50E-05 -7,40654

115207 KCTD12 potassium channel tetramerisation domain containing 12 2,78E-21 -7,33004

136 ADORA2B adenosine A2b receptor 3,12E-31 -7,17501

55075 UACA uveal autoantigen with coiled-coil domains and ankyrin repeats 5,64E-33 -7,11174

284217 LAMA1 laminin, alpha 1 6,52E-12 -6,7933

5740 PTGIS prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase 1,48E-16 -6,52039

3357 HTR2B 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2B 2,18E-08 -6,49987

10082 GPC6 glypican 6 8,42E-17 -6,42502

85477 SCIN Scinderin 4,71E-06 -6,35289

4311 MME membrane metallo-endopeptidase 3,54E-20 -6,35099

860 RUNX2 runt-related transcription factor 2 1,05E-17 -6,24807

79695 GALNT12 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

6,34E-20 -6,22537

55089 SLC38A4 solute carrier family 38, member 4 1,09E-14 -6,14599

94240 EPSTI1 epithelial stromal interaction 1 (breast) 1,39E-11 -6,10991

25893 TRIM58 tripartite motif-containing 58 1,24E-14 -6,08121

54898 ELOVL2 elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)-like 2 1,70E-12 -6,08066

228

1959 EGR2 early growth response 2 1,15E-05 -6,03208

1123 CHN1 chimerin (chimaerin) 1 2,53E-28 -6,02721

57194 ATP10A ATPase, class V, type 10A 4,23E-18 -5,93013

2294 FOXF1 forkhead box F1 1,37E-27 -5,91731

3161 HMMR hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) 1,74E-10 -5,91415

23024 PDZRN3 PDZ domain containing ring finger 3 1,98E-12 -5,90235

389834 LOC389834 ankyrin repeat domain 57 pseudogene 2,90E-21 -5,85378


10516 FBLN5 fibulin 5 4,89E-14 -5,80767

23421 ITGB3BP integrin beta 3 binding protein (beta3-endonexin) 8,24E-17 -5,80648

27346 TMEM97 transmembrane protein 97 9,68E-21 -5,71228

55824 PAG1 phosphoprotein associated with glycosphingolipid microdomains 1 1,21E-13 -5,6985

9077 DIRAS3 DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3 2,27E-09 -5,66888

1033 CDKN3 cyclin-dependent kinase inhibitor 3 1,14E-05 -5,62609

84620 ST6GAL2 ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 2 9,79E-17 -5,59987

283208 P4HA3 prolyl 4-hydroxylase, alpha polypeptide III 1,29E-17 -5,57949

5793 PTPRG protein tyrosine phosphatase, receptor type, G 1,76E-18 -5,54889


84561 SLC12A8 solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 8 4,38E-15 -5,51033

25840 METTL7A methyltransferase like 7ª 5,19E-14 -5,4539

83716 CRISPLD2 cysteine-rich secretory protein LCCL domain containing 2 4,82E-17 -5,43596

58189 WFDC1 WAP four-disulfide core domain 1 1,43E-06 -5,42781

5673 PSG5 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 1,07E-05 -5,39071

9314 KLF4 Kruppel-like factor 4 (gut) 1,57E-07 -5,36634

6563 SLC14A1 solute carrier family 14 (urea transporter), member 1 (Kidd blood group) 8,05E-12 -5,34307

2669 GEM GTP binding protein overexpressed in skeletal muscle 9,55E-17 -5,27515

80031 SEMA6D sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D

4,40E-17 -5,2369

229

3294 HSD17B2 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 4,12E-12 -5,2137

10112 KIF20A kinesin family member 20ª 4,18E-07 -5,03822

5698 PSMB9 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 9 (large multifunctional pept

5,39E-15 -5,03317

401494 PTPLAD2 protein tyrosine phosphatase-like A domain containing 2 8,46E-22 -4,93447

25878 MXRA5 matrix-remodelling associated 5 3,11E-06 -4,91685

716 C1S complement component 1, s subcomponent 5,32E-12 -4,91257

3638 INSIG1 insulin induced gene 1 2,33E-10 -4,89585

6943 TCF21 transcription factor 21 6,56E-14 -4,8901

54331 GNG2 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 2,64E-20 -4,89005

4685 NCAM2 neural cell adhesion molecule 2 7,05E-15 -4,87759

7045 TGFBI transforming growth factor, beta-induced, 68kDa 2,23E-25 -4,78415

83666 PARP9 poly (ADP-ribose) polymerase family, member 9 1,57E-10 -4,73708

991 CDC20 cell division cycle 20 homolog (S. cerevisiae) 1,13E-05 -4,73213

91607 SLFN11 schlafen family member 11 8,15E-18 -4,70239

1958 EGR1 Early growth response 1 8,55E-13 -4,70173

890 CCNA2 cyclin A2 8,29E-06 -4,61152


4651 MYO10 myosin X 2,70E-17 -4,595

9787 DLGAP5 discs, large (Drosophila) homolog-associated protein 5 3,02E-06 -4,59105

5732 PTGER2 prostaglandin E receptor 2 (subtype EP2), 53kDa 4,13E-13 -4,57138

55635 DEPDC1 DEP domain containing 1 1,52E-07 -4,50164

5167 ENPP1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 1,26E-18 -4,49543



387758 FIBIN fin bud initiation factor homolog (zebrafish) 5,66E-08 -4,43361

64135 IFIH1 interferon induced with helicase C domain 1 6,82E-05 -4,41344

5376 PMP22 peripheral myelin protein 22 3,69E-22 -4,32681

230

116496 FAM129A family with sequence similarity 129, member A 5,91E-07 -4,32492

8519 IFITM1 interferon induced transmembrane protein 1 (9-27) 0,000101921 -4,31422

55084 SOBP sine oculis binding protein homolog (Drosophila) 3,14E-17 -4,30636

132430 PABPC4L poly(A) binding protein, cytoplasmic 4-like 4,75E-11 -4,24978

2252 /// 387628 /// 654466

FGF7 /// KGFLP1 /// KGFLP2

fibroblast growth factor 7 /// keratinocyte growth factor-like protein 1 /// kera

1,59E-13 -4,22881

219699 UNC5B unc-5 homolog B (C. elegans) 0,000674055 -4,22445

222235 FBXL13 F-box and leucine-rich repeat protein 13 1,45E-11 -4,21712

10964 IFI44L interferon-induced protein 44-like 0,007287139 -4,19432

11274 USP18 ubiquitin specific peptidase 18 3,11E-09 -4,17771


1513 CTSK cathepsin K 3,36E-12 -4,15889

79682 MLF1IP MLF1 interacting protein 1,34E-05 -4,15837

8804 CREG1 cellular repressor of E1A-stimulated genes 1 6,43E-13 -4,1447

55034 MOCOS molybdenum cofactor sulfurase 3,60E-10 -4,13521

7351 UCP2 uncoupling protein 2 (mitochondrial, proton carrier) 9,05E-11 -4,13469

3908 LAMA2 laminin, alpha 2 4,35E-16 -4,12406

983 CDK1 cyclin-dependent kinase 1 7,54E-06 -4,11829

699 BUB1 budding uninhibited by benzimidazoles 1 homolog (yeast) 3,47E-08 -4,10745

2115 ETV1 ets variant 1 2,49E-15 -4,10111

9068 ANGPTL1 angiopoietin-like 1 3,36E-05 -4,09003

115908 CTHRC1 collagen triple helix repeat containing 1 6,40E-19 -4,07901

4751 NEK2 NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 2 4,09E-07 -4,06013

4001 LMNB1 lamin B1 5,13E-06 -4,05173

7421 VDR vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor 7,09E-10 -4,04766

55872 PBK PDZ binding kinase 0,000369304 -4,04753

8989 TRPA1 transient receptor potential cation channel, subfamily A, member 1 1,32E-07 -4,04513

23767 FLRT3 fibronectin leucine rich transmembrane protein 3 5,74E-09 -4,03218

231

4313 MMP2 matrix metallopeptidase 2 (gelatinase A, 72kDa gelatinase, 72kDa type IV collagen

1,70E-13 -4,02033

54739 XAF1 XIAP associated factor 1 8,76E-07 -4,01909

80210 ARMC9 armadillo repeat containing 9 8,25E-13 -4,01562

9133 CCNB2 cyclin B2 3,27E-06 -4,01482

7306 TYRP1 tyrosinase-related protein 1 1,40E-10 -4,01

64798 DEPDC6 DEP domain containing 6 3,04E-09 -4,00584

9246 UBE2L6 ubiquitin-conjugating enzyme E2L 6 1,13E-12 -4,00047

9659 PDE4DIP phosphodiesterase 4D interacting protein 3,23E-18 -3,99946


139818 DOCK11 dedicator of cytokinesis 11 1,95E-22 -3,93755



1031 CDKN2C cyclin-dependent kinase inhibitor 2C (p18, inhibits CDK4) 9,12E-06 -3,90454

6518 SLC2A5 solute carrier family 2 (facilitated glucose/fructose transporter), member 5 1,69E-05 -3,89166

7272 TTK TTK protein kinase 1,21E-05 -3,87651

5087 PBX1 pre-B-cell leukemia homeobox 1 9,56E-08 -3,8454

360 AQP3 aquaporin 3 (Gill blood group) 7,29E-10 -3,82385

1293 COL6A3 collagen, type VI, alpha 3 9,86E-29 -3,75557

6041 RNASEL ribonuclease L (2',5'-oligoisoadenylate synthetase-dependent) 1,79E-13 -3,75461

51514 DTL denticleless homolog (Drosophila) 7,43E-05 -3,75155

4081 MAB21L1 mab-21-like 1 (C. elegans) 8,58E-13 -3,7473

11199 ANXA10 annexin A10 6,34E-11 -3,73476

332 BIRC5 baculoviral IAP repeat-containing 5 0,000426607 -3,72975

10403 NDC80 NDC80 homolog, kinetochore complex component (S. cerevisiae) 8,73E-07 -3,71959

29108 PYCARD PYD and CARD domain containing 1,50E-11 -3,71463

5359 PLSCR1 phospholipid scramblase 1 5,74E-08 -3,71378

55008 HERC6 hect domain and RLD 6 0,002330642 -3,68698

232

100288525 LOC100288525 hypothetical protein LOC100288525 4,36E-14 -3,68092

8605 PLA2G4C phospholipase A2, group IVC (cytosolic, calcium-independent) 0,000225915 -3,68043

100113384 /// 100505806

LOC100505806 /// SNORD123

hypothetical LOC100505806 /// small nucleolar RNA, C/D box 123 1,83E-22 -3,67826

54908 CCDC99 coiled-coil domain containing 99 2,24E-15 -3,67021

11339 OIP5 Opa interacting protein 5 2,59E-05 -3,66804

6999 TDO2 tryptophan 2,3-dioxygenase 2,49E-09 -3,66345

114800 CCDC85A coiled-coil domain containing 85A 2,76E-11 -3,65155

202 AIM1 absent in melanoma 1 3,69E-09 -3,64767

7153 TOP2A topoisomerase (DNA) II alpha 170kDa 2,04E-05 -3,64281

5156 PDGFRA platelet-derived growth factor receptor, alpha polypeptide 4,60E-22 -3,64262

10417 SPON2 spondin 2, extracellular matrix protein 4,45E-15 -3,57526

23475 QPRT quinolinate phosphoribosyltransferase 4,77E-13 -3,56413

5557 PRIM1 primase, DNA, polypeptide 1 (49kDa) 2,61E-06 -3,56049

79411 GLB1L galactosidase, beta 1-like 7,04E-14 -3,56044

91057 CCDC34 coiled-coil domain containing 34 6,42E-07 -3,55579

51280 GOLM1 golgi membrane protein 1 3,62E-25 -3,55237

55601 DDX60 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 60 7,95E-05 -3,5506

64131 XYLT1 xylosyltransferase I 4,07E-09 -3,54685

219285 SAMD9L sterile alpha motif domain containing 9-like 1,39E-08 -3,54388

57718 PPP4R4 protein phosphatase 4, regulatory subunit 4 6,95E-13 -3,53832

51512 GTSE1 G-2 and S-phase expressed 1 0,000109177 -3,52728

2683 B4GALT1 UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4- galactosyltransferase, polypeptide 1 1,06E-18 -3,52293

91461 PKDCC protein kinase domain containing, cytoplasmic homolog (mouse) 3,45E-18 -3,51663

283431 GAS2L3 Growth arrest-specific 2 like 3 1,24E-10 -3,50095

3209 HOXA13 homeobox A13 2,54E-07 -3,49793

387103 CENPW centromere protein W 6,44E-06 -3,4832

11118 BTN3A2 butyrophilin, subfamily 3, member A2 3,08E-15 -3,4621

233

51203 NUSAP1 nucleolar and spindle associated protein 1 0,000269251 -3,43256

220002 CYBASC3 cytochrome b, ascorbate dependent 3 3,16E-17 -3,40248

10402 ST3GAL6 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 6 3,52E-07 -3,3875

130502 TTC32 tetratricopeptide repeat domain 32 2,75E-12 -3,38312

54510 PCDH18 protocadherin 18 2,98E-11 -3,38303

3433 IFIT2 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 0,000177099 -3,38292

51659 GINS2 GINS complex subunit 2 (Psf2 homolog) 0,000359429 -3,37794

57082 CASC5 cancer susceptibility candidate 5 1,65E-05 -3,37287


1058 CENPA centromere protein A 1,67E-05 -3,36698

6241 RRM2 ribonucleotide reductase M2 0,006178712 -3,33791

8111 GPR68 G protein-coupled receptor 68 3,40E-05 -3,33688

5791 PTPRE protein tyrosine phosphatase, receptor type, E 4,66E-08 -3,33306


8644 AKR1C3 aldo-keto reductase family 1, member C3 (3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase, ty

2,62E-10 -3,31104

8553 BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 1,88E-09 -3,29618

11004 KIF2C kinesin family member 2C 4,79E-05 -3,29249

1063 CENPF centromere protein F, 350/400kDa (mitosin) 3,14E-07 -3,28957

221178 SPATA13 spermatogenesis associated 13 3,83E-11 -3,28658

55893 ZNF395 zinc finger protein 395 9,95E-13 -3,27395

91351 DDX60L DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 60-like 5,76E-07 -3,27196

84171 LOXL4 lysyl oxidase-like 4 2,90E-08 -3,26588

8844 KSR1 kinase suppressor of ras 1 1,26E-16 -3,25837

58480 RHOU ras homolog gene family, member U 1,92E-11 -3,2481

3431 SP110 SP110 nuclear body protein 1,07E-05 -3,24077


7499 XG Xg blood group 2,00E-14 -3,23796

234

91612 CHURC1 churchill domain containing 1 9,95E-27 -3,23249

55165 CEP55 centrosomal protein 55kDa 0,001758518 -3,23153

144406 WDR66 WD repeat domain 66 1,79E-15 -3,22967

554282 /// 653820 /// 728833 /// 729533

FAM72A /// FAM72B /// FAM72C /// FAM72D

family with sequence similarity 72, member A /// family with sequence similarity 1,55E-06 -3,22815

9111 NMI N-myc (and STAT) interactor 3,45E-16 -3,22392

9768 KIAA0101 KIAA0101 0,000971618 -3,2216

8829 NRP1 neuropilin 1 1,59E-16 -3,20814

26575 RGS17 regulator of G-protein signaling 17 1,49E-09 -3,20135

51704 GPRC5B G protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 1,41E-14 -3,20129

24137 KIF4A kinesin family member 4ª 4,79E-05 -3,19168

5101 PCDH9 protocadherin 9 2,88E-10 -3,18255

862 RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related) 5,64E-05 -3,17382

57405 SPC25 SPC25, NDC80 kinetochore complex component, homolog (S. cerevisiae) 0,003240959 -3,16986

150864 FAM117B family with sequence similarity 117, member B 1,90E-07 -3,15937

150468 CKAP2L cytoskeleton associated protein 2-like 1,67E-06 -3,15845

1512 CTSH cathepsin H 3,34E-08 -3,15245

22998 LIMCH1 LIM and calponin homology domains 1 3,33E-11 -3,14955

891 CCNB1 cyclin B1 0,000146697 -3,14949

151246 SGOL2 shugoshin-like 2 (S. pombe) 2,42E-06 -3,14736

642946 NCRNA00292 non-protein coding RNA 292 6,40E-13 -3,14712

84269 CHCHD5 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 5 6,54E-07 -3,1365

2305 FOXM1 forkhead box M1 0,000274555 -3,12747

586 BCAT1 branched chain amino-acid transaminase 1, cytosolic 2,65E-14 -3,12529

54502 RBM47 RNA binding motif protein 47 2,55E-16 -3,12484

2710 GK glycerol kinase 3,72E-10 -3,11966

235

4493 MT1E metallothionein 1E 7,75E-20 -3,11191

624 BDKRB2 bradykinin receptor B2 6,90E-11 -3,11006

5742 PTGS1 prostaglandin-endoperoxide synthase 1 (prostaglandin G/H synthase and cyclooxygen

3,96E-09 -3,10799

5874 RAB27B RAB27B, member RAS oncogene family 1,39E-07 -3,10551

83468 GLT8D2 glycosyltransferase 8 domain containing 2 6,34E-16 -3,10384

9055 PRC1 protein regulator of cytokinesis 1 0,003304218 -3,10338

26053 AUTS2 autism susceptibility candidate 2 9,81E-15 -3,10127

7083 TK1 thymidine kinase 1, soluble 2,85E-06 -3,10117

57458 TMCC3 transmembrane and coiled-coil domain family 3 9,64E-09 -3,09912

83461 CDCA3 cell division cycle associated 3 0,001887769 -3,08631

84952 CGNL1 cingulin-like 1 1,55E-10 -3,08158

3157 HMGCS1 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 1 (soluble) 0,000901596 -3,08125

81620 CDT1 Chromatin licensing and DNA replication factor 1 0,000121188 -3,07599

1854 DUT deoxyuridine triphosphatase 1,90E-10 -3,07589

114134 SLC2A13 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 13 3,67E-07 -3,07449

57520 HECW2 HECT, C2 and WW domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 6,69E-06 -3,06562

11213 IRAK3 interleukin-1 receptor-associated kinase 3 8,46E-06 -3,06147

4884 NPTX1 neuronal pentraxin I 8,16E-09 -3,05538

56521 DNAJC12 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12 2,60E-12 -3,05431

79801 SHCBP1 SHC SH2-domain binding protein 1 0,006907148 -3,04857

8714 ABCC3 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 3 4,35E-10 -3,04821

64151 NCAPG non-SMC condensin I complex, subunit G 0,000305705 -3,04366

81610 FAM83D family with sequence similarity 83, member D 0,004436854 -3,04291

6355 CCL8 chemokine (C-C motif) ligand 8 0,000241425 -3,03965

3910 LAMA4 laminin, alpha 4 0,000470671 -3,0371

9928 KIF14 kinesin family member 14 1,71E-05 -3,01314

284273 ZADH2 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 2,06E-09 -3,01065

236


84455 EFCAB7 EF-hand calcium binding domain 7 3,21E-11 -3,00967

83852 SETDB2 SET domain, bifurcated 2 1,46E-08 -3,00707

84057 MND1 meiotic nuclear divisions 1 homolog (S. cerevisiae) 0,00758386 -3,0029

56986 DTWD1 DTW domain containing 1 3,84E-17 -3,00269 *p-valores corrigidos por Bonferroni (ANOVA).

237

Comparações

CTMH/inv vs CTMH/n:

Jovens Senescentes

Probeset ID Gene Symbol p-value BF* Fold change p-value BF* Fold Change

Mais Expressos

204475_at MMP1 7,99E-11 8,79661 2,45E-25 96,6301

212224_at ALDH1A1 2,30E-21 26,1744 7,30E-26 56,2836

202037_s_at SFRP1 2,00E-29 19,1773 2,62E-34 39,0669

1555673_at LOC730755 1,41E-11 5,25427 1,05E-23 22,0128

202267_at LAMC2 5,89E-32 14,4033 1,75E-33 17,3405

230135_at HHIP 1,48E-19 5,69198 9,92E-30 16,3091

239153_at HOTAIR 1,75E-14 3,08021 1,25E-33 16,1935

218959_at HOXC10 1,81E-15 4,75863 1,85E-27 16,1698

1569110_x_at LOC728613 9,82E-15 3,65123 1,79E-29 13,8879

206029_at ANKRD1 1,07E-08 8,77528 1,32E-11 13,4826

204720_s_at DNAJC6 6,67E-12 3,16467 3,03E-27 11,93

203917_at CXADR 8,19E-10 3,75833 1,68E-21 11,8676

223315_at NTN4 5,43E-13 7,1124 4,41E-17 11,4886

203397_s_at GALNT3 1,51E-12 5,80196 2,83E-15 7,7065

218856_at TNFRSF21 6,51E-16 4,18942 6,49E-23 7,57155

206912_at FOXE1 3,14E-18 7,04331 3,92E-15 5,27988

204933_s_at TNFRSF11B 6,38E-12 3,65423 3,43E-16 5,14099

215034_s_at TM4SF1 1,14E-10 3,23899 3,03E-16 4,97288

202409_at IGF2 /// INS-IGF2 3,82E-10 3,20307 1,05E-15 4,92893

229674_at SERTAD4 1,32E-19 6,07955 2,38E-16 4,6266

201860_s_at PLAT 2,18E-18 3,59714 1,41E-21 4,46367

228407_at SCUBE3 4,89E-07 4,3245 2,47E-07 4,46227

APÊNDICE P – Tabela da lista dos genes diferencialmente expressos da intersecção entre as

comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e entre as CTMH/inv senescentes vs

CTMH/n Senescentes.

238

219295_s_at PCOLCE2 2,39E-20 5,46642 1,15E-17 4,42416

227209_at CNTN1 1,94E-14 4,73638 1,98E-13 4,35623

211990_at HLA-DPA1 9,12E-27 10,2371 3,94E-17 4,33503

209758_s_at MFAP5 1,79E-16 4,32819 8,29E-15 3,82716

210302_s_at MAB21L2 4,73E-16 3,36096 1,06E-17 3,74137

Menos Expressos

213524_s_at G0S2 2,76E-07 3,16497 2,01E-27 -28,6178

217388_s_at KYNU 1,07E-14 4,88697 2,15E-28 -21,6892

209550_at NDN 4,83E-28 6,29509 5,67E-38 -17,2732

226322_at TMTC1 7,70E-08 4,06282 1,08E-17 -11,8544

208075_s_at CCL7 1,36E-08 4,1251 1,04E-15 -8,538

205891_at ADORA2B 2,43E-24 4,2307 3,12E-31 -7,17501

213712_at ELOVL2 2,55E-10 4,88942 1,70E-12 -6,08066

215440_s_at BEX4 2,58E-14 3,98833 4,90E-19 -5,845

205517_at GATA4 2,81E-07 3,32781 7,02E-13 -5,51422

201309_x_at C5orf13 2,87E-19 3,78505 2,67E-21 -4,34646

202450_s_at CTSK 1,03E-08 3,16065 3,36E-12 -4,15889

206163_at MAB21L1 4,64E-17 5,26257 8,58E-13 -3,7473

233002_at PPP4R4 2,03E-12 3,4238 6,95E-13 -3,53832

*p-valores corrigidos por Bonferroni (ANOVA).

239

CTMH/inv vs CTMH/n Senescentes

Entrez Gene

Gene Symbol Gene Title P-valor BF Fold Change Localização cromossomo

5067 CNTN3 contactin 3 (plasmacytoma associated) 3,41E-32 19,5117 3p12.3

8553 BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 1,88E-09 -3,29618 3p26

23024 PDZRN3 PDZ domain containing ring finger 3 1,98E-12 -5,90235 3p13

29995 LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 2,12E-23 -8,22886 3p26-p24


5021 OXTR oxytocin receptor 1,54E-08 -3,71503 3p25 *p-valores com correção Bonferroni (ANOVA).

APÊNDICE Q - Tabela dos genes localizados próximo à região da inversão que tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv.

240

CTMH/inv Jovens vs CTMH/n Jovens

Categorias funcionais* Nº Genes

Cellular Growth and Proliferation 27



Cell Death 17

cel to cell Signaling and interaction 15

Embryonic Development 12

Cell Signaling 10

Vitamin and Mineral Metabolism 9


Small Molecule Biochemistry 8

Cell Morphology 7


Antigen presentation 6

Lipid Metabolism 6

Molecular transport 6


Cellular compromise 4

APÊNDICE R - Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv

jovens da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens.

241

*Somente as categorias com enriquecimento superior à 5% com p-valor˂0,05 foram listadas na tabela.

APÊNDICE S - Tabela da anotação funcional das cinco categorias com menores valor de p representadas pelos genes diferencialmente expressos da

comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens.

Anotação funcional valor de p Moléculas Total de Moléculas


Migration of cells 1,67E-02 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,DOCK4,IGF2,LAMC2,NREP,NTN4,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750)

12

Invasion of cells 1,31E-02 CTSK,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,MMP1 (includes EG:300339),PLAT,SCUBE3,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750)

8

Cell movement of tumor cell lines 3,81E-02 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,IGF2,LAMC2,NREP,SPP1 (includes EG:20750)

8

Invasion of tumor cell lines 1,78E-02 CTSK,CXCL12 (includes EG:20315),MMP1 (includes EG:300339),PLAT,SCUBE3,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750)

7

Migration of tumor cell lines 2,98E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,IGF2,LAMC2,NREP,SPP1 (includes EG:20750)

7

Chemotaxis of phagocytes 2,56E-03 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750)

5

Cell movement of myeloid cells 9,75E-03 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750)

5

Chemotaxis of neutrophils 1,01E-03 CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4

Cell movement of embryonic cell lines

1,37E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DOCK4,IGF2 4

Chemotaxis of mononuclear leukocytes

7,10E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4

242

Migration of mononuclear leukocytes

1,59E-02 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4

Cell movement of glioma cells 3,93E-05 CXCL12 (includes EG:20315),SFRP1,SPP1 (includes EG:20750) 3

Invasion of hepatoma cell lines 5,77E-04 CXCL12 (includes EG:20315),MMP1 (includes EG:300339),SPP1 (includes EG:20750)

3

Cell movement of pbmcs 8,00E-04 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3

Chemotaxis of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3

Migration of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3

Adhesion of t lymphocytes 2,21E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 3

Chemotaxis of t lymphocytes 3,68E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 3

Migration of monocytes 3,90E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3

Migration of embryonic cell lines 5,92E-03 CCL20,DOCK4,IGF2 3

Cell movement of epithelial cell lines

9,57E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DOCK4 3

Cell movement of kidney cell lines 1,84E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DOCK4 3

Transmigration of peripheral blood leukocytes

2,37E-04 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Cell movement of rhabdomyosarcoma cell lines

5,88E-04 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2

Transmigration of dendritic cells 1,09E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Migration of lymphoma cell lines 1,39E-03 CXCL12 (includes EG:20315),LAMC2 2

Mobility of cells 1,39E-03 SCUBE3,TM4SF1 2

Chemotaxis of b lymphocytes 2,52E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Migration of pbmcs 2,52E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Cell movement of embryonic cells 3,97E-03 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2

Chemotaxis of pbmcs 3,97E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Migration of hematopoietic progenitor cells


Recruitment of leukocytes 7,74E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Migration of hepatoma cell lines 1,17E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2


1,64E-02 CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 2

Transmigration of mononuclear leukocytes


243

Cell movement of eosinophils 2,78E-02 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Migration of cervical cancer cell lines

3,72E-02 CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2 2

Migration of epithelial cell lines 3,72E-02 CCL20,DOCK4 2

Chemotaxis of leukemia cell lines 4,16E-02 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Invasion of prostate cancer cell lines

4,76E-02 MMP1 (includes EG:300339),SPP1 (includes EG:20750) 2

Migration of brain cancer cell lines 4,76E-02 CXCL12 (includes EG:20315),NREP 2

Migration of colon cancer cell lines 4,92E-02 CCL20,IGF2 2

Adhesion of th17 cells 6,35E-03 CCL20 1

Chemotaxis of acute lymphoblastic leukemia cells

6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of glioma cells 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of granule cell precursors


Chemotaxis of megakaryocytes 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Invasion of mammary cells 6,35E-03 MMP1 (includes EG:300339) 1

Invasion of smooth muscle cells 6,35E-03 SPP1 (includes EG:20750) 1

Locomotion of rhabdomyosarcoma cell lines


Migration of th17 cells 6,35E-03 CCL20 1

Migration of blood-derived mast cells


Mobility of adenocarcinoma cell lines

6,35E-03 SCUBE3 1

Transmigration of neural stem cells 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemoattraction of langerhans cells

1,27E-02 CCL20 1

Chemotaxis of th1 cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of th2 cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of bone marrow cell lines


Chemotaxis of natural killer t lymphocytes

1,27E-02 CCL20 1

Chemotaxis of plasmacytoid 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

244

dendritic cells

Chemotaxis of pro-b lymphocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Extravasation of hepatoma cell lines


Invasion of hybrid cells 1,27E-02 SPP1 (includes EG:20750) 1

Migration of b-lymphocyte derived cell lines


Migration of haec cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Migration of cholangiocarcinoma cell lines


Migration of rhabdomyosarcoma cell lines

1,27E-02 IGF2 1

Mobilization of osteoclasts 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Recruitment of inflammatory leukocytes


Adhesion of memory t lymphocytes 1,89E-02 CCL20 1

Beat of cilia 1,89E-02 ADORA2B 1

Chemotaxis of naive t lymphocytes 1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Migration of langerhans cell precursors

1,89E-02 CCL20 1

Migration of megakaryocytes 1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Mobility of carcinoma cell lines 1,89E-02 SCUBE3 1

Mobility of lung cancer cell lines 1,89E-02 SCUBE3 1

Mobilization of colony-forming granulocyte-macrophages


Mobilization of stem cells 1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of cervical cancer cell lines


Chemotaxis of melanoma cell lines 2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of peripheral blood lymphocytes


Chemotaxis of rhabdomyosarcoma cell lines


Migration of peripheral t lymphocyte


245

Migration of plasmacytoid dendritic cells


Migration of progenitor cells 2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of blood-derived mast cells


Migration of lymphoblasts 3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Migration of b lymphocytes 3,75E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of germ cell tumor cell lines


Chemotaxis of lymphoma cell lines 4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Chemotaxis of monocyte-derived dendritic cells


Invasion of adenocarcinoma cell lines

4,36E-02 SCUBE3 1

Invasion of kidney cancer cell lines 4,36E-02 SFRP1 1

Migration of bone marrow precursor cells


Migration of thymocytes 4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Nk cell migration 4,97E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Migration of peripheral blood monocytes


Migration of skin cancer cell lines 4,97E-02 LAMC2 1

Migration of trophoblast cells 4,97E-02 IGF2 1

Interação e sinalização celular (15 moléculas)

Adhesion of bone marrow cells 2,37E-04 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Activation of osteoclasts 1,39E-03 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2

Binding of tumor cell lines 2,20E-03 CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,OXTR,SPP1 (includes EG:20750)

5

Adhesion of t lymphocytes 2,21E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 3

Activation of trophoblast cells 6,35E-03 IGF2 1

Adhesion of th17 cells 6,35E-03 CCL20 1

Adhesion of cell surfasse 6,35E-03 NCAM1 1

Adhesion of mesenchymal stem cells

6,35E-03 CCL20 1

Adhesion of small cell lung cancer 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1

246

cells

Binding of granulosa cells 6,35E-03 IGF2 1

Binding of rhabdomyosarcoma cell lines


Long-term potentiation of hippocampus

6,35E-03 PLAT 1

Reassembly of tight junctions 6,35E-03 CLDN1 1

Retention of cell-associated matrix 6,35E-03 SPP1 (includes EG:20750) 1

Structural integrity of tight junctions 6,35E-03 CXADR 1

Binding of breast cancer cell lines 7,74E-03 OXTR,SPP1 (includes EG:20750) 2

Recruitment of leukocytes 7,74E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Activation of breast cancer cell lines

1,27E-02 MMP1 (includes EG:300339) 1

Activation of smooth muscle cell lines

1,27E-02 TSLP 1

Adhesion of pro-b lymphocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Binding of th1 cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Binding of bladder cancer cell lines 1,27E-02 CXADR 1


1,27E-02 CCL20 1

Fusion of thymocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Recruitment of inflammatory leukocytes


Binding of cells 1,51E-02 CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,OXTR,SPP1 (includes EG:20750)

6

Adhesion of bone marrow stromal cells


Adhesion of memory t lymphocytes 1,89E-02 CCL20 1

Adhesion of osteoblastos 1,89E-02 TNFRSF11B 1

Recognition of neurons 1,89E-02 NTM 1

Adhesion of connective tissue cells 2,42E-02 CXCL12 (includes EG:20315),TNFRSF11B 2

Activation of micróglia 2,52E-02 PLAT 1

Activation of myeloid dendritic cells 2,52E-02 TSLP 1

Binding of megakaryocytes 2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

247

Binding of ovarian cancer cell lines 2,52E-02 IGF2 1

Release of acetylcholine 2,52E-02 IGF2 1

Binding of lymphocytes 3,04E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Adhesion of peripheral blood lymphocytes


Adhesion of skin cell lines 4,97E-02 NTN4 1

Desenvolvimento celular (21 moléculas)

Proliferation of tumor cell lines 2,47E-02 ADORA2B,ALDH1A1,CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DUSP4,GATA4,IGF2,MEG3,NDN,OXTR,PLAT,SPP1 (includes EG:20750),SULT1E1

14

Proliferation of immune cells 1,82E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP

5

Proliferation of t lymphocytes 2,16E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP 4

Differentiation of tumor cell lines 2,95E-02 CTSK,ENO1,IGF2,NCAM1 4


4,01E-02 ALDH1A1,CXADR,IGF2,OXTR 4


6,47E-04 CXADR,IGF2,PLAT 3

Proliferation of embryonic cell lines 1,12E-02 IGF2,OXTR,SCUBE3 3


1,73E-02 CXCL12 (includes EG:20315),GATA4,IGF2 3

Proliferation of fibroblastos 1,79E-02 IGF2,SFRP1,TNFRSF11B 3

Proliferation of hepatoma cell lines 3,28E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750) 3

Proliferation of osteoblastos 4,51E-03 IGF2,SFRP1 2

Differentiation of neuroblastoma cell lines

7,03E-03 IGF2,NCAM1 2

Proliferation of stem cells 1,35E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Differentiation of adipocytes 1,45E-02 SFRP1,SPP1 (includes EG:20750) 2

Proliferation of hematopoietic progenitor cells


Formation of myoblasts 6,35E-03 IGF2 1

Proliferation of granule cell precursors


Sprouting of microvessel 6,35E-03 IGF2 1

Formation of myotube 1,27E-02 IGF2 1

248

Proliferation of oval cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Proliferation of neuroblastoma cells 1,89E-02 IGF2 1

Colony formation of glioma cells 2,52E-02 SFRP1 1

Epithelial-mesenchymal transition of lung cancer cell lines

3,14E-02 SCUBE3 1

Proliferation of neural stem cells 3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Epithelial-mesenchymal transition of carcinoma cell lines

3,75E-02 SCUBE3 1

Proliferation of myeloid progenitor cells

3,75E-02 CCL20 1



Differentiation of adipoblasts 4,97E-02 SPP1 (includes EG:20750) 1

Osteoclastogenesis of pbmcs 4,97E-02 TNFRSF11B 1

Proliferation of multilineage progenitor cells

4,97E-02 CCL20 1

Proliferação e crescimento celular (27 moléculas)

Proliferation of cells 4,55E-03 ADORA2B,ALDH1A1,CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,DUSP4,EIF1AY,ENO1,FABP4,GATA4,HOXC10,IGF2,MEG3,NDN,NTN4,OXTR,PHLDA1,PLAT,SCUBE3,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750),SULT1E1,TNFRSF11B,TNFRSF21,TSLP

26

Proliferation of tumor cell lines 2,47E-02 ADORA2B,ALDH1A1,CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DUSP4,GATA4,IGF2,MEG3,NDN,OXTR,PLAT,SPP1 (includes EG:20750),SULT1E1

14

Colony formation of cells 3,08E-03 ALDH1A1,ANKRD1,CXCL12 (includes EG:20315),ENO1,NDN,PHLDA1,SFRP1

7

Proliferation of immune cells 1,82E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP

5

Proliferation of t lymphocytes 2,16E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP 4

Proliferation of connective tissue cells

2,38E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SFRP1,TNFRSF11B 4


4,01E-02 ALDH1A1,CXADR,IGF2,OXTR 4

Colony formation of tumor cell lines 4,78E-02 ALDH1A1,ANKRD1,ENO1,NDN 4

Proliferation of embryonic cell lines 1,12E-02 IGF2,OXTR,SCUBE3 3

249


1,73E-02 CXCL12 (includes EG:20315),GATA4,IGF2 3

Proliferation of fibroblastos 1,79E-02 IGF2,SFRP1,TNFRSF11B 3


6,47E-04 CXADR,IGF2,PLAT 3

Proliferation of hepatoma cell lines 3,28E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750) 3

Colony formation of leukemia cell lines

3,97E-03 ALDH1A1,ENO1 2

Proliferation of osteoblastos 4,51E-03 IGF2,SFRP1 2

Proliferation of stem cells 1,35E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Proliferation of hematopoietic progenitor cells


Formation of myoblasts 6,35E-03 IGF2 1

Proliferation of granule cell precursors


Formation of myotube 1,27E-02 IGF2 1

Proliferation of oval cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Proliferation of stromal cell lines 1,27E-02 IGF2 1

Cloning of cells 1,89E-02 PHLDA1 1

Proliferation of neuroblastoma cells 1,89E-02 IGF2 1

Colony formation of glioma cells 2,52E-02 SFRP1 1

Proliferation of neural stem cells 3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Proliferation of myeloid progenitor cells

3,75E-02 CCL20 1



Colony formation of hepatoma cell lines

4,97E-02 ANKRD1 1

Proliferation of multilineage progenitor cells

4,97E-02 CCL20 1

Apresentação de antígeno (6 moléculas)

Chemotaxis of phagocytes 2,56E-03 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750)

5

Chemotaxis of neutrophils 1,01E-03 CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4

Chemotaxis of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3

250

Migration of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3

Transmigration of dendritic cells 1,09E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2

Chemotaxis of b lymphocytes 2,52E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2


1,27E-02 CCL20 1

Chemotaxis of plasmacytoid dendritic cells


Chemotaxis of pro-b lymphocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1

Migration of langerhans cell precursors

1,89E-02 CCL20 1

Activation of myeloid dendritic cells 2,52E-02 TSLP 1

Migration of plasmacytoid dendritic cells


Chemotaxis of blood-derived mast cells


Chemotaxis of monocyte-derived dendritic cells


251

APÊNDICE T – Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n

jovens por meio do pluggin BINGO do Cytosacape.

GO-ID Valor de p

Valor de p corrigido x n X N Processos biológicos (GO) 1 Genes constituintes da rede de interações

32501 1,43E-06 7,19E-04 29 4376 44 14303 multicellular organismal process

SYT1|ADORA2B|NDN|BEX1|OXTR|CXADR|CXCL12|MMP1|TNFRSF11B|GATA4|HHIP|SPP1|PLAT|ACTA2|EFEMP1|NTN4|COL15A1|HOXC10|CTSK|SFRP1|FOXE1|TFPI|CLDN1|FABP4|RPS4Y1|LAMC2|MAB21L1|NTM|HTR2A


PLAT|ADORA2B|NDN|ACTA2|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|FABP4|RPS4Y1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|HTR2A|SPP1


PLAT|ADORA2B|NDN|ACTA2|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|RPS4Y1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|SPP1


PLAT|ADORA2B|NDN|ACTA2|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|SPP1

23052 4,24E-04 2,25E-02 20 3131 44 14303 Signaling PLAT|DCBLD2|SYT1|TNFRSF21|ADORA2B|NDN|COL15A1|NTN4|OXTR|ANKRD1|CXCL12|CCL7|NCAM1|TNFRSF11B|SFRP1|CCL20|GATA4|CLDN1|CNTN1|HTR2A

48731 3,90E-05 4,70E-03 19 2422 44 14303 system development PLAT|NDN|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|SPP1

65008 1,31E-06 7,19E-04 17 1542 44 14303 regulation of biological quality PLAT|DCBLD2|SYT1|ADORA2B|NDN|ACTA2|OXTR|CXCL12|CCL7|CTSK|FOXE1|CLDN1|TFPI|FABP4|HTR2A|ENO1|SPP1

252

7155 4,61E-05 4,70E-03 10 711 44 14303 cell adhesion DCBLD2|NCAM1|COL15A1|CLDN1|CNTN1|LAMC2|CXADR|CXCL12|NTM|SPP1

22610 4,66E-05 4,70E-03 10 712 44 14303 biological adhesion DCBLD2|NCAM1|COL15A1|CLDN1|CNTN1|LAMC2|CXADR|CXCL12|NTM|SPP1

7154 1,40E-04 1,01E-02 10 812 44 14303 cell communication PLAT|SYT1|CCL20|ADORA2B|GATA4|NTN4|CLDN1|OXTR|CCL7|HTR2A

51704 5,39E-04 2,59E-02 9 785 44 14303 multi-organism process CCL20|ACTA2|CLDN1|OXTR|CXADR|CXCL12|MMP1|ENO1|SPP1

90066 4,66E-05 4,70E-03 7 317 44 14303 regulation of anatomical structure size DCBLD2|NDN|ADORA2B|ACTA2|CXCL12|ENO1|SPP1

48545 6,07E-05 5,56E-03 6 225 44 14303 response to steroid hormone stimulus PLAT|TNFRSF11B|GATA4|FABP4|OXTR|SPP1

22603 2,98E-04 1,84E-02 6 301 44 14303 regulation of anatomical structure morphogenesis TNFRSF11B|SFRP1|ADORA2B|GATA4|NTN4|SPP1

50433 7,55E-05 6,34E-03 3 27 44 14303 regulation of catecholamine secretion ADORA2B|OXTR|HTR2A

51952 2,13E-04 1,43E-02 3 38 44 14303 regulation of amine transport ADORA2B|OXTR|HTR2A

48638 4,81E-04 2,43E-02 3 50 44 14303 regulation of developmental growth GATA4|CXADR|SPP1

10701 2,77E-05 4,65E-03 2 3 44 14303 positive regulation of norepinephrine secretion ADORA2B|OXTR

70371 1,38E-04 1,01E-02 2 6 44 14303 ERK1 and ERK2 cascade OXTR|HTR2A

30431 3,28E-04 1,84E-02 2 9 44 14303 Sleep OXTR|HTR2A *p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X =

total do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processos biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de

um total N; N= tota de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO

(gene ontology). Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor ˂0,05 com correção FDR mais enriquecidos, ordenados de processos mais

representados para os de menor.

253

APÊNCIDE U - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n

jovens no contexto genômico por meio do pluggin BINGO do Cytosacape.

GO-ID p-valor corr p-valor x n X N Processos biológicos (GO) 1 Genes constituintes da rede de interações


E2F1|CXADR|GDNF|SHH|TNFRSF11B|GATA4|SERPINE1|HHIP|IHH|SATB1|BSG|ACTA2|HOXC10|SLITRK4|CTSK|IGF2R|CLDN1|RPS4Y1|LAMC2|ZFPM2|NGFR|DHH|ADORA2B|NDN|OXT|BEX1|OXTR|ST8SIA2|IGF2BP3|TIMP1|IGF1R|NKX2-5|SNAP25|SPP1|PLAT|NTN4|COL15A1|IGF2|TJP1|TNFSF11|SFRP1|LAMA5|FYN|ST8SIA4|FOXE1|FABP4|GFRA1|MAB21L1|NTM|HTR2A


E2F1|DHH|NDN|ADORA2B|OXT|BEX1|OXTR|IGF2BP3|ST8SIA2|CXADR|GDNF|SHH|TIMP1|IGF1R|TNFRSF11B|SERPINE1|GATA4|HHIP|SNAP25|NKX2-5|IHH|SPP1|PLAT|SATB1|BSG|ACTA2|COL15A1|NTN4|IGF2|HOXC10|TJP1|CTSK|SLITRK4|TNFSF11|SFRP1|FYN|LAMA5|IGF2R|ST8SIA4|FOXE1|CLDN1|GFRA1|ZFPM2|LAMC2|NGFR|MAB21L1|NTM


E2F1|DHH|NDN|OXT|BEX1|OXTR|ST8SIA2|CXADR|GDNF|SHH|TIMP1|IGF1R|TNFRSF11B|SERPINE1|GATA4|HHIP|SNAP25|NKX2-5|SPP1|IHH|PLAT|SATB1|BSG|COL15A1|NTN4|IGF2|HOXC10|CTSK|SLITRK4|TNFSF11|SFRP1|FYN|LAMA5|IGF2R|ST8SIA4|FOXE1|CLDN1|GFRA1|ZFPM2|LAMC2|NGFR|MAB21L1|NTM

65008 2,20E-07

4,21E-04

37 1542 105 14302 regulation of biological

quality

DCBLD2|DHH|SYT1|NDN|ADORA2B|CCR1|OXT|OXTR|CXCL12|SH

H|CCL7|TIMP1|MALL|CXCR4|SERPINE1|HAAO|SULT1E1|SNAP25|

ENO1|SPP1|PLAT|STX1A|F10|ACTA2|RPS5|CTSK|CCR6|CCR5|FYN

254

|RPS17|CCR3|CCR2|FOXE1|CLDN1|TFPI|FABP4|HTR2A

42221 4,81E-06 2,83E-03 34 1465 105 14302 response to chemical

stimulus

E2F1|SYT1|DHH|KYNU|OXT|CCR1|OXTR|CXCL12|CCL7|SHH|IGF1

R|TNFRSF11B|CCL20|CXCR4|SERPINE1|GATA4|HAAO|NKX2-

5|SPP1|IHH|PLAT|BSG|IGF2|DUSP4|CCR6|TNFSF11|CCR5|FYN|CC

R3|IGF2R|CCR2|FABP4|LIPE|HTR2A

9605 2,74E-05 1,05E-02 20 551 105 14302 response to external

stimulus

SATB1|KYNU|ADORA2B|CCR1|OXT|CXCL12|SHH|CCL7|IGF1R|TNF

RSF11B|CCR6|TNFSF11|CCL20|CCR5|FYN|IGF2R|CCR3|CCR2|NGF

R|SPP1

6414 1,15E-06 1,10E-03 11 97 105 14302 translational elongation RPL30|RPS29|RPS16|RPS17|RPS15|RPS4Y1|RPS10|RPS20|RPS5|R

PS23|RPS3

*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total

do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um

total N; N= total de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene

ontology). Estão listados somente os 10 processos que apresentaram p-valor ˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.

255

CTMH/inv vs CTMH/n senescentes

Categoria funcional Nº genes

Cellular Growth and Proliferation 104

Cell Death 92



Cell Cycle 55


DNA replication, recombinatin and repair 45

Small Molecule Biochemistry 41

Cel-To-cell Signaling and interacion 34

Embryonic Development 30


Lipid Metabolism 26

Cell Morphology 24



Cell Signaling 15

*Somente as categorias com enriquecimento superior à 5% com p-valor˂0,05 foram listadas na tabela.

APÊNDICE V - Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente

expressos em CTMH/inv Senescentes da comparação CTMH/inv vs CTMH/n Senescentes.

256

APÊNDICE W - Tabela dos genes classificados nas cinco categorias funcionais com menores p-valor da comparação CTMH/inv senescentes

vs CTMH/n senescentes.

Anotação funcional

valor de p Moléculas Total de Moléculas

Ciclo celular (55 moléculas)

Cell cycle progression

1,54E-05 BHLHE40,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,CDKN2C,CDKN3,CENPA,CENPF,CHRM3,DLG1,DLGAP5,DTL,EDN1,EGF (includes EG:13645),FLT1,FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,IL11,KIF2C,KIF4A,NDC80,NEK2,NUSAP1,PDCD1LG2 (includes EG:309304),RUNX1,RUNX1T1,SPC25 (includes EG:100144563),TGFB2,TM4SF1,TNC (includes EG:116640),TOP2A,TTK

37

Mitosis 1,59E-08 BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,CENPA,CENPF,DLG1,DLGAP5,EDN1,EGF (includes EG:13645),FLT1,FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,IL11,KIF2C,KIF4A,NDC80,NEK2,NUSAP1,SPC25 (includes EG:100144563),TNC (includes EG:116640),TOP2A,TTK

26

Interphase 7,98E-03 BCAT1,BHLHE40,BIRC5,CCNA2,CCNB1,CCND2,CDK1,CDKN2C,CDKN3,CENPF,CREG1,CYP1B1,DTL,EGF (includes EG:13645),FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,KLF4,PBX1,RUNX2,TPD52L1

22

M phase 8,05E-07 BIRC5,CCDC99,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,CENPF,CEP55,DLGAP5,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,NUSAP1,PRC1 (includes EG:233406),TM4SF1,TOP2A

16

Segregation of chromosomes

7,23E-09 BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCNB1,CCNB2,CENPF,CENPW,KIF2C,NCAPG,NDC80,NEK2,NUSAP1,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A

13

Cytokinesis 6,87E-06 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,NUSAP1,PRC1 (includes EG:233406),TM4SF1,TOP2A

12

G2 phase 3,86E-03 BIRC5,CCNA2,CCNB1,CDK1,CENPF,DTL,EGF (includes EG:13645),FOXM1,IGFBP5,RUNX2,TPD52L1

11

G2/m phase 1,68E-03 BIRC5,CCNA2,CCNB1,CDK1,DTL,EGF (includes EG:13645),FOXM1,IGFBP5,RUNX2,TPD52L1

10

Mitosis of tumor cell lines

2,19E-04 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,DLGAP5,FOXM1,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A,TTK

9

G1/s phase 4,60E-03 BCAT1,BIRC5,CDKN2C,CDKN3,CREG1,EGF (includes 9

257

EG:13645),FOXM1,HGF,KLF4

Mitogenesis 4,78E-04 EDN1,EGF (includes EG:13645),FLT1,HBEGF,HGF,IGFBP5,IL11,TNC (includes EG:116640)

8

Mitosis of cervical cancer cell lines

3,07E-04 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),DLGAP5,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A,TTK

7

M phase of cervical cancer cell lines

4,43E-04 CCDC99,CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,TOP2A 7

G2/m phase transition

9,49E-04 BIRC5,CCNA2,CCNB1,CDK1,EGF (includes EG:13645),FOXM1,TPD52L1 7

S phase of tumor cell lines

8,89E-03 BHLHE40,CCNA2,CCND2,CDK1,EGF (includes EG:13645),FOXM1,PBX1 7

Delay in mitosis 2,02E-06 CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,DLGAP5,FOXM1,TOP2A 6

Cytokinesis of tumor cell lines

1,08E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,TOP2A 6

Entry into interphase

1,08E-02 BHLHE40,EGF (includes EG:13645),FOXM1,HBEGF,PBX1,RUNX2 6

Arrest in g2 phase of tumor cell lines

1,97E-02 CCNA2,CCNB1,CDK1,EGF (includes EG:13645),FOXM1,IGFBP5 6

Delay in mitosis of tumor cell lines

2,00E-05 CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,DLGAP5,TOP2A 5

Cytokinesis of cervical cancer cell lines

2,07E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L 5

Ploidy 2,18E-02 BIRC5,EDN1,NEK2,SCIN,TOP2A 5

Mitogenesis of connective tissue cells

8,68E-05 EDN1,EGF (includes EG:13645),HBEGF,IL11 4

Delay in mitosis of cervical cancer cell lines

1,34E-04 CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),DLGAP5,TOP2A 4

Spindle checkpoint of cells

1,07E-03 BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),DLGAP5,TTK 4

Arrest in g2/m phase transition of tumor cell lines

5,10E-03 CCNA2,CCNB1,CDK1,EGF (includes EG:13645) 4

Formation of mitotic 1,71E-02 BIRC5,KIF2C,KIF4A,NEK2 4

258

spindle

Mitogenesis of fibroblasts

5,82E-04 EGF (includes EG:13645),HBEGF,IL11 3

Mitogenesis of smooth muscle cells

9,13E-04 EDN1,EGF (includes EG:13645),HBEGF 3

Polyploidization of cells

1,88E-03 BIRC5,SCIN,TOP2A

3

Segregation of sister chromatids

3,32E-03 CCNA2,NDC80,NUSAP1 3

Delay in initiation of m phase

6,47E-03 BIRC5,CCNB1,TOP2A 3

Checkpoint control of mitotic spindle

6,89E-04 CDC20 (includes EG:107995),NDC80 2

Mitogenesis of pancreatic cancer cell lines

2,03E-03 EGF (includes EG:13645),HGF 2

Mitogenesis of cervical cancer cell lines

3,99E-03 EGF (includes EG:13645),IGFBP5 2

Senescence of vascular endothelial cells

6,53E-03 FLT1,TM4SF1 2

Mitotic exit 9,63E-03 BIRC5,CDC20 (includes EG:107995) 2

Polyploidization of tumor cell lines

9,63E-03 SCIN,TOP2A 2

Mitosis of bone cancer cell lines

1,32E-02 CDK1,FOXM1 2

Arrest in g2 phase of endothelial cell lines

2,63E-02 FOXM1 1

Arrest in s phase of ovarian cancer cell lines

2,63E-02 CDK1 1

Arrest in spindle checkpoint of cervical cancer cell

2,63E-02 DLGAP5 1

259

lines

Arrest in sub-g1 phase of endometrial cancer cell lines

2,63E-02 CYP1B1 1

Cell division of gonadal cell lines

2,63E-02 CHRM3 1

Cytokinesis of fibrosarcoma cell lines

2,63E-02 TOP2A 1

Delay in g1/s phase transition of germ cell tumor cell lines

2,63E-02 CREG1 1

Delay in initiation of mitotic exit of cervical cancer cell lines

2,63E-02 CDC20 (includes EG:107995) 1

Delay in segregation of sister chromatids

2,63E-02 CCNA2 1

Endoreduplication of cervical cancer cell lines

2,63E-02 KIF14 1

Entry into g2/m phase of endothelial cells

2,63E-02 RUNX2 1

Entry into cell cycle progression of gonadal cell lines

2,63E-02 CHRM3 1

Exit from g2/m phase of endothelial cells

2,63E-02 RUNX2 1

Exit from m phase 2,63E-02 CDC20 (includes EG:107995) 1

Hypodiploidy of prostate cancer cell lines

2,63E-02 BIRC5 1

260

Initiation of mitosis 2,63E-02 CDK1 1

Organização e associação celular (47 moléculas)



13

Formation of filaments

1,49E-02 CHRM3,DLGAP5,EGF (includes EG:13645),FOXM1,GNG2,HGF,KISS1,MME,STMN2,TGFBI

10

Alignment of chromosomes

3,12E-07 BIRC5,CCNA2,DLGAP5,KIF14,KIF2C,NCAPG,TTK 7

Growth of neurites 4,04E-03 EFNB2,EGF (includes EG:13645),HGF,L1CAM,MMP2,TNC (includes EG:116640) 6

Chromosomal congression of chromosomes

3,02E-05 KIF14,KIF2C,NDC80,SGOL2 4

Formation of mitotic spindle

1,71E-02 BIRC5,KIF2C,KIF4A,NEK2 4

Formation of lamellipodia

2,39E-02 EGF (includes EG:13645),GRP,HGF,SPATA13 4

Organization of nucleus

2,59E-02 KIF4A,NDC80,SPC25 (includes EG:100144563),TTK 4



Formation of nucleus

7,81E-03 CDK1,EGF (includes EG:13645),LMNB1 3

Polymerization of microtubules

1,28E-02 DLGAP5,FOXM1,STMN2 3

Organization of mitotic spindle

2,16E-02 NDC80,SPC25 (includes EG:100144563),TTK 3

Depolymerization of filaments

2,42E-02 F2RL1,KIF2C,STMN2 3

Function of tight junctions

6,89E-04 DLG1,MPP7 2

Structural integrity of plasma membrane

6,89E-04 CXADR,DLG1 2

Formation of nuclear envelope

2,03E-03 CDK1,EGF (includes EG:13645) 2

261

Alignment of sister chromatids

3,99E-03 NDC80,TOP2A 2

Elongation of mitotic spindle

3,99E-03 PRC1 (includes EG:233406),SPC25 (includes EG:100144563) 2

Attachment of spindle fibers

1,74E-02 CASC5,NDC80 2

Disruption of microtubules

1,74E-02 EGF (includes EG:13645),STMN2 2

Formation of tight junctions

1,74E-02 DLG1,MPP7 2

Destabilization of microtubules

2,19E-02 KIF2C,STMN2 2

Missegregation of chromosomes

2,19E-02 CENPA,KIF4A 2

Association of kinetochores

2,63E-02 BIRC5 1

Binding of myosin filaments

2,63E-02 FHL1 (includes EG:14199) 1

Communication of gap junctions

2,63E-02 MCAM 1

Delay in alignment of chromosomes

2,63E-02 CCNA2 1


2,63E-02 CCNA2 1

Dispersal of centrosome

2,63E-02 NEK2 1

Formation of clathrin-coated pits

2,63E-02 EGF (includes EG:13645) 1

Formation of gap junction plaques

2,63E-02 EDN1 1

Formation of midzone

2,63E-02 KIF4A 1

Formation of sarcomere

2,63E-02 HBEGF 1

Proliferação e crescimento celular (104 moléculas)

262

Proliferation of cells 2,42E-06 AK4,AKR1C3,ANGPTL1,AQP1,BCAT1,BDKRB2,BHLHE40,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CASP1,CCNA2,CCND2,CD274,CDCP1,CDK1,CDKN2C,CDKN3,CDT1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),COL6A3,CREG1,CXADR,CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DLG1,DLGAP5,DSP,DTL,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,EGR2,ENPP1,ETV1,F2RL1,FGF1,FGF7,FHL1 (includes EG:14199),FLT1,FOXM1,FST,GAS6,GPNMB,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,HTR2B,IFIT3,IFITM1,IGFBP5,IL11,INSIG1,JAG1,KIAA0101,KIF20A,KIF2C,KISS1,KLF4,LAMA2,LAMA5,MCAM,MMP2,NCAPG,NEK2,NOG,NRP1 (includes EG:18186),NUPR1,PBK,PDCD1LG2 (includes EG:309304),PDGFRA,PMP22,PTGER2,PTGS1,PTPRG,QPCT,RGS4,RGS5,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,RUNX2,SCIN,TGFB2,TGFBI,TNFRSF21,TOP2A,TPD52,TTK,TYRP1,UBE2L6,UNC5B,USP18,VAMP8,VDR,WISP1,WNT16

100


4,46E-05 AKR1C3,BDKRB2,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCND2,CDCP1,CDK1,CDT1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),COL6A3,CREG1,CXADR,CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DTL,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,EGR2,ETV1,F2RL1,FGF1,FGF7,FLT1,FOXM1,FST,GAS6,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,IGFBP5,IL11,JAG1,KIAA0101,KIF20A,KISS1,KLF4,NCAPG,NEK2,NRP1 (includes EG:18186),PBK,PDGFRA,PTGER2,PTPRG,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,RUNX2,TPD52,USP18,VDR,WISP1

56


1,39E-03 BDKRB2,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCND2,CDK1,COL6A3,DAB2,EGF (includes EG:13645),FGF1,FGF7,FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,KISS1,NRP1 (includes EG:18186),PBK,PTPRG,VDR

19

Colony formation of cells

1,10E-03 BIRC5,CADM1,DIRAS3,EDN1,EGF (includes EG:13645),HGF,IFIH1,IL11,KLF4,LOXL4,NUPR1,PBK,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,RUNX2,TGFB2,TPD52

18

Proliferation of endothelial cells

2,56E-05 ANGPTL1,COL4A2 (includes EG:12827),DAB2,DLG1,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FGF1,FLT1,HGF,HTR2B,NRP1 (includes EG:18186),RGS5,RUNX2

15


3,06E-04 BIRC5,CXADR,DAB2,DIRAS3,EGF (includes EG:13645),FGF1,FGF7,FST,GRP,HBEGF,HGF,IGFBP5,PDGFRA,TPD52,VDR

15

Proliferation of 1,79E-04 AQP1,EDN1,EGF (includes 14

263

connective tissue cells

EG:13645),FGF1,FGF7,GAS6,HGF,IGFBP5,NOG,PDGFRA,TGFB2,VDR,WISP1,WNT16


8,95E-03 BIRC5,CDCP1,DAB2,EGF (includes EG:13645),FGF7,FOXM1,GAS6,GRP,HGF,KISS1,NEK2,PDGFRA

12

Colony formation of tumor cell lines

1,14E-02 CADM1,DIRAS3,EDN1,EGF (includes EG:13645),HGF,KLF4,LOXL4,NUPR1,PBK,RRM2,RUNX2,TPD52

12


1,51E-02 BIRC5,CDK1,CDT1,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR2,F2RL1,FST,GRP,KLF4,RRM2

11

Proliferation of epithelial cells

1,16E-03 CCND2,EGF (includes EG:13645),FGF7,HBEGF,HGF,IL11,RGS4,TGFB2,VDR,WNT16

10


1,05E-02 CASP1,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,FOXM1,FST,HGF,JAG1,MCAM,TGFB2

10

Proliferation of kidney cell lines

6,33E-04 BIRC5,DIRAS3,DLGAP5,EGF (includes EG:13645),FGF1,HGF,PMP22,QPCT,UNC5B

9


2,28E-03 BIRC5,DAB2,DIRAS3,DLGAP5,EGR1,FGF1,HGF,QPCT,UNC5B 9


3,53E-04 DAB2,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,HGF,NRP1 (includes EG:18186),RGS5

8

Proliferation of hepatoma cell lines

8,42E-03 BIRC5,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FGF7,GRP,HGF,NCAPG,RRM2 8

Proliferation of pancreatic cancer cell lines

1,53E-03 EGF (includes EG:13645),FOXM1,HBEGF,HGF,KIAA0101,KIF20A,RRM2 7


3,00E-03 BIRC5,DIRAS3,DLGAP5,FGF1,HGF,QPCT,UNC5B 7


7,41E-03 DAB2,DIRAS3,EDN1,EGF (includes EG:13645),FST,HBEGF,PDGFRA 7

Arrest in growth of cells

2,26E-02 DAB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,FGF1,KLF4,NRP1 (includes EG:18186),RUNX1

7

Proliferation of brain cancer cell lines

2,48E-02 BIRC5,DTL,EGF (includes EG:13645),EGR1,HGF,JAG1,PDGFRA 7


1,22E-03 EGF (includes EG:13645),FGF7,HGF,TGFB2,VDR,WNT16 6

264


2,43E-02 EDN1,FHL1 (includes EG:14199),HBEGF,HGF,IGFBP5,NOG 6

Proliferation of lymphatic system cells

7,55E-03 BIRC5,EDN1,FGF1,HGF,TGFB2 5

Colony formation of breast cancer cell lines

1,34E-02 DIRAS3,EGF (includes EG:13645),NUPR1,PBK,RUNX2 5


1,34E-03 EDN1,FGF1,HGF 3


1,09E-02 EGF (includes EG:13645),HGF,JAG1 3


2,16E-02 EGF (includes EG:13645),HGF,PTGER2 3

Proliferation of embryonic cells

2,42E-02 EGF (includes EG:13645),FGF7,JAG1 3

Expansion of erythroid cells

6,89E-04 RUNX1,RUNX1T1 2


3,99E-03 HGF,TGFB2 2

Formation of foam cells

6,53E-03 EGF (includes EG:13645),IL33 2

Proliferation of heart cells

6,53E-03 NOG,WISP1 2


9,63E-03 DAB2,EGF (includes EG:13645) 2

Proliferation of exocrine cells

9,63E-03 FGF1,FGF7 2

Colony formation of erythroid cells

1,32E-02 RUNX1,RUNX1T1 2

Colony formation of melanoma cell lines

1,32E-02 EDN1,HGF 2

Proliferation of mesenchymal cells

1,32E-02 EGF (includes EG:13645),FGF7 2

265

Proliferation of neurosphere cells

1,32E-02 EGF (includes EG:13645),JAG1 2


2,19E-02 EDN1,EGF (includes EG:13645) 2

Arrest in growth of chondrocyte cell lines

2,63E-02 FGF1 1


2,63E-02 NRP1 (includes EG:18186) 1

Colony formation of sarcoma cell lines

2,63E-02 HGF 1

Expansion of dopaminergic neurons


Expansion of mesencephalic neurons


Formation of breast cell lines

2,63E-02 RUNX2 1

Formation of megakaryoblasts

2,63E-02 IL11 1

Growth of luminal epithelial cells

2,63E-02 HGF 1

Induction of hepatoma cell lines

2,63E-02 HGF 1

Inhibition of skin cancer cell lines



Cell movement 7,53E-05 AGTR1,ANGPTL1,CCL8,CDCP1,CDK1,CHI3L1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),CXADR,DAB2,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FHL1 (includes EG:14199),FLT1,FOXM1,FPR1,GATA3,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,HOXD10,IGFBP5,IL11,IL33,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NPPB,NREP,NRP1 (includes EG:18186),OLR1,PARP9,PBK,PDGFRA,PMP22,RGS4,RUNX2,SPATA13,TGFB2,TNC (includes EG:116640),WISP1

50

266

Migration of cells 4,12E-05 ANGPTL1,CCL8,CDK1,CHI3L1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),CXADR,DAB2,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FHL1 (includes EG:14199),FLT1,FOXM1,FPR1,GATA3,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,HOXD10,IGFBP5,IL11,IL33,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NPPB,NREP,NRP1 (includes EG:18186),OLR1,PARP9,PDGFRA,PMP22,RGS4,RUNX2,SPATA13,TGFB2,TNC (includes EG:116640)

46

Cell movement of tumor cell lines

1,73E-02 CDCP1,DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FLT1,FOXM1,GRP,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NREP,NRP1 (includes EG:18186),PBK,RUNX2,TNC (includes EG:116640),WISP1

25

Invasion of cells 2,91E-03 CHI3L1,CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),ETV1,FBLN5,FLT1,FOXM1,FST,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,MCAM,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PTGER2,RGS4,RRM2,UNC5B,WISP1

24

Migration of tumor cell lines

1,29E-02 DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FOXM1,GRP,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NREP,NRP1 (includes EG:18186),RUNX2,TNC (includes EG:116640)

21

Invasion of tumor cell lines

1,63E-02 CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),ETV1,FBLN5,FOXM1,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PTGER2,RRM2,UNC5B,WISP1

19

Chemotaxis 5,22E-03 AGTR1,CCL8,CXADR,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,FPR1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PDGFRA,TGFB2

17

Homing of cells 7,95E-03 AGTR1,CCL8,CXADR,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,FPR1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PDGFRA,TGFB2

16

Chemotaxis of cells 1,46E-02 AGTR1,CCL8,CXADR,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,FPR1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PDGFRA,TGFB2

15

Cytokinesis 6,87E-06 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,NUSAP1,PRC1 (includes EG:233406),TM4SF1,TOP2A

12

Migration of endothelial cells

1,87E-03 ANGPTL1,COL4A2 (includes EG:12827),EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FGF1,FLT1,GATA3,HGF,NRP1 (includes EG:18186),OLR1

12

Cell movement of 1,84E-05 CDK1,EGF (includes EG:13645),FLT1,HGF,HMMR,L1CAM,MMP2,PARP9,TGFB2 9

267

tumor cells

Cell movement of cancer cells

3,15E-05 CDK1,FLT1,HGF,HMMR,L1CAM,MMP2,PARP9,TGFB2 8

Cell movement of colon cancer cell lines

3,49E-03 CDCP1,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,GRP,HGF,KLF4 7

Cell movement of epithelial cells

1,08E-03 CHRM3,FGF7,HBEGF,HGF,PMP22,RGS4 6

Cytokinesis of tumor cell lines

1,08E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,TOP2A 6

Migration of colon cancer cell lines

3,38E-03 EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,GRP,HGF,KLF4 6

Cell movement of carcinoma cell lines

9,41E-03 EGF (includes EG:13645),GRP,HGF,KISS1,RUNX2,WISP1 6

Invasion of pancreatic cancer cell lines

7,27E-04 EGF (includes EG:13645),FOXM1,HGF,NRP1 (includes EG:18186),RRM2 5

Migration of epithelial cells

1,18E-03 CHRM3,FGF7,HBEGF,PMP22,RGS4 5

Cytokinesis of cervical cancer cell lines

2,07E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L 5

Invasion of colon cancer cell lines

1,06E-02 GRP,HGF,KLF4,NRP1 (includes EG:18186),UNC5B 5

Cell movement of smooth muscle cells

1,24E-02 FHL1 (includes EG:14199),HBEGF,HGF,IGFBP5,MMP2 5

Migration of carcinoma cell lines

1,67E-02 EGF (includes EG:13645),GRP,HGF,KISS1,RUNX2 5

Migration of neurons

3,81E-04 EGF (includes EG:13645),HBEGF,HGF,L1CAM 4


8,42E-03 EGF (includes EG:13645),GRP,HBEGF,HGF 4

Migration of neuroglia

5,82E-04 CHI3L1,HGF,TGFB2 3

Migration of 6,47E-03 EGF (includes EG:13645),FGF7,HGF 3

268

keratinocyte cancer cell lines Migration of fibroblast cell lines

7,81E-03 EGF (includes EG:13645),HBEGF,PDGFRA 3

Scattering of tumor cell lines

7,81E-03 EGF (includes EG:13645),HGF,L1CAM 3

Migration of lymphatic system cells

1,28E-02 FGF1,HGF,PDGFRA 3

Migration of pancreatic cancer cell lines

1,28E-02 EGF (includes EG:13645),FOXM1,HGF 3

Migration of keratinocytes

1,47E-02 CHRM3,FGF7,HBEGF 3

Invasion of fibrosarcoma cell lines

1,68E-02 FBLN5,KISS1,MMP2 3

Migration of ovarian cancer cell lines

1,68E-02 EDN1,EGF (includes EG:13645),HGF 3

Migration of skin cell lines

1,91E-02 EGF (includes EG:13645),HGF,PDGFRA 3

Homing of embryonic cell lines

2,16E-02 AGTR1,EGF (includes EG:13645),L1CAM 3

Homing of epithelial cell lines

2,16E-02 AGTR1,EGF (includes EG:13645),L1CAM 3

Scattering of stomach cancer cell lines

6,89E-04 EGF (includes EG:13645),HGF 2

Chemorepulsion of brain cancer cell lines

2,03E-03 FLT1,NRP1 (includes EG:18186) 2

Migration of astrocytes

2,03E-03 CHI3L1,HGF 2

Migration of sarcoma cell lines

2,03E-03 EGR1,HGF 2

Chemotaxis of 3,99E-03 EGF (includes EG:13645),PDGFRA 2

269

fibroblast cell lines

Migration of extravillous trophoblast cells

6,53E-03 CCL8,IL11 2

Scattering of breast cancer cell lines

9,63E-03 HGF,L1CAM 2

Chemotaxis of gonadal cell lines

1,32E-02 FPR1,KISS1 2

Invasion of trophoblast cells

1,32E-02 EGF (includes EG:13645),FST 2

Migration of lymphatic endothelial cells

1,32E-02 FGF1,HGF 2

Cell movement of leukemia cells

1,74E-02 FLT1,HMMR 2

Migration of glioma cells

1,74E-02 HGF,TGFB2 2

Migration of thyroid tumor cell lines

1,74E-02 HGF,KISS1 2

Mobility of cells 2,19E-02 CADM1,TM4SF1 2

Cell movement of chronic lymphocytic leukemia cells

2,63E-02 HMMR 1

Cell movement of colon carcinoma cells

2,63E-02 L1CAM 1

Cell movement of luminal epithelial cells

2,63E-02 HGF 1

Cell movement of myoepithelial cells

2,63E-02 HGF 1

Cell movement of progenitor cells

2,63E-02 HGF 1

Contact repulsion of axons

2,63E-02 L1CAM 1

Cytokinesis of 2,63E-02 TOP2A 1

270

fibrosarcoma cell lines Invasion of astrocytes

2,63E-02 CHI3L1 1

Invasion of melanocytes

2,63E-02 HGF 1

Replicação, recombinação e reparo de dna (45 moléculas)

Synthesis of dna 6,71E-05 BIRC5,CCNA2,CDKN2C,CDT1,CHRM3,EDN1,EGF (includes EG:13645),FBLN5,FGF1,FLT1,HBEGF,HGF,IGFBP5,PDGFRA,RGS4,TGFB2,TNC (includes EG:116640)

17



13

Alignment of chromosomes

3,12E-07 BIRC5,CCNA2,DLGAP5,KIF14,KIF2C,NCAPG,TTK 7

Dna damage 3,24E-03 BIRC5,OLR1,PBK,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,TOP2A 7

Chromosomal congression of chromosomes

3,02E-05 KIF14,KIF2C,NDC80,SGOL2 4

Condensation of chromosomes

8,50E-04 KIF4A,NCAPG,NUSAP1,TOP2A 4

Spindle checkpoint of cells

1,07E-03 BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),DLGAP5,TTK 4

Incorporation of thymidine

1,56E-02 EDN1,EGF (includes EG:13645),HBEGF,IGFBP5 4

Formation of mitotic spindle

1,71E-02 BIRC5,KIF2C,KIF4A,NEK2 4

Hydrolysis of nucleotide

2,21E-02 ATP7B,CDK1,IQGAP2,RGS4 4



Hydrolysis of gtp 1,91E-02 CDK1,IQGAP2,RGS4 3

Organization of mitotic spindle

2,16E-02 NDC80,SPC25 (includes EG:100144563),TTK 3

Checkpoint control of mitotic spindle

6,89E-04 CDC20 (includes EG:107995),NDC80 2

271

Formation of nuclear envelope

2,03E-03 CDK1,EGF (includes EG:13645) 2

Alignment of sister chromatids

3,99E-03 NDC80,TOP2A 2

Elongation of mitotic spindle

3,99E-03 PRC1 (includes EG:233406),SPC25 (includes EG:100144563) 2

Arrest in spindle checkpoint of cervical cancer cell lines

2,63E-02 DLGAP5 1

Cleavage of pbr322 plasmid

2,63E-02 TOP2A 1

Deamination of deoxycytidine

2,63E-02 APOBEC3G 1

Deamination of deoxyuridine

2,63E-02 APOBEC3G 1

Delay in alignment of chromosomes

2,63E-02 CCNA2 1


2,63E-02 CCNA2 1

Hydroxylation of dna


Hypercondensation of chromosomes

2,63E-02 KIF4A 1

Ligation of pbr322 plasmid

2,63E-02 TOP2A 1

272

APÊNDICE X- Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.

GO-ID p-value corr p-value

x n X N Description Genes in test set

278 1,03E-13 2,62E-10 34 380 279 14291 mitotic cell cycle

BCAT1|CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|FAM83D|KIF2C|SPC25|CENPA|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|PSMB9|AIM1|CCNB1|CCNB2


NOG|FGF7|NRP1|CADM1|PTGS1|FST|EDN1|F2RL1|LRRC17|JAG1|CXADR|AQP3|TGFB2|AGTR1|XYLT1|FGF1|CASP1|EGR1|CDK1|EGR2|PTPRG|STMN2|GRP|NCAM2|CHRM3|CCND2|C5ORF13|NPPB|CTSH|ENPP1|TNC|BDKRB2|IRAK3|VDR|BCHE|PYCARD|BHLHE40|RUNX1|EGF|NEFM|SRGN|B4GALT1|COL4A2|FLT1|LMCD1|CENPF|CDC20|HGF|CCNB1|LAMA2|LAMA1|LAMA4|LAMA5|PLN|HBEGF|PBX1|HTR2B|CACNA1A

273

22403 4,85E-12 4,11E-09 34 435 279 14291 cell cycle phase

BCAT1|CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|FAM83D|KIF2C|SPC25|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|SGOL2|CENPF|NUSAP1|CASC5|MND1|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|AIM1|CCNB1|CCNB2

22402 1,37E-11 8,68E-09 39 582 279 14291 cell cycle process

BCAT1|GAS2L3|CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|TGFB2|FAM83D|KIF2C|VDR|SPC25|CENPA|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|SGOL2|CENPF|NUSAP1|CASC5|MND1|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|PSMB9|AIM1|CCNB1|CCNB2

280 2,59E-11 1,10E-08 24 232 279 14291 nuclear division CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3

7067 2,59E-11 1,10E-08 24 232 279 14291 mitosis CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3

274

87 4,86E-11 1,77E-08 24 239 279 14291 M phase of mitotic cell cycle

CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3

48285 5,79E-11 1,84E-08 24 241 279 14291 organelle fission CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3

279 2,63E-10 7,44E-08 28 351 279 14291 M phase

CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|FAM83D|SPC25|KIF2C|NCAPG|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|SGOL2|CENPF|NUSAP1|MND1|CASC5|BIRC5|NDC80|CDC20|PBK|HGF|AIM1|CCNB1|CCNB2


NOG|NRP1|FGF7|IFITM1|FOXM1|E2F7|EDN1|PTGS1|TTK|MME|SP110|JAG1|BDKRB2|CXADR|TGFB2|IL11|VDR|AGTR1|CDKN2C|FOXF1|GPNMB|EGF|FGF1|CCNA2|B4GALT1|CDK1|PTGER2|FLT1|DTL|HCLS1|CDC20|HGF|CDKN3|PDCD1LG2|CCNB1|LAMA5|CCND2|CD274|PDGFRA|WFDC1|PBX1|HTR2B|PMP22|KLF4|IGFBP5

275

7049 1,01E-09 2,33E-07 43 794 279 14291 cell cycle

BCAT1|GAS2L3|CCDC99|PRC1|NEK2|FOXM1|E2F7|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|CDT1|TGFB2|FAM83D|KIF2C|VDR|SPC25|CENPA|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|SGOL2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|MND1|MPP7|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|PSMB9|AIM1|CCNB1|CCNB2


NOG|NRP1|FGF7|TSPAN2|CADM1|FST|EDN1|SOBP|L1CAM|LRRC17|JAG1|CXADR|TPD52|MMP2|HOXD10|AQP3|TGFB2|IL11|AGTR1|DAB2|UNC5B|CDKN2C|XYLT1|GATA3|FOXF1|CASP1|SPON2|FGF1|CCNA2|EGR1|CDK1|EGR2|STMN2|CRYAB|PTPRG|EFNB2|PCDH9|NCAM2|CHRM3|CCND2|DOK5|C5ORF13|PDGFRA|HSD11B1|DSP|NPPB|SGCD|CNTN3|PMP22|CTSH|ABLIM1|WNT16|ENPP1|HOXA13|TNC|C1S|SP110|VDR|TCF21|NPTX1|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|RUNX1|RUNX2|NEFM|SRGN|B4GALT1|FLT1|ADAM23|HCLS1|CENPF|CASC5|CDC20|HGF|MCAM|PCDH18|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|CCNB2|SEMA6D|LAMA5|PLN|HBEGF|PBX1|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|ATP7B

276


NOG|NRP1|FGF7|CADM1|TSPAN2|FST|EDN1|SOBP|L1CAM|LRRC17|JAG1|CXADR|TPD52|MMP2|HOXD10|AQP3|TGFB2|IL11|AGTR1|UNC5B|CDKN2C|XYLT1|FOXF1|SPON2|FGF1|CCNA2|EGR1|CDK1|EGR2|STMN2|CRYAB|PTPRG|EFNB2|PCDH9|NCAM2|CHRM3|CCND2|DOK5|C5ORF13|PDGFRA|HSD11B1|DSP|SGCD|CNTN3|PMP22|CTSH|ABLIM1|WNT16|ENPP1|HOXA13|TNC|C1S|SP110|VDR|TCF21|NPTX1|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|RUNX1|RUNX2|NEFM|SRGN|B4GALT1|FLT1|ADAM23|HCLS1|CENPF|CDC20|HGF|PCDH18|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|CCNB2|SEMA6D|LAMA5|PLN|HBEGF|PBX1|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|ATP7B


NOG|NRP1|FGF7|ENPP1|EDN1|FST|LRRC17|PALMD|JAG1|CXADR|RHOU|AQP3|TGFB2|VDR|AGTR1|XYLT1|FOXF1|EGF|RUNX1|FGF1|NEFM|SRGN|B4GALT1|CDK1|COL4A2|EGR2|STMN2|PTPRG|CENPF|CDC20|HGF|GRP|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|LAMA5|CCND2|C5ORF13|NPPB|PBX1|CACNA1A

277

51301 2,62E-09 4,44E-07 25 314 279 14291 cell division CCDC99|PRC1|NEK2|CEP55|TGFB2|FAM83D|SPC25|KIF2C|NCAPG|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|SGOL2|CENPF|CASC5|NUSAP1|BIRC5|NDC80|CDC20|AIM1|CCNB1|CCNB2|CCND2


GAS2L3|NOG|NRP1|MASP1|E2F7|PTGS1|FST|EDN1|TTK|LRRC17|APOBEC3G|JAG1|CXADR|CDT1|IL11|TGFB2|DAB2|XYLT1|CDKN2C|FOXF1|TGFBI|PAG1|DLG1|EGR1|DEPDC6|CDK1|PTPRG|CRYAB|STMN2|DTL|PDCD1LG2|GRP|TNFRSF10D|WFDC1|NPPB|PMP22|WNT16|ENPP1|IFITM1|FOXM1|SP110|BDKRB2|VDR|IRAK3|TCF21|BCHE|BUB1|BHLHE40|GPNMB|EGF|RUNX1|RUNX2|SRGN|B4GALT1|COL4A2|PTPRE|LMCD1|CENPF|CDC20|BIRC5|RGS17|HGF|CDKN3|PSMB9|CCNB1|PLN|CD274|RGS5|HBEGF|SMURF2|PBX1|GK|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5

7059 7,07E-09 1,06E-06 13 83 279 14291 chromosome segregation

CCDC99|NEK2|DLGAP5|SGOL2|CENPF|CASC5|NUSAP1|NDC80|BIRC5|CCNB1|SPC25|NCAPG|TOP2A

278


GAS2L3|NOG|NRP1|E2F7|PTGS1|FST|EDN1|TTK|LRRC17|JAG1|CXADR|CDT1|IL11|TGFB2|DAB2|XYLT1|CDKN2C|FOXF1|TGFBI|PAG1|DLG1|EGR1|DEPDC6|CDK1|PTPRG|CRYAB|STMN2|DTL|PDCD1LG2|GRP|TNFRSF10D|WFDC1|NPPB|PMP22|WNT16|ENPP1|IFITM1|FOXM1|BDKRB2|SP110|TCF21|IRAK3|VDR|BCHE|BUB1|BHLHE40|GPNMB|RUNX1|RUNX2|SRGN|B4GALT1|PTPRE|LMCD1|CENPF|CDC20|BIRC5|RGS17|HGF|CDKN3|PSMB9|CCNB1|CD274|RGS5|HBEGF|SMURF2|PBX1|GK|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5

32879 8,70E-09 1,16E-06 39 727 279 14291 regulation of localization

NRP1|FGF7|ENPP1|CADM1|TNC|EDN1|FST|PTGS1|F2RL1|JAG1|TGFB2|IL11|AGTR1|SORBS1|FOXF1|PYCARD|NEDD4L|CASP1|EGF|RAB27B|SRGN|B4GALT1|CDK1|FLT1|CRYAB|HGF|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|LAMA5|PLN|PDGFRA|HBEGF|GK|HTR2B|CTSH|CACNA1A|IGFBP5

279


NOG|FGF7|NRP1|FST|EDN1|SOBP|L1CAM|JAG1|TPD52|MMP2|HOXD10|AQP3|TGFB2|AGTR1|DAB2|UNC5B|FOXF1|GATA3|FGF1|SPON2|CASP1|CCNA2|CDK1|EGR2|CRYAB|EFNB2|C5ORF13|PDGFRA|NPPB|DSP|PMP22|CTSH|ABLIM1|WNT16|HOXA13|TNC|SP110|TCF21|VDR|COL8A1|EGF|B4GALT1|FLT1|CASC5|HGF|MCAM|CCNB1|LAMA1|LAMA5|PBX1|HTR2B|KLF4|CACNA1A

7155 4,64E-08 5,56E-06 37 710 279 14291 cell adhesion

ITGB3BP|C1ORF38|NRP1|CADM1|TNC|L1CAM|EDIL3|CXADR|ITGBL1|CDH8|RGMB|SORBS1|FOXF1|COL6A3|CNTNAP3|COL8A1|GPNMB|SPON2|DLG1|FLRT3|B4GALT1|HAPLN1|OLR1|ADAM23|PCDH9|MCAM|PCDH18|TNFAIP6|NCAM2|LAMA5|FBLN5|DSC3|DSC2|DSP|CNTN3|JAM2|CDH10

280

APÊNDICE Y - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente

expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.

GO-ID p-value corr p-valor x n X N Description Genes in test set


NOG|EDN1|SNCA|FST|VTN|SHH|DAB2|EIF4EBP1|MYD88|PICALM|SERPINE1|PAG1|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|BACE2|F3|VEGFA|FGFR1|WNT5B|ENPP1|RBP1|TIMP2|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|CFLAR|BMP2|GAS1|HGF|NTN1|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|RGS5|CD274|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|E2F7|CXADR|EDNRA|WARS|HMOX1|SEMA3A|HHIP|FAM129A|NRG1|DLG1|IRAK1|ARID5B|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|SERPINB2|NPPB|WNT16|NDN|TRIB3|ASNS|THBS1|GPNMB|NEFL|PIK3R2|ENO1|TXNIP|PTPRE|IGF1|RGS17|PARK2|PLG|PLN|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A


NOG|NRP1|E2F7|FST|SNCA|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|WARS|DAB2|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|HMOX1|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|PDCD1LG2|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|F3|BACE2|VEGFA|SERPINB2|NPPB|FGFR1|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|TRAF6|THBS1|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|NTN1|PLG|CDKN1C|CDKN1A|CBLB|SFRP1|RGS4|CD274|RGS5|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A

281


NOG|NRP1|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|VTN|CPEB1|CXADR|SHH|WARS|AGTR1|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|CASP1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|F7|GRP|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|ERBB4|ENPP1|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|BHLHE40|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|NEFM|PLAT|BMP4|BMP2|PELI1|NTN4|IGF1|PARK2|HGF|NTN1|PLG|LAMA1|ATP2A2|SFRP1|PLN|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|HTR2A


FGFR2|FGFR1|NOG|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|LTBP2|FST|RGMB|EIF4EBP1|ANGPTL1|NRG1|EGF|FGF1|SYK|TXNIP|PLAT|BMP4|EGFR|IRAK1|PTPRD|BMP2|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|CBL|HGF|KDR|EREG|DOK5|VEGFA|NPPB|HBEGF|GDF15|BMP7|CACNA1A


NOG|NRP1|E2F7|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|AGTR1|WARS|HMOX1|SERPINE1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|RXRA|CDK4|PDCD1LG2|TNFRSF9|CTH|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|TIMP2|VDR|GPNMB|THBS1|TRAF6|EGF|TXNIP|BMP4|BMP2|PELI1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|SFRP1|CD274|PBX1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|IGFBP5|HTR2A


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|THBS1|GPNMB|COL8A1|NEFL|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|

282

IGFBP5


NOG|NRP1|FST|EDN1|L1CAM|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|DAB2|UNC5B|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|CASP1|FGF1|SYK|EGFR|NRXN3|ARID5B|RXRA|F7|GEM|KRT19|EREG|VEGFA|NPPB|ADAM12|FGFR1|WNT16|SHROOM3|NDN|ERBB4|FHL1|TIMP3|SRF|VDR|KAL1|COL8A1|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|DCLK1|ACTB|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|SFRP1|FOXE1|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|CASP1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5

283


NOG|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|L1CAM|VTN|CPEB1|MYD88|CXCR4|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|CASP1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|ARHGEF6|FADD|F7|RPTOR|DDIT4|EREG|F3|VEGFA|FGFR1|WNT16|WNT5B|ERBB4|ENPP1|OXTR|TRIB3|TIMP2|VDR|BHLHE40|THBS1|TRAF6|EGF|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|CDKN1C|TNFSF10|CBLB|SFRP1|RGS4|RGS5|HBEGF|MTOR|BMP7|CACNA1A|PLAU|IGFBP5|HTR2A

51240 4,16E-16 1,21E-13 31 278 259 14290 positive regulation of multicellular organismal process

FGFR1|NOG|ERBB4|EDN1|SNCA|FST|OXTR|SRF|SHH|VDR|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|CASP1|NRG1|TRAF6|THBS1|BMP4|EGFR|PELI1|BMP2|F7|HGF|PLG|CHRM3|EREG|F3|VEGFA|BMP7|HTR2A


NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|RHOU|SHH|AGTR1|WARS|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|FGF1|NRG1|SYK|PTPRG|STMN2|RXRA|GRP|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|TRIB3|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|THBS1|TRAF6|EGF|NEFL|NEFM|BMP4|BMP2|NTN4|IGF1|HGF|NTN1|KDR|LAMA1|SFRP1|PBX1|BMP7|CACNA1A


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|FMN2|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5

284


NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|F3|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|CASP1|NRG1|FGF1|NRXN3|ARID5B|FMN2|CHRM3|SGCG|EREG|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A


NOG|NRP1|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|FHL1|OXTR|TRIB3|C1R|ASNS|EHF|C1S|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|CBLB|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A

10647 3,91E-15 7,61E-13 36 413 259 14290 positive regulation of cell communication

FGFR1|WNT16|ERBB4|SNCA|OXTR|L1CAM|VTN|VDR|MYD88|HMOX1|CASP8|CASP1|EGF|THBS1|TRAF6|SYK|BMP4|EGFR|CFLAR|BMP2|PELI1|IGF1|FADD|PARK2|GAS1|F7|HGF|RPTOR|CDKN1C|TNFSF10|EREG|F3|VEGFA|HBEGF|MTOR|BMP7

285


NOG|NRP1|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|OXTR|TRIB3|ASNS|EHF|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A

40007 7,22E-15 1,24E-12 26 208 259 14290 growth FGFR2|FGFR1|FGFR3|NDN|FHL1|TIMP3|SHH|SERPINE1|DCLK1|BMP4|BMP2|ST6GAL2|RXRA|ARID5B|IGF1|GAS1|PLG|EREG|NUPR1|INHBE|VEGFA|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|IGFBP5

48513 1,10E-14 1,78E-12 79 1790 259 14290 organ development

NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|KRT19|EREG|SGCG|CCND2|VEGFA|FGFR1|DHH|WNT16|WNT5B|SHROOM3|ERBB4|ENPP1|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|TIMP3|SRF|VDR|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|TRAF6|THBS1|DCLK1|TXNIP|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|KRT34|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4|IGFBP5

23033 3,26E-14 5,01E-12 86 2097 259 14290 signaling pathway

NOG|LTBP2|FST|EDN1|F2RL1|L1CAM|RHOU|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|CXCR4|HMOX1|NRG1|RAB27B|FGF1|PAG1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|ARHGEF6|ARHGAP29|GEM|DDIT3|GRP|FMN2|CHRM3|EREG|DOK5|F3|VEGFA|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|IL1R1|WNT5B|FGFR3|NMI|NDN|ERBB4|OXTR|VDR|RGMB|ANGPTL1|EGF|TRAF6|THBS1|TXNIP|PLAT|BMP4|GPR155|PTPRD|BMP2|PTPRE|CBL|MET|IGF1|HGF|KDR|LAMA1|CDKN1A|CBLB|SFRP1|ATP2A2|RPS6KA2|RGS4|CD274|HBEGF|

286

MTOR|GDF15|BMP7|CACNA1A|HTR2A

23052

5,91E-14 8,63E-12 110 3128 259 14290 signaling

NOG|LTBP2|EDN1|SNCA|FST|F2RL1|L1CAM|ANKRD1|CXCL12|SHH|AGTR1|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|ANK2|UNC5B|RAB27B|PAG1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|FADD|GEM|DDIT3|TNFAIP6|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|IL1R1|FGFR4|FGFR3|WNT5B|ERBB4|VDR|ANGPTL1|TRAF6|EGF|BMP4|PLAT|GPR155|BMP2|MET|NTN4|HGF|KDR|LAMA1|CBLB|TNFSF10|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|CD274|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|NRP1|RHOU|EDNRA|EDNRB|CXCR4|HMOX1|CNTNAP3|FGF1|NRG1|CASP1|DLG1|IRAK1|NRXN3|ARHGEF6|ARID5B|ARHGAP29|CDK4|GRP|FMN2|EREG|CHRM3|TNFRSF10D|DOK5|SH3KBP1|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|DHH|WNT16|NMI|NDN|OXTR|GPRC5A|RGMB|THBS1|PIK3R2|TXNIP|PTPRD|DLGAP1|PTPRE|CBL|COL15A1|IGF1|PARK2|RPS6KA2|HBEGF|GDF15|IGFBP5|HTR2A





287

APÊNDICE Z - Tabela da comparação dos valores de Fold Change obtidos por análise de Microarray e de qPCR.

Fold Change por ADORA2B CCL7 SFRP1 KYNU ANKRD1 MMP1 LAMC2 G0S2 ALDH1A1 MAB21L1 NDN YWHAZ

CTMH/n_jovens vs CMTH/n Senescentes

Microarranjos ND ND ND ND -11,2205 4,34315 ND ND ND ND ND 1

qPCR 0,816735 4,241349 0,953098 0,732824 0,092066 4,6585 1,139223 1,466246 0,103725 0,917549 2,039583 1

valor de P

0,003 0,0173 CTMH/inv_jovens vs CTMH/inv Senescentes

Microarranjos ND ND -3,57804 ND -4,46141 ND ND 6,36868 ND ND 5,27179 1

qPCR 8,38413 1,84346 0,271548 0,575128 0,212635 0,621564 0,833506 45,71479 1,343754 0,399078 13,57535 1

valor de P 0,01 <0.001 0,052 0,078

CTMH/n jovens vs CTMH/inv Jovens

Microarranjos 4,2307 4,1251 -19,1773 4,88697 -8,77528 -8,79661 -14,4033 3,16497 -26,1744 5,26257 6,29509 1

qPCR 0,561207 13,8286 0,095798 17,35176 0,396335 0,55391 0,05942 9,59623 0,139944 1,876331 2,820094 1

valor de P 0,029 0,099 <0.001 0,023 0,8 0,23 0,021 0,048 <0.001 0,001 0,015 CTMH/n senescentes vs CTMH/inv Senescentes

Microarranjos 7,17501 8,538 -39,0604 21,6892 -13,4826 -96,6301 -17,3405 28,6178 -56,2836 3,7473 17,2732 1

qPCR 8,0109 8,947832 0,023669 18,11707 0,117488 0,010657 0,010294 419,3468 4,269237 2,044939 15,15871 1

valor de P 0,001 0,036 0,003 <0.001 <0.001 0,003 <0.001 <0.001 0,258 0,01 <0.001 *indica os valores de Fold Change entre Microarray corroboraram com significância estatística (Teste T). ND = genes não diferencialmente expressos pela análise de microarranjos.

288

10. ANEXOS

Localização nucleotídica

Gene Symbol Localização cromossômica Descrição Início Fim

70174019 70175807 LOC654340 3p13 RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 3 pseudogene

70189368 70189639 LOC100128448 3p13 ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein pseudogene 4

70800218 70800623 LOC100289131 3p13 cytochrome c oxidase subunit VIc pseudogene

71820806 71834357 PROK2 3p13 prokineticin 2

72136041 72136811 CCDC137P 3p13 coiled-coil domain containing 137 pseudogene

72423744 72495774 RYBP 3p13 RING1 and YY1 binding protein

72798428 72897598 SHQ1 3p13 SHQ1 homolog (S. cerevisiae)

72937385 73024525 GXYLT2 3p13 glucoside xylosyltransferase 2

73046119 73115011 PPP4R2 3p13 protein phosphatase 4, regulatory subunit 2

73110810 73112488 EBLN2 3p13 endogenous Bornavirus-like nucleoprotein 2

73231455 73232558 CCDC75P1 3p13 coiled-coil domain containing 75 pseudogene 1

73431652 73674072 PDZRN3 3p13 PDZ domain containing ring finger 3

74150457 74152906 HSP90AB5P 3p13 heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class B member 5, pseudogene

75377699 75388223 MYLKP 3p13 myosin light chain kinase pseudogene 1

75397394 75397915 OR7E66P 3p13 olfactory receptor, family 7, subfamily E, member 66 pseudogene

75405636 75406661 OR7E22P 3p13 olfactory receptor, family 7, subfamily E, member 22 pseudogene

1,54E+08 154042286 DHX36 3p13-q23 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 36

16628299 16647006 DAZL 3p24.3 deleted in azoospermia-like

16734255 16734939 LOC100132260 3p24.3 chromodomain protein, Y-like pseudogene

16926452 17132098 PLCL2 3p24.3 phospholipase C-like 2

17198654 17784240 TBC1D5 3p24.3 TBC1 domain family, member 5

17506623 17507040 RPL31P19 3p24.3 ribosomal protein L31 pseudogene 19

17706459 17706516 RNU7-10P 3p24.3 RNA, U7 small nuclear 10 pseudogene

ANEXO 1 – Lista dos genes localizados próximo a região da inversão cromossômica (inv3p13-25~26) constituinte das CTMH/inv

289

17741392 17741464 TRNAC31P 3p24.3 transfer RNA cysteine 31 (anticodon GCA) pseudogene

17912909 17914193 PP1P 3p24.3 pyrophosphatase (inorganic) 1 pseudogene

17918758 17919688 LOC100132683 3p24.3 phosducin-like 3 pseudogene

18580165 18581388 LOC131185 3p24.3 RAD23 homolog B (S. cerevisiae) pseudogene

19190017 19577135 KCNH8 3p24.3 potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8

19920964 19975706 EFHB 3p24.3 EF-hand domain family, member B

19981758 19988477 LOC402125 3p24.3 heat shock cognate 71 kDa protein-like

20021453 20053765 PP2D1 3p24.3 protein phosphatase 2C-like domain containing 1


20202085 20227724 SGOL1 3p24.3 shugoshin-like 1 (S. pombe)

21447218 21448200 VENTXP7 3p24.3 VENT homeobox pseudogene 7

21462490 21792816 ZNF385D 3p24.3 zinc finger protein 385D

23031314 23033070 LOC100130785 3p24.3 sal-like 4 (Drosophila) pseudogene 5


49726990 49758962 RNF123 3p24.3 ring finger protein 123

69103881 69129524 UBA3 3p24.3-p13 ubiquitin-like modifier activating enzyme 3

19988572 20026667 RAB5A 3p24-p22 RAB5A, member RAS oncogene family

14530619 14583588 GRIP2 3p24-p23 glutamate receptor-interacting protein 2

29322803 30051886 RBMS3 3p24-p23 RNA binding motif, single stranded interacting protein 3

8775486 8788451 CAV3 3p25 caveolin 3

8792094 8811300 OXTR 3p25 oxytocin receptor

11178779 11304939 HRH1 3p25 histamine receptor H1

12045862 12233532 SYN2 3p25 synapsin II

12194568 12200851 TIMP4 3p25 OTTHUMP00000160184

12329349 12475855 PPARG 3p25 peroxisome proliferator-activated receptor gamma

12598594 12625212 MKRN2 3p25 makorin ring finger protein 2

12625100 12705700 RAF1 3p25 v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog 1

12881811 12881949 SNORA7A 3p25 small nucleolar RNA, H/ACA box 7A

290

13860082 13921618 WNT7A 3p25 proto-oncogene Wnt7a protein

14186647 14220172 XPC 3p25 xeroderma pigmentosum, complementation group C

14989236 15090780 NR2C2 3p25 nuclear receptor subfamily 2, group C, member 2

15090019 15106816 MRPS25 3p25 mitochondrial ribosomal protein S25

15173343 15173710 RPS24P10 3p25 ribosomal protein S24 pseudogene 10

15491640 15563258 COLQ 3p25 collagen-like tail subunit (single strand of homotrimer) of asymmetric acetylcholinesterase

15643255 15687325 BTD 3p25 biotinidase

3168600 3190707 TRNT1 3p25.1 tRNA nucleotidyl transferase, CCA-adding, 1

12948885 12949492 UNQ6487 3p25.1 LMNE6487


13357737 13461809 NUP210 3p25.1 nucleoporin 210kDa

13501791 13514100 LOC100128772 3p25.1 proline-rich protein 3-like

13521715 13547924 HDAC11 3p25.1 histone deacetylase 11

13590625 13679922 FBLN2 3p25.1 fibulin 2

13692221 13788132 LOC285375 3p25.1 hypothetical LOC285375

13968358 13969257 VN1R20P 3p25.1 vomeronasal 1 receptor 20 pseudogene

13974553 13978444 LOC100132526 3p25.1 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5 pseudogene

13978807 14107484 TPRXL 3p25.1 tetra-peptide repeat homeobox-like

14130553 14131358 VN1R21P 3p25.1 vomeronasal 1 receptor 21 pseudogene

14153577 14166371 CHCHD4 3p25.1 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 4

14166440 14185180 TMEM43 3p25.1 transmembrane protein 43

14220228 14239869 LSM3 3p25.1 LSM3 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)

14614359 14616299 LOC131973 3p25.1 rhomboid 5 homolog 1 (Drosophila) pseudogene

14693253 14714166 C3orf19 3p25.1 chromosome 3 open reading frame 19


14860469 14976072 FGD5 3p25.1 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5

15111580 15140655 ZFYVE20 3p25.1 zinc finger, FYVE domain containing 20

291

15182863 15183711 LOC100287512 3p25.1 ribosomal protein S3A pseudogene

15206869 15247466 DVWA 3p25.1 collagen, type VI, alpha 4 pseudogene 1

15415760 15417267 HMGN2L7 3p25.1 high mobility group nucleosomal binding domain 2 pseudogene 7

15451377 15469042 METTL6 3p25.1 methyltransferase like 6

15469064 15484120 EAF1 3p25.1 ELL associated factor 1

15602239 15643130 HACL1 3p25.1 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1

15708743 15901053 ANKRD28 3p25.1 ankyrin repeat domain 28

15915278 15915356 MIR563 3p25.1 microRNA 563

15919457 15921802 IMPDH1P8 3p25.1 IMP (inosine monophosphate) dehydrogenase 1 pseudogene 8

16216184 16271253 GALNTL2 3p25.1 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase-like 2

16298568 16306496 DPH3 3p25.1 DPH3, KTI11 homolog (S. cerevisiae)

9932271 9936033 JAGN1 3p25.2 jagunal homolog 1 (Drosophila)


11831919 11888352 TAMM41 3p25.2 TAM41, mitochondrial translocator assembly and maintenance protein, homolog (S. cerevisiae)

11920291 11920594 CYCSP12 3p25.2 cytochrome c, somatic pseudogene 12

11941485 11942719 NUP210P2 3p25.2 nucleoporin 210kDa pseudogene 2

12298875 12299981 GSTM5P1 3p25.2 glutathione S-transferase mu 5 pseudogene 1

12525931 12574820 TSEN2 3p25.2 tRNA splicing endonuclease 2 homolog (S. cerevisiae)

12581280 12586963 LOC100129480 3p25.2 hypothetical protein LOC100129480


12828834 12830219 KRT18P17 3p25.2 keratin 18 pseudogene 17

12838171 12876313 CAND2 3p25.2 cullin-associated and neddylation-dissociated 2 (putative)

12938719 13114617 IQSEC1 3p25.2 IQ motif and Sec7 domain 1

5488662 5488789 MRPS35P1 3p25.3 mitochondrial ribosomal protein S35 pseudogene 1

6814724 6815033 MRPS36P1 3p25.3 mitochondrial ribosomal protein S36 pseudogene 1

8613468 8615580 LINC00312 3p25.3 long intergenic non-protein coding RNA 312

292

8729920 8730840 OR7E122P 3p25.3 olfactory receptor, family 7, subfamily E, member 122 pseudogene

9022278 9291311 SRGAP3 3p25.3 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 3

9258579 9260213 SRGAP3-AS3 3p25.3 SRGAP3 antisense RNA 3 (non-protein coding)

9390127 9390873 PGAM1P4 3p25.3 phosphoglycerate mutase 1 pseudogene 4

9404717 9428475 THUMPD3 3p25.3 THUMP domain containing 3


9439403 9519838 SETD5 3p25.3 SET domain containing 5

9540045 9595486 LHFPL4 3p25.3 lipoma HMGIC fusion partner-like 4

9643378 9644409 LOC643459 3p25.3 dual specificity phosphatase 5 pseudogene

9745510 9771592 CPNE9 3p25.3 copine family member IX

9799029 9811668 CAMK1 3p25.3 calcium/calmodulin-dependent protein kinase I

9821651 9834420 TADA3 3p25.3 transcriptional adaptor 3

9834179 9848789 ARPC4 3p25.3 actin related protein 2/3 complex, subunit 4, 20kDa

9851644 9878040 TTLL3 3p25.3 tubulin tyrosine ligase-like family, member 3

9879533 9885702 RPUSD3 3p25.3 RNA pseudouridylate synthase domain containing 3

9908394 9921938 CIDEC 3p25.3 cell death-inducing DFFA-like effector c

9944296 9958086 IL17RE 3p25.3 interleukin 17 receptor E

9958758 9975305 IL17RC 3p25.3 interleukin 17 receptor C

9975524 9987097 CRELD1 3p25.3 cysteine-rich with EGF-like domains 1

9987226 9994078 PRRT3 3p25.3 proline-rich transmembrane protein 3





10059237 10067820 CIDECP 3p25.3 cell death-inducing DFFA-like effector c pseudogene



10157333 10168874 BRK1 3p25.3 BRICK1, SCAR/WAVE actin-nucleating complex subunit

293

10183319 10195354 VHL 3p25.3 von Hippel-Lindau tumor suppressor

10206563 10285427 IRAK2 3p25.3 interleukin-1 receptor-associated kinase 2

10290177 10322906 TATDN2 3p25.3 TatD DNase domain containing 2

10326103 10327430 GHRLOS2 3p25.3 ghrelin opposite strand RNA 2 (non-protein coding)

10327438 10335133 GHRLOS 3p25.3 ghrelin opposite strand RNA (non-protein coding)

10365707 10547268 ATP2B2 3p25.3 ATPase, Ca++ transporting, plasma membrane 2

10436173 10436246 MIR885 3p25.3 microRNA 885


10857917 10980146 SLC6A11 3p25.3 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, GABA), member 11

11275939 11276366 LOC728143 3p25.3 mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40-like

11314010 11599139 ATG7 3p25.3 ATG7 autophagy related 7 homolog (S. cerevisiae)

11597544 11762220 VGLL4 3p25.3 vestigial like 4 (Drosophila)

8918880 9005159 RAD18 3p25-p24 RAD18 homolog (S. cerevisiae)

10342615 10362858 SEC13 3p25-p24 SEC13 homolog (S. cerevisiae)

11034420 11080935 SLC6A1 3p25-p24 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, GABA), member 1

12876444 12883081 RPL32 3p25-p24 ribosomal protein L32

14444106 14530857 SLC6A6 3p25-p24 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, taurine), member 6

16306667 16347594 OXNAD1 3p25-p24 oxidoreductase NAD-binding domain containing 1

4456244 4456647 MRPS10P2 3p26 mitochondrial ribosomal protein S10 pseudogene 2

4939910 4948186 LOC100507582 3p26 hypothetical LOC100507582

5021097 5026866 BHLHE40 3p26 basic helix-loop-helix family, member e40

9691117 9744078 MTMR14 3p26 myotubularin related protein 14

10068113 10143614 FANCD2 3p26 Fanconi anemia, complementation group D2

74311722 74570343 CNTN3 3p12.3 (3p26) contactin 3 (plasmacytoma associated)

238650 451098 CHL1 3p26.1 cell adhesion molecule with homology to L1CAM (close homolog of L1)

350400 351002 RPS8P6 3p26.1 ribosomal protein S8 pseudogene 6

4024407 4025979 LOC100288506 3p26.1 polyribonucleotide nucleotidyltransferase pseudogene

4344988 4358949 SETMAR 3p26.1 SET domain and mariner transposase fusion gene

294

4402829 4508966 SUMF1 3p26.1 sulfatase modifying factor 1

4535032 4889524 ITPR1 3p26.1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1

4790876 4793274 EGOT 3p26.1 eosinophil granule ontogeny transcript (non-protein coding)

5121263 5126193 LOC643182 3p26.1 upstream binding transcription factor, RNA polymerase I pseudogene

5163930 5222601 ARL8B 3p26.1 ADP-ribosylation factor-like 8B

5229359 5261650 EDEM1 3p26.1 ER degradation enhancer, mannosidase alpha-like 1



6902802 7783218 GRM7 3p26.1-p25.1 glutamate receptor, metabotropic 7

3191317 3221401 CRBN 3p26.2 cereblon

3841121 3889387 LRRN1 3p26.2 leucine rich repeat neuronal 1

9791628 9808353 OGG1 3p26.2 8-oxoguanine DNA glycosylase

237441 239090 CHL1-AS2 3p26.3 CHL1 antisense RNA 2 (non-protein coding)

659472 660040 RPSAP32 3p26.3 ribosomal protein SA pseudogene 32

1637421 1637929 RPL23AP38 3p26.3 ribosomal protein L23a pseudogene 38

1771738 1772158 RPL23AP39 3p26.3 ribosomal protein L23a pseudogene 39


2140550 3099645 CNTN4 3p26.3 contactin 4

3111401 3152058 IL5RA 3p26-p24 interleukin 5 receptor, alpha

8543511 8609806 LMCD1 3p26-p24 OTTHUMP00000207035

1134629 1445278 CNTN6 3p26-p25 contactin 6

9773434 9789699 BRPF1 3p26-p25 bromodomain and PHD finger containing, 1

10327434 10334631 GHRL 3p26-p25 ghrelin/obestatin prepropeptide

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Transcriptoma diferencial entre células-tronco mesenquimais