NCBIoNotifier: Um Aplicativo Móvel para Notificar Pesquisadores Sobre Atualizações em Bancos de Dados do National Center For Biotechnology Information

NCBIoNotifier: Um Aplicativo Móvel para

Notificar Pesquisadores Sobre Atualizações

em Bancos de Dados do National Center

For Biotechnology Information

Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais

Sistemas de Informação

Aluno: Matteus Barbosa dos Santos

Orientador: Saulo Augusto de Paula Pinto

Belo Horizonte

Dezembro de 2017

Introdução

Buscas em bancos de dados de expressão gênica do

Centro Nacional de Informações Biotecnológicas

(NCBI)

“... um considerável número de recursos foram criados

para resolver esta questão...” (GEER, L. Y., 2009,

tradução nossa)

ZHU Y. et al já destacaram a “suma importância de

que pesquisadores utilizem métodos eficientes,

flexíveis, e poderosos para obter dados...” (ZHU Y. et

al, 2008, tradução nossa)

Introdução

Identificação

My NCBI – Saved Searches

Termos

Assinatura de e-mail

Agendamento

Formatos*

Tamanho da remessa

Formulário de criação de alerta em “Pesquisa Salva”

Fonte: Portal NCBI / Pesquisas Salvas (My NCBI Help, 2015).

Mensagem opcional e-mail

Definição do Problema

Consumo de tempo do pesquisador ao recuperar e

filtrar os dados considerados atualizados

Pesquisas repetitivas (manuais)

Identificação de alterações

Mobilidade da informação

Motivação e Objetivos

Possibilidade de automatizar pesquisas de rotina

Recursos disponíveis em plataformas móveis

Implementar um aplicativo móvel notificador

Publicar o aplicativo na Play Store e na Apple Store

Permitir a extensão do aplicativo a novos suportes

Manter o pesquisador informado a respeito de seus

termos de interesse, periodicamente

Trabalhos relacionados

GEOMetaDB

Extração de informação útil do NCBI GEO

PHP e MySQL

Armazena metadados e relações entre experimentos

resultantes de pesquisas

Trabalhos relacionados

Search NCBI Extração de informação

útil de 50 bases do NCBI

Nativo

Formulário de criação de pesquisa

Fonte: App Search NCBI

Desenvolvimento

IDE Intel XDK

Simulação e debugging

Geração do pacote Cordova

Framework de Programação Apache Cordova 6.3

Plataforma para a construção de aplicações móveis nativas

usando HTML, CSS e JavaScript

Plugins

Compilação via comandos cordova

Desenvolvimento

Visão de módulos: Inclusão de um novo suporte a consultas

Fonte: Esboço do autor

Desenvolvimento

Compilação de aplicações móveis nativas usando

HTML, CSS e JavaScript

JavaScript

Linguagem principal

Bootstrap

Framework de componentes de interface

jQuery

Framework de interações com componentes da interface

Requisições AJAX ao webservice

Desenvolvimento

Plugins Cordova

Armazenamento

IndexedDB

LocalStorage

Notificação

Local Notifications

Desenvolvimento Obtenção de resultados de forma programada

Desenvolvimento

Telas do NCBIoNotifier

Fonte: Aplicativo NCBIoNotifier

Desenvolvimento

Formulário de agendamento de consulta


Identificação

Termos

Ordenação

Frequência

Horário

Formulário “Pesquisa Salva”

Fonte: Portal NCBI / Pesquisas Salvas

(My NCBI Help, 2015).

Desenvolvimento

Aplicativo NCBIoNotifier

Fonte: Apple Store

Aplicativo NCBIoNotifier

Fonte: Play Store

Resultados

Exibição dos resultados


Exibição das notificações

Fonte: Esboço do autor

Resultados

Pesquisa TermosBanco de

dadosFrequência

R1

(1º dia)

R2

(2º dia)

R3

(3º dia)

depressãobicoid OR bcd)

AND Drosophilamedgen

semanal

12:000 0 0

depressãobicoid OR bcd)

AND Drosophilapubmed

mensal

12:004 4 0

genes GABAGABA OR GAD OR

DBIgene

diário

6:001 0 0

DopaminaDAT OR DRD OR

COMT protein

diário

12:000 3 0

serotonina5-HTTLPR OR

HTR1A OR HTR2Aprotein

mensal

12:009 0 2

cancer cancer proteinsemanal

6:003674 3254 3112

Conclusão

Espera-se que o resultado obtido na produção do NCBIoNotifier a partir

da IDE Intel XDK e seu suporte a plugins do Framework Apache Cordova

contribua com a comunidade internacional de pesquisadores e incentive a

produção de soluções híbridas, por parte de desenvolvedores do nicho,

que facilitem rotinas de pesquisadores.

Trabalhos futuros

A criação de suportes para mais bancos de dados é imprescindível

para que o aplicativo ganhe popularidade no meio em que pretende

se inserir.

Referências Bibliográficas

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