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UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS CENTRO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E DA SAÚDE
Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular
Via Washington Luís, Km 235 - Caixa Postal 676 CEP 13565-905 - São Carlos - SP - Brasil
e-mail ppggev@power.ufscar.br Fone/Fax: (0XX16) 3351-8306
Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV400 - Cromossomos: Investigação e Aplicações
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 30 20 90
Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho
Ementa da Disciplina:
1- A Citogenética como ciência: histórico, avanços, perspectivas. 2-
Métodos de obtenção de cromossomos para estudo do cariótipo. 3- Análise
dos cromossomos com coloração convencial e diferencial. 4- Análise dos
cromossomos com técnicas especiais de marcação. 5- Variações cariotípicas.
Poliformismos cromossômicos. 6- Cromossomos supranumerários. 7-
Cromossomos sexuais e sistemas cromossômicos de determinação do sexo.
8- Aplicações da Citogenética. 9- Seminários.
Bibliografia Principal:
1- ALBERTS, B. et al. 2004. Biologia Molecular da Célula. Artmed Editora, São Paulo.
2- GREGORY, T.M. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press,
USA. 3- GUERRA, M. 2004. FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade
Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 4- KASAHARA, S. 2009. Introdução à Pesquisa
em Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5-
McGregor, H.C. 2008. Introduction to Animal Cytogenetics. Springer. 6- Periódicos
especializados (Chromosome Research; Cytogenetic and Genome Research; Genetica;
Heredity; outros).
Total de Créditos: 6
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Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV401 – Cromossomos: População e Biodiversidade
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
45 - 45 90
Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho
Ementa da Disciplina:
1. Princípios fundamentais da Citogenética. 2. As alterações no sistema cromossômico:
processos. 3. As alterações no sistema cromossômico: fatores limitantes. 4. A
variabilidade cromossômica intra-populacional. 5. A variabilidade cromossômica inter-
populacional. 6. Análise de freqüências cromossômicas e cariotípicas nas populações. 7.
Cromossomos: biodiversidade e especiação. 8. Seminários.
Bibliografia Principal:
1- GREGORY, T.M. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press,
USA. 2- GUERRA, M. 2004. FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade
Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 3- JOHN, B. 1976. Population Cytogenetics. The
Camelot Press Ltda., Southampton. 4 – KASAHARA, S. 2009. Introdução à Pesquisa em
Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5 –
PISANO, E.; OZOUF-COSTAZ, C.; FORESTI, F. & KAPOOR, B.G. 2007. Fish
Cytogenetics. Science Publishers, Enfield. 6 – McGregor, H.C. 2008. Introduction to
Animal Cytogenetics. Springer. 7- Periódicos especializados (Chromosome Research;
Cytogenetic and Genome Research; Genetica; Heredity; outros).
Total de Créditos: 6
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Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV402 - Genética da Conservação
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
60 15 15 90
Professor(a) Responsável: Dr. Pedro Manoel Galetti Junior
Ementa da Disciplina:
1- Genética da Conservação. Introduzindo o problema. 2- O que é a variação
genética e como pode ser medida. 3- Estrutura genética em populações
naturais. 4- Conseqüências genéticas em pequenas populações. 5- Genética e
extinção. 6- Incertezas taxonômicas e definição de unidades de manejo. 7-
Manejo genético de espécies ameaçadas. 8- Reprodução em cativeiro e
reintrodução. 9- Genética forense e conservação.
Bibliografia Principal:
1- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D. 2010. Introducion to Conservation Genetics.
2nd Edition. Cambridge University Press. 2- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D.
2008. Fundamentos de Genética da Conservação. Sociedade Brasileira de Genética,
Ribeirão Preto, SP. 3- Artigos relevantes e atuais dos periódicos: Conservation Biology,
Conservation Genetics, Molecular Ecology.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV403 – Genética de Populações
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
26 30 34 90
Professor(a) Responsável: Dr. Reinaldo Alves de Brito
Ementa da Disciplina:
1. Introdução ao curso - Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação.
2. Sistemas de acasalamento.
3. Tamanho efetivo populacional.
4. Fluxo gênico.
5. Deriva genética.
6. Neutralismo e Evolução Molecular.
7. Coalescência.
8. Filogeografia e distribuição geográfica.
9. Genética quantitativa básica; Loci não mensurados; Loci mensurados e
Associação.
10. Seleção natural. Seleção em caracteres quantitativos e em ambientes heterogêneos.
11. Unidades e alvos de seleção.
Bibliografia Principal:
HARTL & CLARK. Principles of Population Genetics.
Templeton Population Genetics and Microevolutionary Theory.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV406 – Ecologia Evolutiva
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
60 - 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama
Ementa da Disciplina:
Parte I. Temas Recorrentes. Natureza e Causas da Variação. Significado
Evolutivo da Variação. Seleção Natural. Adaptação. Plasticidade Fenotípica.
Parte II. Evolução das Histórias de Vida. Idade e tamanho à Maturação.
Tamanho e Número da Prole. Senescência. Ciclos de Vida. Sexo e Gênero.
Razão Sexual. Alocação Sexual. Especialização e Generalização Ecológica.
Parte II. Comportamento. Sistemas de acasalamento. Seleção Sexual.
Cooperação e Altruísmo. Comportamento de Forrageio. A Ecologia
Evolutiva do Deslocamento. Parte IV. Interações interespecificas. Interação
predador-presa. Interação parasita-hospedeiro. Interação planta-herbívoro.
Bibliografia Principal:
Evolutionary Ecology. Concepts and Case Studies. Charles W. Fox, DA Rolf & DJ
Fairbairn (eds.). New York: Oxford, 424 p., 2011. Discovery Evolutionary Ecology. Peter
Mayhew. New York: Oxford, 215 p., 2006. Behavioral Ecology. Étienne Danchim, L.-A.
Giraldeau & F. Cézilly (eds.). New York: Oxford, 814 p., 2008. Evolutionary Behavioral
Ecology. David Westneat & Clarles Fox (ed.). New York: Oxford, 2010. Evolutionary
Analysis. Scott Freeman & Jon C. Herron. Upper Sadle River: Pearson & Benjamim
Cummings, 4th ed., 802 p., 2007. Evolution. An Introduction. Stephen C. Stearns & Rolf
F. Hoekstra. New York: Oxford. 2nd. ed., 575 p., 2005.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV407 - Genética Molecular Aplicada Ao Melhoramento
Animal
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
45 - 45 90
Professor(a) Responsável: Dra. Luciana Correa de Almeida Regitano
Ementa da Disciplina:
1. Organização do genoma dos animais: Mapas de ligação; Mapas físicos;
Mapas comparativos 2. Estratégias para identificação de genes:
Decompondo as características fenotípicas quantitativas; Genes principais
Locos de caracteres quantitativos (QTL) 3. Epistasia e interação genótipo
por ambiente 4. Regulação gênica dos processos fisiológicos Transcriptoma,
proteoma e epigenoma 5. Indução de alterações no genoma.
Bibliografia Principal:
1- Ruvinsky, A. & Marshall Graves, J.A. Mammalian Genomics. CAB International,
2005. 2- Lynch, M. & Walsh, B. Genetic analysis of quantitative traits. Sinauer
Associates, Inc., 1998.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV408 – Marcadores moleculares na genética animal
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 30 30 90
Professor(a) Responsável: Dra. Silvia Nassif Del Lama
Ementa da Disciplina:
1) O que são marcadores genéticos moleculares. 2) Quando os marcadores genéticos
moleculares devem ser empregados. 3) Marcadores morfológicos x moleculares 4)
Histórico dos diversos tipos de marcadores moleculares na Genética Animal: grupos
sanguíneos, isozimas, MHC e outros polimorfismos de DNA 5) As limitações da
identificação dos genótipos. Exs do efeito alelo drop-out, alelos nulos. 6) Aplicação
Marcadores Moleculares na identificação do indivíduo. 7) Aplicação Marcadores
Moleculares na identificação do sexo dos indivíduos. 8) Aplicação Marcadores
Moleculares na determinação da variabilidade genética. 9) Aplicação Marcadores
Moleculares aplicados nos estudos de parentesco. 10) Aplicação Marcadores Moleculares
nos estudos de estrutura populacional geográfica e fluxo gênico. 11) Aplicação
Marcadores Moleculares nos estudos de bioinvasão. 12) Aplicação Marcadores
Moleculares no diagnóstico e dterminação de indices de prevalencia.
Bibliografia Principal:
1- AVISE , J. C. Molecular Markers , Natural History and Evolution. (2004). Sinauer Inc
2- HOEZEL, 1994. Molecular Genetic Analysis of Populations: a Practical Approach.
(1994) 2 ed. IRL Press, Oxford. University Press 3- Ashton P., Harris S. E , Lowe A.,
Ecological Genetics: Design, Analysis and Application (2004). Oxford University Press
4- Periódicos : Conservation Genetics e Molecular Ecology.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV409 – Estudo de Populações Naturais - Principais
conceitos e programas
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 30 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Evandro Marsola de Moraes
Ementa da Disciplina:
Atributos e aplicações dos marcadores moleculares; Formatação de dados para entrada
nos programas FSTAT, ARLEQUIN e MEGA; Estimativa dos parâmetros de
variabilidade genética em marcadores codominantes e haplotípicos; Testes de Equilíbrio
de Hardy-Weinberg; Deriva Genética e Estrutura Populacional: estimativa dos parâmetros
da estatística F; Detecção de Equilíbrio Migração-Deriva: o teste de Mantel, inferência do
modelo geográfico; Estimativa de medidas de distância genética entre populações;
Construção de dendogramas a partir de matrizes de distância.
Bibliografia Principal:
1- HARTL, D.L. & CLARK, A.G. Principles of Population Genetics. 1997. 3ªed. Sinauer;
2- TEMPLETON, A.R. Population Genetics and Microevolutionary Theory. 2006.
Wiley-Liss.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV412 - Genética de Hymenoptera
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
45 - 45 90
Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama
Ementa da Disciplina:
1) História natural dos Himenópteros.
2) Biologia dos Himenópteros.
3) Sistemática, Taxonomia e Filogenia dos Himenópteros.
4) Partenogênese e haplodiploidia
5) Consequências da Haplodiploidia.
6) Determinação do sexo em Himenópteros.
7) Níveis de organização social em Himenópteros.
8) Castas. Determinação de castas em Himenópteros.
9) Evolução da eusocialidade.
10) Estrutura genética familial em abelhas e vespas.
11) Estrutura genética das populações de abelhas e vespas.
Bibliografia Principal:
1- MICHENER DC. The Bees of the World. Johns Hopkins Univ. Press, 952 p.,
2000.
2- GOULSON D. Bumblebees: Behaviour, Ecology and Conservation. New York:
Oxford Univ. Press, 2nd ed., 317 p., 2010.
3- HUNT JH. The evolution of social wasps. New York: Oxford Univ. Press, 259 p.,
2007.
4- BOURKE AFG. Principles of Social Evolution. New York: Oxford Univ. Press,
267 p., 2011.
5- Artigos de periódicos (PNAS, Science, Annu. Rev. Entomol., Genetics, Evolution,
Heredity, entre outros).
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV413 - Recursos Genéticos
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
44 32 14 90
Professor(a) Responsável: Dra. Alessandra Pereira Fávero
Ementa da Disciplina:
1) Importância dos recursos genéticos e conceitos relacionados a recursos
genéticos
2) Coleta de germoplasma -
3) Intercâmbio de germoplasma
4) Bancos de germoplasma
5) Caracterização morfológica e química de germoplasma
6) Caracterização citogenética e molecular de germoplasma
7) Conservação de germoplasma ex situ;
8) Conservação de germoplasma in situ;
9) Documentação de germoplasma;
10) Legislação relacionada a Recursos Genéticos Vegetais
11) Uso de germoplasma - Pré-melhoramento
Bibliografia Principal:
Melo IS, Valadares-Inglis MC, Nass LL, Valois ACC Recursos Genéticos e
melhoramento - microrganismos. Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2002. 743p.
Nass, LL. Recursos Genéticos vegetais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e
Biotecnologia, 2007. 858p.
Mariante, A. da S.; Cavalcante, N. Animais do descobrimento: raças domésticas da
história do Brasil. Animals of the discovery: domestic breeds in the history of Brazil. 2.
ed. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica, 2006. 274 p. il.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV414 - BIOLOGIA EVOLUTIVA DE PEIXES
NEOTROPICAIS
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
24 0 66 90
Professor(a) Responsável: Dr. Roberto Ferreira Artoni
Ementa da Disciplina:
Diversidade Biológica
Biogeografia e Tempo Evolutivo
Citotaxonomia e Sistemática Molecular
Seleção e Adaptação em Ambientes Naturais e em Cultivo
Estado da Arte
Novas Tecnologias em Ictiogenética
Bibliografia Principal:
Mark Ridley, Evolução, ARTMED, 3a edição (2006).
MALABARBA, L. R. (1998). Phylogeny and Classification of Neotropical Fishes. EDIPUCRS. Porto Alegre.
Artigos científicos.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV415 - Genética Clássica
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
72 0 18 90
Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz
Ementa da Disciplina:
Leis de Mendel e de Morgan, seus desvios e extensões.
Análise genética via cruzamentos controlados
Métodos estatísticos aplicados as leis fundamentais da genética
Penetrância e exprecividade
Métodos aplicados a "loci" ligados
Parentesco
Endogania e consaguinidade
Estudo de caracteres de herança compleça
Estudos de caracteres de herença multifatorial
Bibliografia Principal:
Griffiths, A. J.F.; Wessler , S.R. Carroll,S.B.; Doebley, J. Introduction to Genetic
Analysis , 2010, 3 Ed. Bru.
Weir, B. S. Genetic Data Analysis II (or III) - Methods for Dicrete population Genetic
Data. 1996.Un Washington.
Edelsen, Edward. Gregor Mendel: And the Roots of Genetics. 1999. Oxford.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV416 - Cromossomos: Estrutura e Função
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
70 0 18 90
Professor(a) Responsável: Dr. Marcelo de Bello Cioffi
Ementa da Disciplina:
Os Cromossomos: Aspectos Estruturais e Moleculares Diferenciação Longitudinal dos Cromossomos Origem e Evolução de tipos especiais de Cromossomos Os Cromossomos e a Divisão Celular Alterações Cromossômicas Citogenética Molecular Perspectivas futuras da citogenética
Bibliografia Principal:
Sumner, A. T: Chromosomes: organization and function (2003) London, Blackwell Publishing, 287p Alberts, B: Biologia molecular da célula. 4 ed. (2004) Porto Alegre: Artmed, 1463 p. Martins C; Cabral de Mello DC, Valente GT, Mazzuchelli J, Olivera SG, Pinhal D. Animal genomes under the focus of cytogenetics. 1st edition. (2011) Hauppauge: Nova Science Publisher 160 p.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV417 - Filogeografia: Conceitos e Métodos
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 20 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Fernando de Faria Franco
Ementa da Disciplina:
1. Introdução e histórico da Filogeografia;
2. Árvores Filogenéticas e Redes de Haplótipos;
3. Tipos de marcadores moleculares aplicados ao estudo filogeográfico;
4. Teoria da Coalescência e suas aplicações;
5. Premissas para Inferências Demográficas e Temporais com dados genéticos;
6. Aplicações da Filogeografia na Conservação: Unidades Significativamente
Evolutivas, Províncias Filogeográficas;
7. Padrões Filogeográficos na América do Sul
8. Metodologias de análises de dados I: construção de redes de haplótipos, testes
para inferências demográficas;
9. Metodologias de análises de dados II: grupos populacionais e reconstrução
biogeográfica de áreas ancestrais;
10. Perspectivas futuras na área
Bibliografia Principal:
Drummond, AJ. 2015. Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST. Cambridge University
Press.
Templeton, AR. Population Genetics and Microevolutionary Theory. 2006. Ed. John Wiley &
Sons, Inc
Wakeley, J. Coalescent Theory: an Introduction. 2009. Ed. Roberts and Company Publishers
Total de Créditos: 6
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Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV418 - Análise sistêmica de dados biológicos
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
50 20 20 90
Professor(a) Responsável: Dr. Caio Cesar de Melo Freire
Ementa da Disciplina:
Análise sistêmica de dados biológicos
Fundamentação filosófica da Biologia de Sistemas;
Conceitos básicos em Biologia de Sistemas;
Consequências de uma agenda reducionista;
Geração de dados em larga escala;
Introdução às ferramentas computacionais utilizadas em estudos de biologia
de sistemas;
Estudo de redes biológicas complexas;
Análise sistêmica de dados.
Bibliografia Principal:
Análise sistêmica de dados biológicos
Fundamentação filosófica da Biologia de Sistemas;
Conceitos básicos em Biologia de Sistemas;
Consequências de uma agenda reducionista;
Geração de dados em larga escala;
Introdução às ferramentas computacionais utilizadas em estudos de biologia de sistemas;
Estudo de redes biológicas complexas;
Análise sistêmica de dados.
Barabasi, Linked: The New Science of Networks, 2002, Perseus Book Group
Soyer,Evolutionary Systems Biology., 2012, Springer
Annolers, Evolutionary Genomics and Systems Biology, 2010, Willey-Blackwell
Total de Créditos: 6
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Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV419 - Escrita para divulgação científica
Área de Concentração: Genética e Evolução
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 30 30 90
Professor(a) Responsável: Dra. Patricia Domingues de Freitas
Ementa da Disciplina:
1. Abordagem comparativa entre as escritas; 2. Contextualização teórica da escrita para
divulgação científica;
3. Modos e meios de divulgação científica; 4. Veículos de divulgação: revistas e escopos;
5. Introdução de temas para elaboração de artigos; 6. Discussão de pautas em grupo para
escolha de temas
7. Desenvolvimento e estruturação de temas; 8. Desenvolvimento de títulos e subtítulos
9. Trabalhando com o tema; 10. Decodificando a informação científico-acadêmica
11. Gêneros Textuais; 12. Texto argumentativo-dissertativo e argumentação referenciada
13. Gênero textual entrevista e inclusão de opinião; 14. Modos de linguagem e
direcionamento focal
15. Estruturação visual e inclusão de recursos
16. Desenvolvimento de glossários e diagramas explicativos ‘in box’
17. Escrita, revisão, edição e submissão de artigos
18. Workshop e Seminários
Bibliografia Principal:
Oliveira, F. (2014) Jornalismo Científico. 3a edição. Editora Contexto, São Paulo, SP.
Rocha, RBSS (2012) Writing practices: Scientific diffusion. Texts in a Portuguese course book.
http://dx.doi.org/10.11606/issn.2236-4242.v25i2p185-201
Bueno, WC (2010) Comunicação Científica e Divulgação Científica: Aproximações e rupturas conceituais.
Inf., Londrina, v. 15, p. 1 - 12.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV501 – Produção de Proteínas Recombinantes
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
25 25 40 90
Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes
Ementa da Disciplina:
1- Vantagens em se produzir proteínas recombinantes.
2- Sistemas de expressão bacterianos.
3- Sistemas de expressão em levedura.
4- Sistemas de expressão em células de inseto.
5- Sistemas de expressão em células de mamíferos.
6- Sistemas de expressão em plantas transgênicas.
7- Sistemas de purificação de proteínas recombinantes.
Bibliografia Principal:
DEKKER, M. Purification and analysis of recombinant proteins.1999. Ramnath
Seetharam (Ed.); Satish K. Sharma (Ed.). New York.
WILEY, VCH. Production of recombinant proteins: novel microbial and eukaryotic
expression systems. 2005. Gerd Gelissen (Ed.). Weinheim.
HARDIN, C. Cloning, gene expression, and protein purification: experimental procedures
and process rationale.2001. New York: Oxford University Press.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV502 - Proteômica
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 20 30 90
Professor(a) Responsável: Dra. Maria Teresa Marques Novo
Ementa da Disciplina:
Introdução à Proteômica;
Preparação de extratos protéicos celulares e subcelulares;
Separação de proteínas por eletroforese bidimensional;
Mapeamento de peptídeos (“Fingerprinting”) e análise da sequência de
proteínas resolvidas por eletroforese em gel;
Fundamentos da cromatografia líquida de fase reversa (RP-HPLC) para a
separação de peptídeos;
Espectrometria de massas: fundamentos e aplicação em proteômica;
Proteômica das modificações pós-traducionais: Fosfoproteômica;
Caracterização de complexos protéicos: interações proteína- proteína,
Protein Arrays;
Discussão de artigos científicos recentes.
Bibliografia Principal:
Simpson, R. J. Proteins and proteomics, a laboratory manual. Cold Spring Harbor
Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2003.
Westermeier, R. & Naven, T. Proteomics in Practice. A laboratory manual of proteome
analysis. Wiley-VCH, Weinheim, 2002.
Eidhammer et al. Computational Methods for mass spectrometry proteomics. John Wiley
& Sons, 2007.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV503 - Genética Molecular Aplicada À Saúde
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
60 15 15 90
Professor(a) Responsável: Dr. Anderson Ferreira da Cunha
Ementa da Disciplina:
1- Doenças moleculares – definição e diagnóstico; 2- Análise diferencial de
expressão gênica; 3- Análises de expressão Gênica Global; 4- Formas de
análise e seleção de genes candidatos; 5- Métodos de estudo para detecção
de função de genes alvo.
Bibliografia Principal:
1- WATSON, J. D.; BAKER, T. A.; BELL S. P.; GANN A.; LEVINE M.; LOSICK R.
Biologia Molecular do Gene, 5ª.edição, Editora Artmed, 2006; 2- WATSON, J. D. ;
MYERS, R. M.; CAUDY, A. A.; WITKOWSKI, J. A. DNA recombinante, genes e
genomas, 3ª edição, Editora Artmed, 2008; 3- LEWIN, B. Genes IX , Editora Artmed,
2008.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV504 - Análise da Expressão Gênica
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 30 30 90
Professor(a) Responsável: Dra. Heloisa Sobreiro Selistre de Araujo
Ementa da Disciplina:
Bioinformática aplicada ao estudo da estrutura dos ácidos nucleicos;
Estrutura de proteinas ligantes de ácidos nucleicos; Regulação da expressão
gênica em eucariotos; Métodos de análise da expressão gênica; PCR em
tempo real. Princípios e aplicações; Aplicações dos anticorpos na análise da
expressão gênica; Controle da expressão gênica por miRNA e siRNA;
Análise da expressão gênica em larga escala. Proteomas e transcriptomas;
aula prática de RT-PCR; aula prática de western blotting; seminários;
Bibliografia Principal:
Lesk, AM. Introdução à Bioinformática, 2ª. edição, 2005, Artmed. Strachan, T e Read,
AP, 2ª. edição, 2002, Artmed. Coletânea de artigos científicos.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV505 - Eventos Epigenéticos Envolvidos na Regulação
de Processos Fisiológicos e Patológicos
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
50 20 20 90
Professor(a) Responsável: Dra. Simone Cristina Méo Niciura
Ementa da Disciplina:
Histórico e conceitos sobre epigenética; Modificações do DNA e estrutura da
cromatina; Modificações pós-traducionais de histonas; RNA não codificantes:
RNAi e microRNA; Genomic imprinting; Técnicas moleculares para avaliação de
modificações epigenéticas; Herança epigenética; Epigenética e evolução; Nutrição e
epigenética; Controle epigenético do desenvolvimento e do envelhecimento;
Desordens de causa epigenética; Implicações da epigenética na biotecnologia;
Bibliografia Principal:
1) ALLIS, C. D.; JENUWEIN, T.; REINBERG, D.; CAPARROS, M. L. (Ed.). Epigenetics. 1. ed.
New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2007. 502 p. 2) CABEJ, N. R. Epigenetic principles
of evolution. 1. ed. Dumont: Albanet Publishing, 2008. 880 p. 3) CHOI, S. W.; FRISO, S.
Nutrients and epigenetics. 1. ed. Boca Raton: CRC Press, 2009. 258 p. 4) DAVIDSON, E. H.
Genomic regulatory systems: development and evolution. 1a. ed. San Diego: Elsevier Academic
Press, 2001. 261p. 5) DOERFLER, W.; BÖHM, P. DNA methylation: basic mechanisms. 1ª. ed.
Verlag: Springer, 2006. 321p. 6) GILBERT, S. F. Developmental biology. 8ª. ed. Sunderland:
Sinauer Associates, 2006. 817p. 7) JABLONKA, E.; LAMB, M. J. Evolution in four dimensions:
genetic, epigenetic, behavioral, and symbolic variation in the history of life. Cambridge:
Massachusetts Institute of Technology, 2005. 474 p. 8) STILLMAN, B.; STEWART, D.
Regulatory RNAs. 1. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006. 574 p. 9)
TOLLEFSBOL, T. O. Epigenetics protocols. Methods in Molecular Biology, v. 287. 1. ed.
Totowa: Humana Press, 2004. 320 p. 10) TOST, J. Epigenetics. 1. ed. Norfolk: Caister Academic
Press, 2008. 404 p. 11) Artigos científicos atuais, extraídos de periódicos como: Biology of
Reproduction, BMC Developmental Biology, Current Opinion in Genetics & Development,
Developmental Biology, Developmental Cell, Differentiation, Genome Biology, Genomics,
Nature Cell Biology, PNAS.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV506 – Enzimas: Estrutura, Função e Regulação
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
24 - 66 90
Professor(a) Responsável: Dr. Gilberto Moraes
Ementa da Disciplina:
1 - Níveis estruturais das proteínas globulares.
2 - Forças de manutenção das estruturas das proteínas.
3 - Enzimas: papel biológico.
4 - Estrutura e sítios funcionais das enzimas.
5 - Tipos de reações enzimáticas (classificação das enzimas) e mecanismos de reação
enzimática.
6 - Termodinâmica das reações enzimáticas.
7 - Cinética enzimática.
8 - Tipos de inibição enzimática.
9 - Cinéticas de inibição enzimática.
10 - Enzimas reguladoras.
11 - Metodologia para a determinação de atividade enzimática.
Bibliografia Principal:
Biochemistry by Voet & Voet, 3th Ed.
Lehninger Principles of Biochemistry by David Nelson Michael Cox, 4th Ed.
Enzyme Kinetic and mechanisms by Kenneth Taylor (Kluwer Academic Publishers) 2004
Enzyme kinetics: A modern approach. by A.G. Marangoni (Whiley Interscience)
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV507 – BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
24 34 32 90
Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva
Ementa da Disciplina:
1. Histórico da biologia molecular e da biotecnologia.
2. O Dogma Central da Biologia Molecular – um breve resumo.
3. Enzimas utilizadas em biologia molecular.
4. Técnicas básicas de DNA recombinante – visão geral.
5. Clonagem gênica.
6. Genômica e suas extensões.
7. Bibliotecas genômicas e de genes expressos.
8. Sequenciamento de DNA – abordagens clássicas e modernas.
9. Prospecção de genes de interesse biotecnológico.
10. A biologia molecular aplicada ao diagnóstico.
11. Diagnóstico molecular na saúde humana.
12. Diagnóstico molecular na veterinária.
13. Diagnóstico de doenças em plantas.
14. A terapia gênica.
15. A produção em laboratório de moléculas de interesse biotecnológico.
Bibliografia Principal:
Genômica, Luis Mir (Org), Diversos autores, Editora Atheneu, 2004.
Biotecnologia: Avanços na Agricultura e na Agroindústria, Luciana Serafine, Neiva
Monteiro de Barros e João Lucio de Azevedo (Org), EDUCS, 2002.
Bases Moleculares da Biotecnologia, Ulrich, Colli, Lee Ho, Faria e Trujillo (Org), Editora
Roca, 2008 Genes IX, Benjamin Lewin, Jones and Bartlet Publishers, EUA, 2008.
Artigos científicos atuais, selecionados pelo responsável pela disciplina, relacionados
com cada tema abordado.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV508 - Identificação e Caracterização da Função Gênica
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
45 15 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Iran Malavazi
Ementa da Disciplina:
Uso de ferramentas de análise genética em organismos modelos.
Controle da expressão gênica.
Genética direta e genética reversa.
Conceitos de “screeening genéticos”, supressão gênica (supressores
extragênicos e intragênicos).
“Screenings” de letalidade sintética em leveduras e fungos filamentosos.
Super expressão de genes e “gene dosage” para a busca de fenótipos.
Utilização de genes repórteres, marcadores dominantes e marcadores
auxotróficos. Complementação de genes.
Obtenção de mutantes em organismos modelos visando o silenciamento
gênico - knock out e knock down.
Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-proteína .
Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-DNA.
Técnicas e ferramentas de análise da expressão gênica.
Bibliografia Principal:
Publicações selecionadas em revistas científicas na área de genética molecular e
caracterização da função gênica em células procarióticas e eucarióticas de forma a cobrir
os tópicos abordados.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV509 - Elementos de transposição e evolução de genomas
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
45 - 45 90
Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo de Marco
Ementa da Disciplina:
1- História da descoberta dos elementos de transposição;
2- Classificação de elementos de transposição;
3- Transposons de DNA;
4- Retroposons;
5- Elementos não autônomos;
6- Evolução de elementos de transposição;
7- Influencia de elementos de transposição na arquitetura de genomas;
8- Controle epigenético de elementos de transposição;
9- Domesticação de elementos de transposição;
10- Relação entre elementos de transposição e doenças humanas;
11- Elementos de transposição e a evolução de organismos.
Bibliografia Principal:
Leitura de artigos científicos.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV510 - Evolução estrutural, funcional e
engenharia de enzimas
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
50 - 10 90
Professor(a) Responsável: Dr. Vadim Viviani
Ementa da Disciplina:
1- Origem da catálise enzimática; 2- Estrutura e função de proteínas; 3-
Dinâmica de proteínas; 4- Enzimas (Classificação e propriedades); 5-
Cinética; 6- Mecanismos de catálise enzimática; 7- Evolução estrutural e
Funcional de enzimas; 8- Engenharia de Enzimas; 9- Evolução de vias
metabólicas; 10- Aplicação biotecnológica; 11- Metagenoma e screening de
enzimas de interesse biotecnológico.
Bibliografia Principal:
1- Branden, C. and J. Tooze. Introduction to Protein Structure. SIGMA, 2nd ed. 1999,
410 pp. 2- Voet, D. and Voet J. Bioquímica. Artmed. 3a ed. 2006. 3- Vermelho, B. et at.
Enzimas em Biotecnologia. ed. Interciência.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV511 - Estatística para Genética e Ciências
Associadas
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
90 - - 90
Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz
Ementa da Disciplina:
Estudo de populações e amostras.
Medidas de tendência central e dispersão.
Funções de probabilidade e suas distribuições.
Testes de hipóteses.
Medidas de associação, regressão e correlação.
Análise de variância.
Bibliografia Principal:
SOKAL, Robert R.; ROHLF, F. James. Biometry: the principles and practice of statistics
in biological research . 3rd ed. New York: W. H. Freeman and Company, 1995. 887 p.
ISBN 0716724111.
ZAR, Jerrold H.,. Biostatistical Analysis. 4th ed. Upper Saddle River, N.J: Prentice Hall,
1999. 1 v. (várias páginas) ISBN 013081542x.
ZOLMAN, JAMES F. BIOSTATISTICS: EXPERIMENTAL DESIGN AND
STATISTICAL INFERENCE. New York: Oxford University Press, 1993.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV512 - Mitocôndria: fertilidade, metabolismo e
herança
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
60 0 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Marcos Roberto Chiaratti
Ementa da Disciplina:
Mitocôndria, características gerais
Genética mitocondrial e herança
Dinâmica mitocondrial
Mitofagia
Bioenergética mitocondrial e doenças do metabolismo
Rerapo de DNA mitocondrial
Doenças mitocondriais
Papel da mitocôndria na fertilidade feminina, diagnóstico e tratamento
Bibliografia Principal:
NELSON, D.L. & COX, M.M. Lehninger, Principles of biochemistry. 4a ed, Freeman,
2005
SCHEFFLER, I.E. Mitochondria. 2a ed., Wiley, 2007
WALLACE, D.C. & YOULE, R.J. Mitochondria.1a ed., Cold Spring Harbor Perspectives
in Biology, 2014
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV513 - Métodos em Biofísica
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
60 - 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Julio Cesar Borges
Ementa da Disciplina:
Métodos em Biofísica.
Termodinâmica aplicada a sistemas biológicos.
Espectroscopia de absorção: Princípios básicos e aplicações na quantificação
de proteínas em solução.
Espectropolarimetria de dicroísmo circular.
Espectroscopia de Fluorescência aplicada a proteínas.
Macromoléculas como partículas hidrodinâmicas.
Eletroforese: princípios e abordagem hidrodinâmica.
Espalhamento dinâmico de luz.
Cromatografia de exclusão molecular.
Ultracentrifugação analítica: principios e aplicações.
Calorimetria de titulação isotérmica.
Calorimetria de varredura diferencial.
Bibliografia Principal:
Cantor and Schimmel. Biophysical Chemistry, Part II, 1980. Freeman and Company.
Van Holde, K.E.; Johnson, W.C.; Ho, P.S. Principles of Physical Biochemistry, Prentice
Hall, 2006.
Sheehan, D. Physical Biochemistry: Principles and Applications, 2nd Edition, Wiley,
2009.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV514 - Ferramentas utilizadas em técnicas
imunologicas e moleculares na pesquisa
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 20 30 90
Professor(a) Responsável: Dra. Fernanda de Freitas Aníbal
Ementa da Disciplina:
Ferramentas utilizadas em técnicas imunologicas e moleculares na pesquisa
Mecanismos e componentes do sistema imune (defesa inata e adaptativa)
Moléculas do MHC: Função
Mecanismos de ativação dos linfócitos T e Apresentação de antígeno
Citocinas: regulação da resposta imune e terapia?
Anticorpos: funções e aplicações clinicas
Técnica ELISA
Técnica de Citometria de Fluxo
Técnicas Moleculares no diagnóstico e controle de doenças infecciosas
Bibliografia Principal:
Abbas, AK, AH Lichtman, et al. (2007/08). Cellular and molecular immunology.
Philadelphia, W.B. Ed. Saunders/Elsevier.
Janeway C, Murphy K, Travers P et al. (2010). ImunoBiologia de Janeway. Ed. Artmed.
http://www.nature.com/nri/index.html
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV515 - Epidemiologia Molecular aplicada a
estudos de bactérias
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 0 50 90
Professor(a) Responsável: Dra. Ilana Camargo
Ementa da Disciplina:
Técnicas de Epidemiologia Molecular de patógenos bacterianos
Bases genéticas da resistência bacteriana (Genética bacteriana; Mutações
envolvidas em resistência a antibióticos)
Elementos genéticos móveis envolvidos na resistência a antibióticos
(Plasmídeos, Genes cassetes, Transposons, IS )
CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)
Caracterização molecular de elementos genéticos móveis: SCCmec typing e
evolução deStaphylococcus aureus resistentes à
Meticilina (MRSA) e Tn1546 de Enterococcus resistentes a vancomicina
(VRE) e suas variações
Epidemiologia molecular aplicada à detecção de disseminações bacterianas
Técnicas moleculares de tipagem: AFLP: Amplified Fragment Length
Polymorphism/fluorescent
RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism
PFGE: Pulsed-Field Gel Electrophoresis
MLST: Multi-Locus Sequence Typing
Bibliografia Principal:
Sabat AJ, et al. on behalf of the ESCMID Study Group of Epidemiological Markers (ESGEM). Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance. Euro Surveill. 2013;18(4):pii=20380.
Vale´rie Bouchet, Heather Huot,and Richard Goldstein. Molecular Genetic Basis of Ribotyping. CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Apr. 2008, p. 262–273, doi:10.1128/CMR.00026-07.
Marcos Pérez-Losada, Patricia Cabezas, Eduardo Castro-Nallar, Keith A. Crandall. Pathogen typing in the genomics era: MLST and the future of molecular epidemiology.Infection, Genetics and Evolution. 16 (2013) 38–53.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV516 - Introdução à Espectrometria de massas
(EM)
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
25 20 45 90
Professor(a) Responsável: Dra. Marilia Buzalaf
Ementa da Disciplina:
Técnicas de ionização.
Introdução a EM: conceitos e instrumentação.
Tipos de analizadores de massas.
Tipos de detectores.
EM em Tandem.
Aplicações da EM em campos "ômicos".
Bibliografia Principal:
Hoffmann, E. & Stroobant, V. Mass Spectrometry: Principles and Applications, 3rd edition, Wiley, John & Sons, 2007 Cutillas, P.R & Timms, J.F. LC-MS/MS in proteomics: methods and applications. Humana Press, 2010
Maleknia, S.D. & Johnson, R. Mass Spectrometry of Amino Acids and Proteins. in: Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV517 - Técnicas Físicas Aplicadas Às Áreas
Biológicas, Biotecnológicas e Médicas: Fundamentos Teóricos e
Aplicações
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 10 20 60
Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva e Dra. Leila Maria Beltramini
Ementa da Disciplina:
Apresentar e discutir com alunos, de diferentes áreas, o princípio teórico de técnicas físicas
que atualmente são cada vez mais utilizadas no estudo de aspectos ultra estruturais e
moleculares das áreas de Biologia, Biotecnologia e Médica. 1. Introdução: Sensibilizar os
estudantes mostrando a importância dos estudos da biologia molecular estrutural, da
medicina e biotecnologia na ciência contemporânea. 2. Histórico sobre os estudos da
interação da luz com a matéria: o espectro eletromagnético e sua aplicação nas diferentes
técnicas físicas. 3. O espectro eletromagnético: a) fundamentos e aplicações nas regiões
UV-VIS-IR: desafio laboratorial aos alunos em construir curvas de dosagem de diferentes
compostos utilizando a absorção óptica na região VIS e UV do espectro eletromagnético. 4.
Fluorescência, Fosforescência, fluorofos intrínsecos e extrínsecos. a) explorando
experimentalmente estas propriedades em alguns compostos biológicos, as informações
estruturais fornecidas e os mecanismos de ações que podem ser obtidos destes
experimentos. 5. A Absorção óptica de compostos quirais e a polarimetria: a) dicroísmo
circular (CD), princípio e aplicações; b) CD utilizando Lux Sincroton 6. Técnicas
microscópicas de alta resolução: MO, MF, ME, MCF, MFA, MMF a) conhecer os
diferentes microscópios utilizados em laboratórios de pesquisa, seus fundamentos e
aplicações; 7. Difração, espalhamento e absorção de raios-X e nêutrons aplicados aos
estudos de biomoléculas: a) Cristalografia de proteínas e difração por raios X b)
Espalhamento de raios X e nêutrons c) A utilização da Luz Sincroton: visita ao anel do
LNLS 8. Ressonância magnética nuclear (RMN), Ressonância Paramagnética Eletrônica
(RPE) a) RMN, aplicada ao estudo/interpretação de imagens; b) RMN, RPE, aplicadas ao
estudo de estruturas e interações de (e entre) biomoléculas 9. Ressonância Plasmônica de
Superfície (SPR): principio e aplicações em estudos sobre interações de ligantes com
macromoléculas; 10. Espectrometria de massa a) Analisadores de Massa b) Técnicas de
Ionização
Bibliografia Principal:
HOLDE, Kensal E. van; JOHNSON, W. Curtis; SHIUNG HO, P. Principles of physical biochemistry. 2nd ed.
Nashua,NH,USA: Prentice Hall, 2005. • CANTOR, Charles R.; SCHIMMEL, Paul R. Biophysical Chemistry. San
Francisco: W. H. Freeman, Última Edição. Disponível para download (sob pagto)
http://www.yourfilezone.com/signup?sf=search_books&ref=4801381&q=cantor%20and%20schimmel%20biophysical
Total de Créditos: 4
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%20chemistry.pdf • CAMPBELL, Iam D.: DWEK, Raymond A. Biological spectroscopy. Menlo Park,Calif.:
Benjamin/Cummings Pub. Co.,1984. • Marcos Nogueira Eberlin e colaboradores, Espectrometria de Massa, disponível
on line http://www.espectrometriademassas.com.br/ • Donald L. Pavia, Gary M. Lampman, George S. Kriz e James R.
Vyvyan, INTRODUÇÃO À ESPECTROSCOPIA. Tradução da 4ª edição norte-americana, 2010. Revisão técnica: Prof.
Paulo Sergio Santos, Instituto de Química - Universidade de São Paulo. • LAKOWICZ, J. R. Principles of Fluorescence
Spectroscopy. New York: Edt. Plenum Publishers, 2.ed. 1999. • B.A. Wallace and R.W. Janes. Modern Techniques for
Circular Dichroism and Synchrotron Radiation Circular Dichroism Spectroscopy. Advances in Biomedical
Spectroscopy – Vol. 1, 2009, ISBN: 978-1-60750-000-1. Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV518 - Tecnologias e análise de dados de
Sequenciamento de Nova Geração
Área de Concentração: Optativa
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 50 10 90
Professor(a) Responsável: Dra. Polyana Cristine Tizioto
Ementa da Disciplina:
1.Introdução à tecnologias de sequenciamento de nova geração(NGS)
2.Aplicações do NGS: sequenciamento de novo, resequenciamento
genômico, sequenciamento de RNA e metagenoma
3.Introdução à análise de dados de sequenciamento de nova geração
4.Introdução ao sistema operacional Linux
5. Mapeamento de sequências (RNA e DNA)
6. Deteção de variantes (RNA e DNA)
7. Reconstrução do transcriptoma e quantificação de transcritos
8. Análise de expressão diferencial e anotação funcional
9.Estudo dirigido
Bibliografia Principal:
Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken:
Wiley Publishing, 2007. 436 p. --(For Dummies) ISBN 978-0-470-08985-9.
Next-generation sequencing data analysis. Nature Methods, Supplement issue: November
2009 Volume 6, No 11.
Andreas Gogol-Döring, Wei Chen. Next Generation Microarray Bioinformatics :
Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Volume 802, 249-257,
2012.10.1007/978-1-61779-400-1_16.
http://www.springerprotocols.com/BookToc/doi/10.1007/978-1-6177
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV519 - Diversidade Microbiana Aplicada a Processos Agrícolas e Biotecnológicos
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
30 15 15 90
Professor(a) Responsável: Dr. Paulo Teixeira Lacava
Ementa da Disciplina:
Biodiversidade Microbiana Caracterização da Microbiota do solo e rizosfera Fixação Biológica de Nitrogênio Microrganismos Endofíticos Fungos Microrrízicos Controle Biológico Microbiano Biolixiviação: Microrganismos e Metais Digestão Anaeróbica e suas Aplicações Ferramentas de Biologia Molecular para Monitoramento Microbiano Métodos Clássicos e Moleculares de Ecologia Microbiana Biorremediação Microbiana
Bibliografia Principal:
Melo, I.S.; Azevedo, J.L. Microbiologia Ambiental 2 ed. ver. ampl. - Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2008. Marcia do Vale Barreto Figueiredo; Hélio Almeida Burity; Newton Pereira Stamford; Caroline Etienne de Rosália e Santos.Microrganismos e Agrobiodiversidade: o novo desafio para agricultura. 1ed.Guaíba: Agrolivros, 2008 Dinesh K. Maheshwari; Meenu Saraf; Abhinav Aeron. Bacteria in Agrobiology: Crop Productivity. 1ed.Berlin: Springer-Verlag, 2013.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV520 - Análise de expressão gênica em larga escala
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
20 40 30 90
Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo Carneiro Borra
Ementa da Disciplina:
Introdução à Linguagem R; Análise de Transcriptoma utilizando ferramentas do Bioconductor: (http://www.bioconductor.org/) Microarray; Sequenciamento de nova geração; Análise de expressão gênica em larga escala: processamento dos sinais, técnicas de normalização, metodologias para identificação de genes candidatos, técnicas de normalização, assinatura gênica, análise de padrões,convolução de sinal para caracterização de eventos biológicos. Construção de Sistemas Biológicos: matrizes de correlação, modelagem de inter-relações e identificação de Hubs;
Bibliografia Principal:
Bioestatística usando o R – Apostila de Exemplos para o Biólogo. Colin Robert Beasley – Universidade Federal do Paraná. (http://cran.r-project.org/doc/contrib/Beasley-BioestatisticaUsandoR.pdf) Análise de Microarray usando o R e o Bioconductor - Diógenes Ferreira Filho e Roseli Aparecida Leandro- Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz” (http://www.lce.esalq.usp.br/roseli/TUTORIAL_MICROARRAY.pdf) Schena, Mark. Microarray Analysis. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, c2003. 630 p. ISBN 0-471-41443
Total de Créditos: 6
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Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV521 - Fundamentos e Métodos na Interação Proteína-Proteína
Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
45 0 45 90
Professor(a) Responsável: Dr. Felipe Roberti Teixeira
Ementa da Disciplina:
1- Reatividade química de aminoácidos e interações em sistemas biológicos. 2-
Estrutura tridimensional e modificações químicas em proteínas. 3-
Ferramentas para validar a interação entre proteínas: - Gene repórter, SDS-PAGE,
espectrometria de massas, interação antígeno-anticorpo: western blot, ELISA,
colocalização - Baseadas em fluorescência e bioluminescência (BiFc, FRET, FRAP,
colocalização, BRET) 4- Métodos bioquímicos para identificação de ligantes
proteicos: -Imunoprecipitação, pull down, TAP (Tandem Affinity Purification) -
Cross-linkers aliado a imunoprecipitação - Microarranjos de proteínas 5- Método
genético para identificação de ligantes proteicos: duplo híbrido. 6- Ferramenta
biofísica para caracterizar a interação entre proteínas: superfície plasmônica de
ressonância. 7- Softwares e bancos de dados públicos utilizados para
enriquecimento funcional e identificação de ligantes proteicos.
Bibliografia Principal:
Jonathan Crowe and Tony Bradshaw, Chemistry for Biosciences (The essential concepts), 2010, 2nd
edition, OXFORD. Greg T. Hermanson, Bioconjugate Techniques., 2008, 2nd edition, Elsevier. Artigos
científicos utilizando as ferramentas bioquímicas ou genéticas para identificação, validação e caracterização
da interação proteína-proteína.
Total de Créditos: 6
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV160 - Bioinformática
Área de Concentração: Área comum
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 40 10 90
Professor(a) Responsável: Dra. Patricia Domingues de Freitas
Ementa da Disciplina:
1. Conversando sobre Bioinformática: O que é a Bioinformática?; Histórico:
Quando Surgiu e como se Desenvolveu; Estado da Arte: Como está a
Bioinformática no Brasil e no Mundo; O que um Bioinformata Precisa Saber
; Quem são e onde estão os Bioinformatas?; NAVEGANDO NA
BIOINFORMÁTICA (PRÁTICA) (4h/4h) 2. Bancos de Dados Genômicos e
Alinhamento de Seqüências (4h/4h): Introdução aos Principais Bancos de
Dados Genômicos; Processos de Alinhamento de Seqüências e Principais
Algoritmos Utilizados; Parâmetros de Alinhamentos (Score, E-value,
Matrizes de Comparação/Substituição); ALINHANDO (PRÁTICA) 3.
Montando um Genoma (4h/4h): Processos de Clusterização e
Estabelecimento de Contigs; Algoritmos de Base-calling e Qualidade de
Sequências; Processo de Trimagem via CROSS-MATCH; O “pacote”
PHRED, PHRAP, CONSED; Outras Ferramentas de Clusterização e
Montagem de Genomas; MONTANDO UM GENOMA (PRÁTICA). 4.
Análises in silico (4h/4h): Introdução aos Processos de Descoberta de
Informações; Abordagem de KDD e Data Mining; Prospecção de
Polimorfismos (SNPs, SSRs, RFLPs, etc) e Softwares Utilizados;
Desenhando e Avaliando Primers via Análises ‘in silico’; Conceitos
Teóricos e Práticos sobre Pipelines; MINERANDO (PRÁTICA). 5.
Anotação Genômica (4h/4h): Conceitos e Definição; Anotação de
Seqüências Nucleotídicas e Proteínas; Anotação de Processos e
Estabelecimento de vias Metabólicas; Anotação Realizada; ANOTANDO
(PRÁTICA). 6. As Ômicas (4h/4h): Projetos Genomas, Transcriptomas e os
Metagenomas; Proteômica e Metabolômica, com ênfase às ‘Networks e
Pathways’; Interactoma, Fenomenoma e Fisioma: Uma Abordagem
Sistêmica; Demais ‘Ômicas’. 7. Bioinformática Estrutural (4h/4h): Definição
e Conceitos; Métodos de Raios-X e RMN; Modelagem por Homologia e
Total de Créditos: 6
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Principais Softwares; Modelagem via Algoritmos de Threading e Principais
Softwares; MODELANDO (PRÁTICA). 8. Bioinformática Evolutiva e
Comparativa (4h/4h): Árvores e Topologias (Alegorias); Filogenias x
Genealogias; Métodos de Reconstrução; Principais Softwares e Algoritmos
Utilizados; RECONSTRUINDO A EVOLUÇÃO E PERCORRENDO O
CAMINHO DOS GENES (PRÁTICA). 9. Genética e Computação (4h/4h):
A interação das Áreas; Decodificando os Genomas Através de Algoritmos;
Sistemas Operacionais e o LINUX; Linguagens de Programação: Por quê
PERL?; Pra que usar PHP e HTML? MySQL e Bancos de Dados. 10.
Filosofando (4h/4h): Um pouco de História: Ciência, Genética e
Bioinformática; Discussão e Considerações Finais. 11. Seminários e
Discussão (10h).
Bibliografia Principal:
1. Arthur M. Lesk (2008) INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA. Artmed, 2a edição,
Porto Alegre, RS, 381pp. 2. Paul G. Young (2003) EXPLORING GENOMES. Web-
based Bioinformatics Tutorials. Freeman and Company, New York, USA, 51pp. 3.
Literatura Especializada: Artigos de Divulgação e Artigos Científicos publicados, em
revistas de divulgação científica e periódicos indexados, respectivamente.
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Caracterização de Disciplina
Disciplina/Turma: GEV110/11 - Bioinformática: Fundamentos de Análises em
Nova Geração de Sequenciamento - NGS
Área de Concentração: Área comum
Carga Horária da Disciplina
Aulas
Teóricas
Aulas
Práticas
Seminários
Exercícios Total
40 40 10 90
Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes
Ementa da Disciplina:
Biologia Molecular, Genomas, Bioinformática; Introdução ao sistema
operacional Linux; Alinhamento de Sequências, Local e Global; Montagem
de Genomas: Sanger e NGS; Bancos de Dados Biológicos - Anotação de
genes; Análise de Transcriptomas - NGS; Análise de Metagenomas - NGS;
Estudo dirigido; Apresentação de trabalho;
Bibliografia Principal:
Gibas, Cynthia; Jambeck, Per. Developing bioinformatics computer skills. An
introduction to software tools for biological applications Beijing: O'Reilly, c2001. 427 p.
ISBN 1-56592-664-1.
Bioinformatics: sequence, structure, and databanks: a practical approach. D. Higgins
(Ed.); W. Taylor (Ed.). Oxford: Oxford University Press, c2000. 249 p. -- (The Practical
Approach Series) Notas gerais: e.1 2003; e.2 a 5 2011. ISBN 978-0-19-963790.
Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken:
Wiley Publishing, 2007. 436 p. -- (For Dummies) ISBN 978-0-470-08985-9.
Total de Créditos: 6
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