Exoma? Painel mieloide? Sequenciamento alvo? Sanger? João Bosco … · 2020. 12. 23. · João...

Exoma? Painel mieloide? Sequenciamento alvo? Sanger? Polimorfismos? O que isso tudosignifica?

João Bosco Oliveira, MD, PhDLaboratório Genomika-Einstein

CONCEITOS

DNA ou RNA

ESTRUTURA DO GENE

REPLICAÇÃO - FÁCIL ERRAR

Tipos de Variantes

Variantes Estruturais

HISTÓRIA

EXTRAÇÃO DE DNA

ETAPAS

Ampliação do Alvo

Kary Mullis

Complexidade – Análise de Dados

A Revolução Começou Aqui…

Ion Torrent Principle

Somatic x Germline• Germline: whole body

• Somatic (mosaic): only a few cell types, or cells within a tissue

Complexidade – Análise de Dados

- 0,01%

- 0,1%

- 0,1%

- 20%

APLICAÇÕES

Aplicações

• Genoma completo

• Exoma completo

• Painéis:– Germinativo

– Somático

• Patógenos

• Epigenômica

• RNA – sequenciamento e quantificação

Exons e Introns

Cerca de 1.3% do GENOMA

39 MB - 78MB – 5GB

20-25 mil variantes

Filtro 1: Sinônimas (não splice site) e forade exons/splice sites

Filtro 2: Frequência >1% (ou 0.1 ou 0.01%) – EXAC, 1000 genomes, NHBLI, etc

Filtro 3: (Genes com Pseudogenes)

Filtro 4: GENES de Interesse para o FENÓTIPO

Análise de Dados do Exoma

Definição de GENES DE INTERESSE

GENES

HPO

Pubmed

Doença

FENOTIPAGEM!

HIPÓTESE! GENETICISTA

CONTRA-INDICAÇÕES DO

EXOMA

Não detecta expansões (FLT3)

Não detecta eventos de fusão (BCR-ABL)

Profundidade baixa- não detecta eventos com baixafrequência alélica

Painéis

Painéis

• Alta profundidade

• Alta capacidade de detectar variantes

somáticas

• Menor custo

• Verificar FLT3, CEBPA, fusões

Teste de Hotspots (ou SNPs)

CONCLUSÕES

Conclusões

• NGS or HS techniques

• Exomas: doenças germinativas

• Painéis: melhor opção, por ter alta

profundidade e abrangência suficiente

• Hotspot: só quando for apenas umas poucas

alterações (MYD88, CALR), mas fazer por NGS

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OBRIGADO!

bosco@genomika.com.br

joao.bosco@einstein.br