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Exoma? Painel mieloide? Sequenciamento alvo? Sanger? Polimorfismos? O que isso tudosignifica?
João Bosco Oliveira, MD, PhDLaboratório Genomika-Einstein
CONCEITOS
DNA ou RNA
ESTRUTURA DO GENE
REPLICAÇÃO - FÁCIL ERRAR
Tipos de Variantes
Variantes Estruturais
HISTÓRIA
EXTRAÇÃO DE DNA
ETAPAS
Ampliação do Alvo
Kary Mullis
Complexidade – Análise de Dados
A Revolução Começou Aqui…
Ion Torrent Principle
Somatic x Germline• Germline: whole body
• Somatic (mosaic): only a few cell types, or cells within a tissue
Complexidade – Análise de Dados
- 0,01%
- 0,1%
- 0,1%
- 20%
APLICAÇÕES
Aplicações
• Genoma completo
• Exoma completo
• Painéis:– Germinativo
– Somático
• Patógenos
• Epigenômica
• RNA – sequenciamento e quantificação
Exons e Introns
Cerca de 1.3% do GENOMA
39 MB - 78MB – 5GB
20-25 mil variantes
Filtro 1: Sinônimas (não splice site) e forade exons/splice sites
Filtro 2: Frequência >1% (ou 0.1 ou 0.01%) – EXAC, 1000 genomes, NHBLI, etc
Filtro 3: (Genes com Pseudogenes)
Filtro 4: GENES de Interesse para o FENÓTIPO
Análise de Dados do Exoma
Definição de GENES DE INTERESSE
GENES
HPO
Pubmed
Doença
FENOTIPAGEM!
HIPÓTESE! GENETICISTA
CONTRA-INDICAÇÕES DO
EXOMA
Não detecta expansões (FLT3)
Não detecta eventos de fusão (BCR-ABL)
Profundidade baixa- não detecta eventos com baixafrequência alélica
Painéis
Painéis
• Alta profundidade
• Alta capacidade de detectar variantes
somáticas
• Menor custo
• Verificar FLT3, CEBPA, fusões
Teste de Hotspots (ou SNPs)
CONCLUSÕES
Conclusões
• NGS or HS techniques
• Exomas: doenças germinativas
• Painéis: melhor opção, por ter alta
profundidade e abrangência suficiente
• Hotspot: só quando for apenas umas poucas
alterações (MYD88, CALR), mas fazer por NGS
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