Introdução Gestão de coleções Specify 6 - gbif.pt · 2018. 3. 20. · Curso de formação:...

Curso de formação:

Gestão de coleções biológicas utilizando Specify 6

Rui Figueira

ruifigueira@isa.ulisboa.pt

Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa

Introdução

Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018

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BLOCO 1 – INTRODUÇÃO GERAL

1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF

1.2. Plataforma Specify

SUMÁRIO

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O Sistema Global de Informação sobre

a Biodiversidade (GBIF) é uma

organização intergovernamental criada

em 2001 para facilitar a partilha e

acesso, de forma livre e gratuita, de

dados de biodiversidade.

O QUE É O GBIF?

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GBIF EM NÚMEROS Dados de

ocorrência de espécies

Instituiçõespublicadoras

https://demo.gbif.org/the-gbif-network

966.983.3683.305.1662.657.885

Global:

Para PT:

Por PT:

1.47619

Global:

De PT:

54 países / 40 participantes associados

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GBIF A NÍVEL NACIONAL

NÓNACIONAL

UNIVERSI-DADES

UNIDADES DE I&D MUSEUS CIÊNCIA

CIDADÃSECTORPRIVADO

INVESTI-GADORES

PUBLICAÇÃO / USO / FORMAÇÃOINST.

PÚBLICOS

USO / FORMAÇÃO

RIPORBIOTA

INFRAESTRUTURA PADRÕESFORMAÇÃO

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DADOS PUBLICADOS PELO GBIF

Baseados em Observações● Projectos científicos● Monitorização / amostragens /

inventários● Ciência Cidadã

Baseados em Espécimes● Coleções biológicas (incluindo HN)● Bancos de germoplasma / coleções

vivas

OCORRÊNCIAS E DADOS DE AMOSTRAGENS

CHECKLISTS

METADADOS

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PORTAIS de DADOSNACIONAL: http://dados.gbif.ptGLOBAL: http://www.gbif.org

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PUBLICAÇÃO PORINSTITUIÇÕES PORTUGUESAS

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VANTAGENS DA PUBLICAÇÃO DE DADOS ATRAVÉS DO GBIF

● Plataforma global: dados padronizados → indexação → pesquisa

● Fácil citação do uso através de DOI

● Mais citações → Maior impacto

● Preservação dos dados

● Rastreamento e informação sobre o uso dos dados

● Dados mantém a propriedade original

● Licença padrão: CC0, CC-BY, CC-BY-NC

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USO DOS DADOS

Palavras-chave de ~1900 artigos que citam o GBIFhttp://www.mendeley.com/groups/1068301/gbif-public-library/

4200 artigos científicos

108 para autores com afiliação portuguesa

2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 20170

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Portugal

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ENQUADRAMENTO GLOBAL

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O PANORAMA GLOBAL

GBIF coopera com outras organizações ou iniciativas internacionais, que desenvolvem actividade complementar:

- Catalogue of Life, Encyclopedia of Life, Biodiversity Heritage Library, BOLD, Plazi

- LifeWatch, DISSCO, CETAF;

- EEA

- CBD, IPBES, UNEP-WCMC

- comunidade: Biodiversity Information Standards - TDWG

- desenvolvimento de um curriculum académico em informática para a biodiversidade (e.g. http://biodiversity-informatics-training.org/)

Aplicação online para visualização do objecto digital em alta resolução, com ferramentas de análise

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PUBLICAÇÃO DE UM CONJUNTO DE DADOS

Dados Padronização(DwC)

Descrição(metadados)

Validação

Publicação de dados

Publicação de metadados

(Artigos de dados)

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BLOCO 1 – INTRODUÇÃO GERAL

1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF

1.2. Plataforma Specify

SUMÁRIO

SPECIFY 6 UMA PROGRESSÃO EVOLUTIVA

ADAPTADO DE ANDY BENTLEY, SPECIFY PROJECTUNIVERSITY OF KANSAS BIODIVERSITY INSTITUTE

LAWRENCE, KS

• PERMITE a digitalização eficiente e gestão de coleções biológicas e mobilização de informação de espécimes para a internet.

• CONSISTE no interface baseada em formulários profundamente adaptáveis, ferramentas de pesquisa poderosas e desenho de relatórios robusto para impressão de resultados.

• PRETENDE promover a catalogação em computador de coleções biológicas e a colaboração através do software e serviços.

• GRATUITO – Distribuído e licenciado sem custos para coleções não comerciais. Código aberto.

O que é o Specify?

http://www.specifysoftware.org

• Mais de 15 versões durante +30 years• Aumento de funcionalidades e características• Suportado pela NSF desde 1987 até 2017

• Java - Compatível Mac, PC e LINUX

• Pode usar várias bases de dados – MySQL

• Open-source – FOSS (GPL2)

• A partir de 2018, suportado por um consórcio de instituições. Staff de desenvolvimento, programação, suporte, conversão de dados

• Modelo de dados extensível, expansível e aumentado

Specify

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Attachment Server

Web portal

● Mais de 500 colecções em 38 países

● mais de 20 M de espécimes catalogados

www.gbif.org/resources

Plataforma de gestão de coleções – componentes plugin Preparado para multi-coleção/disciplina Integrado com aplicações de terceiros - GEOLocate,

Google Earth Serviços Web e provedores online providers – ITIS,

Fishbase, Lifemapper Parcerias Estratégicas – Filtered push, OCR, MorphBank,

Barcoding of Life (BCoL), Symbiota, TCN’s Lançamentos frequentes adição de funcionalidades –

actualização automática

Specify 6

Specify 6

Há muitos outros sistemas disponíveis – KeEmu, Past Perfect, Index Kentukiensis, Collections Space, Mantis, Multi-Mimsy etc.

Todas têm limitações ou custos elevados para instituições de tamanho pequeno ou médio

Custo Flexibilidade e adaptação Suporte a todas as disciplinas * Open source – dirigido pela comunidade Riqueza de funcionalidades Suporte e longevidade

Permite a importação e mapeamento de folhas de excel para manipulção de dados

Entrada de dados em formulário ou grelha

Associação de imagem e fluxo de trabalho

Ferramentas adicionais para limpeza e manipulação de dados – georeferenciação e vizualização

Carregamento

Ferramenta isolada – sem necessidade de instalação – uso no campo

O Workbench

Obrigado pela atençãoNó Português do GBIFInstituto Superior de AgronomiaHerbárioTapada da Ajuda1349-017 Lisboa, Portugal

Tel: (+351) 213653165email: node@gbif.pthttp://www.gbif.pt

O Nó Português é acolhido no ISA com o apoio da FCT.

Esta apresentação é publicada segundo a licença CC-BY-SA

Gestão de coleções biológicas utilizando Specify 6