Introdução Gestão de coleções Specify 6 - gbif.pt · 2018. 3. 20. · Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando Specify ICNF, 13-15 Março 2018 I m a

Curso de formação:

Gestão de coleções biológicas utilizando Specify 6

Rui Figueira

[email protected]

Nó Português do GBIF, Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa

Introdução

Curso de formação: Gestão de coleções biológicas utilizando SpecifyICNF, 13-15 Março 2018

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BLOCO 1 – INTRODUÇÃO GERAL

1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF

1.2. Plataforma Specify

SUMÁRIO


O Sistema Global de Informação sobre

a Biodiversidade (GBIF) é uma

organização intergovernamental criada

em 2001 para facilitar a partilha e

acesso, de forma livre e gratuita, de

dados de biodiversidade.

O QUE É O GBIF?

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GBIF EM NÚMEROS Dados de

ocorrência de espécies

Instituiçõespublicadoras

https://demo.gbif.org/the-gbif-network

966.983.3683.305.1662.657.885

Global:

Para PT:

Por PT:

1.47619

Global:

De PT:

54 países / 40 participantes associados


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GBIF A NÍVEL NACIONAL

NÓNACIONAL

UNIVERSI-DADES

UNIDADES DE I&D MUSEUS CIÊNCIA

CIDADÃSECTORPRIVADO

INVESTI-GADORES

PUBLICAÇÃO / USO / FORMAÇÃOINST.

PÚBLICOS

USO / FORMAÇÃO

RIPORBIOTA

INFRAESTRUTURA PADRÕESFORMAÇÃO


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DADOS PUBLICADOS PELO GBIF

Baseados em Observações● Projectos científicos● Monitorização / amostragens /

inventários● Ciência Cidadã

Baseados em Espécimes● Coleções biológicas (incluindo HN)● Bancos de germoplasma / coleções

vivas

OCORRÊNCIAS E DADOS DE AMOSTRAGENS

CHECKLISTS

METADADOS


PORTAIS de DADOSNACIONAL: http://dados.gbif.ptGLOBAL: http://www.gbif.org


PUBLICAÇÃO PORINSTITUIÇÕES PORTUGUESAS


VANTAGENS DA PUBLICAÇÃO DE DADOS ATRAVÉS DO GBIF

● Plataforma global: dados padronizados → indexação → pesquisa

● Fácil citação do uso através de DOI

● Mais citações → Maior impacto

● Preservação dos dados

● Rastreamento e informação sobre o uso dos dados

● Dados mantém a propriedade original

● Licença padrão: CC0, CC-BY, CC-BY-NC


USO DOS DADOS

Palavras-chave de ~1900 artigos que citam o GBIFhttp://www.mendeley.com/groups/1068301/gbif-public-library/

4200 artigos científicos

108 para autores com afiliação portuguesa

2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 20170

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Portugal

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ENQUADRAMENTO GLOBAL


O PANORAMA GLOBAL

GBIF coopera com outras organizações ou iniciativas internacionais, que desenvolvem actividade complementar:

- Catalogue of Life, Encyclopedia of Life, Biodiversity Heritage Library, BOLD, Plazi

- LifeWatch, DISSCO, CETAF;

- EEA

- CBD, IPBES, UNEP-WCMC

- comunidade: Biodiversity Information Standards - TDWG

- desenvolvimento de um curriculum académico em informática para a biodiversidade (e.g. http://biodiversity-informatics-training.org/)

Aplicação online para visualização do objecto digital em alta resolução, com ferramentas de análise


PUBLICAÇÃO DE UM CONJUNTO DE DADOS

Dados Padronização(DwC)

Descrição(metadados)

Validação

Publicação de dados

Publicação de metadados

(Artigos de dados)


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BLOCO 1 – INTRODUÇÃO GERAL

1.1. O panorama da informática para a biodiversidade e o papel do GBIF

1.2. Plataforma Specify

SUMÁRIO

SPECIFY 6 UMA PROGRESSÃO EVOLUTIVA

ADAPTADO DE ANDY BENTLEY, SPECIFY PROJECTUNIVERSITY OF KANSAS BIODIVERSITY INSTITUTE

LAWRENCE, KS

• PERMITE a digitalização eficiente e gestão de coleções biológicas e mobilização de informação de espécimes para a internet.

• CONSISTE no interface baseada em formulários profundamente adaptáveis, ferramentas de pesquisa poderosas e desenho de relatórios robusto para impressão de resultados.

• PRETENDE promover a catalogação em computador de coleções biológicas e a colaboração através do software e serviços.

• GRATUITO – Distribuído e licenciado sem custos para coleções não comerciais. Código aberto.

O que é o Specify?

http://www.specifysoftware.org

• Mais de 15 versões durante +30 years• Aumento de funcionalidades e características• Suportado pela NSF desde 1987 até 2017

• Java - Compatível Mac, PC e LINUX

• Pode usar várias bases de dados – MySQL

• Open-source – FOSS (GPL2)

• A partir de 2018, suportado por um consórcio de instituições. Staff de desenvolvimento, programação, suporte, conversão de dados

• Modelo de dados extensível, expansível e aumentado

Specify


Attachment Server

Web portal

● Mais de 500 colecções em 38 países

● mais de 20 M de espécimes catalogados

www.gbif.org/resources

Plataforma de gestão de coleções – componentes plugin Preparado para multi-coleção/disciplina Integrado com aplicações de terceiros - GEOLocate,

Google Earth Serviços Web e provedores online providers – ITIS,

Fishbase, Lifemapper Parcerias Estratégicas – Filtered push, OCR, MorphBank,

Barcoding of Life (BCoL), Symbiota, TCN’s Lançamentos frequentes adição de funcionalidades –

actualização automática

Specify 6

Specify 6

Há muitos outros sistemas disponíveis – KeEmu, Past Perfect, Index Kentukiensis, Collections Space, Mantis, Multi-Mimsy etc.

Todas têm limitações ou custos elevados para instituições de tamanho pequeno ou médio

Custo Flexibilidade e adaptação Suporte a todas as disciplinas * Open source – dirigido pela comunidade Riqueza de funcionalidades Suporte e longevidade

Permite a importação e mapeamento de folhas de excel para manipulção de dados

Entrada de dados em formulário ou grelha

Associação de imagem e fluxo de trabalho

Ferramentas adicionais para limpeza e manipulação de dados – georeferenciação e vizualização

Carregamento

Ferramenta isolada – sem necessidade de instalação – uso no campo

O Workbench

Obrigado pela atençãoNó Português do GBIFInstituto Superior de AgronomiaHerbárioTapada da Ajuda1349-017 Lisboa, Portugal

Tel: (+351) 213653165email: [email protected]://www.gbif.pt

O Nó Português é acolhido no ISA com o apoio da FCT.

Esta apresentação é publicada segundo a licença CC-BY-SA

Gestão de coleções biológicas utilizando Specify 6

http://www.gbif.pt/

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