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Integração e disseminação de dados sobre espécies e espécimes: a experiência da Rede speciesLink
Conferência Científica Internacional Amazônia em PerspectivaManaus, 18 Novembro de 2008
Redes de Coleções Biológicas
Bioinformática, informática para biodiversidade, Bioinformática, informática para biodiversidade, ecoinformática e coleções biológicasecoinformática e coleções biológicas
Padrões e protocolos Padrões e protocolos interoperabilidade entre sistemas de informação interoperabilidade entre sistemas de informação
Acesso dinâmico e transparente à dados distribuídos sobre biodiversidade
Global Biodiversity Information Facility (GBIF) 160 mihões de registros de > 200 provedores de dados > 1.000 coleções biológicas
Rede speciesLink (Brasil)
2.9 milhões de registros 150 coleções/sub-coleções
Informação integrada sobre espécies, linhagens, genomas e ecologia
A importância e uso dos dados de coleções biológicasA importância e uso dos dados de coleções biológicas
dados descritivos
nomenclatura taxonomia
modelagem
qualidade de dados
mapas
dadosprimários
educaçãoPesquisa
tomada dedecisão
coleçãobiológica
Rede Rede speciesspeciesLinkLink
http://splink.cria.org.br
Protocolos para buscas em sistemas distribuidosProtocolos para buscas em sistemas distribuidos
Col 1
Col 2
Col 3
Col 4
Col 5
program
search
interface
Win2000Brahms
LinuxMySQL
Win98Access
Win98biota FreeeBSD
PostgreSQL
??
??
?protocol X
protocol X
protocol X
protocol Xprotocol X
Col 1
Col 2
Col 3
Col 4
Col 5
program
search
interface
Win2000Brahms
LinuxMySQL
Win98Access
Win98biota FreeeBSD
PostgreSQL
protocolo X
protocolo X
protocolo Xprotocolo X
protocolo X
+ DarwinCore
mapping
mapping
mapping mapping
mapping
Solução para interoperabilidade:Solução para interoperabilidade:
Solução para integração de dados distribuídosSolução para integração de dados distribuídos
• Protocolo DiGIR• Aplicativos DiGIR (Portal and Providor)• Modelo de dados DarwinCore 2.0• spLinker
Aplicativos para exportar dados Independente da plataforma Independente do banco de dados
Solução: conectividade internetSolução: conectividade internet
CentralizedSearch
CentralizedSearch
site speciesLink
Presentation layer
site speciesLink
Presentation layerPerl
Perl
Network not availablel 24 hoursNetwork available 24 hours
Postgres PHP Provider
SOAP Server
SQL
Mirror or cache node
Data PHP Provider
Collection Management
System
SQL
Collection A Collection B
Data spLi nker
Collection Management
system
SQL
Data repository
Postgres PHP Provider
SOAP Server
SQL
Indicators/DCdatabaseCollection C
Data spLi nker
CollectioneManagement
system
SQL
Data repository
Advanced search& inventory
Advanced search& inventory
Banco de dados das coleções:Campos de um registro
Dados enviados ao servidor regional a serem disponibilizados on-line
Filtro para dados sensíveis
Ma
pe
amen
to d
os
cam
pos
Mo
de
lo D
arw
inC
ore
+
Dado bloqueado
Integrando dados e sistemasIntegrando dados e sistemas
Exemplo: Tabebuia
Ferramentas para a limpesa e correção de dados
Rede speciesLink
Ampliação do conhecimento sobre biodiversidadeAmpliação do conhecimento sobre biodiversidade
Quais espécies? Indicadoras Invasoras Ameaçadas Endêmicas
Dados? Catálogos taxonômicos e listas de espécies Dados de ocorrência Amostras em coleções científicas
Qualidade? Nomenclatura, georeferenciamento
Esforço coletivo e processo contínuo
Coleções Biológicas da Rede INPAColeções Biológicas da Rede INPA
Novembro 2008
Total de registros visualizados por coleção desde agosto/2007Total de registros visualizados por coleção desde agosto/2007
SinBiota
Herbário JBRJ
NYBG_Br
RPSP
Herbário INPA
ESA
MOBOT_Br
Georeferenciamento original: INPA-HymenopteraGeoreferenciamento original: INPA-Hymenoptera
Georeferenciamento original + automático: INPA-HymenopteraGeoreferenciamento original + automático: INPA-Hymenoptera
INPA - PeixesINPA - Peixes
Novembro 2008
Perfil do acervoPerfil do acervo
Total do acervo: 28.628 Total on-line: 22.436Total georeferenciado: 0
