Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira Manual
do programa Ugene ministrado no 1Mini-Curso de Bioinformtica.
Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira
OProgramaUgeneumaferramentapoderosadeediodesequncias,
reunindofuncionalidadesdediversosprogramasemums.Contudosua utilizao
complexa, para isso foi montado um pequeno manual de instruo de
como fazer o alinhamento e edio de sequncias com vrios primers
diferentes.
Paraoprogramaeassequnciasutilizadaspodemserobtidasnosite
http://www.bioinformatics013.blogspot.com.br,bastaprocuraroslinksdo
programa e do material que foi utilizado durante o curso: Site.
Postagem para o UgenePostagem para o Material usado. Responsveis
Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira Para fazer o download
de ambos basta clicar na foto e uma nova janela ou aba ser aberta.
Quando clicar para baixar o Ugene a janela aberta mostrar diversas
opes do Download, no caso do Windows, baixe a primeira opo FULL.
Clicando na foto do material abrir uma janela ou aba onde devemos
clicar em File ou Arquivo (depende daverso do seu navegador) e
selecionar a opo DOWNLOAD. Aps baixar e instalar o Ugene,
descompacte o arquivo Material.rar em uma pasta no computador.
Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira Abra o
Ugene e temos a tela inicial do programa. Clique em File>OPEN
(ctrl+o) ou no smbolo de abrir Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza
& Renato Bandeira Abra a pasta Material,depois a pasta ab1 e
depois a pasta 118464.Dentro da mesma selecione todas as sequencias
e clique em Abrir ou Open.
Atelainicialirmostrarassequnciasabertasbemcomooutras informaes.
Diminuaaexibiodetodasassequnciasclicandonosinaldemenosda sequncia.
Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira Ficando
assim: Nesta tela temos a visualizao das sequncias: E o
Cromatograma: Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato
Bandeira Clique na lupa para visualizar melhor o sinal do
sequenciamento.
Selecionetodasassequnciascomosdiferentesprimersqueserounidas atravs
do mtodo de assembly com o programa CAP3. Responsveis Tcnicos:
Edivaldo Souza & Renato Bandeira Primeiro exportar as
sequncias. Depois de selecionadas, clique com o boto direito do
mouse v na opo Export/Import > export sequences. Vai abrir a
seguinte janela: Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato
Bandeira EmExporttofile,oultimonomeseronomedoarquivoquevamos
exportarnoformatoFASTA>/118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.fa.
Deixe as opes como esto marcadas e clique em export.
Feitoisso,passamosparaoAssembledassequnciascomoprograma CAP3.
Selecione o arquivo 118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new (caso j no
estejaselecionado),vemTOOLS>DNAASSAMBLE>CONTIG ASSEMBLE WITH
CAP3. Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira Na
janela que ir abrir clique em ADD.
Selecioneoarquivo.fageradononossoexemploo
118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.fa. Clique em Abrir ou Open.
Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira Clique em
RUN. Foigeradooarquivo118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.cap.ace.
Quesotodasassequnciascomparadas,alinhadas,revertidas(ver-compl)e
unidas em uma sequncia consenso (contig).
Cliquecomobotodireitosobreocontig>Export/Import>Export
alignment to sequence format. Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza
& Renato Bandeira
ColoqueonomedaamostraqueestsendoutilizadanacaixaExportto file. O
formato fica FASTA. Export. Agora temos a lista com todas as
sequncias mais o contig.
PararetirarsocontigbastaclicarcomobotodireitosobreoContig>
Export/Import > Export sequences. Responsveis Tcnicos: Edivaldo
Souza & Renato Bandeira Modifique o local do arquivo para
salvar a sequncia.
Acheapastautilizadaparasalvarsuassequencias.Noexemploestamos
utilizando Material > ab1 > 118464.
AlteradooNOMEdoarquivoeoLOCALdesalvar,bastaclicarem Export para
salvar a sequncia que desejamos. Responsveis Tcnicos: Edivaldo
Souza & Renato Bandeira
Obtemosassimsomenteasequnciaquequeremosalinhadacomos primers.
Renomeie a amostra clicando com o boto direito do mouse sobre o
contig > Edit > Rename. Use o nome da amostra. Responsveis
Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira
Verificandoseasequnciaacorrespondenteaoorganismoegene estudado alm
da direo da sequncia (direto ou reverso). Basta ir em Analyze
>QueryNCBIBLASTdatabaseouclicandonosmbolonapartesuperior . Abrir
a janela, basta clicar em Search. Responsveis Tcnicos: Edivaldo
Souza & Renato Bandeira
Analisandoosresultados,naparteinferiortemumquadrocomtodosos
resultados (blast result), basta expandir a visualizao.
Podeservistotambmapenasdeixandoocursordomousesobrea sequncia. Copie
o cdigo de acesso do NCBI (accession). Responsveis Tcnicos:
Edivaldo Souza & Renato Bandeira
VemFile>Accessremotedatabase...Parabaixarasequnciacomo cdigo de
acesso copiado previamente. Cole o nmero de acesso em Resource ID
> OK. Asequnciaquandoforbaixadadeverserexportada.Cliquesobrea
sequenciaExport/Import>Exportsequence.Altereocaminhoenomee
Export. Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira
Repitaoprocessodealinhamentoesalvarcomtodas,abratodasmaiso prottipo
baixado da internet. Renomeie os Contig caso no esteja com o nome
da sequncia. Ficando assim. Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza
& Renato Bandeira
Exporteassequenciascomoalinhamento.Export/Import>Export
sequences as alignment.
Vaiabriraseguintejanela,mudeonomedoarquivopara,usei ALINHAMENTO, e
Export. Responsveis Tcnicos: Edivaldo Souza & Renato Bandeira
ApsMandealinharemTools>Multiplealignment>(selecioneodesua
preferncianoexemploutilizamosoMAFFT).Oucliquenoconeacima. Sequencia
Alinhada Exporte terminado de alinhar suas sequncias. FIM!
