A Polinização cruzada distingue-se da auto-polinização porque no primeiro caso, o pólen de uma flor fecunda o estigma de outra flor, de um mesmo indivíduo ou de outro. O agente principal da polinização cruzada é o vento, mas em algumas espécies, insetos e pássaros são importantes. E até mesmo pessoas.

As espécies que possuem polinização cruzada, normalmente, possuem uma grande variabilidade genética, e facilitam o trabalho de melhoramento através de cruzamentos entre variedades. Os processos de desenvolvimento de híbridos são facilitados nas espécies de fecundação cruzada.

Uma outra controvérsia relacionada com a polinização cruzada foi a utilização da chamada tecnologia Terminator: A tecnologia Terminator refere-se a plantas que foram geneticamente modificadas (GM) para tornar as sementes estéreis quando da colheita. A utilização desta ferramenta permitiria então a não-propagação do pólen transgênico, evitando quaisquer cruzamentos com outras plantas.