Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol)

XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005

Construção do conhecimento sobre biodiversidade

Coletiva, multi e inter-disciplinar Requer um ambiente de cooperação

global Depende de uma base comparativa de

dados e de conhecimento

Dados

Ontem:

• pessoas responsáveis por seus dados

• dados “lidos” e interpretados por indivíduos

• descobertas feitas através do pensamento, através da análise de um indivíduo ou de algumas pessoas

Futuro

• grupos / instituições responsáveis pela gestão dos dados de provedores múltiplos

• leitura e interpretação com o auxílio de software

• descobertas feitas com o uso de computadores, verificadas pelas pessoas

Dados precisam ser digitais e estar disponíveis on-line

Evolução do conceito de coleções de culturas

• “depósitos” de material de pesquisa

• depósito + serviços (preservação, identificação, distribuição ...) + catálogo

• depósito + serviços + pesquisa + catálogo

• depósito + serviços + pesquisa + centro de informação

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Evolução: Catálogo (CC) Centro de Dados (CRB)

Desafios• Mudança de cultura (compartilhamento de

dados/ informações)

• Adoção de padrões mínimos (integração de dados de fontes diversas)

• Desenvolvimento e uso de ferramentas computacionais: Integração de dados e de interoperabilidade

de sistemas Análise, síntese e visualização

Modelo: CABRI – Common Access to Biological Resources and Information

Metas Aumentar a conscientização dos usuários

científicos quanto à qualidade e variedade de coleções de culturas Européias

Facilitar o acesso ao material e à informação

Estratégia adotada Desenvolvimento de um sistema de acesso

único aos catálogos das coleções Garantia de um nível comum de qualidade do

material e informação associada

CABRI

Iniciativa da Comunidade Européia

Hoje é um consórcio de nove centros de recursos biológicos Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms CABI Bioscience (UK) Centraalbureau voor Schimmelcultures (Holanda) Institut Pasteur CIP (França) CERDIC (França) Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen

(Alemanha) European Collection of Cell Cultures (UK) National Institute for Cancer Research, Interlab Cell Line

Collection (Itália) National Collections of Industrial, Marine and Food Bacteria (UK)

http://www.cabri.org/

CABRI – padronização dos dados

• dados mínimos, dados recomendados e dados completos para cada grupo taxonômico.

• permite a inclusão de dados históricos

• permite a inserção de dados mais completos

CABRI Guidelines

• Padrões de qualidade para o gerenciamento de coleções

• Guidelines para a produção de catálogo

• Manual de Procedimentos

Microrganismos

Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico

http://sicol.cria.org.br

Apoio MCT/CNPq/Finep

Objetivos do SICol

Servir de elemento integrador às diversas e diferenciadas coleções

Atender à demanda por informação das coleções e dos usuários de insumos biológicos na área da biotecnologia

Atender à demanda por informação dos formuladores de políticas públicas.

Diagnóstico para definir a arquitetura: documentação e registro de dados infra-estrutura e capacitação ferramentas disponíveis

Desenvolvimento de um web site

A primeira fase do projeto envolveu:

Documentação básica (registro apenas de campos mínimos) pouco estruturada (pouca/nenhuma utilização de

vocabulário controlado e formatos comuns) atendimento da demanda interna

Infra-estrutura e capacitação acesso à Internet é precário sem apoio de informática necessidade de um sistema de gestão do acervo

Ferramentas disponíveis Sistema distribuídos eram complexos: demandariam uma

certa competência em informática nas coleções

Diagnóstico (2001)

Diagnóstico: Arquitetura do Sistema

Opção por um sistema centralizado (no momento)

Princípios: Provedor dos dados: total domínio, controle e

responsabilidade pelos dados Desenvolvimento do sistema: baseado em

protocolos abertos, “platform independent”, utilizando sempre que possível software de acesso público, não comercial .

2a. Fase: desenvolvimento do sistema on-line (catálogo virtual)

Interface Web

Bactérias

Fungos

Células

Etc...

Base de dados do SICol

Coleções

Usuário

Características do Sistema

Autonomia completa das coleções em relação aos dados.

Desenvolvido utilizando aplicativos “open source” ou livre

Compatibilidade com o padrão CABRI

Autonomia das coleções

O SICol disponibiliza uma área de acesso restrito para que as coleções administrem os seus dados pela internet.

A qualquer momento as coleções podem inserir novos dados ou apagar os que estão sendo disponibilizados por ela.

A qualidade das informações disponibilizadas é de total responsabilidade de cada coleção.

Para participar do SICol

1- Preencher e enviar para o CRIA o questionário: http://sicol.cria.org.br/pdf/questionario.rtf

2- O CRIA envia login e senha por e-mail para acesso à área restrita: http://sicol.cria.org.br/adm/

3- Na área restrita a coleção pode baixar a planilha modelo já no formato que os dados devem ser enviados ao SICol.

4- Através da área restrita a coleção também pode atualizar os dados no sistema.

Resultado do esforço conjunto...

http://sicol.cria.org.br/cv

Bacillus cereus

Atualização

• CABRI: as coleções se comprometem a atualizar os seus catálogos a cada 6 meses

• SICol: não existe qualquer compromisso nesse sentido

Rede speciesLink

Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados

Sistema Distribuído Modelo de dados: DarwinCore Protocolo de comunicação: DiGIR

Novos desenvolvimentos

• Trabalhar no conteúdo do SICol

• Desenvolvimento do sistema de gerenciamento

portal

Sistema de preservação de dados para gerações futuras (long term data archive)

data commons space

servidor regional

coleções biológicas dados de observação

data commonsspace

dados taxonômicos

Serviços Web•Mapas•Modelagem•Datacleaning•Georeferenciamento automático•Outros serviços

Cenário envolvendo o uso de padrões e protocolosCenário envolvendo o uso de padrões e protocolos

dados descritivos

nomenclatura taxonomia

modelagem

qualidade de dados

mapas

dadosprimários

educaçãopesquisa

tomada dedecisão

coleçãobiológica

Obrigada

Dora Ann Lange Canhos

(dora@cria.org.br)

http://splink.cria.org.brhttp://www.cria.org.br