UFRJ - UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO DE JANEIRO IMPPG ... · molecular de bactérias. As aulas serão assíncronas. IMW004 DIVERSIDADE METABÓLICA DE MICRORGANISMOS PROCARIOTOS 30H

UFRJ - UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO DE JANEIRO IMPPG - INSTITUTO DE MICROBIOLOGIA PAULO DE GÓES

PROFESSOR COORDENADOR: CARGA HORÁRIA/ CRÉDITOS: PERÍODO DE REALIZAÇÃO: Período Letivo Excepcional / 2020-4-0

CÓDIGO DISCIPLINA DURAÇÃO PROFESSOR RESPONSÁVEL

EMENTA DA DISCIPLINA

IMW015 ASP MORF E FUNC DO SIST IMUNOL

15H Profa Renata

Meirelles

Operacionalização das Práticas Remotas (ex. aulas demonstrativas gravadas, estudo dirigido, análises de bioinformática, etc):

IMM001

EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DE BACTÉRIAS DE

INTERESSE MÉDICO

30H Prof Tatiana Pinto

A disciplina abordará os princípios e aplicações dos principais métodos moleculares utilizados para caracterização epidemiológica de agentes bacterianos, assim como algumas das principais ferramentas disponíveis para interpretação e análise dos resultados. Serão apresentadas, de forma teórica e/ou demonstrativa, através de exercícios interativos, metodologias consideradas de referência para este propósito, assim como também serão apresentadas propostas mais recentes e metodologias consideradas emergentes em Bacteriologia. É aconselhável que o aluno tenha previamente noções de biologia molecular de bactérias. As aulas serão assíncronas.

IMW004

DIVERSIDADE

METABÓLICA DE MICRORGANISMOS

PROCARIOTOS

30H Profa Carolina

Kein

Temas: alimento, ecologia microbiana, deterioração, microrganismos indicadores, patogênicos e seus métodos de detecção, além dos métodos de controle microbiológico e garantia da qualidade na produção de alimentos. Enfocam-se as características microbiológicas de alimentos lácteos, cárneos, vegetais e bebidas, além de microrganismos probióticos e utilização de microrganismos na produção dos alimentos. São feitas visitas a indústrias de alimentos

IMW017

EVOLUÇÃO DO SISTEMA IMUNE

30H Profa Juliana

Echevarria

Estudo da origem e evolução do Sistema Imune em mamíferos através da comparação dos componentes da resposta Imune Inata e Adaptativa encontrados em invertebrados e vertebrados

IMW105

INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA E A FILOGENIA

30H Prof Andrew

Macrae

Esta disciplina tem como objetivo apresentar uma introdução à bioinformática, com teoria e prática com as ferramentas de bioinformática. O curso

MOLECULAR

aborda as bases biológicas de dados, tipos de alinhamentos, introdução ao Linux para execução de ferramentas de alta performance por linha de comando, montagem de genomas, transcritômica por RNA-seq, métodos para interpretação dos resultados de RNA-seq e filogenia e taxonomia molecular. A realização de aulas práticas em laboratório de computadores que permitam exercitar o conhecimento teórico adquirido também faz parte do conteúdo programático. A avaliação será realizada a partir da apresentação de seminários de artigos pelos alunos e da realização de trabalho prático durante as aulas.

IMW021

FUNDAMENTOS DE VIROLOGIA VEGETAL

30H Profa Maite Vaslin F Silva

Fundamentos da virologia vegetal dando uma visão geral sobre seus diversos aspectos incluindo: características gerais do vírus vegetais, transmissão, espalhamento no hospedeiro, mecanismos de expressão de seus genomas, respostas dos hospedeiros à infecções virais e mecanismos virais de evasão da resposta de defesa.

IMW202

MICROBIOLOGIA DA POLUIÇÃO AMBIENTAL

30H Profa Carolina

Keim

Estudo da poluição ambiental e ecotoxicologia, com ênfase nas interações dos microrganismos com poluentes químicos orgânicos e inorgânicos e na participação dos microrganismos nos processos de poluição e despoluição, assim como a sua utilização como indicadores de poluição.

IMW009 VACINAS 30H Profa Clarissa

Palatnik

Será analisado o impacto da utilização de vacinas em Saúde Pública e o desenvolvimento de vacinas contra infecções e câncer. Será estudada a evolução de vacinas compostas pelos germes vivos, atenuados, inativados, pelas suas toxinas e a sua evolução até vacinas com antígenos quimicamente definidos, recombinantes, vacinas gênicas e vacinas sintéticas. Serão estudados os formatos para avaliação da eficácia de vacinas em

testes clínicos Fase I, II, III e IV e o cálculo

de amostras. Será aprofundado o estudo dos mecanismos de ação de adjuvantes, de vacinas sem agulha, e da resposta vacinal associada com histocompatibilidade. Será dada especial atenção ao desenvolvimento de vacinas contra Influenza e contra COVID19. Os alunos receberão as aulas téoricas gravadas pelo Google classrooom e haver horários de trabalho em conjunto “live”

através do Zoom. Haverá uma aula pratica sobre imuno informática por Zoom. Os alunos apresentarão seminários através do Zoom. A Nota final se comporá da nota sobre o seminário apresentado, da assiduidade e participação nos seminários dos colegas e de um relatório final em word, encaminhado aos professores por email, sobre o seminário apresentado.

IMW001 INTRODUÇÃO À MICROSCOPIA

15H Profa Fernanda

Abreu

Conhecimentos básicos sobre microscopia de luz e microscopia eletrônica utilizados para microbiologia. Serão abordados a utilização dos princípios de física óptica e os procedimentos de preparo de amostras para a obtenção de informações microscópicas sobre espécimes microbianos.

IMW014

MICROBIOTA HUMANA NA SAÚDE E NA DOENÇA

45H Leandro Araujo Lobo e Rosana

Barreto Ferreira

Estudo da interação entre bactérias residentes da microbiota e o hospedeiro humano, incluindo: (i) conceitos de colonização e aquisição da microbiota e microbioma humano; (ii) papel da microbiota na saúde humana com exemplos de pesquisas com animais axênicos e transgênicos, além de humanos; (iii) métodos de estudo da microbiota. Ao final do curso, o aluno deverá ser capaz de compreender a natureza dualística da associação entre humanos e sua microbiota residente.

DATA HORÁRIO TIPO DE AULA

ASP MORF E FUNC DO SIST IMUNOL (IMW015)

TURMA PROFESSOR

Avaliação: Participação nas discussões; EDs; Apresentação de trabalho

Segunda-Feira 21/09/2020

10h às 12h

Síncrona Assíncrona

Introdução Aspectos Gerais da Resposta Imune

Renata

Frederico

Terça-Feira 22/09/2020

10h às 12h Assíncrona

Resposta imune a infeções Resposta Imune e a Tumores

Renata

Frederico

Quarta- Feira 23/09/2020

10h às 12h Assíncrona Diferenciação e exaustão de células T Renata

Quinta-Feira 24/09/2020

10h às 12h Síncrona Discussão e ED

Renata

Sexta-Feira 25/09/2020

10h às 12h Assíncronas Manipulação genética de células T em imunoterapias

Terapias baseadas em bloqueio de receptores inibitórios Renata


10h às 12h Síncrona Discussão e ED Renata


10h às 12h Síncrona Apresentação de trabalhos sobre imunoterapia


EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DE BACTÉRIAS DE INTERESSE

MÉDICO (IMM001)

TURMA PROFESSOR

De 31/08/2020 às 11/09/2020 - Aulas gravadas e discussões em tempo real pela plataforma Google Classroom


9h às 12h Introdução ao tema: Conceitos e aplicações dos diferentes métodos aplicados a epidemiologia molecular de bactérias de interesse médico

Tatiana Pinto


9h às 12h Métodos moleculares envolvendo sequenciamento de DNA bacteriano: MLST e variações, WGS.

Tatiana Pinto

Quarta-Feira 02/09/2020

9h às 12h Métodos moleculares baseados em amplificação de DNA bacteriano: RAPD.

Tatiana Pinto


9h às 12h Estudo dirigido e discussão das aulas.

Tatiana Pinto


9h às 12h Métodos moleculares baseados na análise de regiões repetitivas do DNA bacteriano: MLVA.

Tatiana Pinto


9h às 12h Métodos moleculares baseados em sistemas de restrição: PFGE.

Tatiana Pinto


9h às 12h Estudo dirigido e discussão das aulas

Tatiana Pinto


9h às 12h Revisão da aulas

Tatiana Pinto


9h às 12h Avaliação

Tatiana Pinto


DIVERSIDADE METABOLICA DE MICRORGANISMOS PROCARIOTICOS

(IMW004)

AVALIAÇÃO DATA DE ENTREGA

PROFESSOR

Sexta-feira 28/8/2020

09 às 11hs síncrona Noções básicas de bioquímica do metabolismo microbiano google forms 04/09/2020

Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Fotossíntese estudo dirigido

11/09/2020 Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Fixação de CO2

produção de esquema

18/09/2020

Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona

Quimiolitotrofia; Oxidação de H2

estudo dirigido 25/09/2020

Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona

Oxidação de S e Fe

trabalho escrito 02/10/2020

Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Oxidação de N


Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Respiração anaeróbia; Redução de N

Estudo Dirigido 16/10/2020

Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Redução de Fe e Mn


Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Redução de S


Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Redução de CO2


Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Metilotrofia


Caroline keim


09 às 11hs Assíncrona Diversidade metabólica de microrganismos no ambiente


Caroline keim


EVOLUÇÃO DO SISTEMA IMUNE (IMW017)

PROFESSOR


14h às 15h Síncrona

Assíncrona

Apresentação da disciplina.

Noções gerais da evolução. CRISPRs e a resposta imune em procariotos.

Juliana Echevarria


Assíncrona

Atividade sobre a aula CRISPRs e a resposta imune em procariotos.

Origem e evolução da imunidade Inata: Fagocitose

Juliana Echevarria

14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS


Assíncrona

Atividade sobre a aula sobre Evolução dos mecanismos de Fagocitose.

Origem e evolução da imunidade Inata: Peptídeos Antimicrobianos

Juliana Echevarria



Assíncrona

Atividade sobre a aula de Evolução dos Peptídeos Antimicrobianos.

Origem e evolução da imunidade Inata: Evolução dos Receptores de Padrões Moleculares de Patógenos

Juliana Echevarria



Assíncrona

Atividade sobre a aula de Evolução dos Receptores de Padrões Moleculares de Patógenos

Origem e evolução do Sistema Complemento

Juliana Echevarria



Assíncrona

Atividade sobre a aula de Origem e evolução do Sistema Complemento

Evolução da imunidade Adaptativa

Juliana Echevarria



Assíncrona

Atividade sobre a Evolução da imunidade Adaptativa

Evolução da imunidade Adaptativa

Juliana Echevarria



Assíncrona

Co-evolução dos mecanismos de patogenicidade e proteção

Avaliação

Juliana Echevarria



INTROUÇÃO À BIOINFORMÁTICA E A FILOGENIA MOLECULAR

PROFESSOR



Google Meet

Aula 1: Introdução e histórico da bioinformática.

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 2: Bases de dados primárias e secundárias

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 3: Alinhamento global e local

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 4: Introdução ao Linux - aula 1

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 5: Introdução ao Linux - aula 2

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 6: Alinhamento de sequencias e Linux- Prática

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 7: Montagem de genoma

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 8: Transcritômica por RNA-seq

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 9: Interpretação de expressão diferencial, ontologia gênica e KEGG Aula 10: 2ª Avaliação (apresentação de trabalho prático)

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 10: Introdução a taxonomia e filogenia molecular – MEGA

Andrew Macrae



Google Meet

Aula 11: Introdução a taxonomia e filogenia molecular – MEGA

Andrew Macrae



Google Meet Aula 12: Apresentações e discussão final

Andrew Macrae


FUNDAMENTOS DE VIROLOGIA VEGETAL (IMW021)

TURMA PROFESSOR

Dinâmica: Aulas serão gravadas e envio de questões e artigos para discussão on line serão disponibilizadas pela plataforma Google Classroom. As discussões e Eds serão realizadas via plataforma Google Meet


08h às 12h

aula gravada

Introdução à virologia vegetal. Características dos vírus vegetais, morfologia, composição e estrutura. Doenças

causadas por vírus vegetais Maite Vaslin F Silva

10-12 h ED com alunos on line google meet


08h às 12h

aula gravada

Como se dá a infecção. Translocação e distribuição dos vírus vegetais pela planta. Espalhamento sistêmico e célula a célula.

Maite Vaslin F Silva



08h às 12h

aula gravada

Síntese viral. Replicação, mecanismos de expressão de genomas RNA e DNA.




08h às 12h

aula gravada

Interação vírus:célula. Sítios de replicação, localização subcelular de ptns virais. Transmissão de vírus vegetais.




08h às 12h

aula gravada

Resposta do hospedeiro às infecções virais. Proteínas de defesa. RNAi. Proteínas supressoras de RNAi.

Maite Vaslin F Silva/Prof.

Régis L.orrêa



08h às 12h

Epidemiologia de vírus vegetais e viroides. Detecção e identificação de vírus vegetais Perdas agronômicas associadas a

viroses no Brasil

Maite Vaslin de F Silva Roberto Tarazi



08h às 12h

On line Google

Docs Prova I on line google docs Maite Vaslin F Silva


10h às 12h

On line Google

Docs Profa Final on line google docs Maite Vaslin F Silva

DATA TIPO DE AULA

MICROBIOLOGIA DA POLUIÇÃO AMBIENTAL

AVALIAÇÃO DATA DE ENTREGA

PROFESSOR


Síncrona

Assíncrona Noções de ética ambiental

google forms 01/09/2020

Carolina Keim


Assíncrona O que é Poluição; Excesso de nutrientes Trabalho Escrito

08/09/2020 Carolina Keim


Assíncrona Poluentes inorgânicos (metais, gases inorgânicos, radionuclídeos) Trabalho Escrito



Assíncrona

Poluentes orgânicos

Trabalho Escrito 22/09/2020

Carolina Keim


Assíncrona

Biodegradação de xenobióticos


Carolina Keim


Assíncrona Biorremediação Trabalho Escrito


Terça-feira 06/10/2020

Assíncrona Distribuição de poluentes no ambiente Trabalho Escrito



Assíncrona Efeitos de poluentes em organismos vivos e ecosistemas


Carolina Keim


Assíncrona Tratamento de efluentes e resíduos sólidos


Carolina Keim


Assíncrona Tratamento de água; Qualidade de água

Mudanças ambientais e doenças infecciosas; Microorganismos em

Google Forms 03/11/2020

Carolina Keim


Assíncrona aerosóis Trabalho Escrito



Assíncrona Microrganismos e o aquecimento global Trabalho Escrito

17/11/2020

Carolina Keim


VACINAS ( IMW009)

PROFESSOR


13h às 17h

Teórica Gravada e

distribuição de

seminários online

Introdução. O que se espera de uma vacina eficaz?

Antígenos. Desenvolvimento de vacinas de primeira, Segunda e Terceira geração. Testes de FASE I,II,III,IV

CB Palatnik de Sousa


13h às 17h Gravada e

online

Ensaios clínicos e de campo com fins de registro. Cálculo de amostra




online

Adjuvantes e o seu mecanismo de ação




online

Vacinas sem agulhas. Imunização por via Mucosa




online

Vacinas contra Influenza e COVID-19

CB Palatnik de Sousa José Nelson Couceiro



online

Escalonamento industrial de vacinas

Dirlei Nico



online

Desenvolvimento de vacinas sintéticas.

Dirlei Nico



online

Programa Nacional de imunizações

Dirlei Nico



online Prova final

CB Palatnik de Sousa Dirlei Nico


INTRODUÇÃO À MICROSCOPIA (IMW001)

PROFESSOR


09h às12h

Assíncrona Google

Classroom

Introdução à Microscopia de Luz

Fernanda Abreu


09h às12h

Assíncrona Google

Classroom

Microscopia eletrônica de transmissão:

Fernanda Abreu


09h às12h

Assíncrona Google

Classroom

Microscopia eletrônica de varredura

Fernanda Abreu


09h às12h

Assíncrona Google

Classroom

Métodos especiais em microscopia

Fernanda Abreu


09h às12h

Assíncrona Google

Classroom

Avaliação

Fernanda Abreu


MICROBIOTA HUMANA NA SAÚDE E NA DOENÇA ( IMW014)

PROFESSOR

Bem-vindxs alunas e alunos! As aulas gravadas serão disponibilizadas na plataforma google classroom

Em algumas datas (quarta-feira, às 13hs), nos encontraremos no google meet para atividades síncronas, incluindo a discussão dos artigos e respostas às perguntas postadas no google classroom. A participação nos encontros síncronos é altamente recomendada! Fiquem atentos para as datas.

A nota final será uma combinação entre a apresentação de um seminário e os exercícios propostos e corrigidos nas aulas síncronas.

PARTE I


09h às12h Síncrona

MODULO 1: Introdução ao Curso

Prof.Leandro Lobo e Profa Rosana Ferreira


09h às12h

Assíncrona

MODULO 2: Técnicas para o estudo da microbiota

Profa Karla Rodrigues


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 3: Modelos animais para o estudo da microbiota humana Profa Rosana Ferreira


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 4: Microbiota da cavidade oral Profa Talita Baeta


09h às12h

Assíncrona

MODULO 5: Microbiota da pele e trato respiratório

Profa Rosana Ferreira


09h às12h Síncrona Todos os professores da

Parte I

PARTE II


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 6: Microbiota do trato gastrointestinal Prof.Leandro Lobo


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 7: Microbiota do trato genito-urinário Prof. Felipe Teixeira


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 8: Micobioma e Viroma humano Prof. Leandro Lobo



PARTE II

PARTE III


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 9: O efeito de quimioterápicos e outras susbtâncias na microbiota Prof. Eliane Ferreira


09h às12h

Assíncrona

MÓDULO 10: Probióticos, prebióticos e simbióticos Prof. Leandro Lobo


Assíncrona MÓDULO 11: Bioprospecção da Microbiota humana Prof. Heidi Pauer



PARTE III

PARTE IV


09h às12h Síncrona MÓDULO 12: Apresentação de seminários Prof. Leandro Lobo e

Rosana Ferreira

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