AVISO DE ABERTURA DE CONCURSO

7 Bolsas de Doutoramento (M/F)

Programa Doutoral em Ressonância Magnética Nuclear Aplicada à Química, Materiais e Biociências – PTNMRPhD (PD/00065/2013)

1. IDENTIFICAÇÃO DAS BOLSAS A CONCURSO

No âmbito do Programa Doutoral em RMN aplicado à Química, Materiais e Biociências (PTNMRPhD ref. PD/00065/2013), programa doutoral internacional entre a Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (FCT-UNL), o Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier (ITQB-UNL), o Instituto Superior Técnico da Universidade de Lisboa (IST-UL), a Universidade de Aveiro (UA), a Universidade de Coimbra (UC), a Universidade do Porto (UP) e a Universidade da Beira Interior (UBI), instituições que conferem grau e ainda a Universidade do Minho (UM), a Universidade da Madeira (UMa), a Universitat Autónoma de Barcelona (UAB) em Espanha, o Magnetic Resonance Center em Itália (CERM) e o Bijvoet Center for Biomolecular Research da Universidade de Utrecht na Holanda (Bijvoet Center) como instituições participantes, a FCT-UNL, na qualidade de instituição coordenadora, abre concurso para a atribuição de 7 Bolsa(s) de Doutoramento, financiadas por verbas do Orçamento de Estado do Ministério da Educação e Ciência e quando elegíveis, por verbas do Fundo Social Europeu através dos programas Operacionais do período de programação 2014-2020, do Portugal 2020, nomeadamente o Programa Operacional Temático do Capital Humano, o Programa Operacional Regional do Norte, de acordo com as disposições do Regulamento Específico aplicável.

2. ÁREA CIENTÍFICA

Ciências Exatas e Engenharia

3. CANDIDATOS

Nos termos conjugados do art.º 5º e nº 1 do artº 14º, ambos do Regulamento de Bolsas de Investigação da FCT (RBI) podem candidatar-se cidadãos nacionais, de outros estados membros da União Europeia e de estados terceiros, que sejam detentores do grau académico necessário ao ingresso em ciclo de estudos conducente à obtenção do grau académico de doutor na área mencionada no plano de trabalhos. O candidato deve ter o grau académico de Mestre ou Licenciatura com um total de unidades de créditos académicos igual ou superior a 240 (licenciatura pré-bolonha), na área da química, ciências biológicas, ciências da vida, ciências dos materiais, física, ou áreas afins ou de interface com a química ou a física), com média (ponderada) igual ou superior a 14 valores (no sistema de ensino Português ou equivalente, no caso de candidatos estrangeiros).

Não são elegíveis os cidadãos que já tenham beneficiado, para o mesmo fim, de bolsas de idêntico tipo das colocadas agora a concurso, caso estas tenham sido diretamente financiadas pela FCT.

Para as bolsas de tipologia mista o candidato terá que ter residência permanente e habitual em Portugal (qualquer que seja a sua nacionalidade).

Outros requisitos:

- Motivação para trabalhar na área de Ressonância Magnética Nuclear com aplicação às Ciências Biológicas, Química, Física, ou Materiais;- Bons conhecimentos de Língua Inglesa tanto orais como escritos;- Motivação para investigação e boa capacidade de trabalho;- Capacidade de trabalho em equipa.

4. PRAZO E FORMA DE APRESENTAÇÃO DAS CANDIDATURAS

4.1. O Concurso encontra-se aberto entre o dia 15 de fevereiro de 2017 e o dia 28 de Fevereiro de 2017.

4.2. As candidaturas são submetidas exclusivamente no portal do Programa Doutoral (https://sites.fct.unl.pt/ptnmrphd/), acompanhada dos documentos que a instruem, dentro do prazo limite para a respectiva apresentação.

4.3. A candidatura é obrigatoriamente instruída, sob pena de exclusão, com os

seguintes documentos:

a) Curriculum Vitae detalhado do/a candidato/a, datado e assinado, com indicação do seu endereço de correio eletrónico declarando o seu consentimento para a notificação por este meio;

b) Carta de motivação (máximo 2 páginas A4) deverá incluir uma descrição dos seus interesses académicos e científicos, objectivos profissionais, e um sumário da sua experiência profissional, incluindo o trabalho laboratorial. Nesta mesma carta o candidato/a deverá apresentar as razões pelas quais escolheu este programa doutoral e indicar de forma clara qual o plano de trabalhos a que se candidata, justificando a/s sua/s escolha/s. O candidato poderá candidatar-se a mais do que um plano de estudos, devendo nesse caso indicar de forma clara a sua ordem de preferência;

c) Cópia do documento de identificação pessoal (cartão de cidadão ou passaporte);

d) Documentos comprovativos de que o/a candidato/a reúne as condições exigíveis para atribuição da bolsa, nomeadamente cópia dos certificados de habilitações de todos os grau académicos obtidos, com nota final;

e) Para os graus académicos conferidos por instituição de ensino superior estrangeira é obrigatória a apresentação do registo do reconhecimento do grau académico e da conversão de classificação final para a escala portuguesa (processo regulado pelo Decreto-Lei n.o 341/2007, de 12 de outubro), ou em alternativa, a obtenção de equivalência/ reconhecimento dos graus académicos (processo regulado pelo Decreto-Lei n.o 283/83, de 21 de junho)1;

f) Documento comprovativo de residência permanente e habitual em Portugal, se aplicável;

g) Declaração atualizada comprovativa da situação profissional do/a candidato/a, com indicação da natureza do vínculo, funções e carga horária letiva em média semanal, se aplicável, podendo substituí-la por declaração sob compromisso de honra, caso não exerça qualquer atividade profissional ou de prestação de serviços;

h) Indicação do nome e contacto de duas pessoas a quem será solicitado o

envio de uma carta de referência fechada;

i) indicação explícita de dois planos de trabalho da lista apresentada no ponto 5, com ordem de preferência.

5. PLANO DE TRABALHOS

Planos de trabalhos a concurso:

Plano de trabalhos 1Título: Metal based anticancer drug interactions with cellular components  Área do Grau de doutor: QuímicaBolsa: NacionalSumário: This project will study how conventional and potential new metal-based anticancer drugs interact with DNA and glutathione, to assess drug mechanisms and capture processes (and subsequent bioavailability reduction) respectively. It will run together with an ongoing metabolomics project on the testing of Pt/Pd drugs on osteosarcoma cells. Conventional 1D/2D NMR and saturation-transfer experiments (polynucleotides) will be used (based on 1H, 13C, 15N and 195Pt nuclei), along with other biophysical techniques.

Plano de trabalhos 2 Título: Exploring protein-protein and protein-RNA interactions to discover new drug candidates against Influenza virusÁrea do Grau de doutor: QuímicaBolsa: MistaSumário: Influenza epidemics and pandemics are constant threats to human health and recent emergence of influenza A H5N1 and H1N1 strains has heightened the concern. Rapid emergence of drug-resistant viral mutations has limited the use of neuraminidase (NA) inhibitors and rendered the matrix protein 2 (M2) blockers ineffective. Therefore, there is urgent need of novel anti-influenza drugs. In this project we will use approaches combining high resolution solution NMR and computational methodologies to characterize protein-protein and protein-RNA interactions and to prioritize new compounds with therapeutic potential. 

Plano de trabalhos 3Título: High resolution NMR studies of Atypia of Undetermined Significance (AUS)

or Follicular Lesion of Undetermined Significance (FLUS) in human thyroid cytological samplesÁrea do Grau de doutor: QuímicaBolsa: NacionalSumário: High-resolution magic angle spinning (HR-MAS) NMR spectroscopy is the only non-invasive technique capable of measuring metabolite arrays within intact tissues. Different metabolite profiles of malignant tissues to either healthy tissues or benign growths is currently being explored as a diagnostic tool for thyroid cancer. In collaboration with physicians from the University of Porto, the aim of this study is to perform HR-MAS of cytological samples, obtained by fine-needle aspiration (FNA) from thyroid nodules with the cytological diagnosis of Atypia of Undetermined Significance (AUS) or Follicular Lesion of Undetermined Significance (FLUS) and its correlation with histopathology and spectral analysis of corresponding surgical tissues, to evaluate the ability of HR-MAS to discriminate benign from malign nodules. 

Plano de trabalhos 4Título: Understanding the structure of surface species in heterogeneous catalysts using solid-state NMRÁrea do Grau de doutor: QuímicaBolsa: NacionalSumário: Solid-state NMR is a powerful technique to probe the local structure of surface species in crystalline/amorphous materials. This project aims at applying advanced NMR and computational techniques to characterize such species in catalysts anchored to the surface of either inorganic or inorganic-organic hybrid materials. Sensitivity enhancement methods (isotope labeling and DNP-NMR) will be employed to unveil unprecedented details of surface interactions and reaction mechanisms.

Plano de trabalhos 5Título: How does an emerging human pathogen wage the battle for iron with its host?Área do Grau de doutor: Ciências BiomolecularesBolsa: MistaSumário: Iron is an essential element for life and elaborate metabolic strategies evolved to circumvent its low bioavailability near neutral pH. However, many aspects of its uptake, storage and mobilization remain unexplored both in eukaryotic and prokaryotic cells. (Paramagnetic) NMR spectroscopy is uniquely suited to explore the biomolecular interactions that sustain the iron trafficking pathways as well as to follow the redox and spin state transitions that underpin its

correct biological handling.

Plano de trabalhos 6Título: NMR investigation of soluble Guanilate CyclaseÁrea do Grau de doutor: Ciências BiomolecularesBolsa: NacionalSumário: We want to understand the allosteric regulation of the human, soluble Guanylate Cyclase (sGC) which is the target of several drugs that treat heart failure. We will study each individual domain and how they interact with each other to understand how NO and various available drugs activate the production of cGMP. Structural NMR, relaxation, protein-protein and protein-ligand interactions will be studied by many different NMR and other biophysical techniques.

Plano de trabalhos 7Título: Iron-sulfur Proteins Involved in Cell Division of Anaerobic BacteriaÁrea do Grau de doutor: QuímicaBolsa: MistaSumário:  The ORP complex, composed by three proteins containing iron-sulfur clusters, was identified as playing a role in the cell division of anaerobic bacteria. This protein complex is conserved among strict anaerobic organisms, including pathogenic bacteria, but specially in sulfate reducing bacteria.The Orange Protein (ORP) was firstly identified in cell extracts by its orange color, and recently shown to be part of a larger protein complex with other proteins containing iron-sulfur clusters and harboring domains with ATPase activity. The proteins composing the ORP complex will be characterized individually using biochemical techniques and structurally by NMR. In addition, the interaction between these protein will be assessed using biophysical techniques, such as ITC, and the hypothesis for their involvement in a new pathway of iron-sulfur biosynthesis will be explored using this techniques to determined how the iron-sulfur cluster is transferred.

Plano de trabalhos 8Título: Ultra-high resolution structure determination of cobalt-substituted human carbonic anhydrase 2- inhibitor complexesÁrea do Grau de doutor: QuímicaBolsa: MistaSumário: We will measure the EPR and paramagnetic NMR of Co(II)-substituted human carbonic anhydrase 2 (HCA2) bound to different inhibitors to relate the changes in the experimentally-observed spectra to large ligand induced electronic

changes in the Co(II) coordination sphere. Conversely the ligand positioning will be reconstructed by interpreting the experiments with high-level theoretical calculations. This will be applied to drug design and to refine X-ray and neutron diffraction structures of HCA2. 

6. INSTITUIÇÕES DE ACOLHIMENTO E ORIENTADORES CIENTÍFICOS

Plano de trabalhos 1 - Metal based anticancer drug interactions with cellular components

Instituição de Acolhimento: Universidade de AveiroMorada: Departamento de Química, CICECO, Universidade de Aveiro, Campus Universitário de Santiago, 3810-193 Aveiro, PortugalOrientador Científico: Ana Gil, CICECO, Universidade de AveiroCo-orientador: Helena Santos, Instituto de Tecnologia Química e Biológica, UNL

Plano de trabalhos 2 - Exploring protein-protein and protein-RNA interactions to discover new drug candidates against Influenza virus

Instituição de Acolhimento: Universidade de CoimbraMorada: Departamento de Química, Universidade de Coimbra, Rua Larga, 3004-535 Coimbra, PortugalOrientador Científico: Rui M. M. Brito, Universiade de CoimbraCo-orientador: Alexandre Bonvin, Bijvoet Center, Univ Utrecht, and Irina Moreira, CNC, Coimbra

Plano de trabalhos 3 - High resolution NMR studies of Atypia of Undetermined Significance (AUS) or Follicular Lesion of Undetermined Significance (FLUS) in human thyroid cytological samplesInstituição de Acolhimento: Universidade de CoimbraMorada: Departamento de Química, Universidade de Coimbra, Rua Larga, 3004-535 Coimbra, PortugalOrientador Científico: John G. Jones, Universidade de CoimbraCo-orientador: Brian Goodfellow, Universidade de Aveiro

Plano de trabalhos 4 – Understanding the structure of surface species in heterogeneous catalysts and hybrid sorbents using solid-state NMRInstituição de Acolhimento: Instituto Superior Técnico, Universidade de

LisboaMorada: Centro de Química Estrutural, IST, Av. Rovisco Pais, 1, 1049-001 Lisboa, PortugalOrientador Científico: Maria João Gomes Ferreira – Centro de Química Estrutural, Instituto Superior TécnicoCo-orientador:  Mariana Sardo – CICECO, Universidade de Aveiro, Ana Margarida Martins - CQE/IST

Plano de trabalhos 5 – How does an emerging human pathogen wage the battle for iron with its host?Instituição de Acolhimento: Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, UNLMorada: ITQB - Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Av. da República (EAN). Apartado 127. 2781-901 Oeiras, PORTUGALOrientador Científico: Ricardo Louro, Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, UNLCo-orientador:  Mario Piccioli, CERM, University of Florence

Plano de trabalhos 6 – NMR investigation of soluble Guanilate CyclaseInstituição de Acolhimento: Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, UNLMorada: ITQB - Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Av. da República (EAN). Apartado 127. 2781-901 Oeiras, PORTUGALOrientador Científico: Manolis Matzapetakis, Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, UNLCo-orientador:  Brian Goodfellow, Universidade de Aveiro

Plano de trabalhos 7 – Iron-sulfur Proteins Involved in Cell Division of Anaerobic BacteriaInstituição de Acolhimento: Faculdade de Ciências e Tecnologia, UNLMorada: Quinta da Torre, Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa, 2829-516 Caparica, PortugalOrientador Científico: Sofia Pauleta, FCT-Universidade Nova de LisboaCo-orientador:  Lucia Banci, CERM, University of Florence

Plano de trabalhos 8 – Ultra-high resolution structure determination of

cobalt-substituted human carbonic anhydrase 2- inhibitor complexesInstituição de Acolhimento: Faculdade de Ciências e Tecnologia, UNLMorada: Quinta da Torre, Departamento de Química, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa, 2829-516 Caparica, PortugalOrientador Científico: Maria dos Anjos Macedo, FCT-Universidade Nova de LisboaCo-orientador: Claudio Luchinat, CERM, University of Florence and Carlos F. Geraldes, Universidade de Coimbra

7. MÉTODOS DE SELEÇÃO E VALORAÇÃO

O processo de seleção e ordenação dos candidatos é coordenado pela Direcção Científica do Programa Doutoral.

Os candidatos serão avaliados com base na carreira científica de cada candidato e na sua perspectiva científica futura. Será feita uma cuidadosa análise da candidatura escrita, em que se irá analisar o curriculum vitae de cada candidato, incluindo os seus antecedentes académicos (grau académico e avaliação), experiência científica, carta de motivação, cartas de referência, e finalmente, entrevista pessoal.

7.1. São utilizados de forma faseada dois métodos de seleção, com as respetivas ponderações: na 1ª fase a Candidatura escrita (CE), 70%, e na 2ª fase a Entrevista (E), 30%.

7.2. Na candidatura escrita (CE) são apreciados os seguintes elementos dos/as candidatos/as: Curriculum Vitae (80%), uma carta de motivação (10%) e duas cartas de referência (10%).A avaliação do Curriculum Vitae considera as classificações do grau académico (deverá ser usada a escala Europeia para comparação), internacionalização/mobilidade, cursos de especialização, experiência laboratorial e publicações científicas (se alguma).

7.3. Todos os candidatos/as serão informados da sua classificação na 1ª fase (CE) de avaliação.

7.4. Apenas os/as candidatos/as ordenados/as nos 14 primeiros lugares da 1ª fase (CE) serão convocados/as para a 2ª fase (E). A convocatória será feita por meio de correio eletrónico, com recibo de entrega de notificação, a enviar com a

antecedência mínima de 5 dias úteis, à data da realização da para a aplicação do método a realizar na 2ª fase (E).

7.5. Na entrevista (E), serão avaliados, de forma objetiva e sistemática, os seguintes pontos: capacidade do candidato/a para formular e discutir questões científicas, pensamento crítico, interesses científicos conjuntamente com os objectivos profissionais após o Doutoramento, expectativas para frequentar o Programa Doutoral PTNMRPhD e adequação do Curriculum Vitae e experiência do/a candidato/a aos planos de trabalhos selecionados. Caso se considere necessário será considerada a avaliação (E) através de videoconferência. As entrevistas serão realizadas na língua inglesa.

7.6. A comunicação dos resultados será feita pela Comissão Diretiva após a ordenação final dos/as candidatos/as que completem os métodos de seleção efetuada, tendo em conta a classificação final = 70% (CE) + 30% (E)

7.7. De forma a evitar conflitos de interesse serão seguidas as regras e diretivas da "European Peer Review Guide" (ESF, 2011). Caso seja necessário, o processo de seleção terá a participação de membros externos à Comissão Diretiva.

7.8. Os/as candidatos/as têm acesso às atas do júri, onde constam os parâmetros de avaliação e respetiva ponderação de cada um dos métodos de seleção a utilizar, a grelha classificativa e o sistema de valoração final do método, desde que as solicitem.

8. JÚRI DE SELEÇÃO

O Júri é constituído pelos seguintes elementos da Comissão Diretiva do Programa Doutoral: Prof. Eurico Cabrita (Presidente do júri), Prof. Ana Gil (Univ. Aveiro), Prof. Rui Brito (Univ. de Coimbra), Prof. Anjos Macedo (FCT-UNL), Prof. José do Rosário Ascenso (IST-UL) e Dr. Pedro Lamosa (ITQB-UNL).

9. PUBLICITAÇÃO E NOTIFICAÇÕES DE RESULTADOS

9.1. A lista de admissão e exclusão ao concurso, os resultados obtidos em cada uma das fases e a lista de ordenação final dos candidatos que completem o procedimento são publicitadas na página eletrónica do Programa Doutoral PTNMR (alojado na Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa) em https://sites.fct.unl.pt/ptnmrphd/.

9.2. Os/as candidatos/as admitidos/as à 2ª fase de seleção (E) para o primeiro

método de seleção são convocados/as para a realização do método seguinte da entrevista, por correio eletrónico remetido para o endereço eletrónico comunicado no respetivo Curriculum Vitae.

9.3. Os/as candidatos/as excluídos/as são notificados/as, por correio eletrónico remetido para o endereço eletrónico comunicado no Curriculum Vitae, para a realização da audiência dos interessados nos termos do Código do Procedimento Administrativo.

9.4. A lista de ordenação final é notificada a todos os/as candidatos/as.

10. DURAÇÃO DA BOLSA, VALOR DO SUBSÍDIO DE MANUTENÇÃO MENSAL

Nos termos do artº 9º do RBI a bolsa tem a duração de um ano, eventualmente renovável até ao período máximo de 4 anos, sendo previsível que o seu início venha a ocorrer em Abril de 2017.O subsídio de manutenção mensal (SMM) a conceder é o estabelecido na Tabela Anexa ao RBI tendo em conta a tipologia de bolsa. O pagamento do SMM bem como o pagamento dos encargos resultantes da eventual adesão do/a bolseiro/a ao regime de seguro social voluntário (1º escalão), será efetuado, mensalmente, através de transferência bancária para a conta identificada pelo/a bolseiro/a no âmbito do processo de contratualização da bolsa.

Os/As candidatos/as a selecionar exercerão as funções de bolseiro/a em regime de dedicação exclusiva nos termos previstos no Estatuto do Bolseiro de Investigação.

11. POLÍTICA DE NÃO DISCRIMINAÇÃO E DE IGUALDADE DE ACESSO

O Programa Doutoral PTNMR, promove uma política de não discriminação e de igualdade de acesso, pelo que nenhum candidato/a pode ser privilegiado/a, beneficiado/a, prejudicado/a ou privado/a de qualquer direito ou isento/a de qualquer dever em razão, nomeadamente, de ascendência, idade, sexo, orientação sexual, estado civil, situação familiar, situação económica, instrução, origem ou condição social, património genético, capacidade de trabalho reduzida, deficiência, doença crónica, nacionalidade, origem étnica ou raça, território de origem, língua, religião, convicções políticas ou ideológicas e filiação sindical.

12. LEGISLAÇÃO E REGULAMENTAÇÃO APLICÁVEL

Lei no 40/2004, de 18 de agosto, na sua redação atual, que aprova o Estatuto do

Bolseiro de Investigação, disponível em:http://www.fct.pt/apoios/bolsas/estatutobolseiro.phtml.ptRegulamento de Bolsas de Investigação da FCT, I.P, Regulamento no 234/2012, alterado por último pelo Regulamento no 339/2015, publicado na II Série do Diário da República de 17 de junho de 2015, e disponível em: http://www.fct.pt/apoios/bolsas/regulamento.phtml.pt