Quem sou eu* Bacharel em Ciência da Computação
Universidade Federal do Ceará (2003-2006)
* Mestre em Ciência da Computação
Universidade de São Paulo (2007-2009)
* Doutorando em Bioinformática
Universidade de São Paulo (2011- ????)
Trabalhos atuais:
* Hospital AC Camargo – Centro Internacional de Pesquisa e Ensino – Laboratório de Bioinformática e Bioestatística
* FMU – Professor do curso de Ciência da Computação
Quem sou eu
Record: 4m27s
Sumário
- Um pouco de Biologia
- Genômica
- Bioinformática
- Alinhamento de sequências
(programação dinâmica)
- Aplicações
- Estudo
- Trabalho
Um pouco de Biologia (I)
Gregor Mendel("Ensaios com plantas
híbridas", 1865)
Um pouco de Biologia (II)
Watson e Crick e a estrutura do DNA
(1953)
Imagem: http://pathology.jhu.edu/pc/BasicCauses.php
Um pouco de Biologia (III)
Dogma Central daBiologia Molecular
O genoma é toda a informação hereditária de um organismo que
está codificada em seu DNA
Etapas de estudo:
(1) Sequenciamento
(2) Montagem
(3) Anotação
Sequenciamento
Montagem
Anotação
ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
Sequenciamento
ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
Montagem
ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
Anotação
Sequenciamento de DNA
Sequenciamento de DNA
Uma definição de Bioinformática
“o conjunto das técnicas advindas da matemática, estatística e
computação aplicadas a problemas da biologia molecular”
João Setúbal, em Genômica, 2004
Alinhamento de sequências
Um exemplo usando programação dinâmica (7º semestre)
Alinhar as sequências
G A A T T C A G T T A
G G A T C G A
Resultado
G _ A A T T C A G T T A
| | | | | |
G G _ A _ T C _ G _ _ A
Score = 6
Outros estudos
- Single-nucleotide polymorphism (SNP, do inglês polimorfismo em único nucleotídeo)
Outros estudos (II)
- Copy-number variation
(CNV, do inglês variação
no número de cópias)
Dogma Central daBiologia Molecular
Expressão gênica(mRNA)
Medida de expressão Medida de expressão gênica (ex: microarrays)gênica (ex: microarrays)
Figuras: http://www.chrisdellavedova.com http://www.har.mrc.ac.uk/services/MPC/microarray/
NúmerosNúmeros
gene Am1 Am2 Am3 Am4 Am5 …A 2.5 1.5 5 6.3 3.4 …B 3.2 5.6 4.4 4 7 …C 4.5 10.3 1.2 5.5 5 …D 1.5 3.2 4.5 3.4 4.5 …E 3.5 6.7 2.6 2.5 2.5 …… … … … … … …
Matriz de transição
Padrões de expressãoPadrões de expressão
Clustering analysis(análise de agrupamento)
Funções biológicasFunções biológicas
Redes biológicasRedes biológicas
Redes biológicasRedes biológicas
É bom saber
- Matemática
- Estatística
- Computação
- Biologia
(um pouco de cada)
Linguagens mais usadas
Pós-graduações
- Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática-USP
http://www.ime.usp.br/posbioinfo/
- Programa de Pós-Graduação em Bioinformática-UFPR
http://www.bioinfo.ufpr.br
- Programa de Pós-Graduação em Bioinformática-UFMG
http://www.pgbioinfo.icb.ufmg.br/
Onde trabalhar
- Hospitais
- Universidades
- Instituições de pesquisa (agropecuária, biomédica, etc.)
- Farmacêuticas
- Prestadoras de serviços
Perguntas?Perguntas?