Next – Generation Sequencing Era
Illumina Genome Analyzer
Daniel Onofre Vidal, PhDLaboratório de Genética Molecular e Bioinformática
Curso de Verão - 2010
Lâmina – 8 canais
1 a 12 amostra por canal = 96 amostras
~375 Mb por canal
3 a 3,5 GB (3 bilhões de bases)
48 horas
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer Workflow
Preparação das bibliotecas
Formação dos clusters
sequenciamento
Preparação das bibliotecas (6 horas)
Illumina Genome Analyzer
AA
Preparação das bibliotecas
Illumina Genome Analyzer
AA
T
T
AAT
T
Preparação das bibliotecas
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters (5 horas)
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters
Illumina Genome Analyzer
Preparação dos clusters
Illumina Genome Analyzer
A
C
T
G
G
C
T
Sequenciamento (2-3 dias)
- 4 nucleotídeos marcados ao mesmo tempo- acurácia- sem problemas com homopolimeros
Illumina Genome Analyzer
Incorporaçãodetecçãodesbloqueio
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
A
TC
G
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
AT
C
G
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
A
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
AT
C
G
A
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
A
T
C
G
A
Sequenciamento
Illumina Genome Analyzer
A
T
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Variante não conhecida
SNP
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Aplicações
Sequenciamento
- DNA (de novo, re-sequenciamento)
- transcriptoma (mRNA seq, tag, small RNA)
Genotipagem ou descoberta
- SNPs
- Copy number variation (CNVs)
- variações estruturais
Illumina Genome Analyzer
Aplicações
Regulação Gênica
- small RNAs (miRNAs)
Análise Epigenética
- sequencing-based methylation
- DNA-Protein interaction (CHIP-Seq)
Illumina Genome Analyzer
Aplicações
Regulação Gênica
- small RNAs (miRNAs)
Análise Epigenética
- sequencing-based methylation
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer
Next-Generation Sequencing
Para onde estamos caminhando?
sequenciamento genomas individuais
- 1 a 2 vezes na magnetude do custo
Obrigado!!!!