Infraestrutura de SoftwareInfraestrutura de Software

Prof. Dr. Ney Lemke

lemke@ibb.unesp.br

IBB-Unesp

Agenda

Introdução Pesquisa GridUnesp Demandas Computacionais Infra-estrutura de Software do

GridUnesp Discussão

Grid Computing

Perguntas Ney Lemke André Malvezzi Adriano Cansian

Gastão Krein João Figueiredo Makoto Myoshida

1. Which is your research area? Bioinformatics Condensed Matter

Computer Security

Physics Computational Fluid Dynamics

Protein Folding

2.1. Operating System: Linux, MacOS Linux,Windows Linux Linux Windows and Linux

Linux

2. Computing Language: C++,Java,Python Fortran Java, C, SQL and PHP

Fortran 77/90, C/C++

Fortran 90/95 ,C/C++, Python

Fortran, C/C++

2.3. Open Source or Proprietary Codes : Both Own Code Open Source Open Source Own Code Open source

2.4. Necessary libraries: None IMSL libft, JDK and JRE

MPI IMSL, MPI

2.5. Typical use of RAM memory: 2 Gb 1 Gb 1 Gb A lot 15GB - 500TB 1 Mb

2.6. Typical use of disk space: 100 Gb 50 Gb 30 Gb 1 Tb 25 Tb 1 Gb

2.7. CPU bounded?: Yes Yes No Yes Yes

2.8. I/O bounded?: No No No Yes No

2.9. Execution time of the jobs: 4h-24 h days Daemon Months Days Days

2.10. Bag-of-tasks application?: Yes Yes No Yes

3. About your research problem and the grid:

3.1. Are you looking forward to have your jobs running on GridUNESP:

Yes Yes Yes Yes Yes Not yet

3.2. Do you use a grid application to process your jobs

Condor No No No No No

3.3. Do you know if your application is already adapted to run on a grid infrastructure?

Yes No No Yes No No

3.4. Do you know any alternative to the software you are using that is already adapted to run on grids?

Yes No No Yes Yes No

Questionário

Questionário

Perguntas Ney LemkeAndr_

MalvezziAdriano Cansian

Gast_o Krein

Jo_o Figueiredo Myoshida

3.5. Do you know any expert that is working on this adaptation? Yes No No Yes No Yes

3.6. Are you ready to cooperate with an international effort to make your application ready to run on OSG? Yes Yes Yes Yes Yes Yes3.7. Do you have any students or postdocs that could work on this? Yes No Yes Yes No No3.8 What do you need to cooperate on this (travel, bring expert, etc.) Travel Talk Expert Travel Bring Expert

Computer Time

Infraestrutura de Software Instalação baseada no CentOS 5.4 Pacotes adicionais:

Development Tools group C++, C, Java Intel C, C++ Intel MPI Fortran Intel e g77 Fortran90

Gromacs

Infraestrutura de Software

Bibliotecas Matemáticas– GMP– MKL– BLAS– LAPACK– MSL

Depuradores– GDB– Depuradores Paralelos

Software não Livre

Crystal Gaussian Amber Mathematica Mathlab CFD GID ANSYS

Análise da Demanda

Novo cadastro de Grupos de Pesquisa e de Projetos.

Demanda �por recursos de Clusters

Documentacao para o usuário

Infra-estrtura de software

Uma boa parte das nossas demandas podem ser satisfeitas com a instalação do CentOS + OSG.

Parte das aplicações foram implementadas pelos usuários e poderão ser facilmente portadas para o grid com algum esforço de gridificação.

Ambiente de Desenvolvimento

• Parte do desenvolvimento poderá ser feito • nos clusters.• Parte do desenvolvimento deverá ser feito

na máquina do usuário.• Apesar de existirem soluções de interesse

genérico, parte dos problemas deverá ser resolvido caso a caso.

Política Aquisição Software

• Como encaminhar o proceso de aquisição de software?

• Projeto comum para Fapesp?• Solicitação à Reitoria

Desafios

Permitir que os usuários se concentrem em suas áreas de pesquisa e consigam abstrair a infra-estrutura computacional.

Diminuir a declividade da curva de aprendizagem

Disponibilidade: MFLOPY != 365*24*3600*MFLOPS