Rede speciesLink e a integração de dados de Coleções Biológicas: avaliação de resultados...

Rede speciesLink e a integração de dados de Coleções Rede speciesLink e a integração de dados de Coleções Biológicas: avaliação de resultadosBiológicas: avaliação de resultados

Reunião Técnica de Avaliação da Rede speciesLinkCNPTIA, Campinas, Setembro de 2005

Vanderlei Perez Canhos <vcanhos@cria.org.br>

Apresentação:Apresentação:

• Tendências e Desenvolvimentos

• Resultados Alcançados

• Futuro da Rede speciesLink

dadosdados

informaçãoinformação

conhecimentoconhecimento

açãoação

Desafio: ampliaçao do uso de dados científicos sobre biodiversidade

mundo real mundo real

observaçõesobservações

Tomada de decisão• conservação• recuperação ambiental• gerenciamento de recursos

naturais• uso sustentável

Políticas e Estratégias

• governamentais• corporativas• individuais

Construção do conhecimento sobre biodiversidadeConstrução do conhecimento sobre biodiversidade

– Requer um ambiente de cooperação global

– Depende de uma base comparativa de dados e de conhecimento

– Coletiva, multi e inter-disciplinar

Dados e Computação hojeDados e Computação hoje

• Novos instrumentos para observar a natureza– Satélites, micro eletrônica, computação de alta performance etc.

Habilidade de criar cenários virtuais– Ferramentas para modelagem, visualização, matemática

avançada

Geração e gestão de grande quantidade de dados de qualidade

Novas descobertas científicas e dadosNovas descobertas científicas e dados

• Tamanho ou quantidade– Terabytes

• Complexidade– Taxonomia, genética, ecologia, clima, sociologia, economia, ...

• Análise– Computador– Multi-disciplinar

Global Biodiversity Information Facity (GBIF)Global Biodiversity Information Facity (GBIF)

Provedores de informação

Specimen DataSpecimen DataLinks para outros dados

Specimen DataSpecimen DataListas de Nomes

Specimen DataSpecimen DataObservações

Specimen DataSpecimen DataEspécimes

Catálogo da Vida

Portal de Acesso a dados sobre Biodiversidade

Índice de Dados sobre

Biodiversidade

Serviço de

nomes taxonô-micos

Metadado

Metadado

Metadado

Metadado

Solicitação do usuário

Busca

Dados sobre biodiversidadeDados sobre biodiversidade

Family: Pyralidae

Order: Lepidoptera

Class: Insecta

Genus: Ostrinia Hübner, 1825

Vernacular (FR): Pyrale du maïs

Vernacular (ES): Piral del maíz

Vernacular (DE): Maiszünsler

Vernacular (EN): European Corn-borer

Collection: DGH LepidopteraRecord id: DGHEUR_003217Country: FranceCoordinates: 03.047˚E 48.730˚NDate: 28 June 2003Collector: Donald Hobern

Dados sobre espécimes e observações de coleta

Nomes Taxonômicos

Species: Ostrinia nubilalis (Hübner, 1796)

Synonym: Pyralis nubilalis Hübner, 1796

Foodplant: Zea mais L. 1753

Interações Ecológicas

Locus: AAL35331Definition: acyl-CoA Z/E11 desaturase

1 mvpyattadg hpekdecfed...

Dados de Seqüências

Average RainfallLocation: 48.82°N 2.29°E Jan Feb Mar Apr ...182.3 120.6 158.1 204.9 ...

Dados Abióticos

Diagnosis: Wingspan 26-30mm; sexually dimorphic;male: forewings ochreous to dark brown; female: forewings pale yellow; …

Descrições Taxonômicas

Pheromones of Ostriniahttp://www.nysaes.cornell.edu/fst/faculty/acree/pheronet/phlist/ostrinia.html

Literatura Digitale Recursos Web

Collections at Smithsonian, NMNH

Photos: Chip Clark

Coleções biológicas e o uso de padrões e protocolosColeções biológicas e o uso de padrões e protocolos

dados descritivos

nomenclatura taxonomia

modelagem

qualidade de dados

mapas

dadosprimários

educaçãopesquisa

tomada dedecisão

coleçãobiológica

speciesLink uma rede

de informação que

permite a integração

dinâmica, síntese e

visualização de dados

primários de coleções

biológicas

http://splink.cria.org.br

Rede speciesLinkRede speciesLink

– Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados

– Sistema Distribuído

– Modelo de dados: DarwinCore

– Protocolo de comunicação: DiGIR

• integração dinâmica de dados distribuídos

• software livre e de código aberto

• equipamentos de baixo custo

• integra sistemas diversos de gerenciamento de coleções (sistema operacional, software,...)

• integra de dados de diferentes grupos taxonômicos

• rede integrada com outros sistemas e redes de informação (SinBiota, SICol, Species Analyst, GBIF)

Servidor Regional

Servidor Regional

Servidor Regional

Servidor Regional

Z M

MZB

B

Z

Z

Z

Z

B

B

B

B

B

M

M

Herbário do InstitutoAgronômico deCampinas

Herbário da UNICAMP,Campinas

Coleção de AcariMuseu de Zoologia,ESALQ, Piracicaba

Herbário do DepartamentoDe Ciências Biológicas daESALQ, Piracicaba

Herbário da USP,São Paulo

Coleção de PeixesMuseu de Zoologia da USP,São Paulo

Coleção de FungosInstituto de Botânica,São Paulo

Coleção de AlgasInstituto de Botânica,São Paulo

Coleção de FanerógamasHerbário do Instituto de Botânica,São Paulo

Coleção de PeixesDept. Zoologia e

Botânica, UNESP,São José do Rio Preto

Coleção de AcariDept. Zoologia e

Botânica, UNESP,São José do Rio Preto

Coleção de Peixes doLaboratório deIctiologia, USP,Ribeirão Preto

Col. Culturas de FitobactériasLab. De Bacteriologia Vegetal

Instituto Biológico,Campinas

SinBiotaSistema de InformaçãoAmbiental do Programa

Biota - Fapesp

Coleção de Microrganismos deAmbiente e Indústria, UNICAMPCampinas

ZColeção de Anfíbios

Dept. Zoologia eBotânica, UNESP,

São José do Rio Preto

ZColeção de Quirópteros

Dept. Zoologia eBotânica, UNESP,

São José do Rio Preto

Servidor Regional

Servidor Regional

BHerbário do Instituto de

Biociências, UNESP,Botucatu

Z

BHerbário do Instituto de Biociências, UNESPRio Claro

Coleção de Anfíbios doInstituto de BiociênciasUNESP, Rio Claro

BHerbário de Ilha Solteira, UNESPIlha Solteira

ZColeção do Museude Entomologia da FEIS/UNESPIlha Solteira

Coleção Científica de Aranhas do Dept. Zoologia

e Botânica, UNESP,Botucatu

Z

BHerbário Dom Bento Pickeldo Instituto Florestal,São Paulo

BHerbário do

Jardim Botânico doRio de Janeiro

Mirror(SOAP server)

Sistema deGerenciamento

Provider(PHP)

Dados

dados

Dados(PostgreSQL)

speciesLinksite lib

DiGIRPortal

Provider(PHP)

spLinker(Java)

Sistema de Gerenciamento

Conectividade rápida e estável

Conectividade lenta ou instável

Coleção A ServidorRegional

soap/http/xml

Repositóriode dados

http/xml

http/xml

registro

SQL

SQL

SQL

Coleção D

Coleção CColeção B Coleção CColeção B

acaciaacacia

Tabebuia

Construção da infra-estrutura Construção da infra-estrutura compartilhada de dadoscompartilhada de dados

é um esforço coletivo.....