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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)
2. Cálculo da verossimilhança
3. Busca de árvores ótimas
Objetivos: Compreender como o critério de verossimilhança pode ser aplicado na inferência de árvores filogenética e, também, a necessidade de busca de árvores ótimas.
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Método de verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança
181
3
Métodos de distâncias
1. Distâncias genéticas
181
4
• Inferência filogenética por verossimilhança máxima
Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses)
Sequências Sequências alinhadasalinhadas
ÁrvoreÁrvoreComprimentos dos ramosComprimentos dos ramosModelos de substituiçãoModelos de substituição
Métodos de distâncias
1. Distâncias genéticas
5
T
Método de verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança
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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)
2. Cálculo da verossimilhança
3. Busca de árvores ótimas
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Método de verossimilhança máxima
2. Cálculo da verossimilhança
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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)
2. Cálculo da verossimilhança
3. Busca de árvores ótimas
9183
Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas
10189
Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas
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The number of (unrooted) binary
tree topologies increases
tremendously with the number of
taxa (n), which can be computed
according to
n
inn i
nn
t1
3)52(
)!3(2
)!52(
190
Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas
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Número de possíveis árvores filogenéticas
Número de árvores com raiz com bifurcações, NR, para
n OTUs
Número de árvores sem raiz com bifurcações, NU, para
n OTUs
)!2(2
)!32(2
n
nN nR
)!3(2
)!52(3U
n
nN
n
Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas
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945945
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6.4.2 Full-tree rearrangement
Full-tree rearrangement operations
change the structure of a given tree with
n leaves. They employ the following
principle. From a starting tree a
number of trees (the neighborhood of
the starting tree) are generated
according to specified rules.
Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas
190
15191
16190
Método de verossimilhança máxima
3. Busca de árvores ótimas
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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
1. Conceito de verossimilhança (Likelihood)
2. Cálculo da verossimilhança
3. Busca de árvores ótimas
