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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana. Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança Inferência filogenética Bayesiana Prática: MrBayes - PowerPoint PPT Presentation
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
1. Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança
2. Inferência filogenética Bayesiana
3. Prática: MrBayesObjetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança).
2
Inferência filogenética por
verossimilhança máxima
Verossimilhança (L) Probabilidade (Amostra | Hipóteses)
Sequências Sequências alinhadasalinhadas
ÁrvoresÁrvores
Comprimento dos ramosComprimento dos ramos
Modelos de substituiçãoModelos de substituição
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
3
evolução de modelo
ramos, dos ocomprimentárvore,alinhadas sequências
Amostra
Pr
Pr τ,v,L
Inferência baseada no conceito
de verossimilhança (L)
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
4
Sequência 1
A A T C G A
G C C A T A
G C G
Sequência 2
A A C A G A
C A C A G T
C C G
Árvore com dois nós
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
5
Sequência 1 — A A T C G A G C C A T A G C G
Sequência 2 — A A C A G A C A C A G T C C G
tii eiitP 4314
1Pr)( 2 seq. na 1 seq. na
tij eijtP 414
1Pr)( 2 seq. na 1 seq. na
Probabilidades de transição segundo o
modelo de Jukes & Cantor
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
6
Qual a função de verossimilhança,
L(t), para todos os sítios?
diferentes sítios idênticos sítios 7
74
8
84 1
16
131
16
1
tt eeL
tt eeL 44 1
16
1ln731
16
1ln8ln
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
7
Qual o parâmetro desconhecido
na função de verossimilhança?
tt eeL 44 1
16
1ln731
16
1ln8ln
O parâmetro desconhecido na
função de verossimilhança é t
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
8
ln L = 1589,77447 e t = 0,03091825
Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro.
t — número esperado de substituições por sítio
ln L
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
9
• O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t
• Quem é t?
– Produto da taxa de substituição pelo tempo
Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens
t = comprimento do ramo = 0,03091825
Inferência filogenética Bayesiana
1. Verossimilhança máxima
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
1. Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança
2. Inferência filogenética Bayesiana
3. Prática: MrBayes
11
Inferência Bayesiana
X
XX
Pr
,,Pr,,Pr,,Pr
vvv
distribuição de probabilidade a posteriori
constante de normalização
distribuição de probabilidade a priori
função de verossimilhança
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
12216
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
13216
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
14217
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
15
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
16217
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
17216
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
18218
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
19221
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
20224
Inferência filogenética Bayesiana
2. Inferência Bayesiana
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
1. Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança
2. Inferência filogenética Bayesiana
3. Prática: MrBayes
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Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana
1. Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança
2. Inferência filogenética Bayesiana
3. Prática: MrBayes