Bancos de dados para análise de sequências de DNA

Luciano Pinto, Dr.

Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

• DDBJ - DNA Databank of Japan

• O DDBJ foi construído em 1986 e, desde então, funciona como um dos três bancos de dados internacionais oficiais de DNA.

• DDBJ é o único banco de dados de DNA do Japão certificado oficialmente para coletar seqüências de DNA submetidas por pesquisadores e para fornecer os números de acesso, internacionalmente reconhecidos, a quem submete dados.

Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html

Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

Nucleotide Sequence Database (EMBL)• Este banco de dados é o repositório primário de seqüências de nucleotídeos da Europa e é mantido pelo EMBL -European Molecular Biology Laboratory.

• A maioria dos seus registros de seqüências de DNA e RNA são submissões feitas diretamente por pesquisadores individuais, por projetos de seqüenciamento de genomas ou por aplicações de patentes.

Link para o EMBL: http://www.ebi.ac.uk/

Bancos de dados de sequências de Nucleotídeos

Bancos de dados de genomas

ACeDB•The Sanger Centre.

• O ACeDB (A Caenorhabditis elegans DataBase) é um banco de dados que surgiu do projeto genoma de C. elegans e inclui mapas de restrição, informações estruturais sobre os genes (introns, exons, promotores) mapas de cosmídeos, referências bibliográficas, dentre outras.

• O software desenvolvido a para organização destas informações é o ACEDB, cuja interface gráfica permite observar dados genômicos em diferentes resoluções.Link para o ACeDB:http://www.sanger.ac.uk/Software/Acedb

SGD• O SGD (Saccharomyces Genome Database) contém informações completas sobre o genoma do S. cerevisiae, que foi o primeiro genoma de um eucarioto a ser seqüenciado.• Apresenta uma ótima interface gráfica para ilustração dos genes e seus produtos, além de informações sobre fenótipos dos mutantes e referências bibliográficas.

Link para o SGD: http://genomewww.stanford.edu/Saccharomyces

http://www.yeastgenome.org/

Bancos de dados de genomas

FlyBase• FlyBase é um banco de dados genéticos e moleculares da família Drosophilidae, em que a espécie primária representada é a Drosophila melanogaster.

• Inclui informações sobre alelos de mais de 23.700 gens, expressão e propriedades de transcritos e proteínas, além de informações sobre funções dos genes.Link para o FlyBase:http://flybase.org/

Bancos de dados de genomas

FlyBase

Bancos de dados de genomas

http://www.genome.wisc.edu/E. Coli Genome Project• O Genome Project da Universidade de Wiscosin é umcentro de pesquisas sobre genomas, originalmente criadopara completar o seqüenciamento do genoma deEscherichia coli K-12.

• O E. Coli Genome Project, originário desta fundação,continua a manter e a atualizar as seqüências anotadas ,além de trabalhar na caracterização funcional e naregulação dos genes de E. coli K-12.

http://watson.fapesp.br/onsa/Genoma3.htm

Bancos de dados de genomas

Bancos de dados de genomas

• NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj

Exercícios:

1. Abra a página do NCBI e abra o link Genome Projects,2. Descreva qual a função desta entrada e quais os possíveis projetos de sequenciamento genômico.3. Encontre o Projeto Genoma Humano.4. Descreva qual sua percepção a respeito destas ferramentas.