Sónia Mendo

7ª Aula:TAXONOMIA E IDENTIFICAÇÃO DE MICRORGANISMOS

Sónia Mendo

Qual das seguintes moléculas surgiu primeiro?

Sónia Mendo

Quebra de ligações fosfodiéstere catalisa reacções bioquímicas

Molécula autoreplicativa

Probionte: RNA encerrado numa vesícula lipídica

Lipossomas contendo RNA

Hipótese do “Mundo do RNA”

Sónia Mendo

Relações evolutivas entre os diferentes organismos só foi possível por comparaçãode seq. nt e de aa.

�Só 1% dos MO são cultiváveis

Sónia Mendo

Archae

EukaryaBacteria

� Paredes sem peptidoglucano� Lípidos da memb. com ligações éter� tRNA sem timina� RNA pol. diferentes� Ribossomas de composição e forma

diferentes� 1 RNase simples, DNA dependente� mRNA policistrónico

� Lípidos da memb. com ligações

éster

� Componentes de fluxo de informação� Genes comuns

�ATPase

� 1 RNase simples, DNA dependente� mRNA policistrónico

� 3 RNases complexas, DNA-dependentes� mRNA policistrónico

� Genes em comunHip. da fusão de genomas

Ramo Bacteria

� OS TRÊS DOMÍNIOS

Sónia Mendo* Análise da sequência nucletídica dos genes do rRNA 18S e 16S

Norman Pace

Divergência evolutiva

RNA ribossomal 16S� Molécula ubíqua em todos os organismos� Funcionalmente homóloga� Moderadamente conservada

� RNA ribossomal como cronómetro evolutivo

Sónia Mendo

16S 5S 23S

18S 5.8S 25/28S

V6

ITS2 D2

� PROCARIOTAS

� EUCARIOTAS

Sónia Mendo

TAXONOMIA MICROBIANA

Bacteria

Proteobacteria

�, β, γ, δ, ε -Proteobacteria

Legionellales, Pseudomonadales, Vibrionales, Enterobacteriales

Enterobacteriaceae

Enterobacter Escherichia Klebsiella Proteus Salmonella Serratia Shigella

S. flexneri S. dysenteriae

S. Flexneri serotipo 2a estirpe 2457T

Sónia Mendo

TAXONOMIA

Classificação Nomenclatura Identificação

Sónia Mendo

CLASSIFICAÇÃO/IdentificaçãoDE

MICRORGANISMOS

FENÉTICA FILOGENÉTICA

GENOTÍPICAGenomas >70% homologia: mesma espécie

» 97%: mesma espécie

Sónia Mendo

�� MMÉÉTODOS FENOTTODOS FENOTÍÍPICOSPICOS (características expressas pelos microrganismos)

� Morfologia

� Biotipagem (perfis enzimáticos, fenótipos bioquímicos e fisiológicos, antibiogramas, fagotipagem, análise de proteínas)

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Sónia Mendo

Sónia Mendo

Sónia Mendo

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VITEK® 2

Sónia Mendo

�� MMÉÉTODOS GENOTTODOS GENOTÍÍPICOSPICOS (envolvem a análise de ácidos nucleícos)� Permitem um elevado índice de descriminação e fiabilidade na diferenciação de

estirpes� Análise de plamídeos� Perfil de restrição de DNA genómico� Análise por hibridação

Sónia Mendo

� TAXONOMIA CONVENCIONAL DE MO

� Conteúdo G+C•• G+C/A+T+C+G x100%G+C/A+T+C+G x100%

– Varia entre 20-80% entre procariotas

� Hibridação DNA:DNA

Sónia Mendo

� Ribotipagem

� PFGE

� Outros métodos baseados na técnica de PCR

OUTRAS METODOLOGIAS: DNA “fingerprinting”

Sónia Mendo

O QUE É A PCR ? Qual a sua aplicação?

Sónia Mendo

Derivatizar para formarÉsteres de metilo

Gromatografiagasosa

Comparar o padrãodos picos com padrões

das bases de dados

Identificação do MO

� Análise de ácidos gordos

Sónia Mendo

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Sónia Mendo

� Análise molecular de comunidades

Comunidademicrobiana

Extracção de DNA

DNA da comunidade total

PCR genes 16S rRNA

Clones de DNA ribossomal

Determinação da sequência nucleotídica e construção da árvore filogenética/dendrograma

METAGENÓMICA

Sónia Mendo

� Identificação de microrganismos

PCR genes 16S rRNA

Determinação da sequência nucleotídica

Identificação do MO

Comparação com sequências depositadasNas bases de dados

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MANUAL BERGEY´S DE BACTERIOLOGIA

CLASSIFICAÇÃO FENÉTICA CLASSIFICAÇÃO FILOGENÉTICA

1ª ed.1984 ...9ª ed.