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O desafio da vigilância epidemiológica
e do laboratório de referência
no controlo da resistência aos
antibióticos
Laboratório Nacional de Referência da Resistência aos Antibióticos
e Infeções Associadas aos Cuidados de Saúde
Unidade de Referência e Vigilância Epidemiológica
Unidade de Investigação e Desenvolvimento
Departamento de Doenças Infeciosas
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge
O desafio da vigilância epidemiológica
e do laboratório de referência
no controlo da resistência aos antibióticos
• interrogar
• interagir
• informar
• intervir
Interrogamo-nos sobre a infeção do doente, o contexto
(hospital, comunidade), se surto, qual a resistência aos
antibióticos da bactéria em causa, como atuar
Hospital INSA (Norma 004/2013; EARS-Net) / DGS
Laboratorialmente (INSA)
Qualidade dos nossos resultados: Labº Referência/Acreditação
INSA Hospital (resposta a CQ, critérios a seguir, etc)
INSA Hospital / DGS (resultado final)
Disponibiliza colaboração técnico-científica que a instituição
possa necessitar
Hospital INSA (surtos, etc.) / DGS
Interrogamo-nos:
INSA
Laboratório de referência, que contribui para ganhos em saúde públicaatravés de atividades de investigação e desenvolvimento tecnológico,observação da saúde e vigilância epidemiológica.
LNR-RA/IACS
A vigilância epidemiológica na vertente laboratorial, permite a deteção
imediata de surtos ou a emergência de microrganismos com resistências
particulares permitindo o planeamento e execução de respostas para o
seu controlo (exº através de políticas de prescrição, de consumo de
antimicrobianos, de contenção da disseminação destas bactérias por
transmissão cruzada, uso de boas práticas de controlo de infeção).
INSA
LNR-RA/IACS
interrogar interagir informar intervir
O desafio da vigilância epidemiológica
e do laboratório de referência
no controlo da resistência aos antibióticos
93 Unidades Locais de Saúde + Hospitais públicos (52 Laboratórios)
24 Hospitais privados (inclui Misericórdias, 1 Casa de Saúde)
85 Laboratórios privados
10 Unidades de cuidados continuados integrados (exº Centros de
hemodiálise) e Unidades de saúde da comunidade sem internamento
LNR-RA/IACS
INSA
PTs = 142
(PT001 …
PT160)
209 Instituições
de saúde
Laboratório AC
1 Hospital
1 Laboratório
Centros Hospitalares
Hospitais
1 Laboratório
Laboratórios que contribuem para a vigilância laboratorial da RA no INSA
UCC …
Nº Laboratórios participantes no EARS-Net e controlo de qualidade
Origem invasiva (do Sangue e LCR):
Enterobacteriaceae
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter spp.
Staphylococcus aureus
Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium
Streptococcus pneumoniae
Outra origem:
Clostridium difficile
microrganismos que causam
frequentemente doença e com
taxas de resistência
epidemiologicamente
significativa
Microrganismos “problema”
EARS-Net: European Antimicrobial Resistance Surveillance Network
1999
2019
nacional nacional
S. aureusS. pneumoniaeE. faeciumE. faecalisE. coliK. pneumoniaeP. aeruginosaA. baumannii
Lab PT001 Lab ... Lab PT160
Coordenadores do EARS-Net
(ECDC, Suécia) 2010
Europe / TESSy
DGS: Representante Nacional e Responsável dos dados
INSA: LNR-RA/IACS: área da microbiologia
Revelam uma representatividade elevada:
Dados epidemiológicos: 2017
Cobertura populacional nacional estimada (%) 97
Representatividade da amostra populacional Elevada
Representatividade da amostra hospitalar Elevada
Representatividade dos isolados Elevada
Dados epidemiológicos de microrganismos problema
%MRSA
1999 - 2017, PortugalIs
ola
do
sM
RS
A
(%)
-15,4%
Significantly decreasing trends
36,9%
25,2%
31,9%
38,1%
45,5%46,1%46,6%48,1%48,4%
52,9%
49,1%
53,4%54,6%53,8%
46,8%47,4%46,8%
43,6%
39,2%
-4,4%
Causa:
Eventualmente, por:
• utilização da Norma do S. aureus a
nível dos cuidados de saúde
• decréscimo de MRSA a nível Europeu
%Klebsiella pneumoniaecom suscetibilidade diminuída aos carbapenemes,
2007-2017, Portugal
Significantly increasing trends
0,0%
0,7% 0,8%
1,6%
0,5%0,8%
2,4%2,1%
3,7%
6,4%
9,7%
0,0%
2,0%
4,0%
6,0%
8,0%
10,0%
12,0%
2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
Iso
lad
os
IR (
%)
Causa:
Eventualmente, por:
Disseminação facilitada dos genes de resistência entre os
patogénicos por elementos genéticos móveis
Necessidade de:
• implementar mediadas através de Norma específica para
Enterobacteriaceae com resistência aos carbapenemes
• (globalmente não tem havido aumento a nível Europeu)
Enterobacteriaceae
CarbapenemesR
Pseudomonas aeruginosa
ColistinaR
Acinetobacter spp.
ColistinaR
Staphylococcus aureus
VancomicinaR DaptomicinaR LinezolideR
Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium
LinezolideR
• apresentam um padrão de
resistência ou suscetibilidade
intermédia aos antimicrobianos
pouco habitual na Unidade de
Saúde
• implica implementar medidas
urgentes para a sua contenção
Microrganismos “alerta”
Tipos de carbapenemase adquirida, produzidas por
Enterobacteriaceae (%), 2014 - 2018
Aumento crescente da endemicidade na maior parte dos hospitais,
alargando-se à comunidade circundante (inclui labºs privados)
Árvore filogenética de 4 isolados de Klebsiella pneumoniae, construída a partir de dados de WGS. A análise foi baseada da deteção de
SNPs (single nucleotide polymorphism) após inferência do genoma de referência comum mais recente utilizando uma árvore K-mer, a qual foi
construída usando o método de agrupamento (cluster) Neighbor-Joining. O tamanho dos ramos representa o número de mudanças ocorridas
entre as amostras.
Os 3 isolados do Cluster 1 (a azul) têm o mesmo MLST (ST13) e apresentam uma diferença máxima de 2 SNPs entre si, indicando um evento
de transmissão clonal direta. O isolado do estudo ambiental (a verde), com ST147, está significativamente distanciado do cluster 1 pelo
número de SNPs identificados nos respetivos genomas (19865 SNPs/ 145542 posições avaliadas).
Conclusão: A análise do filograma evidencia uma relação fenotípica (de acordo com o padrão de suscetibilidade) e genética de 3 isolados
(Cluster 1), no período em apreço. Estes 3 isolados são clonalmente relacionados, podendo corresponder a um clone
epidémico.
Origem da cultura
ServiçoData de colheita
Idade Sexo
Imip
en
em
Me
rop
en
em
Erta
pe
ne
m
Sangue Neonatologia 12/3/16Recém nascido
I I R
Sangue Medicina Interna 5/4/17 73 F I R R
Sangue Urgência 5/3/17 79 M I R R
Colchão B 3/4/17 I R R
C1
Epidemiologia e investigação molecular de
isolados relacionados, utilizando WGS
Klebsiella pneumoniae com suscetibilidade diminuída
aos carbapenemos em amostras invasivas (2017)
9,7 %
[ACSS]
L. Cantas et al., Frontiers in Micobioolgy, 2013, 4:1-14.
Epidemiologia da Resistência aos antibióticos
NRL-AR participated in the preparation of the document:
Council Recommendation /2002/77/EC (European Commission,
2002):
“…There is also a relationship between the occurrence of antimicrobial resistance in certain human pathogens and their occurrence in animals and the environment.
Coordination between human, veterinary and environment sectorsshould be ensured and the magnitude of the relationship between the occurrence of antimicrobial resistant pathogens in humans, animals and the environment should be further clarified
Different hot-spots / reservoirs
of antimicrobial resistance
Council Recommendation “on the prudent use of
antimicrobials agents in human medicine”
E-valueAlignment
overlap (%)
Identity
(%)
Swine/Portugal/2015 -- -- --
Human patient /Brazil/2016 0.0 100 99.95
Swine feces /China/2016 0.0 100 99.96
Human patient /United
States/20160.0 100 99.92
Pig slurry /Estonia/2013 0.0 100 99.53
Migratory Penguin /Brazil/2013 0.0 98.3 99.96
Comparação linear de um plasmídeo de E. coli com
resistência à colistina (presença do gene mcr-1.9), mostrandoidentidades elevadas (>99.5%), em diferentes isolados
pLV23529-MCR-1.9
pLV23529-MCR-1.9
Investir no Futuro
• Utilização de metodologias de nova geração: Next Generation
Sequencing (NGS): Sequenciação Total do Genoma (WGS)
deteção mais rápida de Surtos
• Melhor articulação na informação ao INSA sobre existência de Surtos
• Agilização informática para facilitar e incrementar a rapidez de
receção e saída de resultados da vigilância laboratorial, de forma a
torná-la consequente: Laboratório (público ou privado) INSA
Laboratório + DGS (+ ACSS)
• Continuação da elaboração de Normas para controlo da infeção
• Agilização de um “índice de qualidade PPCIRA”
• Sustentação do PPCIRA
interrogar interagir informar intervir investir
Ciência Sociedade
Gastmeier P, IJAA, 2010, 300: 342-5 (adaptado)
Sector da Veterinária
Sector do Ambiente
Bioinformática
Estudo Comportamento
Autoridades de Saúde Pública
Formação da população
Unidades de Saúde
Gestão da QualidadeSegurança do Doente
Formação dos profissionais de saúde
Investigação na indústria
Investigação emsaúde ambiental
InvestigaçãoReferênciaVigilância:
microbiologiaepidemiologia
Investigaçãoem veterinária
Importância de uma abordagem holística envolvendo todos os setores
Agradecimento a todos os Laboratórios que colaboram com o LNR-RA/IACS
Equipa do LNR-RA/IACS:
Catarina Fernandes Assistente Técnica
Patrícia Vieira Técnica Sup. Diag. Terapêutica
Lígia Reis Técnica Superior Saúde
Eugénia Ferreira Investigadora
Vera Manageiro Investigadora / Data Manager EARS-Net
Laboratório Nacional de Referência da Resistência aos
Antibióticos e Infeções Associadas aos Cuidados de Saúde
Maryam Malmir Doutoranda
Vanessa Salgueiro Doutoranda
Não apresentados mas deste ano
Na
tion
al
Inte
rnation
al
Collaborations
1. E. coli com resistência aos carbapenemes (%R)
2. K. pneumoniae com resistência às fluoroquinolonas (%R)
3. K. pneumoniae com resistência às cefalosporinas de 3ª-geração (%R)
4. K. pneumoniae com resistência aos aminoglicosídeos (%R)
5. K. pneumoniae com resistência aos carbapenemes (%R)
6. K. pneumoniae com multirresistência (MDR) [resistência combinada às
fluoroquinolonas, cefalosporinas de 3ª-geração e aminoglicosídeos] (%R)
Subida de tendências de resistência aos AB nos
Microrganismos Problema invasivos, 2017
Vision of One Health (formerly called One Medicine): Improving the lives of all species—human and animal
How?Through the integration of human medicine, veterinary medicine and environmental science
One World - One Medicine - One Health
%Klebsiella pneumoniaecom suscetibilidade diminuída aos carbapenemes, na
Europa, em 2015 e 2017
3,7 % 6,4 % 9,7%
Antibiotic resistance gese
spread among different reservoirs
NA
TU
RE
MIC
RO
BIO
LO
GY
2,
16260
(2017)
|
Vias de transmissão de blaNDM-1 e mcr-1
Infeções causadas por bactérias com
resistência aos carbapenemes na Europa
Italy and Greece had a substantially higher estimated
burden of antibiotic-resistant bacteria than other EU and
EEA countries, with carbapenem-resistant or colistin
resistant bacteria causing a larger proportion of the total
burden in Greece than it did in Italy (figure 3).
In 2015, in addition to a substantial burden due to
infections with carbapenem-resistant or colistin-resistant
bacteria, Portugal and Malta had a substantial burden due
to MRSA infections.
In Ireland, vancomycin-resistant E faecalis and E faecium
caused a higher proportion of the total burden than in other
countries.
In Spain and Slovenia, a higher proportion of their burden
estimates were due to antibiotic-resistant S pneumoniae
infections than in other countries.
Infeções causadas por bactérias com
resistência aos antibióticos, num contexto Europeu
1
523
1173
876
1001
45
101
238
0
200
400
600
800
1000
1200
1400
20
15
20
16
20
17
20
18
Iso
lad
os
(nº)
Ano
GES-tipo MBL 2 ou mais KPC-tipo OXA-48-tipo
Tipos de carbapenemase adquirida, produzidas por
Enterobacteriaceae (%), 2015 - 2018
Aumento crescente de isolados de Enterobacteriaceae com
suscetibilidade diminuída aos carbapenemes, provenientes de vários
produtos biológicos, enviados ao INSA.
porque endemicidade na maior parte dos hospitais, alargando-se àcomunidade circundante (inclui labºs privados)
