Tutorial Alinhamento Geneious revisado - Blog da UFES · COMO FAZER Há quatro áreas principais na interface do programa: Sources Panel, Document Table, Document View e Help Panel

LaMaB:LaboratóriodeMastozoologiaeBiogeografiaDepartamentodeCiênciasBiológicasUniversidadeFederaldoEspíritoSanto

Loss,A.C.&Dalapicolla,J.2014.TutorialdealinhamentomúltiplonoGeneious6.1.LaboratóriodeMastozoologia e Biogeografia, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória. Disponívelem:http://blog.ufes.br/lamab/tutoriais

TUTORIALDEALINHAMENTOMÚLTIPLONOGENEIOUS6.1AnaCarolinaLosseJeronymoDalapicolla

OBJETIVO

AlinharváriassequênciasdeDNAaomesmotempoedeformarápida.

DOQUEVOCÊPRECISA

! Sequênciasdeváriosindivíduosnoformato.abi;

! Sequência do Genbank para o mesmo gene para ajudar no início do

alinhamento,damesmaespécieoudeumaespéciepróxima;

! ProgramaGENEIOUS6.1ousuperiorinstaladoelicenciado;

COMOFAZER

Háquatroáreasprincipaisnainterfacedoprograma:SourcesPanel,DocumentTable,

DocumentVieweHelpPanelquepodeserfechadasemproblemas.

NoSourcesPanelépossívelcriarumapastaparavocê,clicandocomobotãodireito

domouseemLocal.Criesubpastasparacadagenequedevealinhardentrodasuapasta,

damesmaforma.SefizeralgoerradoésóarrastarapastaparaalixeiraDeletedItemsno



mesmoSourcesPanel.

1)Importararquivos.abi:

Selecioneapastaemquevocêquerqueosarquivossejamsalvoseentãoclique:

FILE>>IMPORT>>FROMFILE(umúnicoarquivoporvez).

FILE>>IMPORT>>FROMMULTIPLEFILES(paraimportarváriosarquivos).

TudooquevocêeditarnoGENEIOUSserásalvonosarquivos.abiquevocêimportou.Isso

significaquesevocêexcluirumabaseoumetadedeumasequênciaedepoissalvar,o

arquivo.abioriginaltambémserámodificado.Melhoréorganizartodososarquivosnuma

pastaefazerumacópiadosoriginaisantesdecomeçar.

2)ParacriarsequênciasapartirdearquivodoExcel,blocodenotasou.fasta:

CliqueemSEQUENCE>>NEWSEQUENCE

Abrirá uma janela, nela você poderá colar a sequência de bases, escolher o nome

paraoarquivoedesignarquetipodesequênciaelaé(gene,primeretc.).

3)FazeroBlast:

SelecionarnoDocumentTableasequênciaquevocêquerfazeroBlastecliqueem:

SEQUENCESEARCHnabarradeferramentas.Umajanelaseabriráparaescolherotipode

pesquisa(blastéumadaspossíveis)eésóconfirmar.Nodefaultapesquisaédemorada,às

vezesémelhorfazeroBlastdiretonosite.

Ordene a pesquisa pela semelhança genética, se há alguma sequência que te

interessaparaasanálisesouparausarcomosequênciamodeloparaoalinhamentoésó

arrastá-laparaasuapastaeelaserásalva.Paraeditaronomedassequênciasésóclicar

duasvezesnonomenoDocumentTableemodificá-lo.

4) Alinhar sequências de apenas um sentido (Ida ou Volta – Forward ou

Reverse):



SelecionenoDocumentTableentre5e10sequênciasdeumavez(depoiscom

práticapodepegarmaisaomesmotempo).VáemALIGN/ASSEMBLE>>MULTIPLE

ALIGN.

Uma nova janela se abrirá para escolher o algoritmo de alinhamento ClustalW,

Muscle, Geneious, etc. e os parâmetros domesmo. Escolha um e clique emALIGN. Será

criadoumnovoarquivo,oarquivodealinhamento.Tudooquevocêeditarnessearquivo

serámodificadotambémnassequênciasdoDocumentTableetambémnosarquivos.abi

doseucomputador.

CliquenoterceirobotãoapósoSave,comoindicadonafiguraabaixo,eajanelado

DocumentViewserádestacada.Acerteotamanhodajanelaeozoomparaassequências

antesdecomeçaraedita-las.CliqueemALLOWEDITINGparapodereditarassequências.



A sequência em formato .abi vai ter o eletroferograma com a sequência de bases

nitrogenadasabaixodele.Umasequência .fastaoubaixadaGenbankteráapenasasbases.

Tudooqueforeditadoficarámarcado,emamarelo(modificado),vermelho(deletado)ou

verde (acrescentado). É bom nomear os arquivos de alinhamento e guardar em outra

pasta,casoprecisedeconferênciamaistarde.

Confiracadablocodealinhamento,asbasesdiferentesnasmesmasposiçõesestarão

marcadascomcoreschamativasquepodemsercontroladosnaabaGENERAL>>COLORS.

Editesenecessário,deleteaspartesiniciaisefinaisdosgenesnãosãodeinteressesouque

estejamcomaqualidaderuim.

ParadeletaraperteateclaALTdoteclado,issodeixaráasequênciaimóvel.Sevocê

apertaroDELETEsemoALT,aodeletarpartedeumasequência,estamudadeposiçãoe

passa a ocupar a área que foi deletada, ficando desalinhada com relação às demais

sequências do arquivo de alinhamento. Com SHIFT apertado com o mouse você pode

selecionar a mesma área do alinhamento em várias sequências diferentes. Podendo

deletaramesmaáreaemváriassequênciasdeumasóvez.Depoisdefinalizarcliqueem

SAVE.

5)Alinharsequênciascomosdoissentidos(IdaeVolta–ForwardeReverse):

Selecione noDocumentTable a sequência de volta e clicque emR.C. (REVERSE

COMPLEMENT)>>SAVE.Asequênciaseráinvertidaenafrentedelaestaráescritoentre

parêntesesreverse,paravocênãoseconfundir.

Selecione selecionar a sequência de ida, a de volta (reserve) e clique em

ALIGN/ASSEMBLE >> DE NOVO ASSEMBLE. Abrirá uma janela, deixe no default e

confirme. Será criado um arquivo de alinhamento que terá feito uma fita consenso das

duassequências.

SelecioneafitaconsensoecliqueemEXTRACT,oprogramapediráumnomeparaa

fita,coloqueonomedaamostramaisapalavraconsensoparavocêsaberqueaquelaéa

consenso.Selecioneasequênciadeida,devolta(reverse)eaconsenso,afitapadrãodo

GenbankevaiemALIGN/ASSEMBLE>>MULTIPLEALIGN.

Umajanelaseabriráparaescolherumalgoritmodealinhamento(ClustalW,Muscle,

Geneious,etc.)eosparâmetrosdomesmo.EscolhaumecliqueemALIGN.Serácriadoum



novo arquivo, o arquivo de alinhamento. Tudo o que você editar nesse arquivo será

modificado tambémnassequênciasdoDocumentTable e tambémnosarquivos .abido

seucomputador.CompareasfitasdeDNAevejaasdiferençaseasedite,masaoinvésde

modificartodasassequências,modifiqueapenasafitaconsenso.Deixeasoutrasintactas

se possível. No fim salve o arquivo de alinhamento e depois, ainda no arquivo de

alinhamento clique na fita de consenso e depois em EXTRACT. Salve-a com um nome

diferente,elaserásuasequênciaalinhada.

6)Exportarassequênciasalinhadas:

Selecione as sequências alinhadas, ou os arquivos de alinhamento vá emFILE>>

EXPORTescolhaumformato,depreferência .fasta,eescolhaolocalparasalvar.Façaum

backupdosdadossemprequepossível.Ébomacrescentarealinharogrupoexternoeas

demaissequênciasdoGenbankquefarãopartedasanálisesantesdeexportaroarquivo,

assimvocêpoupatempo.

AsversõesmaisrecentesdoGENEIOUSpermitemquevocêfaçainclusiveasanálises

filogenéticasnoprograma.Bastafazerodownloaddosplug-insnecessários.

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