PyMOL
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Exibir/Medir estruturas de proteínas/DNA
Gerar publicação com imagens de qualidade
Produzir vídeos para apresentação
Fazer alinhamento estrutural de duas moléculas
Construir modelos para ligante e proteína
Gerar mapa de potencial eletrostático
Mutação de proteína
PyMOL
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Onde obter o pymol?
http://www.pymol.org/
Versão atual 1.3
Sistemas operacionais:
Microsoft Windows XP, Vista, Win7
Mac OS X 10.5+ (Intel-based Macs only) Linux (glibc 2.3.4)
PyMol (Gráfico de Interface com Usuário)
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PyMol (Gráfico de Interface com Usuário)
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Comandos comumente utilizados
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Comando Função
load Lê um arquivo de dados (pdb, pml, pse)
save Salva coordenadas para o arquivo
select Seleciona resíduo/átomo de um objeto ou seleção existente
delete Deleta um objeto
color Define a cor de um objeto
show Exibe uma representação em particular
hide Esconde uma representação
set Altera um parâmetro (ex.: tamanho de uma esfera)
orient Centraliza a visão de um objeto ou seleção
distance Mede a distância entre dois átomos
Modos de Representação
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show cartoon, 1TEC show sticks, 1TEC show ribbon, 1TEC
show spheres, 1TEC show surface, 1TEC show mesh, 1TEC
Visualização Cartoon
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cartoon tube, 1:49/ cartoon automatic, 50:99/ cartoon loop, 100:149/ cartoon oval, 150:199/ cartoon rect, 200:279/
cartoon automatic
cartoon loop cartoon rect
cartoon oval cartoon tube
Seleção
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Propriedades
Forma curta
Definição
symbol e. Símbolo químico, select polar, symbol o+n
name n. Nome dos átomos, select carbons, n. ca+cb+cg+cd
resn r. Nome dos resíduos, select aas, resn asp+glu+asn+gln
resi i. Números dos resíduos, select mults10, resi 1+10+100+1000
chain c. Identificador cadeia
ss - Tipos de estruturas secundárias, select allstrs, ss h+s+l+""
Álgebra da Seleção
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and, or, not etc. Como selecionar átomos?
Propriedades
Forma curta
Definição
not s1 ! s1 Átomos que não são incluidos em s1
and & Átomos incluidos em ambos s1 e s2
or | Átomos incluidos em s1 ou s2
in - Átomos em s1 name, resi, resn, chain corresponde com s2
like l. Átomos em s1 name, resi corresponde com s2
Seleção
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Comandos para seleção:
hide all;
select proteina, chain E;
select inibidor, chain I;
Seleção
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Comandos para seleção:
hide all;
select proteina, chain E;
select inibidor, chain I;
Estruturas secundárias:
select helices, (ss h and proteina);
select folhas, (ss s and proteina);
select loops, (ss l and proteina);
Seleção
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Seleção de Resíduos/átomos
(a) select triptofanos, (resn trp and proteina)
(a)
Seleção
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Seleção de Resíduos/átomos
(a) select triptofanos, (resn trp and proteina)
(b) select triade, (resi 32+64+221 and proteina);
(c) select num_atomos, (id 289-296+528-537+1605-1610 and proteina)
(a)(b) (c)
Seleção
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Seleção de Resíduos/átomos
select bb, (name c+n+o+h and proteina)
select proteina and (not resn asp+glu+his)
Seleção
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Seleção de Resíduos/átomos
(a) select dist7, (resi 38 around 7)
(a)
Seleção
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Seleção de Resíduos/átomos
(a) select dist7, (resi 38 around 7)
(b) select dist_res7, byres (resi 38) expand 7
(a) (b)
Label
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(a)label resi 71, name ATRIBUTO DESCRIÇÃO
name Nome do átomo
resi Número do resíduo
resn Nome do resíduo
chain Nome cadeia
q carga
b Fator de ocupância
segi Identificador de seguimento
type Tipo de átomo (atom, hetatm)
formal_charge
Carga formal
partial_charge
Carga parcial
numeric_type
Tipo númerico
text_type Tipo de texto
(a)
Label
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(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
ATRIBUTO DESCRIÇÃO
name Nome do átomo
resi Número do resíduo
resn Nome do resíduo
chain Nome cadeia
q carga
b Fator de ocupância
segi Identificador de seguimento
type Tipo de átomo (atom, hetatm)
formal_charge
Carga formal
partial_charge
Carga parcial
numeric_type
Tipo númerico
text_type Tipo de texto
(a) (b)
Label
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(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
(c)label (resi 71),"%1.2f" % b
ATRIBUTO DESCRIÇÃO
name Nome do átomo
resi Número do resíduo
resn Nome do resíduo
chain Nome cadeia
q carga
b Fator de ocupância
segi Identificador de seguimento
type Tipo de átomo (atom, hetatm)
formal_charge
Carga formal
partial_charge
Carga parcial
numeric_type
Tipo númerico
text_type Tipo de texto
(a) (b) (c)
Label
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(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
(c)label (resi 71),"%1.2f" % b
(d)label (resi 71 and name ca),"%s" % (chain)
ATRIBUTO DESCRIÇÃO
name Nome do átomo
resi Número do resíduo
resn Nome do resíduo
chain Nome cadeia
q carga
b Fator de ocupância
segi Identificador de seguimento
type Tipo de átomo (atom, hetatm)
formal_charge
Carga formal
partial_charge
Carga parcial
numeric_type
Tipo númerico
text_type Tipo de texto
(a) (b) (c) (d)
Label
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(a)label resi 71, name
(b)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" %(resn,resi)
(c)label (resi 71),"%1.2f" % b
(d)label (resi 71 and name ca),"%s" % (chain)
(e)label (resi 71 and name ca),"%s-%s" % (name,type)
ATRIBUTO DESCRIÇÃO
name Nome do átomo
resi Número do resíduo
resn Nome do resíduo
chain Nome cadeia
q carga
b Fator de ocupância
segi Identificador de seguimento
type Tipo de átomo (atom, hetatm)
formal_charge
Carga formal
partial_charge
Carga parcial
numeric_type
Tipo númerico
text_type Tipo de texto
(a) (b) (c) (d) (e)
Label
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set label_font_id, number #( number é o tipo de fonte 5-15)
set label_size, number
set label_color, color
set label_shadow_mode, 1
set label_font_id, 15
set label_outline_color, black
set label_position, [2,0,0]
edit_mode
Color
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(a) color palecyan, proteina
(b) Color yellow, interface
(c) util.cbaw triade
(d) set_color myblue= [0.5 , 0.7 , 0.9 ]
color myblue, interface
(e) set_color myorange=[1.00 , 0.40 , 0.0 ]
color myorange, interface
util.cbag green
util.cbac cyan
util.cbay yellow
util.cbas salmon
util.cbaw white/grey
util.cbab slate
util.cbao light orange
util.cbap Purple
util.cbak Pink
(a) (b) (c) (d) (e)
(O=vermelho; N= Azul ; H= Branco)
Distância
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(a) distance (CA_triade), (CA_res45)
(b) distance dist01, (i. 38+71+225 and n. CA and proteina), ( i. 73+76+229 and n. CA and proteina)
(c) dist mydist, 1TEC//E/71/C, 1TEC//E/225/O
(a) (b) (c)
Distância
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(a) set dash_gap,0.3 [0]
(b) set dash_width,3.5 [8]
(c) set dash_radius,0.1 [0.3]
(d) set dash_length,0.2 [0.8]
(e) set dash_round_ends,on [off]
(f) set dash_color, yellow [black]
(a) (b) (c) (d) (e) (f)
Alinhamento Estrutural
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load 1TEC.pdb
load 1GCI.pdb
bg_color white
show cartoon, (all)
select 1TEC_E, (chain E and 1TEC)
select 1WSD_A, (chain A and 1WSD)
align 1TEC_E and name ca, 1WSD_A and name ca
Alinhamento Estrutural
Valdete M. G. de Almeida 27/37
load 1TEC.pdb
load 1GCI.pdb
bg_color white
show cartoon, (all)
select 1TEC_E, (chain E and 1TEC)
select 1WSD_A, (chain A and 1WSD)
align 1TEC_E and name ca, 1WSD_A and name ca
PyMOL>align 1TEC_E and name ca, 1WSD_A and name ca
Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type CA Match: read scoring matrix.
Match: assigning 281 x 270 pairwise scores.
MatchAlign: aligning residues (281 vs 270)...
ExecutiveAlign: 265 atoms aligned.
ExecutiveRMS: 23 atoms rejected during cycle 1 (RMS=1.62).
ExecutiveRMS: 13 atoms rejected during cycle 2 (RMS=0.84).
Executive: RMS = 0.663 (229 to 229 atoms)
Script PyMOL
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load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
Script PyMOL
Valdete M. G. de Almeida 29/37
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
show sticks, sitio;
util.cbaw sitio;
color orange CA_sitio;
Script PyMOL
Valdete M. G. de Almeida 30/37
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
show sticks, sitio;
util.cbaw sitio;
color orange CA_sitio;
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/71/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/225/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/71/CA), (proteina//E/225/CA);
Script PyMOL
Valdete M. G. de Almeida 31/37
load 1TEC.pdb
bg_color white;
hide all
create proteina, (chain E);
create inibidor, (chain I);
create sitio, (resi 38,71,225 and proteina);
select CA_sitio, (name CA and sitio);
show sticks, sitio;
util.cbaw sitio;
color orange CA_sitio;
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/71/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/225/CA);
distance dist_triade, (proteina//E/71/CA), (proteina//E/225/CA);
label (CA_sitio),"%s-%s" % (resn,resi);
set label_size, -0.6;
set label_color, black;
set dash_gap, 0;
set dash_radius,0.1;
set dash_color, yellow;
set ray_shadows,off;
ray;
png figura1.png;
Script PyMOL
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@ meu_script.pml
Prática
Valdete M. G. de Almeida 33/37
Hemoglobina (2dn1.pdb)
Transportar oxigênio dos pulmões para as células
Formada por 4 subunidades (2 cadeias α e 2 cadeias β )
Cada subunidade contém um grupo heme
O oxigênio está ligado ao átomo de ferro
Dois resíduos de histidina (58 e 87 em α , 63 e 92 em β) são ligados ao átomo de ferro para catalizar a funçãon.
Prática
Valdete M. G. de Almeida 34/37
1. Mostrar o grupo heme
2. Mostrar o átomo de ferro no grupo heme
3. Mostrar os dois resíduos de histidina (somente da
cadeia A)
4. Mostrar os átomos de oxigênios
5. Criar uma imagens de alta resolução
Referências
Valdete M. G. de Almeida 36/37
1. http://www.pymol.org/
2. http://www.pymolwiki.org/
3. http://www.weizmann.ac.il/ISPC/eMovie.html
4. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=1TEC
5. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=2DN1
6. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=1GCI
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