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USMP Facultad de Medicina Humana - Guía de Seminario Biología Celular y Molecular 1 DEPARTAMENTO ACADÉMICO DE CIENCIAS BÁSICAS Guía de Seminarios BIOLOGÍA CELULAR Y MOLECULAR 2014-II Personal Docente : Biól. Lezama Vigo, Hélmer, MSc. (Responsable) Biól. Nolasco Cárdenas, Oscar, MSc. (Coordinador) Méd. Amanzo López, César. (Coordinador de seminarios) Biól. Jerí Apaza, César. (Coordinador de prácticas) Biól. Murrugarra Bringas, Victoria. (Coordinador de tutorías) Méd. Mena Navarro, Cecilia. Biól. Quintana Cáceda, Milagros, MSc. Méd. Lapa Salinas, Yolanda, Mg Q.F. Barreto Yaya, Danilo. Biól. Alata Linares, Vicky, Mg Biól. Velarde Vílchez, Mónica. Biól. Cervantes Sánchez, Wilmer Q.F. Ramírez Rojas, Luisa Biól. Sánchez Dávila, Johanna. MSc. Biól. Vicente Vicente, Nélida. Dr. Méd. Gutiérrez Aures, Ysabel Biól. Fujita Alarcón, Ricardo, PhD.

Biologia Guia Seminarios 2014

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DEPARTAMENTO ACADÉMICO DE CIENCIAS BÁSICAS

Guía de Seminarios

BIOLOGÍA CELULAR Y MOLECULAR 2014-II

Personal Docente : Biól. Lezama Vigo, Hélmer, MSc. (Responsable) Biól. Nolasco Cárdenas, Oscar, MSc. (Coordinador) Méd. Amanzo López, César. (Coordinador de seminarios) Biól. Jerí Apaza, César. (Coordinador de prácticas) Biól. Murrugarra Bringas, Victoria. (Coordinador de tutorías) Méd. Mena Navarro, Cecilia. Biól. Quintana Cáceda, Milagros, MSc. Méd. Lapa Salinas, Yolanda, Mg Q.F. Barreto Yaya, Danilo. Biól. Alata Linares, Vicky, Mg Biól. Velarde Vílchez, Mónica. Biól. Cervantes Sánchez, Wilmer Q.F. Ramírez Rojas, Luisa Biól. Sánchez Dávila, Johanna. MSc. Biól. Vicente Vicente, Nélida. Dr. Méd. Gutiérrez Aures, Ysabel Biól. Fujita Alarcón, Ricardo, PhD.

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INTRODUCCIÓN La guía de seminarios del curso de Biología Celular y Molecular tiene como objetivo fomentar en el estudiante la lectura científica y el razonamiento de casos prácticos y reales relacionados con las bases teóricas. Esta guía reúne una lista de preguntas relacionadas con cada tema expuesto en la conferencia magistral teórica. Dichas preguntas serán resueltas por los alumnos durante cada sesión de seminarios, con la tutoría del profesor y valiéndose de la bibliografía recomendada en el syllabus y sugerida por cada profesor así como de información actualizada reunida por el alumno. Al final de cada seminario el alumno debe ser capaz de razonar y resolver cuestionamientos aplicativos similares a los desarrollados en el seminario. La guía se ha dividido en 3 partes de acuerdo a cada evaluación parcial. La primera parte comprende la célula y componentes celulares. La segunda parte incluye procesos celulares. La tercera parte trata sobre la genómica y las técnicas moleculares. Se tomará un paso corto al inicio de cada seminario, basado en los temas a tratar ese mismo día. El alumno debe contar con su respectiva bibliografía (libros, artículos científicos, separatas, etc.) previamente revisada para solucionar cada seminario en forma activa durante la clase. Los alumnos formaran grupos de 4 a 5 personas y deben traer resueltas las preguntas del cuestionario. Así mismo, el grupo responsable del tema de la semana debe presentar un resumen del artículo científico de revisión y presentarlo en Power Point a sus compañeros de clase. La duración del seminario es de dos horas académicas (45 minutos cada hora).

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PAUTAS PARA EL DESARROLLO DE LOS SEMINARIOS

CONCEPTO DE SEMINARIO: El Seminario es una actividad académica, que tiene como propósito principal introducir al estudiante de nivel superior en la reflexión y práctica investigativa, al tiempo que contribuye al avance del saber en su área. El seminario es una actividad de aprendizaje activa y colaborativa, centrada en el trabajo del estudiante. Es una técnica de capacitación grupal, en la que participan todos los integrantes y estudian intensivamente un tema en sesiones planificadas recurriendo a fuentes originales de información. OBJETIVOS DEL SEMINARIO:

1. Investigar, analizar y estudiar un tema para sacar conclusiones aprobadas por todos los asistentes.

2. Desarrollar habilidades de búsqueda de información, interpretación y síntesis de la misma.

3. Fomentar el trabajo en grupo.* 4. Desarrollar la capacidad de comunicación científica y sustentación oral de un

tema científico. *Trabajar en grupo no es realizar varias partes de forma independiente y fusionarlas al final. Es preparar y

discutir el esquema, analizar los contenidos, valorar y opinar sobre la literatura revisada e integrar los conceptos obtenidos (todos los miembros del grupo deben conocer todo el tema).

NORMAS PARA LA REALIZACIÓN DE UN SEMINARIO:

1. Los seminarios son de realización obligatoria. 2. El profesor facilitará la realización de cada seminario. 3. Los temas serán propuestos por el profesor, en forma de cuestionarios. 4. Los temas propuestos en el cuestionario serán incorporados en un mapa

conceptual hecho a mano y entregados individualmente al inicio del seminario correspondiente.

5. En la parte posterior del Mapa Conceptual se citarán las fuentes consultadas (libros, artículos de revisión y otros recursos) siguiendo el estilo Vancouver:

http://www.medicc.org/mediccreview/documents/requisitos-de-uniformidad-para-manuscritos.pdf

6. Los temas serán asignados a los grupos de alumnos (3 o 4 integrantes) conformados al inicio del curso para ser expuestos y presentados durante el desarrollo de los seminarios siguiendo un orden correlativo.

7. La presentación y el desarrollo de los cuestionarios fomentará la discusión con la participación de los alumnos de la sección.

MECÁNICA DEL TRABAJO DE SEMINARIO:

1. Duración del seminario: dos (02) horas académicas (45 minutos cada hora).

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DISTRIBUCION DEL TIEMPO DURANTE EL SEMINARIO

Tiempo (minutos)

Parte del Seminario

10 Registro de asistencia (10 minutos de tolerancia). VoBo de Mapas Conceptuales.

10 Paso corto.

50 Desarrollo de cuestionario y discusión. (Aproximadamente cada pregunta se resolverá en 10 minutos).

10 Presentación y discusión de Lecturas.

Entrega de Mapas Conceptuales

Los docentes están en la obligación de brindar la ayuda necesaria que requieran los alumnos para que el desarrollo de cada una de las actividades del seminario sean resueltas de la mejor manera posible. PRESENTACIÓN DEL MAPA CONCEPTUAL:

1. El Mapa Conceptual debe ser manuscrito, individual y se presentará al iniciar cada sesión para el visto bueno (VoBo) del Docente de Seminario. (Durante el paso corto el Docente coloca una firma en el Mapa conceptual elaborado que permitirá reconocer que fue realizado previamente).

2. El Mapa Conceptual se elaborará en una hoja de papel bond A4, empleando diversos colores, una buena caligrafía y ortografía.

3. El tema del Mapa Conceptual es el considerado en las preguntas del seminario y la lectura.

4. El Mapa conceptual pre-elaborado podrá ser enriquecido a lo largo del seminario, a medida que se realice la discusión de las preguntas (no significa realizar el mapa conceptual durante el desarrollo del seminario).

5. Al finalizar el Seminario se entregaran los Mapas Conceptuales de elaboración individual.

CALIFICACIÓN DE LA PARTICIPACIÓN ORAL: Un grupo de alumnos presentara el tema de la sesión y dirigirá la discusión. Se resolverán las preguntas del cuestionario con la participación de los asistentes. La intervención es personal, se responde a la pregunta, se argumenta, se cuestiona, o se corrige, se fomenta una discusión sobre la misma. Se valorará:

1. Presentación. Claridad y orden. Capacidad de síntesis en la presentación del tema. (Respecto al tiempo designado).

2. Discusión, claridad, orden, vocabulario. 3. Actitud y motivación durante el desarrollo del seminario. 4. Puntualidad, consultas realizadas al profesor, integración del equipo. 5. Conducta durante el desarrollo del seminario.

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MODELO EDUCATIVO POR COMPETENCIAS: DIMENSIONES PARTICIPANTES*

10%

PUNTOS PONDERACION

ACTITUDINAL DEFICIENTE REGULAR BIEN

PUNTUALIDAD 0 a 5 0 2.5 5

PRESENTACION – MAPA CONCEPTUAL.

0 a 5 0 2.5 5

ACTITUD 0 a 10 0 5 10

50% CONCEPTUAL

PASO CORTO 0 a 20

40%

PROCEDIMENTAL

PARTICIPACION 0 a 5 0 2.5 5

EXPOSICION – CONTRIBUCION – MAPA CONCEPTUAL.

0 a 5 0 2.5 5

DISCUSION 0 a 10 0 5 10

* Evaluación que se llevara a cabo semana a semana

EVALUACIÓN DE LOS PASOS CORTOS:

1. Al inicio de cada sesión se tomará una Prueba Escrita de 4 ó 5 preguntas sobre el tema del seminario, la que incluirá conceptos de las clases teóricas relacionadas al tema.

2. Se calificará con cero (00) al alumno que no esté presente y no rinda el paso corto.

3. Todo PASO CORTO NO RENDIDO, no se podrá recuperar.

CALENDARIO Y TEMAS DE SEMINARIOS

Semana Tema

1 Distribución de grupos de trabajo

2 Origen y evolución de las células.

3 Composición y organización molecular de la membrana celular.

4 Citoplasma, Citoesqueleto, matriz extracelular.

5 Motilidad no muscular. Huso acromático.

6 Mitocondrias. ADN mitocondrial.

7 Lisosomas. Muerte celular. Apoptosis y necrosis.

8 EXAMEN PARCIAL

9 Transporte intracelular.

10 REPASO

11 Moléculas de relación celular

12 Recepción celular. Mecanismos moleculares.

13 Replicación del ADN. Reparación del ADN.

14 De gen a proteína.

15 Regulación genómica. Células madre. Clonación. Proteína verde

fluorescente.

16 EXAMEN FINAL

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SEMANA 1

INTRODUCCIÓN

1. Orientación en relación a la dinámica de los Seminarios.

2. Calificación del seminario.

3. Mapas conceptuales – aspectos básicos para su elaboración.

4. Formación de grupos de trabajo.

5. Distribución de temas.

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SEMANA 2

SEMINARIO Nº 1 ORIGEN Y EVOLUCION DE LAS CÉLULAS

1. ¿Cuáles fueron las probables condiciones de la atmósfera y de la tierra hace

aproximadamente 3,500 millones de años atrás? ¿Cómo relaciona este hecho con el experimento de Miller y Urey?

2. La controversia entre los partidarios de las teorías heterotróficas y teorías autotróficas sobre el origen de los primeros organismos vivos continúa. ¿Usted por qué teoría se inclina?, explique.

3. ¿Qué sabe de la hipótesis del mundo ARN? Explique.

4. Averigüe el significado de los siguientes términos y explique sus características principales:

Reino monera. Reino Protista. Reino Fungi. Reino plantae. Reino animal.

Virus.

Prión.

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SEMANA 3

SEMINARIO Nº 2

COMPOSICIÓN Y ORGANIZACIÓN MOLECULAR DE LA MEMBRANA CELULAR.

1. Las propiedades de una bicapa lipídica se determinan por las estructuras de sus moléculas de lípidos. Predecir las propiedades de las bicapas lipídicas que resultarían si lo siguiente fuera cierto:

A. Los fosfolípidos sólo tienen una cadena de hidrocarburo en lugar de dos. B. Las cadenas de hidrocarburos son más cortos de lo normal, digamos de

unos 10 átomos de carbono de longitud. C. Todas las cadenas de hidrocarburos son saturadas. D. Todas las cadenas de hidrocarburos son insaturados. E. La bicapa contiene una mezcla de dos tipos de moléculas lipídicas, uno

con dos colas de hidrocarburos saturados y el otro con dos colas de hidrocarburos insaturados.

F. Cada molécula de lípido se une covalentemente hasta el átomo de carbono final de una de sus cadenas hidrocarbonadas a una molécula lipídica en la monocapa opuesta.

2. ¿Debido a que característica una porina (una proteína presente en bacterias y en la membrana externa mitocondrial) puede atravesar la membrana celular? Señale además la diferencia con una proteína que atraviesa la membrana con un hélice alfa.

3. Ordene las moléculas en la siguiente lista en función de su capacidad para difundir a través de una bicapa lipídica, empezando por la que atraviesa la bicapa con mayor facilidad. Explique su orden.

a. Ca2++ b. CO2 c. Etanol d. Glucosa e. ARN f. H2O

4. Describa las propiedades de las tres clases de proteínas de membrana (integral,

periférica y lípidos anclado), cómo se diferencian unos de otros, y la forma en que varían entre sí.

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SEMANA 4

SEMINARIO Nº 3

CITOPLASMA, CITOESQUELETO, MATRIZ EXTRACELULAR.

1. En una célula animal típica, ¿Cuál de los siguientes compartimentos es el más grande? ¿Qué compartimento está presente en mayor número? Fundamente su respuesta.

a. Citosol. b. Retículo endoplásmico. c. Endosoma. d. Aparato de Golgi. e. Lisosoma. f. Mitocondria. g. Núcleo. h. Peroxisoma.

2. ¿En cuál de los siguientes tipos de células Usted espera una alta densidad de

filamentos intermedios citoplasmáticos? Explique su respuesta. a. Amoeba proteus (una ameba de vida libre). b. Célula epitelial de la piel humana. c. Célula muscular lisa en el tracto digestivo de un vertebrado. d. Célula nerviosa en la médula espinal de un ratón. e. Espermatozoide humano. f. Célula vegetal.

3. ¿Cuál de los siguientes cambios tiene lugar cuando el músculo esquelético se

contrae? a. Discos Z se mueven y se alejan más. b. Los filamentos de actina se contraen. c. Los filamentos de miosina se contraen. d. Los sarcómeros se acortan.

4. Las cadenas de polisacáridos de glicosaminoglicanos que se vinculan a las

proteínas centrales específicas para formar los proteoglicanos de la lámina basal que se encuentran altamente cargados negativamente. ¿Cómo cree que estas cadenas de polisacáridos cargados negativamente ayudan a establecer un entorno similar a un gel, hidratado alrededor de la célula? Cómo podrían las propiedades de estas moléculas diferir si las cadenas de polisacáridos se encontrarían sin carga?.

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SEMANA 5

SEMINARIO Nº 4

MOTILIDAD NO MUSCULAR. HUSO ACROMÁTICO.

1. ¿Cómo es posible que una misma vesícula sea transportada a lo largo de microtúbulos y microfilamentos?

2. Describa los pasos tomados por una célula de mamífero al arrastrase sobre un sustrato.

3. La concentración de actina en las células es 50 - 100 veces mayor que la concentración crítica observado para la actina pura en un tubo de ensayo. ¿Cómo es esto posible? ¿Qué impide que las subunidades de actina en las células se polimericen en filamentos? ¿Por qué es VENTAJOSA para la célula mantener un gran número de subunidades de actina?

4. ¿Cómo se estructura el huso acromático? ¿Cuál es su función? ¿Qué sucede en una célula en interfase?

5. Averigüe que sucede a nivel molecular en la enfermedad de los cilios inmóviles.

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SEMANA 6

SEMINARIO Nº 5

MITOCONDRIAS. ADN MITOCONDRIAL

1. La cadena respiratoria es relativamente inaccesible a la manipulación experimental en mitocondrias intactas. Después de perturbar a la mitocondria con ultrasonido, es posible aislar partículas sub-mitocondriales funcionales, las que consistirán en crestas rotas que se han vuelto a sellar al revés en pequeñas vesículas cerradas. En estas vesículas los componentes que originalmente se encontraban hacia la matriz mitocondrial están ahora expuestas al medio circundante. ¿Cómo cree que una disposición de este tipo podría ayudar en el estudio del transporte de electrones y la síntesis de ATP?

2. Compare las propiedades y la historia evolutiva de las membranas mitocondriales interna y externa; el espacio inter-membrana y la matriz.

3. De los cinco tipos de transportadores de electrones, ¿Quién tiene la masa molecular más pequeña? ¿Cuál tiene mayor relación entre átomos de hierro a electrones transportados? ¿Cuál tiene un componente que se encuentra fuera de la bicapa lipídica? ¿Cuáles son capaces de aceptar protones y electrones y cuáles sólo electrones?

4. ¿En qué son los peroxisomas similares a las mitocondrias? ¿En qué manera son únicas?

5. Mencione las diferencias estructurales y funcionales entre la membrana mitocondrial interna y externa. Mencione las características del ADN mitocondrial que lo diferencian del ADN nuclear y explique cómo se hereda.

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SEMANA 7

SEMINARIO Nº 6

LISOSOMAS. MUERTE CELULAR. APOPTOSIS Y NECROSIS.

1. Describir los eventos que se producen durante la destrucción autofágica de una mitocondria.

2. ¿Cuáles son algunas de las funciones de la apoptosis en la biología de los vertebrados?

3. Describir los pasos que se producen entre (a) el tiempo que una molécula de Factor de Necrosis Tumoral (TNF) se une a su receptor y la eventual muerte de la célula y (b) el tiempo de una proteína proapoptótica Bcl-2 se une a la membrana mitocondrial externa y la muerte celular.

4. Fíjense bien en las micrografías electrónicas. Describa las DIFERENCIAS entre la célula que murió por necrosis y la que murió por apoptosis. ¿Cómo las imágenes confirman las diferencias entre los dos procesos? Explique su respuesta.

Necrosis Apoptosis

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SEMANA 9

SEMINARIO Nº 7

TRANSPORTE INTRACELULAR.

1. Describa los pasos que se producen entre el momento en un ribosoma se une a un ARN mensajero que codifica una proteína de secreción y el momento en que una proteína abandona el Retículo Endoplásmico Rugoso (RER).

2. ¿Cómo logra una proteína integral recién sintetizada insertarse en una membrana?

3. Describa algunas de las maneras en que las organelas membranosas

pueden mantener sus composiciones únicas a pesar del continuo tráfico de membranas y materiales que se desplazan a través de ellas.

4. ¿Cómo son dirigidas las proteínas recién sintetizadas a determinados

compartimentos subcelulares específicos? Averigüe cómo una proteína después de su síntesis en los polirribosomas llega al interior de la matriz mitocondrial.

5. ¿Qué determina la especificidad de la interacción entre una vesícula de

transporte y el compartimento de la membrana con la que se va a fundir? ¿Cómo son las proteínas SNARE involucrados en el proceso de fusión de membranas?

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SEMANA 11

SEMINARIO Nº 8

MOLÉCULAS DE RELACIÓN CELULAR

1. ¿Qué tipo(s) de las uniones celulares contienen filamentos de actina? ¿Quién(es) contienen(s) filamentos intermedios? ¿Quién(es) contienen(s) integrinas? ¿Quién(es) contiene(n) cadherinas?

2. Comparar la disposición de las proteínas integrales de la membrana en una unión estrecha (tight junction) contra unas uniones comunicantes (gap junction).

3. Se requiere una fuerza de unos 20 piconewtons (pN) para tirar de una

proteína transmembrana como P-selectina de una bicapa lipídica pura. Para tirar de una molécula de P-selectina fuera de la membrana plasmática se requiere más de 110 pN. ¿Por qué crees que se necesita mucha más fuerza para tirar de P-selectina fuera de la membrana plasmática que fuera de una bicapa lipídica?

4. Contraste los papeles del colágeno y proteoglicanos en el espacio

extracelular. ¿Cómo la fibronectina y laminina contribuyen al desarrollo embrionario?

5. Explique qué sucede a nivel molecular cuando un leucocito migra desde el

interior de un vaso sanguíneo hacia el espacio intercelular.

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SEMANA 12

SEMINARIO Nº 9

RECEPCIÓN CELULAR. MECANISMOS MOLECULARES.

1. Las células se comunican de maneras que se asemejan a la comunicación humana. Decida cuál de las siguientes formas de comunicación humana son análogas a la comunicación autocrina, paracrina, endocrina, y la señalización sináptica de las células, explique: a. Una conversación telefónica. b. Hablar con personas durante una fiesta. c. Un anuncio en la radio. d. Hablar consigo mismo

2. ¿Qué entiende por transducción de la señal? Señale ejemplos.

3. ¿Cómo el uso de una cascada de reacción resulta en la amplificación de una señal? ¿Cómo aumenta las posibilidades de regulación metabólica?

4. ¿Cuál es el mecanismo de la formación del segundo mensajero Inositol tri-

fosfato (IP3)? ¿Cuál es la relación entre la formación de IP3 y una elevación de calcio intracelular? ¿Cómo es que la concentración calcio iónico (Ca+2) del citosol se mantiene a un nivel tan bajo? ¿Cómo afecta el cambio de concentración calcio iónico en respuesta a los estímulos?

5. Los receptores nucleares tienen un sitio de unión para una molécula señal y

para una secuencia de ADN. Cómo es posible que receptores nucleares idénticos en diferentes células puedan activar genes diferentes cuando se unen a una misma molécula señal?

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SEMANA 13

SEMINARIO Nº 11

REPLICACIÓN DEL ADN. REPARACIÓN DEL ADN.

1. Describir el mecanismo de acción de las ADN polimerasas que operan en las dos hebras del ADN y el efecto que esto tiene en la síntesis de la hebra rezagada en comparación con el hebra principal.

2. Suponga que usted es incapaz de reparar el daño en el ADN causado por la pérdida de bases de purina. Este defecto causa la acumulación de unas 5.000 mutaciones por día en el ADN de cada una de sus células. Como la diferencia promedio en las secuencias de ADN entre humanos y chimpancés es de aproximadamente 1%, es sólo cuestión de tiempo hasta que te conviertes en un chimpancé. ¿Qué es lo incorrecto en este argumento?

3. ¿De qué manera las dos actividades de exonucleasa de la ADN polimerasa I se diferencian unas de otras ¿Cuáles son sus respectivas funciones en la replicación?

4. Contraste los acontecimientos de la reparación por escisión de nucleótidos y

la reparación por escisión de base. 5. ¿Por qué es importante en la reparación de genes que la célula distinga las

cadenas parentales de las cadenas recién sintetizadas ¿Cómo se logra esto?

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SEMANA 14

SEMINARIO Nº 12

DE GEN A PROTEÍNA.

1. Describir las diferencias entre un transcrito primario, una unidad de transcripción, un espaciador de transcrito, y un ARNr maduro.

2. ¿Cuáles son los pasos generales en el procesamiento de un pre ARNm en

un ARNm? ¿Cuál es el papel de los snRNPs y de los espliceosomas? 3. ¿Qué es un polirribosoma? ¿De qué manera su formación difiere en

procariotas y eucariotas? 4. Durante elongación de la traducción, se puede decir que un aminocil-ARNt

entra en el sitio A, un peptidil-ARNt entra en el sitio P, y un ARNt desacilado entra en el sitio E. Explicar cómo se produce cada uno de estos eventos.

5. Investigue sobre las chaperonas y chaperoninas y su relación la proteína

naciente. ¿Qué sucedería en el interior de las células si no existirán chaperonas ni chaperoninas?

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SEMANA 15

SEMINARIO Nº 13

REGULACIÓN GENÓMICA. CÉLULAS MADRE. CLONACIÓN.

1. Describir los componentes que forman la envoltura nuclear. ¿Cuál es la relación entre las membranas nucleares y el complejo del poro nuclear? ¿Cómo funciona el complejo del poro nuclear al regular el movimiento bidireccional de materiales entre el núcleo y el citoplasma? ¿Qué son la importinas y las exportinas?

2. ¿Cuál es la diferencia en la estructura y la función entre heterocromatina y eucromatina? ¿Entre heterocromatina constitutiva y facultativa? ¿Entre un cromosoma X activo e inactivo en una célula de mamífero hembra? ¿Cómo es el código de histonas un determinante del estado de un región cromatina?

3. ¿Cómo el código de histonas es un factor determinante del estado de una

región de la cromatina? 4. ¿Cuál es la diferencia en la estructura y función entre los centrómeros y

telómeros de un cromosoma? 5. Investigue sobre las implicancias para la medicina humana de las células

madre, la clonación de animales y el desarrollo de la proteína verde fluorescente.