Estudo do transcriptoma associado à produção e … · 2015. 4. 20. · 4º Encontro REDECOR 26 de Novembro 2014, Oeiras - [email protected] 2009 – Consórcio de ESTs

Filomena Nóbrega Isabel Carrasquinho Rita Costa Carolina Varela

Estudo do transcriptoma associado à produção e

desenvolvimento da cortiça

4º Encontro REDECOR

26 de Novembro 2014, Oeiras - [email protected]

2009 – Consórcio de ESTs de Sobreiro

Estudar o transcriptoma do sobreiro de uma forma extensa através da produção de sequências expressas de diferentes tecidos, de diferentes estádios de desenvolvimento e de diferentes condições fisiológicas de modo a garantir a deteção da expressão dum número máximo de genes.

12 projetos financiados pela FCT - 32 Institutos de investigação

SOBREIRO/0014/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Stress Biótico: resposta radicular à infeção por Phytophthora cinnamomi. (UAlg)

SOBREIRO/0015/2009 TransCorkQ - Análise transcriptomica da qualidade da cortiça e da diferenciação cambial em Q. suber. (IBET)

SOBREIRO/0017/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro – Produção de cortiça (INIAV)

SOBREIRO/0029/2009 Consórcio de ESTs do sobreiro - desenvolvimento do fruto e do embrião. (IBET)

SOBREIRO/0030/2009 Consórcio dos ESTs do sobreiro - Plataforma Bioinformática. (ITQB/UNL)

SOBREIRO/0033/2009 Consórcio de ESTs de sobreiro - Stress abiótico: secura, salinidade e stress oxidativo. (UM)

SOBREIRO/0034/2009 Consórcio de ESTs de Sobreiro - Simbiose Micorrízica. (FFC/FC/UL)

SOBREIRO/0035/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Stress abiótico: calor e frio. (IBET)

SOBREIRO/0036/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Detecção e validação de polimorfismos. (FFC/FC/UL)

SOBREIRO/0038/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Qualidade da cortiça. (CEBAL)

SOBREIRO/0039/2009 Consórcio de ESTs de sobreiro - abrolhamento e desenvolvimento foliar. (INIAV)

http://www.corkoakdb.org/



2009 – Consórcio de ESTs de Sobreiro

Maior recurso genómico disponível para o sobreiro onde se encontram disponíveis 159000 unigenes.

www.corkoakdb.org

Base de dados de ESTs de sobreiro (CorkOakDB)

1ª Publicação do consórcio




Obtenção e sequenciação do maior número possível de sequências expressas

(ESTs – Expressed Sequence Tags) isoladas de tecidos envolvidos na formação e

desenvolvimento da cortiça.

SOBREIRO/0017/2009 - Consórcio de ESTs do Sobreiro - Produção de cortiça.

Identificação de genes candidatos diferencialmente expressos por forma a

contribuir para o aumento da produção de cortiça em qualidade e quantidade

e na perspetiva da seleção juvenil.

Material vegetal?




A felogene forma-se ao fim de aproximadamente ao fim de 1 mês de crescimento.

Em caules jovens, nos níveis de altura intermédio (cerca de 15 cm) e inferior (cerca

de 1 cm) identificam-se já o felema e a felogene.

MATERIAL VEGETAL

A formação da cortiça é originada pela formação do felema resultante da atividade da felogene .

A atividade da felogene desenvolve-se aproximadamente de Abril a Outubro/Novembro, interrompendo-se no Inverno.

(Fonte: Moore et al., 1995)




A formação da felogene e da cortiça em caules jovens de sobreiro

Fonte: Sofia Cardoso, 2011. Caracterização histológica e histoquímica das células suberosas em diferenciação das peridermes do sobreiro e da batata . Tese de Mestrado, ISA

MATERIAL VEGETAL




Zona de estudo Mata Nacional do Vimeiro

Os híbridos e seus descendentes, cópias vegetativas de um mesmo indivíduo existentes na Mata Nacional do Vimeiro constituem o material vegetal de excelência para o estudo de genes envolvidos na produção de cortiça.

Árvores da 2ª geração dos hibridos naturais, com e sem produção de cortiça.

Neste campo experimental existem híbridos naturais de Quercus cerris x suber e as suas descendências, de 2ª geração com cerca de 40 anos de idade, que apresentam diferentes graus de produção de cortiça.




Metodologia

Ramos do ano em 3 árvores com produção

de cortiça e 3 árvores sem produção de

cortiça em 2 períodos de crescimento

(Maio/Setembro).

Extração de RNA

2 Bibliotecas normalizadas

2 Bibliotecas não normalizadas

Pool 1 – RNA de árvores com produção de cortiça

em 2 períodos de crescimento

Pool 2 - RNA de árvores sem produção de cortiça

em 2 períodos de crescimento

Plataforma de sequenciação Genome Sequencer FLX (454-Roche) (BIOCANT).

RNA Integrity Number (RIN): 9)




Resultados: sequenciação e assemblagem




Resultados: anotação

O pool1, obtido de RNA de árvores com produção de cortiça, apresentou um elevado número de contigs e unigenes.

• Análise de expressão génica diferencial

• Identificação de genes candidatos diferencialmente expressos na produção da cortiça

• Validação por qRT-PCR

• Pesquisa de marcadores moleculares (SNPs)

Em curso





Sónia Gonçalves Tânia Almeida

Filomena Nóbrega Isabel Carrasquinho Rita Costa Carolina Varela

Ana Margarida Fortes

Rita Teixeira





OBRIGADA


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