Gen FOXG1. es un factor de transcripcion el cual regula el desarrollo del telencefalo (henisferios cerebrales) y la especificacion regional del prosencefalo, incluidos el telencefalo basal y la retina. El 92% de pacientes con mutaciones en el gen FOXG1 presenta la forma congénita del Sindrome de Rett con una grave hipotonía generalizada, microcefalia adquirida precoz (–3 a –6 desviaciones estándares) y fenotipo peculiar. Ante un diagnóstico de SR sin alteración en los genesMECP2 y CDKL5, especialmente en la variante congénita, debe investigarse el gen FOXG1. El diagnóstico molecular confirma el diagnóstico clínico y aporta un consejo genético a la familia.

engrailed 1 y 2 (EN1 y EN2). son inducidos por FGF- 8. contienen homosecuencias expresadas en gradientes que radian anteriormente y posteriormente desde el istmo. EN1 regula el desarrollo a traves de su dominio de expresion que incluye el mesencefalo dorsal y el rombencefalo anterior. EN2 participa solo en el desarrollo cerebeloso.

Gen SHH (Sonic Hedgehog) es necesario para el desarrollo de la parte frontal del cerebro (cerebro anterior). Esta proteína de señalización ayuda a establecer la línea que separa los lados derecho e izquierdo del cerebro anterior (la línea media). En concreto, Sonic Hedgehog establece la línea media de la cara inferior (superficie ventral) del cerebro anterior. Sonic Hedgehog y otras proteínas de señalización se necesitan para formar las mitades derecha e izquierda (hemisferios) del cerebro.Sonic Hedgehog también tiene un papel importante en la formación de los ojos. Durante el desarrollo temprano, las células que se convierten en los ojos forman una única estructura llamada el campo de los ojos. Esta estructura se encuentra en el centro de la cara en desarrollo. la señalización de hedgehog sonic hace que el campo ojo a separarse en dos ojos distintos. Más de 100 mutaciones en el SHH se han encontrado genes para causar holoprosencefalia no sindrómica.

Gen NKX2.1. es inducido por SHH. contiene un homeodominio que regula el desarrollo del hipotalamo. la Supresión de NKX2- 1 en las neuronas diferenciadas del hipotálamo en ratones retraso de la pubertad, capacidad de reproducción y de un palmo reproductiva más corta en ratones hembra, lo que sugiere que NKX2-1 juega un papel importante en la función endocrina juvenil y adulto. Durante el desarrollo embrionario y fetal, NKX2-1 se activa en diversos órganos, especialmente de pulmón, tiroides y cerebro. como un factor crucial para el desarrollo de los pulmones, NKX2-1 se expresa en el endodermo del intestino anterior ventral en una etapa muy temprana funcionamiento como una señal de que es esencial para la especificación de un destino de la célula pulmonar en lugar de un destino de las células del hígado.