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INSTITUTO AGRONÔMICO DE PERNAMBUCO SEGRETARIA DE AGRICULTURA E REFORMA AGRÁRIA DE PERNAMBUCO ISOLAMENTO, IDENTIFICAÇÃO, ESTUDO MOLECULAR E BIOCONTROLE DE FUNGOS DE SOLO EM FEIJOEIRO COMUM (Phaseolus vulgaris L.)

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INSTITUTO AGRONÔMICO DE PERNAMBUCO

SEGRETARIA DE AGRICULTURA E REFORMA AGRÁRIA DE

PERNAMBUCO

ISOLAMENTO, IDENTIFICAÇÃO, ESTUDO

MOLECULAR E BIOCONTROLE DE FUNGOS DE SOLO

EM FEIJOEIRO COMUM (Phaseolus vulgaris L.)

RECIFE

2011

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1. IDENTIFICAÇÃO DA PROPOSTA

O feijão é uma leguminosa predominantemente autógama e sua cultura possui

grande importância econômica e social no Brasil, constituindo a principal fonte de

proteína vegetal e ferro na alimentação humana. Sabe-se que o feijoeiro é considerado

sensível tanto ao déficit quanto ao excesso de água no solo e sua produtividade é afetada

por diversos fatores, como por exemplo, as doenças, com destaque para as causadas por

fungos do solo, que podem causar prejuízos severos. Várias ferramentas têm sido

utilizadas para contribuir com o conhecimento desses patógenos a partir do seu

inventário, como técnicas moleculares e o controle integrado, usando outros fungos,

extratos vegetais e a resistência genética, dentre outras. Os marcadores moleculares

vêm sendo utilizados para caracterizar diversidade genética em populações de fungos

fitopatógenos, podendo ser utilizados na avaliação das relações filogenéticas intra e

interespecíficas, identificação de raças e patógenos. A partir do desenvolvimento da

PCR (reação em cadeia da polimerase) novas técnicas moleculares permitiram a análise

de polimorfismos em diferentes grupos de organismos, como os marcadores

moleculares ITS e ISSR que auxiliam na criação de bancos de dados de perfis genéticos

para fins diagnósticos mais rápidos e precisos, além de ajudar na estratégia de controle

de doenças. O método mais utilizado para controle de doenças no campo ainda é o

controle químico, porém o seu uso contínuo e indiscriminado tem oferecido riscos

ambientais e à saúde humana e de animais. Sendo assim, a demanda por novas

tecnologias está se tornando cada vez mais importante para o controle de doenças e

pragas, como é o caso do controle alternativo, utilizando-se extratos vegetais, óleos

essenciais e outros derivados naturais. Do exposto, esse trabalho tem como objetivo

fazer um inventário de fungos de solo que incidem sobre o feijoeiro comum e caupi,

determinar a variabilidade genética de seus patógenos, fazer um estudo molecular

comparativo entre os patógenos comuns às duas espécies vegetais, verificar a inibição

dos isolados fúngicos por extratos vegetais e por Trichoderma sp. Como se sabe, os

fungos do gênero Trichoderma são capazes de agir como agentes de controle de

doenças de várias plantas cultivadas e de atuar como promotores de crescimento e

indutores de resistência de plantas a doenças. O trabalho será realizado no Centro de

Tecnologias Estratégicas do Nordeste (CETENE), sendo que algumas atividades de apoio

poderão ser executadas na Sede do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA). As

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amostras de feijoeiro com sintomas de doença serão coletadas em todas as áreas de

produção do estado. Em laboratório, serão desinfestadas com hipoclorito de sódio e

pequenos fragmentos de caules e raízes serão transferidos para placas de Petri, contendo

meio de cultura BDA. Para a identificação dos fungos, serão avaliados os aspectos

macroscópicos e microscópicos dos isolados. Além disso, será feita a caracterização

genética de todos os fungos testados nos bioensaios, utilizando-se os marcadores

moleculares ISSR (Internal Simple Sequence Repeat) e análise das regiões ITS (Internal

Transcribed Spacer de DNAr), visando observar as relações filogenéticas entre os

isolados, confrontando com suas identificações taxonômicas. Bioensaios com extratos

de plantas medicinais e espécies de Trichoderma serão conduzidos, visando o controle

alternativo dos fungos isolados. Espera-se que a principal contribuição dessa proposta

seja a elaboração e a disponibilização para o estado de Pernambuco de um inventário de

fungos do solo, de baixo custo e capaz de contribuir para o controle dos patógenos que

afetam o feijoeiro.

Coordenador: ANTONIO FÉLIX DA COSTA (D.Sc. em Fitopatologia - IPA)

2. QUALIFICAÇÃO DO PRINCIPAL PROBLEMA A SER ABORDADO

O feijão é uma leguminosa predominantemente autógama, domesticada há mais

de 7.000 anos e vem de dois centros de origem: o Mesoamericano (México e América

Central) e o da Região Andina. Acredita-se que o feijão tenha se manifestado

inicialmente como erva daninha em cultivos de mandioca e batata-doce na América

Central. Durante milênios, os agricultores cultivaram misturas complexas de tipos de

feijão como cerca viva contra seca, doenças e ataques de pragas. Esse processo produziu

uma variabilidade genética muito grande, com uma variedade grande de cores, textura e

tamanho de grãos, vindo ao encontro das condições de plantio e preferências de sabor,

em diferentes regiões (ARAGÃO & FARIA, 2005).

As culturas do feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) e do feijão-caupi (Vigna

unguiculata (L.) Walp., também chamado por feijão de corda ou macassar, possuem

grande importância econômica e social no Brasil, constituindo a principal fonte de

proteína vegetal e ferro na alimentação humana. Essas leguminosas fornecem quase

todos os aminoácidos essenciais, carboidratos, vitaminas e minerais, além de possuir

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grande quantidade de fibras dietéticas e baixa quantidade de lipídios (AKANDE, 2007;

MACHADO et al., 2008).

Dados disponíveis na FAO (2009) sobre a produção mundial de feijão no ano de

2007 indicam que o Brasil é o segundo maior produtor de feijão comum e o terceiro de

feijão-caupi, com uma área de 3,5 milhões de hectares plantados, enquanto o primeiro

lugar na produção do feijão comum é ocupado pela Índia, mesmo que de vários tipos, e

pela Nigéria para feijão caupi, com uma produtividade média de aproximadamente 732

Kg/ha e 417 kg/ha, respectivamente.

No Brasil, a região Nordeste corresponde à segunda maior produtora do feijão

comum, ficando atrás apenas da região Sul, (CONAB, 2009; LIMA et al., 2002). O

feijão caupi é a principal cultura de subsistência dessa região, especialmente no Sertão

Nordestino (LIMA et al., 2007). Essas culturas são consideradas excelentes opções

como fonte de matéria orgânica para recuperação de solos de baixa fertilidade, ou

esgotados pelo uso intensivo, muito comum no Nordeste. (TEÓFILO et al., 2008).

O feijoeiro adapta-se às mais variadas condições ambientais, o que possibilita

sua exploração sob diferentes sistemas de produção (FROTA et al., 2008; BRITO et al.,

2009). Contudo, sabe-se que o feijoeiro é considerado sensível tanto ao déficit quanto

ao excesso de água no solo (VALADÃO & KLAR, 1996) e sua produtividade é função

de diversos fatores, destacando-se as inter-relações entre solo-água-planta-atmosfera e

manejo da irrigação, visando à máxima produção e à boa qualidade do produto.

Além dos fatores citados acima, dentre os mais importantes na diminuição da

produtividade do feijoeiro, encontram-se as doenças, com destaque para as causadas por

fungos do solo, que podem causar prejuízos severos, com perdas de até 100%, com

diminuição das qualidades fisiológicas, nutricionais e sanitárias do produto colhido,

afetando o preço e sua comercialização (BIAZON, 2003). Os agentes causais dessas

doenças apresentam estruturas de resistência que os ajudam a sobreviver no solo por

vários anos. Esse grupo de patógenos se caracteriza por causar doença no sistema

radicular ou até mesmo na parte aérea das plantas (SARTORATO, 2007).

Dentre os fungos patogênicos ao feijoeiro presentes no solo, podem-se destacar

Sclerotium rolfsii Sacc, Fusarium oxysporum f.sp. phaseoli J.B. Kendr. & W.C. Snyder,

F.solani f. sp. phaseoli (Mart.) Sacc., Rhizoctonia solani J.G. Kühn, Thanatephorus

cucumeris (A.B. Frank) Donk, Macrophomina phaseolina (Tassi) Goid., Sclerotinia

sclerotiorum (Lib.) de Bary, Thielaviopsis basicola (Berk. & Broome) Ferraris,

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Phymatotrichum omnivora (Duggar) Hennebert,, e várias espécies de Phytium e outras

espécies de Fusarium (ABAWI & CORRALES, 1990).

As principais doenças do feijoeiro causadas por fungos habitantes do solo são

podridão do colo, murcha-de-fusarium, podridão radicular seca, podridão radicular de

rizoctonia, murcha da teia micélica (mela), podridão cinzenta do caule, mofo branco e

podridão por pitium. Dessas, as mais comuns em feijão-caupi são a murcha-de-fusarium

e a podridão radicular de rizoctonia (ATHAYDE SOBRINHO et al., 2005).

A podridão do colo é importante e freqüentemente observada em áreas quentes,

subtropical e tropical, onde se cultiva o feijoeiro comum (P. vulgaris). Essa doença é

causada por Sclerotium rolfsii Sacc. que sobrevive no solo sob forma de escleródios por

períodos de um a três anos. Tal fungo possui a capacidade de competição saprofítica e

produz elevado número de escleródios, tornando difícil seu controle (DANTAS et al.,

2002).

O agente causal da murcha ou amarelecimento de fusarium é o fungo Fusarium

oxysporum Schlecht f. sp. phaseoli. Esse patógeno produz microconídios,

macroconídios e clamidósporos. Os sintomas dessa doença manifestam-se por perda de

turgescência, amarelecimento, seca e queda progressiva das folhas, além de um

escurecimento do sistema vascular da planta, da base até os ramos laterais.

As podridões radiculares incitadas por R. solani e de F. solani f. sp. phaseoli são

doenças tipicamente destrutivas, pois maceram os tecidos. R. solani forma tufos de

micélio conhecidos como colchões de infecção que são caracterizados pela maceração

dos tecidos localizados abaixo do nível do solo. No córtex, desenvolve-se uma reação

do hospedeiro mediante a concentração de compostos fenólicos que lignificam as

células adjacentes aos tecidos infectados, promovendo, assim, a cicatrização da área

afetada. Enquanto que, para o F. solani, o processo de patogênese desenvolve-se a partir

de abertura e/ou ferimentos provocados por outros organismos, quando toda raiz é

afetada.

A mela do feijoeiro foi inicialmente descrita tendo como agente etiológico

Rhizoctonia solani, porém atualmente a denominação aceita é Thanatephorus cucumeris

(Frank) Donk. Esse fungo apresenta frutificações brancas, com himênio descontínuo,

formado por um conjunto de basídios. Essa enfermidade afeta toda a parte aérea da

planta e apresenta basicamente dois tipos de sintomas: o produzido por micélio e

escleródio e o produzido por basidiósporos. Os sintomas iniciais aparecem nas folhas

como pequenas manchas aquosas, arredondadas, de cor mais clara que a parte sadia. À

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medida que a infecção progride, ocorre uma intensa produção de micélio de cor

castanho-clara, em ambas as faces da folha, unindo folhas, pecíolos, flores e vagens,

como se fosse uma teia de aranha.

O agente etiológico do mofo branco é o fungo Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de

Barry, que sobrevive principalmente na forma de escleródios. A infecção causada pelas

hifas decorre do contato direto dos tecidos suscetíveis com o micélio no solo. Os

ascósporos produzidos nos apotécios são expelidos forçadamente sob a folhagem do

hospedeiro, germinam e desenvolvem-se tanto sobre tecidos mortos (folhas,

inflorescências caídas no solo) como sobre os tecidos da planta.

A podridão cinzenta do caule é uma doença importante no Nordeste do Brasil,

onde as lavouras estão sujeitas a estresses, principalmente hídrico. Macrophomina

phaseolina (Tassi) Goldi, o agente causal da podridão cinzenta do caule, é um habitante

natural do solo, de grande variabilidade patogênica e alta capacidade de sobrevivência

sob condições adversas. Os prejuízos à cultura do feijão são determinados pela

diminuição do estande, do desempenho produtivo das plantas e da baixa qualidade da

semente produzida quanto ao vigor e sanidade.

Em alguns casos há sinergismo entre esses organismos que causam as doenças.

Nesse caso, os danos produzidos podem ser maiores, ou seja, a interação pode produzir

um dano ainda maior à cultura do que quando isoladamente (BEEBE, 1981).

Os marcadores moleculares vêm sendo utilizados para caracterizar diversidade

genética em populações de fungos fitopatógenos, podendo ser utilizados na avaliação

das relações filogenéticas intra e interespecíficas, identificação de raças e patógenos,

bem como, auxiliar a caracterização de fungos e taxonomia (NOZAKI et al., 2006).

Com o desenvolvimento da PCR (reação em cadeia da polimerase), a partir de

moléculas de DNA, novas técnicas moleculares permitiram a análise de polimorfismos

em diferentes grupos de organismos. Dentre elas podem ser citados os marcadores

moleculares ITS (Internal Transcribed Spacer) e ISSR (Inter Simple Sequence Repeat)

(FERREIRA & GRATTAPAGLIA, 1998). Esses marcadores são ótimas ferramentas

para a criação de bancos de dados de perfis genéticos para fins diagnósticos mais

rápidos e precisos (FUNGARO, 2000). Tais técnicas moleculares apresentam-se como

uma alternativa aos métodos tradicionais, pois analisam o genoma independentemente

do estado fisiológico do organismo e são suficientemente sensíveis para distinguir

espécies estreitamente relacionadas. Além disso, estudos genéticos de microrganismos

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também são realizados, visando auxiliar na estratégia de controle de doenças (SMITH &

REGISTER, 1998).

Nilson et al. (2009) apresentam a região ITS (Internal Transcribed Spacer)

como a sequência nucleotídica mais utilizada para sistemática e taxonomia de fungos no

nível de gênero e espécie. Tal seqüência compreenderia cerca de 650 pb divididas em

sub-regiões denominadas ITS1, ITS2 e o gene 5,8S ribossomal. As sequências ITS1 e

ITS2 são empregadas na discriminação espécie específica e possuem variabilidade e

comprimentos relativamente semelhantes. Diferentes autores têm demonstrado a

utilização de marcadores ITS na identificação de genótipos, no estudo da variabilidade

genética, na discriminação entre isolados quanto à taxonomia e na localização

geográfica dos fungos (PANTOU et al., 2003; REHNER & BUCKLEY, 2005;

VELÁSQUEZ et al., 2007; INGLIS et al., 2008; KOUVELIS et al., 2008).

Oliveira & Costa (2002), estudando a variabilidade genética de Fusarium

solani, conseguiram, por meio de técnicas moleculares, diferenciar formae speciales em

soja e feijoeiro. Cavalcante (2005), utilizando técnica de ISSR e a região ITS do rDNA,

separou todos os isolados de C. gloeosporioides de mangueiras dos isolados de cebola.

Os trabalhos encontrados na literatura são estudos envolvendo análise da

variabilidade genética, estudo de populações e comparação de isolados de uma espécie

de fungo proveniente de culturas diferentes ou de uma mesma cultura de diferentes

regiões (PLOETZ et al., 2005; SHARMA et al., 2005; JULIATTI et al., 2006; CASTRO

2007; NUNES et al., 2009). Entretanto, não se encontraram relatos referentes ao

emprego de marcadores moleculares na comparação de fitopatógenos provenientes de

variedades de uma mesma cultura, como por exemplo, nas variedades de feijão comum

e caupi, tornando necessário o conhecimento da diversidade, distribuição, estruturas

destas comunidades fúngicas e variações na sequência desses isolados.

O método mais utilizado para controle de doenças no campo ainda é o controle

químico, porém o uso contínuo e indiscriminado desses produtos tem oferecido riscos

ambientais e à saúde humana e animal. Sendo assim, a demanda por novas tecnologias

que respeitem o ecossistema e não ofereçam riscos de contaminação estão se tornando

cada vez mais importantes para o controle de doenças e pragas. Uma dessas práticas é o

controle alternativo, utilizando-se extratos vegetais, óleos essenciais e outros derivados

naturais. A utilização de produtos naturais na agricultura tem suas vantagens,

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principalmente em função da baixa toxidez e da rápida degradação, tendo como

resultado uma agricultura menos dependente de agrotóxico (GHINI & KIMATI, 2000;

BERNARDO et al., 2002; FARIAS et al., 2004).

Nesse contexto, Lobato et al. (2006) avaliaram o efeito do óleo de Piper

aduncum L., rico em Dilapiol, em sementes de feijão-caupi, que apresenta uma

substância que vem sendo testada com êxito como fungicida, moluscicida, acaricida,

bactericida e larvicida com a vantagem de ser um produto biodegradável. Por outro

lado, Silva et al. (2009) avaliaram o efeito de extratos de alho, angico e manjericão,

isolados ou combinados entre si e ou em associação ao fungicida Mancozeb, no controle

de F. oxysporum f. sp tracheiphilum, proveniente de sementes de caupi, comparando-se

com o efeito do fungicida químico, onde observaram que o extrato de manjericão teve

ação fungicida. Já o fungicida Mancozeb associado ao extrato de angico proporcionou

uma baixa severidade nas plantas avaliadas.

Além da utilização de extratos de plantas como um controle alternativo contra

fitopatógenos, é lembrada também a aplicação de algumas espécies de fungos no

biocontrole. Os fungos do gênero Trichoderma são de grande importância econômica

para a agricultura, uma vez que são capazes de atuarem como agentes de controle de

doenças de várias plantas cultivadas, promotores de crescimento e indutores de

resistência de plantas a doenças (MOHAMED & HAGGAG 2006, FORTES et al.,

2007). Algumas linhagens desses fungos vêm recebendo grande atenção da pesquisa,

também, por sua versatilidade de ação. Essas são capazes de produzir enzimas que

degradam paredes celulares de outros fungos e produzem também substâncias

antifúngicas (antibióticos) (LOUZADA et al., 2009).

Devido aos prejuízos econômicos causados pelos patógenos de solo que

infectam o feijoeiro comum e caupi, à falta do real conhecimento de sua dimensão no

estado e à escassez de métodos de controle eficientes, econômicos e limpos, é de suma

importância o estudo dos fungos de solo que atacam essas culturas, pelo conhecimento

da sua variabilidade genética, o controle por outros fungos e inibição por extratos

vegetais, objetivando minimizar os danos por eles causados ao feijoeiro, além de reduzir

os efeitos sobre o ambiente pelo não uso de defensivos químicos. As informações

geradas nesse projeto contribuirão para a melhoria dos programas de melhoramento do

feijoeiro e para a redução das perdas ao produtor rural, com aumento da geração de

emprego e renda no setor do agronegócio do feijão em Pernambuco. Além disso, essa

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linha de pesquisa poderá ser aprofundada com a realização de novas pesquisas,

especialmente nas áreas de biologia molecular, avaliação de cultivares para resistência a

esses fungos e melhoramento genético, controle biológico e integrado, além de

formação de recursos humanos.

3. OBJETIVOS E METAS A SEREM ALCANÇADOS

3.1 Objetivo Geral

Fazer um inventário de fungos de solo da cultura do feijão comum e do

feijão-caupi em Pernambuco, determinar o seu perfil molecular, verificar a

inibição dos isolados fúngicos por extratos vegetais e por linhagens de

Trichoderma.

3.2 Objetivos Específicos

Isolar e identificar fungos do solo de feijoeiro comum e macassar com

sintomas de doença;

Extrair o DNA dos fungos isolados;

Analisar os perfis de amplificação dos isolados utilizando o

polimorfismo de fragmentos de restrição dos produtos de amplificação

da região ITS do locus do rDNA;

Obter o perfil molecular dos fungos isolados por meio de sequências ITS

e ISSR;

Comparar molecularmente as espécies dos fungos patogênicos comuns a

ambas as culturas;

Avaliar o efeito da inibição dos isolados por extratos de alho, alecrim,

arruda e gengibre.

Avaliar o efeito antagonista dos fungos isolados do solo com espécies de

Trichoderma.

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3.3 Metas

Coletar e identificar fungos de solo em todas as regiões produtoras de feijão

por um período de três anos;

Extrair o DNA dos fungos em estudo a partir de julho de 2012;

Selecionar primers, amplificar e analisar os resultados de ISSR até dezembro

de 2012;

Amplificar e analisar os resultados de ITS após o 13° mês;

Obter extratos vegetais até o 16º mês da pesquisa;

Avaliar a ação antagonista por espécies de Trichoderma até o 22º mês da

pesquisa;

Elaborar relatório final do projeto e publicar artigos até o 24º mês da

pesquisa.

4. METODOLOGIA A SER EMPREGADA

4.1 Locais de coleta e Realização dos Experimentos

Os trabalhos serão realizados no Laboratório de Biologia Molecular do Centro

de Tecnologias Estratégicas do Nordeste (CETENE), com algumas atividades de apoio,

no de Fitopatologia do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA). As amostras serão

coletadas nas regiões produtoras do Araripe, do São Francisco, do Agreste Meridional,

Setentrional e Vale do Ipojuca.

4.2 Isolamento, purificação das espécies e identificação dos isolados fúngicos

As amostras de feijoeiro com sintomas de doença serão levadas para os locais de

execução para posterior manipulação. O material vegetal obtido será desinfestado

superficialmente com hipoclorito de sódio. Com auxilio de um estilete esterilizado serão

retirados pequenos fragmentos de caules e raízes que serão transferidos para placas de

Petri contendo meio de cultura BDA (Batata Dextrose Agar) e incubados sob condições

de temperatura e luminosidade adequadas (MENEZES & SILVA, 1997).

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Para a identificação dos fungos serão avaliados os aspectos macroscópicos

(tamanho, cor e aspecto da colônia) e microscópicos dos isolados. Os isolados serão

inoculados, assepticamente, em placas de Petri contendo BDA e acompanhados por até

96h, para posterior identificação.

4.3 Obtenção de micélio para extração de DNA

Para a extração do DNA dos fungos em estudo, conídios provenientes de cada

isolado serão suspensos em três mL de solução Tween 80 (0,1%) e transferidos para

Erlenmeyer contendo 100 mL de meio mínimo líquido. Após a inoculação, os

Erlenmeyers serão mantidos sob agitação a 250 rpm, à temperatura ambiente

(aproximadamente 28oC), por 96 h para crescimento micelial. O micélio será filtrado

por filtração a vácuo, lavado com água destilada esterilizada e estocado a -20oC. A

extração do DNA será realizada de acordo com Raeder & Broda (1985), sendo o

mesmo, em seguida, ressuspenso em tampão TE e mantido a -20oC até o uso (BATISTA

et al., 2008).

4.4 Extração do DNA genômico

A massa micelial será triturada em nitrogênio líquido, em seguida transferida

para microtubos, aos quais será adicionado tampão de extração (Tris-HCl, NaCl, EDTA,

Dodecil Sulfato de Sódio), homogeneizada sob leve agitação manual e os microtubos

incubados a 65ºC por 30 min. Posteriormente, acetato de potássio será adicionado,

procedendo-se à homogeneização e centrifugação a 14.500g. Em seguida, retira-se o

sobrenadante e adiciona-se uma solução de clorofil e álcool isomílico, com nova

centrifugação a 14.500g. A fase aquosa será recuperada, adicionando-se isopropanol

resfriado a 4ºC para a precipitação do DNA. O precipitado será lavado com etanol a

70%, centrifugado por 10 min, seco à temperatura ambiente, ressuspendido em tampão

TE ( Tris-HCl e EDTA) e preservado sob refrigeração a -20ºC.

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4.5 Quantificação do DNA genômico

A concentração de DNA será estimada por meio de eletroforese em Gel de

agarose 0,8% a 3 V. cm-1 de distância entre os eletrodos, com o tampão de corrida Tris-

Borato-EDTA (TBE) 1 X, por comparação com o marcador de peso molecular DNA de

fago lambda λ. Após a eletroforese, o gel será corado em solução de brometo de etídio

durante 30 minutos, observado em transiluminador de luz ultravioleta e fotografado

(SAMBROOK et al., 1989).

4.6 Análise da diversidade genética pelo uso de marcadores moleculares

Os primers correspondentes para amplificação serão oriundos do UBC primer

set 100/9 (University of British Columbia) de acordo com seleção prévia (ESTRADA et

al., 2007; LIANG et al., 2008). Para a reação PCR o volume total será de 20µl,

consistindo de 10 mmol/L Tris-HCl (pH 8.0), 50 mmol/L KCl, 2 mmol/L MgCl2, 0,25

mmol/L dNTPs, 0,2 µmol/L primer, 0,75 U Ex Taq polimerase (INVITROGEN) e 10

ng DNA alvo. A reação de amplificação ocorrerá em termociclador, da seguinte forma:

5 min. 94oC, 40 ciclos de desnaturação 45s a 94oC, anelamento por 45s a 48oC~55oC (de

acordo com cada primer) e extensão 45s a 72oC; extensão final por 5 min. a 72oC

(LIANG et al., 2008). Os produtos de amplificação serão separados em gel de agarose a

1,5% em tampão 1x TBE (100 V por 35 min), corados com Syber 12P12an e

visualizados sob luz ultravioleta, com auxílio do fotodocumentador.

4.6.1 Análise dos dados ISSR

As bandas amplificadas pelos marcadores ISSR serão identificadas como presentes

ou ausentes, sendo denominado “1” para presença e “0” para ausência. Essa

identificação será utilizada para a formação de um fenograma pelo método UPGMA. O

software utilizado será o MEGA 5.0. (BATISTA et al., 2008; LIANG et al., 2008).

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4.6.2 Análise dos dados de ITS

A amplificação da região ITS1-5,8S-ITS2 será realizada em termociclador, sendo a

programação a seguinte: 3 min. a 94oC para desnaturação inicial; 30 ciclos de 1 min.

para desnaturação a 94oC, 1 min. (na temperatura correspondente ao Tm do primer

usado) para anelamento e 2 min. a 72oC para extensão; 5 min. a 72oC para extensão

final. Cada reação será realizada em microtubos 0,5 mL com volume de 50 µl incluindo:

5 µl tampão de reação (20 mM Tris-HCL, pH 8.3, 1,5 mM MgCl2, 50 mM KCl, 0.1%

Triton X-100), 100 µM de cada dNTP, 40 pmol de cada primer, 2U Taq polimerase

(INVITROGEN), 50ng DNA alvo e água ultra pura.

A digestão enzimática será realizada com os produtos de amplificação, Mix

contendo enzimas de restrição (separadamente: Mspl, HaeIII e DraI ) em tampão de

restrição específico. Após a incubação de 30 minutos a 7ºC com cada uma das três

enzimas, os fragmentos resultantes serão separados por eletroforese em gel de agarose a

1,5%, utilizando-se marcador de peso molecular 100pb, a 3V.cm-1 de distância entre os

eletrodos, imersos em tampão de corrida TBE 1X. Os fragmentos de restrição serão

corados em solução de brometo etídio, visualizados em transiluminador de luz UV e

fotografados.

A partir das análises dos dados obtidos da região ITS e dos marcadores

moleculares ISSR dos isolados em estudo, serão realizadas comparações entre os fungos

isolados, comuns às duas espécies (feijão e caupi).

4.7 Obtenção de extratos vegetais

Para obtenção de extratos vegetais serão utilizados bulbilhos de alho (Allium

sativum L.), folhas de alecrim (Rosmarinus officinalis L.), arruda (Ruta graveolens L.) e

rizomas de gengibre (Zingiber officinale Roscoe), em três concentrações: 5%, 10% e

20%.

Para o extrato aquoso, o material será seco em estufa e posteriormente colocado em

Becker e sobre ele, água destilada fervente, na proporção de 1:4 p/v, respectivamente. A

mistura permanecerá em repouso por 2h e será filtrada. O produto filtrado será

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acondicionado em vidro âmbar. Este será mantido em refrigerador a 4ºC, até o momento

de utilização nos bioensaios (CELOTO et al., 2008).

Quanto ao extrato hidroetanólico, o material seco será triturado em liquidificador

contendo solução de etanol a 70%, e filtrado. Para evitar a interferência do etanol, este

será evaporado. Acrescentar-se-á água até o volume inicial e os extratos serão

acondicionados a 4ºC (CELOTO et al., 2008).

4.8 Análise da inibição por extratos de plantas medicinais

Ao meio de cultura BDA fundente autoclavado será adicionado, separadamente,

cada um dos extratos em diferentes concentrações e vertidos em placas de Petri. Discos

de cinco mm de diâmetro, contendo micélio dos fungos, serão transferidos para o centro

das placas, quando estas serão incubadas a 25ºC na ausência da luz. Os mesmos

isolados serão inoculados em Placas de Petri contendo BDA sem adição de extratos para

servirem de testemunha. O bioensaio será instalado em três repetições, em blocos

inteiramente casualizados, tendo os extratos como tratamentos, onde será feita a

medição do crescimento radial da colônia em dois eixos ortogonais, sendo

posteriormente calculada a média (DOMINGUEZ et al., 2009). As medidas serão

calculadas pela percentagem de inibição do crescimento micelial de acordo com

Edginton et al. (1971).

4.9 Obtenção dos isolados de Trichoderma

As espécies de Trichoderma serão provenientes de solos com plantios de feijão

comum no Estado de Pernambuco. Para o isolamento das espécies de Trichoderma será

utilizado o meio seletivo TSM (0,12 g de KH2PO4; 0,26 g de MgSO4.7H2O; 0,26 g de

KNO3; 1,0 g de CaCl2.2H2O; 1,0 g de Ca(NO3)2; 1,0 mL de Igepal; 5 g de Sacarose;

20,0 g de 14P14a e 0,0025 g de Vinclozolin), conforme Corabi-Adell (2004).

4.9.1Classificação de antagonismo

Discos de ágar contendo micélio dos fungos de solo isolados de feijoeiro e do

antagonista (5mm de diâmetro) serão retirados de colônias com três dias de cultivo e

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depositados, simultaneamente, nas extremidades opostas de placas de Petri, contendo

meio BDA solidificado. Será anotado o crescimento micelial diário das colônias, uma

em direção à outra. O encontro das colônias ocorrerá no centro da Placa de Petri, em um

ponto eqüidistante em 3,5 cm de cada disco micélio-ágar. A sobreposição será medida a

cada 24h, considerando o avanço de uma colônia sobre a outra, a partir do ponto de

encontro (LOUZADA et al., 2009).

Após sete dias de cultivo, será avaliado o crescimento micelial dos fungos, baseado

na escala de classes de antagonismo proposta por Bell et al. (1982). A tabela 1 apresenta

essas classes de antagonismo.

Tabela 1: Escala de classes de antagonismo para Trichoderma pareado com fungos

do solo isolados de feijoeiro comum e caupi.

Classe Características

1 Trichoderma cresce e cobre completamente toda a colônia dos fungos

de solo e a superfície do meio;

2 Trichoderma cresce e cobre 2/3 da superfície do meio;

3 Trichoderma e os isolados de solo colonizam cada metade da superfície

do meio e nenhum organismo parece dominar o outro;

4 Isolados dos fungos de solo colonizam 2/3 da superfície do meio;

5 Isolados dos fungos de solo crescem e cobrem completamente toda a

colônia de Trichoderma e a superfície do meio.

5. PRINCIPAIS CONTRIBUIÇÕES CIENTÍFICAS OU TECNOLÓGICAS DA

PROPOSTA

A realização dos estudos previstos nesse projeto atende a uma demanda das

áreas técnicas do Estado, bem como da classe produtora, em razão de não se conhecer

com profundidade a dimensão da presença dessa classe de patógenos, nem o quanto eles

causam de prejuízo à cultura do feijão. A busca por uma possível correlação entre a sua

presença e o nível de fertilidade do solo poderá ajudar na determinação de medidas de

controle desses microrganismos. Por outro lado, tenta-se estudar extratos vegetais que

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exerçam efeito sobre o controle desses patógenos, bem como o poder de inibição de

fungo de solo, como o Trichoderma, sobre alguns desses agentes patogênicos. Diante

disso, o conhecimento da existência de fungos de solo sobre o feijoeiro e do seu

dimensionamento, bem como da indicação de um produto natural, tal como se prevê a

partir da execução desse projeto, seja pelo emprego de fungo antagonista ou por extratos

vegetais, ou até pela combinação de ambos, terá uma aceitação e um emprego que só

resultará em benefícios para o produtor e para a sociedade. Primeiro, porque irá

controlar um ou vários fungos causadores de doenças ao feijoeiro, cujo controle

químico nem sempre é eficiente e quase sempre não está ao alcance do produtor

familiar, base da produção de feijão do estado, depois, porque não oferecerá perigo para

a saúde humana, dos animais e não contribuirá para a contaminação do lençol freático,

do solo e do ar ambiente.

6. JUSTIFICATIVA PARA O USO DAS INSTALAÇÕES E EQUIPAMENTOS

DO CETENE NO PROJETO.

Apesar de o Instituto Agronômico de Pernambuco – IPA dispor de um

laboratório de Biologia Molecular bem montado e de um laboratório de Fitopatologia

com condições de realizar as atividades dessa área no projeto com certa eficiência,

vislumbrou-se a utilização da estrutura do Centro de Tecnologias Estratégicas do

Nordeste – CETENE por se reconhecer as vantagens adicionais que essa opção

apresenta para a equipe e para o IPA. Primeiro, que será utilizada toda uma estrutura e

equipamentos novos, em quantidade condizente com as demandas do projeto, com

pouca ou nenhuma necessidade de manutenção, além de se reconhecer a sua qualidade

superior. Segundo, por dispor de uma equipe de alto nível, com quem se espera manter

um excelente entrosamento e troca de experiência, com ganhos na capacitação dos

bolsistas e dos demais membros da equipe técnica. Terceiro, por se reconhecer que esse

pessoal bem treinado poderá vir a ser incorporado por concurso público ao corpo

técnico do IPA, no futuro, resultando em benefícios para essa Instituição e, em

conseqüência, para a sociedade pernambucana. Quarto, em razão de já ter o CETENE

como parceiro de outros projetos aprovados por CNPq, Banco do Nordeste do Brasil e

FACEPE. Quinto, pelo fato de o CETENE, como Instituição Federal, responsável por

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gerar tecnologias estratégicas para o Nordeste, ser o elo que permitirá a introdução do

IPA nas redes de pesquisa dessa região.

7. PLANOS DE TRABALHO PARA CADA UMA DAS BOLSAS SOLICITADAS

7.1 BOLSA – BCT- 8

TÍTULO: Isolamento e identificação de fungos do solo em feijoeiro comum (Phaseolus

vulgaris L.)

Introdução

O feijão é uma leguminosa predominantemente autógama, domesticada há mais

de 7.000 anos em dois centros de origem: o Mesoamericano (México e América

Central) e o da Região Andina. Acredita-se que o feijão tenha se manifestado

inicialmente como erva daninha em cultivos de mandioca e batata-doce na América

Central. Durante milênios, os agricultores cultivaram misturas complexas de tipos de

feijão como cerca viva contra seca, doenças e ataques de pragas (ARAGÃO & FARIA,

2005).

Atualmente, a cultura do feijão (P. vulgaris) possui grande importância

econômica e social no Brasil, constituindo a principal fonte de proteína vegetal e ferro

na alimentação humana. Dados disponíveis na FAO (2009) sobre a produção mundial

de feijão no ano de 2007 indicam que o Brasil é o segundo maior produtor com uma

área de 3,5 milhões de hectares plantados e o primeiro lugar sendo ocupado pela Índia

com uma produtividade média de aproximadamente 732 Kg/ha, não necessariamente de

P. vulgaris. No Brasil, a região nordeste corresponde à segunda maior produtora no

país, ficando atrás apenas da região Sul (CONAB, 2009; LIMA et al., 2002).

Sabe-se que o feijoeiro é considerado sensível tanto ao déficit quanto ao excesso

de água no solo (VALADÃO & KLAR, 1996) e sua produtividade é função de diversos

fatores, destacando-se as inter-relações entre solo-água-planta-atmosfera e manejo da

irrigação, visando à máxima produção e à boa qualidade do produto.

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Além dos fatores citados acima, um dos mais importantes na diminuição da

produtividade do feijoeiro é representado pelas doenças, com destaque para as causadas

por fungos do solo, que podem causar prejuízos severos, com perdas de até 100%, com

diminuição das qualidades fisiológicas, nutricionais e sanitárias do produto colhido,

afetando o preço e sua comercialização (BIAZON, 2003). Os agentes causais dessas

doenças apresentam estruturas de resistência que os ajudam a sobreviver no solo por

vários anos (SARTORATO, 2007).

Dentre os fungos patogênicos ao feijoeiro presentes no solo, podem-se destacar

Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum f.sp. phaseoli , F.solani f. sp. phaseoli,

Rhizoctonia solani, Thanatephorus cucumeris, Macrophomina phaseolina, Sclerotinia

sclerotiorum, Thielaviopsis basicola, Phymatotrichum omnivorum, e várias espécies de

Phytium (ABAWI & CORRALES,1990).

Devido aos prejuízos econômicos causados pelos patógenos de solo que

infectam o feijoeiro comum, à falta do real conhecimento de sua dimensão no estado e à

escassez de métodos de controle eficientes, é de suma importância o estudo dos fungos

de solo que atacam essa cultura por meio do inventário desses patógenos e a sua

inibição por extratos vegetais, objetivando minimizar os danos das doenças por eles

causadas ao feijoeiro além de reduzir os efeitos sobre o ambiente pelo não uso de

defensivos químicos. Também fornecerá informações imprescindíveis para pesquisas

posteriores, relacionadas ao melhoramento genético, ao controle biológico e integrado

em cultivares de feijão no Estado de Pernambuco. As informações geradas nesse projeto

contribuirão para a melhoria dos programas de melhoramento do feijoeiro e para a

redução das perdas pelo produtor rural, com aumento da geração de emprego e renda no

setor do agronegócio do feijão em Pernambuco.

Objetivos

Geral

Fazer um inventário de fungos do solo da cultura do feijoeiro comum (P.

vulgaris) em Pernambuco

Específicos

Isolar fungos do solo de feijoeiro comum com sintomas de doença;

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Identificar os fungos isolados de feijoeiro comum;

Implementar um banco de dados de fungos patogênicos ao feijoeiro

comum, com formação de uma micoteca setorial.

Metodologia Proposta

Local de coleta e realização dos experimentos: O trabalho será realizado no Centro de

Tecnologias Estratégicas do Nordeste – CETENE, com algumas atividades de apoio

executadas no Laboratório de Fitopatologia, na Sede do Instituto Agronômico de

Pernambuco (IPA), e as amostras, coletadas nas regiões produtoras de feijão dos Sertões

do Araripe e do São Francisco, e do Agreste.

Isolamento e purificação das espécies fúngicas: o material vegetal obtido será

desinfestado superficialmente com hipoclorito de sódio. Com auxilio de um estilete

esterilizado serão retirados pequenos fragmentos de caules e raízes que serão

transferidos para placas de Petri contendo meio de cultura Batata Dextrose Agar (BDA),

acrescido de cloranfenicol (100 mg/L) e incubados sob condições de temperatura e

luminosidade adequadas (MENEZES, 1997).

Identificação dos isolados: os isolados serão inoculados, assepticamente, em placas de

Petri contendo BDA e acompanhados por até 96h. Serão avaliados os aspectos

macroscópicos (tamanho, cor e aspecto da colônia) e microscópicos dos isolados.

Quando necessário, será utilizada a técnica de microcultivo em lâmina de acordo com

Ridell (1950). Os resultados serão comparados com base em literatura específica, como,

por exemplo, chaves de Identificação.

Resultados Esperados

Como resultado desse estudo, espera-se isolar o maior número possível de fungos de

solo, de modo a permitir conhecer-se a amplitude de variação desse tipo de patógeno do

feijoeiro comum em Pernambuco, causador de altos prejuízos a essa cultura, a começar

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pela redução acentuada de sua população. A apropriação desse conhecimento facilitará a

adoção de medidas de controle, especialmente daquelas de menor impacto ambiental ou

que não cause danos à saúde do produtor familiar e de suas criações, público

responsável pela quase totalidade da produção no Estado e no Nordeste. Em se tratando

de uma área de produção de agricultores familiares, que não usam defensivos agrícolas

nem se recomendariam por razões econômicas e ambientais, o emprego de produtos

alternativos para o controle desses patógenos seria, literalmente, a “solução da lavoura.”

Portanto, os resultados serão publicados em informes com linguagem simples e

divulgados por meio da Extensão Rural. Ao final do projeto, um banco de dados e uma

micoteca de fungos de solo do feijoeiro comum estarão formados nas sedes das

Instituições parceiras.

Cronograma de Atividades

ATIVIDADES semestre

I

semestre

II

semestre

III

semestre

IV

Coleta de plantas infectadas por fungos

do soloX X X

Isolamento e identificação de espécies

fúngicasX X X X

Elaboração de relatório final X

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7.2 BOLSA – BCT- 6

TÍTULO: Isolamento e identificação de fungos do solo em feijão-caupi e avaliação de

extratos vegetais e Trichoderma no biocontrole de patógenos de solo dos feijões comum

e caupi

Introdução

O feijão-caupi (V. unguiculata) conhecido também como feijão-de-corda ou

feijão-macassar, é uma das leguminosas de maior poder de adaptação, versáteis e

nutritivas entre as espécies cultivadas. Mundialmente, a cultura ocupa 13,9 milhões de

hectares distribuídos nas regiões tropicais e subtropicais da África, da Ásia e das

Américas, com produção de 4,9 milhões de toneladas de grãos. O Brasil é o segundo

produtor mundial dessa cultura, com 1,5 milhão de hectares cultivados e produção de

492,3 mil toneladas (SINGH et al., 2002). Nas regiões Nordeste e Norte do Brasil, o

feijão-caupi é produzido principalmente em unidades de agricultura familiar,

desempenhando importante papel sócio-econômico (MELO et al., 2005). O Estado de

Pernambuco se destaca como produtor de V. unguiculata atingindo em 2004 uma área

colhida de 167.601 ha e produção de 47.574 toneladas (IBGE, 2005).

A murcha-de-fusarium e a rizoctoniose, causadas pelos fungos Fusarium

oxysporum f.sp. tracheiphilum (E.F. Smith) Snyder & Hansen e Rhizoctonia solani

Kühn, respectivamente, são as doenças mais freqüentes e de maior intensidade nas

culturas de V. unguiculata, no Nordeste brasileiro (ATHAYDE SOBRINHO et al.,

2005). A murcha-de-fusário é muito importante no Sertão de Pernambuco, causando

sérios prejuízos à produção. Por outro lado, a rizoctoniose é importante no Agreste,

tendo em vista o plantio sucessivo ao feijão comum realizado no período úmido, sendo

ambas as leguminosas altamente suscetíveis a R. solani (ASSUNÇÃO et al., 2003;

ELOY & MICHEREFF, 2003).

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O método mais utilizado para controle de doenças no campo ainda é o químico,

porém o uso contínuo e indiscriminado desses produtos tem oferecido riscos ambientais

e à saúde humana. Sendo assim, a demanda por novas tecnologias que respeitem o

ecossistema e não ofereçam riscos de contaminação estão se tornando cada vez mais

importantes para o controle de doenças e pragas. Uma dessas práticas é o controle

alternativo, utilizando-se extratos vegetais, óleos essenciais e outros derivados naturais

(BERNARDO et al., 2002). A utilização de produtos naturais na agricultura tem suas

vantagens, principalmente em função da baixa toxidez e da rápida degradação, tendo

como resultado uma agricultura menos dependente de agrotóxico (GHINI & KIMATI,

2000; FARIAS et al., 2004). Além da utilização de extratos de plantas como um

controle alternativo contra fitopatógenos, é citada a aplicação de algumas espécies de

fungos no biocontrole. Os fungos do gênero Trichoderma são de grande importância

econômica para a agricultura, uma vez que são capazes de atuarem como agentes de

controle de doenças de várias plantas cultivadas, promotores de crescimento e indutores

de resistência de plantas a doenças (MOHAMED & HAGGAG 2006, FORTES et al.,

2007).

Objetivos

Objetivo Geral

Fazer um inventário de fungos do solo da cultura do feijão-caupi e verificar a

ação de extratos vegetais e de espécies de Trichoderma no biocontrole dos patógenos de

solo das culturas de feijão-caupi e de arranca.

Objetivos Específicos

Coletar, isolar e identificar taxonomicamente os fungos de solo patogênicos ao

feijão-caupi;

Avaliar a ação dos extratos vegetais de alho, alecrim arruda e gengibre no

controle dos fungos isolados de feijão-caupi e feijão comum;

Avaliar o efeito antagonista das espécies de Trichoderma sobre os fungos

patogênicos a essas duas culturas;

Montar um banco de dados e uma micoteca setorial de fungos de solo que

infectam o feijão-caupi.

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Metodologia Proposta

- Local de coleta: amostras de feijão-caupi com sintomas de doença serão coletadas nas

regiões produtoras do Sertão do Araripe, do São Francisco, no Agreste Meridional e na

zona da Mata Norte e Sul.

- Isolamento e identificação: o material vegetal obtido será desinfestado

superficialmente com hipoclorito de sódio e com auxilio de um estilete serão retirados

pequenos fragmentos de caules e raízes que serão transferidos para placas de Petri

contendo meio de cultura BDA, acrescido de cloranfenicol (100mg/L). Para a

identificação dos fungos serão avaliados os aspectos macroscópicos (tamanho, cor e

aspecto da colônia) e microscópicos dos isolados e os resultados comparados de acordo

com a literatura específica. Quando necessário, será utilizada a técnica de microcultivo

proposta por Ridell (1950).

- Obtenção de extratos vegetais e análise da inibição dos fitopatógenos: para a

obtenção dos extratos, será confeccionada uma solução estoque, onde uma porção de

300g de cada material vegetal será triturada e submetida ao processo de extração aquosa

à temperatura de 100ºC, conforme Celoto et al. (2008). A solução será filtrada e

acondicionada em frascos de vidro âmbar. Em seguida, o extrato será adicionado ao

BDA fundente (45ºC) nas concentrações de 5, 10 e 20%.

Para análise do efeito dos extratos sobre os fitopatógenos, disco (5mm de

diâmetro) contendo micélio dos fungos serão transferidos para o centro das placas com

BDA (controle) e BDA acrescido das concentrações dos extratos, e depois incubadas a

25ºC na ausência de luz.. O bioensaio será realizado em três repetições, e após o

desenvolvimento dos fungos será avaliado o crescimento das colônias, sendo as medidas

calculadas pela percentagem de inibição do crescimento micelial de acordo com

Edginton et al. (1971).

- Biocontrole dos fungos fitopatógenos por espécies de Trichoderma: as espécies de

Trichoderma serão isoladas de solos com plantios de feijão comum e caupi no Estado de

Pernambuco. Para analisar o biocontrole, discos contendo micélio dos fungos de solo

isolados de feijoeiro e das espécies de Trichoderma serão inoculadas, simultaneamente,

em extremidades opostas das placas de Petri, contendo meio BDA solidificado. Serão

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realizadas medições diárias do crescimento das colônias, uma em direção à outra, sendo

que o encontro das colônias ocorrerá no centro da placa de Petri, em um ponto

equidistante em 3,5 cm de cada disco micélio-ágar. A sobreposição será medida a cada

24h, considerando o avanço de uma colônia sobre a outra, a partir do ponto de encontro

(LOUZADA et al., 2009). A classificação da inibição dos fungos fitopatógenos causada

pelo o antagonista Trichoderma será baseada na escala de classes de antagonismo

proposto por Bell et al. (1982).

Resultados esperados

Espera-se que os dados obtidos nessa pesquisa possa gerar um banco de dados

sobre fungos de solo que causam doenças ao feijoeiro, bem como fornecer informações

sobre controle biológico por meio da ação de fungos antagonistas e pela aplicação de

extratos vegetais sobre os fungos fitopatógenos. Ainda o projeto pretende disponibilizar

para o estado de Pernambuco um produto natural à base de vegetal e/ou fungo, de baixo

custo e capaz de contribuir para o controle de fitopatógenos que incidem sobre as

culturas mencionadas. Além disso, essa linha de pesquisa será aprofundada com a

realização de novos estudos, especialmente nas áreas de biologia molecular, avaliação

de cultivares para resistência a esses fungos e melhoramento genético.

Cronograma

ATIVIDADES semestre

I

semestre

II

semestre

III

semestre

IV

Coleta de plantas infectadas por fungos do solo X X X

Isolamento e identificação de espécies fúngicas X X X X

Avaliação dos efeitos dos extratos vegetais sobre

os fungos isoladosX X X

Avaliação da ação antagonista por Trichoderma X X

Elaboração de relatório final X

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7.3 BOLSA – BCT- 6

TÍTULO: Caracterização molecular de fungos de solo das culturas do feijão comum e

feijão-caupi.

Introdução

O feijão é uma leguminosa que apresenta uma grande importância

socioeconômica para a agricultura do Brasil, visto que é um dos componentes básicos

da dieta alimentar da população, sendo importante fonte de proteínas, vitaminas e

minerais, além de apresentar um alto conteúdo de ácidos graxos poliinsaturados e

carboidratos (MACHADO et al., 2008). Dentre os diversos tipos de feijão, as espécies

P. vulgaris (feijão comum ou de arranca) e V.unguiculata (de corda ou macassar) são

muito cultivadas no Brasil, sendo consideradas principais culturas de subsistência,

principalmente na região Nordeste (LIMA et al., 2007).

O feijoeiro é comumente atacado por inúmeras pragas e doenças, que são

responsáveis por grande perda de produtividade da cultura. Um grupo de patógenos de

grande importância para o feijoeiro são os fungos presentes no solo que atacam o

sistema radicular e a parte aérea das plantas, formando lesões que prejudicam o

desenvolvimento das mesmas ou causam a sua morte (MOURA, 2005).

Dentre as doenças e os fungos patogênicos ao feijoeiro presentes no solo,

podem-se destacar podridão do colo (Sclerotium rolfsii), murcha-de-fusarium

(Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), podridão radicular seca (Fusarium solani f. sp.

phaseoli), podridão radicular de rizoctonia (Rhizoctonia solani), murcha da teia micélica

(mela) (Thanatephorus cucumeris), podridão cinzenta do caule (Macrophomina

phaseolina), mofo branco (Sclerotinia sclerotiorum,) e podridão por pitium (Pythium

sp.) (ABAWI & CORRALES, 1990; ATHAYDE SOBRINHO et al., 2005).

Técnicas da biologia molecular, tais como a amplificação da região ITS do

rDNA (NILSSON et al., 2009) e os marcadores moleculares (MOURA, 2005; CIAT,

2007) têm sido utilizadas para a detecção, caracterização e análise de polimorfismos dos

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patógenos, melhorando assim o nosso conhecimento sobre a diversidade, distribuição e

papel desses patógenos. A biologia molecular também está contribuindo para o

conhecimento das relações filogenéticas entre os patógenos, o que auxilia na criação de

bancos de dados de perfis genéticos, obtendo diagnósticos mais rápidos e precisos, além

de ajudar no controle de doenças (NOZAKI et al., 2006; FUNGARO, 2000).

Objetivos

Geral

Determinar o perfil molecular de fungos do solo das culturas do feijão comum e

feijão-caupi coletados em Pernambuco.

Objetivos Específicos

Obter o perfil molecular dos fungos isolados por meio de sequências ITS e

ISSR;

Analisar e comparar os perfis de amplificação dos isolados;

Analisar o perfil molecular de patógenos comuns às duas culturas, procurando

dissimilaridades entre eles;

Formar banco de dados de perfis moleculares de fungos de solo de feijoeiro em

Pernambuco.

Metodologia Proposta

Será feita uma suspensão dos conídios provenientes produzidos em BDA de

cada isolado em solução Tween 80 (0,1%). Após esta, os isolados serão inoculados em

meio mínimo líquido, mantidos sob agitação de 250 rpm à temperatura ambiente

(±28oC), por 96 h. O micélio será filtrado por filtração a vácuo, lavado com água

destilada esterilizada e armazenado em freezer a -20C até a extração de DNA.

A extração do DNA será realizada de acordo com Raeder & Broda (1985), em

seguida, ressuspenso em tampão TE. Os produtos obtidos serão armazenados em freezer

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(-20C) até seu uso como molde em reações de PCR (BATISTA et al., 2008). A

concentração de DNA será estimada por meio de eletroforese em Gel de agarose 0,8%

por comparação com o marcador de peso molecular DNA do fago lambda λ.

A caracterização genética dos fungos de solo da cultura do feijão comum (P.

vulgaris) e feijão-caupi (V. unguiculata), será realizada utilizando-se o marcador

molecular ISSR (Internal Simple Sequence Repeat) e análise das regiões ITS (Internal

Transcribed Spacer de DNAr).

Os produtos amplificados pelos marcadores ISSR serão verificados em gel de

agarose 1,5%, corados com Syber 27P27na, visualizados sob luz UV e fotografados. As

bandas obtidas serão identificadas como presentes (1) ou ausentes (0). Em seguida, será

construído um fenograma pelo método UPGMA, utilizando o programa MEGA 5.0.

(BATISTA et al., 2008; LIANG et al., 2008).

A amplificação da região ITS será feita com iniciadores dirigidos a esse sítio,

utilizando um programa térmico que incluirá desnaturação inicial a 94ºC, 40 ciclos de

desnaturação, anelamento e extenção, seguidos de um período final de extensão a 72º C.

Os produtos amplificados dessa região serão submetidos a digestão com as enzimas de

restrição Mspl, HaeIII e DraI e o padrão será conferido por eletroforese em gel de

agarose 1,5%, utilizando-se marcador de peso molecular de 100pb. Os fragmentos de

restrição serão corados com syber green, visualizados em fotodocumentador e

fotografados.

Resultados Esperados

Espera-se ao final desse estudo a obtenção do perfil molecular dos fungos de

solo que causam doenças em feijoeiro comum e caupi e o aumento do conhecimento

sobre a variabilidade genética desses fungos. Além de contribuir para a disseminação

dos conhecimentos sobre a biologia molecular, espera-se que esses dados auxiliem nas

tomadas de decisão em programas de melhoramento genético dessas culturas, visando à

obtenção de plantas resistentes aos esses patógenos.

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Cronograma de Atividades

ATIVIDADES semestre

I

semestre

II

semestre

III

semestre

IV

Extração e quantificação de DNA dos

fungos em estudo;

X X X

Seleção de primers e amplificação,

utilizando os marcadores ISSR;

X X X

Análise dos resultados dos marcadores

moleculares ISSR;

X X X

Amplificação e análise de restrição das

regiões ITS;

X X X

Análise dos perfis de amplificação da

região ITS dos isolados;

X X

Análise e comparação dos resultados

obtidos;

X X

Análise do perfil molecular de patógenos

comuns às duas culturas

X

Elaboração de relatório final X

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8. IDENTIFCAÇÃO DOS DEMAIS PARTICIPANTES DA EQUIPE E DE SUAS

RESPECTIVAS ATIVIDADES NO PROJETO

1. ANTONIO FÉLIX DA COSTA (D.Sc. em Fitopatologia - IPA) Coordenador,

colaborador em fitopatologia;

2. NEIVA TINTI DE OLIVEIRA (D.Sc.em Genética de Fungos - UFPE) Colaboradora

em genética de fungos;

3. LUCIANA GONÇALVES DE OLIVEIRA (D.Sc. em Biologia de Fungos - IPA)

Colaboradora em sistemática de fungos;

4. CLAUTENES GOMES ROCHA (M.Sc. em Biologia de Fungos -IPA) Colaboradora

em taxonomia de fungos e biocontrole;

5. CRISTINA DE SOUZA MOTTA (D.Sc. em Ciências Biológicas - UFPE)

Colaboradora em sistemática de fungos;

6. LAUREEN MICHELLE HOULOU KIDO (D.Sc. em Ciências - CETENE)

Colaboradora em biologia molecular e bioinformática;

7. ROSINEIDE DA SILVA LOPES (M.Sc. em Biologia de Fungos –Em curso de

doutorado em Ciências Biológicas –UFPE/IPA) Colaborador em controle biológico;

8 ARAESKA CARENNA DE ALMEIDA FERREIRA (M.Sc. em Biologia de Fungos -

IPA) colaboradora em biologia molecular;

9. LÍLIAN VIEIRA DE MEDEIROS (M.Sc. em Biologia de Fungos – IPA)

Colaboradora em biologia molecular;

10. JULIANA MENEZES JULIÃO - (Bel. em Ciências Biológicas - IPA) colaboradora

em fitopatologia.

11. DANDARA WENNE TEIXEIRA DE SANTANA LIMA – (Lic. em Ciências Biológicas – IPA) Colaboradora em Fitopatologia.

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9. CRONOGRAMA DE ATIVIDADES

DESCRICAO DAS ATIVIDADES SEMESTRE I SEMESTRE II SEMESTRE III SEMESTRE IV

1 – Coleta de plantas infectadas por fungos do

solo

XX

X

2 – Isolamento e identificação de espécies

fúngicas

XX

X X

3 – Extração e quantificação de DNA dos fungos

em estudo

X X X

4 – Seleção de primers, amplificação de ISSR X X X

5- Análise dos resultados dos marcadores

moleculares ISSR

X X X

6- Amplificação e análise de restrição da região

ITS

X X X

7- Análise dos perfis de amplificação da região

ITS dos isolados

X X X

8- Análise e comparação dos resultados das duas X X

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culturas de feijão

9– Elaboração de relatórios final X

10 – Publicação dos resultados em periódicos

científicos

X

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10. GRAU DE INTERESSE E COMPROMETIMENTO DE EMPRESAS COM O

ESCOPO DA PROPOSTA, QUANDO FOR O CASO

Não há

11. INDICAÇÃO DE COLABORAÇÕES OU PARCEIRIAS JÁ

ESTABELECIDAS COM OUTROS CENTROS DE PESQUISA NA ÁREA

O projeto contará com a colaboração técnica da Universidade Federal de

Pernambuco (UFPE) e do Centro de Tecnologias Estratégicas do Nordeste (CETENE),

por meio dos seus pesquisadores mencionados.

12. DISPONIBILIDADE EFETIVA DE MATERIAL DE CONSUMO E OUTROS

RECURSOS NECESSÁRIOS AO DESEVOLVIMENTOS DO PROJETO

Os recursos financeiros necessários à aquisição de material de consumo para a

realização das atividades desse projeto estão assegurados em razão de projeto

semelhante aprovado pelo Banco do Nordeste, no valor de R$ 81.086,00 (oitenta e um

mil e oitenta e seis reais), já do conhecimento do CETENE. Outros recursos necessários

estão garantidos a partir da disponibilidade de equipamentos e material permanente,

constantes em laboratórios das Instituições parceiras, especialmente do CETENE, cuja

comprovação será anexada à documentação complementar.

13. ESTIMATIVAS DOS RECURSOS FINACEIROS DE OUTRAS FONTES

QUE SERÃO APORTADOS PELOS EVENTIAS AGENTES PÚBICOS E

PRIADOS PARCEIROS

Não há previsão de aporte de recursos financeiros de outras fontes ou parceiros,

entretanto estão assegurados os recursos necessários para combustível pelo IPA, dentro

do programa de melhoramento da cultura do feijão, atividade normal na Instituição,

presente em todo o Estado.

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14. REFERÊNCIAS

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