Relatorio final Líriocio 075 - Anexo...b) estudar a eficiência do uso de hidrotermoterapia (banho de água aquecida) comparada ao tratamento com nematicidas no controle de nematóides

GOVERNO DO ESTADO DE SÃO PAULO SECRETARIA DE AGRICULTURA E ABASTECIMENTO

AGÊNCIA PAULISTA DE TECNOLOGIA DOS AGRONEGÓCIOS INSTITUTO BIOLÓGICO

CENTRO EXPERIMENTAL CENTRAL DO INSTITUTO BIOLÓGICO

Rod. Heitor Penteado, km 3 – Bairro das Palmeiras – CEP 13092-543 – Campinas – SP – Brasil.

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Relatório Final

Título do projeto:

Uso de hidrotermoterapia no tratamento de bulbos de lírio visando ao

controle de nematóides

Interessado/financiador:

Associação Brasileira do Comércio de Sementes e Mudas (ABCSEM) CNPJ: 43.195.312/0001-00 Avenida Papa Pio XII nº 847 - sala 22, Jardim Chapadão, CEP 13070-091, Campinas, SP E-mail: [email protected] A/C Engª Agrª Mariana Ceratti Fone: (19) 3243-6472

Responsável: Claudio Marcelo Gonçalves de Oliveira

Pesquisador Científico V, Nematologista

Laboratório de Nematologia, Centro Experimental do Instituto Biológico

Campinas, SP

Maio de 2008





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INTRODUÇÃO

No Brasil, o mercado de flores e plantas ornamentais encontra-se em

expansão, movimentando em torno de 800 milhões de dólares/ano e

estimulando produtores a investir nessa área (JUNQUEIRA & PEETZ, 2005).

São Paulo é o principal estado produtor, respondendo por aproximadamente

70% da produção nacional, seguido de Santa Catarina, Rio Grande do Sul e

Minas Gerais (IBRAFLOR, 2001; JUNQUEIRA & PEETZ, 2002). No entanto, há

fatores relacionados aos aspectos sanitários que limitam o seu cultivo, com

destaque ao ataque, por vezes severo, de nematóides.

Os nematóides associados às plantas ornamentais parasitam

principalmente os órgãos subterrâneos (raízes, rizomas, tubérculos e bulbos),

mas também a parte aérea (caules e folhas). As perdas causadas são de dois

tipos: redução de produção e depreciação da qualidade do produto a ser

comercializado.

No Brasil, mais de 20 gêneros de fitonematóides foram detectados em

associação a plantas ornamentais (OLIVEIRA, 2001; OLIVEIRA, 2006;

OLIVEIRA & KUBO, 2006; OLIVEIRA et al., 2007). De forma geral, as espécies

pertencentes aos gêneros Meloidogyne, Pratylenchus, Radopholus e

Aphelenchoides são consideradas as principais no Brasil devido à freqüência

com que ocorrem e à intensidade das perdas causadas (OLIVEIRA et al.,

2007). Porém, o conhecimento disponível na literatura sobre a ocorrência e

medidas de controle de nematóides em plantas ornamentais é ainda limitado.

Com relação à cultura do lírio, Adekunle et al (2006) relataram que os

seguintes nematóides fitoparasitas e vetores de viroses estavam associados a

híbridos Lírios Asiáticos e Orientais na Índia: Aphelenchoides avenae,

Criconemoides spp., Hoplolaimus spp., Longidorus spp., Paratylenchus spp.,

Pratylenchus spp., Trichodorus spp., Tylenchoryhnchus spp., Tylenchulus spp.

e Xiphinema diversicaudatum. Recentemente, Oliveira et al. (2007), durante





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levantamento de nematóides em plantas ornamentais, reportaram a nova

ocorrência dos nematóides Pratylenchus brachyurus e Helicotylenchus

dihystera em diversas cultivares de lírios no Brasil, mas, segundo os autores,

futuros experimentos deverão ser realizados para comprovar a patogenicidade

e os danos causados por esses nematóides.

Por outro lado, as perdas causadas por nematóides de parte aérea

(Aphelenchoides fragariae) e das lesões radiculares (Pratylenchus penetrans)

em lírio são bem conhecidas (Siddiqi, 1975; Mass, 1978; Westerdahl et al.,

1993; 1998). Ademais, cabe ressaltar que bulbos de lírios podem disseminar

nematóides, constituindo em fator limitante para sua comercialização devido

às restrições nas legislações fitossanitárias.

OBJETIVOS:

Os objetivos do presente projeto foram:

a) realizar a diagnose precisa dos nematóides presentes nas raízes e

bulbos de lírio, através da extração de DNA genômico, amplificação e

sequenciamento do terço final da região 18S rDNA e região D2/D3 rDNA

e comparação com informações disponíveis no GenBank.

b) estudar a eficiência do uso de hidrotermoterapia (banho de água

aquecida) comparada ao tratamento com nematicidas no controle de

nematóides presentes em raízes e bulbos de lírio, com ênfase aos

gêneros Aphelenchoides e Pratylenchus, em condições controladas. .





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MATERIAL E MÉTODOS

Identificação das espécies de nematóides através do uso de biologia

molecular

Extração do DNA

Para a extração do DNA genômico foi utilizado o método da Proteinase-K

(WLB: Worm Lysis Buffer), segundo Williams et al. (1994).

Separadamente, um único indivíduo do gênero Pratylenchus e 10

indivíduos do gênero Aphelenchoides, extraídos das raízes e bulbos de lírio,

respectivamente, foram selecionados, seccionados em 3 partes (com auxílio

de uma agulha) em uma gota de 15 µl de lysis buffer e colocados em um tubo

de microcentrífuga, sendo incubado a -20 ºC por 15 min. Posteriormente, o

tubo foi incubado a 60 ºC por 1 hora, 95 ºC por 15 min e resfriado a 4 ºC.

Amplificação da região D2/D3 rDNA de Pratylenchus sp.

Reação de PCR. Foi utilizado um kit de PCR tipo "pureTaq" Read-To-Go Bead

(Amersham Pharmacia Biotech). Em um tubo tipo Eppendorff de 0,5 ml foi

adicionada uma esfera do kit de PCR, que contém os reagentes necessários

para a reação (2,5 U puReTaq, 200 µM de cada dNTP, 10 µM Tris-HCl, 50 µM

KCl e 1,5 mM MgCl2), dissolvida em 17,5 µl de água mili-Q. Em seguida, foi

adicionado 5 µl de DNA genômico, 1µl de cada par de primers (D2A e D2B ),

num volume final de 25 µl de reação. Esta mistura foi levada ao termociclador,

pré-aquecido a 94o C. As condições de amplificação utilizadas encontram-se

em Williams et al. (1994).

Após a amplificação do DNA, 5 µl do produto da PCR foi utilizado para

eletroforese em tampão 1X TAE em gel de agarose a 0,8% com 0,003% de

brometo de etídio (0,02 µg/ml). O resultado da amplificação foi comparado





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com o marcador molecular 100 Base-Pair Ladder (Amershan). O gel foi

visualizado num transiluminador de luz UV e fotografado.

Amplificação do terço final da região 18S rDNA de Aphelenchoides sp.

Para a reação de PCR foi utilizado o kit de PCR tipo "pureTaq" Read-To-Go

Bead (Amersham Pharmacia Biotech). Em um tubo tipo Eppendorff de 0,5 ml

foi adicionada uma esfera do kit de PCR dissolvida em 22,5 µl de água mili-Q.

Em seguida, foi adicionado 0,5 µl de DNA genômico, 1µl de cada par de

primers (F02 e R81), num volume final de 25 µl de reação. Esta mistura foi

levada ao termociclador, pré-aquecido a 94o C. As condições de amplificação

utilizadas encontram-se em Oliveira (2004).

Seqüenciamento do DNA.

Os seqüenciamentos realizados no presente trabalho foram feitos no

Laboratório de Bioquímica Fitopatológica do Instituto Biológico, SP, sob a

supervisão do Dr. Ricardo Harakava. O seqüenciamento direto dos fragmentos

amplificados das regiões D2/D3 e terço final da região 18S rDNA foi feito por

meio de PCR utilizando o kit Big Dye Terminator (Perkin Elmer, Norwalk, CT,

EUA). Os fragmentos foram purificados por meio do kit Wizard® PCR Preps

DNA Purification System (Promega). Para cada reação, foi preparada uma

mistura contendo 2 µl de TRR mix (terminator ready reaction mix), 3,2 µmol

do primer para o sentido anverso ou para o sentido reverso, 3,0 µl do produto

previamente amplificado contendo aproximadamente 400 ng de DNA e 2,0 µl

de água. A amplificação para seqüenciamento foi realizada de acordo com o

protocolo do fabricante (PE Applied Biosystems, Norwalk, CT, EUA). Foi feita

nova purificação do produto amplificado por precipitação com isopropanol em

microtubos. Após a desnaturação das amostras a 95 ºC por 3 min., foi

realizada eletroforese em aparelho ABI Prism 377 DNA SequencerÔ (PE

Applied Biosystem, Norwalk, CT, EUA).





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Eficiência do uso de hidrotermoterapia (banho de água aquecida)

comparada ao tratamento com nematicidas no controle de nematóides

presentes em raízes e bulbos de lírio

Local: O experimento foi realizado no período de Novembro de 2007 a

Fevereiro de 2008, em casa de vegetação, no município de Holambra, SP.

Delineamento experimental: inteiramente ao acaso, com 7 tratamentos e 4

repetições. Parcelas constituídas de 200 bulbos de lírio oriental para cultivo

em vaso, naturalmente infestados por nematóides (principalmente dos

gêneros Aphelenchoides e Pratylenchus).

Tabela 1 - Tratamentos

Tratamentos Temperatura/tempo

1. Testemunha -

2. tratamento hidrotérmico 39ºC por 2 horas

3. tratamento hidrotérmico + formalina 0,3% 39ºC por 2 horas

4. tratamento com formalina 1% temperatura ambiente

5. tratamento hidrotérmico 42ºC por 2 horas

6. tratamento com nematicida Carbofuram 350

SC

Dose 400 ml PC/100L de

água (imersão dos bulbos,

durante 15 minutos na

calda do nematicida)

7. tratamento com nematicida Abamectina

(Avicta 500 FS)

10 ml de AVICTA / L de

água (AVICTA: 500 g de

abamectina/L)

imersão dos bulbos por 15

min em solução nematicida





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Figura 1 - Equipamento piloto, semelhante a banho maria

com controle de temperatura, utilizado no tratamento

hidrotérmico dos bulbos de lírio.





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Tratamento hidrotérmico

Para o tratamento hidrotérmico dos bulbos de lírio, utilizou-se equipamento

semelhante a banho maria com controle de temperatura (Figura 1),

constituído por uma caixa de cimento amianto com capacidade de 1000 L,

equipada com resistência trifásica. A temperatura foi controlada com

termostato conectado a um sensor e interligado a computador para

monitoramento das variações de temperatura.

Assim, isoladamente, cada parcela composta de 200 bulbos de lírio oriental,

foi imersa nesse sistema piloto de banho maria, de acordo com o

delineamento experimental proposto (Tabela 1).

Tratamento com nematicidas

Para o tratamento com os nematicidas Carbofuran ou Abamectina, 800 bulbos

foram imersos durante 15 minutos na calda do nematicida, acordo com o

delineamento experimental proposto (Tabela 1)

Variáveis

Foram estimadas as densidades populacionais dos nematóides

presentes nas raízes, nos bulbos e folhas de lírio (20 g/parcela) 60 dias após

os tratamentos.





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Os nematóides presentes nas raízes, bulbos e folhas foram extraídos

pelo método de COOLEN & D’HERDE (1972), sendo os espécimes obtidos

mortos pelo calor, fixados e conservados em formalina 2%. A estimativa

populacional de cada gênero foi obtida através da contagem em lâminas de

Peters utilizando-se microscópio óptico. Foram feitas duas contagens,

obtendo-se o número dos espécimes em 1 ml da amostra total. Para a

obtenção da estimativa populacional total em cada gênero, os valores médios

por ml foram multiplicados por 10.

Além disso, foi verificada mensalmente a influência dos tratamentos

na germinação e desenvolvimento das plantas cultivadas em vaso, em casa-

de-vegetação, inclusive com a observação de possíveis sintomas causados por

nematóides na parte aérea.





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RESULTADOS

Identificação das espécies de nematóides através do uso de biologia

molecular

As seqüências obtidas foram alinhadas e comparadas com auxílio do

software BioEdit Sequence Alignment Editor com a finalidade de identificar

polimorfismo nas seqüências nucleotídicas. A seqüência consenso da

população de Pratylenchus sp. (proveniente de um nematóide extraído das

raízes de lírio) e de Aphelenchoides sp. (proveniente de 10 nematóides

extraídos das folhas de lírio) foram comparadas às seqüências de outras

espécies de nematóides depositadas no banco de dados (GenBank,

http://www.ncbi.nlm.nih.gov) para a identificação de homologia.

Baseando-se nessa comparação (Anexo 1), concluiu-se que o

nematóide da amostra de raiz trata-se de Pratylenchus crenatus (Tabela 2),

uma vez que apresentou alto grau de homologia (96%) com uma população

dessa espécie. Trata-se de nematóide quarentenário, considerado praga A1 no

Brasil. Essa espécie encontra-se amplamente distribuída em diversos países

europeus. Na Holanda, por exemplo, já foi detectada em cultivos de batata

(Castillo & Vovlas, 2007). Nos Estados Unidos também ocorre parasitando

batata nos estados de Maine, New York e Ohio (Castillo & Vovlas, 2007); além

disso, há relato de que P. crenatus ocorre na Califórnia associado a lírio





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(Lilium longiflorum var. eximium) (Norton et al. 1984, citado por Merrifield,

2000).

Com relação à diagnose do nematóide foliar, através da comparação

das seqüências (Anexo 2), concluiu-se que o nematóide da amostra de folha é

Aphelenchoides fragariae (Tabela 2), uma vez que apresentou alto grau de

homologia (99%) com uma população dessa espécie. Aphelenchoides

fragariae já foi relatada associada à plantas ornamentais no Brasil parasitando

Asplenium nidus e Dyzygotheca castor variegata (Oliveira, 2001). Siddiqi

(1975) destaca que essa espécie está distribuída tanto em países de clima

temperado como tropical, sendo que mais de 250 plantas em 47 famílias

botânicas são relatadas como hospedeiras desse nematóide, inclusive plantas

de lírio cultivadas na Holanda, Dinamarca e Estados Unidos .

Tabela 2 - Identificação de nematóides através do uso de biologia molecular (PCR e sequenciamento da região D2 D3 do DNA ribossomal).

Amostra

Raízes de lírio Folhas de lírio

Espécie identificada Pratylenchus crenatus

Aphelenchoides fragariae





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Eficiência do uso de hidrotermoterapia (banho de água aquecida)

comparada ao tratamento com nematicidas no controle de nematóides

presentes em raízes e bulbos de lírio

Influência dos tratamentos na germinação e desenvolvimento das plantas de

lírio

Um mês após o plantio foi verificada a influência dos tratamentos na

germinação e desenvolvimento das plantas de lírio. Observou-se que o

tratamento hidrotérmico com temperatura a 39oC por 2 horas, sem adição de

formalina 0,3% (Tratamento 2), não afetou a germinação dos bulbos de lírio

(Figura 2A). Percentualmente, esse tratamento foi igual à testemunha, com

85% de germinação das plantas. Quando foi adicionou-se formalina 0,3%

(Tratamento 3), algumas plantas apresentaram sintomas de fitotoxidez

(Figura 2B). Por outro lado, o tratamento hidrotérmico com temperatura mais

elevada (42oC por 2 horas – Tratamento 5) afetou significativamente a

germinação e desenvolvimento inicial das plantas (Tabela 3; Figura 2C),

inviabilizando sobremaneira sua utilização. Cabe ressaltar que ambos os

tratamentos (Tratamentos 6 e 7) com produtos nematicidas não provocaram

fitotoxidez às plantas de lírio (Figura 2D) e tampouco afetaram a germinação.

Respectivamente, a porcentagem de germinação para os tratamentos com

Carbofuran e Abamectina foi igual a 94 e 91% (Tabela 3).





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Figura 2 – Efeito dos tratamentos hidrotérmicos na germinaçao dos bulbos de lírio.

A - temperatura a 39oC/2h sem formalina; B - temperatura a 39oC/2h com

formalina 3%; C - temperatura a 42oC/2h; D - tratamento com nematicida Avicta

(Abamectina).





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Dois meses após o plantio foi avaliada a porcentagem de plantas que

exibiam sintomas de lesão foliar, aparentemente causados por nematóides do

gênero Aphelenchoides (Tabela 3). As maiores porcentagens de plantas com

lesões foram observadas nos tratamentos 3 e 4, ambos os que receberam

formalina, mais provavelmente em consequência do efeito fitotóxico da

formalina do que dos danos causados pelos nematóides das folhas.

Tabela 3 - Influência dos tratamentos na germinação e desenvolvimento das plantas de lírio, 30 dias após os tratamentos e sintomas de lesão foliar (60 dias após os tratamentos). Valores médios de 4 repetições.

no final de plantas plantas com

desenvolvimento

insatisfatório

plantas com lesão

foliar

Tratamentos

média % de

germinação média % média %

1. Testemunha 169 85 4 2 5 3

2. hidrotérmico (39ºC/2h) 169 85 8 4 7 4

3. hidrotérmico +

formalina 0,3% (39ºC/2h) 115 58 28 24 7 6

4. tratamento com

formalina 1% (TºC amb.) 186 93 5 2 14 8

5. tratamento

hidrotérmico (42ºC/2h) 0 0 - - - -

6. Carbofuram 350 SC

(Furadan) 188 94 4 2 7 4

7. Abamectina (Avicta 500

FS) 181 91 4 2 8 4





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Densidade populacional de nematóides extraídos das raízes de lírio

As médias dos níveis populacionais de Pratylenchus e

Aphelenchoides nas raízes, bulbos e folhas de lírio aos 60 após aplicação dos

tratamentos encontram-se nas Tabelas 4, 5 e 6, respectivamente.

Com relação ao número de Pratylechus nas raízes (Tabela 4, Figura

3), diferença estatística foi observada entre a testemunha (37,5 nematóides

por 10 g de raízes) e todos os demais tratamentos com hidrotermoterapia ou

nematicidas (praticamente nenhum nematóide foi detectado nas raízes),

evidenciado a eficiência no controle desse nematóide.

De acordo com a Tabela 5, nenhum nematóide parasito de plantas foi

extraído nos bulbos de lírio. Nas folhas (Tabela 6), somente foram detectados

exemplares de Aphelenchoides na testemunha (7,5 espécimes) e nas plantas

que receberam tratamento hidrotérmico (39ºC/2h) + formalina 0,3% (média

de 2,5 espécimes de Aphelenchoides). Os demais tratamentos mostraram

100% de eficiência no controle desse nematóide.

Cabe ressaltar que, ao final do período experimental, as parcelas

foram destruídas (inclusive o substrato) através do tratamento por vapor,

evitando-se, dessa forma, a disseminação dos nematóides.

Figura 3 – Número de Pratylenchus sp. presentes em 10g de raízes de lírio 60 dias após os tratamentos.

Pratylenchus na raiz

0

5

10

15

20

25

30

35

40

1. Testemunha 2. hidrotérmico(39ºC/2h)

3. hidrotérmico +formalina 0,3%

(39ºC/2h)

4. tratamento comformalina 1% (TºC

amb.)

5. tratamentohidrotérmico

(42ºC/2h)

6. Carbofuram 350SC (Furadan)

7. Abamectina(Avicta 500 FS)

tratamentos

nem

as/1

0g





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Tabela 4 - Densidade populacional de nematóides extraídos de 10g de raízes de lírio pelo método de Coolen & D’Herde (1964), 60 dias após os tratamentos.

Valores médios de 4 repetições. No de nematóides em 10g de raízes

Tratamentos Aphelenchoides

fragariae

Pratylenchus

crenatus

1. Testemunha 0 37,5b*

2. hidrotérmico (39ºC/2h) 0 0,0a

3. hidrotérmico + formalina 0,3% (39ºC/2h) 0 0,0a

4. tratamento com formalina 1% (TºC amb.) 0 0,0a

5. tratamento hidrotérmico (42ºC/2h) 0 0,0a

6. Carbofuram 350 SC (Furadan) 0 0,0a

7. Abamectina (Avicta 500 FS) 0 2,5a

*Médias seguidas da mesma letra não diferiram estatisticamente pelo teste de

Tukey a 5%.

Tabela 5 - Densidade populacional de nematóides extraídos de 20g de bulbos de lírio pelo método de Coolen & D’Herde (1964), 60 dias após os tratamentos. Valores médios de 4 repetições.

No de nematóides em 20g de bulbos


fragariae

Pratylenchus

crenatus

1. Testemunha 0 0

2. hidrotérmico (39ºC/2h) 0 0

3. hidrotérmico + formalina 0,3% (39ºC/2h) 0 0

4. tratamento com formalina 1% (TºC amb.) 0 0

5. tratamento hidrotérmico (42ºC/2h) 0 0

6. Carbofuram 350 SC (Furadan) 0 0

7. Abamectina (Avicta 500 FS) 0 0





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Tabela 6 - Densidade populacional de nematóides extraídos de 20g de folhas de lírio pelo método de Coolen & D’Herde (1964), 60 dias após os tratamentos. Valores médios de 4 repetições.

No de nematóides em 20g de folhas


fragariae

Pratylenchus

crenatus

1. Testemunha 7,5a* 0

2. hidrotérmico (39ºC/2h) 0,0a 0

3. hidrotérmico + formalina 0,3% (39ºC/2h) 2,5a 0

4. tratamento com formalina 1% (TºC amb.) 0,0a 0

5. tratamento hidrotérmico (42ºC/2h) 0,0a 0

6. Carbofuram 350 SC (Furadan) 0,0a 0

7. Abamectina (Avicta 500 FS) 0,0a 0

*Médias seguidas da mesma letra não diferiram estatisticamente pelo teste de

Tukey a 5%.





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CONCLUSÕES

Conclui-se, nas condições do experimento, que:

a) a aplicação de técnicas moleculares através da extração de DNA

genômico de exemplares de Aphelenchoides e Pratylenchus presentes,

respectivamente, nas folhas e raízes de lírio, seguida da amplificação e

sequenciamento do terço final da região 18S rDNA e região D2/D3 rDNA e

comparação com informações disponíveis no GenBank, possibilitou a diagnose

precisa desses organimos. Com base nessas técnicas, foram identificados os

nematóides Pratylenchus crenatus e Aphelenchoides fragariae;

b) em condições controladas, o uso de hidrotermoterapia (banho de

água aquecida a 39ºC/2h, sem adição de formalina) mostrou-se eficiente no

controle de nematóides presentes em raízes e bulbos de lírio;

c) o tratamento de bulbos de lírio com nematicidas Carborufam e

Abamectina mostrou-se eficiente no controle de nematóides presentes em

raízes e bulbos de lírio e não provocaram fitotoxidez às plantas de lírio;

d) o tratamento hidrotérmico com temperatura mais elevada (42ºC

por 2 horas) afetou a germinação e desenvolvimento inicial das plantas,

inviabilizando sobremaneira sua utilização;

e) os tratamentos com adição de formalina 0,3% a 39ºC ou

formalina 1% na temperatura ambiente são eficientes no controle de

nematóides, mas podem causar fitotoxidez às plantas de lírio, comprometendo

seu desenvolvimento.





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Literatura citada

ADEKUNLE O.K., KULSHRESTHA, S., PRASAD, R., HALLAN, V., RAIKHY, G., VERMA, N., RAM, R., KUMAR, J. & ZAIDI, A.A. Plant parasitic and vector nematodes associated with Asiatic and Oriental hybrid lilies. Bioresource Technology, v.97(3), p. 364-371. 2006

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OLIVEIRA, C. M. G. Nematóides parasitos de plantas. In: Pragas e doenças em plantas ornamentais, IMENES, S. L.; ALEXANDRE, M. A. V. (Eds) CD-ROM (ISBN 85-88694-01-8). Instituto Biológico, São Paulo, p.38-47, 2001.

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OLIVEIRA, C.M.G., KUBO, R.K., ANTEDOMENICO, S.R., MONTEIRO, A.R. & INOMOTO, M.M. Ocorrência de nematóides fitoparasitos em plantas





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Campinas, SP, 05 de Maio de 2008

Cláudio Marcelo Gonçalves de Oliveira Pesquisador Científico V [email protected] Laboratório de Nematologia Centro Experimental Central do Instituto Biológico Caixa Postal 70, CEP 13001-970, Campinas, SP





21

Anexo 1

Comparação da amostra CM03 Pratylenchus Lírio Holambra com as seqüências de outras espécies de nematóides depositadas no banco de dados (GenBank, http://www.ncbi.nlm.nih.gov) para a identificação de homologia Job Title: CM03 Pratylenchus Lírio Holambra

BLASTN 2.2.18 (Mar-02-2008) RID: 0W4JDGHG01R Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences) 6,720,901 sequences; 23,547,638,319 total letters

If you have any problems or questions with the results of this search please refer to the BLAST FAQs

Taxonomy reports

Query= CM03-D3B Length=276 Sequences producing significant alignments: (Click headers to sort columns)

Accession Description Max score

Total score

Query coverage

E value

Max ident

U47549.1 Pratylenchus crenatus 26S rRNA gene, D3 expansion domain 460 460 100% 1e-

128 96%

U47547.1 Pratylenchus vulnus 26S rRNA gene, D3 expansion domain 363 363 100% 3e-99 90%

AJ545020.1 Pratylenchus vulnus partial 26S rRNA gene, from Italy 359 359 99% 4e-98 90%

DQ498830.1 Pratylenchus scribneri isolate PSP 10 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

342 342 100% 4e-93 89%

U47551.1 Pratylenchus scribneri 26S rRNA gene, D3 expansion domain

342 342 100% 4e-93 89%

EF645137.1 Pratylenchidae sp. Trinh 104108 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

337 337 100% 2e-91 88%

DQ498831.1 Pratylenchus hippeastri isolate PSP 3 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

337 337 100% 2e-91 88%

DQ498829.1 Pratylenchus hippeastri isolate PSP 2 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

337 337 100% 2e-91 88%

AF170443.1 Pratylenchus coffeae isolate K6 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

337 337 100% 2e-91 88%

AF170438.1 Pratylenchus loosi isolate N2 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

337 337 100% 2e-91 88%

AF170427.1 Pratylenchus coffeae isolate C2 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

337 337 100% 2e-91 88%

EF446997.1 Pratylenchus loosi isolate P9 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

335 335 100% 6e-91 88%





22


Total score

Query coverage

E value

Max ident


335 335 100% 6e-91 88%


335 335 100% 6e-91 88%

AF170439.1 Pratylenchus loosi isolate T 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

335 335 100% 6e-91 88%

U47554.1 Pratylenchus hexincisus 26S rRNA gene, D3 expansion domain

333 333 100% 2e-90 88%

DQ498833.1 Pratylenchus hexincisus isolate PSP 8 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

DQ498832.1 Pratylenchus hexincisus isolate PSP 7 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%


329 329 100% 3e-89 88%


329 329 100% 3e-89 88%


329 329 100% 3e-89 88%

AF170444.1 Pratylenchus pseudocoffeae 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

AF170436.1 Pratylenchus coffeae isolate M3 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

AF170435.1 Pratylenchus coffeae isolate M1 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

AF170434.1 Pratylenchus coffeae isolate B2 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

AF170432.1 Pratylenchus coffeae isolate Y3 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%


329 329 100% 3e-89 88%


329 329 100% 3e-89 88%

AF170429.1 Pratylenchus coffeae isolate C6 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

U47555.1 Pratylenchus musicola 26S rRNA gene, D3 expansion domain

329 329 100% 3e-89 88%

AF196353.1 Pratylenchus teres vandenbergae isolate RTB 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

AF196352.1 Pratylenchus agilis 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

329 329 100% 3e-89 88%

AF170437.1 Pratylenchus loosi isolate N1 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

327 327 100% 1e-88 88%

AF170440.1 Pratylenchus gutierrezi isolate K1 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

326 326 100% 4e-88 88%

U47552.1 Pratylenchus coffeae 26S rRNA gene, D3 expansion domain

326 326 100% 4e-88 88%

U47553.1 Pratylenchus brachyurus 26S rRNA gene, D3 expansion domain

326 326 100% 4e-88 88%

AM231932.1 Pratylenchus pratensis 28S rRNA gene from Comporta, Portugal, clone 1

324 324 100% 1e-87 88%

AM231931.1 Pratylenchus pratensis 28S rRNA gene from Het Zwin, Belgium, clone 1

324 324 100% 1e-87 88%





23

CM03 Pratylenchus Lírio Holambra, SP

Tree view for rid: 0W54B4VD01R, query ID: lcl|3004, database: nr

This tree was produced using BLAST pairwise alignments





24

Anexo 2

Comparação da amostra CM02 Aphelenchoides Lírio Holambra com as seqüências de outras espécies de nematóides depositadas no banco de dados (GenBank, http://www.ncbi.nlm.nih.gov) para a identificação de homologia Job Title: (2) - CM02

BLASTN 2.2.18 (Mar-02-2008) RID: 0VNW4211016 Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences) 6,720,901 sequences; 23,547,638,319 total letters

If you have any problems or questions with the results of this search please refer to the BLAST FAQs

Taxonomy reports

Query= CM02 Length=580 Sequences producing significant alignments: (Click headers to sort columns)


Total score

Query coverage

E value

Max ident

AJ966475.1 Aphelenchoides fragariae partial 18S rRNA gene, isolated in Belgium, Gent

1050 1050 100% 0.0 99%

AB067755.1 Aphelenchoides fragariae gene for 18S rRNA, partial sequence 1050 1050 100% 0.0 99%

AY284645.1 Aphelenchoides fragariae isolate AChoFra1 18S small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence 1040 1040 100% 0.0 98%

AY284647.1 Aphelenchoides sp. JH-2004 isolate AChoSp2 18S small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence 961 961 100% 0.0 96%

AY284644.1 Aphelenchoides blastophtorus isolate AChoBla 18S small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence 961 961 100% 0.0 96%

AY284646.1 Aphelenchoides sp. JH-2004 isolate AChoSp1 18S small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence 946 946 100% 0.0 96%

DQ901551.1 Aphelenchoides fragariae voucher AfBotSad 18S ribosomal RNA gene, partial sequence 841 841 80% 0.0 99%

AY284643.1 Aphelenchoides bicaudatus isolate AChoBic 18S small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence 793 793 91% 0.0 93%

AY911888.1 Aphelenchoides cf. obtusus TSH-2005 isolate Konza IIIBB-37 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

747 747 80% 0.0 95%

AY911887.1 Aphelenchoides clarus isolate Konza ICC-13 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

675 675 80% 0.0 92%

AY508035.1 Aphelenchoides besseyi isolate 98 18S ribosomal RNA gene, partial sequence

621 621 89% 2e-180

88%





25


Total score

Query coverage

E value

Max ident

DQ901550.1 Aphelenchoides sp. JB011 18S ribosomal RNA gene, partial sequence

590 590 70% 5e-171

92%

DQ901552.1 Aphelenchoides sp. SAS-2006 18S ribosomal RNA gene, partial sequence

545 545 71% 1e-157

90%

DQ901554.1 Aphelenchoides ritzemabosi voucher ArBotSad 18S ribosomal RNA gene, partial sequence

525 525 80% 1e-151

87%

DQ901553.1 Aphelenchoides sp. JB012 18S ribosomal RNA gene, partial sequence

516 516 65% 8e-149

91%

AY911886.1 Aphelenchoides cf. besseyi TSH-2005 isolate 9 Mile 1-28 SW1-16 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

505 505 80% 2e-145 86%

AY911885.1 Aphelenchoides cf. besseyi TSH-2005 isolate 9 Mile 1-28 SW1-21 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

505 505 80% 2e-145 86%

Alignments

> emb|AJ966475.1| Aphelenchoides fragariae partial 18S rRNA gene, isolated in Belgium, Gent Length=1731 Score = 1050 bits (568), Expect = 0.0 Identities = 578/582 (99%), Gaps = 4/582 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 CCAGGAGTGGAGCTTGCGGGCTTAATTTGACTCAACCAC-GG-AACCTCACCCGGCCAGT 58 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1102 CCAGGAGTGGAGCTTGC-GGCTTAATTTGACTCAA-CACGGGAAACCTCACCCGGCCAGT 1159 Query 59 ACATCATAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCATGATTTGATGAATGGTGGTGCATGG 118 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1160 ACATCATAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCATGATTTGATGAATGGTGGTGCATGG 1219 Query 119 CCGTTCTTAGTTCGTGGTGTGAACTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAGCGAGACTCCGAC 178 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1220 CCGTTCTTAGTTCGTGGTGTGAACTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAGCGAGACTCCGAC 1279 Query 179 TGTTAAATAGTGAATGGTTTATTACTGACCATTACACTTCTTAACGGGATTCGCAACTTC 238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1280 TGTTAAATAGTGAATGGTTTATTACTGACCATTACACTTCTTAACGGGATTCGCAACTTC 1339 Query 239 AAGTTGCAAGAAATGGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCGGCAC 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1340 AAGTTGCAAGAAATGGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCGGCAC 1399 Query 299 GCGTGCTACAATGATGGTAACAGCGTGATTGTCCTCGCCCGACAGGGCTTGGCAAACAGT 358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1400 GCGTGCTACAATGATGGTAACAGCGTGATTGTCCTCGCCCGACAGGGCTTGGCAAACAGT 1459 Query 359 TGAGATATTATTATGGCTGGAATTGAGTGTTGAAATTTTCTCTCATGAACGAGGAATTCC 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1460 TGAGATATTATTATGGCTGGAATTGAGTGTTGAAATTTTCTCTCATGAACGAGGAATTCC 1519 Query 419 AAGTAAATGCGAGTCATCAACTCGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCC 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1520 AAGTAAATGCGAGTCATCAACTCGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCC 1579 Query 479 GTCGCTACCCGGGACTGAGTTATTTCGAGAAATCTACGGACTTTTTGTTGGGAAGCAATT 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1580 GTCGCTACCCGGGACTGAGTTATTTCGAGAAATCTACGGACTTTTTGTTGGGAAGCAATT 1639 Query 539 CTCTGCTTAATGGAAAGTAAATTAATCGCAATAATTTGAACC 580 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1640 CTCTGCTTAATGGAAAGTAAATTAATCGCAATAATTTGAACC 1681





26

Tree view for rid: 0VNW4211016, query ID: lcl|6569, database: nr This tree was produced using BLAST pairwise alignments.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/blast_tree_view.cgi?request=page&rid=0VNW4211016&queryID=lcl|6569&distmode=on

CM02 Aphelenchoides Lírio Holambra, SP

Documents

Relatorio final Líriocio 075 - Anexo...b) estudar a eficiência do uso de hidrotermoterapia (banho de água aquecida) comparada ao tratamento com nematicidas no controle de nematóides