V TALLER DE MICROBIOLOGIA CLINICA digestivas

7/10/2016

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V TALLER DE MICROBIOLOGIA CLINICA

Servicio de Microbiología ClínicaValencia 12-13 de Julio de 2016

Organización

Infecciones urinarias

Infecciones digestivas

Enfermedades de trasmisión sexual

Pruebas de sensibilidad a los antibióticos

Taller de Microbiología Clínica

Modulo 1.- Dr. J.M. Nogueira Organización del laboratorio. Peticiones y Toma

de muestras, Infecciones del tracto urinario. Infecciones de trasmisión sexual. Bases interpretativas de los estudios de sensibilidad

Modulo 2.- Dr. JJ Camarena. Infecciones del tracto respiratorio, Infecciones

sistémicas (sepsis). Infecciones del sistema nervioso central. Diagnostico micológico y Micobacterias


Modulo 3.- Dr. Ángel Ros Técnicas rápidas. Diagnostico serológico de

urgencia. Modulo 4.- Dr. Rosa Gonzalez Diagnostico serológico en Microbiología Clínica Modulo 5.- Dr. Juan Alberola Bases del diagnostico molecular en Microbiología

Clínica


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Servicio de Microbiología ClínicaPersonal facultativos

Dr. JJ Camarena MiñanaJefe de Sección Bacteriología

Hemocultivo, Micobacterias, Micología

Dra. Carmina Inigo FEA Bacteriología II

Dr. Ángel Ros Die FEA Bacteriología I

Dra. Rosa González Pellicer FEA Serología microbiana

Dra. Benedicta Casado Sánchez FEA Técnicas rápidas ,

Parasitología clínica

Dr. Juan Alberola Enguidanos FEAMicrobiología molecular

Servicio de Microbiología ClínicaHospital Dr. Peset

Registro Biología molecular

Serología infecciosa

Bacteriología I

Ascensores 1º IZQ

Hall

Bacteriología II

Micologia y Micobacterias

Toma de muestras

Hemocultivos

Técnicas Rápidas-Continuada, Parasitología

Diagnostico microbiológico en Urgencias

Diagnostico E. infecciosas

P: Paciente A: Antecedentes S: Síndrome E: Etiología O: Organización

Reglas generales

La mayoría de los tratamientos en Urgencias son empíricos.

En todos los casos Tomar la muestra antes del

tratamiento antibiótico. Garantizar la calidad de la

muestra ¿Contaminaciones? Remitir la muestra lo más

rápidamente posible. En muestras escasas: priorizar.

Importancia de la Historia Clínica

Streptococcus pyogenes es universalmente sensible a penicilina

Prevención complicaciones

Tratamiento quirúrgico

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Quorum SengingLenguaje secreto de la bacterias

Desarrollo comportamientos sociales coordinados poblaciones bacterias

(Autoinduccion)

Moléculas sensoras :acil-homoserina-lactonas (acil-HSL).

Trabajo en equipo de la bacterias

Comunicacion

Calidad total del diagnostico microbiológico

Paciente Obtención

transporte

Análisis

Informe

Diagnostico y tratamiento

IdentificaciónQCQC

Petic

ión

por

Orio

n-Cl

inic

Datos de identificación Datos de ubicación

Tipo de petición y fecha

Medico/firma

Estudio solicitado

Muestrafecha y hora de

obtención

Diagnostico Justificación de la peticion

Volante verde

Anotaciones del laboratorio

Importante3 copiasNºmuestra

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Toma de muestras

Transporte universal

Organización





II Taller de Microbiología Clínica Indicaciones del urocultivo

• Sospecha de pielonefritis

• Sospecha de ITU en neonatos, lactantes y niños

• Sospecha de ITU en varones

• ITU recurrente en mujeres

• Sospecha de ITU complicada* en mujeres

• Sospecha de ITU en pacientes portadores de sonda permanente

• Sospecha de sepsis de origen urinario

• Como control de tratamiento en los casos anteriores

• Como cribaje en

• Primer trimestre del embarazo (16 semanas)

• Antes de practicar cirugía urológica

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Infecciones de tracto urinario

Muestra: Orina (¿tipo?) Importancia de la toma de

muestras: ¿Interpretación? Preparación del paciente Orina en pacientes sondados Tiempo ultima micción Evitar contaminaciones No se aceptan muestras de

bolsas colectoras

Técnicas rápidas Tinción de Gram

Se informa PMN, Flora, células epiteliales

Orienta el tratamiento empírico. (CGP)

Emplear en casos urgentes y graves

¡ Ojo con la tiras reactivas!Sensibilidad y especificidad

1000 UFC/ml20’20’

2000 UFC/ml

120’120’128.000 UFC/ml

Bacteriuria significativa

¿Contaminación o Infección?

Urinocultivo cuantitativo

Obtener la orina y tapar inmediatamente el bote después de recogida.

Despegar la pegatina amarilla e insertar el tubo de transporte de Urinocultivo

Invertir el tubo para cultivo varias veces para mezclar la orina con el conservante que está en el fondo del tubo

Tubo con conservante para urinocultivo

Dar la instrucciones para una adecuada obtención de la muestraImportante no despegar la etiqueta amarilla

1

2

3

4

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RECOGIDA DE MUESTRAS DE ORINA PARA URINOCULTIVO

Frasco para suministrar al paciente

Servicio de Microbiologia Clínica

No demorar la siembra mas de 2 h.

Si no es posible conservar a 4ºC o con sistema de transporte de muestras de orina

Método del Urinocultivo

Cultivo de la parte central de

la micción

Cultivo de la parte central de

la micción

Orina

Estudios de sensibilidadEstudios de sensibilidad

AM

P

GM

Va

CM

IdentificaciónAsa 1 l = 1000 ufc/ml

Asa 10 l= 100 ufc/ml

Tincion de GramTincion de Gram

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Medios cromogenicos

Características• Medio cromogenico que permite

la cuantificación e identificación presuntiva de los principales agentes etiológicos de la ITU

Identificación• E.coli:-glucoronidasa+ e indol+• Proteus: TDA+• Enterococcus: -glucosidasa+

Características• Medio cromogenico que permite

la cuantificación e identificación presuntiva de los principales agentes etiológicos de la ITU

Identificación• E.coli:-glucoronidasa+ e indol+• Proteus: TDA+• Enterococcus: -glucosidasa+

Posibilidad de antibiograma directo rápido

RecuentoUFC/ml

ClínicaMuestra

Presencia de microbios

Resultado

0 Ninguno Negativo

102Mujer sintomáticaPunción suprapubica

Cultivo puro BGN

Cualquier nº y especieIdentificaciónInforme

103Varón sintomáticoCatéter vesical

1 patógenocultivo puro

IdentificaciónInforme

104Catéter vesical 2 patógenos probables

3 o mas

IdentificaciónInformeNo identificaciónContaminación

105Orina normal 1 patógeno

2 patógenos en sintomáticoMas 2 especies

IdentificaciónInformeNo identificaciónContaminación

Interpretación del urinocultivo

Nota importante : Importante señalar el el volante y en la historia si el paciente esta sondado

Resistencias de patógenos urinarios Escherichia coli

Antimicrobianos % RFosfomicina 3,2Ciprofloxacino 32,0Cefuroxima 5,2Amoxicilina-Clavulanico 7,7Ampicilina 60,6Clotrimoxazol 27,6Nitrofurantoina 1,6

• Enterococcus faecalis: Sensible ampicilina

• Emergencia de BLEA (ESBL) en E. coli y K. pneumoniae

Año 2012 N= 3027Organización





II Taller de Microbiología Clínica

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Diarrea infecciosas

Diarrea no inflamatoria Diarrea inflamatoriaStaphylococcus aureusBacillus cereusClostridium perfringensE. coli enterotoxigenicoVibrio cholerae

Salmonella ssp. No typhiCampylobacterShigella, VibrioYersiniaClostridium difficile

Rotavirus, Norovirus, Astrovirus

Adenovirus entericos 40,41

Cryptosporidium . Giardia Entamoeba histolytica

Evitar el uso de torundas con medio de transporte para la detección de antígenos. (Torunda de Cary-Blair)

Coprocultivo

Celula epitelial

Lamina propia

Linfatico

Histiocito

Vibrio cholerae E.coli ET

Shigella

E.coli EI

Salmonella

Yersinia

Salmonella typhi

Rotavirus

Vibrio parahemolyticus

Visión directa

¿Qué informamos?‐ Leucocitos

diarrea inflamatoria: ¿Tto?diarrea no inflamatoria

‐ Otros: hematíes, parásitos...

¡¡¡Orienta el tratamiento!!!

Detección de antígenosDetección de

Rotavirus‐Adenovirus‐Norovirus Astrovirus

Heces recién emitidas Bote de boca ancha Solo en niños

Parásitos en heces No urgente Visión directa Detección de Giardia 3 muestras en días alternos

para concentración.

Diarrea crónica: Técnica de detección de antígenos de

Giardia y/o Cryptosporidium.

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Detección de antígeno y toxina de C difficile

¿Qué? ¿Dónde? ‐ Heces recién emitidas‐ Bote de boca ancha

Informamos‐ Presencia de antígeno +/‐ toxina

¿A quién?‐ Antecedentes de toma de antibióticos- Ancianos, hospitalizados

GDH Positivo y Toxina Positivo indica:1. CDAD – Tanto A+/B‐ o A‐/B+ o A+/B+2. CDAD – Cepa virulenta NAP1/027

GDH Positivo y Toxina Negativo puede indicar: 1. Cepa No‐toxigénica (otra razón para la diarrea)2. CDAD ‐ C. difficile Toxigénico con niveles de

toxina indetectables 3. CDAD – Las toxinas pueden haberse

degradado (GDH menos lábil que las toxinas)

Organización





II Taller de Microbiología Clínica Infecciones urogenitalesMuestras del tracto

genital femenino Cultivo de exudados vaginales

Mejores para Candida, Trichomonas y vaginosis

Cultivo de exudados endocervicales Mejores para Gonococo, Chlamydia,

Mycoplasma hominis o Ureaplasmaurealyticum

Visión directa: Leucocitos, levaduras, Trichomonas, hematíes.

1 torunda con medio: visión directa (Medio universal E‐swab)

Medio de Stuart: Solo cultivo Gram: Se informa Leucocitos ,

Flora microbiana (No permite el diagnostico de la gonococia en la mujer.

Muestras del tracto genital masculino

¿Qué muestra? Exudados uretrales, anales,

faríngeos, Orina (1ª porcion)

¿Cómo? Introducir torunda fina 3‐5

cm en el interior de la uretra y rotar

Recoger muestra tras 2‐3 hora sin micción

Gram: Se informa Leucocitos , Flora. La presencia de DCG negativos intracelulares elevada sospecha de gonococia

E‐swab‐Uretral

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Sensibilidad diagnostica de la Tinción de Gram en la infección genital por N. gonorrhoeae

DiagnosticoHombre (uretral) Mujer (Cervical)

Nº casos % Nº casos %

Certeza 165 95,4 9 25,0

Sospecha 4 2,3 11 30,6

Negativo 4 2,3 16 44,4

PCR-TR Test Dx CT/NG/MG

Muestras:•Exudado cervical•Exudado vaginal•Orina•Exudados rectales

Organismo Sensibilidad Especificidad

C. trachomatis 98.3% 99.6 %

N.gonorrhoeae 100 % 99.8%

M. genitalium 450 genoma –eq./ml

Limites relativos de detección de C. trachomatis (nº organismos por muestra)

1 102101 103 104 105 106

PCR

Cultivo

DFA

EIA

Sondas DNA

Diagnostico de la ITSITS: E-Swabs

Gram y/o cultivo• N. gonorrhoeae• U. urealyticum• M. hominis• T. vaginalis

Secreción uretral y/o vaginal

RT-PCR (Seegene ST7)1. Chlamidia trachomatis2. Neisseria gonorrhoeae3. Mycoplasma genitalium4. Micoplasma hominis5. Ureaplasma urealyticum6. Ureaplasma parvum7. Trichomonas vaginalis

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Tratamiento de la gonococia

Resistencia de N.gonorrhoeae a Ciprofloxacino

Tratamiento de la gonococia

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Dr. JM Nogueira

Antibioticos Total INTERMEDIO %I RESISTENTE %R

Ciprofloxacina 78 0.0% 53 67.9%

Azitromicina 75 2 2.7% 3 4.0%

Cefixima 71 0.0% 0.0%

Cefotaxima 16 0.0% 0.0%Ceftazidima 69 0.0% 0.0%

Cefuroxima 16 0.0% 0.0%

Tetraciclina 34 0.0% 3 8.8%

Doxiciclina 57 2 3.5% 4 7.0%

Levofloxacina 76 0.0% 50 65.8%

Penicilina 79 56 70.9% 11 13.9%

Rifampicina 16 0.0% 0.0%

Ceftriaxona 74 0.0% 0.0%

Resistencia de N. gonorrhoeae 2014 Hospital Universitario Dr. Peset (Valencia)

Organización





II Taller de Microbiología Clínica

Antimicrobiano Microorganismo resistente

Vancomicina Leuconostoc, Lactobacillus, Pediococcus, Erysipelothrix

Cefalosporinas Anaerobios*, Enterococcus spp., Listeria monocytogenes

Clindamicina, vancomicina, teicoplanina y Daptomicina Bacterias gramnegativas

Clindamicina, cotrimoxazol Enterococcus spp.

Aztreonam, colistina Bacterias grampositivas

Fluoroquinolonas, cotrimoxazol Streptococcus pyogenes

Nitrofurantoína Proteus spp., Morganella spp., Providencia spp., Acinetobacter spp.

Quinupristina‐dalfopristina Enterococcus faecalis

Microorganismos intrínsecamente resistentes a ciertos antibióticos

Mutante resistente

Presión selectiva

Cepa sensible

Resistencia adquirida

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¿Que antibiótico es mas eficaz frente a la bacterias estudiada?

Colonias bacterianas

Disco de antibiotico

Zona de no crecimiento

Test de Kirby‐Bauer Métodos Agar con concentración (breakpoint)

Agar con 6µg/ml de Oxacilina o 4 µg/ml Cefoxitina + ClNa Medios cromogénicos

Crecimiento= R

No crecimiento =S

MRSA

Sensibilidad in vitroAntibiograma

Método de Difusión en agar(Kirby-Bauer)

Método E-testEpsilograma

0,05 €-Test 3 €-Test

128

32

8

2

0.5

0.06

6 10 20 30 40Diametro halo(mm)

MIC (µg/ml)

Ampicilina 10 µg

Lorian, p37

Relacion CMI y diametro halo inhibicion

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Concentración mínima inhibitoria (CMI) y Concentración mínima bactericida (CMB)

Pruebas de identificación y sensibilidad rápidas

Ejemplo Informes de antibiograma

CMI

Determinación del valor critico (breakpoint) para una población bimodal

susceptible

resistente

CMIN

º de

cepa

s in

hibi

das

Valor critico

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Susceptible 1g/mlIntermedio 2 g/ml

Resistente 4 g/ml

Cambios en los Puntos de CorteEnterobacterias

ATBCLSI M100‐S19 (2009) CLSI M100‐S22 (2012)

Susc Int Res Susc Int ResCefazolin ≤8 16 ≥32 ≤1 2 ≥4Cefotaxime ≤8 16‐32 ≥64 ≤1 2 ≥4Ceftizoxime ≤8 16‐32 ≥64 ≤1 2 ≥4Ceftriaxone ≤8 16‐32 ≥64 ≤1* 2 ≥4Ceftazidime ≤8 16 ≥32 ≤4** 8 ≥16Aztreonam ≤8 16 ≥32 ≤4 8 ≥16

* Interpretación basada en 1 g cada 24 h

** Interpretación basada en 1 g cada 8 hNo realizar Test confirmatorio de BLEESNo cambiar interpretación

Test confirmatorio de BLEES/Cambiar interpretación

Sensibilidad in vitro (Antibiograma)Sistemas automáticos

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Resistencia a β-lactamicos Escherichia coli (ESBL)

Antibiótico Halo (mm) Int CMI

(μg/ml) Int

Ampicilina 6 R >128 R

Amoxi-Clavulanico 20 S 8/4 S

Carbenicilina 6 R >128 R

Ticarcilina 6 R >128 R

Piperacilina 16 R >128 R

Piperacilina-Tazobactan 28 S 1/4 S

Cefazolina 6 R >128 R

Cefuroxima 6 R >128 R

Antibiótico Halo (mm) Int CMI

(μg/ml) Int

Cefoxitina 27 S 4 S

Ceftazidima 30 S->R 0,12 S->R*

Cefotaxima 16 I->R 32 I->R*

Cefepime 23 S->R 8 S->R*

Aztreonam 26 S->R 4 S->R*

Imipenem >30 S 0,12 S

Meropenen >30 S 0,03 S

Ertapenem >30 S 0,01 S

Inferencia según criterios CLSI (producción de ESBL)

Pruebas de sensibilidad

2561921289664483224161286432

1.51.0.75.05

EAK

Tira con gradiente de antibiótico

Detección de ESBL

Resistencia inducible

Cepas productoras de β-lactamasasβ‐lactamasas Familias Actividadβ‐lactamasas plasmidicas de espectro amplio (BLEA)

TEM‐1 TEM‐2 SHV‐1, OXA Inactivan Penicilinas, Aminopenicilinas y CIG.Permanecen estables: Cefamicinas, CIIIG, aztreonan, Carbapenems

β‐lactamasas de espectro expandido BLEE( ESBL)

CTX‐M: Inhibición por acido clavulanicoIRT: No Inhibición por acido clavulanico

Inactivan AminopenicilinasCarboxipenicilinasUreidopenicilinasCIG , CIIG, CIIIG, Aztreonan,Carbapenems mantienen su actividad

Tipo AmpC Son induciblesEl espectro depende de la hiperproduccion de enzimas

Inactivan penicilinas Cefalosp. CefamicinasNo inhibidas por Clavulanico, Sulbactan o tazobactan

Carbapenemasas KPC, GES: Inhibición por ac. ClavulanicoMetalo‐β‐lactamasas: No Inhibición por ac. clavulanico

Inactivan todos los β‐ lactamicos incluyendo carbapenems

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Día 4Día 3Día 2Día 1

Diagnostico rápido en microbiologíaAntes y con SeptiFast

Gram EspecieHemocultivo Resistencia

Especie

6 h

SeptiFast

Cultivo

PCR

Nota: La PCR no trata de remplazar al cultivo

opcional: mecA Resistancia (+2.5h)

Técnicas rápidas

1. Conocimiento2. Comunicación3. Coordinación

Utilización racional de los recursos“ El tiempo es oro”

La técnica no es el fin , es el medio

Importante la Historia Clínica¿Qué es normal?

Un gallego de unos 45 años va al médico en Madrid para un chequeo general, y ésta es la conversación MÉDICO: ¿Cómo está comiendo? GALLEGO: Normal MÉDICO: ¿Qué es para usted normal? GALLEGO: 3 veces al día, comida balanceada y sin muchas grasas. MÉDICO: Muy bien ¿Y de ejercicio? GALLEGO: Normal MÉDICO: ¿Qué es para usted normal? GALLEGO: 2 ó 3 veces por semana MÉDICO: Muy bien ¿Y de sexo? GALLEGO: Normal MÉDICO: ¿Qué es para usted normal? GALLEGO: 1 ó 2 veces al mes MÉDICO: ¿Está loco? Eso no es nada.. Normal a su edad sería 1 o 2 veces por semana.

GALLEGO: Eso para usted que es médico en Madrid, pero para mi que soy cura en Galicia..........

Exámenes microscópicos directos• Tinción de Gram• Tinciones fluorescentes

Cultivos• Cultivos específicos

Detección de productos microbianos• Detección de antígenos

• Detección de AANN (ADN/ARN)

Respuesta inmune (Serología microbiana)

CrecimientoViable¿Vivo/muerto?

¿Vivo/muerto? ¿Vivo/muerto?

Proceso de diagnostico etiológico

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Bases del diagnostico microbiológico

Mejor la película que un fotograma

La microbiología es una ciencia interpretativa (???????)

¡ Los tiempos son importantes!

Información y teléfonos de contacto

Página WEB- Manual de toma de muestras

E-mail:[email protected] Teléfonos de consulta 961622315 961622432

Teléfono atención continuada: 42778

Documents

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