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Taís Herig
Marcelo Carazzolle
Ana Deckmann
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos DadosProjetos
1 -
2 -
3 -
4 -
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?O experimento
Análise dos DadosProjetos
1 -
2 -
3 -
4 -
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
DNA-Microarray = Genechip
Microarray
●
●
Técnica Anos 90 Suporte sólido para fixação ordenada
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
Padrões de expressão gênicaIdentificação de função de genes
Identificação de genes envolvidos com doenças
●
●
●
● Interação entre genes
Pra quê ?
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
Milhares de genes simultaneamenteEspaço pequeno
●
●
Por quê ?
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos DadosProjetos
1 -
2 -
3 -
4 -
O experimento
Parte 1
Parte 2
Parte 3
- Fixação de genes Microarray
- Hibridização
- Scanner●
●
●
O experimento
Parte 1: Microarray
Isolar genes de interesse
Gerar inúmeras cópias
Fixação no microarray
●
●
●
O experimento
Parte 2: Hibridização
Células desejadas
mRNA
Formar cDNA marcado
●
●
●
●
●
Hibridização
Limpeza
O experimento
Parte 3: Scanner
“Scannear” o microarray
Obtenção de dados - Intensidades
●
●
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos Dados
Projetos
1 -
2 -
3 -
4 -
Análise dos Dados
Como eram tratados os dados ?
Agora
●
- Manualmente Muito tempo
Muito esforço Pequenas mudanças Muito trabalho
●
Análise dos Dados -
Automatizar a análise dos dadosDiferentes formatos
●
●
GeneTAC (LGE) ScanArray (Ludwig) CodeLink NimbleGen (Futuro)
Objetivo do Programa
Variável de acordo com o formatoPossibilita a criação de diferentes projetos
●
●
●
●
●
●
Características do Programa
Estruturado por etapas
Linguagens: cgi, R (análise estatística)Banco de dados: MySql
Análise dos Dados -
Português e Inglês
Banco de Dados
Análise dos Dados -
Estrutura do Programa
Submissão dos Arquivos da Lâmina
Seleção de Dados
Normalização
Análises Estatísticas
Definição de um Projeto
Configuração da LâminaLGE e Ludwig
CodeLink
Análise dos Dados -
Criar / Selecionar um projeto
Definir o padrão
●
●
Estrutura do Programa: Definição do Projeto
Número de Placas funcionais
Análise dos Dados -
Estrutura do Programa: Definição do Projeto
Análise dos Dados -
LGE e Ludwig
Adequar a configuração
●
●
Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina
96
Placa Funcional
Placa Array
Microarray
1-12A|H
96 96
96
384
1 - 16
A
|
P
1 - 4A
|
H
Análise dos Dados -
32 grids
Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina
Análise dos Dados -
Submissão dos arquivos
Definição dos grupos
●
●
●
Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina
Definição dos canais
Análise dos Dados -
Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina
Análise dos Dados -
Exclusão de spots indesejados●
Estrutura do Programa: Seleção dos Dados
Diferentes formas de exibir os dados Diferentes filtros Imagens
Análise dos Dados -
Estrutura do Programa: Seleção dos Dados
Análise dos Dados -
Métodos diferentes●
●
●
Estrutura do Programa: Normalização
Opções
Visualização
Análise dos Dados -
Estrutura do Programa: Normalização
Análise dos Dados -
●
●
Estrutura do Programa: Análises estatísticas
Análise dos Dados -
Fold Change
Pvalue
Estrutura do Programa: Análises estatísticas
Análise dos Dados -
Gráficos: Lâmina
Análise dos Dados -
(Fonte: Leandra Scarpari)
Grid
Gráficos: M vs A plot
Análise dos Dados -
M = log2(R/G)A = ½ log2(RG)
(Fonte: Leandra Scarpari)
Gráficos: M vs A plot
Análise dos Dados -
(Fonte: Ana Deckmann)
Gráficos: Density
Análise dos Dados -
(Fonte: Leandra Scarpari)
Gráficos: Boxplot
Análise dos Dados -
Outliers: diferencialmente expressos (Fonte: Leandra
Scarpari)
Gráficos: Plot lam1 vs lam2
Análise dos Dados -
Comparação entre duas lâminas(Fonte: Leandra Scarpari)
Gráficos: VolcanoPlot
Análise dos Dados -
Fold Change: Escala de comparação entre as razõesPvalue: Reprodução dos dados
(Quanto maior o módulo, mais diferencialmente expresso)
(Quanto menor, mais estão se reproduzindo os dados)(Fonte: Leandra Scarpari, Ana Deckmann)
Gráficos: Clustering
Análise dos Dados -
Busca de padrões
(Fonte: Ana Deckmann)
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos Dados
Projetos
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4 -
Projetos
Implementação no LGE
Publicação
●
●
● Implementação para o NimbleGen
... (um pouquinho sobre o NimbleGen)
NimbleGen
●
●
●
Microarray de alta densidade Mais de 380.000 oligos / array 6 – 20 probes / gene
Mais de 38.000 genes
Tamanho do probe: 24 – 70 mer
NimbleGen
MAS – Maskless photolithographic process
NimbleGen
● Procedimento Seleção / Montagem do Array Envio de cDNA / mRNA Experimento (NimbleGen)
RNA $760cDNA $665
+ $1900(<10 Arrays)
NimbleGen
● Resultados Dados brutos Dados normalizados Imagens do Array (Dados brutos)
(Fonte: http://www.nimblegen.com)
Fim
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