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Tânia Drielly Xavier Cavacante 1 , Fabio Augusto de Melo 1 , Lucas Araujo Santos 1 , Osvaldino Brandão Junior 2 e Lucinda Giampietro Brandão 2 1 Discentes na Faculdade de Tecnologia de Araçatuba “Prof. Fernando Amaral de Almeida Prado” 2 Docentes na Faculdade de Tecnologia de Araçatuba “Prof. Fernando Amaral de Almeida Prado” [email protected] ENZIMAS: ESTRUTURA, NOMENCLATURA E CLASSIFICAÇÃO Introdução A catálise biológica foi reconhecida e descrita nos finais dos anos de 1700. Na década de 1930 a pepsina,a tripsina e outras enzimas digestivas foram cristalizadas e descobriram que todas são proteínas. Durante esse período, John Burdon Sanderson Haldane (Figura 1) escreveu o tratado Enzymes (Figura 1) (NELSON e COX, 2014). O objetivo desse estudo é apresentar a estrutura, nomenclatura e classificação das proteínas enzimas. A metodologia foi básica, qualitativa, descritiva e por pesquisa bibliográfica. Desenvolvimento e resultados As proteínas apresentam uma incrível diversidade de funções, como a catálise realizada por enzimas, mesmo apresentando a característica estrutural todos serem polímeros de aminoácidos. Elas possuem até quatro níveis estruturais como estrutura primária, secundária, terciária e até quaternária (Figura 3). A estrutura primária é sequência de aminoácidos unidos por ligações peptídicas (Figura 3). Os arranjos regulares de aminoácidos localizados próximos uns aos outros na sequência linear são denominados estrutura secundária, como hélice-α (Figura 3), folha-β e volta-β, todas estabilizadas por pontes de hidrogênio (Figura 4). Além desta, outras interações iônicas (Figura 4), ligações como ponte dissulfeto (Figura 5) e interações hidrofóbicas (Figura 6) podem resultar estrutura terciária (Figura 3), que possuem apenas uma cadeia polipeptídica. A estrutura quaternária (Figura 3) possui duas ou mais cadeias polipeptídicas unidas pelas interações não-covalentes (FERRIER, 2019;MARZZOCO e TORRES, 2011; NELSON e COX, 2014). Referências CAMPBELL, M. K.; FARRELL, S. O.. Bioquímica. 5.ed. São Paulo: Thomson Learning. 2007. EBAY. Disponível em: <https://www.ebay.com/p/63322061>. Acesso em: 26 de Abril de 2021. ENZYME EXPASY. Disponível em: <https://enzyme.expasy.org/cgi-bin/enzyme/enzyme-search-cl?1>. Acesso em: 26 de abril de 2021. FERRIER, D. R.. Bioquímica ilustrada. 7. ed. Porto Alegre: Artmed, 2019. MARZZOCO, A.; TORRES, B.B.. Bioquímica básica.3. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2011. NELSON, D.L.; COX, M. M.. Bioquímica de bioquímica de Lehninger.6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2014. Conclusões O conhecimento da estrutura, nomenclatura e classificação de enzimas permite entendimento da estrutura e metabolismo de matérias-primas, microrganismo e sistema na produção de biocombustíveis. Figura 1. John Burdon Sanderson Haldane. Pesquisador importante na história da bioquímica, na pesquisa sobre enzimas e escreveu o tratado Enzymes Fonte: NELSON e COX, 2014, p. 190. Figura 2. Tratado intitulado Enzymes escrito por John Burdon Sanderson Haldane. Fonte: https://www.ebay.com/p/63322061, 26 de Abril de 2021. Exceto as moléculas de RNA catalíticas, todas as enzimas são proteínas. Cada enzima recebe dois nomes: um nome curto, o nome recomendado, conveniente para uso corriqueiro e o sistemático, utilizado quando uma enzima precisa ser identificada sem ambiguidades. O nome recomendado das enzimas mais comumente usados têm o sufixo -ase adicionado ao nome do substrato da reação, como por exemplo, sacarase, lactase, maltase, entre outros, ou à descrição da ação realizada, como por exemplo, lactato-desidrogenase e adenilato-ciclase. Algumas enzimas mantêm seu nome trivial original, o qual não tem qualquer associação com a reação enzimática, por exemplo, tripsina e pepsina. O nome sistemático é determinado pela a lnternational Union of Biochemistry and Molecular Biology - IUBMB que desenvolveu um sistema de nomenclatura onde as enzimas são divididas em sete classes principais e descreve cada tipo de enzima com um número EC (Enzyme Commission), como EC 1.1.1.1. Álcool desidrogenase. As classes são: 1 oxidorredutases, 2 transferases, 3 hidrolases, 4 liases, 5 isomerases, 6 ligases e 7 translocases (Figura 7 e Tabela 8). Cada classe tem subclasses e sub-subclasses. Figura 3. Níveis estruturais proteicos. 1. Estrutura primária: resultante de ligações peptídicas entre resíduos de aminoácidos. 2. Estrutura secundária em α-hélice: resultante de ligações de hidrogênio. 3. Estrutura terciária: resultante de interações covalentes e não covalentes entre cadeias laterais de aminoácidos de uma mesma cadeia polipeptídica. 4. Estrutura quaterária: resultante de interações não covalentes entre cadeias laterais de aminoácidos de 2 ou mais cadeia polipetídicas. Fonte: FERRIER, 2019, p. 13 Figura 6. Ponte dissulfeto. Uma ponte dissulfeto da união de dois resíduos de cisteína, produzindo um resíduo de cistina. Fonte: FERRIER, 2019, p. 13 Figura 4. Ligação de hidrogênio e ligação iônica entre resíduos de amiácidos polares Fonte: FERRIER, 2019, p. 13 Figura 5. Interações hidrofóbicas ente resíduos de aminoácidos apolares. Fonte: FERRIER, 2019, p. 13 Tabela 1. Classificação internacional das enzimas Classe n o Nome da classe Tipo de reação catalisada 1 OXIDORREDUTASES Atuar no grupo CH-OH de doadores; no grupo aldeído ou oxo de doadores; no grupo de doadores CH-CH; no grupo de doadores CH- NH (2); no grupo de doadores CH-NH; no NADH ou NADPH; atuar em outros compostos nitrogenados como doadores, em um grupo de enxofre de doadores; em um grupo heme de doadores; sobre difenóis e substâncias relacionadas como doadores; em um peróxido como aceptor; no hidrogênio como doador; em doadores únicos com incorporação de oxigênio molecular (oxigenases) - oxigênio incorporado não precisa ser derivado de O (2) ; em doadores pareados, com incorporação ou redução de oxigênio molecular - oxigênio incorporado não precisa ser derivado de O (2) ; no superóxido como aceptor; oxidando íons metálicos; atuar nos grupos CH ou CH(2); sobre proteínas ferro-enxofre como doadores; sobre flavodoxina reduzida como doadora; sobre fósforo ou arsênico em doadores; catalisando a reação X-H + Y-H = 'X-Y'; com halogênio em doadores; reduzindo o grupo C-O-C como aceptor; outras oxidorredutases; enzimas usando H (2) como redutor e outras enzimas usando O (2) como oxidante. 2 TRANSFERASES Transferir grupos de um carbono; transferir grupos aldeído ou cetônicos; aciltransferases; glicosiltransferases; transferir grupos alquil ou aril, diferentes dos grupos metil; transferir grupos nitrogenados; transferir grupos contendo fósforo (P); transferir grupos contendo enxofre (S); transferir grupos contendo selênio (Se) e transferir grupos contendo molibdênio (Mo) ou tungstênio (W). 3 HIDROLASES Atuar em ligações de éster; glicosilases; em ligações de éter; em ligações peptídicas (peptidases); em ligações C-N, além das ligações peptídicas; atuar em anidridos ácidos; em ligações C-C; em ligações de haletos; em ligações P-N;. em ligações S-N; em ligações C-P; em ligações S-S (dissulfeto) e em ligações C-S. 4 LIASES Liases C-C; liases de O-C; liases de C-N; liases de C-S; liases C-haleto (C-F, C-Cl, C-Br, C-I e C-At) ; liases de P-O, liases de C-P e outras liases. 5 ISOMERASES Racemases e epimerases; isomerases cis-trans; oxidorredutases intramoleculares; transferases intramoleculares; liases intramoleculares; isomerases alterando a conformação macromolecular e outras. isomerases. 6 LIGASES Formar ligações C-O, C-S, C-N, C-C, éster fosfórico e N-metal. 7 TRANSLOCASES Catalisar a translocação de próton H + , cátions inorgânicos, ânions inorgânicos e seus quelatos, aminoácidos e peptídeos, carboidratos e seus derivados e outros compostos Fonte: Adaptado de ENZYME EXPASY. Acesso em: 26 de abril de 2021 Figura 7. Classes de enzimas e exemplos de reações. Fonte: FERRIER, 2019, p.55.

ENZIMAS: ESTRUTURA, NOMENCLATURA E CLASSIFICAÇÃO

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Page 1: ENZIMAS: ESTRUTURA, NOMENCLATURA E CLASSIFICAÇÃO

Tânia Drielly Xavier Cavacante1, Fabio Augusto de Melo1, Lucas Araujo Santos1, Osvaldino Brandão Junior2 e Lucinda Giampietro Brandão2

1Discentes na Faculdade de Tecnologia de Araçatuba “Prof. Fernando Amaral de Almeida Prado” 2Docentes na Faculdade de Tecnologia de Araçatuba “Prof. Fernando Amaral de Almeida Prado”

[email protected]

ENZIMAS: ESTRUTURA, NOMENCLATURA E CLASSIFICAÇÃO

Introdução Acatálisebiológica foi reconhecidaedescritanos finaisdosanosde1700.Na

décadade1930apepsina,atripsinaeoutrasenzimasdigestivasforamcristalizadase descobriram que todas são proteínas. Durante esse período, John BurdonSanderson Haldane (Figura 1) escreveu o tratado Enzymes (Figura 1) (NELSON eCOX, 2014). O objetivo desse estudo é apresentar a estrutura, nomenclatura eclassificaçãodasproteínasenzimas.Ametodologiafoibásica,qualitativa,descritivaeporpesquisabibliográfica.

Desenvolvimento e resultados As proteínas apresentam uma incrível diversidade de funções, como a catáliserealizadaporenzimas,mesmoapresentandoacaracterísticaestruturaltodosserempolímeros de aminoácidos. Elas possuem até quatro níveis estruturais comoestrutura primária, secundária, terciária e até quaternária (Figura 3). A estruturaprimáriaé sequênciadeaminoácidosunidospor ligaçõespeptídicas (Figura3).Osarranjosregularesdeaminoácidoslocalizadospróximosunsaosoutrosnasequêncialinear são denominados estrutura secundária, como hélice-α (Figura 3), folha-β evolta-β,todasestabilizadasporpontesdehidrogênio(Figura4).Alémdesta,outrasinteraçõesiônicas(Figura4),ligaçõescomopontedissulfeto(Figura5)einteraçõeshidrofóbicas (Figura6) podem resultar estrutura terciária (Figura3), quepossuemapenasumacadeiapolipeptídica.Aestruturaquaternária(Figura3)possuiduasoumais cadeias polipeptídicas unidas pelas interações não-covalentes (FERRIER,2019;MARZZOCOeTORRES,2011;NELSONeCOX,2014).

ReferênciasCAMPBELL,M.K.;FARRELL,S.O..Bioquímica.5.ed.SãoPaulo:ThomsonLearning.2007.EBAY.Disponívelem:<https://www.ebay.com/p/63322061>.Acessoem:26deAbrilde2021.ENZYMEEXPASY.Disponívelem:<https://enzyme.expasy.org/cgi-bin/enzyme/enzyme-search-cl?1>.Acessoem:26deabrilde2021.FERRIER,D.R..Bioquímicailustrada.7.ed.PortoAlegre:Artmed,2019.MARZZOCO,A.;TORRES,B.B..Bioquímicabásica.3.ed.RiodeJaneiro:GuanabaraKoogan,2011.NELSON,D.L.;COX,M.M..BioquímicadebioquímicadeLehninger.6.ed.PortoAlegre:Artmed,2014.

Conclusões Oconhecimentodaestrutura,nomenclaturaeclassificaçãodeenzimaspermiteentendimentodaestruturae

metabolismodematérias-primas,microrganismoesistemanaproduçãodebiocombustíveis.

Figura 1. John Burdon Sanderson Haldane.Pesquisador importante na história dabioquímica, na pesquisa sobre enzimas eescreveu o tratado Enzymes Fonte:NELSON eCOX,2014,p.190.

Figura2.TratadointituladoEnzymesescritoporJohnBurdonSandersonHaldane.Fonte:https://www.ebay.com/p/63322061,26deAbrilde2021.

Exceto asmoléculas de RNA catalíticas, todas as enzimas são proteínas. Cadaenzima recebe dois nomes: um nome curto, o nome recomendado, convenientepara uso corriqueiro e o sistemático, utilizado quando uma enzima precisa seridentificada sem ambiguidades. O nome recomendado das enzimas maiscomumenteusadostêmosufixo-aseadicionadoaonomedosubstratodareação,comoporexemplo,sacarase,lactase,maltase,entreoutros,ouàdescriçãodaaçãorealizada, como por exemplo, lactato-desidrogenase eadenilato-ciclase. Algumasenzimasmantêmseunometrivialoriginal,oqualnãotemqualquerassociaçãocoma reação enzimática, por exemplo, tripsina e pepsina. O nome sistemático édeterminado pela a lnternational Union of Biochemistry andMolecular Biology -IUBMB que desenvolveu um sistema de nomenclatura onde as enzimas sãodivididas em sete classes principais e descreve cada tipo de enzima com umnúmeroEC(EnzymeCommission),comoEC1.1.1.1.Álcooldesidrogenase.Asclassessão:1oxidorredutases,2transferases,3hidrolases,4liases,5isomerases,6ligasese7translocases(Figura7eTabela8).Cadaclassetemsubclassesesub-subclasses.

Figura3.Níveisestruturaisproteicos.1.Estrutura primária: resultante deligações peptídicas entre resíduos deaminoácidos.2.Estruturasecundáriaemα-hélice: resultante de ligações dehidrogênio. 3. Estrutura terciária:resultante de interações covalentes enãocovalentesentre cadeias lateraisdeaminoácidos de uma mesma cadeiapolipeptídica. 4. Estrutura quaterária:resultante de interações não covalentesentrecadeiaslateraisdeaminoácidosde2 ou mais cadeia polipetídicas. Fonte:FERRIER,2019,p.13

Figura 6. Ponte dissulfeto.Uma ponte dissulfeto daunião de dois resíduos decisteína, produzindo umresíduo de cistina. Fonte:FERRIER,2019,p.13

F i g u r a 4 . L i g a ç ão dehidrogênio e ligação iônicaentreresíduosdeamiácidospolares Fonte: FERRIER,

2019,p.13

F i gu r a 5 . I n t e r a çõe shidrofóbicas ente resíduosde aminoácidos apolares.Fonte:FERRIER,2019,p.13

Tabela1.ClassificaçãointernacionaldasenzimasClasseno

Nomedaclasse Tipodereaçãocatalisada

1 OXIDORREDUTASES

AtuarnogrupoCH-OHdedoadores;nogrupoaldeídoouoxodedoadores;nogrupodedoadoresCH-CH;nogrupodedoadoresCH-NH(2);nogrupodedoadoresCH-NH;noNADHouNADPH;atuaremoutroscompostosnitrogenadoscomodoadores,emumgrupodeenxofrededoadores;emumgrupohemededoadores; sobredifenóis e substâncias relacionadas como doadores; em umperóxidocomoaceptor;nohidrogêniocomodoador;emdoadoresúnicos com incorporação de oxigênio molecular (oxigenases) -oxigênio incorporado não precisa ser derivado de O(2); emdoadores pareados, com incorporação ou redução de oxigêniomolecular-oxigênioincorporadonãoprecisaserderivadodeO(2);no superóxido comoaceptor; oxidando íonsmetálicos; atuar nosgrupos CH ou CH(2); sobre proteínas ferro-enxofre comodoadores; sobre flavodoxina reduzida como doadora; sobrefósforoouarsênicoemdoadores;catalisandoareaçãoX-H+Y-H='X-Y';comhalogênioemdoadores;reduzindoogrupoC-O-Ccomoaceptor; outras oxidorredutases; enzimas usando H(2) comoredutoreoutrasenzimasusandoO(2)comooxidante.

2 TRANSFERASES

Transferir grupos de um carbono; transferir grupos aldeído oucetônicos; aciltransferases; glicosiltransferases; transferir gruposalquil ou aril, diferentes dos grupos metil; transferir gruposnitrogenados; transferir grupos contendo fósforo (P); transferirgrupos contendo enxofre (S); transferir grupos contendo selênio(Se)e transferir grupos contendomolibdênio (Mo)ou tungstênio(W).

3 HIDROLASES

Atuar em ligações de éster; glicosilases; em ligações de éter; emligações peptídicas (peptidases); em ligações C-N, além dasligaçõespeptídicas;atuaremanidridosácidos;emligaçõesC-C;emligaçõesdehaletos;emligaçõesP-N;.emligaçõesS-N;emligaçõesC-P;emligaçõesS-S(dissulfeto)eemligaçõesC-S.

4 LIASESLiasesC-C;liasesdeO-C;liasesdeC-N;liasesdeC-S;liasesC-haleto(C-F, C-Cl, C-Br, C-I e C-At) ; liases de P-O, liases de C-P e outrasliases.

5 ISOMERASESRacemases e epimerases; isomerases cis-trans; oxidorredutasesintramoleculares; transferases intramoleculares; liasesintramoleculares; isomerases alterando a conformaçãomacromoleculareoutras.isomerases.

6 LIGASES FormarligaçõesC-O,C-S,C-N,C-C,ésterfosfóricoeN-metal.

7 TRANSLOCASESCatalisara translocaçãodeprótonH+,cátions inorgânicos,ânionsinorgânicos e seus quelatos, aminoácidos e peptídeos,carboidratoseseusderivadoseoutroscompostos

Fonte:AdaptadodeENZYMEEXPASY.Acessoem:26deabrilde2021

Figura7.Classesdeenzimaseexemplosdereações.Fonte:FERRIER,2019,p.55.