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Sequenciamento de ácidos nucleicos em larga escala como novo paradigma para
geração de conhecimento
Prof. Dr. Rinaldo Wellerson PereiraPrograma de Pós Graduação em Ciências
Genômicas e Biotecnologia
Contatos
https://www.facebook.com/pages/Genética-Prof-Rinaldo-Pereira/173846522641806
http://rinaldogenetica.com
rinaldo.ucb rinaldo_pereira
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Planejamento
• Dia 02/09/11 – Sequenciamento de Genomas na era NGS– RNAseq• mRNA• ncRNA
– Epigenética/Epigenômica• Metilação de DNA• Modificações em histonas e organização da cromatina
Conocimientos recientes de la función del genoma humano
ncRNAsHistonas
+
Fatores ambientais
AlteraçõesEpigenéticas
Transcrição
Expressão Gênica• O genoma em diferentes
células de um mesmo organismo possuem o mesmo Genoma. Porque são diferentes?
• Porque os genes expressos são diferentes.
• Regulação da Expressão Gênica como mecanismo de diferenciação das células e também de adaptação celular a mudanças no ambiente
Porque estudar a Expressão Gênica?
• Entendimento dos mecanismos envolvidos na fisiologia celular– Processos envolvidos na regulação da expressão
gênica– Resposta celular a estímulos externos
• Entendimento da gênese de processos patológicos– Câncer– Doenças Cardiovasculares
Avaliação do Transcritoma
• Northen Blotting• RT-PCR• qPCR• Bibliotecas ESTs• SAGE – Serial analysis og Gene Expression• Arrays– Macroarrays– Microarrays
• Anális Global por NGS - RNAseq
Transcritoma - RNAseq
• Splicing Alternativo
• ncRNA
Splicing alternativo
Splicing Alternativo
• 95% de sequências codificantes multiexônicas apresentam splicing altertivo
• Estima-se que em média, cada sequências codificantes multiexônicas tenha 7 isoformas
• Há variação interpopulacional e interindividual no repertório de isoformas em diferentes tipos celulares
• No começo do começo do entendimento de como estas variações contribuem para a variabilidade normal e patológica
• NGS tem clara vantagem sobre microarranjos baseados em transcritos conhecidos
RNAs não codificantes
• 90% do genoma humano é transcrito
• Small ncRNA
• Long ncRNA
• miRNAs são moléculas de ~22 nucleotídeos;
• Pertencentes aos RNAs não codificadores.
Atuação dos miRNA
• Regulam a expressão gênica, em geral, interagindo com a região 3’UTR de mRNAs.
miRNAs em fluídos biológicos
Epigenômica• Modificações na cromatina
Histone Code
Variações Epigenéticas:
são mudanças reversíveis e herdáveis no genoma funcional que não alteram a sequência de nucleotídeos do DNA.
Hipermetilação de ilhas CpG em câncer
Ambiente e Epigenética
Livros
Gêmeos MZ são iguais?
Transmissão epigenética transgeracional transgeracional
Epigenômica
• Metilação em DNA– Sequenciamento de DNA tratado com bisulfito
Epigenômica• Mapeando DNA associado à modificações em
histonas (CHIP)
CHIP e NGS
Modificações em Histonas
Obrigado e uma boa viajem de retorno!
E não se esqueçam: a tecnologia não pode substituir a biologia!