GENETICA 2014

GENETICA2014

PARTE I: NATURALEZA DEL MATERIAL GENETICOTeórica 2

Teórica anterior:

...ATGGTTCCATCCATCCTTCA

TCCTTCAAACTGCTGGGCTGGAC....

En vectores BAC (100-200.000pb)

Fragmentar los BACs y clonar

Secuencia final

PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003)

DNA genómico

...ATGGTTCCATCCATCCTTCA AACTGCTGGGCTGGAC

FISH: hibridación fluorescente de un fragmento de BAC

Primer borrador feb 2001 50 años, abril 2003

N

PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003)¿EL GENOMA DE QUIÉN SE SECUENCIÓ?

LA DIFERENCIA ENTRE LOS SERES HUMANOS ES DEL 0,1%

SORPRESA 1:

SNP:

Single nucleotide polymorphism

1-1000 pb

Organism The number of predicted genes

Part of the genome that encodes proteins (exons)

E.Coli (bacteria) 5000 90%

Yeast 6000 70%

Worm 18,000 27%

Fly 14,000 20%

Weed 25,500 20%

Human 30,000 < 5%

PORCENTAJE DEL GENOMA CODIFICANTE

The number of predicted genes

Part of the genome that encodes proteins (exons)

5000 90%

6000 70%

18,000 27%

14,000 20%

25,500 20%

50-80,000 < 5%

SORPRESA 2:NO PARECIERA HABER RELACIÓN ENTRE LA COMPLEJIDAD DEL INDIVIDUO Y EL NÚMERO

DE GENES!

????????

APARTIR DE ACA, CUALQUIERA CON UNA COMPUTADORA E INTERNET PUEDE ACCEDER A LA SECUENCIA DEL GENOMA

HUMANO

ggcgggaaacgcttagtgggtgtggggtcgcgcattttcttcaaccaggaggtgaggaggtttcgacatcggtgccgaaggagacgctgcagttggagagcgcggccgaggtcggcttcgtgcgcttctttcagggcatgccggagaagccgaccaccacagtgcgccttttcgaccggggcgacttctatacggcgcacggcgaggacgcgctgctggccgcccgggaggtgttcaagacccagggggtgatcaagtacatggggccggcaggagcaaaga

PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003) SECUENCIACIÓN DEL GENOMA HUMANO

¿Y LOS GENES CUÁLES SON?

¿CUÁNTOS SON?

¿DÓNDE ESTÁN?

ORF

ATCCGTAGCTGGTGACTGACTTGGGACTGCATGGACTAGCCCTAG

ACGGTGGGATGGGCATGACATGACTAGCATAGACATAGACATAGACATAGACCTAGACATAGAC

GGCTAGCTAGGAAACTAGACATAGGACATGGACTAGACATTAAGACATAAAGCATAGA

Exon-intron

HAY 6 marcos POSIBLES..

Cual es el marco abierto??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/

SNiPs

Single Nucleotide Polymorphisms

mas del 1%Uno cada 1000-1300 bases es un SNP

HapMaps: Proyecto Internacional HapMap

El objetivo del Proyecto Internacional HapMap es crear un mapa de haplotipos del genoma humano.

Qué es un haplotipo?

• un haplotipo es un conjunto de ”polimorfismos de un solo nucleótido” (SNPs) en un cromosoma particular que están estadísticamente asociados.

HapMaps

La construccion de HapMaps ocurre en 3 pasos: a-SNPs son identificados en el ADN de multiples individuos.b-SNPs adyacentes que se heredan “juntos” son compilados en un “haplotipo”.c-”Tag” SNPs dentro del haplotipo son los marcadores exclusivos que identifican a ese haplotipo “Tagging SNPs”

GWASGenome wide association study

GWASEs el análisis de variantes genéticas comunes en distintos individuos, a los efectos de evaluar si alguna variante se asocia con algún rasgo. GWAS se focaliza en asociaciones entre single-nuclceotide polymorphisms (SNPs) y rasgos de enfermedades prevalentes.

Estudios de asociación…

• Se busca saber si dos observaciones están asociadas verdaderamente o si su asociación es falsa.

• Para esto se usa la estadística

Cómo se planteanlos estudios?

Retrospective Study

Case-control study

CITOSINA TIMINA TOTAL

RASGO A (case)

45 5 50

RASGO B (control)

30 35 65

TOTAL 75 40 115

Observacion:

Hipotesis:

El SNP “Citosina” está asociado al rasgo A

Odds Ratio (OR)..\..\..\ESTADISTICA\Copia de CIcalculator.xlsx

Organización del material genético

Del ADN al cromosoma

error

Empaquetamiento

error

errorerror

CARIOTIPO DEL GENOMA HUMANO: los individuos di-ploides tienen cromosomas HOMOLOGOS

Cromosomashomologos

Por qué se empaqueta el ADN?

Para no perder material en las divisiones celulares

PARTES DE LA UNIDAD ESCTRUCTURAL CROMOSOMICA

CINETOCORO

HE

TER

OC

RO

MA

TIN

A

REPASO DE MITOSIS

REPASO DE MEIOSIS I

REPASO DE MEIOSIS II

Meiosis es fuente de variabilidad• En la meiosis hay 2 divisiones:

m I reductora: se separan cr homólogosm II equilibrada: se separan cromátides

(interesante: Hay COHESINA especifica de la meiosis que mantiene unidas las cromatides hermanas en m I y las MONOPOLINAS mantienen los cinetocoros hermanos orientados hacia el mismo polo para que se separen cr homologos.)

• En la profase de mI: Leptotene, cigotene, paquitene, diplotene y diacinesis.• Resultado: 4 células genéticamente distintas por: • Crossing Over • Distribución aleatoria de Cr homólogos

Recombinación homóloga en m I:• Ocurre antes de la separación de cromosomas homólogos en m I•Ocurre entre cromátidas no hermanas de cromosomas homólogos•La recombinación no-homóloga es muy dañina•Se requiere “espacio” (distancia) para generar la recombinación•No se producen nuevos alelos.•Se producen nuevas combinaciones de alelos