GENETICA 2012

GENETICA2012

PARTE I: NATURALEZA DEL MATERIAL GENETICOTeorica 2

Teorica anterior:

...ATGGTTCCATCCATCCTTCA

TCCTTCAAACTGCTGGGCTGGAC....

En vectores BAC (100-200.000pb)

Fragmentar los BACs y clonar

Secuencia final

PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003)

DNA genómico

...ATGGTTCCATCCATCCTTCA AACTGCTGGGCTGGAC

FISH: hibridación fluorescente de un fragmento de BAC

Primer borrador feb 2001 50 anos, abril 2003

N

PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2001)

¿EL GENOMA DE QUIÉN SE SECUENCIÓ?

LA DIFERENCIA ENTRE LOS SERES HUMANOS ES DEL 0,1%

SORPRESA 1:

SNP:

Single nucleotide polymorphism

1-1000 pb

OrganismThe number of predicted genes

Part of the genome that encodes proteins (exons)

E.Coli (bacteria) 5000 90%

Yeast 6000 70%

Worm 18,000 27%

Fly 14,000 20%

Weed 25,500 20%

Human 30,000 < 5%

PORCENTAJE DEL GENOMA CODIFICANTE

The number of predicted genes

Part of the genome that encodes proteins (exons)

5000 90%

6000 70%

18,000 27%

14,000 20%

25,500 20%

30,000 < 5%

SORPRESA 2:NO PARECIERA HABER RELACIÓN ENTRE LA COMPLEJIDAD DEL INDIVIDUO Y EL NÚMERO

DE GENES!

????????

APARTIR DE ACA, CUALQUIERA CON UNA COMPUTADORA E INTERNET PUEDE ACCEDER A LA SECUENCIA DEL GENOMA

HUMANO

ggcgggaaacgcttagtgggtgtggggtcgcgcattttcttcaaccaggaggtgaggaggtttcgacatcggtgccgaaggagacgctgcagttggagagcgcggccgaggtcggcttcgtgcgcttctttcagggcatgccggagaagccgaccaccacagtgcgccttttcgaccggggcgacttctatacggcgcacggcgaggacgcgctgctggccgcccgggaggtgttcaagacccagggggtgatcaagtacatggggccggcaggagcaaaga

PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2001) SECUENCIACIÓN DEL GENOMA HUMANO

¿Y LOS GENES CUÁLES SON?

¿CUÁNTOS SON?

¿DÓNDE ESTÁN?

ORF

ATCCGTAGCTGGTGACTGACTTGGGACTGCATGGACTAGCCCTAG

ACGGTGGGATGGGCATGACATGACTAGCATAGACATAGACATAGACATAGACCTAGACATAGAC

GGCTAGCTAGGAAACTAGACATAGGACATGGACTAGACATTAAGACATAAAGCATAGA

Exon-intron

HAY 6 marcos POSIBLES..

Cual es el marco abierto??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/

SNiPs

Single Nucleotide Polymorphisms

mas del 1%Uno cada 1300 bases es un SNP

HapMaps: Proyecto Internacional HapMap

El objetivo del Proyecto Internacional HapMap es crear un mapa de haplotipos del genoma humano.

Que es un haplotipo?

• un haplotipo es un conjunto de polimorfismo de un solo nucleótido (SNPs) en un cromosoma particular que están estadísticamente asociados.

HapMaps

La construccion de HapMaps ocurre en 3 pasos: a-SNPs son identificados en el ADN de multiples individuos; b-SNPs adyacentes que se heredan “juntos” son compilados en un “haplotipo”; c-”Tag” SNPs dentro del haplotipo son identificados como los que identifican a ese haplotipo. Al genotipificar estos 3 tag SNPs, los investigadores pueden identificar cual de los 4 haplotipos tiene cada individuo .

GWASGenome wide association study

GWAS• is an examination of many common genetic variants in different

individuals to see if any variant is associated with a trait. GWAS typically focus on associations between single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and traits like major diseases.

Estudios de asociacion…

• Se busca saber si dos conocimientos/observaciones estan asociadas verdaderamente o si su asociacion es falsa.

• Para esto se usa la estadistica

Como se plantean los estudios?

Case-control study

CITOSINA TIMINA TOTAL

RASGO A (case)

45 5 50

RASGO B (control)

30 35 65

TOTAL 75 40 115

Observacion:

Hipotesis:

El SNP “Citosina” esta asociado al rasgo A

Odds Ratio (OR)D:\Mis documentos\ESTADISTICA\CIcalculator.xls

Organizacion del material genetico

Del ADN al cromosoma

error

Empaquetamiento

error

errorerror

CARIOTIPO DEL GENOMA HUMANO: los individuos di-ploides tienen cromosomas HOMOLOGOS

Cromosomashomologos

Por que se empaqueta el ADN?

Para no perder material en las divisiones celulares

PARTES DE LA UNIDAD ESCTRUCTURAL CROMOSOMICA

CINETOCORO

HE

TE

RO

CR

OM

AT

INA

REPASO DE MITOSIS

REPASO DE MEIOSIS I

REPASO DE MEIOSIS II

Meiosis es fuente de variabilidad• En la meiosis hay 2 divisiones:

m I reductora: se separan cr homologosm II equilibrada: se separan cromatides

(interesante: Hay COHESINA especifica de la meiosis que mantiene unidas las cromatides hermanas en m I y las MONOPOLINAS mantienen los cinetocoros hermanos orientados hacia el mismo polo para que se separen cr homologos.)

• En la profase de m I: Leptotene, cigotene, paquitene, diplotene y diacinesis.

• Resultado: 4 celulas geneticamente distintas por: • Crossing Over • Distribucion aleatoria de Cr homologos

Recombinacion homologa en m I:• Ocurre antes de la separacion de cromosomas homologos en m I•Ocurre entre cromatidas no hermanas de cromosomas homologos•La recombinacion no-homologa es muy danina•Se requiere “espacio” (distancia) para generar la recombinacion•No se producen nuevos alelos.•Se producen nuevas combinaciones de alelos