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/ SNP ArraysCongênitas

Partnership:

Detecção Genética de

Cardiopatias

10/2016

Cardiopatias Congênitas

Oferecemos o estudo genético mais completo para a avaliação de pacientes com cardiopatias congênitas:

Painel de NGS de 114 genes relacionados com as cardiopatias congênitasAnálise de variantes do número de cópias através de SNP-arraysSequenciamento de exoma completo

• As cardiopatias congênitas são a causa mais frequente de malformações congênitas em recém-nascidos e a primeira causa de morte na infância relacionada com uma malfor-mação congênita. Surgem em 8 a 14 de cada 1.000 recém-nascidos vivos. A grande maioria de cardiopatias congênitas tem uma etiologia multifatorial. Estima-se que, em 8% a 10% dos casos, a etiologia seja uma anomalia cromossômica e, em 3% a 5% dos casos, sua apresentação ocorra no contexto de uma síndrome monogênica.

• O diagnóstico molecular específico de uma síndrome genética permite o assessora-mento adequado e o início precoce do acompanhamento médico. Para a Associação Americana do Coração (AHA, na sigla em inglês) e a Academia Americana de Pediatria, as principais razões de se determinar a causa genética das cardiopatias congênitas são: 1) identificar outros órgãos e sistemas passíveis de acompanhamento médico; 2) obter informação específica sobre o prognóstico; 3) informar as famílias sobre os riscos de recorrência; e 4) identificar familiares em risco e proporcionar-lhes os estudos neces-sários, incluindo o genético.

Indicação do estudo genético:

• Pessoas com suspeita ou diagnóstico clínico de cardiopatia congênita sindrômica ou não sindrômica (de apresentação isolada). Diante de um antecedente familiar de cardiopatia congênita em que existe o risco de recorrência, sempre é preciso tentar determinar a etiologia molecular.

• Estudo familiar: familiares de pacientes com uma cardiopatia congênita sindrômica ou não sindrômica em que uma mutação causal tenha sido previamente identificada.

114 Genes

Eficácia do estudo genético:

Recomenda-se descartar inicialmente as anomalias cromossômicas (cariótipo, CGH-arrays, SNP-arrays) para melhorar a eficácia do estudo, principalmente se houver outras malformações.

O painel de NGS permite identificar mutações em alguns dos genes associados ao desenvolvimento de cardiopatias congênitas sindrômicas e não sindrômicas.

A análise com o sequenciamento de exoma completo pode ser considerada em casos em que se suspeite da causa genética para uma cardiopatia congênita sem causa molecular identificada. No entanto, o rendimento individual em relação aos nossos painéis de NGS é reduzido.

• A utilização deste painel deveria ser considerada:

No caso de uma cardiopatia congênita isolada.No caso de uma cardiopatia congênita sindrômica relacionada com genes incluídos no painel.No caso de que tenham sido descartadas outras causas de cardiopatias congênitas (por exemplo, a presença de anomalias cromossômicas) através de outro método, como SNP-arrays.

Painel

114 genesPainel de Cardiopatías Congênitas

ACTA2

ACTC1

ACVR1

ACVR2B

ACVRL1

ANKRD1

B3GAT3

BMPR2

BRAF

CBL

CFC1

CITED2

COL1A1

COL1A2

COL3A1

COL5A1

COL5A2

CREBBP

CRELD1

CHD7

DTNA

EFEMP2

EHMT1

ELN

ENG

EP300

EVC

EYA4

FBN1

FBN2

FLNA

FOXC1

FOXF1

FOXH1

FOXP1

GAA

GATA4

GATA5

GATA6

GDF1

GJA1

GJA5

HAND2

HRAS

IRX4

ISL1

JAG1

KANSL1

KCNA5

KCNJ8

KCNK3

KMT2D

KRAS

LEFTY2

MAP2K1/

MEK1

MAP2K2

MCTP2

MED12

MED13L

MFAP5

MIB1

MYBPC3

MYH11

MYH6

MYH7

MYLK

NEXN

NF1

NKX2-5

NKX2-6

NODAL

NOTCH1

NOTCH2

NOTCH3

PHP4

NRAS

PDGFRA

PITX2

PLOD1

PRKG1

PTPN11

RAF1

RASA1

RASA2

RIT1

SALL4

SHOC2

SKI

SLC2A10

SMAD1

SMAD3

SMAD4

SMAD6

SMAD9

SOS1

SOS2

SPRED1

TAB2

TBX1

TBX20

TBX5

TDGF1

TFAP2B

TGFB2

TGFB3

TGFBR1

TGFBR2

TNNI3

TNNI3K

TOPBP1

UPF3B

ZDHHC9

ZFPM2

ZIC3

Ampliação de estudo: Outros painéis que incluem os genes das cardiopatias congênitas

• Painel General de Doenças Cardiovasculares [380]

Enfoque do diagnóstico:

• No caso de uma cardiopatia congênita associada a outras malformações, é possível que se trate de uma síndrome genética. Por essa razão, é indicado o estudo de cariótipo no caso de suspeita de alterações cromossômicas. • A análise através de SNP-arrays pode detectar variantes do número de cópias (CNV) em todo o material genético, permitindo confirmar ou descartar as síndromes de microdeleção ou microduplicação — por exemplo, a deleção 22q11 (síndrome velocardio-facial), a deleção 7q11 (síndrome de Williams), etc. • O painel de NGS (sequenciamento maciço) permite estudar 114 genes relacionados com as cardiopatias congênitas, tanto em relação a algumas síndromes monogênicas, como as RASopatias e as síndromes de Holt-Oram (TBX5), de Alagille (JAG1 e NOTCH2), de CHARGE (CDH7), de Rubinstein-Taybi (CREBBP e EP300) e de Marfan (FBN1), entre outras, como em relação às mutações em genes relacionados com cardiopatias congênitas não sindrômicas ou isoladas. • Oferecemos também a possibilidade de realizar estudos de sequenciamento de exoma completo para os casos em que há a suspeita de causa genética para uma cardiopatia congênita sem causa molecular identificada. No entanto, o rendimento adicional em relação aos nossos painéis de NGS é reduzido.

• Genetics of congenital heart disease: the glass half empty. Fahed AC, Gelb BD, Seidman JG, Seidman CE. Circ Res. 2013 Feb 15; 112(4):707-20.

• Genetic basis of congenital cardiovascular malformations. Lalani SR, Belmont JW. Eur J Med Genet. 2014 Aug; 57(8):402-13.

• Este painel inclui todos os genes associados ou potencialmente associados ao desenvolvimento das doenças cardiovasculares hereditárias que possam apresentar a morte súbita como evento adverso maior. • Inclui também todos os genes relacionados com as miocardiopatias e seus diagnósticos diferenciais, as arritmias cardíacas, a aterosclerose precoce (dislipidemia) e as doenças da aorta. Igualmente, inclui genes prioritários claramente associados à doença; genes secundários, nos quais a evidência é menor; e genes candidatos, interessantes para projetos de pesquisa.• Deveria ser considerado quando se deseja realizar um estudo de todos os genes relacionados com a patologia cardiovascular, especialmente nos casos de morte súbita em que as informações clínicas ou patológicas são incompletas ou o diagnóstico não é claro.

Painel Geral de Doenças Cardiovasculares 380 genes

Histórico clínico completo

Exploração física detalhadaExames complementares

(imagem, ECG, etc.)

Malformações múltiplasNÃO SINDRÓMICASINDRÔMICA

Isolada

CariótipoCGH-arrays

FISHMLPA

Sequenciamento maciço_ PAINEL de NGS

(antecedentes familiares, prénatais, etc.)

SNP-arrays

CARDIOPATIA CONGÊNITA

Sequenciamento maciço_EXOMA COMPLETO

10/2016

1 ACMG Standards and Guidelines for constitutional cytogenomic microarray analysis, including postnatal and prenatal applications: revision 2013. South ST, Lee C,

Lamb AN, Higgins AW, Kearney HM; Working Group for the American College of Medical Genetics and Genomics Laboratory Quality Assurance Committee. Genet

Med. 2013 Nov;15(11):901-92 Professional Practice and Guidelines Committee. Array-based technology and recommendations for utilization in medical genetics practice for detection of

chromosomal abnormalities. Manning M, Hudgins L; Genet Med. 2010 Nov;12(11):742-53 Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Miller

DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brothman AR, et al. Am J Hum Genet. 2010 May 14;86(5):749-64.4 Clinical utility of array CGH for the detection of chromosomal imbalances associated with mental retardation and multiple congenital anomalies. Edelmann L,

Hirschhorn K. Ann NY Acad Sci 2009; 1151:157- 166. 5 Clinical impact of copy number variation analysis using high-resolution microarray technologies: advantages, limitations and concerns. Coughlin, C. R. II, et al.,

Genome Medicine 4:80 (2012).6 Density matters: comparison of array platforms for detection of copy-number variation and copy-neutral abnormalities. Mason-Suares H, et al. Genet Med. 2013

Sep;15(9):706-12

Mais de 290 síndromes de microdeleção e microduplicação

As análises de array permitem avaliar os ganhos ou as perdas no número de cópias de DNA em todo o material genético do paciente 1.

São consideradas um estudo de primeira linha em casos de pacientes com déficit cognitivo, autismo e/ou malfor-mações congênitas 1,2.

Indicação do estudo genético:

Indicação 1:

• É considerado um estudo de primeira linha em indivíduos avaliados no pós-natal como portadores de:

Anomalias congênitas múltiplas não específicas e/ouAtraso mental/deficiência intelectual

Vantagens 1,2:

• Analisar o DNA de quase todos os tecidos, incluindo os tecidos não cultivados.• Detectar anomalias citogenéticas não identificadas através de uma análise convencional.• Determinar pontos de ruptura em rearranjos cromossômicos.• Detectar a perda de heterozigose (só SNP-arrays).

Eficácia do estudo

Em casos de malformações congênitas múltiplas, de atraso mental e/ou de autismo, a taxa de diagnóstico é de 19% 3.

Diversos estudos demonstraram que entre 20% e 41% dos indivíduos com translocações equilibradas apresentam perdas ou ganhos de material genético nos pontos de ruptura 4.

Limitações 1:

• Não detecta rearranjos cromossômicos equilibrados (translocação equilibrada ou inversões). No entanto, pode determinar se os rearranjos apresentam perdas ou ganhos nos pontos de ruptura.• Mosaicismo de baixo grau.• Triploidias, tetraplodias ou outros níveis de poliploidias e algumas aneuploidias, como XYY.• CNV de regiões genômicas não cobertas na plataforma• O nível de detecção depende da densidade do estudo.• Não detecta mutações pontuais, expressão de genes nem análises de metilação.• Trissomia secundária em relação a uma translocação (trissomia 13 e 21).

SNP-arrays

Os estudos citogenéticos através de microarrays permitem investigar uma quantidade e uma variedade enormes de loci em comparação com as técnicas clássicas. Sua grande versatilidade e seu rendimento facilitaram sua rápida adoção no meio clínico 5.

Oferecemos serviços de citogenética molecular baseados em microarrays de alta resolução, que combinam a qualidade das sondas de genotipagem e das sondas para a detecção de variantes estruturais. Só desta maneira é possível detectar em um mesmo ensaio tanto aberrações cromossômicas não equilibradas quanto a dissomia uniparental ou a perda de heterozigose, entre outras.

Além disso, a elevada densidade das sondas de nossa plataforma (> 2,6 milhões) assegura uma grande sensibilidade (> 99%) e uma grande resolução (de até 25 kB), o que possibilita superar a defasagem existente entre as abordagens da genética molecular e a citogenética clássica 6.

Com a análise através de SNP-arrays, é possível estudar mais de 290 síndromes de microdeleção ou microduplicação.

Painel

Estudo CNV-SNP-arrays

Painéis Health in Code Todas as amostras devem vir acompanhadas do formulário de solicitação, disponível em nosso site

www.centrodegenomas.com.br . Se o pedido vier de um hospital público, a autorização do estudo por

Requerimentos e envio da amostra

Como se deve coletar a amostra?

DNA genômico: quantidade recomendável para NGS >5-10 μg (A260/280 = 1,8-1,9). Quantidade de DNA para sequenciação por Sanger >1 μg (A260/280= 1,8-1,9). É recomendado o envio refrigerado da amos-tra (4-8°C).

Saliva: utilização de kit para coleta. Enviar em temperatura ambiente. Fazer solicitação para contato@centrodegenomas.com.br

Sangue periférico: 3 a 5 ml de sangue periférico em tubos com EDTA. É recomendado o envio refrigerado da amostra (4 - 8°C). Envio em temperatura am-biente quando a recepção da amostra está

Como se deve empacotar a amostra?

Embalagem tripla.

Recipiente primário: em contato direto com a amostra.

Onde Estamos

Secundário: estanque. Empacotar com material amortecedor. Exterior: dimensão mínima 100×100 mm. Rígido para as amostras de sangue e tecido.

Ao Centro de Genomas: NTO - R. Leandro Dupré, 967 - Vl. Clementino - São Paulo / SP - CEP: 04025-014

prevista em 24/48h

Enviar para o seguinte endereço:

Para onde envio a amostra?

NTO: R. Leandro Dupré, 967 - Vl. Clementino - São Paulo / SP.ADM / Posto de Coleta: R. Loefgreen 1304, 1º andar - Vl. Mariana - São Paulo / SP.

Painéis

Painéis Gerais NGS

• Doenças Cardiovasculares7

• Miocardiopatias

• Dislipidemias e Aterosclerose Precoce

• Arritmia Cardíaca

• Arritmia Ventricular e Morte Súbita sem Cardiopatia

Painéis Específicos NGS

Doenças Aórticas7

Cardiopatias Congênitas7

Doenças Mitocondriais7

• Miocardiopatia Hipertrófica

• Miocardiopatia Dilatada

• Miocardiopatia Arritmogênica

• Miocardiopatia Não-Compactada

• Miocardiopatia Restritiva

• RASopatias

• Síndrome do QT Longo

• Síndrome do QT Curto

• Taquicardia Ventricular Polimórfica Catecolaminérgica

• Síndrome de Brugada_Síndrome da Onda J

• Doença do Sistema de Condução

• Fibrilação Atrial

Telangiectasia Hemorrágica Hereditária7

• Hipertensão Pulmonar7

• Doença de Fabry7

• Amiloidose Familiar

• Hipercolesterolemia Familiar

• Hipercolesterolemia Familiar. Painel completo

• Hipertrigliceridemias Familiares Primárias

10/2016

Marfan, TAAD, Loeys-Dietz, Ehler-Danlos, Shprintzen- Goldberg, etc

Noonan, Costello, LEOPARD

• Hiperlipidemias Mistas

• Hipolipidemias

• Diabetes do adulto de apresentação juvenil (tipo MODY)

Síndrome de Rendu-Osler-Weber

Estructural

Miocardiopatias Canalopatias

Outras doenças:

Dislipidemias / Aterosclerose Precoce7

8 Tempo de resposta 6 semanas

Sequenciamento NGS / Sequenciamento Sanger

Citogenética molecular mediante arrays

Exoma clínico8 Identificação de limites de variantes estruturais e CNVs

Outros Serviços

7 Estudos sem cobertura pela acreditação ENAC

Tempo de resposta 5 semanas

NTO: R. Leandro Dupré, 967 - Vl. Clementino - São Paulo / SP.ADM / Posto de Coleta: R. Loefgreen 1304, 1º andar - Vl. Mariana - São Paulo / SP.

www. .com.brcentrodegenomas

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